Entry: PS50846

General information about the entry
Entry name HMA_2
Accession number PS50846
Entry type MATRIX
Date JAN-2002 (CREATED); JAN-2002 (DATA UPDATE); APR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation PDOC00804
Associated ProRule PRU00280
Name and characterization of the entry
DescriptionHeavy-metal-associated domain profile.
Matrix / Profile 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=67;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=62;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1320; R2=0.01838795; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=400; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=291; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='K'; M= -6, -5,-22, -7,  0,-19,-19, -6,-13, 10,-14, -1, -3,-12,  4,  7,  0,  5, -8,-25, -9,  1;
/M: SY='I'; M= -3,-16,-15,-20,-14, -8,-22,-16,  8,-16,  2,  3,-12,-20, -8,-16, -6, -2,  6,-22, -4,-12;
/M: SY='T'; M= -7, -4,-21, -4,  1,-13,-21, -8, -8, -2, -9, -5, -6,-15, -1, -3, -2,  3, -3,-24, -5, -1;
/M: SY='L'; M=-12,-29,-22,-32,-24, 22,-31,-17, 19,-26, 29, 15,-26,-28,-22,-20,-24,-10, 11, -8, 13,-23;
/M: SY='R'; M= -6,  4,-23,  2,  3,-22,-14,  0,-20,  5,-20,-11,  6,-12,  7,  8,  4,  1,-17,-27,-11,  3;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-19,-34,-30,  2,-34,-29, 37,-25, 16, 14,-26,-26,-26,-24,-15, -5, 39,-25, -5,-30;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-24,  6, 12,-23,-13, -5,-21,  0,-17,-13,  1, -3,  4, -4,  3,  1,-18,-30,-15,  7;
/M: SY='G'; M= -1, -6,-29, -7,-17,-29, 62,-18,-38,-18,-30,-20,  3,-19,-18,-18,  1,-17,-29,-22,-29,-17;
/M: SY='M'; M= -9,-22,-21,-30,-20,  3,-23, -7, 21,-14, 20, 47,-20,-21, -6,-14,-20,-10, 12,-19,  0,-13;
/M: SY='T'; M= -4,  1,-10, -4, -7,-14,-17, -4,-16,-10,-14,-11,  2,-12, -7, -9, 13, 26, -8,-31, -8, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-18,113,-28,-29,-20,-29,-29,-29,-28,-20,-20,-18,-39,-29,-28, -9, -9,-10,-49,-29,-29;
/M: SY='A'; M=  9,  1,-20, -2,  0,-23, -2, -8,-19, -5,-20,-14,  2, -6, -1,-10,  9,  3,-14,-28,-17, -1;
/M: SY='S'; M=  8,  1,-13, -2, -5,-22,  8, -7,-22,-11,-23,-16,  7,-15, -6,-13, 17,  3,-15,-32,-19, -6;
/M: SY='C'; M= -9,-17,107,-25,-25,-21,-28,-28,-30,-27,-21,-20,-17,-37,-26,-28, -7, -9,-11,-49,-29,-25;
/M: SY='V'; M= 15,-17,-13,-20,-13,-11,-17,-21,  6,-13, -3, -1,-16,-14,-15,-17,  1,  2, 17,-27,-15,-14;
/M: SY='S'; M=  3,  0,-21, -3,  1,-21, -5, -4,-19, -2,-20,-12,  4, -9,  2, -4,  7, -1,-16,-27,-14,  1;
/M: SY='R'; M= -4,  1,-21, -3, -3,-19,-12,  0,-18,  6,-19,-10,  6,-13, -1,  7,  4,  3,-13,-28,-11, -3;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-22,-35,-29,  4,-33,-28, 35,-26, 18, 15,-24,-25,-24,-25,-17, -7, 32,-22, -2,-28;
/M: SY='E'; M= -7,  7,-28, 12, 40,-27,-17, -4,-28, 12,-21,-18,  2, -4, 14,  3,  1, -6,-26,-25,-17, 27;
/M: SY='R'; M= -7,  3,-26,  3,  4,-26, -4, -6,-27, 14,-25,-14,  6,-14,  4, 16,  0, -6,-20,-26,-16,  3;
/M: SY='A'; M=  9, -5,-15,-11, -8,-15,-11,-13, -7, -5,-11, -6, -1,-16, -7, -7,  3, -1, -2,-26,-14, -8;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-20,-32,-23,  8,-32,-23, 26,-29, 39, 18,-28,-28,-22,-22,-25, -9, 19,-21, -1,-23;
/M: SY='N'; M= -5,  4,-24,  2,  7,-25, -1, -6,-25,  5,-24,-15,  9,-10,  5,  5,  6, -1,-22,-28,-18,  5;
/M: SY='K'; M= -2,  2,-25,  0,  9,-27,-12, -5,-24, 19,-24,-12,  5,-11, 12, 15,  1, -4,-20,-25,-14, 10;
/M: SY='L'; M= -7,-22,-21,-24,-15, -3,-28,-16, 14,-15, 20, 13,-21,-23,-12,-12,-18, -7, 12,-22, -4,-14;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='P'; M= -6,  1,-28,  5, 10,-27,-11, -9,-22,  2,-24,-16, -1, 21,  2, -6, -1, -7,-23,-28,-20,  5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='G'; M= -3, -8,-26, -8,-17,-21, 50,-16,-35,-18,-26,-18, -2,-20,-18,-18, -2,-17,-27,-18,-19,-17;
/M: SY='V'; M=  0,-28,-13,-29,-28, -2,-30,-29, 29,-20, 10, 10,-27,-27,-27,-21,-10, -1, 44,-28, -9,-28;
/M: SY='Q'; M= -6, -2,-24, -4,  5,-20,-18,  2,-17,  7,-16, -6,  1,-14, 12,  5,  0, -2,-15,-24, -7,  8;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='E'; M= -4,  3,-21,  5,  9,-21, -9, -2,-22,  5,-21,-13,  4,-11,  7,  4,  8, -1,-18,-25,-10,  7; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V'; M= 13,-20,-11,-28,-21, -2,-21,-23, 12,-20,  4,  3,-17,-20,-19,-22, -6, -2, 15,-20, -7,-21;
/M: SY='D'; M= -8,  4,-24,  7,  6,-23,-13, -3,-20,  6,-18,-12,  4,-13,  4,  5,  2, -4,-15,-29,-13,  4;
/M: SY='V'; M=  0,-29,-13,-31,-29,  1,-30,-29, 30,-21, 11, 10,-27,-27,-27,-21,-11, -1, 42,-27, -8,-29;
/M: SY='N'; M=  2, 15,-17, 11,  0,-21, -5, -5,-18, -7,-23,-17, 19,-14, -2, -9, 17,  7,-14,-36,-18, -1;
/M: SY='L'; M=-12,-28,-20,-31,-22, 25,-29,-16, 13,-26, 29, 11,-24,-29,-23,-18,-23, -9,  8,-11, 11,-22;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='A'; M=  5, -5,-23, -6,  3,-21, -7,-13,-14, -5,-14,-10, -5, -1, -4, -9,  1, -3,-11,-26,-18, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='T'; M=  0,  6,-19,  1,  4,-20,-13, -8,-17,  1,-17,-12,  9,-12,  2, -1,  9, 11,-14,-29,-14,  3;
/M: SY='R'; M= -5,  1,-26,  1,  6,-27,  4, -6,-29,  8,-25,-15,  6,-13,  6, 11,  4, -7,-23,-26,-18,  5;
/M: SY='K'; M= -6, -3,-23, -4,  8,-20,-19, -8,-18, 12,-16, -9, -2,-12,  5, 10,  2,  4,-12,-26,-11,  6;
/M: SY='A'; M= 25,-17,-11,-24,-17,-12, -9,-21,  3,-16,  0, -1,-16,-18,-16,-20, -1, -3, 11,-23,-15,-17;
/M: SY='T'; M= -3, -5,-14, -8, -3,-13,-20, -9, -6, -9, -9, -6, -4,-16, -3,-10,  2,  6, -2,-27, -9, -4;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-15,-33,-29,  5,-31,-28, 30,-24, 15, 12,-26,-28,-27,-22,-14, -4, 37,-24, -5,-29;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-21, -3,  3,-14,-21,-10, -9,  0, -9, -6, -5,-16, -3, -3, -4,  0, -5,-23, -7,  0;
/M: SY='Y'; M=-11,-19,-24,-22,-18, 20,-19, -1, -4,-17,  1, -2,-15,-23,-16,-14,-11, -4, -7,  5, 30,-18;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='D'; M=-11, 24,-24, 30, 13,-29,-11, -1,-25,  1,-24,-19, 14, -9,  4, -5,  4, -4,-21,-34,-16,  8; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='P'; M= -1, -4,-26,  0,  4,-23,-10, -9,-19, -7,-20,-15, -6, 27, -5,-13, -2, -5,-20,-26,-19, -2; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='E'; M=  1,  4,-18,  4,  7,-17, -4, -4,-17, -3,-16,-13,  5, -7, -1, -6,  6, -1,-14,-24,-13,  3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='L'; M= -4,-12,-12,-13, -8, -6,-15,-12,  4, -6,  5,  3,-10,-15, -7, -5, -7, -3,  5,-17, -6, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='V'; M=  3,-15,-13,-19,-15, -6,-21,-20, 12,-15,  3,  3,-14,-16,-14,-15,  0,  9, 17,-24, -9,-15; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='S'; M=  1,  5,-17,  4,  1,-23, -6, -9,-19, -6,-21,-15,  7,-10,  2, -8, 15, 11,-14,-32,-17,  1;
/M: SY='P'; M= -4,-18,-26,-16, -9,-13,-20,-16, -3,-12, -7, -4,-16, 17,-10,-15, -8, -4, -5,-25,-13,-11;
/M: SY='E'; M= -6,  7,-24, 11, 17,-25,-14, -5,-24,  3,-19,-14,  2, -7,  8,  0,  0, -5,-21,-28,-16, 12;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-24,  3, 10,-22,-17, -7,-18,  7,-16, -9, -1,-11,  9,  2,  0, -1,-14,-26,-12,  9;
/M: SY='L'; M= -4,-27,-21,-32,-24,  6,-30,-24, 26,-26, 27, 15,-23,-24,-21,-23,-19, -6, 19,-20, -2,-23;
/M: SY='R'; M= -6,-14,-13,-17, -8,-12,-21,-16, -6, -1, -5, -2,-11,-19, -5,  1, -8, -4, -2,-23,-10, -8;
/M: SY='E'; M= -4,  6,-26,  7, 17,-27,-13,  2,-26, 12,-21,-13,  4,-10, 11,  6,  0, -6,-22,-26,-13, 13;
/M: SY='A'; M= 20,-11,-16,-17, -8,-13,-10,-13, -7, -9, -5, -4, -9,-15, -6,-12,  1,  0, -1,-21,-12, -8;
/M: SY='I'; M= -7,-28,-23,-35,-27,  0,-35,-28, 38,-27, 19, 16,-22,-23,-21,-25,-16, -5, 30,-23, -3,-27;
/M: SY='E'; M= -4,  5,-24,  7, 24,-25,-14, -3,-24,  8,-19,-15,  3, -9,  9,  3,  2, -4,-21,-28,-16, 16;
/M: SY='D'; M= -4, 15,-25, 19, 12,-28, -9, -3,-27,  6,-23,-17,  8,-11,  7,  0,  2, -6,-22,-27,-14,  9;
/M: SY='A'; M= 11,-17, -8,-23,-16, -7,-17,-18,  3,-17, 11,  8,-17,-20,-13,-17, -8, -2,  5,-23,-10,-15;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-29, -8,-14,-29, 54,-17,-36,-15,-28,-18,  0,-18,-14,-15,  1,-17,-27,-21,-27,-14;
/M: SY='Y'; M=-18,-23,-26,-27,-20, 40,-29, -3, -2,-16,  4,  0,-19,-20,-20,-13,-19,-10, -7, 11, 41,-21;
/M: SY='E'; M=-10,  6,-26, 12, 19,-30, -9,  1,-29,  5,-24,-16,  2, -4, 10,  0, -1, -9,-26,-29,-16, 14;
/M: SY='A'; M= 24,-13,-14,-18,-11,-16, -8,-18, -6,-11, -8, -6,-12, -5,-10,-17,  4,  0,  0,-23,-15,-11;
/M: SY='S'; M= -3, -4,-20, -5, -1,-12,-11, -4,-15, -5,-15,-10,  0,-15, -4, -3,  5,  2, -9,-25, -8, -3;
/M: SY='I'; M= -5,-19,-22,-20,-10, -8,-24,-20, 10,-14,  9,  5,-19,-14,-12,-14,-13, -6, 10,-25, -9,-13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
Numerical results
  • UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_06, total number of sequence entries in that release: 540261.
  • Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 226 hits in 148 different sequences
  • Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 226 hits in 148 different sequences
  • Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences
  • Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences
  • Number of known missed hits: 2
  • Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0
  • Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 %
  • Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 99.12 %
Comments
  • MATRIX_TYPE: protein_domain
  • Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed
  • Matrix author: N_Hulo
  • Taxonomic range: Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
  • Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 6
  • FT_KEY: DOMAIN
  • FT_DESC: HMA
  • VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot True positive hits:
ATCS_SYNE7  (P37279), ATCS_SYNY3  (P73241), ATCU1_RHIME (P58341), 
ATCU2_RHIME (P58342), ATCU_SINMW  (Q9X5X3), ATOX1_BOVIN (Q3T0E0), 
ATOX1_CANFA (Q9TT99), ATOX1_DICDI (Q54PZ2), ATOX1_HUMAN (O00244), 
ATOX1_MOUSE (O08997), ATOX1_RAT   (Q9WUC4), ATOX1_SHEEP (Q9XT28), 
ATP7A_CRIGR (P49015), ATP7A_HUMAN (Q04656), ATP7A_MOUSE (Q64430), 
ATP7A_RAT   (P70705), ATP7B_HUMAN (P35670), ATP7B_MOUSE (Q64446), 
ATP7B_RAT   (Q64535), ATP7B_SHEEP (Q9XT50), ATSY_SYNE7  (P37385), 
ATSY_SYNP6  (P07893), ATU1_YEAST  (P38360), ATU2_SCHPO  (O59666), 
ATU2_YEAST  (P38995), ATX1_SCHPO  (O74735), ATX1_YEAST  (P38636), 
ATZN_ECOLI  (P37617), ATZN_SYNY3  (Q59998), CADA1_STAAU (P20021), 
CADA2_STAAU (P37386), CADA_BACPE  (P30336), CADA_BACSU  (O32219), 
CADA_LISMN  (Q60048), CADA_LISMO  (P58414), CADA_STAAR  (Q6GIX1), 
CCS1_ASHGO  (Q75DD6), CCS1_CANGA  (Q6FU61), CCS1_DEBHA  (Q6BK66), 
CCS1_KLULA  (Q6CIG2), CCS1_YARLI  (Q6BZU2), CCS1_YEAST  (P40202), 
CCS_HUMAN   (O14618), CCS_MOUSE   (Q9WU84), CCS_PIG     (Q6PWT7), 
CCS_RAT     (Q9JK72), COPA1_HELPX (P77871), COPA2_HELPX (Q59467), 
COPA3_HELPX (O08462), COPA_ARCFU  (O29777), COPA_BACSU  (O32220), 
COPA_ECO57  (Q8XD24), COPA_ECOLI  (Q59385), COPA_ENTHA  (P32113), 
COPA_HELFC  (O32619), COPA_HELPJ  (Q9ZM69), COPA_HELPY  (P55989), 
COPA_SALTI  (Q8Z8S4), COPA_SALTY  (Q8ZR95), COPA_STAA1  (A7X6S1), 
COPA_STAA2  (A6U4T8), COPA_STAA3  (Q2FDV0), COPA_STAA8  (Q2FV64), 
COPA_STAA9  (A5IVY3), COPA_STAAB  (Q2YWA3), COPA_STAAC  (Q5HCZ3), 
COPA_STAAE  (A6QK47), COPA_STAAM  (Q99R80), COPA_STAAN  (Q7A3E6), 
COPA_STAAR  (Q6GDP1), COPA_STAAS  (Q6G6B7), COPA_STAAT  (A8Z3F8), 
COPA_STAAW  (Q8NUQ9), COPA_STAEQ  (Q5HL56), COPA_STAES  (Q8CN02), 
COPA_STAHJ  (Q4L970), COPA_STAS1  (Q4A0G1), COPA_VIBCH  (Q9KPZ7), 
COPA_YERPE  (Q8ZCA7), COPP_HELFC  (O32620), COPP_HELPJ  (Q9ZM70), 
COPP_HELPY  (Q48271), COPZ_ARCFU  (O29901), COPZ_BACSU  (O32221), 
COPZ_ENTHA  (Q47840), COPZ_STAA1  (A7X6S3), COPZ_STAA2  (A6U4T9), 
COPZ_STAA3  (Q2FDU9), COPZ_STAA8  (Q2FV63), COPZ_STAA9  (A5IVY4), 
COPZ_STAAB  (P0C885), COPZ_STAAC  (Q5HCZ2), COPZ_STAAE  (A6QK48), 
COPZ_STAAM  (Q99R79), COPZ_STAAN  (Q7A3E5), COPZ_STAAR  (Q6GDP0), 
COPZ_STAAS  (Q6G6B6), COPZ_STAAT  (A8Z3F9), COPZ_STAAW  (Q79ZY4), 
COPZ_STAEQ  (Q5HL55), COPZ_STAES  (Q8CN01), COPZ_STAHJ  (Q4L971), 
COPZ_STAS1  (Q4A0G2), CTPA_MYCLE  (P46839), CTPA_MYCTU  (Q10876), 
CTPB_MYCBO  (P59947), CTPB_MYCLE  (P46840), CTPB_MYCTU  (Q10877), 
FIXI_BRAJA  (Q59207), FIXI_RHILV  (O33533), FIXI_RHIME  (P18398), 
HMA2_ARATH  (Q9SZW4), HMA3A_ARATH (P0CW77), HMA3B_ARATH (P0CW78), 
HMA4_ARATH  (O64474), HMA5_ARATH  (Q9SH30), HMA6_ARATH  (Q9SZC9), 
HMA7_ARATH  (Q9S7J8), HMA8_ARATH  (B9DFX7), HMCT_HELFE  (Q9RQB4), 
HMCT_HELPJ  (Q9ZL53), HMCT_HELPY  (Q59465), MERA_ACICA  (Q52109), 
MERA_ALCSP  (P94188), MERA_BACCE  (P16171), MERA_ENTAG  (P94702), 
MERA_PSEAI  (P00392), MERA_PSEFL  (Q51772), MERA_SERMA  (P08662), 
MERA_SHEPU  (Q54465), MERA_SHIFL  (P08332), MERA_STAAU  (P0A0E5), 
MERA_STAES  (P0A0E4), MERA_THIFE  (P17239), MERP_ACICA  (Q52107), 
MERP_ALCSP  (P94186), MERP_ENTAG  (P0A217), MERP_ENTCL  (P0A218), 
MERP_PSEAI  (P04131), MERP_PSEFL  (Q51770), MERP_SALTI  (P0A216), 
MERP_SERMA  (P13113), MERP_SHEPU  (Q54463), MERP_SHIFL  (P04129), 
Y1050_HAEIN (P71365), Y290_HAEIN  (P77868), Y291_HAEIN  (P43979), 
Y292_HAEIN  (O32622)
False negative hits (sequences which belong to the set under consideration, but which have not been picked up by the pattern or profile):
CCS_DICDI   (Q54F73), HIP26_ARATH (Q9SZN7)
Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:

[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format]

Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]		 1AFI; 1AFJ; 1AW0; 1CC7; 1CC8; 1CPZ; 1DVW; 1FD8; 1FE0; 1FE4; 1FEE; 1FES; 1FVQ; 1FVS; 1JK9; 1JWW; 1K0V; 1KQK; 1KVI; 1KVJ; 1MWY; 1MWZ; 1OPZ; 1OQ3; 1OQ6; 1P6T; 1P8G; 1Q8L; 1QUP; 1S6O; 1S6U; 1TL4; 1TL5; 1UV1; 1UV2; 1Y3J; 1Y3K; 1YG0; 1YJR; 1YJT; 1YJU; 1YJV; 2AJ0; 2AJ1; 2AW0; 2CRL; 2EW9; 2G9O; 2GA7; 2GCF; 2GGP; 2HQI; 2K1R; 2KKH; 2KT2; 2KT3; 2LDI; 2LQ9; 2OFG; 2OFH; 2QIF; 2RML; 2ROP; 2RSQ; 2VOY; 2XMW; 3CJK; 3DXS; 3FRY; 3I9Z; 3IWL; 3IWX; 3J09; 3K7R; 4A48; 4A4J;

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

File name:

Format: Swiss-Prot Fasta

or