Entry: PS50844

General information about the entry

Entry name [info] AFP_LIKE
Accession [info] PS50844
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50844
Associated ProRule [info] PRU00021

Name and characterization of the entry

Description [info] Antifreeze protein-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=60;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=55;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3552; R2=0.02013955; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2324.00775; R2=20.30620; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=455; N_SCORE=10.5; H_SCORE=10528; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=255; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7502; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M=  8, -2,  0, -3, -4,-21,  2,-12,-22,-12,-29,-20,  7,-13, -4,-12, 33, 15,-11,-40,-21, -4;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-26,  4,-33,-26, 32,-27, 28, 17,-27,-27,-23,-23,-20, -7, 29,-23, -3,-26;
/M: SY='V'; M= -7,-24,-16,-26,-24, 11,-28,-10, 14,-18,  4,  5,-21,-27,-23,-16,-10,  0, 25,-17,  9,-24;
/M: SY='A'; M= 23,-15,-13,-22,-15, -3,-12,-17, -1,-14, -1, -4,-14,-17,-15,-18,  2,  2,  6,-17, -4,-15;
/M: SY='K'; M= -4, -5,-22,-12, -8,-13,-20,-13, -4,  3, -5, -2,  0,-18, -6,  2, -6,  0, -3,-25,-10, -8;
/M: SY='R'; M= -5, -6,-26, -7,  4,-26,-18,  4,-21, 18,-19, -5, -2,-14, 17, 23, -5, -9,-16,-21, -9,  9;
/M: SY='D'; M= -8,  9,-26, 11,  1,-16,-15, -9,-18, -1,-13,-13,  5, -4, -6, -7, -6, -8,-18,-28,-13, -3;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-34,-26,  6,-35,-23, 35,-28, 27, 18,-24,-25,-20,-24,-23, -9, 22,-16,  6,-26;
/M: SY='P'; M= -9, -6,-31, -4,  5,-29,-19, -9,-19, 13,-25,-10, -4, 18, 10,  4, -6, -8,-20,-25,-17,  6;
/M: SY='K'; M= -3, -8,-28, -9,  3,-23,-21,-14,-14, 20,-18, -7, -6, -3,  2, 11, -8, -9,-11,-22,-12,  0;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-28, -5,-17,-28, 59,-15,-37,-17,-30,-20, 10,-20,-17,-17,  2,-17,-30,-23,-28,-17;
/M: SY='E'; M= -2,  7,-20,  9, 16,-19,-16, -7,-20, -2,-17,-16,  1, -8,  2, -8,  9, 12,-15,-27, -9,  8;
/M: SY='A'; M=  7,-19,-21,-23,-14, -9,-21,-16,  7,-12,  2,  2,-16,-12, -8,-12, -8, -6,  7,-18, -5,-13;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-22,-32,-23, 13,-32,-20, 23,-28, 37, 17,-27,-28,-21,-21,-26, -9, 14,-16,  6,-23;
/M: SY='T'; M=  3,  0,-13, -4, -1,-19,-12,-11,-16, -7,-20,-13,  4,-10,  6, -7, 25, 28, -9,-33,-14,  2;
/M: SY='L'; M= -9,-17,-24,-18, -7, -8,-24,-14,  3, -4,  9,  9,-16,-13, -7, -3,-15, -7,  1,-23, -8, -8;
/M: SY='D'; M= -5, 20,-25, 29, 17,-29,-15, -8,-21, -3,-18,-18,  4,-10, -1,-11, -1, -8,-15,-33,-18,  8;
/M: SY='N'; M= -8, 25,-21, 14, -2,-19, -6,  4,-14, -3,-18, -3, 31,-18, -1, -5,  2, -4,-19,-34,-16, -1;
/M: SY='I'; M= -8,-25,-21,-31,-24,  1,-30,-20, 28,-22, 23, 25,-22,-23,-16,-20,-18, -3, 21,-22, -2,-21;
/M: SY='T'; M=  1,-10,-21,-14, -8,-15,-18,-17,-10,  5,-14, -7, -7,-15, -5,  5,  0,  6, -3,-15, -9, -8;
/M: SY='V'; M=  7,-22,-16,-27,-21,  7,-21,-23, 12,-21,  5,  3,-17,-21,-21,-20, -4, -1, 16,-20, -5,-21;
/M: SY='K'; M= -3,-12,-22,-11,  1,-14,-23,-16, -5,  7, -1, -1,-14,-17, -5,  0,-11, -7,  2,-24,-10, -2;
/M: SY='R'; M=-15,-14,-25,-14, -4, -8,-23, -8,-15, 12,-11, -6, -8,-21, -2, 37,-10, -8, -4,-20, -7, -6;
/M: SY='P'; M= -5,-18,-30,-12, -6,-24,-13,-20,-13,-12,-24,-15,-15, 48,-12,-18, -1, -4,-14,-31,-25,-12;
/M: SY='G'; M= -3, -2,-13, -2,  1,-26, 24,-14,-32,-11,-25,-19,  3,-16, -8,-14,  5, -7,-24,-29,-25, -4;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='P'; M=  0, -9,-16, -6, -1,-13, -9, -8, -7, -5, -8, -6, -9, 24, -1, -8, -4, -4,-10,-13,-11, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='K'; M= -3, -3,-22, -8, -4,-13,-10, -8,-16,  6,-14, -4,  3,-16,  0,  5, -1, -1,-13,-23,-10, -2;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-25,-29,-18,  3,-33,-21, 28,-24, 24, 14,-22,-23,-17,-22,-21, -9, 17,-19,  3,-20;
/M: SY='P'; M=  6, -9,-25, -8,  1,-24,-13, -3,-19, -9,-22,-14, -7, 27, -4,-14,  4, -1,-18,-29,-18, -4;
/M: SY='P'; M=  9,-14,-26,-13, -5,-24,-14,-20,-15,-10,-21,-15,-14, 45,-10,-18,  1,  3,-16,-27,-24,-10;
/M: SY='E'; M= -4,  1,-25,  4, 25,-26,-16, -4,-24, 14,-21,-10,  0, -7, 15,  8,  3, -5,-20,-27,-15, 20;
/M: SY='E'; M=-16,  7,-28, 11, 13,  0,-20,  9,-21, -5,-14,-13,  1,-15, -2, -7, -7,-10,-21,-15,  9,  5;
/M: SY='F'; M= -9,-29,-27,-35,-26, 19,-29,-22, 16,-26, 15,  7,-24,-25,-22,-22,-22,-12,  6, 13, 13,-24;
/M: SY='D'; M=-10,  7,-26, 12,  7,-16,-15, -6,-21, -4,-18,-16,  3,  2, -3, -8,  0, -4,-20,-27,-10,  1;
/M: SY='N'; M=-12,  9,-25,  6,  1,-16,-17, -6,-11,  1, -6, -7, 11,-18, -3,  1, -8, -7,-14,-29,-12, -2;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-21,-34,-26, 10,-33,-26, 31,-28, 28, 16,-26,-27,-24,-23,-21, -8, 25,-20,  0,-26;
/M: SY='V'; M= -5,-22,-15,-24,-22,  1,-27,-22, 19,-21, 21, 10,-20,-28,-22,-18,-14, -1, 25,-27, -7,-22;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M=  3, -6,-28, -8,-18,-28, 59,-18,-36,-18,-29,-19,  4,-19,-18,-18,  2,-17,-28,-22,-28,-18;
/M: SY='K'; M= -3,-10,-26,-12, -3,-20,-11,-11,-18, 11,-18, -4, -7,-16,  5,  8, -5, -8,-13, -6, -9,  1;
/M: SY='K'; M=-11, -4,-28, -3, 15,-24,-22, -8,-18, 21,-18, -7, -4,-12, 10, 18, -8, -9,-13,-23,-12, 11;
/M: SY='L'; M= 11,-23,-16,-28,-19, -2,-21,-22, 14,-22, 22,  9,-23,-23,-18,-21,-13, -5, 14,-22, -8,-19;
/M: SY='Q'; M= -1, -4,-20, -8,  0,-20,-16, -7,-11,  0,-10, -5,  0,-16, 10,  2,  3,  1,-10,-26,-12,  5;
/M: SY='R'; M=-14,  7,-26,  5,  0,-21,-16, -2,-21, 16,-19, -7,  9,-18,  3, 27, -6, -8,-16,-27,-12,  0;
/M: SY='D'; M= -7, 25,-23, 28,  6,-22, -9, -4,-26,  0,-24,-20, 18,-13, -3, -6,  5,  0,-21,-32,-15,  2;
/M: SY='V'; M= -6,-28,-19,-30,-24,  5,-31,-25, 25,-19, 18, 12,-25,-26,-23,-18,-17, -6, 28,-22, -3,-24;
/M: SY='E'; M= -2, -2,-26,  2, 16,-27, -7,  2,-25,  0,-24,-15, -1,  6,  8, -5,  5, -5,-23,-29,-17, 11;
/M: SY='A'; M=  9, -6,-22, -9,  8,-17,-17,-12, -5, -6, -5, -6, -5,-12, -2, -8, -3, -6, -6,-24,-14,  2;
/M: SY='D'; M=-10, 23,-29, 28,  0,-33, 26, -7,-37, -9,-30,-24, 17,-16, -9,-13,  1,-13,-30,-31,-24, -4;
/M: SY='E'; M= -7, 12,-21, 14, 23,-23,-18, -9,-23,  0,-17,-17,  3, -6,  4, -6,  9, 17,-17,-32,-16, 13;
/M: SY='P'; M= -6,-10,-29,-10, -8,-22, -6,-17,-13,-12,-20,-12, -6, 24, -8,-16, -2, -1,-16,-28,-21,-10;
/M: SY='I'; M= -5,-28,-23,-35,-25,  8,-32,-25, 30,-27, 24, 15,-23,-24,-22,-25,-19, -8, 20,-18,  0,-25;
/M: SY='M'; M= -8,-10,-20,-11, -9, -9,-20, -9, -4, -1, -4,  4, -9,-20, -6,  4, -5,  0,  1,-22, -2, -9;
/M: SY='W'; M=-10,-17,-34,-16, -8, -1,-12,-15,-17,-12,-14, -9,-18,-12,-11,-15,-18,-16,-20, 35,  7, -8;
/M: SY='D'; M= -7, 21,-25, 28, 12,-31,  7, -5,-32, -5,-29,-24, 15,-11, -1,-10, 10, -4,-25,-35,-22,  5;
/M: SY='D'; M= -8, 17,-23, 23,  3,-23,-13, -6,-19, -4,-13, -8,  4,-14, -2, -6,  0, -1,-14,-32,-14,  0;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-24,-35,-28, 14,-35,-23, 32,-26, 17, 13,-23,-25,-24,-24,-19, -8, 25,-14,  9,-28;
/M:         M= -4, -7,-25, -8,  0,-16,-16,-16, -5, -3, -3, -3, -8,-15, -5, -8, -8, -6, -5,-24,-11, -4;
/M: SY='N'; M= -9,  8,-23,  0, -2,-21, -5,  0,-15, -2,-16, -8, 18,-19,  9,  3, -1, -6,-18,-29,-15,  3;
/M: SY='K'; M= -8,  4,-28,  6, 11,-23,-18,  8,-25, 17,-22,-10,  0,-12, 10,  8, -6,-10,-21,-19,  0, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 28 in 27 different sequences
Number of true positive hits 28 in 27 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 96.55 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] AFP-like
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
27 sequences

ANP11_ZOAAM (P19613), ANP12_ZOAAM (P19614), ANP1C_ZOAAM (P07457), 
ANP1_ANALU  (P12416), ANP1_LYCDA  (P35751), ANP1_LYCPO  (P24028), 
ANP1_PACBR  (P12100), ANP1_ZOAAM  (P19608), ANP2_ANALU  (P12417), 
ANP2_LYCDA  (P12102), ANP2_PACBR  (P12101), ANP3_LYCDA  (P35753), 
ANP3_ZOAAM  (P19606), ANP4_ZOAAM  (P19609), ANP5_ZOAAM  (P19607), 
ANP7_ZOAAM  (P19611), ANP9_ZOAAM  (P19612), ANPD_ZOAAM  (P19604), 
ANPE_ZOAAM  (P19605), NEUBH_CAMJE (Q0P8T1), NEUBH_LEGPH (Q5ZXH9), 
PSEI_CAMJE  (Q0P8U0), PSEI_CAMJJ  (Q939J8), PSEI_HELPY  (O24980), 
SIAS_HUMAN  (Q9NR45), SPSE_BACSU  (P39625), Y1065_METJA (Q58465)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

SUYA_CHRSD  (Q1QWP1)

		
PDB
[Detailed view]
40 PDB

1AME; 1B7I; 1B7J; 1B7K; 1C89; 1C8A; 1EKL; 1GZI; 1HG7; 1JAB; 1KDE; 1KDF; 1MSI; 1MSJ; 1OPS; 1UCS; 1VLI; 1WVO; 2AME; 2JIA; 2MSI; 2MSJ; 2SPG; 3AME; 3MSI; 3NLA; 3QF6; 3RDN; 4AME; 4MSI; 4NY6; 5MSI; 6AME; 6MSI; 7AME; 7MSI; 8AME; 8MSI; 9AME; 9MSI
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission