Entry: PS50829

General information about the entry

Entry name [info] GYF
Accession [info] PS50829
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50829
Associated ProRule [info] PRU00101

Name and characterization of the entry

Description [info] GYF domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5905614; R2=0.0145686; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1132.74797; R2=29.72033; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=406; N_SCORE=8.5; H_SCORE=11148; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=269; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9098; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M= -9,  8,-26, 12, 16,-22,-16, -4,-22,  2,-19,-15,  3,  0,  3, -5,  1, -2,-20,-27,-11,  8;
/M: SY='V'; M= -6,-11,-21,-12, -1, -9,-22, -8, -4, -3, -4,  0,-10,-17, -4, -5, -4, -2,  1,-25, -7, -3;
/M: SY='M'; M= -6,-13,-20,-17,-10,-10,-23,-10,  4, -9,  6,  8,-11,-20, -2, -8, -7,  0,  3,-25, -6, -6;
/M: SY='W'; M=-19,-34,-41,-35,-27, 15,-22,-16,-14,-20,-12,-12,-32,-29,-20,-18,-33,-24,-21,101, 29,-20;
/M: SY='H'; M=-14,-11,-26,-13, -5,  3,-16, 10,-11, -9, -1,  1, -7,-21, -3, -4,-13,-12,-14,-13, 10, -5;
/M: SY='Y'; M=-19,-23,-27,-25,-22, 36,-29,  9,  3,-15,  7,  5,-21,-29,-16,-13,-21,-10, -6, 20, 60,-21;
/M: SY='K'; M=-10, -7,-28, -9,  1,-21,-20,-12,-14, 23,-15, -2, -5,-14,  3, 18,-10, -7,-11,-21, -9,  1;
/M: SY='D'; M=-18, 15,-36, 26,  3,-22,-11, -7,-31, -6,-25,-23, -1,-17, -2,-12,-12,-16,-29, 18, -1,  1;
/M: SY='P'; M= -8, -9,-30, -3,  5,-24,-19,-16,-18, -6,-21,-16,-11, 41, -5,-13, -2,  0,-21,-30,-22, -3;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Q'; M= -6,  6,-24,  3,  5,-25,-13, -1,-20,  4,-21,-11,  8,-13, 18,  3,  2, -2,-22,-13,-10, 12; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G'; M= -1, -5,-25, -5, -7,-25, 29,-14,-29, -5,-25,-16,  0, -6, -9, -9,  1,-10,-23,-21,-22, -8; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -8,  5,-25,  6, 18,-24,-18, -6,-19,  9,-16,-11,  3,-11, 10,  3,  0, -2,-17,-28,-14, 14;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='V'; M= -8,-15,-21,-18,-17, -4,-28,-18, 15,-13,  5,  5,-14,-20,-15,-13, -9,  1, 16,-20,  0,-18; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H'; M=-15, -6,-29, -6,  4,-15,-22, 32,-19,  0,-15,  0, -2,-17, 27,  5, -7,-13,-24,-13, 13, 14;
/M: SY='G'; M= -2,-12,-29,-12,-21,-22, 62,-20,-37,-21,-27,-18, -2,-21,-22,-20, -2,-19,-28,-18,-25,-21;
/M: SY='P'; M=-10,-21,-38,-12, -2,-27,-21,-20,-17,-12,-24,-17,-21, 81,-11,-20,-12,-10,-27,-29,-28,-11;
/M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27, 65,-30, -8,  0,-24,  7,  0,-20,-30,-31,-17,-20,-10, -3, 16, 45,-27;
/M: SY='T'; M=  2, -4,-15, -8, -8,-16, -5,-15,-13,-12,-18,-11,  2, -7, -7,-12, 21, 23, -6,-32,-16, -8;
/M: SY='S'; M=  3, -2,-18, -6, -8,-15, -2,-12,-12,-10, -8, -6,  2,-16, -8,-11,  5,  5, -9,-28,-15, -8;
/M: SY='D'; M= -3,  4,-20,  6,  1,-17,-15, -6,-14, -4,-15,-11,  1,-15,  1, -8,  6,  3, -9,-25, -5,  0;
/M: SY='Q'; M= -7, 13,-25, 16, 18,-31,-14,  0,-23,  5,-21,-11,  8,-10, 20, -1,  4, -3,-23,-29,-15, 19;
/M: SY='M'; M=-10,-23,-22,-30,-21,  1,-27, -5, 23,-19, 23, 36,-21,-23, -9,-16,-21,-10, 13,-21,  1,-17;
/M: SY='Q'; M= -2, -7,-21, -9, -2,-18,-16, -6,-10, -2,-10, -5, -1,-15,  6,  2,  4,  1, -9,-27,-11,  1;
/M: SY='Q'; M= -4, -4,-24, -5,  3,-14,-16, -3,-16,  3,-15, -8, -5,-15,  8,  0, -1, -2,-14,-15,  2,  5;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='F'; M= -7,-10,-17,-14,-13, 12,-12, -6, -7,-12, -7, -6, -4,-19,-13,-10,  0,  2, -6, -9, 12,-13; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='Q'; M=-10,  5,-24,  5, 11,-22,-15,  0,-18,  6,-18, -8,  6,-11, 19,  9,  1, -6,-19,-22,-10, 14; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='A'; M= 12,  1,-19,  0, 10,-24, -3,-10,-21,  3,-18,-13, -1, -8,  3, -5,  5, -3,-15,-23,-17,  7; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='G'; M=  1, -5,-27, -6,-10,-28, 51,-16,-35,-15,-28,-20,  3,-17,-14,-17,  4,-14,-27,-23,-27,-12;
/M: SY='Y'; M=-20,-19,-29,-20,-19, 29,-29, 24, -2,-11, -1,  0,-18,-29,-10,-10,-19,-11,-11, 24, 73,-19;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='P'; M= -1, -5,-22, -7, -6,-21, -3,-16,-18, -3,-21,-14, -1,  8, -8, -8,  5,  7,-14,-27,-19, -8; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='D'; M= -7, 14,-18, 16,  3,-20, -4,  0,-18, -2,-19,-14, 12, -7, -2, -5,  5,  0,-16,-26,-12,  0; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='R'; M=  0, -5,-13, -5, -1,-11, -2, -7, -9,  0, -8, -3, -3, -9, -2,  1,  1, -1, -5,-15, -9, -2; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='P'; M= -4, -2,-23,  0, -1,-21,-10,-14,-15, -3,-19,-13, -2,  6, -7, -9,  2,  0, -9,-30,-18, -5; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='L'; M= -5,-16,-17,-18,-13,  2,-20,  0,  7,-17, 17,  8,-14,-19,-10,-12,-13, -4,  2,-13,  7,-13; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='Q'; M= -7, -7,-19, -6,  6,-20,-22, -5,-11, -1, -9, -3, -9,-14, 16, -1, -6, -8,-12,-22, -8, 10;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='L'; M= -6,-22,-19,-25,-18,  4,-25,-18, 12,-12, 14, 10,-19,-23,-16, -7,-15, -7, 14,-18, -2,-17; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R'; M=-13, -9,-22,-10,  0,-11,-21, -8,-23, 22,-19, -8, -4,-18,  3, 30, -8, -8,-15,-19, -6,  0;
/M: SY='R'; M=-14,-15,-18,-17,-13, -6,-26, -6, -2, -6,  2,  1,-11,-23, -9,  9,-14, -7,  0,-23, -4,-13;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='W'; M= -3,-14,-22,-16,-12,  0,-11,-14, -6,-13, -5, -4,-13,-16, -9,-13, -8, -6, -8, 16,  1,-10; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='H'; M= -6,  1,-19,  0,  2,-15, -7,  4,-14,  1,-11, -4,  3, -7,  1,  2, -2, -6,-13,-21, -9,  1; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='A'; M=  8, -6,-15, -8, -2,-15, -4,-12,-13, -5,-12, -9, -5,  3, -5, -5,  5,  4, -9,-20,-14, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='D'; M= -6,  7,-19,  8, -3,-19,  8, -4,-19, -7,-19,-14,  8, -3, -7, -9,  2, -4,-16,-24,-15, -6; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E'; M= -6,  0,-20,  0,  7,-17,  3, -5,-18, -1,-15, -9,  3, -1,  0, -1, -1, -5,-17,-19,-15,  2; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='B'; M= -6, 15,-18, 15,  8,-22,  1, -1,-21,  2,-20,-14, 14, -9,  5, -2,  4, -5,-20,-23,-14,  7; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E'; M= -4, -2,-15, -1,  8,-14,-10,  3,-12, -2,-12, -5, -1,  4,  6, -4,  3,  2,-12,-18, -8,  6; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='W'; M= -8, -5,-18, -4,  0, -4,-11, -3, -9, -7, -5, -6, -5, -2, -5, -7, -9, -8,-12,  4, -2, -2; D=-7;
/I:         I=-7; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15;
/M:         M= -5, -8,-20, -8, -3, -4, -1, -9,-15, -7,-11, -7, -6,-14, -6, -6, -3, -7,-13, -3, -3, -4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='Y'; M=  0,-11,-12,-14, -8, -1,-17, -9, -3,-12, -7, -6, -7,-10,-10,-14, -1, -3, -3,-14,  3,-10; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='N'; M= -5,  2,-18, -1, -4, -8,-15, -2, -7, -8,-10, -8,  4,-10, -8,-10, -1,  0, -5,-24, -8, -6; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='L'; M= -6, -4,-19, -3, -1,-12,-12, -9, -5,-11,  2, -3, -4,-12, -3,-10, -5, -5, -6,-24,-11, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='T'; M= -5, -3,-17, -6, -3,-10,-13, -9, -6, -6, -4, -5,  2,-15, -5, -3,  1,  3, -6,-25,-10, -4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='F'; M=-11,-16, -8,-23,-20, 18,-25,-14, -1,-14, -1, -3,-12,-24,-20, -8, -7,  4,  3,-12, 10,-20; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='Q'; M= -8, -3,-19, -3, -3,-21,-18, -6,-11,  0,-11, -5, -4,-17,  3, -3, -7, -9,-11,-24, -8, -1;
/M: SY='T'; M= -3, -2,-21, -1, -3,-15,-16, -6,-15, -7,-12,-10, -3, -7, -3, -5,  2,  4,-11,-27,-10, -4;
/M: SY='L'; M=-11,-28,-14,-32,-24, 16,-26,-22, 15,-29, 31, 12,-25,-29,-24,-22,-24,-11,  8,-17,  2,-24;
/M: SY='G'; M=  0,  0,-24,  1, -9,-25, 21,-13,-25,-11,-22,-13,  2,-10,-10,-12,  3, -9,-18,-27,-22,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 20 in 20 different sequences
Number of true positive hits 20 in 20 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GYF
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
20 sequences

ATXR7_ARATH (F4K1J4), C3H19_ARATH (Q9SIV5), C3H44_ARATH (Q9SD34), 
CD2B2_DROME (Q9VKV5), CD2B2_HUMAN (O95400), CD2B2_MOUSE (Q9CWK3), 
LIN1_SCHPO  (O94693), LIN1_YEAST  (P38852), MPD2_SCHPO  (O36025), 
PERQ1_DROME (Q7KQM6), PERQ1_HUMAN (O75420), PERQ1_MOUSE (Q99MR1), 
PERQ2_DANRE (Q4KME6), PERQ2_HUMAN (Q6Y7W6), PERQ2_MOUSE (Q6Y7W8), 
PERQ2_XENLA (Q5U236), SMY2_YEAST  (P32909), SYH1_YEAST  (Q02875), 
Y5843_ARATH (Q9FT92), YQ83_CAEEL  (Q09237)
» More

PDB
[Detailed view]
7 PDB

1GYF; 1L2Z; 1SYX; 1WH2; 3FMA; 3K3V; 4BWS

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission