PROSITE logo

PROSITE entry PS50829


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] GYF
Accession [info] PS50829
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-MAY-2003 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50829
Associated ProRule [info] PRU00101

Name and characterization of the entry

Description [info] GYF domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5905614; R2=0.0145686; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3298.2163086; R2=1.9189190; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=406; H_SCORE=4077; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=269; H_SCORE=3814; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -9,  8,-26, 12, 16,-22,-16, -4,-22,  2,-19,-15,  3,  0,  3, -5,  1, -2,-20,-27,-11,  8;
/M: SY='V';  M= -6,-11,-21,-12, -1, -9,-22, -8, -4, -3, -4,  0,-10,-17, -4, -5, -4, -2,  1,-25, -7, -3;
/M: SY='M';  M= -6,-13,-20,-17,-10,-10,-23,-10,  4, -9,  6,  8,-11,-20, -2, -8, -7,  0,  3,-25, -6, -6;
/M: SY='W';  M=-19,-34,-41,-35,-27, 15,-22,-16,-14,-20,-12,-12,-32,-29,-20,-18,-33,-24,-21,101, 29,-20;
/M: SY='H';  M=-14,-11,-26,-13, -5,  3,-16, 10,-11, -9, -1,  1, -7,-21, -3, -4,-13,-12,-14,-13, 10, -5;
/M: SY='Y';  M=-19,-23,-27,-25,-22, 36,-29,  9,  3,-15,  7,  5,-21,-29,-16,-13,-21,-10, -6, 20, 60,-21;
/M: SY='K';  M=-10, -7,-28, -9,  1,-21,-20,-12,-14, 23,-15, -2, -5,-14,  3, 18,-10, -7,-11,-21, -9,  1;
/M: SY='D';  M=-18, 15,-36, 26,  3,-22,-11, -7,-31, -6,-25,-23, -1,-17, -2,-12,-12,-16,-29, 18, -1,  1;
/M: SY='P';  M= -8, -9,-30, -3,  5,-24,-19,-16,-18, -6,-21,-16,-11, 41, -5,-13, -2,  0,-21,-30,-22, -3;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Q';  M= -6,  6,-24,  3,  5,-25,-13, -1,-20,  4,-21,-11,  8,-13, 18,  3,  2, -2,-22,-13,-10, 12; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-25, -5, -7,-25, 29,-14,-29, -5,-25,-16,  0, -6, -9, -9,  1,-10,-23,-21,-22, -8; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-25,  6, 18,-24,-18, -6,-19,  9,-16,-11,  3,-11, 10,  3,  0, -2,-17,-28,-14, 14;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='V';  M= -8,-15,-21,-18,-17, -4,-28,-18, 15,-13,  5,  5,-14,-20,-15,-13, -9,  1, 16,-20,  0,-18; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H';  M=-15, -6,-29, -6,  4,-15,-22, 32,-19,  0,-15,  0, -2,-17, 27,  5, -7,-13,-24,-13, 13, 14;
/M: SY='G';  M= -2,-12,-29,-12,-21,-22, 62,-20,-37,-21,-27,-18, -2,-21,-22,-20, -2,-19,-28,-18,-25,-21;
/M: SY='P';  M=-10,-21,-38,-12, -2,-27,-21,-20,-17,-12,-24,-17,-21, 81,-11,-20,-12,-10,-27,-29,-28,-11;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-34,-27, 65,-30, -8,  0,-24,  7,  0,-20,-30,-31,-17,-20,-10, -3, 16, 45,-27;
/M: SY='T';  M=  2, -4,-15, -8, -8,-16, -5,-15,-13,-12,-18,-11,  2, -7, -7,-12, 21, 23, -6,-32,-16, -8;
/M: SY='S';  M=  3, -2,-18, -6, -8,-15, -2,-12,-12,-10, -8, -6,  2,-16, -8,-11,  5,  5, -9,-28,-15, -8;
/M: SY='D';  M= -3,  4,-20,  6,  1,-17,-15, -6,-14, -4,-15,-11,  1,-15,  1, -8,  6,  3, -9,-25, -5,  0;
/M: SY='Q';  M= -7, 13,-25, 16, 18,-31,-14,  0,-23,  5,-21,-11,  8,-10, 20, -1,  4, -3,-23,-29,-15, 19;
/M: SY='M';  M=-10,-23,-22,-30,-21,  1,-27, -5, 23,-19, 23, 36,-21,-23, -9,-16,-21,-10, 13,-21,  1,-17;
/M: SY='Q';  M= -2, -7,-21, -9, -2,-18,-16, -6,-10, -2,-10, -5, -1,-15,  6,  2,  4,  1, -9,-27,-11,  1;
/M: SY='Q';  M= -4, -4,-24, -5,  3,-14,-16, -3,-16,  3,-15, -8, -5,-15,  8,  0, -1, -2,-14,-15,  2,  5;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='F';  M= -7,-10,-17,-14,-13, 12,-12, -6, -7,-12, -7, -6, -4,-19,-13,-10,  0,  2, -6, -9, 12,-13; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='Q';  M=-10,  5,-24,  5, 11,-22,-15,  0,-18,  6,-18, -8,  6,-11, 19,  9,  1, -6,-19,-22,-10, 14; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='A';  M= 12,  1,-19,  0, 10,-24, -3,-10,-21,  3,-18,-13, -1, -8,  3, -5,  5, -3,-15,-23,-17,  7; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='G';  M=  1, -5,-27, -6,-10,-28, 51,-16,-35,-15,-28,-20,  3,-17,-14,-17,  4,-14,-27,-23,-27,-12;
/M: SY='Y';  M=-20,-19,-29,-20,-19, 29,-29, 24, -2,-11, -1,  0,-18,-29,-10,-10,-19,-11,-11, 24, 73,-19;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='P';  M= -1, -5,-22, -7, -6,-21, -3,-16,-18, -3,-21,-14, -1,  8, -8, -8,  5,  7,-14,-27,-19, -8; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='D';  M= -7, 14,-18, 16,  3,-20, -4,  0,-18, -2,-19,-14, 12, -7, -2, -5,  5,  0,-16,-26,-12,  0; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='R';  M=  0, -5,-13, -5, -1,-11, -2, -7, -9,  0, -8, -3, -3, -9, -2,  1,  1, -1, -5,-15, -9, -2; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='P';  M= -4, -2,-23,  0, -1,-21,-10,-14,-15, -3,-19,-13, -2,  6, -7, -9,  2,  0, -9,-30,-18, -5; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='L';  M= -5,-16,-17,-18,-13,  2,-20,  0,  7,-17, 17,  8,-14,-19,-10,-12,-13, -4,  2,-13,  7,-13; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='Q';  M= -7, -7,-19, -6,  6,-20,-22, -5,-11, -1, -9, -3, -9,-14, 16, -1, -6, -8,-12,-22, -8, 10;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='L';  M= -6,-22,-19,-25,-18,  4,-25,-18, 12,-12, 14, 10,-19,-23,-16, -7,-15, -7, 14,-18, -2,-17; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R';  M=-13, -9,-22,-10,  0,-11,-21, -8,-23, 22,-19, -8, -4,-18,  3, 30, -8, -8,-15,-19, -6,  0;
/M: SY='R';  M=-14,-15,-18,-17,-13, -6,-26, -6, -2, -6,  2,  1,-11,-23, -9,  9,-14, -7,  0,-23, -4,-13;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='W';  M= -3,-14,-22,-16,-12,  0,-11,-14, -6,-13, -5, -4,-13,-16, -9,-13, -8, -6, -8, 16,  1,-10; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='H';  M= -6,  1,-19,  0,  2,-15, -7,  4,-14,  1,-11, -4,  3, -7,  1,  2, -2, -6,-13,-21, -9,  1; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='A';  M=  8, -6,-15, -8, -2,-15, -4,-12,-13, -5,-12, -9, -5,  3, -5, -5,  5,  4, -9,-20,-14, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='D';  M= -6,  7,-19,  8, -3,-19,  8, -4,-19, -7,-19,-14,  8, -3, -7, -9,  2, -4,-16,-24,-15, -6; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-20,  0,  7,-17,  3, -5,-18, -1,-15, -9,  3, -1,  0, -1, -1, -5,-17,-19,-15,  2; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='B';  M= -6, 15,-18, 15,  8,-22,  1, -1,-21,  2,-20,-14, 14, -9,  5, -2,  4, -5,-20,-23,-14,  7; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-15, -1,  8,-14,-10,  3,-12, -2,-12, -5, -1,  4,  6, -4,  3,  2,-12,-18, -8,  6; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='W';  M= -8, -5,-18, -4,  0, -4,-11, -3, -9, -7, -5, -6, -5, -2, -5, -7, -9, -8,-12,  4, -2, -2; D=-7;
/I:         I=-7; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15;
/M:         M= -5, -8,-20, -8, -3, -4, -1, -9,-15, -7,-11, -7, -6,-14, -6, -6, -3, -7,-13, -3, -3, -4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='Y';  M=  0,-11,-12,-14, -8, -1,-17, -9, -3,-12, -7, -6, -7,-10,-10,-14, -1, -3, -3,-14,  3,-10; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='N';  M= -5,  2,-18, -1, -4, -8,-15, -2, -7, -8,-10, -8,  4,-10, -8,-10, -1,  0, -5,-24, -8, -6; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='L';  M= -6, -4,-19, -3, -1,-12,-12, -9, -5,-11,  2, -3, -4,-12, -3,-10, -5, -5, -6,-24,-11, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='T';  M= -5, -3,-17, -6, -3,-10,-13, -9, -6, -6, -4, -5,  2,-15, -5, -3,  1,  3, -6,-25,-10, -4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='F';  M=-11,-16, -8,-23,-20, 18,-25,-14, -1,-14, -1, -3,-12,-24,-20, -8, -7,  4,  3,-12, 10,-20; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-19, -3, -3,-21,-18, -6,-11,  0,-11, -5, -4,-17,  3, -3, -7, -9,-11,-24, -8, -1;
/M: SY='T';  M= -3, -2,-21, -1, -3,-15,-16, -6,-15, -7,-12,-10, -3, -7, -3, -5,  2,  4,-11,-27,-10, -4;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-14,-32,-24, 16,-26,-22, 15,-29, 31, 12,-25,-29,-24,-22,-24,-11,  8,-17,  2,-24;
/M: SY='G';  M=  0,  0,-24,  1, -9,-25, 21,-13,-25,-11,-22,-13,  2,-10,-10,-12,  3, -9,-18,-27,-22,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.


Total number of hits 22 in 22 different sequences
Number of true positive hits 22 in 22 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GYF
Version [info] 6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
22 sequences

ATXR7_ARATH (F4K1J4), C3H19_ARATH (Q9SIV5), C3H44_ARATH (Q9SD34), 
CD2B2_DROME (Q9VKV5), CD2B2_HUMAN (O95400), CD2B2_MOUSE (Q9CWK3), 
EXA1_ARATH  (Q9FMM3), GGYF1_DROME (Q7KQM6), GGYF1_HUMAN (O75420), 
GGYF1_MOUSE (Q99MR1), GGYF2_DANRE (Q4KME6), GGYF2_HUMAN (Q6Y7W6), 
GGYF2_MOUSE (Q6Y7W8), GGYF2_XENLA (Q5U236), GYF1_CAEEL  (Q09237), 
LIN1_SCHPO  (O94693), LIN1_YEAST  (P38852), MPD2_SCHPO  (O36025), 
SAO1_CAEEL  (C6KRN1), SMY2_YEAST  (P32909), SYH1_YEAST  (Q02875), 
Y5843_ARATH (Q9FT92)
» more

PDB
[Detailed view]
15 PDB

1GYF; 1L2Z; 1SYX; 1WH2; 3FMA; 3K3V; 4BWS; 7RUP; 7RUQ; 8Q7Q; 8Q7V; 8Q7W; 8Q7X; 8Q91; 8RC0
» more