Entry: PS50820

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] LCCL
Accession [info] PS50820
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50820
Associated ProRule [info] PRU00123

Name and characterization of the entry

Description [info] LCCL domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=96;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=91;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.5650; R2=0.01410459; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1113.73913; R2=32.91304; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=669; N_SCORE=10.0; H_SCORE=20796; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=420; N_SCORE=6.5; H_SCORE=14970; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A'; M= 26,-14,-14,-24,-14,-12, -8,-12,  2,-10,  2, 19,-14,-14, -6,-16, -2, -4,  4,-20,-12,-10;
/M: SY='T'; M=  0, -6,-19, -7, -4,-19,-14,-17,-16,-10,-22,-16, -3, 21, -7,-13, 17, 23,-12,-33,-19, -7;
/M: SY='Q'; M=-10,  2,-27, -7, -1,-22,-20, -2,  1, -5,-11,  0, 11,-16, 18, -5, -3, -7,-12,-26,-10,  7;
/M: SY='A'; M= 23,-12,-10,-16,-12,-14, -8,-20, -2,-13,-11, -8, -9,-16,-12,-17, 14,  6, 11,-29,-17,-12;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='T'; M= -9, -9,-22,-17,-14,-10,-26, 10,  3,-16, -3,  2, -4,-16, -8,-14, -1, 12,  1,-27,  2,-14;
/M: SY='C'; M=-13,  2, 73,  2,-14,-26,-24,-21,-33,-21,-23,-23, -7,-31,-21,-24, -7,-10,-16,-47,-27,-17;
/M: SY='F'; M=-17,  2,-26,  3, -3, 12,-21,-11,-21,  4,-14,-12, -3,-18,-13, -1,-11,-10,-15,-13,  3, -6;
/M: SY='T'; M= -3,  0,-16, -7, -1,-19,-20,-11,-13, -4,-13, -7,  0,-10, 12, -4, 14, 31, -9,-27,-10,  6;
/M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-17, 10, 59,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-21,-12,-14,-18, 23,-11,-17,-14,-16,  2, -2,-17, -8,-14,  7, -5,-13,-26,-18,-11;
/M: SY='N'; M=-10,  0,-23, -6, -5,-11,-18, -8, -7,  2,  2, -1,  7,-21, -5,  0,-12, -7,-11,-26, -9, -5;
/M: SY='D'; M=-20, 28,-30, 42,  7,-18,-16,  6,-27, -3,-21,-21,  7,-16, -3,-10, -6,-10,-24,-18, 12,  1;
/M: SY='L'; M= -4,-22,-19,-24,-17,  0,-24,-19, 15,-24, 21,  9,-17,-22,-14,-19, -8, -2,  9,-26, -6,-17;
/M: SY='C'; M=-17,-19, 15,-25,-18, 12,-26,-15,-21, -6,-11,-10,-12,-29,-17, 14,-13,-10,-11,-19, -3,-18;
/M: SY='K'; M= -7, -3,-30, -3,  1,-30,  8,-13,-33, 28,-30,-13,  0,-13,  1, 14, -7,-13,-23,-20,-16,  1;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='H'; M= -6, -3,-18, -3, -6,-15, 13, 26,-21, -9,-15, -6,  3,-12, -2, -6, -3,-12,-18,-15, -2, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='N'; M=  0, 13, -9,  6,  0,-12,  0,  0,-12, -3,-18,-12, 22, -9,  0, -3, 14,  6,-12,-24,-12,  0; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='E'; M= -7, -5,-21, -4, 15,-12,-23,-12, -9, -8,  5, -5, -9,-12, -1, -9, -4,  7, -9,-27,-11,  7;
/M: SY='C'; M= -2, -6, 22,-10, -8,-20,-16,-18,-23, -3,-23,-16, -2,-18, -8, -7, 12, 11,-10,-37,-19, -8;
/M: SY='N'; M=  9, 11,-17,  5, 10,-22, -4, -5,-20, -3,-24,-18, 18,-11,  2, -7, 18,  4,-17,-34,-20,  6;
/M: SY='D'; M=-14,  8,-24, 16, -1,-22,-19, -9,-15,  2,-15,-12, -1,-19, -7,  9, -6, -7, -2,-31,-14, -5;
/M: SY='V'; M= -2,-18,-16,-18,-18,  2,-21,-10,  6,-14, -5, -2,-15,-24,-15,-14,  3,  4, 14,-16, 12,-18;
/M: SY='L'; M= -7,-12,-20,-15, -6,-10,-24,-12, -1,-13, 12,  5,-12,-18,  5, -8, -6,  9, -4,-23, -6,  0;
/M: SY='C'; M=  9,-17, 79,-27,-24,-20,-21,-27,-24,-24,-17,-17,-17,-31,-24,-27, -4, -7, -7,-41,-27,-24;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='A'; M= 40,-10,-14,-18,-12,-22, 15,-20,-16,-12,-14,-12, -8,-12,-12,-20,  8, -4, -6,-20,-22,-12;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-28, -4,-16,-28, 56,-14,-36,-16,-30,-20, 12,-20,-16,-16,  2,-16,-30,-24,-28,-16;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-26,-28,-22,-12, -6,-26,-20,  4,-22, 18,  4,-26, 19,-16,-20,-22,-10, -6,-24,-12,-16;
/M: SY='L'; M=-10,-10,-20,-16,-14,  2,-22,-12,  9,-22, 28,  9, -5,-27,-14,-14,-19, -7, -1,-26, -6,-14;
/M: SY='P'; M=-12, -1,-34, -1,  7,-19,-14, -9,-22, -5,-26,-20,  3, 17, -3,-10, -8,-11,-30,  2,-13,  1;
/M: SY='E'; M=-13, -7,-27, -8, 10,  3,-23, -7,-19,  9,-13, -7, -6,-14,  6,  4, -9,-10,-18,-13,  1, 10;
/M: SY='A'; M= 22,-18,-14,-28,-18, 21,-12,-20, -6,-18, -2, -6,-14,-18,-22,-20, -2, -4,  0, -8,  0,-18;
/M: SY='E'; M= -8, -1,-26,  2, 18,-16,-18, -1,-22, 13,-21,-13, -2,-11,  7,  4,  2, -4,-19,-18,  2, 11;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-16,-33,-30,  0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30;
/M: SY='F'; M=-11,-18,-19,-23,-18, 38,-21, -8, -6,-19, -5, -6,-11,-24,-21,-15, -1, -1, -5, -2, 25,-18;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S'; M= -3, 18,-16, 15,  1,-21, -8, -7,-21, -6,-24,-19, 19,-12, -3, -8, 20, 19,-15,-37,-17, -1;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='H'; M=-11,-17,-27,-19,-16, -9, -9, 16, -1,-22,  6,  6, -9,-23,-11,-16,-16,-15, -6,-23,  0,-16;
/M: SY='F'; M= -8,-24,-23,-28,-27, 13,  0,-24,  3,-25, -1,  0,-16,-25,-28,-22,-12,-11,  7,-14, -3,-27;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='R'; M= 11, -4,-22, -6, 13,-23,-12, -8,-22,  8,-16,-13, -4,-10,  5, 14,  1, -6,-15,-23,-17,  7;
/M: SY='S'; M=  1, 16,-16, 22,  6,-26, -3, -7,-26, -7,-30,-23, 13,-10,  0,-10, 27, 11,-16,-40,-20,  3;
/M: SY='S'; M=  4,-12,-12,-12,-10,-10,-12,-16, -2,-16, -6, -6, -6,-18,-10,-14, 16, 10,  7,-34,-14,-10;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='S'; M=  4, -6,-19, -3,  0,-23, -6,-13,-20,-10,-30,-20,  1, 22, -3,-13, 24, 11,-16,-37,-23, -3;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-23,-35,-27,  3,-35,-27, 37,-28, 28, 18,-25,-25,-22,-25,-21, -8, 28,-22, -2,-27;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -9,-13,-27,-16,-14,-18, 16, -8,-18, -3,-11,  8, -6,-20, -5,  8, -9,-14,-15,-20,-15,-11;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='A'; M= 34,-10,-16,-17,-13,-23, 22,-20,-19,-13,-16,-13, -7,-13,-13,-20,  7, -6, -9,-20,-23,-13;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-19,-35,-30,  0,-35,-30, 39,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 41,-25, -5,-30;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='R'; M=  2,-13,-24,-16, -9, -6,-16, -1,-15,  6,-11, -7, -9,-20, -2, 19, -6, -7,-11, -6, 12, -9;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-37,-30,  0,-37,-30, 44,-27, 17, 17,-23,-23,-23,-27,-17, -7, 36,-23, -3,-30;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='B'; M= -7, 27,-19, 24,  4,-24, -7, -3,-24, -4,-26,-21, 27,-13, -2, -7, 15, 11,-20,-38,-18,  1;
/M: SY='B'; M=-10, 30,-20, 25,  2,-22, -9, -2,-22, -3,-24,-20, 30,-14, -3, -6, 10, 13,-21,-37,-17,  0;
/M: SY='R'; M=  3,-14,-19,-16, -8,-11,-15,-12, -8, -5,  2, -3, -9,-19, -5,  7, -2, -2, -5,-24,-11, -8;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Q'; M=  2,-15,-25,-14, -1,-20,-19,-11, -7, -9, -1, -1,-15,  5,  9,-11, -9, -8,-13,-22,-13,  3;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-16,-33,-30,  0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30;
/M: SY='R'; M=-11, 10,-24, 15,  6,-26,-11, -3,-30,  9,-26,-19,  9,-14,  4, 22,  9, -1,-20,-32,-16,  3;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='T'; M= -6,-14,-18,-16,-13, -4,-25, -9,  3, -9, -4,  0,-14,-21, -3, -9, -2, 10,  8,-15,  9, -9;
/M: SY='T'; M= -7,-12,-22,-17,-11,-12,-22,-15,  1, -5, -8, -3, -4,-16, -5,  6,  3,  8,  2,-26, -9,-11;
/M: SY='N'; M= -4, -1,-17, -7, -8, -8,-12, -8, -4,-15,  2, -4,  8,-21, -8,-11,  3,  2, -7,-32,-12, -8;
/M: SY='P'; M= -7,-11,-34, -7, -2,-30,  5,-17,-29,  6,-30,-17, -8, 28, -6, -4, -7,-13,-27,-24,-24, -6;
/M: SY='G'; M= -3,-13,-27,-16,-20,-22, 45,-14,-23,-17,-16,  2, -6,-20,-14,-17, -6,-17,-19,-20,-22,-17;
/M: SY='I'; M= -9,-20,-24,-23,-14,-12,-29,-16, 14, -7,  1,  7,-15,-21, -1,  2,-11, -7, 13,-23, -7,-10;
/M: SY='P'; M=-10, -8,-36,  2, 24,-30,-20,-12,-24, -2,-26,-20,-12, 54,  2,-12, -6,-10,-30,-30,-26, 10;
/M: SY='Y'; M=-16,  2,-23, -9,-15, 24,-18,  5, -8,-12, -9, -8, 12,-26,-14, -9, -8, -6,-15, -4, 25,-15;
/M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-26,-23, 44,-30,  9,  0,-16,  3,  0,-20,-30,-18,-13,-20,-10, -7, 24, 66,-23;
/M: SY='E'; M= -3, -9,-22, -4, 11,-20,-19,-14, -9, -6,-16,-12,-10,  7, -4,-12,  4, -1, -3,-32,-19,  2;
/M: SY='S'; M= 12, -2,-16, -4,  1,-23, -6,-12,-21,  7,-26,-15,  3,-10,  1, -1, 20,  8,-11,-31,-17,  1;
/M: SY='S'; M=  6,-12,-10,-12,-12,-12,-12,-18,  0,-14,-14, -8, -6,-18,-12,-14, 20, 12, 14,-36,-16,-12;
/M: SY='H'; M=-14,  1,-27,  5,  3,-20,-21, 16,-14, -9,  0,  0, -3,-18, 12, -6,-11,-12,-17,-26, -3,  7;
/M: SY='A'; M= 33, -7,-16,-14, -4,-23, -6,-17,-16,  7,-16,-10, -7,-10, -4, -6,  4, -3, -6,-20,-17, -4;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='G'; M= -3,  6,-27, -1,-14,-27, 48,-11,-34,-14,-30,-20, 19,-20,-14,-14,  3,-14,-30,-26,-27,-14;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-21,-34,-27,  3,-34,-27, 35,-27, 25, 17,-26,-26,-23,-24,-20, -7, 31,-23, -3,-27;
/M: SY='Q'; M= -7,  0,-24, -3,  8,-28,-20, -5,-20, 15,-20, -6,  0,-10, 24,  9,  4,  9,-18,-23,-10, 16;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='L'; M= -7,-18,-21,-18, -7,-13,-26,-11,  7,-11,  9,  9,-18,-22,  9, -8,-12, -7,  6,-23, -7,  1;
/M: SY='V'; M=  1,-20,-12,-22,-20, -6,-20,-18, 14,-15,  1, 12,-17,-22,-15,-15,  2,  3, 25,-31,-11,-17;
/M: SY='G'; M= -7,-15,-26,-15,-12,-14,  4,-17,-13, -5,  2, -1,-12,-21,-12, -6,-15,-13,-11,-20,-12,-12;
/M: SY='H'; M= -8, -6,-22, -6, -6, -6,-15, 33,-18,-10,-18, -8,  2,-19,  0, -7,  7, -1,-16,-17, 21, -6;
/M: SY='R'; M=-14,-14,-27,-14, -4,-13,-23, -9,-14, 17, -1, -1, -9,-20,  1, 30,-16,-10,-11,-20, -7, -4;
/M: SY='W'; M=-14,-31,-41,-32,-22, -4,-26,-27,  2,-20,-10, -7,-28,  7,-17,-23,-25,-18,-11, 46,  4,-20;
/M: SY='A'; M= 12,-11,-13,-13, -8,-11, -9,-15, -5,-16, -1, -5, -7,-16, -8,-15, 12,  7, -2,-30,-14, -8;
/M: SY='S'; M= 12, -2,-16, -4,  4,-26, -6, -6,-18, -4,-23,-12,  3,-10, 17, -6, 21,  6,-14,-29,-17, 11;
/M: SY='S'; M=  7, -9,-10, -9, -9,-14, -9,-16, -4,-13,-17,-11, -3,-16, -9,-13, 24, 14,  9,-37,-17, -9;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 28 in 21 different sequences
Number of true positive hits 28 in 21 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] LCCL
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
21 sequences

COCH_BOVIN  (Q5EA64), COCH_CHICK  (O42163), COCH_HUMAN  (O43405), 
COCH_MOUSE  (Q62507), CRLD1_CHICK (Q98ST5), CRLD1_HUMAN (Q9H336), 
CRLD1_MOUSE (Q8CGD2), CRLD2_BOVIN (A6QLZ7), CRLD2_HUMAN (Q9H0B8), 
CRLD2_MOUSE (Q8BZQ2), CRLD2_XENTR (Q4V9Y5), DCBD1_HUMAN (Q8N8Z6), 
DCBD1_MOUSE (Q9D4J3), DCBD2_HUMAN (Q96PD2), DCBD2_MOUSE (Q91ZV3), 
DCBD2_RAT   (Q91ZV2), LFC_CARRO   (Q26422), LFC_TACTR   (P28175), 
VITRN_BOVIN (Q95LI2), VITRN_HUMAN (Q6UXI7), VITRN_MOUSE (Q8VHI5)
» More

PDB
[Detailed view]
1 PDB

1JBI

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission