PROSITE entry PS50820
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | LCCL |
Accession [info] | PS50820 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50820 |
Associated ProRule [info] | PRU00123 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | LCCL domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=96; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=91; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.5650000; R2=0.0141046; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7062.4882812; R2=7.1358380; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=669; H_SCORE=11836; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=421; H_SCORE=10067; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='A'; M= 26,-14,-14,-24,-14,-12, -8,-12, 2,-10, 2, 19,-14,-14, -6,-16, -2, -4, 4,-20,-12,-10; /M: SY='T'; M= 0, -6,-19, -7, -4,-19,-14,-17,-16,-10,-22,-16, -3, 21, -7,-13, 17, 23,-12,-33,-19, -7; /M: SY='Q'; M=-10, 2,-27, -7, -1,-22,-20, -2, 1, -5,-11, 0, 11,-16, 18, -5, -3, -7,-12,-26,-10, 7; /M: SY='A'; M= 23,-12,-10,-16,-12,-14, -8,-20, -2,-13,-11, -8, -9,-16,-12,-17, 14, 6, 11,-29,-17,-12; /M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-34,-30, 0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30; /M: SY='T'; M= -9, -9,-22,-17,-14,-10,-26, 10, 3,-16, -3, 2, -4,-16, -8,-14, -1, 12, 1,-27, 2,-14; /M: SY='C'; M=-13, 2, 73, 2,-14,-26,-24,-21,-33,-21,-23,-23, -7,-31,-21,-24, -7,-10,-16,-47,-27,-17; /M: SY='F'; M=-17, 2,-26, 3, -3, 12,-21,-11,-21, 4,-14,-12, -3,-18,-13, -1,-11,-10,-15,-13, 3, -6; /M: SY='T'; M= -3, 0,-16, -7, -1,-19,-20,-11,-13, -4,-13, -7, 0,-10, 12, -4, 14, 31, -9,-27,-10, 6; /M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7, 3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10, 0,-17, 10, 59,-10,-10,-20,-20,-10, 3; /M: SY='G'; M= 0,-10,-21,-12,-14,-18, 23,-11,-17,-14,-16, 2, -2,-17, -8,-14, 7, -5,-13,-26,-18,-11; /M: SY='N'; M=-10, 0,-23, -6, -5,-11,-18, -8, -7, 2, 2, -1, 7,-21, -5, 0,-12, -7,-11,-26, -9, -5; /M: SY='D'; M=-20, 28,-30, 42, 7,-18,-16, 6,-27, -3,-21,-21, 7,-16, -3,-10, -6,-10,-24,-18, 12, 1; /M: SY='L'; M= -4,-22,-19,-24,-17, 0,-24,-19, 15,-24, 21, 9,-17,-22,-14,-19, -8, -2, 9,-26, -6,-17; /M: SY='C'; M=-17,-19, 15,-25,-18, 12,-26,-15,-21, -6,-11,-10,-12,-29,-17, 14,-13,-10,-11,-19, -3,-18; /M: SY='K'; M= -7, -3,-30, -3, 1,-30, 8,-13,-33, 28,-30,-13, 0,-13, 1, 14, -7,-13,-23,-20,-16, 1; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='H'; M= -6, -3,-18, -3, -6,-15, 13, 26,-21, -9,-15, -6, 3,-12, -2, -6, -3,-12,-18,-15, -2, -6; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='N'; M= 0, 13, -9, 6, 0,-12, 0, 0,-12, -3,-18,-12, 22, -9, 0, -3, 14, 6,-12,-24,-12, 0; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='E'; M= -7, -5,-21, -4, 15,-12,-23,-12, -9, -8, 5, -5, -9,-12, -1, -9, -4, 7, -9,-27,-11, 7; /M: SY='C'; M= -2, -6, 22,-10, -8,-20,-16,-18,-23, -3,-23,-16, -2,-18, -8, -7, 12, 11,-10,-37,-19, -8; /M: SY='N'; M= 9, 11,-17, 5, 10,-22, -4, -5,-20, -3,-24,-18, 18,-11, 2, -7, 18, 4,-17,-34,-20, 6; /M: SY='D'; M=-14, 8,-24, 16, -1,-22,-19, -9,-15, 2,-15,-12, -1,-19, -7, 9, -6, -7, -2,-31,-14, -5; /M: SY='V'; M= -2,-18,-16,-18,-18, 2,-21,-10, 6,-14, -5, -2,-15,-24,-15,-14, 3, 4, 14,-16, 12,-18; /M: SY='L'; M= -7,-12,-20,-15, -6,-10,-24,-12, -1,-13, 12, 5,-12,-18, 5, -8, -6, 9, -4,-23, -6, 0; /M: SY='C'; M= 9,-17, 79,-27,-24,-20,-21,-27,-24,-24,-17,-17,-17,-31,-24,-27, -4, -7, -7,-41,-27,-24; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='A'; M= 40,-10,-14,-18,-12,-22, 15,-20,-16,-12,-14,-12, -8,-12,-12,-20, 8, -4, -6,-20,-22,-12; /M: SY='G'; M= -2, 0,-28, -4,-16,-28, 56,-14,-36,-16,-30,-20, 12,-20,-16,-16, 2,-16,-30,-24,-28,-16; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M=-10,-26,-28,-22,-12, -6,-26,-20, 4,-22, 18, 4,-26, 19,-16,-20,-22,-10, -6,-24,-12,-16; /M: SY='L'; M=-10,-10,-20,-16,-14, 2,-22,-12, 9,-22, 28, 9, -5,-27,-14,-14,-19, -7, -1,-26, -6,-14; /M: SY='P'; M=-12, -1,-34, -1, 7,-19,-14, -9,-22, -5,-26,-20, 3, 17, -3,-10, -8,-11,-30, 2,-13, 1; /M: SY='E'; M=-13, -7,-27, -8, 10, 3,-23, -7,-19, 9,-13, -7, -6,-14, 6, 4, -9,-10,-18,-13, 1, 10; /M: SY='A'; M= 22,-18,-14,-28,-18, 21,-12,-20, -6,-18, -2, -6,-14,-18,-22,-20, -2, -4, 0, -8, 0,-18; /M: SY='E'; M= -8, -1,-26, 2, 18,-16,-18, -1,-22, 13,-21,-13, -2,-11, 7, 4, 2, -4,-19,-18, 2, 11; /M: SY='V'; M= -3,-30,-16,-33,-30, 0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30; /M: SY='F'; M=-11,-18,-19,-23,-18, 38,-21, -8, -6,-19, -5, -6,-11,-24,-21,-15, -1, -1, -5, -2, 25,-18; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='S'; M= -3, 18,-16, 15, 1,-21, -8, -7,-21, -6,-24,-19, 19,-12, -3, -8, 20, 19,-15,-37,-17, -1; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='H'; M=-11,-17,-27,-19,-16, -9, -9, 16, -1,-22, 6, 6, -9,-23,-11,-16,-16,-15, -6,-23, 0,-16; /M: SY='F'; M= -8,-24,-23,-28,-27, 13, 0,-24, 3,-25, -1, 0,-16,-25,-28,-22,-12,-11, 7,-14, -3,-27; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='R'; M= 11, -4,-22, -6, 13,-23,-12, -8,-22, 8,-16,-13, -4,-10, 5, 14, 1, -6,-15,-23,-17, 7; /M: SY='S'; M= 1, 16,-16, 22, 6,-26, -3, -7,-26, -7,-30,-23, 13,-10, 0,-10, 27, 11,-16,-40,-20, 3; /M: SY='S'; M= 4,-12,-12,-12,-10,-10,-12,-16, -2,-16, -6, -6, -6,-18,-10,-14, 16, 10, 7,-34,-14,-10; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='S'; M= 4, -6,-19, -3, 0,-23, -6,-13,-20,-10,-30,-20, 1, 22, -3,-13, 24, 11,-16,-37,-23, -3; /M: SY='I'; M= -8,-30,-23,-35,-27, 3,-35,-27, 37,-28, 28, 18,-25,-25,-22,-25,-21, -8, 28,-22, -2,-27; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='G'; M= -9,-13,-27,-16,-14,-18, 16, -8,-18, -3,-11, 8, -6,-20, -5, 8, -9,-14,-15,-20,-15,-11; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='A'; M= 34,-10,-16,-17,-13,-23, 22,-20,-19,-13,-16,-13, -7,-13,-13,-20, 7, -6, -9,-20,-23,-13; /M: SY='V'; M= -5,-30,-19,-35,-30, 0,-35,-30, 39,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 41,-25, -5,-30; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='R'; M= 2,-13,-24,-16, -9, -6,-16, -1,-15, 6,-11, -7, -9,-20, -2, 19, -6, -7,-11, -6, 12, -9; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-37,-30, 0,-37,-30, 44,-27, 17, 17,-23,-23,-23,-27,-17, -7, 36,-23, -3,-30; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='B'; M= -7, 27,-19, 24, 4,-24, -7, -3,-24, -4,-26,-21, 27,-13, -2, -7, 15, 11,-20,-38,-18, 1; /M: SY='B'; M=-10, 30,-20, 25, 2,-22, -9, -2,-22, -3,-24,-20, 30,-14, -3, -6, 10, 13,-21,-37,-17, 0; /M: SY='R'; M= 3,-14,-19,-16, -8,-11,-15,-12, -8, -5, 2, -3, -9,-19, -5, 7, -2, -2, -5,-24,-11, -8; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='Q'; M= 2,-15,-25,-14, -1,-20,-19,-11, -7, -9, -1, -1,-15, 5, 9,-11, -9, -8,-13,-22,-13, 3; /M: SY='V'; M= -3,-30,-16,-33,-30, 0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30; /M: SY='R'; M=-11, 10,-24, 15, 6,-26,-11, -3,-30, 9,-26,-19, 9,-14, 4, 22, 9, -1,-20,-32,-16, 3; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='T'; M= -6,-14,-18,-16,-13, -4,-25, -9, 3, -9, -4, 0,-14,-21, -3, -9, -2, 10, 8,-15, 9, -9; /M: SY='T'; M= -7,-12,-22,-17,-11,-12,-22,-15, 1, -5, -8, -3, -4,-16, -5, 6, 3, 8, 2,-26, -9,-11; /M: SY='N'; M= -4, -1,-17, -7, -8, -8,-12, -8, -4,-15, 2, -4, 8,-21, -8,-11, 3, 2, -7,-32,-12, -8; /M: SY='P'; M= -7,-11,-34, -7, -2,-30, 5,-17,-29, 6,-30,-17, -8, 28, -6, -4, -7,-13,-27,-24,-24, -6; /M: SY='G'; M= -3,-13,-27,-16,-20,-22, 45,-14,-23,-17,-16, 2, -6,-20,-14,-17, -6,-17,-19,-20,-22,-17; /M: SY='I'; M= -9,-20,-24,-23,-14,-12,-29,-16, 14, -7, 1, 7,-15,-21, -1, 2,-11, -7, 13,-23, -7,-10; /M: SY='P'; M=-10, -8,-36, 2, 24,-30,-20,-12,-24, -2,-26,-20,-12, 54, 2,-12, -6,-10,-30,-30,-26, 10; /M: SY='Y'; M=-16, 2,-23, -9,-15, 24,-18, 5, -8,-12, -9, -8, 12,-26,-14, -9, -8, -6,-15, -4, 25,-15; /M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-26,-23, 44,-30, 9, 0,-16, 3, 0,-20,-30,-18,-13,-20,-10, -7, 24, 66,-23; /M: SY='E'; M= -3, -9,-22, -4, 11,-20,-19,-14, -9, -6,-16,-12,-10, 7, -4,-12, 4, -1, -3,-32,-19, 2; /M: SY='S'; M= 12, -2,-16, -4, 1,-23, -6,-12,-21, 7,-26,-15, 3,-10, 1, -1, 20, 8,-11,-31,-17, 1; /M: SY='S'; M= 6,-12,-10,-12,-12,-12,-12,-18, 0,-14,-14, -8, -6,-18,-12,-14, 20, 12, 14,-36,-16,-12; /M: SY='H'; M=-14, 1,-27, 5, 3,-20,-21, 16,-14, -9, 0, 0, -3,-18, 12, -6,-11,-12,-17,-26, -3, 7; /M: SY='A'; M= 33, -7,-16,-14, -4,-23, -6,-17,-16, 7,-16,-10, -7,-10, -4, -6, 4, -3, -6,-20,-17, -4; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='G'; M= -3, 6,-27, -1,-14,-27, 48,-11,-34,-14,-30,-20, 19,-20,-14,-14, 3,-14,-30,-26,-27,-14; /M: SY='I'; M= -7,-30,-21,-34,-27, 3,-34,-27, 35,-27, 25, 17,-26,-26,-23,-24,-20, -7, 31,-23, -3,-27; /M: SY='Q'; M= -7, 0,-24, -3, 8,-28,-20, -5,-20, 15,-20, -6, 0,-10, 24, 9, 4, 9,-18,-23,-10, 16; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='L'; M= -7,-18,-21,-18, -7,-13,-26,-11, 7,-11, 9, 9,-18,-22, 9, -8,-12, -7, 6,-23, -7, 1; /M: SY='V'; M= 1,-20,-12,-22,-20, -6,-20,-18, 14,-15, 1, 12,-17,-22,-15,-15, 2, 3, 25,-31,-11,-17; /M: SY='G'; M= -7,-15,-26,-15,-12,-14, 4,-17,-13, -5, 2, -1,-12,-21,-12, -6,-15,-13,-11,-20,-12,-12; /M: SY='H'; M= -8, -6,-22, -6, -6, -6,-15, 33,-18,-10,-18, -8, 2,-19, 0, -7, 7, -1,-16,-17, 21, -6; /M: SY='R'; M=-14,-14,-27,-14, -4,-13,-23, -9,-14, 17, -1, -1, -9,-20, 1, 30,-16,-10,-11,-20, -7, -4; /M: SY='W'; M=-14,-31,-41,-32,-22, -4,-26,-27, 2,-20,-10, -7,-28, 7,-17,-23,-25,-18,-11, 46, 4,-20; /M: SY='A'; M= 12,-11,-13,-13, -8,-11, -9,-15, -5,-16, -1, -5, -7,-16, -8,-15, 12, 7, -2,-30,-14, -8; /M: SY='S'; M= 12, -2,-16, -4, 4,-26, -6, -6,-18, -4,-23,-12, 3,-10, 17, -6, 21, 6,-14,-29,-17, 11; /M: SY='S'; M= 7, -9,-10, -9, -9,-14, -9,-16, -4,-13,-17,-11, -3,-16, -9,-13, 24, 14, 9,-37,-17, -9; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 29 in 22 different sequences |
Number of true positive hits | 29 in 22 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 2 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | LCCL |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
22 sequences
CFC_TACTR (P28175), COCH_BOVIN (Q5EA64), COCH_CAVPO (P84552), COCH_CHICK (O42163), COCH_HUMAN (O43405), COCH_MOUSE (Q62507), CRLD1_CHICK (Q98ST5), CRLD1_HUMAN (Q9H336), CRLD1_MOUSE (Q8CGD2), CRLD2_BOVIN (A6QLZ7), CRLD2_HUMAN (Q9H0B8), CRLD2_MOUSE (Q8BZQ2), CRLD2_XENTR (Q4V9Y5), DCBD1_HUMAN (Q8N8Z6), DCBD1_MOUSE (Q9D4J3), DCBD2_HUMAN (Q96PD2), DCBD2_MOUSE (Q91ZV3), DCBD2_RAT (Q91ZV2), LFC_CARRO (Q26422), VITRN_BOVIN (Q95LI2), VITRN_HUMAN (Q6UXI7), VITRN_MOUSE (Q8VHI5)» more
|
PDB [Detailed view] |
1 PDB
1JBI |