Entry: PS50884

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_DOF_2
Accession [info] PS50884
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50884
Associated ProRule [info] PRU00071

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger Dof-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=55;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3707771; R2=0.0093185; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2823.55705; R2=22.30201; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1356; N_SCORE=15.0; H_SCORE=30656; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=658; N_SCORE=8.5; H_SCORE=17498; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-40; I=-40; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L'; M=-12,-21,-23,-20,-13, -3,-26,-15,  5,-13, 22,  8,-19,-21,-10,  1,-20, -9,  1,-22, -5,-13;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-23, -9, -5,-21,-18,-16,-12,  0,-20,-12, -8, 21, -9, -7, -4, -5, -9,-30,-20, -9;
/M: SY='C'; M=-10,-20,115,-30,-30,-19,-30,-29,-28,-29,-19,-17,-20,-39,-29,-29,-10,-10, -9,-49,-29,-29;
/M: SY='P'; M= -6,-19,-37,-10, -1,-29,-18,-20,-19,-10,-29,-19,-18, 81,-10,-20, -7, -8,-27,-30,-29,-10;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M=-12, 20,-27, 21,  7,-22, -4,  2,-27,  2,-24,-19, 18,-16,  0,  1,  0, -8,-26,-26, -8,  3;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='T'; M= -7,  2,-21,  2, -4,-18,-15, -9,-14, -2,-11, -3, -1,-12, -3,  3,  1,  5, -8,-28,-12, -5;
/M: SY='N'; M=-12, 29,-25, 26, 16,-28, -9,  7,-26,  4,-26,-19, 31,-13, 11,  0,  5, -4,-29,-35,-17, 13;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 35,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='C'; M= -8,-18,104,-26,-26,-20,-26,-28,-29,-28,-21,-20,-16,-36,-26,-28, -4, -6,-10,-49,-29,-26;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 31,-30, 19,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-11,-10,-20,-10,-10, 30, 79,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24, 50,-30,  4,  0,-18,  4,  0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 60,-24;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='Y'; M=-19,-13,-29,-15,-18, 24,-26, 19, -2, -9, -4, -2,-10,-29, -9, -9,-16, -9,-12, 22, 68,-18;
/M: SY='N'; M= -3, 20,-13,  9,  0,-21, -3,  0,-22,  2,-30,-19, 34,-16,  0, -1, 17,  5,-22,-38,-19,  0;
/M: SY='L'; M= -6,-21,-18,-22,-13, -1,-27,-20, 12,-12, 16, 10,-22,-24,-16,-12,-16, -5, 16,-24, -6,-14;
/M: SY='S'; M=  2,  7,-15, -1, -4,-13, -6, -4,-18, -6,-23,-16, 18,-15, -3, -3, 19, 12,-14,-32,-14, -4;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='H'; M=-20, -9,-30, -9, -9,  2,-24, 65,-17,-10,-11,  0, -3,-24,  1, -4,-14,-16,-21, -4, 46, -9;
/M: SY='F'; M=-18,-26,-22,-33,-24, 57,-29,-17, -2,-19,  9,  1,-19,-28,-30,-13,-20,-10, -2,  4, 25,-24;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='N'; M=  9, 12,-16,  2, -2,-21,  2, -5,-19, -5,-24,-17, 21,-14, -3, -8, 15,  5,-17,-32,-19, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M=-17, -8,-12, -9,  0,-24,-21,  8,-28, 16,-20, -8, -1,-20, 14, 39, -8,-11,-22,-25, -9,  4;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Y'; M=-19,-20,-12,-21,-21, 24,-30, 14, -4,-12, -2, -2,-20,-31,-12,-12,-19,-10,-10, 20, 67,-21;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='H'; M=  7, -4,-23, -7,  3,-23,-13, 18,-23,  6,-18, -8, -1,-13,  7,  7, -1, -9,-17,-24, -6,  3;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A'; M= 24, -9,-10,-15,-11,-15, -8,-19, -6,-12,-11, -9, -6,-13,-11,-16, 16, 13,  5,-28,-17,-11;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-19,-28,-18,  6,-26,-16, 17,-25, 38, 23,-25,-27,-15,-18,-22, -7,  9,-22, -2,-17;
/M: SY='R'; M=-14,-10,-28,-11, -1,-20,-18, -2,-28, 27,-19,-10, -1,-19,  8, 62, -8, -9,-18,-20,-11, -1;
/M: SY='N'; M= -9, 30,-20, 15,  0,-20, -5,  4,-19,  0,-26,-18, 44,-18, -1,  2, 10,  4,-24,-37,-18, -1;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-16,-30,-27, -2,-30,-28, 32,-22, 10, 10,-24,-25,-25,-22, -9, -1, 39,-28, -8,-27;
/M: SY='P'; M= -6,-19,-38,-11, -1,-29,-19,-20,-19,-10,-29,-19,-19, 83,-10,-20, -9, -9,-28,-29,-29,-10;
/M: SY='V'; M=  0,-25,-14,-27,-25, -3,-27,-27, 26,-20,  6,  7,-22,-25,-24,-20, -4,  1, 37,-30,-10,-25;
/M: SY='G'; M=  8, -9,-24,-12,-17,-26, 48,-20,-32,-17,-24,-17, -2,-17,-17,-19,  4, -8,-22,-21,-26,-17;
/M: SY='G'; M=  8,-10,-25,-10,-14,-27, 43,-19,-31,-16,-27,-18, -2, -8,-15,-19,  6,-11,-23,-23,-27,-15;
/M: SY='G'; M=  4,-12,-26,-14,-16,-23, 32,-20,-21,-18,-21,-14, -4,-10,-16,-19,  3,-10,-16,-24,-24,-17;
/M: SY='C'; M= -3,-11, 23,-16,-14,-16,-13,-16,-23, -9,-19,-14, -7,-23,-12, -2,  3,  2,-11,-31,-15,-14;
/M: SY='R'; M=-14, -3,-28, -1,  2,-22,-17, -2,-30, 23,-20,-12,  2,-18,  7, 53, -7, -9,-20,-22,-12,  0;
/M: SY='K'; M= -9, -2,-28, -3,  5,-26,-18, -7,-28, 38,-26,-10,  2,-13,  8, 37, -8, -9,-19,-21,-11,  5;
/M: SY='N'; M= -4, 12,-19,  5,  0,-21, -7,  0,-21,  3,-27,-16, 23,-11,  1,  4, 14,  8,-19,-34,-16,  0;
/M: SY='K'; M= -7,  1,-25, -2,  1,-24,-16, -9,-20, 22,-24,-11,  5, -6,  1, 15, -3, -5,-14,-26,-14,  0;
/M: SY='R'; M= -8, -8,-26, -8, -3,-19,-13, -2,-20,  9,-15, -9, -2, -6,  0, 17, -5, -6,-17,-25,-12, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 38 in 38 different sequences
Number of true positive hits 38 in 38 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] Dof-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
38 sequences

CDF1_ARATH  (Q8W1E3), CDF2_ARATH  (Q93ZL5), CDF3_ARATH  (Q8LFV3), 
CDF4_ARATH  (O22967), CDF5_ARATH  (Q9SEZ3), DOF11_ARATH (Q8L9V6), 
DOF12_ARATH (P68349), DOF13_ARATH (Q9LQX4), DOF14_ARATH (Q9FZA4), 
DOF15_ARATH (P68350), DOF16_ARATH (Q9SX97), DOF17_ARATH (O82155), 
DOF18_ARATH (Q84JQ8), DOF21_ARATH (Q8LE43), DOF22_ARATH (Q9ZV33), 
DOF24_ARATH (O80928), DOF25_ARATH (Q9ZPY0), DOF31_ARATH (Q94AR6), 
DOF32_ARATH (Q9M1E6), DOF34_ARATH (Q39088), DOF35_ARATH (Q9SVC5), 
DOF36_ARATH (Q9M2U1), DOF37_ARATH (Q43385), DOF41_ARATH (Q9M161), 
DOF42_ARATH (Q9SUB1), DOF43_ARATH (Q9SUB0), DOF44_ARATH (Q9SUA9), 
DOF45_ARATH (O49550), DOF46_ARATH (Q8LAP8), DOF47_ARATH (Q84K52), 
DOF51_ARATH (Q9LZ56), DOF53_ARATH (Q84TE9), DOF54_ARATH (Q8LDR0), 
DOF56_ARATH (Q9FM03), DOF57_ARATH (Q9LSL6), DOF58_ARATH (Q9FGD6), 
MNB1A_MAIZE (P38564), PBF_MAIZE   (O24463)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission