Entry: PS50876

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_INTEGRASE
Accession [info] PS50876
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50876
Associated ProRule [info] PRU00450

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger integrase-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=42;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=38;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3575423; R2=0.0122680; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=176.71545; R2=14.89919; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=501; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6419; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=338; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5213; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-30; I=-30; B1=-300; E1=-300; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-26,  6, 16,-21, -9,-10,-24, -1,-17,-16, -2,-11,  2, -6,  1, -2,-20,-15,-13,  9;
/M: SY='N'; M=  4,  6,-22, -2, -2,-22, -5, -8,-21,  7,-23,-14, 13, -6, -2,  5,  3, -1,-18,-27,-18, -3;
/M: SY='I'; M= -9,-28,-24,-33,-25,  1,-34,-24, 32,-23, 24, 18,-22,-24,-18,-18,-21, -9, 23,-21, -2,-24;
/M: SY='E'; M= -8,  9,-28, 16, 20,-29,-17, -5,-22,  2,-19,-15,  1,  0, 11, -2, -1, -6,-21,-29,-17, 14;
/M: SY='E'; M= -3, -2,-29,  2, 22,-29,-17, -6,-24,  9,-23,-14, -4, 11, 14,  4,  0, -7,-24,-26,-18, 17;
/M: SY='A'; M= 39,-11,-13,-18, -9,-20, -3,-20,-10,-10,-12,-11,-10, -2,-10,-19, 10,  1, -1,-23,-20,-10;
/M: SY='Q'; M= -4, -7,-27, -7,  8,-26,-14, -6,-14,  5,-14, -4, -5,-13, 18,  7, -4, -9,-14,-22,-13, 12;
/M: SY='E'; M= -9, 10,-28, 15, 35,-30,-17,  0,-24,  8,-21,-15,  5, -6, 20,  1,  2, -7,-25,-29,-17, 27;
/M: SY='E'; M= -6,  7,-24,  9, 18,-19,-15, -4,-19,  1,-12,-13,  4,-12,  3, -4,  0, -5,-18,-27,-11, 11;
/M: SY='H'; M=-18, -1,-29,  0,  4,-19,-20, 83,-26, -8,-17,  3,  7,-18, 10, -1,-10,-18,-27,-29, 15,  3;
/M: SY='E'; M=  2,  2,-20,  2, 14,-17,-15, -5,-18, -3,-16,-14, -2,-10,  4, -8,  8,  7,-14,-22, -5,  8;
/M: SY='K'; M=-11, -7,-25, -9, -1,-12,-22,-10,-16, 17, -9, -3, -4,-17,  2, 14,-10, -5,-13,-19, -6,  1;
/M: SY='Y'; M=-16,-21,-30,-23,-17, 14,-25,  4, -8,-12, -1, -3,-19,-26,-12,-10,-21,-11,-12, 29, 32,-15;
/M: SY='H'; M=-19, -3,-30, -4, -3,-18,-22, 88,-23,-12,-16,  2,  7,-20,  7, -3,-11,-19,-25,-29, 18, -3;
/M: SY='T'; M= -1,-11,-16,-13, -8,-13,-13,-14, -4,-13, -3, -3, -8,-17, -2,-11,  7, 10, -1,-28,-12, -5;
/M: SY='N'; M= -2, 23,-22, 15, -3,-24, 12, -3,-26, -6,-27,-20, 30,-17, -5, -8,  9, -2,-25,-34,-22, -4;
/M: SY='A'; M= 15,-18,-19,-22,-16,-10,-12,-20, -4,-13, -9, -3,-17,-12,-13,-18, -1, -1,  2,  1, -9,-14;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-27, -5,  5,-21,-19,  9,-23, 18,-20, -7, -1,-14, 13, 19, -5, -6,-19,-18,  0,  7;
/M: SY='A'; M=  9, -8,-21,-12, -4,-16, -5,-12,-12, -5,-14, -9, -5,-13, -3,-10,  4,  1, -8,-19, -8, -5;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-20,-26,-18,  7,-27,-16, 16,-26, 41, 18,-21,-29,-17,-18,-26, -9,  6,-22, -2,-18;
/M: SY='S'; M=  7, -6, -7, -9, -1,-24,-11,-11,-22,  7,-22,-12, -2,-14,  4,  7,  8,  0,-13,-28,-17,  1;
/M: SY='H'; M=-13, -4,-26, -3,  3,-14,-19,  6,-17, -3, -9, -7, -1, -8,  3,  5, -6, -6,-18,-25, -7,  1;
/M: SY='E'; M= -8,  9,-25,  9, 22,-26,-16, -2,-23, 12,-21,-11,  7, -8, 14,  4,  3, -2,-22,-29,-15, 18;
/M: SY='F'; M=-18,-28,  1,-37,-29, 56,-30,-19, -3,-29,  8, -2,-21,-32,-35,-21,-19,-10, -1, -1, 21,-29;
/M: SY='N'; M= -7, 11,-26,  7,  0,-28, 10,  0,-29,  5,-29,-16, 17,-16,  3,  1,  3, -8,-26,-28,-18,  1;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-25,-35,-26,  4,-35,-26, 37,-29, 31, 19,-25,-25,-21,-25,-23, -9, 23,-21, -1,-26;
/M: SY='P'; M= -8,-17,-36, -9, -1,-28,-19,-19,-19,-10,-29,-19,-17, 77, -9,-19, -5, -4,-27,-31,-28, -9;
/M: SY='R'; M=-13, -6,-26,-10, -6,-13,-18, -6,-14,  4, -9, -3,  1,-15,  1, 16, -9, -4,-15,-13, -8, -4;
/M: SY='L'; M=  0,-14,-19,-16, -5, -9,-22,-16,  0, -5,  6,  3,-15,-18, -8, -6, -8,  1,  4,-24, -9, -7;
/M: SY='V'; M=  2,-19,-17,-20,-12,-12,-25,-19, 14,-12,  1,  5,-19,-21, -6,-14, -6, -4, 22,-26,-11, -9;
/M: SY='A'; M= 46,-12,-10,-21,-12,-18, -2,-21, -7,-11, -8, -8,-12,-12,-12,-20,  8,  0,  4,-21,-19,-12;
/M: SY='R'; M=-14, -2,-30,  0, 17,-26,-20, -3,-30, 32,-23,-12,  0,-12, 12, 41, -8,-10,-22,-22,-12, 12;
/M: SY='Q'; M=-13, 10,-30, 16, 28,-35,-18,  4,-27, 11,-22,-12,  3, -9, 33, 12, -1,-10,-29,-26,-14, 30;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-28,-38,-29,  1,-38,-29, 46,-29, 22, 19,-22,-22,-21,-28,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='V'; M= -3,-27,-16,-30,-27, -1,-30,-29, 26,-18,  7,  8,-26,-26,-25,-19,-11, -1, 37,-20, -7,-27;
/M: SY='Q'; M= -6,  7,-26,  3, 11,-27,-14,  5,-23, 14,-22,-10, 12,-13, 19, 16,  0, -7,-24,-26,-13, 14;
/M: SY='S'; M=  0, -1,-19, -2,  7,-22,-13,  5,-21,  1,-21,-12,  3,-11,  9,  3, 13,  8,-16,-30,-11,  7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M=  7, -3,-21, -1,  6,-25,-10,-13,-20, -7,-23,-17, -3, 15,  0,-12, 13,  5,-16,-31,-21,  1;
/M: SY='H'; M= -9, -5,-26, -6,  3,-21,-21, 24,-15,  2,-13, -1, -1,-15, 12,  1, -5, -6,-15,-25, -1,  6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q'; M= -6, -1,-26, -3, 10,-32,-18,  1,-17,  7,-19, -4,  1, -7, 34,  7,  0, -5,-21,-23,-12, 21;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 98 in 98 different sequences
Number of true positive hits 98 in 98 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 6
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 94.23 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] Integrase-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
98 sequences

POK10_HUMAN (P10266), POK12_HUMAN (P63135), POK17_HUMAN (P63136), 
POK20_HUMAN (Q9UQG0), POK2_HUMAN  (Q9BXR3), POK3_HUMAN  (Q9WJR5), 
POK5_HUMAN  (P63132), POK6_HUMAN  (P63133), POK7_HUMAN  (Q9QC07), 
POL1_CHICK  (P10399), POL_ALV     (Q7SQ98), POL_BIV29   (P19560), 
POL_CAEVC   (P33459), POL_EIAV9   (P11204), POL_EIAVC   (P32542), 
POL_EIAVY   (P03371), POL_FIVPE   (P16088), POL_FIVSD   (P19028), 
POL_FIVT2   (P31822), POL_HV190   (O93215), POL_HV192   (O12158), 
POL_HV193   (O89290), POL_HV196   (Q9QBY3), POL_HV197   (Q9QBZ9), 
POL_HV19N   (O41798), POL_HV1A2   (P03369), POL_HV1AN   (Q77373), 
POL_HV1B1   (P03366), POL_HV1B5   (P04587), POL_HV1B9   (Q73368), 
POL_HV1BR   (P03367), POL_HV1EL   (P04589), POL_HV1ET   (Q75002), 
POL_HV1H2   (P04585), POL_HV1JR   (P20875), POL_HV1LW   (P0C6F2), 
POL_HV1M2   (Q9QBZ1), POL_HV1MA   (P04588), POL_HV1MN   (P05961), 
POL_HV1MP   (Q9QBZ5), POL_HV1MV   (Q79666), POL_HV1N5   (P12497), 
POL_HV1ND   (P18802), POL_HV1OY   (P20892), POL_HV1RH   (P05959), 
POL_HV1S2   (Q9WC54), POL_HV1S9   (Q9WC63), POL_HV1SE   (O89940), 
POL_HV1U4   (P24740), POL_HV1V9   (Q9Q720), POL_HV1VI   (Q9QSR3), 
POL_HV1Y2   (P35963), POL_HV1YB   (Q9IDV9), POL_HV1YF   (O91080), 
POL_HV1Z2   (P12499), POL_HV2BE   (P18096), POL_HV2CA   (P24107), 
POL_HV2D1   (P17757), POL_HV2D2   (P15833), POL_HV2EH   (Q89928), 
POL_HV2G1   (P18042), POL_HV2KR   (Q74120), POL_HV2NZ   (P05962), 
POL_HV2RO   (P04584), POL_HV2SB   (P12451), POL_HV2ST   (P20876), 
POL_HV2UC   (Q76634), POL_IPHA    (P04026), POL_IPMAI   (P12894), 
POL_JEMBR   (Q82851), POL_JSRV    (P31623), POL_MMTVB   (P03365), 
POL_MMTVC   (P11283), POL_MPMV    (P07572), POL_OMVVS   (P16901), 
POL_RSVP    (P03354), POL_RSVSA   (Q04095), POL_RSVSB   (O92956), 
POL_SIVCZ   (P17283), POL_SIVEK   (Q1A249), POL_SIVG1   (Q02836), 
POL_SIVGB   (P22382), POL_SIVM1   (P05896), POL_SIVMB   (Q1A267), 
POL_SIVMK   (P05897), POL_SIVS4   (P12502), POL_SIVSP   (P19505), 
POL_SIVTN   (Q8AII1), POL_SIVV1   (P27973), POL_SIVVG   (P27980), 
POL_SIVVT   (P05895), POL_SMRVH   (P03364), POL_SRV1    (P04025), 
POL_SRV2    (P51517), POL_VILV    (P03370), POL_VILV1   (P23426), 
POL_VILV2   (P23427), POL_VILVK   (P35956)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
6 sequences

POL_HTL1A   (P03362), POL_HTL1C   (P14078), POL_HTL1L   (P0C211), 
POL_HTL32   (Q0R5R2), POL_HTL3P   (Q4U0X6), POL_HTLV2   (P03363)
» More

PDB
[Detailed view]
11 PDB

1E0E; 1K6Y; 1WJA; 1WJB; 1WJC; 1WJD; 1WJE; 1WJF; 3F9K; 3HPG; 3HPH

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission