Entry: PS50844

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] AFP_LIKE
Accession [info] PS50844
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50844
Associated ProRule [info] PRU00021

Name and characterization of the entry

Description [info] Antifreeze protein-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=60;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=55;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3552; R2=0.02013955; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2324.00775; R2=20.30620; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=455; N_SCORE=10.5; H_SCORE=10528; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=255; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7502; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M=  8, -2,  0, -3, -4,-21,  2,-12,-22,-12,-29,-20,  7,-13, -4,-12, 33, 15,-11,-40,-21, -4;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-26,  4,-33,-26, 32,-27, 28, 17,-27,-27,-23,-23,-20, -7, 29,-23, -3,-26;
/M: SY='V'; M= -7,-24,-16,-26,-24, 11,-28,-10, 14,-18,  4,  5,-21,-27,-23,-16,-10,  0, 25,-17,  9,-24;
/M: SY='A'; M= 23,-15,-13,-22,-15, -3,-12,-17, -1,-14, -1, -4,-14,-17,-15,-18,  2,  2,  6,-17, -4,-15;
/M: SY='K'; M= -4, -5,-22,-12, -8,-13,-20,-13, -4,  3, -5, -2,  0,-18, -6,  2, -6,  0, -3,-25,-10, -8;
/M: SY='R'; M= -5, -6,-26, -7,  4,-26,-18,  4,-21, 18,-19, -5, -2,-14, 17, 23, -5, -9,-16,-21, -9,  9;
/M: SY='D'; M= -8,  9,-26, 11,  1,-16,-15, -9,-18, -1,-13,-13,  5, -4, -6, -7, -6, -8,-18,-28,-13, -3;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-34,-26,  6,-35,-23, 35,-28, 27, 18,-24,-25,-20,-24,-23, -9, 22,-16,  6,-26;
/M: SY='P'; M= -9, -6,-31, -4,  5,-29,-19, -9,-19, 13,-25,-10, -4, 18, 10,  4, -6, -8,-20,-25,-17,  6;
/M: SY='K'; M= -3, -8,-28, -9,  3,-23,-21,-14,-14, 20,-18, -7, -6, -3,  2, 11, -8, -9,-11,-22,-12,  0;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-28, -5,-17,-28, 59,-15,-37,-17,-30,-20, 10,-20,-17,-17,  2,-17,-30,-23,-28,-17;
/M: SY='E'; M= -2,  7,-20,  9, 16,-19,-16, -7,-20, -2,-17,-16,  1, -8,  2, -8,  9, 12,-15,-27, -9,  8;
/M: SY='A'; M=  7,-19,-21,-23,-14, -9,-21,-16,  7,-12,  2,  2,-16,-12, -8,-12, -8, -6,  7,-18, -5,-13;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-22,-32,-23, 13,-32,-20, 23,-28, 37, 17,-27,-28,-21,-21,-26, -9, 14,-16,  6,-23;
/M: SY='T'; M=  3,  0,-13, -4, -1,-19,-12,-11,-16, -7,-20,-13,  4,-10,  6, -7, 25, 28, -9,-33,-14,  2;
/M: SY='L'; M= -9,-17,-24,-18, -7, -8,-24,-14,  3, -4,  9,  9,-16,-13, -7, -3,-15, -7,  1,-23, -8, -8;
/M: SY='D'; M= -5, 20,-25, 29, 17,-29,-15, -8,-21, -3,-18,-18,  4,-10, -1,-11, -1, -8,-15,-33,-18,  8;
/M: SY='N'; M= -8, 25,-21, 14, -2,-19, -6,  4,-14, -3,-18, -3, 31,-18, -1, -5,  2, -4,-19,-34,-16, -1;
/M: SY='I'; M= -8,-25,-21,-31,-24,  1,-30,-20, 28,-22, 23, 25,-22,-23,-16,-20,-18, -3, 21,-22, -2,-21;
/M: SY='T'; M=  1,-10,-21,-14, -8,-15,-18,-17,-10,  5,-14, -7, -7,-15, -5,  5,  0,  6, -3,-15, -9, -8;
/M: SY='V'; M=  7,-22,-16,-27,-21,  7,-21,-23, 12,-21,  5,  3,-17,-21,-21,-20, -4, -1, 16,-20, -5,-21;
/M: SY='K'; M= -3,-12,-22,-11,  1,-14,-23,-16, -5,  7, -1, -1,-14,-17, -5,  0,-11, -7,  2,-24,-10, -2;
/M: SY='R'; M=-15,-14,-25,-14, -4, -8,-23, -8,-15, 12,-11, -6, -8,-21, -2, 37,-10, -8, -4,-20, -7, -6;
/M: SY='P'; M= -5,-18,-30,-12, -6,-24,-13,-20,-13,-12,-24,-15,-15, 48,-12,-18, -1, -4,-14,-31,-25,-12;
/M: SY='G'; M= -3, -2,-13, -2,  1,-26, 24,-14,-32,-11,-25,-19,  3,-16, -8,-14,  5, -7,-24,-29,-25, -4;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='P'; M=  0, -9,-16, -6, -1,-13, -9, -8, -7, -5, -8, -6, -9, 24, -1, -8, -4, -4,-10,-13,-11, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='K'; M= -3, -3,-22, -8, -4,-13,-10, -8,-16,  6,-14, -4,  3,-16,  0,  5, -1, -1,-13,-23,-10, -2;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-25,-29,-18,  3,-33,-21, 28,-24, 24, 14,-22,-23,-17,-22,-21, -9, 17,-19,  3,-20;
/M: SY='P'; M=  6, -9,-25, -8,  1,-24,-13, -3,-19, -9,-22,-14, -7, 27, -4,-14,  4, -1,-18,-29,-18, -4;
/M: SY='P'; M=  9,-14,-26,-13, -5,-24,-14,-20,-15,-10,-21,-15,-14, 45,-10,-18,  1,  3,-16,-27,-24,-10;
/M: SY='E'; M= -4,  1,-25,  4, 25,-26,-16, -4,-24, 14,-21,-10,  0, -7, 15,  8,  3, -5,-20,-27,-15, 20;
/M: SY='E'; M=-16,  7,-28, 11, 13,  0,-20,  9,-21, -5,-14,-13,  1,-15, -2, -7, -7,-10,-21,-15,  9,  5;
/M: SY='F'; M= -9,-29,-27,-35,-26, 19,-29,-22, 16,-26, 15,  7,-24,-25,-22,-22,-22,-12,  6, 13, 13,-24;
/M: SY='D'; M=-10,  7,-26, 12,  7,-16,-15, -6,-21, -4,-18,-16,  3,  2, -3, -8,  0, -4,-20,-27,-10,  1;
/M: SY='N'; M=-12,  9,-25,  6,  1,-16,-17, -6,-11,  1, -6, -7, 11,-18, -3,  1, -8, -7,-14,-29,-12, -2;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-21,-34,-26, 10,-33,-26, 31,-28, 28, 16,-26,-27,-24,-23,-21, -8, 25,-20,  0,-26;
/M: SY='V'; M= -5,-22,-15,-24,-22,  1,-27,-22, 19,-21, 21, 10,-20,-28,-22,-18,-14, -1, 25,-27, -7,-22;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M=  3, -6,-28, -8,-18,-28, 59,-18,-36,-18,-29,-19,  4,-19,-18,-18,  2,-17,-28,-22,-28,-18;
/M: SY='K'; M= -3,-10,-26,-12, -3,-20,-11,-11,-18, 11,-18, -4, -7,-16,  5,  8, -5, -8,-13, -6, -9,  1;
/M: SY='K'; M=-11, -4,-28, -3, 15,-24,-22, -8,-18, 21,-18, -7, -4,-12, 10, 18, -8, -9,-13,-23,-12, 11;
/M: SY='L'; M= 11,-23,-16,-28,-19, -2,-21,-22, 14,-22, 22,  9,-23,-23,-18,-21,-13, -5, 14,-22, -8,-19;
/M: SY='Q'; M= -1, -4,-20, -8,  0,-20,-16, -7,-11,  0,-10, -5,  0,-16, 10,  2,  3,  1,-10,-26,-12,  5;
/M: SY='R'; M=-14,  7,-26,  5,  0,-21,-16, -2,-21, 16,-19, -7,  9,-18,  3, 27, -6, -8,-16,-27,-12,  0;
/M: SY='D'; M= -7, 25,-23, 28,  6,-22, -9, -4,-26,  0,-24,-20, 18,-13, -3, -6,  5,  0,-21,-32,-15,  2;
/M: SY='V'; M= -6,-28,-19,-30,-24,  5,-31,-25, 25,-19, 18, 12,-25,-26,-23,-18,-17, -6, 28,-22, -3,-24;
/M: SY='E'; M= -2, -2,-26,  2, 16,-27, -7,  2,-25,  0,-24,-15, -1,  6,  8, -5,  5, -5,-23,-29,-17, 11;
/M: SY='A'; M=  9, -6,-22, -9,  8,-17,-17,-12, -5, -6, -5, -6, -5,-12, -2, -8, -3, -6, -6,-24,-14,  2;
/M: SY='D'; M=-10, 23,-29, 28,  0,-33, 26, -7,-37, -9,-30,-24, 17,-16, -9,-13,  1,-13,-30,-31,-24, -4;
/M: SY='E'; M= -7, 12,-21, 14, 23,-23,-18, -9,-23,  0,-17,-17,  3, -6,  4, -6,  9, 17,-17,-32,-16, 13;
/M: SY='P'; M= -6,-10,-29,-10, -8,-22, -6,-17,-13,-12,-20,-12, -6, 24, -8,-16, -2, -1,-16,-28,-21,-10;
/M: SY='I'; M= -5,-28,-23,-35,-25,  8,-32,-25, 30,-27, 24, 15,-23,-24,-22,-25,-19, -8, 20,-18,  0,-25;
/M: SY='M'; M= -8,-10,-20,-11, -9, -9,-20, -9, -4, -1, -4,  4, -9,-20, -6,  4, -5,  0,  1,-22, -2, -9;
/M: SY='W'; M=-10,-17,-34,-16, -8, -1,-12,-15,-17,-12,-14, -9,-18,-12,-11,-15,-18,-16,-20, 35,  7, -8;
/M: SY='D'; M= -7, 21,-25, 28, 12,-31,  7, -5,-32, -5,-29,-24, 15,-11, -1,-10, 10, -4,-25,-35,-22,  5;
/M: SY='D'; M= -8, 17,-23, 23,  3,-23,-13, -6,-19, -4,-13, -8,  4,-14, -2, -6,  0, -1,-14,-32,-14,  0;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-24,-35,-28, 14,-35,-23, 32,-26, 17, 13,-23,-25,-24,-24,-19, -8, 25,-14,  9,-28;
/M:         M= -4, -7,-25, -8,  0,-16,-16,-16, -5, -3, -3, -3, -8,-15, -5, -8, -8, -6, -5,-24,-11, -4;
/M: SY='N'; M= -9,  8,-23,  0, -2,-21, -5,  0,-15, -2,-16, -8, 18,-19,  9,  3, -1, -6,-18,-29,-15,  3;
/M: SY='K'; M= -8,  4,-28,  6, 11,-23,-18,  8,-25, 17,-22,-10,  0,-12, 10,  8, -6,-10,-21,-19,  0, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 28 in 27 different sequences
Number of true positive hits 28 in 27 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 96.55 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] AFP-like
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
27 sequences

ANP11_ZOAAM (P19613), ANP12_ZOAAM (P19614), ANP1C_ZOAAM (P07457), 
ANP1_ANALU  (P12416), ANP1_LYCPO  (P24028), ANP1_PACBR  (P12100), 
ANP1_RHIDE  (P35751), ANP1_ZOAAM  (P19608), ANP2_ANALU  (P12417), 
ANP2_PACBR  (P12101), ANP2_RHIDE  (P12102), ANP3_RHIDE  (P35753), 
ANP3_ZOAAM  (P19606), ANP4_ZOAAM  (P19609), ANP5_ZOAAM  (P19607), 
ANP7_ZOAAM  (P19611), ANP9_ZOAAM  (P19612), ANPD_ZOAAM  (P19604), 
ANPE_ZOAAM  (P19605), NEUBH_CAMJE (Q0P8T1), NEUBH_LEGPH (Q5ZXH9), 
PSEI_CAMJE  (Q0P8U0), PSEI_CAMJJ  (Q939J8), PSEI_HELPY  (O24980), 
SIAS_HUMAN  (Q9NR45), SPSE_BACSU  (P39625), Y1065_METJA (Q58465)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

SUYA_CHRSD  (Q1QWP1)

		
PDB
[Detailed view]
39 PDB

1AME; 1B7I; 1B7J; 1B7K; 1C89; 1C8A; 1EKL; 1GZI; 1HG7; 1JAB; 1KDE; 1KDF; 1MSI; 1MSJ; 1OPS; 1UCS; 1VLI; 1WVO; 2AME; 2JIA; 2MSI; 2MSJ; 2SPG; 3AME; 3MSI; 3NLA; 3QF6; 3RDN; 4AME; 4MSI; 5MSI; 6AME; 6MSI; 7AME; 7MSI; 8AME; 8MSI; 9AME; 9MSI
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission