Entry: PS50879

General information about the entry
Entry name RNASE_H
Accession number PS50879
Entry type MATRIX
Date SEP-2004 (CREATED); SEP-2004 (DATA UPDATE); MAR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation PDOC50879
Associated ProRule PRU00408
Name and characterization of the entry
DescriptionRNase H domain profile.
Matrix / Profile 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=135;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=130;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1365173; R2=0.0198145; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=327; N_SCORE=8.62; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=221; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-30; I=-30; B1=-300; E1=-300; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -5, -7,-23, -8, -7,-12,-13, -8, -8, -8, -7, -2, -7,-11, -6, -8, -4, -3, -7,-23, -6, -7;
/M: SY='N'; M= -7,  3,-25,  3,  5,-22,-11, -1,-19,  2,-19,-11,  6, -6,  3,  1,  0, -3,-18,-28,-14,  3;
/M: SY='D'; M= -7,  5,-25,  6,  5,-20, -9, -5,-20,  0,-19,-13,  4, -8,  1, -2,  0, -4,-18,-25,-11,  2;
/M: SY='A'; M=  3, -4,-22, -5, -2,-18, -8, -8,-13, -6,-14,-10, -3,-12, -4, -7,  1, -3, -9,-22,-11, -4;
/M: SY='I'; M= -7,-19,-18,-23,-16, -1,-25,-13,  4,-15,  2,  3,-16,-20,-12,-13,-14, -8,  3, -6,  1,-15;
/M: SY='V'; M= -5,-11,-15,-14, -9,-10,-21,-12,  1,-12, -4, -2, -9,-18,-10,-13, -2,  5,  6,-26, -8,-10;
/M: SY='V'; M=  1,-26,-16,-30,-24,  0,-27,-24, 22,-21, 15, 11,-24,-24,-21,-21,-14, -5, 23,-18, -4,-23;
/M: SY='Y'; M=-16,-20,-27,-22,-17, 31,-27,  7, -3,-14, -1, -2,-17,-27,-15,-13,-17,-10, -9, 20, 50,-18;
/M: SY='T'; M= -1,-10, -3,-17,-15, -2,-21,-21, -4,-15, -6, -6, -8,-17,-15,-14,  9, 25,  6,-28, -8,-15;
/M: SY='D'; M=-19, 44,-30, 62, 19,-38, -8,  1,-39,  0,-29,-28, 18,-10,  0, -8,  0,-10,-30,-38,-19, 10;
/M: SY='G'; M=  1, -9,-29, -9,-19,-30, 66,-19,-39,-19,-30,-20,  1,-20,-19,-20,  1,-19,-29,-21,-29,-19;
/M: SY='S'; M= 19, -5,-11, -8, -5,-20,  4,-14,-18,-11,-22,-16,  2,-11, -5,-14, 23,  8, -8,-31,-20, -5;
/M: SY='C'; M= -1,-11, 10,-15,-13, -9,-17,-14,-15, -9,-16,-12, -8,-21,-12,-10,  1, -2, -7,-23, -7,-13;
/I:         I=-1; MD=-4;
/M: SY='R'; M= -8, -3,-20, -5, -2,-10,-15, -5,-10,  2, -9, -5, -1,-11, -1,  5, -3, -3, -9,-18, -5, -2; D=-1;
/I:         I=-1; MI=0; MD=-4; IM=0; DM=-4;
/M: SY='G'; M= -3,  0,-20, -3, -7,-16, 12, -8,-18, -6,-15,-10,  4,-13, -7, -7,  0, -6,-15,-18,-13, -7; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='N'; M= -7, 16,-19,  9,  0,-17, -5,  0,-17,  0,-19,-13, 23,-13,  0,  0,  4,  0,-18,-28,-14, -1; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='P'; M= -2, -5,-23, -4, -2,-22,  1,-11,-20, -4,-20,-13, -3,  7, -4, -8, -1, -6,-18,-22,-18, -4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='G'; M= -2, -3,-23, -4, -6,-21, 16,-10,-23, -4,-20,-13,  0,-14, -7, -5,  1, -6,-16,-21,-14, -7; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='P'; M= -1, -9,-21,-10, -3,-16,-10,-11,-13, -2,-13, -8, -7,  1, -3, -4, -2, -2,-11,-22,-12, -4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='G'; M=  2, -6,-19,-10,-11,-16,  6,-11,-17, -7,-16,-10,  0,-17, -8, -5,  1, -6,-12,-21,-12,-10; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='G'; M=  9, -9,-21,-12,-12,-23, 24,-17,-23,-10,-20,-13, -4,-14,-12,-13,  2, -8,-14,-22,-21,-12; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='W'; M= -1,-16,-22,-19,-13, -3,-16, -9, -8, -7, -9, -6,-14,-19, -8, -6, -9, -7, -8, 13, 10,-11; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='G'; M= 13,-10,-19,-14,-15,-20, 29,-15,-22,-15,-18,-12, -4,-15,-14,-17,  2,-10,-15,-17,-19,-15; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='A'; M=  6,-14,-14,-17,-16, -8,  0,-17, -7,-14, -8, -7,-11,-18,-15,-15, -2, -4, -1,-10, -7,-16; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='V'; M= -1,-19,-11,-22,-18,  1,-20,-15, 10,-16,  6,  3,-17,-20,-16,-16, -9, -4, 13,-13,  1,-18; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='V'; M= -3,-18,-16,-19,-17, -2, -8,-17,  8,-17,  7,  4,-15,-19,-16,-15,-10, -6, 10,-15, -5,-17; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='V'; M= -4,-16,-15,-18,-14,  0,-16,-12,  5,-11,  3,  3,-13,-17,-11, -9, -9, -5,  7, -9,  0,-13; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='Y'; M= -6, -5,-15, -6, -6, -3,-11, -6, -8, -3, -9, -6, -4,-11, -6, -4, -3, -1, -6, -7,  4, -6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M:         M= -5, -5,-16, -7, -3,  0, -6, -7,-10, -6, -8, -7, -2, -7, -5, -5, -3, -4,-10, -7, -3, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='D'; M= -5,  1,-13,  2,  1, -9, -5, -5, -9, -3, -7, -6,  0, -7, -3, -5, -2, -4, -7,-15, -7, -2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='N'; M= -5,  0,-18,  0,  0,-12, -1, -1,-13, -5,-11, -8,  2, -7, -4, -6, -2, -5,-12,-18, -8, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='E'; M= -5, -1,-19,  0,  1,-14, -3, -5,-13, -2,-13, -8,  1, -9, -1, -3,  0, -4,-11,-18, -8, -1; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M:         M= -6, -5,-18, -6, -3, -7,-13, -5, -6, -5, -6, -4, -4,-13, -3, -4, -4, -2, -6,-10, -1, -4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M:         M= -6, -2,-17, -3, -3, -8,-11, -7, -7, -5, -6, -4, -1,-14, -5, -6, -4, -3, -6,-17, -5, -5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='K'; M= -5, -3,-14, -5,  0,-15,-13, -1,-14,  4,-13, -7, -1,-12,  2,  4, -2, -4,-11,-18, -7,  0; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M:         M= -3, -7,-15, -8,  0, -6,-13, -7,-10, -3, -9, -7, -6,-10, -3, -2,  0,  0, -7,-13, -2, -2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M:         M= -2, -6,-16, -7, -3, -6,-12,-10, -8, -5, -6, -5, -6,-11, -5, -4, -3, -3, -5,-15, -6, -4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='S'; M=  0, -7,-16, -9, -7, -8, -6,-11, -7, -7, -9, -6, -4,-10, -6, -6,  1, -1, -5,-18, -8, -7; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M:         M= -2, -6,-19, -6, -2,-15, -6,-10,-11, -1,-10, -6, -4, -4, -3, -2, -2, -3, -9,-20,-12, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M:         M= -4, -8,-14, -9, -5,-11, -6, -9, -7, -7, -3, -2, -7,-12, -5, -7, -6, -5, -6,-19, -9, -6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M:         M= -4, -8,-18, -8, -4, -9,-10, -7, -6, -9, -4, -4, -6, -8, -6, -9, -2,  0, -5,-17, -5, -6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='E'; M= -3, -2,-21, -2,  1,-15,  1,-10,-18, -4,-17,-12, -1,  0, -4, -7,  0, -3,-16,-18,-13, -2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-20, -1,  1,-13,-11, -4,-12, -2,-13, -8,  1, -7, -2, -2, -1, -3,-11,-20, -6, -2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='T'; M=  0, -7, -8,-10, -5,-17,-14, -6,-11, -8,-12, -5, -5, -9,  1, -9,  3,  4, -8,-26,-11, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-4;
/M: SY='T'; M= -1,  0,-10, -5, -6,-15,-14,-14,-16, -8,-17,-14,  3,-13, -6, -6, 19, 29, -7,-29,-13, -7;
/M: SY='N'; M=  1, 14,-19,  2, -6,-17, -7, -2,-10, -6,-19,-12, 26,-13, -5, -8,  7,  0,-13,-34,-17, -6;
/M: SY='N'; M=-10,  6,-24, -1, -1,-15,-15,  1,-10, -4,-15, -6, 14,-16, 11, -4, -1, -5,-16,-25, -7,  5;
/M: SY='R'; M= -6, -9,-23,-10, -1,-19,-19, -7,-13,  7,-12, -6, -5,-17,  7, 18, -1, -1, -8,-24,-10,  1;
/M: SY='A'; M= 26,-12,-16,-19,-14,-16,  7,-17,-10,-12, -8, -3, -9,-15,-12,-18,  2, -4, -4,-20,-16,-13;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 19, 58,-30,-20,  0,-30, 11,-20,-20,  0,  0, 19,  1,  0,-10,-29,-30,-20, 39;
/M: SY='L'; M= -5,-25,-19,-28,-20,  7,-28,-16, 16,-23, 26, 12,-23,-26,-17,-17,-20, -8, 10,-15,  7,-20;
/M: SY='M'; M= -5,-13,-20,-15, -4, -9,-22,-10, -2, -7,  1,  2,-11,-18, -3, -4, -8, -4, -2,-20, -6, -5;
/M: SY='A'; M= 41,-10,-13,-19,-12,-21, 10,-20,-14,-12,-13,-11, -9,-12,-12,-20,  8, -3, -4,-20,-21,-12;
/M: SY='I'; M=  1,-25,-15,-30,-23,  0,-27,-24, 22,-23, 19, 11,-23,-24,-21,-22,-14, -4, 22,-23, -6,-23;
/M: SY='L'; M= -8,-19,-19,-22,-12, -3,-27,-15,  8,-13, 11,  7,-16,-21,-10,-11,-14, -6,  4,-18, -2,-12;
/M: SY='E'; M= -8, -9,-20,-10,  1,-11,-20, -2,-10, -2, -3,  0, -8,-17,  1,  1, -9, -7,-10,-21, -5,  0;
/M: SY='A'; M= 33,-12,-13,-18,-13,-20, 10,-20,-13,-13,-11,-10, -9,-14,-13,-20,  6, -3, -3,-22,-21,-13;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-15,-29,-21,  8,-29,-19, 17,-26, 33, 17,-24,-27,-19,-20,-22, -7, 10,-19,  1,-20;
/M: SY='R'; M=-10, -2,-26, -1, 13,-22,-20, -4,-18, 10,-13, -7, -3,-13, 12, 14, -4, -5,-16,-25,-12, 12;
/I:         I=-3; MD=-10;
/M: SY='Y'; M= -3,-12,-19,-15, -7, -4,-19, -9, -1, -6, -1,  0,-11,-17, -5, -7, -8, -5, -1,-10,  2, -7; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-10;
/M: SY='A'; M= 13,-14, -6,-19,-13, -7,-13,-17,  3,-15,  5,  0,-13,-15,-12,-16, -4, -1,  6,-19,-10,-13; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-10;
/M:         M= -3,-10,-14,-11, -6, -4,-14, -7,  0, -4,  0,  0, -8,-12, -4, -4, -7, -5, -1, -6, -1, -6; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='D'; M= -7,  8,-26, 12, 12,-27,-14,  1,-25,  9,-22,-14,  5, -7,  7,  6, -1, -6,-21,-27,-13,  9;
/M:         M= -3, -8,-21,-11, -4,-10,-14, -8,-12, -2,-10, -6, -4,-12, -5, -1, -4, -4,-10,-22, -9, -5;
/M: SY='G'; M= -6, -3,-28,  0, -1,-24,  2,-10,-22, -5,-21,-13, -2,  2, -4, -8, -2, -8,-20,-22,-17, -4;
/I:         I=-7; MD=-25;
/M:         M= -3, -4,-12, -6, -7, -2, -4, -6, -5, -7, -5, -4, -2,-10, -7, -6, -3, -2, -5, -8, -1, -8; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='K'; M= -6, -3,-23, -4,  5,-23,-16, -6,-21, 12,-18,-10, -2, -9,  6, 12, -3, -4,-16,-24,-12,  4;
/M: SY='R'; M= -7,  0,-25, -1,  1,-22,-14, -7,-19,  7,-21,-12,  4, -2,  2,  8,  2,  1,-17,-27,-14,  0;
/M: SY='I'; M= -8,-25,-19,-28,-23,  8,-29,-19, 19,-22, 17, 11,-22,-26,-20,-20,-18, -7, 16,-11,  6,-23;
/M: SY='N'; M= -7, -1,-19, -6, -2,-13,-18, -6, -5, -6, -9, -6,  4,-18, -4, -5, -3, -2, -5,-27,-10, -4;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-23,-35,-28,  4,-35,-27, 37,-27, 23, 17,-24,-24,-22,-25,-19, -7, 29,-21, -2,-27;
/M: SY='Y'; M=-14,-19,-18,-21,-15,  8,-27, -2, -3, -7, -2, -1,-16,-24,-11, -1,-16,-10, -3,  0, 21,-15;
/M: SY='T'; M=  0, -5,-12,-10,-10,-11, -9,-10,-12,-12,-13, -9, -1,-15, -9,-12, 15, 23, -5,-28, -8,-10;
/M: SY='D'; M=-20, 49,-30, 68, 19,-39,-10,  0,-39,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0, -9,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='S'; M=  6, -2, -8, -2, -3,-15, -4, -9,-18,-11,-25,-18,  6,-13, -3,-11, 31, 15,-10,-34,-12, -3;
/M: SY='Q'; M= -4, -6,-25, -7,  6,-20,-19, -5,-13,  7,-11, -3, -5,-14, 14,  7, -5, -6,-13,-20, -7,  9;
/M: SY='Y'; M= -8,-16,-24,-18,-16,  9,-15,  1, -3,-14,  0, -1,-13,-24,-11,-13, -9, -5, -7,  1, 30,-16;
/M: SY='V'; M=  9,-23,-12,-27,-22, -5,-23,-25, 17,-19,  8,  6,-22,-22,-21,-20, -6,  0, 26,-26,-11,-22;
/M: SY='I'; M= -4,-22,-15,-26,-16,  0,-27,-19, 14,-19, 11,  7,-19,-22,-16,-18,-13, -6, 12,-20, -3,-17;
/M: SY='K'; M= -6,  7,-26,  6,  8,-25, -8, -3,-24, 10,-22,-12,  9,-12,  7,  6,  0, -6,-21,-25,-14,  7;
/I:         I=-3; MD=-9;
/M: SY='A'; M=  4,-11, -5,-16,-12,-13, -4,-13,-12,-13,-10, -7, -8,-18, -7,-14, -1, -3, -8,-13,-11,-10; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-9;
/M: SY='L'; M= -5,-23,-11,-27,-20,  4,-25,-19, 19,-22, 23, 14,-21,-23,-18,-19,-17, -6, 15,-19, -2,-20; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-9;
/M: SY='T'; M= -4,  5,-13,  0, -1,-12,-10,  0,-12, -1,-13, -8,  8, -8,  2,  1,  7, 11,-10,-21, -7,  0; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='K'; M= -1, -5, -9, -6, -2, -8,-11, -7, -4,  4, -4, -2, -5, -9, -2,  2, -5, -3, -1,-11, -4, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-9;
/M: SY='T'; M= -3,  1, -9, -3, -3, -8, -9, -6, -7, -1, -6, -5,  3, -9, -3,  0,  2,  7, -5,-16, -6, -3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-9;
/M: SY='A'; M= 10, -3,-10, -6, -5,-13,  1, -8,-10, -6,-11, -8,  1, -7, -5, -8,  7,  1, -6,-18,-12, -5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-9;
/M: SY='E'; M= -1,  1,-17,  0,  4,-16, -5, -5,-13, -1,-12, -8,  1,-10,  2, -3,  2, -1,-11,-18,-10,  3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-9;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-23, -7, -9,-16, 13,-13,-20, -6,-17,-12, -2,-10, -9, -7, -3, -8,-16, -6,-12, -9; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-9;
/M: SY='K'; M= -5, -2,-23, -2,  4,-21,-11, -6,-20,  7,-19,-10, -1,-13,  5,  2,  0, -2,-16,-19, -8,  4;
/M: SY='P'; M= -5, -8,-29, -4,  3,-21,-12,-13,-20, -7,-22,-16, -7, 24, -4,-13, -3, -6,-22,-19,-18, -2;
/M: SY='V'; M= -6,-19,-16,-21,-18, -4,-23,-19,  8,-11,  3,  3,-16,-23,-16, -9,-10, -3, 13,-21, -5,-18;
/M: SY='K'; M= -1, -6,-21, -8,  0,-19,-13,-12,-15,  4,-13, -7, -3, -9, -1,  1, -2, -2,-12,-24,-14, -2;
/M: SY='N'; M= -8, 17,-20,  9,  2,-20, -9,  6,-21,  1,-24,-14, 25,-15,  2,  3,  5,  0,-22,-33,-14,  1;
/M: SY='Q'; M= -7, -5,-25, -7, -1,-19,-17, -6,-10,  0,-13, -5, -1, -8,  4,  0, -3, -4,-11,-24,-10,  0;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='D'; M=-10, 10,-28, 16, 13,-26,-10, -3,-26,  0,-23,-17,  4,  4,  1, -4, -1, -7,-24,-30,-17,  6;
/M: SY='L'; M= -9,-21,-22,-24,-16,  3,-26,-13, 10,-18, 15,  8,-19,-20,-14,-15,-17, -8,  4,-15,  5,-16;
/M: SY='W'; M=-11,-24,-27,-27,-19,  2,-26,-18,  3,-14,  1,  1,-21,-22,-12,-11,-19,-10, -1, 19,  8,-16;
/M: SY='Q'; M= -5, -3,-24, -3,  7,-22,-17, -5,-15,  6,-14, -6, -1,-11, 12,  6,  0, -3,-14,-25,-11,  9;
/M: SY='E'; M= -6, -2,-25, -1,  7,-17,-17, -6,-15,  0,-11, -8, -2,-12,  5,  0, -3, -5,-15,-23,-10,  6;
/M: SY='I'; M= -6,-25,-18,-30,-23,  3,-30,-21, 23,-23, 21, 13,-21,-24,-19,-20,-18, -7, 16,-19,  2,-22;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-22, -1,  2,-16,-20, -7,-11, -3, -9, -7, -5,-15,  1, -3, -5, -5,-10,-22, -7,  1;
/M: SY='E'; M= -4,  3,-25,  3, 12,-25,-13, -1,-23,  7,-19,-12,  4,-10, 11,  8,  2, -4,-20,-26,-13, 11;
/M: SY='L'; M= -7,-23,-19,-26,-16,  4,-28,-16, 14,-21, 22, 11,-22,-23,-15,-17,-18, -7,  9,-19,  1,-16;
/M: SY='L'; M= -6,-18,-16,-22,-15, -1,-23,-14,  5,-13, 10,  9,-15,-21,-12, -8,-14, -6,  2,-17, -3,-14;
/M: SY='Q'; M= -7,  2,-23,  3,  7,-21,-16, -1,-18,  4,-15, -9,  2,-11,  8,  3, -1, -4,-17,-26,-10,  7;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='K'; M= -8, -4,-27, -5,  1,-22,-10,-10,-23, 14,-22,-11, -1, -3,  2, 13, -5, -7,-18,-21,-14,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-6;
/M: SY='R'; M=-12, -5,-25, -6,  0,-14,-18,  1,-15,  4,-11, -4, -2,-15,  2, 11, -9, -9,-14,-21, -7, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-6;
/M: SY='Q'; M= -1,  0,-22, -2,  4,-20,-13, -7,-17,  3,-18,-11,  2, -9,  5,  1,  4,  2,-14,-26,-13,  4; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-6;
/M: SY='I'; M= -6,-27,-17,-32,-27,  8,-31,-26, 26,-24, 14, 10,-23,-24,-25,-22,-15, -5, 26,-21, -2,-27;
/M:         M= -5, -4,-22, -6, -1, -8,-14, -5,-13, -3,-13, -7, -2,-16, -2, -3,  0, -1,-10,-20, -2, -2;
/M: SY='F'; M=-11,-29,-23,-34,-26, 23,-29,-22, 16,-26, 16,  8,-24,-27,-26,-21,-21,-10, 12,  3, 10,-25;
/M: SY='Q'; M= -7, -9,-18,-10, -2,-16,-16, -6,-10, -1,-10, -3, -6,-17,  1, -1, -5, -6, -7,-24, -8, -2;
/M: SY='W'; M=-17,-18,-36,-19,-13, -1,-21, 14,-20, -4,-17, -8,-15,-23, -5, -3,-22,-19,-22, 40, 21, -9;
/M: SY='V'; M= -3,-26, -4,-29,-26, -2,-30,-27, 23,-21,  8,  8,-24,-27,-25,-20,-11, -2, 33,-29, -9,-26;
/M: SY='K'; M= -9, -9,-29, -9,  0,-21,-19,-11,-19, 16,-19, -9, -7,  5,  1, 14, -8, -7,-15,-22,-12, -2;
/M: SY='G'; M= 11, -7,-21,-11,-12,-23, 28,-17,-26,-11,-22,-15, -1,-16,-12,-11,  7, -4,-16,-23,-22,-12;
/M: SY='H'; M=-18,  1,-30,  1,  3,-20,-18, 88,-30, -8,-20, -2,  9,-19, 10,  0, -8,-18,-29,-29, 16,  2;
/M: SY='S'; M=  4, -2,-12, -5, -1,-22,-11, -7,-16, -3,-18,-11,  1,-14,  4, -5, 11,  6,-11,-30,-14,  1;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='G'; M= -5, -5,-26, -5,-10,-20, 22,-12,-22,-14,-17,-12,  0,-13,-13,-14, -3,-11,-19,-23,-18,-12; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-18;
/M: SY='N'; M= -4,  1,-21, -1, -6,-17,-17, -6, -4, -9,-10, -6,  3,-15, -6, -9, -2, -4, -5,-28,-11, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-18;
/M: SY='E'; M= -8, -5,-27, -3,  8,-20,-15, -3,-20,  6,-19,-11, -4,  1,  2,  3, -5, -7,-19,-23,-10,  3;
/M: SY='G'; M= -1,-12,-26,-13,-13,-16, 28,-14,-26,-14,-17,-12, -6,-20,-12,-14, -5,-15,-21, -8,-12,-13;
/M: SY='N'; M= -9, 37,-20, 20,  1,-21,  0,  9,-21, -1,-29,-20, 54,-19,  0, -1,  9, -1,-28,-39,-20,  0;
/M: SY='E'; M= -8, 12,-24, 18, 28,-28,-16, -2,-26,  6,-21,-17,  5, -9, 10,  2,  1, -7,-22,-31,-17, 19;
/M: SY='M'; M= -7,-14,-24,-15, -3, -7,-22, -7, -2, -5,  3,  5,-12,-19, -2,  0,-11, -8, -3,-20, -3, -4;
/M: SY='A'; M= 41,-12, -3,-21,-13,-18, -5,-21, -7,-12, -9, -9,-12,-13,-13,-21,  7,  0,  4,-23,-19,-13;
/M: SY='D'; M=-19, 45,-29, 62, 18,-37,-10,  1,-38,  1,-29,-28, 20,-11,  1, -7,  0, -9,-29,-38,-18,  9;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-24, -6,  6,-20,-14, -4,-18,  7,-14, -7, -3,-14,  6, 12, -2, -6,-14,-24,-11,  4;
/M: SY='L'; M=  0,-24,-20,-26,-16,  3,-24,-18, 12,-23, 31, 13,-23,-24,-15,-18,-20, -8,  6,-19, -2,-16;
/M: SY='A'; M= 38,-12, -7,-20,-12,-18, -6,-20, -7,-11, -8, -7,-11,-13,-10,-19,  7,  1,  2,-22,-18,-11;
/M: SY='K'; M= -7, -1,-24, -4,  0,-20,-14, -6,-20, 16,-20,-10,  4,-15,  2, 16, -2, -3,-14,-24,-10,  0;
/M: SY='E'; M= -4, -4,-24, -6,  5,-17,-16, -8,-12,  4,-10, -3, -4,-14,  5,  0, -5, -6,-11,-22, -9,  4;
/M: SY='G'; M= 15,-11,-18,-15,-12,-18, 16,-18,-17,-14,-15,-10, -7,-15,-13,-17,  3, -6, -9,-21,-18,-13;
/M: SY='A'; M=  8,-15,-15,-19,-13, -8,-15,-16, -2,-10, -3, -1,-11,-16,-11, -7,  0,  0,  3,-22,-10,-12;
/M: SY='E'; M= -4, -5,-23, -5,  1,-17,-13,-10,-14, -1,-11, -6, -5,-12,  0,  0, -2, -4,-11,-22,-11,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
Numerical results
  • UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_05, total number of sequence entries in that release: 540052.
  • Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 477 hits in 477 different sequences
  • Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 477 hits in 477 different sequences
  • Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences
  • Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences
  • Number of known missed hits: 3
  • Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0
  • Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 %
  • Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 99.38 %
Comments
  • MATRIX_TYPE: protein_domain
  • Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed
  • Matrix author: N_Hulo
  • Taxonomic range: Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
  • Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 1
  • FT_KEY: DOMAIN
  • FT_DESC: RNase H
  • VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot True positive hits:
EBSB_ENTFA  (P36921), POK10_HUMAN (P10266), POK12_HUMAN (P63135), 
POK17_HUMAN (P63136), POK20_HUMAN (Q9UQG0), POK2_HUMAN  (Q9BXR3), 
POK3_HUMAN  (Q9WJR5), POK5_HUMAN  (P63132), POK6_HUMAN  (P63133), 
POK7_HUMAN  (Q9QC07), POL_ALV     (Q7SQ98), POL_AVIRE   (P03360), 
POL_BAEVM   (P10272), POL_BIV29   (P19560), POL_BLVAU   (P25059), 
POL_BLVJ    (P03361), POL_CAEVC   (P33459), POL_COYMV   (P19199), 
POL_EIAV9   (P11204), POL_EIAVC   (P32542), POL_EIAVY   (P03371), 
POL_FENV1   (P31792), POL_FFV     (O93209), POL_FIVPE   (P16088), 
POL_FIVSD   (P19028), POL_FIVT2   (P31822), POL_FOAMV   (P14350), 
POL_GALV    (P21414), POL_HTL1A   (P03362), POL_HTL1C   (P14078), 
POL_HTL1L   (P0C211), POL_HTL32   (Q0R5R2), POL_HTL3P   (Q4U0X6), 
POL_HTLV2   (P03363), POL_HV190   (O93215), POL_HV192   (O12158), 
POL_HV193   (O89290), POL_HV196   (Q9QBY3), POL_HV197   (Q9QBZ9), 
POL_HV19N   (O41798), POL_HV1A2   (P03369), POL_HV1AN   (Q77373), 
POL_HV1B1   (P03366), POL_HV1B5   (P04587), POL_HV1B9   (Q73368), 
POL_HV1BR   (P03367), POL_HV1EL   (P04589), POL_HV1ET   (Q75002), 
POL_HV1H2   (P04585), POL_HV1JR   (P20875), POL_HV1LW   (P0C6F2), 
POL_HV1M2   (Q9QBZ1), POL_HV1MA   (P04588), POL_HV1MN   (P05961), 
POL_HV1MP   (Q9QBZ5), POL_HV1MV   (Q79666), POL_HV1N5   (P12497), 
POL_HV1ND   (P18802), POL_HV1OY   (P20892), POL_HV1RH   (P05959), 
POL_HV1S2   (Q9WC54), POL_HV1S9   (Q9WC63), POL_HV1SE   (O89940), 
POL_HV1U4   (P24740), POL_HV1V9   (Q9Q720), POL_HV1VI   (Q9QSR3), 
POL_HV1Y2   (P35963), POL_HV1YB   (Q9IDV9), POL_HV1YF   (O91080), 
POL_HV1Z2   (P12499), POL_HV2BE   (P18096), POL_HV2CA   (P24107), 
POL_HV2D1   (P17757), POL_HV2D2   (P15833), POL_HV2EH   (Q89928), 
POL_HV2G1   (P18042), POL_HV2KR   (Q74120), POL_HV2NZ   (P05962), 
POL_HV2RO   (P04584), POL_HV2SB   (P12451), POL_HV2ST   (P20876), 
POL_HV2UC   (Q76634), POL_IPHA    (P04026), POL_IPMA    (P11368), 
POL_IPMAI   (P12894), POL_JEMBR   (Q82851), POL_JSRV    (P31623), 
POL_KORV    (Q9TTC1), POL_MLVAV   (P03356), POL_MLVF5   (P26810), 
POL_MLVFF   (P26809), POL_MLVFP   (P26808), POL_MLVMS   (P03355), 
POL_MLVRD   (P11227), POL_MLVRK   (P31795), POL_MMTVB   (P03365), 
POL_MMTVC   (P11283), POL_MPMV    (P07572), POL_OMVVS   (P16901), 
POL_RSVP    (P03354), POL_RSVSA   (Q04095), POL_RSVSB   (O92956), 
POL_SFV1    (P23074), POL_SFV3L   (P27401), POL_SFVCP   (Q87040), 
POL_SIVCZ   (P17283), POL_SIVEK   (Q1A249), POL_SIVG1   (Q02836), 
POL_SIVGB   (P22382), POL_SIVM1   (P05896), POL_SIVMB   (Q1A267), 
POL_SIVMK   (P05897), POL_SIVS4   (P12502), POL_SIVSP   (P19505), 
POL_SIVTN   (Q8AII1), POL_SIVV1   (P27973), POL_SIVV2   (P12500), 
POL_SIVVG   (P27980), POL_SIVVT   (P05895), POL_SMRVH   (P03364), 
POL_SRV1    (P04025), POL_SRV2    (P51517), POL_VILV    (P03370), 
POL_VILV1   (P23426), POL_VILV2   (P23427), POL_VILVK   (P35956), 
POL_WDSV    (O92815), POL_XMRV3   (Q2F7J3), POL_XMRV4   (Q2F7J0), 
POL_XMRV6   (A1Z651), RNH1_CRIFA  (Q07762), RNH1_HUMAN  (O60930), 
RNH1_MOUSE  (O70338), RNH1_RAT    (Q5BK46), RNH1_SCHPO  (Q9UST8), 
RNH1_YEAST  (Q04740), RNHL_BACSU  (P54162), RNHX1_ARATH (P0C2F6), 
RNH_ACIAC   (A1TQI7), RNH_ACICJ   (A5FZ26), RNH_ACIF2   (B7J4E2), 
RNH_ACIF5   (B5EMD8), RNH_ACISJ   (A1W6Q8), RNH_ACTP2   (A3MZE1), 
RNH_ACTSZ   (A6VMP9), RNH_AERHH   (A0KIK4), RNH_AERS4   (A4SPI4), 
RNH_AGRT5   (Q8UHA7), RNH_ALCBS   (Q0VQ76), RNH_ALHEH   (Q0A753), 
RNH_ALISL   (B6EJV2), RNH_ANAD2   (B8J731), RNH_ANADE   (Q2IJL8), 
RNH_ANADF   (A7HB50), RNH_ANAMM   (Q5PBQ8), RNH_ANASK   (B4UMK8), 
RNH_AROAE   (Q5NYP6), RNH_BARBK   (A1URX4), RNH_BARHE   (Q6G4C3), 
RNH_BARQU   (Q6G0C8), RNH_BART1   (A9IQR5), RNH_BAUCH   (Q1LT02), 
RNH_BLOFL   (Q7VQB6), RNH_BLOPB   (Q493H7), RNH_BORA1   (Q2KV56), 
RNH_BORBR   (Q7WCJ8), RNH_BORPE   (Q7VRX8), RNH_BRAJA   (Q89UU3), 
RNH_BRASB   (A5EAL2), RNH_BRASO   (A4Z216), RNH_BRUA2   (Q2YMI3), 
RNH_BRUAB   (Q57EP4), RNH_BRUME   (P66673), RNH_BRUO2   (A5VP47), 
RNH_BRUSI   (B0CKG2), RNH_BRUSU   (P66674), RNH_BUCAP   (Q08885), 
RNH_BUCBP   (P59434), RNH_CALS8   (A4XKQ3), RNH_CAMC1   (A8Z6F7), 
RNH_CAMC5   (A7H185), RNH_CAMJ8   (A8FNU8), RNH_CAMJE   (Q9PM39), 
RNH_CAMJJ   (A1W1N8), RNH_CAMJR   (Q5HSF7), RNH_CAUCN   (B8H4W7), 
RNH_CAUCR   (Q9A341), RNH_CAUSK   (B0T025), RNH_CHLCH   (Q3APT0), 
RNH_CHLL2   (B3EH35), RNH_CHLP8   (B3QM41), RNH_CHLPB   (B3EMT1), 
RNH_CHLPD   (A1BE10), RNH_CHRSD   (Q1QW64), RNH_CHRVO   (Q7NYL8), 
RNH_CITK8   (A8AKR0), RNH_CLOB1   (A7FR34), RNH_CLOBH   (A5HYU6), 
RNH_CLOBL   (A7GAG3), RNH_CLOPH   (A9KLJ9), RNH_CLOTH   (A3DD79), 
RNH_COXB1   (B6J5V1), RNH_COXB2   (B6J1Y7), RNH_COXBN   (A9KGQ0), 
RNH_COXBR   (A9NB52), RNH_COXBU   (Q83EK3), RNH_CROS8   (A7MI34), 
RNH_CUPNH   (Q0K8W6), RNH_CUPPJ   (Q46Z81), RNH_CYAP4   (B8HPS9), 
RNH_CYAP8   (B7JVG1), RNH_DECAR   (Q47FN9), RNH_DESDG   (Q30X61), 
RNH_DESRM   (A4J7B3), RNH_DESVH   (Q72E89), RNH_DESVM   (B8DIU7), 
RNH_DESVV   (A1VFS4), RNH_DICNV   (A5EXP9), RNH_DINSH   (A8LLC1), 
RNH_ECO24   (A7ZHV1), RNH_ECO27   (B7UJB0), RNH_ECO45   (B7MBJ0), 
RNH_ECO55   (B7LHC0), RNH_ECO57   (P0A7Y6), RNH_ECO5E   (B5Z0I8), 
RNH_ECO7I   (B7NKW4), RNH_ECO81   (B7MQ23), RNH_ECO8A   (B7M213), 
RNH_ECOBW   (C4ZRV1), RNH_ECODH   (B1XD78), RNH_ECOHS   (A7ZWF6), 
RNH_ECOL5   (Q0TLC3), RNH_ECOL6   (P0A7Y5), RNH_ECOLC   (B1IPU4), 
RNH_ECOLI   (P0A7Y4), RNH_ECOLU   (B7N876), RNH_ECOSE   (B6HZS7), 
RNH_ECOSM   (B1LHM3), RNH_EDWI9   (C5BEV5), RNH_EHRCJ   (Q3YR62), 
RNH_EHRCR   (Q2GHJ9), RNH_EHRRG   (Q5FG88), RNH_ENT38   (A4W6V4), 
RNH_ERWCT   (Q6D1V7), RNH_ERWT9   (B2VHJ5), RNH_ERYLH   (Q2ND39), 
RNH_ESCF3   (B7LW89), RNH_FRAAA   (Q0RJ31), RNH_FRAP2   (B0TZ91), 
RNH_FRAT1   (Q14IN1), RNH_FRATF   (A7NBM9), RNH_FRATH   (Q2A3X6), 
RNH_FRATM   (B2SFV9), RNH_FRATN   (A0Q6W0), RNH_FRATO   (Q0BMB7), 
RNH_FRATW   (A4IYE6), RNH_GEOMG   (Q39X47), RNH_GEOSL   (Q74BH0), 
RNH_GEOUR   (A5G5F6), RNH_GLUOX   (Q5FUH9), RNH_GRABC   (Q0BQX7), 
RNH_HAEDU   (Q7VM15), RNH_HAEI8   (Q4QP49), RNH_HAEIG   (A5UFU3), 
RNH_HAEIN   (P43807), RNH_HAHCH   (Q2SJ45), RNH_HALHL   (A1WXD7), 
RNH_HALSA   (Q9HSF6), RNH_HELAH   (Q17XJ7), RNH_HELPH   (Q1CTK9), 
RNH_HELPJ   (Q9ZLH3), RNH_HELPY   (P56120), RNH_HERAR   (A4G7G3), 
RNH_HYPNA   (Q0C3M1), RNH_IDILO   (Q5QZL3), RNH_JANMA   (A6SXA4), 
RNH_JANSC   (Q28V43), RNH_KLEP3   (B5Y1G2), RNH_KLEP7   (A6T512), 
RNH_LEGPA   (Q5X5I2), RNH_LEGPC   (A5IBM5), RNH_LEGPH   (Q5ZVQ7), 
RNH_LEGPL   (Q5WWW5), RNH_MAGSA   (Q2W9A9), RNH_MANSM   (Q65S82), 
RNH_MARAV   (A1U0U9), RNH_MARMM   (Q0AMI4), RNH_MESSB   (Q11KC5), 
RNH_METCA   (Q60AW8), RNH_METEP   (A9W185), RNH_METFK   (Q1H190), 
RNH_MIMIV   (Q5UPY1), RNH_MOOTA   (Q2RKU0), RNH_MYCGI   (A4T6Y5), 
RNH_MYCS2   (A0R3Q8), RNH_MYCSM   (Q07705), RNH_NEIG1   (Q5F7K9), 
RNH_NEIMA   (Q9JTD9), RNH_NEIMB   (Q9JYE5), RNH_NEIMF   (A1KV38), 
RNH_NEOSM   (Q2GDA1), RNH_NITEC   (Q0AE34), RNH_NITEU   (Q82XV8), 
RNH_NITHX   (Q1QH30), RNH_NITMU   (Q2Y8K1), RNH_NITOC   (Q3J7D4), 
RNH_NITWN   (Q3SP51), RNH_NOVAD   (Q2G9E3), RNH_OCHA4   (A6WWG8), 
RNH_OLICO   (B6JJ39), RNH_ORITB   (A5CEP5), RNH_PARDP   (A1B840), 
RNH_PARL1   (A7HQX4), RNH_PASMU   (P57813), RNH_PECCP   (C6DC65), 
RNH_PELCD   (Q3A827), RNH_PELLD   (Q3B2H0), RNH_PELPD   (A1AT66), 
RNH_PHEZH   (B4R8T3), RNH_PHOLL   (Q7N807), RNH_PHOLU   (Q8GF77), 
RNH_POLNA   (A1VMW5), RNH_POLSJ   (Q12B88), RNH_POLSQ   (A4SXM6), 
RNH_PROA2   (B4S5K2), RNH_PROM1   (A2C030), RNH_PROMA   (Q7VDY9), 
RNH_PROMH   (B4EUG3), RNH_PROMT   (Q46HH3), RNH_PROVI   (A4SFZ9), 
RNH_PSE14   (Q48KX6), RNH_PSEA6   (Q15TA7), RNH_PSEA7   (A6V705), 
RNH_PSEA8   (B7VB62), RNH_PSEAB   (Q02KV8), RNH_PSEAE   (Q9I2S9), 
RNH_PSEE4   (Q1I7T4), RNH_PSEF5   (Q4KBI1), RNH_PSEHT   (Q3IIS1), 
RNH_PSEMY   (A4XU11), RNH_PSEP1   (A5W169), RNH_PSEPF   (Q3KE77), 
RNH_PSEPG   (B0KN00), RNH_PSEPK   (Q88FF5), RNH_PSEPW   (B1JBN1), 
RNH_PSESM   (Q87YT0), RNH_PSEU2   (Q4ZVL1), RNH_PSEU5   (A4VLR0), 
RNH_PSYIN   (A1SS86), RNH_RALME   (Q1LL89), RNH_RALSO   (Q8XZ91), 
RNH_RHIEC   (Q2KBL2), RNH_RHIL3   (Q1MKH6), RNH_RHILO   (Q985W1), 
RNH_RHIME   (Q92RG0), RNH_RHOBA   (Q7UF86), RNH_RHOFD   (Q21YF6), 
RNH_RHOP2   (Q2J0F8), RNH_RHOPA   (Q6N1Y3), RNH_RHOPS   (Q131J2), 
RNH_RHOPT   (B3Q6U1), RNH_RHORT   (Q2RPU6), RNH_RHOS1   (A3PMR3), 
RNH_RHOS5   (A4WNV1), RNH_RICAH   (A8GPT6), RNH_RICBR   (Q1RJL7), 
RNH_RICCK   (A8EXT7), RNH_RICCN   (Q92GL5), RNH_RICFE   (Q4UN27), 
RNH_RICM5   (A8F2L0), RNH_RICPR   (Q9ZCK3), RNH_RICTY   (Q68W20), 
RNH_ROSDO   (Q16AK0), RNH_RUEPO   (Q5LNJ2), RNH_RUEST   (Q1GDG1), 
RNH_RUTMC   (A1AW38), RNH_SACEN   (A4FMU3), RNH_SALA4   (B5F8X2), 
RNH_SALAR   (A9MPF1), RNH_SALCH   (Q57SZ6), RNH_SALDC   (B5FJ58), 
RNH_SALEP   (B5R449), RNH_SALG2   (B5R5L3), RNH_SALHS   (B4TK85), 
RNH_SALNS   (B4SV39), RNH_SALPA   (Q5PFD8), RNH_SALPB   (A9MZ19), 
RNH_SALPC   (C0Q6N2), RNH_SALPK   (B5BDW5), RNH_SALSV   (B4TYH0), 
RNH_SALTI   (P0A2C0), RNH_SALTY   (P0A2B9), RNH_SERP5   (A8GA77), 
RNH_SHEAM   (A1S6T0), RNH_SHEB2   (B8E599), RNH_SHEB5   (A3D440), 
RNH_SHEB8   (A6WMW8), RNH_SHEB9   (A9L0F2), RNH_SHEDO   (Q12MM4), 
RNH_SHEFN   (Q081L4), RNH_SHEHH   (B0TRM1), RNH_SHELP   (A3QET0), 
RNH_SHEON   (Q8EE30), RNH_SHEPC   (A4Y6C1), RNH_SHESA   (A0KXS6), 
RNH_SHESH   (A8FUS8), RNH_SHESM   (Q0HI86), RNH_SHESR   (Q0HUI2), 
RNH_SHESW   (A1RK75), RNH_SHEWM   (B1KHK0), RNH_SHIB3   (B2U352), 
RNH_SHIBS   (Q325T2), RNH_SHIDS   (Q32JP9), RNH_SHIFL   (P0A7Y7), 
RNH_SHISS   (Q3Z5E9), RNH_SINMW   (A6U6V5), RNH_SODGM   (Q2NVF9), 
RNH_SOLUE   (Q01RW8), RNH_STRCO   (Q9X7R6), RNH_SULNB   (A6QCI9), 
RNH_SULTO   (F9VN79), RNH_SYMTH   (Q67K93), RNH_SYNAS   (Q2LWY9), 
RNH_SYNFM   (A0LGJ7), RNH_SYNWW   (Q0AV47), RNH_SYNY3   (Q55801), 
RNH_THEEB   (Q8DM24), RNH_THEP3   (B0K9M0), RNH_THEPX   (B0K1A7), 
RNH_THET2   (Q72IE1), RNH_THET8   (P29253), RNH_THETN   (Q8RA67), 
RNH_THICR   (Q31H49), RNH_THIDA   (Q3SIB2), RNH_TOLAT   (C4LC60), 
RNH_TREDE   (Q73K21), RNH_TREPA   (O83372), RNH_TREPS   (B2S2V0), 
RNH_TRIEI   (Q115G0), RNH_TROW8   (Q83HK9), RNH_TROWT   (Q83GM3), 
RNH_VEREI   (A1WFG9), RNH_VESOH   (A5CX29), RNH_VIBC3   (A5F633), 
RNH_VIBCH   (Q9KPX8), RNH_VIBCM   (C3LPN8), RNH_VIBF1   (Q5E3G5), 
RNH_VIBHB   (A7MY21), RNH_VIBPA   (Q87MG2), RNH_VIBSL   (B7VIP1), 
RNH_VIBVU   (Q8DBD5), RNH_VIBVY   (Q7MII6), RNH_WIGBR   (Q8D3D3), 
RNH_WOLPM   (Q73I74), RNH_WOLWR   (C0R2X2), RNH_XANAC   (Q8PNH8), 
RNH_XANC5   (Q3BWP3), RNH_XANC8   (Q4URM3), RNH_XANCP   (Q8PBX8), 
RNH_XANOM   (Q2P6Y2), RNH_XANOR   (Q5H426), RNH_XYLFA   (Q9PBI6), 
RNH_XYLFT   (Q87C76), RNH_YERE8   (A1JKB1), RNH_YERP3   (A7FFK7), 
RNH_YERPA   (Q1CAJ5), RNH_YERPB   (B2KAC9), RNH_YERPE   (Q8ZH30), 
RNH_YERPG   (A9R0G0), RNH_YERPN   (Q1CFI6), RNH_YERPP   (A4TL54), 
RNH_YERPS   (Q667M7), RNH_YERPY   (B1JR46), RNH_ZYMMO   (O69014), 
Y2228_MYCTU (P64955), Y2253_MYCBO (P64956), YPEP_BACSU  (P54164)
False negative hits (sequences which belong to the set under consideration, but which have not been picked up by the pattern or profile):
POL_CSVMV   (Q89703), RNH1_BACHD  (Q9KEI9), RT67_ECOLX  (P21325)
Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:

[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format]

Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]		 1BQM; 1BQN; 1C0T; 1C0U; 1C1B; 1C1C; 1DLO; 1DTQ; 1DTT; 1EET; 1EP4; 1F21; 1FK9; 1FKO; 1FKP; 1G15; 1GOA; 1GOB; 1GOC; 1HMV; 1HNI; 1HNV; 1HPZ; 1HQE; 1HQU; 1HRH; 1HVU; 1HYS; 1IKV; 1IKW; 1IKX; 1IKY; 1J5O; 1JKH; 1JL1; 1JL2; 1JLA; 1JLB; 1JLC; 1JLE; 1JLF; 1JLG; 1JLQ; 1JXB; 1KLM; 1KVA; 1KVB; 1KVC; 1LAV; 1LAW; 1LW0; 1LW2; 1LWC; 1LWE; 1LWF; 1MU2; 1N5Y; 1N6Q; 1O1W; 1QE1; 1R0A; 1RBR; 1RBS; 1RBT; 1RBU; 1RBV; 1RCH; 1RDA; 1RDB; 1RDC; 1RDD; 1RDH; 1REV; 1RIL; 1RNH; 1RT1; 1RT2; 1RT3; 1RT4; 1RT5; 1RT6; 1RT7; 1RTD; 1RTH; 1RTI; 1RTJ; 1S1T; 1S1U; 1S1V; 1S1W; 1S1X; 1S6P; 1S6Q; 1S9E; 1S9G; 1SUQ; 1SV5; 1T03; 1T05; 1TKT; 1TKX; 1TKZ; 1TL1; 1TL3; 1TV6; 1TVR; 1UWB; 1VRT; 1VRU; 1WSE; 1WSF; 1WSG; 1WSH; 1WSI; 1WSJ; 2B5J; 2B6A; 2BAN; 2BE2; 2E4L; 2EHG; 2G8F; 2G8V; 2G8W; 2HB5; 2HMI; 2HND; 2HNY; 2HNZ; 2I5J; 2IAJ; 2IC3; 2OPP; 2OPQ; 2OPR; 2OPS; 2QK9; 2QKB; 2QKK; 2RF2; 2RKI; 2RN2; 2RPI; 2VG5; 2VG6; 2VG7; 2WOM; 2WON; 2YKM; 2YKN; 2YNF; 2YNG; 2YNH; 2YNI; 2YV0; 2Z1G; 2Z1H; 2Z1I; 2Z1J; 2ZD1; 2ZE2; 2ZQB; 3AA2; 3AA3; 3AA4; 3AA5; 3ALY; 3BGR; 3C6T; 3C6U; 3DI6; 3DLE; 3DLG; 3DLK; 3DM2; 3DMJ; 3DOK; 3DOL; 3DRP; 3DRR; 3DRS; 3DYA; 3E01; 3FFI; 3HST; 3HVT; 3I0R; 3I0S; 3IG1; 3IRX; 3IS9; 3ISN; 3ITH; 3JSM; 3JYT; 3K2P; 3KJV; 3KK1; 3KK2; 3KK3; 3KLE; 3KLF; 3KLG; 3KLH; 3KLI; 3LAK; 3LAL; 3LAM; 3LAN; 3LP0; 3LP1; 3LP2; 3LP3; 3M8P; 3M8Q; 3MEC; 3MED; 3MEE; 3MEG; 3NBP; 3P1G; 3QIN; 3QIO; 3QIP; 3QLH; 3QO9; 3T19; 3T1A; 3TAM; 3V1O; 3V1Q; 3V1R; 3V4I; 3V6D; 3V81; 4B3O; 4B3P; 4B3Q; 4DG1; 4E19; 4E89; 4G1Q; 4H4M; 4H4O; 4I2P; 4I2Q; 4I7F; 4I7G; 4ICL; 4ID5; 4IDK; 4IFV; 4IFY; 4IG0; 4IG3;

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

File name:

Format: Swiss-Prot Fasta

or