Entry: PS50887

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] GGDEF
Accession [info] PS50887
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50887
Associated ProRule [info] PRU00095

Name and characterization of the entry

Description [info] GGDEF domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=130;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=125;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3236; R2=0.02613300; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5426.24508; R2=36.83151; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=236; N_SCORE=8.5; H_SCORE=12719; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=159; N_SCORE=6.5; H_SCORE=11319; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='K'; M= -2, -2,-24, -4,  0,-20, -4, -5,-22,  4,-19,-11,  2,-11,  0,  2,  1, -3,-16,-25,-13, -1;
/M: SY='P'; M= -8, -5,-28, -5, -5,-17,-12, -4,-18, -1,-19,-11, -3,  2, -5, -2, -4, -5,-17,-18, -7, -6;
/M: SY='F'; M=-10,-22,-21,-26,-21, 14,-23,-12,  8,-19,  6,  3,-17,-22,-21,-16,-12, -5,  9,-13, 10,-22;
/M: SY='A'; M= 14,-14, -4,-19,-17,-14,  1,-20, -8,-17,-12, -8, -9,-18,-15,-20,  5, -1, -1,-25,-16,-16;
/M: SY='I'; M= -6,-27,-18,-31,-25, 12,-30,-23, 23,-24, 20, 13,-24,-26,-24,-21,-16, -4, 23,-19,  2,-25;
/M: SY='L'; M= -6,-25,-10,-30,-21,  7,-26,-17, 14,-23, 26, 20,-24,-26,-17,-19,-20, -7, 10,-20, -1,-19;
/M: SY='L'; M=-12,-24,-12,-29,-21, 12,-29,-14, 10,-17, 18, 15,-21,-26,-16,-13,-21,-10,  5,-14,  9,-19;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-18,-32,-24,  8,-28,-22, 23,-24, 22, 17,-23,-26,-21,-19,-19, -8, 18,-20, -1,-24;
/M: SY='D'; M=-16, 29,-29, 41, 15,-33,-12,  5,-35,  6,-26,-22, 12,-12,  3,  4, -2, -9,-26,-34,-15,  8;
/M: SY='V'; M= -7,-24,-16,-27,-24,  4,-23,-23, 17,-24, 16, 11,-21,-25,-22,-21,-15, -5, 18,-22, -5,-23;
/M: SY='D'; M=-16, 33,-30, 45, 17,-33,-10,  2,-34,  1,-27,-24, 14, -4,  1, -8, -1,-10,-28,-34,-16,  9;
/M: SY='N'; M= -9, 10,-25,  7,  0,-18,  0,  6,-23, -4,-21,-14, 14,-18, -3, -1, -1, -8,-21,-27,-10, -2;
/M: SY='F'; M=-10,-25,-19,-32,-23, 32,-26,-18, 10,-25, 19, 12,-20,-26,-24,-19,-17, -6,  6,-10,  9,-22;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='K'; M= -8, -2,-28, -1,  8,-26, -1, -8,-27, 20,-22, -9,  0,-12,  6, 12, -6,-11,-21,-21,-15,  7; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='E'; M= -5,  1,-22,  3,  6,-18,-11, -5,-17,  3,-14, -7, -2, -9,  3,  0, -2, -4,-14,-23,-11,  4; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='I'; M= -6,-22,-21,-28,-21,  9,-26,-19, 16,-19,  9,  8,-18,-20,-17,-18,-13, -4, 12, -5,  6,-20; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='N'; M= -7,  4,-18, -5, -9,  0, -9, -5, -9, -6,-10, -6, 15,-19, -9, -4, -1, -3,-11,-22, -7, -8; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='D'; M= -7, 15,-20, 20,  7,-22, -5, -3,-22,  0,-17,-15,  8,-10, -1, -2,  3, -2,-17,-26,-13,  3; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='T'; M= -1, -2,-16, -6, -4,-13, -9, -3, -9, -3, -9, -5,  2,-13, -2, -3,  1,  3, -7,-22, -9, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='Y'; M=-11,-14,-23,-14,-10,  6,-11,  3, -7,-10, -1, -2,-12,-20, -8, -7,-13,-10,-10,  7, 22,-11; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='G'; M= -3, -8,-25, -8, -9,-20, 33,-13,-29, -8,-22,-15, -2,-13,-10, -5, -1,-13,-22,-17,-18,-10; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='H'; M=-14, -5,-26, -5,  2, -9,-21, 33,-14, -7, -8, -1, -3,-16,  3, -3,-11,-12,-16,-14, 11,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='S'; M=  2, -1,-19, -2,  1,-19,-11, -6,-16,  1,-16, -8,  0, -5,  0,  1,  5,  1,-11,-27,-14,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='T'; M=  0, -9,-22,-13, -2,-12,-16,-11, -8, -4, -8, -3, -8,-14, -1, -4, -2,  2, -7,-12, -5, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='G'; M=  1,-10,-22,-13,-14,-14, 12,-16,-17,-11,-11, -8, -5,-19,-13, -6, -3, -5,-10,-21,-16,-14;
/M: SY='D'; M=-11, 22,-25, 31, 15,-27,-12, -3,-26,  0,-24,-21, 10,-11,  2, -5,  6, -3,-20,-33,-15,  8;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-28, -5, 10,-22,-18, -2,-20, 12,-14, -7, -4,-11, 11, 20, -6, -9,-17,-24,-11,  9;
/M: SY='L'; M= -1,-23,-10,-28,-21,  6,-25,-20, 12,-21, 14, 10,-21,-24,-18,-19,-13, -3, 14,-19, -1,-20;
/M: SY='L'; M=-11,-28,-22,-31,-21, 11,-30,-18, 21,-25, 36, 20,-26,-27,-18,-19,-26,-10, 11,-16,  4,-20;
/M: SY='R'; M= -9, -8,-21, -9, -2,-14,-20,-11,-11,  6, -9, -2, -8,-18,  2,  7, -8, -6, -7,-23, -8, -1;
/M: SY='E'; M= -9, -5,-25, -5,  6,-11,-21, -4,-13,  4, -8, -6, -6,-15,  1,  2, -6, -3,-12,-19,  0,  3;
/M: SY='I'; M= -8,-28,-20,-34,-26, 21,-31,-24, 22,-26, 19, 10,-23,-26,-26,-22,-17, -4, 19,-15,  5,-26;
/M: SY='A'; M= 12,-13,-11,-18,-13, -2, -3,-18,-11,-14,-11,-10, -8,-18,-16,-15,  6,  1, -2,-21,-11,-14;
/M: SY='E'; M=-10,  7,-26,  8, 14,-25,-14,  0,-24, 12,-20,-13,  7,-13, 10, 12, -1, -6,-21,-28,-14, 11;
/M: SY='R'; M= -7,-14,-22,-16, -6,-11,-19,-13, -6, -4, -1, -2,-10,-19, -3,  3,-11, -7, -7,-16, -8, -6;
/I:         I=-3; MD=-5;
/M: SY='L'; M=-11,-26,-23,-29,-21,  7,-30,-13, 22,-24, 28, 16,-22,-25,-17,-17,-23,-10, 12,-16,  7,-21; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-5;
/M: SY='R'; M= -5, -8,-22,-10, -4,-16,-16,-10, -9,  4, -9, -4, -2,-16,  1, 10, -1, -2, -7,-24,-11, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-5;
/M: SY='E'; M= -5,  3,-24,  3,  9,-23,-14, -7,-20,  7,-22,-14,  5,  1,  5,  4,  4,  1,-18,-28,-16,  6; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-5;
/M:         M= -2,-10,-11,-14,-10, -7,-18,-10, -1,-10, -3,  0, -7,-18, -5, -9, -3, -2,  0,-22, -6, -8; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-5;
/M: SY='V'; M= -2,-23, -7,-26,-20, -1,-25,-21, 19,-19, 15, 13,-22,-23,-18,-18,-14, -5, 22,-23, -7,-20; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-5;
/M: SY='R'; M= -9, -6,-19, -6,  0,-19,-16, -5,-15,  8,-14, -5, -3,-12,  3, 16, -5, -5,-11,-23,-10,  0; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-5;
/M: SY='E'; M= -6, -5,-25, -2,  8,-23,-13, -7,-19,  6,-18,-11, -3,  7,  6,  8, -2, -6,-18,-24,-16,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-5; IM=0; DM=-5;
/M: SY='N'; M= -7, 10,-18,  8,  1,-19, -4, -8,-22, -6,-20,-16, 11,-15, -4, -6,  8,  5,-17,-31,-16, -2;
/M: SY='D'; M= -5, 14,-25, 21,  7,-26, -8, -8,-21, -5,-17,-15,  2,-11, -3,-10, -1, -8,-15,-29,-16,  2;
/M: SY='V'; M= -7,-16,-14,-20,-16,  0,-25,-14,  5,-11,  2,  4,-14,-22,-12,-10, -9, -2,  6,-18,  3,-15;
/M: SY='L'; M= -3,-25,-11,-28,-21,  3,-27,-23, 14,-20, 18,  8,-24,-24,-21,-18,-16, -5, 17,-23, -6,-21;
/M: SY='V'; M=  3,-17,-10,-21,-19,  0,-13,-19,  0,-18, -3, -3,-14,-22,-19,-17, -4, -2,  6,-19, -4,-19;
/M: SY='R'; M=-18,-13,-29,-13, -4, -5,-23,  5,-19, 12,-13, -6, -6,-18,  6, 35,-12,-10,-18, -9, 11, -3;
/M: SY='Y'; M= -6,-21,-24,-24,-18,  3,-23,-13,  9,-19,  7,  4,-16,-18,-13,-17,-10, -5,  3, -7, 10,-18;
/M: SY='G'; M= -1, -6,-26, -4, -9,-25, 33, -9,-31,-13,-27,-17,  1,-13,-11,-14,  6,-10,-23,-25,-20,-11;
/M: SY='G'; M= -3,  0,-29,  3, -4,-30, 41,-14,-37,-11,-27,-20,  2,-16,-11,-11,  0,-16,-28,-24,-26, -8;
/M: SY='D'; M=-13, 28,-25, 37, 18,-26,-11, -1,-30,  0,-26,-23, 17,-11,  2, -5,  5, -4,-25,-34,-15, 10;
/M: SY='D'; M=-13, 19,-28, 30, 30,-28,-15, -3,-29,  4,-21,-20,  5, -8,  7, -1, -1, -8,-24,-32,-17, 18;
/M: SY='F'; M=-14,-28,-20,-35,-27, 48,-30,-19, 10,-26, 13,  5,-22,-28,-32,-20,-18, -7,  9, -1, 21,-27;
/M: SY='L'; M=  6,-21,-17,-25,-19,  0,-13,-20,  6,-21, 14,  6,-19,-22,-18,-19,-10, -3,  8,-19, -6,-19;
/M: SY='I'; M= -2,-28,-19,-32,-25,  4,-30,-26, 28,-25, 23, 14,-25,-26,-23,-23,-17, -6, 27,-22, -4,-25;
/M: SY='V'; M= -6,-28,-18,-32,-25,  9,-30,-24, 24,-23, 23, 14,-26,-27,-23,-18,-19, -6, 25,-21, -2,-25;
/M: SY='L'; M=  0,-21,-15,-24,-19,  2,-11,-19,  3,-22, 15,  5,-17,-24,-19,-18,-13, -7,  3,-20, -7,-19;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='P'; M= -4, -5,-26, -5, -5,-19,-13, -9,-15, -8,-19,-13, -3, 19, -8,-13,  0,  1,-16,-23,-15, -8; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='H'; M= -8,  3,-21,  5,  3,-18, -1,  7,-20, -4,-14, -9,  2, -9,  2, -3, -2, -6,-18,-19, -7,  1; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='T'; M= -2, -8,-10,-10, -5, -9,-15,-12, -1, -7, -3, -2, -7, -6, -6, -7,  0,  7,  2,-20, -9, -6; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='S'; M=  0,  2,-15,  3,  3,-17,  0, -3,-16, -4,-16,-12,  3, -3, -2, -7,  6,  1,-12,-22,-13,  0; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M:         M= -2,-13,-25,-15, -8,-12,-17,-13, -7, -4, -8, -5,-11,-12, -8, -8, -8, -6, -6, -6, -5, -9;
/M: SY='E'; M= -8, 11,-27, 15, 20,-26,-14,  0,-27,  6,-24,-17,  7, -4,  8, -1,  1, -7,-25,-25,-15, 14;
/M: SY='D'; M= -8,  3,-22,  5,  5,-23, -8, -2,-21, -4,-18,-13,  0, -8,  1, -8, -1, -3,-18,-27,-11,  2;
/M: SY='A'; M= 13,-18,-14,-25,-16,-10,-19,-16,  8,-14,  4,  5,-15,-19,-11,-14, -7, -5, 10,-22,-10,-15;
/M: SY='L'; M= -9,-12,-26,-13,  2, -7,-24,-14,  0, -9,  3,  0,-10, -9, -6,-10,-12, -8, -5,-20, -8, -3;
/M: SY='E'; M= -1,  4,-22,  2,  9,-23,-14, -3,-18,  2,-17,-11,  6, -9,  7,  1,  5,  2,-16,-28,-14,  7;
/M: SY='I'; M= -5,-25,-17,-29,-22,  2,-29,-15, 21,-23, 19, 13,-22,-25,-18,-20,-17, -8, 18,-22, -2,-21;
/M: SY='A'; M= 21,-15,-13,-21,-13,-12, -7,-19, -2,-16,  3,  1,-14,-16,-12,-19, -2, -2,  2,-22,-14,-13;
/M: SY='E'; M= -7,  5,-25,  6, 13,-23,-10, -1,-23,  5,-20,-13,  4,-12,  7,  1,  0, -4,-19,-27,-13,  9;
/M: SY='R'; M=-12, -4,-26, -5,  5,-16,-19, -2,-21, 12,-17, -9,  0,-16,  8, 25, -4, -4,-16,-22, -8,  5;
/M: SY='L'; M= -8,-28,-21,-31,-23,  6,-31,-18, 25,-26, 31, 19,-25,-26,-19,-21,-23, -9, 17,-21,  0,-22;
/M: SY='R'; M=-11,-13,-22,-14, -3,-14,-23,-10,-11,  9, -2, -2,-10,-19,  0, 22,-13, -9, -9,-22, -9, -4;
/M: SY='K'; M= -6,  6,-23,  4,  9,-23,-13, -5,-20, 10,-20,-10,  8,-13,  6,  6,  2, -1,-16,-29,-14,  7;
/M: SY='R'; M= -1, -5,-21, -8,  0,-17,-17, -4,-13,  3,-12, -5, -3,-14,  3,  5,  1,  2, -9,-25,-10,  1;
/M: SY='F'; M=-11,-27,-21,-32,-23, 25,-30,-21, 16,-24, 18, 11,-22,-26,-24,-17,-18, -8, 14,-13,  6,-23;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-23,  4, 12,-24, -9, -4,-22,  3,-19,-13,  2,-11,  6,  3,  6, -3,-18,-29,-16,  9;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M: SY='E'; M= -5, -3,-23, -4,  7,-14, -9, -5,-18,  0,-14,-10,  1,-13,  0,  2,  1, -2,-15,-24,-11,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M: SY='F'; M=-10,-17,-24,-18,-13,  2,-16, -8, -4,-16,  0, -2,-13, -2,-13,-13,-11, -6, -7,-12,  1,-14; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M:         M= -8,-12,-23,-13,-10, -2,-18,-14, -5,-12, -3, -5,-11,-10,-10,-12, -9, -2, -6, -2,  0,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M:         M= -9, -5,-15, -7, -2, -8,-15,-10,-10, -6,-10, -7, -2, -7, -6, -6, -6, -5,-11,-17, -9, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M:         M= -6, -7,-16, -8, -3, -5,-12, -7, -1, -6, -3, -2, -5, -1, -4, -7, -5, -4, -4,-13, -3, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M: SY='E'; M= -5,  3,-16,  5,  9,-14, -4,  1,-14, -1,-11, -8,  2, -7,  3, -3, -1, -6,-13,-12, -8,  6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-7; IM=0; DM=-7;
/M: SY='N'; M= -7,  3,-26,  1, -2,-23,  0, -4,-19, -3,-18, -9,  6, -5,  0, -5, -2, -6,-20,-26,-15, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-7;
/M:         M= -8,-12,-25,-11, -3, -8,-13,-14, -8, -8, -3, -3,-11, -9, -9, -7,-10, -7, -7,-22, -9, -7;
/M: SY='N'; M= -7,  1,-26,  1, -1,-16, -6, -3,-22,  0,-21,-14,  3, -8, -1,  0, -1, -7,-20,-21, -6, -3;
/M: SY='I'; M= -8,-21,-22,-24,-20,  3,-27,-20, 16,-19, 11, 10,-17,-15,-18,-17,-15, -6, 13,-22, -5,-20;
/M: SY='T'; M= -4,  0,-19, -3,  1,-18,-14, -6,-18, -1,-17, -8,  1,-11,  2, -2, 10, 16,-12,-24,-10,  1;
/M: SY='I'; M= -5,-24,-15,-28,-22,  7,-22,-17,  9,-21,  9,  8,-21,-15,-20,-20,-15, -8,  8,-15,  3,-22;
/M: SY='S'; M=  1,  1,-16,  1,  0,-17, -3, -4,-20,-10,-22,-15,  6,-13, -1,-10, 22, 12,-12,-34,-15, -1;
/M: SY='I'; M= -1,-24,-23,-30,-22,  6,-28,-17, 22,-20, 11, 11,-19,-21,-15,-21,-14, -7, 14,-11,  9,-21;
/M: SY='G'; M=  2,-10,-27,-11,-18,-27, 51,-15,-33,-16,-25,-15, -2,-19,-17,-17,  0,-16,-23,-21,-25,-17;
/M: SY='I'; M= -4,-25,-15,-30,-24, -1,-31,-23, 24,-21, 14, 10,-22,-24,-19,-20,-15, -5, 23,-21, -1,-23;
/M: SY='A'; M=  9,-13, -8,-17,-14,-10, -2,-18,-10,-14,-11, -9, -9,-19,-15,-16,  4,  0, -1,-23,-12,-15;
/M: SY='Y'; M= -7,-18,-26,-21,-12, -1,-23,-10,  2,-12, -1,  4,-16,-10, -8,-11,-11, -5, -3, -5,  5,-12;
/M: SY='F'; M= -8,-14,-18,-15,-15,  9,-17,-10, -8,-14, -6, -6,-12,-23,-15,-11, -9, -6, -5, -4,  9,-15;
/M: SY='P'; M= -8, -2,-29,  1,  4,-22,-13,  2,-22, -4,-21,-14, -3, 14, -1, -5, -2, -5,-22,-25,-10, -1;
/M: SY='E'; M= -8, -4,-28, -1,  3,-15, -3, -4,-22, -8,-19,-14, -4,  0, -5,-11, -2, -9,-20,-22, -9, -2;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='D'; M=-10,  8,-25, 12, 11,-24, -7, -5,-26, 11,-22,-15,  4, -7,  5,  6, -2, -7,-21,-18,-13,  8; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='E'; M=-11, -4,-25, -2, 11, -9,-21, -4,-14, -1, -8, -8, -6, -7,  3, -2, -6, -3,-15,-19, -4,  7; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='D'; M= -8, 13,-23, 14,  3,-22,-13, -6,-21, -4,-20,-16, 11, -1, -3, -6,  6,  7,-18,-34,-17, -1;
/M: SY='L'; M=  5,-21,-19,-25,-17,  1,-21,-17,  7,-17, 12,  5,-18,-17,-15,-15,-10, -4,  6,-17, -1,-17;
/M: SY='E'; M= -6,  6,-25, 10, 16,-20, -5, -5,-23, -2,-18,-13,  1,-11,  3, -8,  2, -6,-20,-26,-12,  9;
/M: SY='E'; M= -4, -1,-24,  1, 11,-19,-16, -6,-16,  2,-13, -9, -4,-13,  7, -1, -2, -5,-13,-23, -9,  8;
/M: SY='L'; M= -1,-23,-18,-27,-20,  3,-25,-20, 17,-23, 24, 13,-21,-24,-18,-19,-16, -5, 14,-22, -4,-20;
/M: SY='L'; M= -2,-20,-20,-24,-15, -1,-24,-16, 13,-18, 19, 11,-18,-23,-12,-15,-14, -6,  9,-21, -3,-14;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-26,  2, 14,-23,-17, -7,-22, 14,-20,-12,  1,-11,  9,  9, -1, -3,-18,-21,-12, 11;
/M:         M= -4, -2,-21, -5, -1,-13,-17, -2, -9, -5, -9, -4,  0,-16, -4, -2,  0,  0, -5,-28, -9, -4;
/M: SY='A'; M= 27,-16, -9,-23,-14,-11,-11,-20,  0,-16,  4,  1,-15,-17,-13,-20, -1, -1,  5,-22,-14,-14;
/M: SY='E'; M=-12, 13,-29, 22, 25,-29,-15, -2,-28,  8,-20,-18,  3, -6,  7,  6, -4,-10,-24,-30,-16, 15;
/M: SY='E'; M= -7,  3,-22,  3,  5,-18,-17, -4,-12, -2,-10, -5,  3,-14,  2, -4,  0,  0,-12,-29,-12,  3;
/M: SY='A'; M= 18, -7,-18,-11, -1,-17, -8,-12,-15, -4,-10, -9, -6,-13, -2, -3,  4, -3, -9,-23,-15, -2;
/M: SY='L'; M= -3,-18,-16,-21, -7, -5,-23,-13,  7,-16, 18, 17,-19,-20, -7,-14,-15, -7,  3,-23, -7, -7;
/M: SY='R'; M= -7, -6,-21, -6, -2, -9,-20, -1,-16,  6,-12, -6, -7,-18, -1,  7, -7, -7,-12,-14,  6, -3;
/M: SY='R'; M= -1, -2,-23, -4,  0,-18,-13, -4,-18,  7,-15, -7,  0,-15,  3,  9, -2, -4,-14,-22, -9,  0;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='A'; M= 24, -8,-10,-16, -9,-13, -7,-16, -7,-11, -7, -7, -6,-10,-10,-16,  4, -1, -2,-22,-16, -9; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='K'; M= -6, -3,-26, -4,  6,-25,-11, -8,-26, 30,-23, -8, -1,-12,  7, 25, -7, -9,-18,-19,-12,  6; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='N'; M= -6,  2,-18,  0,  2,-19,-11, -4,-17,  1,-13,-10,  4,-11, -1,  1, -1, -4,-14,-27,-13,  0; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='E'; M= -3,  1,-21,  1,  9,-19,-13, -6,-13,  2, -9, -6,  1,-12,  5, -2, -3, -6,-13,-24,-12,  7; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -2, -7,-27, -8,-13,-25, 44,-16,-30,-12,-24,-16,  1,-18,-14,-14,  0,-15,-24,-21,-24,-14; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='R'; M= -9, -8,-26, -8, -5,-22,  4, -6,-25, 13,-21, -8, -2,-17, -1, 20, -6,-11,-16,-21,-14, -5; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='N'; M=-10, 22,-23, 10, -1,-21,  0, 11,-20, -4,-23,-14, 37,-17,  4, -2,  4, -5,-27,-34,-16,  1;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='R'; M=  2, -5,-22, -9, -2,-19, -9, -2,-18,  5,-15, -6, -2,-15,  6,  7,  0, -3,-14,-20, -7,  1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I'; M= -7,-24,-25,-29,-22,  4,-27,-18, 11,-17,  3,  3,-20,-23,-16,-13,-15, -6, 10,  3,  5,-20;
/M: SY='A'; M=  2,-14,-11,-18,-10, -9,-13,-10, -8,-11, -6, -4,-10,-20, -6, -8, -3, -6, -4,-22, -7, -9;
/M: SY='F'; M=  1,-22,-20,-27,-20, 10,-21,-17,  7,-16,  6,  4,-17,-22,-17,-11,-11, -7,  8,-13,  3,-19;
/M: SY='F'; M= -8,-17,-22,-21,-14, 17,-19, -8, -5,-14, -3, -2,-13,-22,-15,-11, -8, -3, -4, -2, 14,-14;
/M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 15,  8,-23,-12,  3,-23,  0,-18,-13,  6,-14,  4, -3,  0, -6,-19,-28, -9,  5;
/M: SY='E'; M= -4, -6,-26, -5,  1,-20,-16,-12,-12,  0,-11, -5, -7,  1, -3, -1, -6, -7,-11,-26,-15, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 81 in 80 different sequences
Number of true positive hits 79 in 78 different sequences
Number of 'unknown' hits 2 in 2 different sequences
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GGDEF
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
78 sequences

ADRA_ECOL6  (P0AAP2), ADRA_ECOLI  (P0AAP1), CAS10_METJA (Q59066), 
CAS10_MYCTU (P71629), CMR2_PYRFU  (Q8U1S6), CSRD_ECOLI  (P13518), 
DOSC_ECO57  (P0AA90), DOSC_ECOLI  (P0AA89), DOSC_SHIBS  (Q320T0), 
DOSC_SHIF8  (Q0T466), DOSC_SHIFL  (Q83KV7), DOSC_SHISS  (Q3Z1N3), 
DOSP_ECOLI  (P76129), GMR_ECOLI   (P77334), MBAA_VIBCH  (Q9KU26), 
PDEB_SHEON  (Q8EJM6), PHY2_SYNY3  (Q55434), PLED_CAUCN  (B8GZM2), 
PLED_CAUCR  (Q9A5I5), VDCA_VIBCH  (Q9KKZ4), Y091_CAUCR  (Q9ABX9), 
Y1354_MYCTO (P9WM12), Y1354_MYCTU (P9WM13), Y1389_MYCBO (P64826), 
Y1727_PSEAE (Q9I310), Y1895_SYNY3 (P74101), Y1970_STAS1 (Q49VU5), 
Y2027_AQUAE (O67821), Y2145_STAHJ (Q4L4H1), Y3085_AZOC5 (Q04855), 
Y3311_PSEAE (Q9HYT3), Y413_STAEQ  (Q5HQY3), Y4LL_RHISN  (P55552), 
Y528_STAES  (Q8CTF5), Y698_STAAB  (Q2YSF9), Y701_STAAN  (Q99VM8), 
Y708_STAAW  (Q7A1G8), Y711_STAAS  (Q6GB84), Y730_STAA3  (Q2FIP5), 
Y746_STAAM  (Q7A2V2), Y760_STAA8  (Q2G061), Y800_STAAR  (Q6GIP5), 
Y809_STAAC  (Q5HHS4), YCDT_ECOLI  (P75908), YDAK_BACSU  (P96585), 
YDAM_ECO57  (Q8X8Q3), YDAM_ECOLI  (P77302), YDEH_ECOLI  (P31129), 
YEAI_ECOLI  (P76236), YEAJ_ECOLI  (P76237), YEAP_ECOLI  (P76245), 
YEDQ_ECO57  (Q8XB92), YEDQ_ECOL6  (Q8FGJ7), YEDQ_ECOLI  (P76330), 
YEDQ_ECOUT  (Q1RAI4), YEDQ_SALCH  (Q57N14), YEDQ_SALPA  (Q5PLI4), 
YEDQ_SALTI  (Q8Z5R0), YEDQ_SALTY  (Q8ZNT5), YEDQ_SHIDS  (Q32HJ0), 
YEDQ_SHIFL  (Q83KM9), YEDQ_SHISS  (Q3Z0N3), YEGE_ECOLI  (P38097), 
YFEA_ECOLI  (P23842), YFIN_ECOLI  (P46139), YHCK_BACSU  (P54595), 
YHJK_ECOLI  (P37649), YHUH_STRGR  (P24222), YKOW_BACSU  (O34311), 
YLIF_ECO57  (Q8X6V3), YLIF_ECOLI  (P75801), YLLM_STAAU  (Q7DLB7), 
YNEF_ECO57  (Q8XAZ4), YNEF_ECOLI  (P76147), YPH5_THIVI  (P45365), 
YREP_STRAM  (P36892), YTRP_BACSU  (O34325), YYBT_BACSU  (P37484)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences
2 sequences

RL9_AYWBP   (Q2NKC0), RL9_ONYPE   (Q6YRK2)

		
PDB
[Detailed view]
11 PDB

1W25; 2V0N; 2WB4; 3TVK; 3UNG; 3UR3; 3W2V; 3W2W; 4DOZ; 4H4K; 4H54

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission