PROSITE entry PS50819
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | INTEIN_ENDONUCLEASE |
| Accession [info] | PS50819 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAY-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50819 |
| Associated ProRule [info] | PRU00273 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=129; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=124; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.6810000; R2=0.0213549; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5322.7143555; R2=7.1428571; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=367; H_SCORE=7944; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=273; H_SCORE=7273; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-32,-22, 13,-31,-22, 22,-29, 41, 18,-28,-29,-22,-21,-27, -9, 14,-19, 1,-22; /M: SY='L'; M= -2,-27,-21,-31,-22, 3,-28,-22, 24,-26, 32, 18,-24,-24,-18,-22,-21, -8, 15,-20, -3,-21; /M: SY='G'; M= -1,-11,-30,-12,-21,-28, 64,-21,-35,-21,-27,-18, -1,-20,-20,-21, -1,-19,-26,-20,-28,-21; /M: SY='Y'; M= -8,-21,-23,-24,-20, 15,-26, -3, 7,-17, 4, 2,-18,-25,-15,-16,-13, -5, 3, 3, 29,-20; /M: SY='F'; M=-12,-28,-26,-33,-24, 23,-30,-16, 14,-25, 20, 10,-24,-27,-21,-20,-24,-11, 5, 8, 20,-23; /M: SY='I'; M= -2,-24,-21,-30,-21, 8,-27,-20, 19,-22, 16, 12,-20,-23,-16,-20,-15, -7, 14,-15, 2,-20; /M: SY='G'; M= 12, -5,-21, -8,-13,-25, 38,-16,-29,-15,-26,-18, 3,-16,-13,-17, 10, -7,-20,-25,-25,-13; /M: SY='D'; M=-15, 28,-30, 40, 25,-33, -9, -3,-32, 3,-25,-23, 12, -9, 4, -6, -1,-10,-27,-34,-19, 14; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='H'; M=-11, 1,-13, -5, -8, -9,-10, 21,-21,-10,-20,-11, 11,-21, -5, -5, 1, -4,-20,-19, 4, -8; /I: I=-1; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6; /M: SY='L'; M= -7, -7,-15, -7,-10, -1,-13,-10, 7,-13, 8, 3, -9,-14,-10,-12,-10, -6, 4,-12, 0,-11; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='S'; M= -1, -5,-10, -6, -1,-12, -5, -9,-11, -2,-13, -9, -3,-11, -4, -6, 1, -3, -8,-11, -7, -3; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='I'; M= -6,-18,-18,-20,-16, 2,-12,-18, 8,-15, 6, 4,-15,-13,-16,-14,-12, -7, 7,-15, -4,-17; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='N'; M= -2, 1,-12, -3, -2,-15, -7, -5,-16, -2,-15,-11, 7,-14, 0, 1, 7, 4,-13,-25,-11, -2; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='F'; M=-11,-19,-21,-25,-21, 18,-15,-15, 6,-21, 9, 5,-13,-23,-21,-17,-14, -7, 2, -9, 8,-21; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='S'; M= -2, -4,-13, -8,-11,-14, -5, -4,-12,-10,-15, -9, -1,-14,-10,-12, 1, 0, -7,-25, -8,-12; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='N'; M= -4, 7,-20, 3, -2,-17, -9, -6,-12, -3,-16,-11, 11,-16, -3, -6, 4, -1,-10,-28,-11, -3; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='N'; M= -8, 2,-21, 1, -3,-13, -7, -7,-13, -3,-14,-10, 4,-16, -7, -4, -2, -2, -9,-25,-11, -6; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='D'; M= -9, 17,-24, 21, 16,-26,-13, 0,-25, 4,-19,-16, 10,-11, 6, 0, 1, -3,-21,-30,-14, 10; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M= -9, -2,-27, 1, 12,-20, -9, -9,-24, 9,-21,-14, -2, -3, 2, 7, -3, -7,-20,-23,-15, 6; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M= -6, 5,-24, 10, 30,-24,-19, -6,-19, 6,-14,-13, -3, -7, 10, -2, -1, -5,-16,-27,-15, 20; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='Y'; M=-11,-19,-23,-22,-15, 4,-27, -7, 6,-10, 7, 5,-16,-23, -9, -3,-15, -6, 5,-13, 9,-14; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='L'; M= -3,-17,-21,-20, -9, 2,-23,-12, 4,-12, 7, 2,-13,-19,-12,-10,-10, -7, 2,-18, -2,-11; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M=-10, 7,-24, 5, 9,-20,-17, -6,-14, 5,-17,-11, 8,-13, 3, 2, -2, -2,-14,-23,-12, 5; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='K'; M= -7, 2,-24, 3, 5,-16,-18,-10,-16, 9,-13, -9, -1,-14, -2, 5, -7, -8,-11,-23,-10, 1; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='I'; M= -8,-23,-20,-27,-20, 7,-24,-20, 18,-21, 13, 9,-20,-23,-20,-19,-14, -5, 17,-18, 0,-20; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='R'; M= -7,-12,-22,-15, -9, -8,-17,-13, -6, 3, -4, 0, -8,-19, -7, 8, -9, -5, 0,-20, -8, -9; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M= -5, 3,-21, 2, 10,-14,-15, -3,-17, 1,-16,-12, 4,-13, 5, 2, 3, -1,-15,-23, -8, 7; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='I'; M= -5,-18,-23,-20,-16, -1,-20,-15, 7,-12, 6, 3,-16,-17,-14,-14,-14, -8, 5,-14, 3,-16; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='F'; M= 1,-16, -4,-21,-17, 5,-19,-15, 0,-19, 3, -2,-11,-22,-16,-18, -4, -1, 0,-18, 2,-17; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M= -4, 6,-22, 6, 13,-22,-14, -6,-21, 12,-18,-13, 4,-10, 5, 7, 1, -2,-17,-26,-14, 9; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='K'; M= -2, 0,-22, -1, 9,-22,-15, -7,-19, 15,-17, -9, 2,-10, 9, 8, 1, 0,-15,-23,-12, 9; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='L'; M= -8,-24,-19,-27,-20, 7,-28,-21, 19,-19, 21, 11,-21,-23,-19,-14,-18, -5, 16,-18, -1,-20; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='F'; M=-10, -6,-23, -8, -8, 6, 1, -9,-14,-14, -8, -9, -2,-20,-15,-13, -8,-10,-13,-12, 0,-10; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='G'; M= -4,-10,-24,-11, -6,-13, 7,-12,-11,-12, -4, -3, -7,-18, -9,-13, -7,-11,-11,-19,-11, -8; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: M=-11, -5,-18, -7, -9, -5,-18,-15, -6, -5, -6, -5, -4,-15,-12, -8,-10, -6, -5,-22, -7,-11; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M= 0, -5,-12, -5, 1,-13,-10, -6,-10, -4,-10, -7, -6,-13, 0, -7, -2, -5, -7,-15, -3, 0; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='K'; M= -1, -6,-21, -8, 0,-17, -8,-13,-15, 3,-16,-10, -3,-11, -2, 1, 2, 2,-11,-14,-11, -1; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='Y'; M= -9,-10,-22,-11, -4, -2,-17, -5, -4, -6, -8, -4, -6,-13, -7, -4, -5, -6, -5,-16, 1, -6; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M= -8, -9,-23, -8, 1, -9,-18, -9, -5, -1, -6, -4, -8, -7, -4, -5, -8, -5, -6,-16, -1, -3; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M= -2, 0,-22, -2, 4,-16, -9, -4,-14, 0,-15,-10, 3,-13, 2, 1, 0, -5,-14,-19, -6, 2; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: M= -8, -5,-17, -8, 0,-12,-15,-11, -7, -5,-10, -6, -1,-15, -2, -5, -3, -4, -9,-18, -9, -2; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: M= -8,-10,-14,-12, -9,-13,-13,-13, -6, -3, -8, -2, -8,-16, -8, -1, -7, -7, -2,-23, -9,-10; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: M= -3, -5,-16, -7, -4, -7, -7,-10, -4, -5, -2, -2, -4,-11, -5, -7, -5, -4, -5,-14, -6, -5; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: M= -3, -4,-14, -5, -2,-10, -4, -7, -6, -3, -8, -5, 0, -3, -3, -3, 0, -3, -7,-15, -9, -4; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='N'; M= -2, -3,-22, -7, -5,-13,-13, -2, -3, -7, -9, -4, 2,-11, -5, -8, -5, -7, -6,-20, -5, -7; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='E'; M= -6, 0,-22, 2, 5,-19,-10, -3,-15, 2,-11, -7, -1,-12, 4, 3, -3, -7,-13,-22,-10, 4; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='I'; M= -6,-16,-20,-21,-17, 3,-23,-10, 12,-17, 8, 5, -9,-19,-13,-13,-10, -4, 7,-17, 2,-17; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='T'; M= -8, -5,-20, -5, -2, -8,-16, -6,-11, -1,-11, -7, -4,-11, -6, -2, -2, 3, -7,-20, -2, -5; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='I'; M= -6,-21,-22,-26,-23, -3,-24,-23, 23,-18, 5, 7,-15,-21,-18,-18,-13, -7, 21,-13, -4,-22; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='R'; M=-10, -4,-25, -5, 0,-15, -8, -1,-19, 7,-14, -8, 0,-12, -1, 9, -6, -7,-17,-18, -4, -2; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='S'; M= -2, 1,-19, 0, 2,-18, -9, -9,-15, 4,-15,-10, 5,-12, -1, 1, 6, 2,-12,-27,-13, 0; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='K'; M= -8, 5,-21, -1, -2,-15,-14, -5,-15, 11,-17, -9, 11,-12, -1, 7, -1, 1,-14,-23, -7, -2; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='A'; M= 2, -7,-21, -7, 1,-16,-11, -4,-14, 1,-12, -8, -4, -9, -1, -1, 1, -3,-11,-21, -8, -1; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='L'; M= -6,-17,-21,-20,-16, 2,-20,-16, 6,-16, 14, 7,-16,-22,-15,-11,-15, -6, 4,-17, -1,-16; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='I'; M= 1,-18,-22,-21,-13, -9,-17,-17, 6,-13, -1, 0,-15,-11,-10,-14, -8, -5, 5,-11, -5,-13; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='B'; M= -3, 8,-23, 7, 6,-20,-11, 0,-21, 5,-16,-12, 6,-13, 1, 2, -2, -5,-18,-25,-10, 2; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='W'; M= -5,-23,-24,-27,-22, 14,-13,-17, -1,-20, 2, 0,-19,-24,-20,-18,-15,-10, -2, 15, 11,-20; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='L'; M= -8,-25,-15,-31,-23, 14,-28,-20, 16,-25, 23, 16,-21,-24,-20,-20,-18, -4, 10,-17, 2,-21; /M: SY='K'; M= -6, -4,-27, -4, 8,-20,-19, -5,-20, 13,-17, -9, -4, -7, 5, 13, -6, -8,-16,-23,-11, 5; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='E'; M=-12, 1,-25, 2, 7,-10,-19, -1,-16, 3,-13, -9, 2,-15, 2, 3, -4, -7,-15,-21, -3, 3; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M= -6,-12,-19,-17,-14, 0,-18,-11, 5,-19, 12, 3, -7,-23,-15,-15,-10, -3, 2,-25, -6,-14; /I: I=-2; MD=-8; /M: SY='V'; M= -6,-14,-20,-16,-18, -3, -1,-19, -4,-16, -4, -4,-11,-16,-19,-14, -7, -6, 2,-20,-10,-19; D=-2; /I: I=-2; MD=-8; /M: M= -8, -9,-19,-10, -7, -1, -8, -8, -4, -9, -2, 0, -8, -6, -9,-10, -9, -8, -6,-12, -2, -9; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8; /M: SY='C'; M= -3,-11, 1,-13, -9, -1, -7,-11, -7,-12, -1, -4, -9,-16,-11, -9, -6, -6, -5,-13, -4,-10; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='G'; M= -5, -7,-23, -8, -7,-15, 11,-13,-17, -4,-15, -9, -3, -4, -9, -7, -6,-11,-15,-17,-14, -8; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='I'; M= -7, -7,-23, -8, -4,-14,-21,-14, 1, -1, -5, -1, -6, -8, -4, -6, -7, -4, -1,-23, -9, -5; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='K'; M= -8, 2,-23, 2, 3,-18,-10, -9,-16, 4,-12, -9, 3,-14, -1, 3, -3, -3,-13,-24,-12, 0; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='S'; M= 6, 1,-12, -1, 0,-21, 0,-12,-20, -3,-21,-15, 4,-12, -4, -8, 13, 4,-12,-29,-18, -2; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: M= -6, -4,-25, -4, 0,-16, -9, -4,-14, 0,-17,-10, -1, -4, -1, -5, -3, -7,-15,-13, -5, -2; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='N'; M= -8, 17,-20, 13, 8,-19,-11, -2,-16, 1,-18,-14, 20,-12, 0, -1, 4, 3,-16,-30,-15, 4; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='K'; M= -9, -4,-25, -5, 3,-18,-20, -9,-14, 25,-15, -5, -2,-13, 3, 15,-10, -8,-10,-18, -5, 2; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='R'; M=-10, -4,-23, -6, 1,-11,-12, -7,-22, 17,-19,-10, 1,-14, 1, 24, -3, -4,-15,-18, -8, 0; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='I'; M= -8,-25,-21,-32,-24, 6,-31,-23, 31,-24, 19, 17,-19,-20,-19,-22,-16, -5, 22,-18, 0,-24; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='P'; M= -6,-12,-33, -4, 1,-27,-16,-16,-19, -8,-26,-18,-14, 66, -8,-17, -5, -7,-25,-27,-25, -7; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='E'; M= -6, 5,-25, 8, 24,-24,-13, -4,-23, 3,-21,-16, 2, 1, 10, -3, 1, -6,-23,-16,-14, 17; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='W'; M=-11,-22,-30,-25,-15, 7,-19,-13, -5,-14, -5, -4,-18,-20,-10,-13,-19,-15,-10, 34, 10,-11; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='I'; M= -7,-26,-18,-30,-24, 8,-29,-22, 28,-22, 19, 16,-22,-23,-21,-20,-17, -6, 26,-19, -1,-24; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='F'; M=-12,-20,-22,-24,-17, 25,-23, -9, -2,-10, 5, 5,-16,-22,-16, -5,-17, -9, -4, 6, 19,-15; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='R'; M= -8, -6,-21, -6, 3,-15,-14, -7,-13, 5, -9, -6, -2,-14, 3, 12, -2, -3,-10,-23,-11, 1; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='A'; M= 2, -2,-17, -2, -1,-14,-11, -9,-12, -3, -9, -7, -3, -8, 0, -6, 2, -1, -9,-22,-11, 0; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='P'; M=-10, 6,-27, 11, 7,-25, -9, -7,-23, 1,-24,-17, 3, 25, -2, -5, -3, -8,-24,-26,-19, 0; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='E'; M= -4, -3,-22, -4, 8,-14,-17, -3,-13, 5,-14, -8, -3, -4, 2, -1, -3, -4,-12,-19, -6, 4; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='E'; M= -5, 6,-21, 8, 17,-19,-11, -6,-19, 0,-16,-14, 3, -8, 3, -3, 3, 1,-16,-20,-13, 10; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='F'; M= -1,-22,-20,-25,-18, 8,-21,-15, 7,-18, 4, 1,-19,-21,-18,-17,-13, -8, 8, 5, 5,-18; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='V'; M= -8,-18,-21,-20,-13, -7,-25,-17, 10, -3, 7, 7,-15,-19, -8, -2,-14, -7, 11,-20, -5,-12; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='R'; M= 0,-10,-22,-11, -1,-15,-12,-10,-15, 8, -8, -6, -8,-15, -1, 14, -8, -8,-10,-13,-10, -2; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='A'; M= 12, -1,-17, -3, 7,-20, -2,-11,-15, -6,-17,-13, 2,-10, -2,-11, 10, 0,-10,-27,-18, 2; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='F'; M=-15,-28,-19,-33,-24, 50,-28,-17, 7,-27, 23, 7,-22,-28,-30,-18,-22, -9, 3, 0, 20,-24; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='L'; M= -8,-27,-21,-29,-21, 3,-31,-21, 26,-25, 31, 17,-24,-24,-16,-20,-22, -8, 17,-20, -2,-20; D=-2; /I: I=-2; DM=-8; /M: SY='R'; M= -2, -2,-25, -1, 5,-21,-11, -8,-24, 10,-20,-13, -2, -7, 3, 15, -1, -5,-18,-23,-14, 3; /M: SY='G'; M= 8, -8,-25, -9,-11,-27, 44,-14,-32,-15,-25,-17, -1,-16,-13,-17, 4,-13,-23,-22,-25,-13; /M: SY='L'; M=-13,-27,-23,-28,-22, 17,-31,-10, 16,-24, 30, 13,-26,-29,-18,-18,-25, -9, 8, -5, 23,-22; /M: SY='F'; M=-16,-29,-21,-36,-29, 53,-30,-18, 7,-25, 8, 2,-23,-30,-33,-19,-19, -9, 9, 9, 26,-29; /M: SY='D'; M=-12, 21,-26, 27, 10,-26,-10, -4,-24, -1,-18,-17, 12,-14, -1, -5, 0, -6,-20,-34,-16, 4; /M: SY='G'; M= 20,-11,-15,-16,-15,-22, 25,-21,-24,-15,-20,-15, -7,-16,-15,-20, 4, -7,-14,-12,-21,-15; /M: SY='D'; M=-14, 34,-27, 48, 17,-29,-13, -4,-33, 0,-25,-25, 13,-10, -1, -9, 0, -6,-25,-34,-16, 8; /M: SY='G'; M= -2,-10,-29, -9,-18,-26, 55,-19,-33,-20,-21,-16, -3,-21,-19,-20, -4,-18,-25,-21,-26,-19; /M: SY='H'; M= -7, -2,-19, -5, -5,-11, -9, 4,-19, -8,-17,-12, 2,-19, -5, -8, -1, -5,-18, -8, 3, -6; /M: SY='V'; M= -5,-21,-14,-24,-19, -8,-24,-24, 15,-13, 1, 4,-18,-23,-18,-13,-10, -4, 22,-27,-10,-20; /I: I=-3; MD=-13; /M: SY='E'; M= -5, 1,-19, 0, 2,-10,-15, -4,-13, -3,-14,-10, 2, -8, -4, -4, 2, 1, -9,-23, -7, -2; D=-3; /I: I=-3; MD=-13; /M: SY='R'; M= -2, -6,-19, -8, -4,-15,-15,-10,-10, 4, -9, -5, -4,-11, -1, 10, -3, -2, -5,-21,-10, -4; D=-3; /I: I=-3; MD=-13; /M: SY='D'; M= -7, 5,-22, 6, 4,-16,-11, -2,-17, 2,-12,-10, 4,-13, -1, 3, -3, -7,-14,-23,-10, 1; D=-3; /I: I=-3; MD=-13; /M: SY='R'; M= -4, -1,-18, -2, 2,-16, -7, 2,-14, 6,-15, -5, 3, -6, 5, 7, -1, -5,-13,-18, -9, 3; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13; /M: SY='I'; M= -3,-11,-14,-12, -6, -5,-15, -9, 4, -6, 4, 3,-10, -4, -4, -7, -8, -5, 1,-10, -2, -6; D=-3; /I: I=-3; DM=-13; /M: SY='R'; M= -5, -7,-21, -7, 1,-16,-11, -8,-14, 2,-13, -8, -4,-10, 2, 5, -1, -2,-11,-14,-10, 1; D=-3; /I: I=-3; DM=-13; /M: SY='I'; M= -1,-22,-19,-28,-21, -3,-26,-22, 27,-17, 11, 13,-18,-18,-16,-19,-12, -6, 23,-19, -4,-21; D=-3; /I: I=-3; DM=-13; /M: SY='R'; M= -7, -3,-21, -1, 1,-14, -5, -4,-17, 2,-15,-11, -1,-15, -2, 9, -1, -5,-12,-18, -5, -2; D=-3; /I: I=-3; DM=-13; /M: SY='Y'; M= -9,-22,-17,-23,-19, 15,-25,-10, 14,-18, 17, 8,-20,-23,-17,-14,-17, -6, 11, -5, 18,-19; D=-3; /I: I=-3; DM=-13; /M: SY='T'; M= 4, -6,-15,-10, -8,-10, -5, -4,-11, -6,-11, -7, -3,-12, -5, -5, 6, 7, -7,-15, -2, -8; D=-3; /I: I=-3; DM=-13; /M: SY='T'; M= -2, -2,-15, -7, -9, -3,-10,-13,-13,-12,-13, -8, 2,-14,-10,-12, 14, 20, -6,-27, -9, -9; /M: SY='T'; M= 2,-10,-18,-15,-11,-12,-19,-18, -2, -7, -5, -4, -8,-10,-10, -8, 2, 11, 3,-27,-12,-11; /M: SY='S'; M= 4, 5,-13, 2, -1,-16, -4, -9,-20, -6,-27,-18, 13,-12, -2, -7, 29, 15,-12,-36,-17, -1; /M: SY='K'; M=-10, -1,-29, 1, 20,-25,-20, -5,-26, 26,-19,-11, -2,-11, 11, 26, -7,-10,-21,-23,-13, 14; /M: SY='E'; M=-10, 5,-22, 7, 24,-26,-17, 0,-24, 9,-17,-12, 2,-10, 11, 2, -4, -8,-23,-28,-14, 18; /M: SY='L'; M= -9,-27,-21,-30,-21, 16,-27,-16, 10,-22, 27, 13,-25,-28,-19,-13,-23,-10, 5, -6, 8,-19; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='L'; M= 11,-18,-19,-25,-17, -2,-19,-20, 10,-19, 12, 4,-13,-20,-15,-17, -9, -6, 7,-19, -7,-17; /M: SY='K'; M=-14, 3,-29, 5, 13,-19,-20, 6,-23, 14,-19,-11, 4,-13, 9, 14, -7,-10,-21,-21, -4, 10; /M: SY='D'; M= -5, 15,-27, 22, 19,-32, -4, -5,-30, 2,-24,-19, 5, -9, 9, -5, 3, -7,-25,-29,-19, 14; /M: SY='I'; M= -6,-29,-19,-33,-25, 8,-31,-25, 28,-27, 27, 15,-26,-27,-24,-22,-20, -7, 25,-21, -2,-25; /M: SY='Q'; M= -4,-11,-15,-13, -5,-18,-21, -7, -7, -1, -9, -2, -8,-18, 6, 1, -1, 0, -2,-26,-10, 0; /M: SY='Y'; M=-11,-17,-27,-17,-10, -3,-24, -8, -3,-10, -3, -1,-14,-15, -3,-10,-12, -9, -7, -1, 5, -7; /M: SY='L'; M= -3,-25,-21,-28,-20, 8,-26,-14, 15,-23, 30, 14,-24,-26,-16,-19,-22, -9, 7,-12, 10,-19; /M: SY='L'; M= -4,-28,-19,-29,-20, 9,-27,-21, 17,-28, 41, 16,-28,-28,-20,-20,-25, -9, 11,-19, -1,-20; /M: SY='L'; M= -1,-15,-14,-19,-12, -9,-15,-10, -2,-16, 9, 2,-12,-23, -7,-14,-13, -9, -6,-18, -7,-10; /M: SY='R'; M= 0,-11,-22,-13, -2,-15,-13,-11,-10, -2, -5, -5, -7,-16, -1, 7, -2, -4, -8,-24,-12, -3; /M: SY='F'; M=-13,-30,-14,-34,-26, 32,-31,-22, 14,-29, 27, 10,-25,-30,-28,-21,-23, -9, 10,-11, 9,-26; /M: SY='G'; M= -3, -6,-31, -6,-14,-28, 53,-18,-38,-15,-29,-20, 1,-19,-16,-16, -2,-19,-30,-13,-25,-15; /M: SY='I'; M= -9,-25,-27,-31,-23, -2,-30,-19, 32,-25, 13, 13,-18,-21,-18,-24,-17,-10, 21,-19, 1,-24; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 120 in 107 different sequences |
| Number of true positive hits | 95 in 82 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 25 in 25 different sequences |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Archaea, Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 3 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | DOD-type homing endonuclease |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
82 sequences
CLPP_CHLMO (P42379), DMO1_DESMO (P21505), DNAB_MYCBO (P59966), DNAB_MYCIT (Q9F5P4), DNAB_MYCTO (P9WMR2), DNAB_MYCTU (P9WMR3), DNAB_NOSS1 (Q8YZA1), DNAB_RHOMR (O30477), DNAB_SYNY3 (Q55418), DP2L_HALWD (Q18ER3), DP2L_THEKO (Q5JET0), DPOL_CEV01 (A7U6F1), DPOL_METJA (Q58295), DPOL_MIMIV (Q5UQR0), DPOL_PYRHO (O59610), DPOL_PYRSD (Q51334), DPOL_THEAG (O33845), DPOL_THEFM (P74918), DPOL_THEG8 (Q9HH84), DPOL_THEHY (Q9HH05), DPOL_THEKO (P77933), DPOL_THELI (P30317), EF2_METKA (Q8TXJ4), GLMS_METJA (Q58815), GYRA_MYCFV (Q49166), GYRA_MYCGO (Q49467), GYRA_MYCKA (Q49608), GYRA_MYCLE (Q57532), GYRA_MYCMA (O33149), HELS_METJA (Q58524), HELS_THEKO (Q5JGV6), HO_YEAST(P09932), IF2P_METJA (Q57710), IF2P_PYRAB (Q9UZK7), IF2P_PYRFU (Q8U1R8), IF2P_PYRHO (O58822), IF2P_THEKO (Q5JGR9), LONB_PYRAB (Q9UYC6), LONB_PYRHO (O58221), NDRZ_PYRFU (E7FHX6), NRDEB_BACSU (O31875), NRDEB_BPSPB (O64173), PPSA_METJA (Q57962), RADA_THEKO (Q5JET4), RECA_MYCBO (P0A5U5), RECA_MYCLE (P35901), RECA_MYCTO (P9WHJ2), RECA_MYCTU (P9WHJ3), RFCS_METJA (Q58817), RFCS_PYRAB (Q9V2G4), RFCS_PYRFU (Q8U4J3), RFCS_PYRHO (O57852), RFCS_THEKO (Q5JHP2), RGYR_METJA (Q58907), RGYR_PYRHO (O58530), RGYR_THEKO (Q6F598), RIR1_IIV6 (O55716), RIR2_AQUAE (O67475), RPO1C_METJA (Q58446), RPO1N_METJA (Q58445), RTCB_METJA (Q58095), RTCB_METKA (Q8TUS2), RTCB_PYRAB (Q9V168), RTCB_PYRFU (Q8U0H4), RTCB_PYRHO (O59245), TF2B_METJA (Q58192), TOP1_PYRFU (O73954), VATA_CANTR (P38078), VATA_PYRAB (Q9UXU7), VATA_PYRFU (Q8U4A6), VATA_PYRHO (O57728), VATA_YEAST (P17255), VATB_METKA (Q8TUT0), Y043_METJA (Q60348), Y1054_METJA (Q58454), Y1461_MYCTO (P9WFP6), Y1461_MYCTU (P9WFP7), Y1496_MYCBO (P67126), Y314_METJA (Q57762), Y398_METJA (Q57841), Y593_MYCLE (Q49689), Y832_METJA (Q58242)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences |
25 sequences
WHIA_CLOAB (Q97LP1), WHIA_CLOB1 (A7FYW9), WHIA_CLOB8 (A6M2Y1), WHIA_CLOBA (B2UZY1), WHIA_CLOBB (B2TQR9), WHIA_CLOBH (A5I7A0), WHIA_CLOBK (B1IFW1), WHIA_CLOBL (A7GIX1), WHIA_CLOBM (B1L268), WHIA_CLOD6 (Q180P5), WHIA_CLONN (A0PYB7), WHIA_CLOP1 (Q0TU86), WHIA_CLOPE (Q8XNH7), WHIA_CLOPS (Q0SW34), WHIA_CLOTE (Q890Y9), WHIA_HALOH (B8CYG6), WHIA_HELMI (B0TGK8), WHIA_LACLA (Q9CGX9), WHIA_LACLM (A2RLG3), WHIA_LACLS (Q02ZN6), WHIA_LATSS (Q38Y99), WHIA_LEUCK (B1MXG8), WHIA_LEUMM (Q03Z55), WHIA_PELTS (A5CYP3), WHIA_SYMTH (Q67T19)» more |
| PDB [Detailed view] |
31 PDB
1B24; 1DFA; 1DQ3; 1EF0; 1JVA; 1LWS; 1LWT; 1MOW; 1UM2; 1VDE; 2CW7; 2CW8; 2VS7; 2VS8; 4D6N; 4D6O; 4UN7; 4UN8; 4UN9; 4UNA; 4UNB; 4UNC; 4UT0; 5A0W; 5AK9; 5AKF; 5AKM; 5AKN; 5O6G; 5O6I; 7QST » more |