PROSITE entry PS50829
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | GYF |
| Accession [info] | PS50829 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAY-2003 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50829 |
| Associated ProRule [info] | PRU00101 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | GYF domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5905614; R2=0.0145686; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3298.2163086; R2=1.9189190; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=406; H_SCORE=4077; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=269; H_SCORE=3814; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -9, 8,-26, 12, 16,-22,-16, -4,-22, 2,-19,-15, 3, 0, 3, -5, 1, -2,-20,-27,-11, 8; /M: SY='V'; M= -6,-11,-21,-12, -1, -9,-22, -8, -4, -3, -4, 0,-10,-17, -4, -5, -4, -2, 1,-25, -7, -3; /M: SY='M'; M= -6,-13,-20,-17,-10,-10,-23,-10, 4, -9, 6, 8,-11,-20, -2, -8, -7, 0, 3,-25, -6, -6; /M: SY='W'; M=-19,-34,-41,-35,-27, 15,-22,-16,-14,-20,-12,-12,-32,-29,-20,-18,-33,-24,-21,101, 29,-20; /M: SY='H'; M=-14,-11,-26,-13, -5, 3,-16, 10,-11, -9, -1, 1, -7,-21, -3, -4,-13,-12,-14,-13, 10, -5; /M: SY='Y'; M=-19,-23,-27,-25,-22, 36,-29, 9, 3,-15, 7, 5,-21,-29,-16,-13,-21,-10, -6, 20, 60,-21; /M: SY='K'; M=-10, -7,-28, -9, 1,-21,-20,-12,-14, 23,-15, -2, -5,-14, 3, 18,-10, -7,-11,-21, -9, 1; /M: SY='D'; M=-18, 15,-36, 26, 3,-22,-11, -7,-31, -6,-25,-23, -1,-17, -2,-12,-12,-16,-29, 18, -1, 1; /M: SY='P'; M= -8, -9,-30, -3, 5,-24,-19,-16,-18, -6,-21,-16,-11, 41, -5,-13, -2, 0,-21,-30,-22, -3; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='Q'; M= -6, 6,-24, 3, 5,-25,-13, -1,-20, 4,-21,-11, 8,-13, 18, 3, 2, -2,-22,-13,-10, 12; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='G'; M= -1, -5,-25, -5, -7,-25, 29,-14,-29, -5,-25,-16, 0, -6, -9, -9, 1,-10,-23,-21,-22, -8; D=-11; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='E'; M= -8, 5,-25, 6, 18,-24,-18, -6,-19, 9,-16,-11, 3,-11, 10, 3, 0, -2,-17,-28,-14, 14; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='V'; M= -8,-15,-21,-18,-17, -4,-28,-18, 15,-13, 5, 5,-14,-20,-15,-13, -9, 1, 16,-20, 0,-18; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='H'; M=-15, -6,-29, -6, 4,-15,-22, 32,-19, 0,-15, 0, -2,-17, 27, 5, -7,-13,-24,-13, 13, 14; /M: SY='G'; M= -2,-12,-29,-12,-21,-22, 62,-20,-37,-21,-27,-18, -2,-21,-22,-20, -2,-19,-28,-18,-25,-21; /M: SY='P'; M=-10,-21,-38,-12, -2,-27,-21,-20,-17,-12,-24,-17,-21, 81,-11,-20,-12,-10,-27,-29,-28,-11; /M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27, 65,-30, -8, 0,-24, 7, 0,-20,-30,-31,-17,-20,-10, -3, 16, 45,-27; /M: SY='T'; M= 2, -4,-15, -8, -8,-16, -5,-15,-13,-12,-18,-11, 2, -7, -7,-12, 21, 23, -6,-32,-16, -8; /M: SY='S'; M= 3, -2,-18, -6, -8,-15, -2,-12,-12,-10, -8, -6, 2,-16, -8,-11, 5, 5, -9,-28,-15, -8; /M: SY='D'; M= -3, 4,-20, 6, 1,-17,-15, -6,-14, -4,-15,-11, 1,-15, 1, -8, 6, 3, -9,-25, -5, 0; /M: SY='Q'; M= -7, 13,-25, 16, 18,-31,-14, 0,-23, 5,-21,-11, 8,-10, 20, -1, 4, -3,-23,-29,-15, 19; /M: SY='M'; M=-10,-23,-22,-30,-21, 1,-27, -5, 23,-19, 23, 36,-21,-23, -9,-16,-21,-10, 13,-21, 1,-17; /M: SY='Q'; M= -2, -7,-21, -9, -2,-18,-16, -6,-10, -2,-10, -5, -1,-15, 6, 2, 4, 1, -9,-27,-11, 1; /M: SY='Q'; M= -4, -4,-24, -5, 3,-14,-16, -3,-16, 3,-15, -8, -5,-15, 8, 0, -1, -2,-14,-15, 2, 5; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='F'; M= -7,-10,-17,-14,-13, 12,-12, -6, -7,-12, -7, -6, -4,-19,-13,-10, 0, 2, -6, -9, 12,-13; D=-13; /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='Q'; M=-10, 5,-24, 5, 11,-22,-15, 0,-18, 6,-18, -8, 6,-11, 19, 9, 1, -6,-19,-22,-10, 14; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='A'; M= 12, 1,-19, 0, 10,-24, -3,-10,-21, 3,-18,-13, -1, -8, 3, -5, 5, -3,-15,-23,-17, 7; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='G'; M= 1, -5,-27, -6,-10,-28, 51,-16,-35,-15,-28,-20, 3,-17,-14,-17, 4,-14,-27,-23,-27,-12; /M: SY='Y'; M=-20,-19,-29,-20,-19, 29,-29, 24, -2,-11, -1, 0,-18,-29,-10,-10,-19,-11,-11, 24, 73,-19; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='P'; M= -1, -5,-22, -7, -6,-21, -3,-16,-18, -3,-21,-14, -1, 8, -8, -8, 5, 7,-14,-27,-19, -8; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='D'; M= -7, 14,-18, 16, 3,-20, -4, 0,-18, -2,-19,-14, 12, -7, -2, -5, 5, 0,-16,-26,-12, 0; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='R'; M= 0, -5,-13, -5, -1,-11, -2, -7, -9, 0, -8, -3, -3, -9, -2, 1, 1, -1, -5,-15, -9, -2; D=-11; /I: I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='P'; M= -4, -2,-23, 0, -1,-21,-10,-14,-15, -3,-19,-13, -2, 6, -7, -9, 2, 0, -9,-30,-18, -5; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='L'; M= -5,-16,-17,-18,-13, 2,-20, 0, 7,-17, 17, 8,-14,-19,-10,-12,-13, -4, 2,-13, 7,-13; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='Q'; M= -7, -7,-19, -6, 6,-20,-22, -5,-11, -1, -9, -3, -9,-14, 16, -1, -6, -8,-12,-22, -8, 10; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='L'; M= -6,-22,-19,-25,-18, 4,-25,-18, 12,-12, 14, 10,-19,-23,-16, -7,-15, -7, 14,-18, -2,-17; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='R'; M=-13, -9,-22,-10, 0,-11,-21, -8,-23, 22,-19, -8, -4,-18, 3, 30, -8, -8,-15,-19, -6, 0; /M: SY='R'; M=-14,-15,-18,-17,-13, -6,-26, -6, -2, -6, 2, 1,-11,-23, -9, 9,-14, -7, 0,-23, -4,-13; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='W'; M= -3,-14,-22,-16,-12, 0,-11,-14, -6,-13, -5, -4,-13,-16, -9,-13, -8, -6, -8, 16, 1,-10; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='H'; M= -6, 1,-19, 0, 2,-15, -7, 4,-14, 1,-11, -4, 3, -7, 1, 2, -2, -6,-13,-21, -9, 1; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='A'; M= 8, -6,-15, -8, -2,-15, -4,-12,-13, -5,-12, -9, -5, 3, -5, -5, 5, 4, -9,-20,-14, -4; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='D'; M= -6, 7,-19, 8, -3,-19, 8, -4,-19, -7,-19,-14, 8, -3, -7, -9, 2, -4,-16,-24,-15, -6; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='E'; M= -6, 0,-20, 0, 7,-17, 3, -5,-18, -1,-15, -9, 3, -1, 0, -1, -1, -5,-17,-19,-15, 2; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='B'; M= -6, 15,-18, 15, 8,-22, 1, -1,-21, 2,-20,-14, 14, -9, 5, -2, 4, -5,-20,-23,-14, 7; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='E'; M= -4, -2,-15, -1, 8,-14,-10, 3,-12, -2,-12, -5, -1, 4, 6, -4, 3, 2,-12,-18, -8, 6; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='W'; M= -8, -5,-18, -4, 0, -4,-11, -3, -9, -7, -5, -6, -5, -2, -5, -7, -9, -8,-12, 4, -2, -2; D=-7; /I: I=-7; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; /M: M= -5, -8,-20, -8, -3, -4, -1, -9,-15, -7,-11, -7, -6,-14, -6, -6, -3, -7,-13, -3, -3, -4; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='Y'; M= 0,-11,-12,-14, -8, -1,-17, -9, -3,-12, -7, -6, -7,-10,-10,-14, -1, -3, -3,-14, 3,-10; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='N'; M= -5, 2,-18, -1, -4, -8,-15, -2, -7, -8,-10, -8, 4,-10, -8,-10, -1, 0, -5,-24, -8, -6; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='L'; M= -6, -4,-19, -3, -1,-12,-12, -9, -5,-11, 2, -3, -4,-12, -3,-10, -5, -5, -6,-24,-11, -2; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='T'; M= -5, -3,-17, -6, -3,-10,-13, -9, -6, -6, -4, -5, 2,-15, -5, -3, 1, 3, -6,-25,-10, -4; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='F'; M=-11,-16, -8,-23,-20, 18,-25,-14, -1,-14, -1, -3,-12,-24,-20, -8, -7, 4, 3,-12, 10,-20; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='Q'; M= -8, -3,-19, -3, -3,-21,-18, -6,-11, 0,-11, -5, -4,-17, 3, -3, -7, -9,-11,-24, -8, -1; /M: SY='T'; M= -3, -2,-21, -1, -3,-15,-16, -6,-15, -7,-12,-10, -3, -7, -3, -5, 2, 4,-11,-27,-10, -4; /M: SY='L'; M=-11,-28,-14,-32,-24, 16,-26,-22, 15,-29, 31, 12,-25,-29,-24,-22,-24,-11, 8,-17, 2,-24; /M: SY='G'; M= 0, 0,-24, 1, -9,-25, 21,-13,-25,-11,-22,-13, 2,-10,-10,-12, 3, -9,-18,-27,-22,-10; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 22 in 22 different sequences |
| Number of true positive hits | 22 in 22 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | GYF |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
22 sequences
ATXR7_ARATH (F4K1J4), C3H19_ARATH (Q9SIV5), C3H44_ARATH (Q9SD34), CD2B2_DROME (Q9VKV5), CD2B2_HUMAN (O95400), CD2B2_MOUSE (Q9CWK3), EXA1_ARATH (Q9FMM3), GGYF1_DROME (Q7KQM6), GGYF1_HUMAN (O75420), GGYF1_MOUSE (Q99MR1), GGYF2_DANRE (Q4KME6), GGYF2_HUMAN (Q6Y7W6), GGYF2_MOUSE (Q6Y7W8), GGYF2_XENLA (Q5U236), GYF1_CAEEL (Q09237), LIN1_SCHPO (O94693), LIN1_YEAST (P38852), MPD2_SCHPO (O36025), SAO1_CAEEL (C6KRN1), SMY2_YEAST (P32909), SYH1_YEAST (Q02875), Y5843_ARATH (Q9FT92)» more
|
| PDB [Detailed view] |
9 PDB
1GYF; 1L2Z; 1SYX; 1WH2; 3FMA; 3K3V; 4BWS; 7RUP; 7RUQ |