PROSITE

Home | Contact

	Home ScanProsite ProRule Documents Downloads Links Funding
	Entry: PS50887

General information about the entry
Entry name	GGDEF
Accession number	PS50887
Entry type	MATRIX
Date	DEC-2002 (CREATED); DEC-2002 (DATA UPDATE); MAR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation	PDOC50887
Associated ProRule	PRU00095
Name and characterization of the entry
Description	GGDEF domain profile.
Matrix / Profile	/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=130; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=125; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3236; R2=0.02613300; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=236; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=159; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='K'; M= -2, -2,-24, -4, 0,-20, -4, -5,-22, 4,-19,-11, 2,-11, 0, 2, 1, -3,-16,-25,-13, -1; /M: SY='P'; M= -8, -5,-28, -5, -5,-17,-12, -4,-18, -1,-19,-11, -3, 2, -5, -2, -4, -5,-17,-18, -7, -6; /M: SY='F'; M=-10,-22,-21,-26,-21, 14,-23,-12, 8,-19, 6, 3,-17,-22,-21,-16,-12, -5, 9,-13, 10,-22; /M: SY='A'; M= 14,-14, -4,-19,-17,-14, 1,-20, -8,-17,-12, -8, -9,-18,-15,-20, 5, -1, -1,-25,-16,-16; /M: SY='I'; M= -6,-27,-18,-31,-25, 12,-30,-23, 23,-24, 20, 13,-24,-26,-24,-21,-16, -4, 23,-19, 2,-25; /M: SY='L'; M= -6,-25,-10,-30,-21, 7,-26,-17, 14,-23, 26, 20,-24,-26,-17,-19,-20, -7, 10,-20, -1,-19; /M: SY='L'; M=-12,-24,-12,-29,-21, 12,-29,-14, 10,-17, 18, 15,-21,-26,-16,-13,-21,-10, 5,-14, 9,-19; /M: SY='I'; M= -8,-27,-18,-32,-24, 8,-28,-22, 23,-24, 22, 17,-23,-26,-21,-19,-19, -8, 18,-20, -1,-24; /M: SY='D'; M=-16, 29,-29, 41, 15,-33,-12, 5,-35, 6,-26,-22, 12,-12, 3, 4, -2, -9,-26,-34,-15, 8; /M: SY='V'; M= -7,-24,-16,-27,-24, 4,-23,-23, 17,-24, 16, 11,-21,-25,-22,-21,-15, -5, 18,-22, -5,-23; /M: SY='D'; M=-16, 33,-30, 45, 17,-33,-10, 2,-34, 1,-27,-24, 14, -4, 1, -8, -1,-10,-28,-34,-16, 9; /M: SY='N'; M= -9, 10,-25, 7, 0,-18, 0, 6,-23, -4,-21,-14, 14,-18, -3, -1, -1, -8,-21,-27,-10, -2; /M: SY='F'; M=-10,-25,-19,-32,-23, 32,-26,-18, 10,-25, 19, 12,-20,-26,-24,-19,-17, -6, 6,-10, 9,-22; /I: I=-3; MD=-6; /M: SY='K'; M= -8, -2,-28, -1, 8,-26, -1, -8,-27, 20,-22, -9, 0,-12, 6, 12, -6,-11,-21,-21,-15, 7; D=-3; /I: I=-3; MD=-6; /M: SY='E'; M= -5, 1,-22, 3, 6,-18,-11, -5,-17, 3,-14, -7, -2, -9, 3, 0, -2, -4,-14,-23,-11, 4; D=-3; /I: I=-3; MD=-6; /M: SY='I'; M= -6,-22,-21,-28,-21, 9,-26,-19, 16,-19, 9, 8,-18,-20,-17,-18,-13, -4, 12, -5, 6,-20; D=-3; /I: I=-3; MD=-6; /M: SY='N'; M= -7, 4,-18, -5, -9, 0, -9, -5, -9, -6,-10, -6, 15,-19, -9, -4, -1, -3,-11,-22, -7, -8; D=-3; /I: I=-3; MD=-6; /M: SY='D'; M= -7, 15,-20, 20, 7,-22, -5, -3,-22, 0,-17,-15, 8,-10, -1, -2, 3, -2,-17,-26,-13, 3; D=-3; /I: I=-3; MD=-6; /M: SY='T'; M= -1, -2,-16, -6, -4,-13, -9, -3, -9, -3, -9, -5, 2,-13, -2, -3, 1, 3, -7,-22, -9, -3; D=-3; /I: I=-3; MD=-6; /M: SY='Y'; M=-11,-14,-23,-14,-10, 6,-11, 3, -7,-10, -1, -2,-12,-20, -8, -7,-13,-10,-10, 7, 22,-11; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6; /M: SY='G'; M= -3, -8,-25, -8, -9,-20, 33,-13,-29, -8,-22,-15, -2,-13,-10, -5, -1,-13,-22,-17,-18,-10; D=-3; /I: I=-3; DM=-6; /M: SY='H'; M=-14, -5,-26, -5, 2, -9,-21, 33,-14, -7, -8, -1, -3,-16, 3, -3,-11,-12,-16,-14, 11, 0; D=-3; /I: I=-3; DM=-6; /M: SY='S'; M= 2, -1,-19, -2, 1,-19,-11, -6,-16, 1,-16, -8, 0, -5, 0, 1, 5, 1,-11,-27,-14, 0; D=-3; /I: I=-3; DM=-6; /M: SY='T'; M= 0, -9,-22,-13, -2,-12,-16,-11, -8, -4, -8, -3, -8,-14, -1, -4, -2, 2, -7,-12, -5, -2; D=-3; /I: I=-3; DM=-6; /M: SY='G'; M= 1,-10,-22,-13,-14,-14, 12,-16,-17,-11,-11, -8, -5,-19,-13, -6, -3, -5,-10,-21,-16,-14; /M: SY='D'; M=-11, 22,-25, 31, 15,-27,-12, -3,-26, 0,-24,-21, 10,-11, 2, -5, 6, -3,-20,-33,-15, 8; /M: SY='R'; M=-11, -6,-28, -5, 10,-22,-18, -2,-20, 12,-14, -7, -4,-11, 11, 20, -6, -9,-17,-24,-11, 9; /M: SY='L'; M= -1,-23,-10,-28,-21, 6,-25,-20, 12,-21, 14, 10,-21,-24,-18,-19,-13, -3, 14,-19, -1,-20; /M: SY='L'; M=-11,-28,-22,-31,-21, 11,-30,-18, 21,-25, 36, 20,-26,-27,-18,-19,-26,-10, 11,-16, 4,-20; /M: SY='R'; M= -9, -8,-21, -9, -2,-14,-20,-11,-11, 6, -9, -2, -8,-18, 2, 7, -8, -6, -7,-23, -8, -1; /M: SY='E'; M= -9, -5,-25, -5, 6,-11,-21, -4,-13, 4, -8, -6, -6,-15, 1, 2, -6, -3,-12,-19, 0, 3; /M: SY='I'; M= -8,-28,-20,-34,-26, 21,-31,-24, 22,-26, 19, 10,-23,-26,-26,-22,-17, -4, 19,-15, 5,-26; /M: SY='A'; M= 12,-13,-11,-18,-13, -2, -3,-18,-11,-14,-11,-10, -8,-18,-16,-15, 6, 1, -2,-21,-11,-14; /M: SY='E'; M=-10, 7,-26, 8, 14,-25,-14, 0,-24, 12,-20,-13, 7,-13, 10, 12, -1, -6,-21,-28,-14, 11; /M: SY='R'; M= -7,-14,-22,-16, -6,-11,-19,-13, -6, -4, -1, -2,-10,-19, -3, 3,-11, -7, -7,-16, -8, -6; /I: I=-3; MD=-5; /M: SY='L'; M=-11,-26,-23,-29,-21, 7,-30,-13, 22,-24, 28, 16,-22,-25,-17,-17,-23,-10, 12,-16, 7,-21; D=-3; /I: I=-3; MD=-5; /M: SY='R'; M= -5, -8,-22,-10, -4,-16,-16,-10, -9, 4, -9, -4, -2,-16, 1, 10, -1, -2, -7,-24,-11, -3; D=-3; /I: I=-3; MD=-5; /M: SY='E'; M= -5, 3,-24, 3, 9,-23,-14, -7,-20, 7,-22,-14, 5, 1, 5, 4, 4, 1,-18,-28,-16, 6; D=-3; /I: I=-3; MD=-5; /M: M= -2,-10,-11,-14,-10, -7,-18,-10, -1,-10, -3, 0, -7,-18, -5, -9, -3, -2, 0,-22, -6, -8; D=-3; /I: I=-3; MD=-5; /M: SY='V'; M= -2,-23, -7,-26,-20, -1,-25,-21, 19,-19, 15, 13,-22,-23,-18,-18,-14, -5, 22,-23, -7,-20; D=-3; /I: I=-3; MD=-5; /M: SY='R'; M= -9, -6,-19, -6, 0,-19,-16, -5,-15, 8,-14, -5, -3,-12, 3, 16, -5, -5,-11,-23,-10, 0; D=-3; /I: I=-3; MD=-5; /M: SY='E'; M= -6, -5,-25, -2, 8,-23,-13, -7,-19, 6,-18,-11, -3, 7, 6, 8, -2, -6,-18,-24,-16, 5; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-5; IM=0; DM=-5; /M: SY='N'; M= -7, 10,-18, 8, 1,-19, -4, -8,-22, -6,-20,-16, 11,-15, -4, -6, 8, 5,-17,-31,-16, -2; /M: SY='D'; M= -5, 14,-25, 21, 7,-26, -8, -8,-21, -5,-17,-15, 2,-11, -3,-10, -1, -8,-15,-29,-16, 2; /M: SY='V'; M= -7,-16,-14,-20,-16, 0,-25,-14, 5,-11, 2, 4,-14,-22,-12,-10, -9, -2, 6,-18, 3,-15; /M: SY='L'; M= -3,-25,-11,-28,-21, 3,-27,-23, 14,-20, 18, 8,-24,-24,-21,-18,-16, -5, 17,-23, -6,-21; /M: SY='V'; M= 3,-17,-10,-21,-19, 0,-13,-19, 0,-18, -3, -3,-14,-22,-19,-17, -4, -2, 6,-19, -4,-19; /M: SY='R'; M=-18,-13,-29,-13, -4, -5,-23, 5,-19, 12,-13, -6, -6,-18, 6, 35,-12,-10,-18, -9, 11, -3; /M: SY='Y'; M= -6,-21,-24,-24,-18, 3,-23,-13, 9,-19, 7, 4,-16,-18,-13,-17,-10, -5, 3, -7, 10,-18; /M: SY='G'; M= -1, -6,-26, -4, -9,-25, 33, -9,-31,-13,-27,-17, 1,-13,-11,-14, 6,-10,-23,-25,-20,-11; /M: SY='G'; M= -3, 0,-29, 3, -4,-30, 41,-14,-37,-11,-27,-20, 2,-16,-11,-11, 0,-16,-28,-24,-26, -8; /M: SY='D'; M=-13, 28,-25, 37, 18,-26,-11, -1,-30, 0,-26,-23, 17,-11, 2, -5, 5, -4,-25,-34,-15, 10; /M: SY='D'; M=-13, 19,-28, 30, 30,-28,-15, -3,-29, 4,-21,-20, 5, -8, 7, -1, -1, -8,-24,-32,-17, 18; /M: SY='F'; M=-14,-28,-20,-35,-27, 48,-30,-19, 10,-26, 13, 5,-22,-28,-32,-20,-18, -7, 9, -1, 21,-27; /M: SY='L'; M= 6,-21,-17,-25,-19, 0,-13,-20, 6,-21, 14, 6,-19,-22,-18,-19,-10, -3, 8,-19, -6,-19; /M: SY='I'; M= -2,-28,-19,-32,-25, 4,-30,-26, 28,-25, 23, 14,-25,-26,-23,-23,-17, -6, 27,-22, -4,-25; /M: SY='V'; M= -6,-28,-18,-32,-25, 9,-30,-24, 24,-23, 23, 14,-26,-27,-23,-18,-19, -6, 25,-21, -2,-25; /M: SY='L'; M= 0,-21,-15,-24,-19, 2,-11,-19, 3,-22, 15, 5,-17,-24,-19,-18,-13, -7, 3,-20, -7,-19; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='P'; M= -4, -5,-26, -5, -5,-19,-13, -9,-15, -8,-19,-13, -3, 19, -8,-13, 0, 1,-16,-23,-15, -8; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='H'; M= -8, 3,-21, 5, 3,-18, -1, 7,-20, -4,-14, -9, 2, -9, 2, -3, -2, -6,-18,-19, -7, 1; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='T'; M= -2, -8,-10,-10, -5, -9,-15,-12, -1, -7, -3, -2, -7, -6, -6, -7, 0, 7, 2,-20, -9, -6; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='S'; M= 0, 2,-15, 3, 3,-17, 0, -3,-16, -4,-16,-12, 3, -3, -2, -7, 6, 1,-12,-22,-13, 0; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: M= -2,-13,-25,-15, -8,-12,-17,-13, -7, -4, -8, -5,-11,-12, -8, -8, -8, -6, -6, -6, -5, -9; /M: SY='E'; M= -8, 11,-27, 15, 20,-26,-14, 0,-27, 6,-24,-17, 7, -4, 8, -1, 1, -7,-25,-25,-15, 14; /M: SY='D'; M= -8, 3,-22, 5, 5,-23, -8, -2,-21, -4,-18,-13, 0, -8, 1, -8, -1, -3,-18,-27,-11, 2; /M: SY='A'; M= 13,-18,-14,-25,-16,-10,-19,-16, 8,-14, 4, 5,-15,-19,-11,-14, -7, -5, 10,-22,-10,-15; /M: SY='L'; M= -9,-12,-26,-13, 2, -7,-24,-14, 0, -9, 3, 0,-10, -9, -6,-10,-12, -8, -5,-20, -8, -3; /M: SY='E'; M= -1, 4,-22, 2, 9,-23,-14, -3,-18, 2,-17,-11, 6, -9, 7, 1, 5, 2,-16,-28,-14, 7; /M: SY='I'; M= -5,-25,-17,-29,-22, 2,-29,-15, 21,-23, 19, 13,-22,-25,-18,-20,-17, -8, 18,-22, -2,-21; /M: SY='A'; M= 21,-15,-13,-21,-13,-12, -7,-19, -2,-16, 3, 1,-14,-16,-12,-19, -2, -2, 2,-22,-14,-13; /M: SY='E'; M= -7, 5,-25, 6, 13,-23,-10, -1,-23, 5,-20,-13, 4,-12, 7, 1, 0, -4,-19,-27,-13, 9; /M: SY='R'; M=-12, -4,-26, -5, 5,-16,-19, -2,-21, 12,-17, -9, 0,-16, 8, 25, -4, -4,-16,-22, -8, 5; /M: SY='L'; M= -8,-28,-21,-31,-23, 6,-31,-18, 25,-26, 31, 19,-25,-26,-19,-21,-23, -9, 17,-21, 0,-22; /M: SY='R'; M=-11,-13,-22,-14, -3,-14,-23,-10,-11, 9, -2, -2,-10,-19, 0, 22,-13, -9, -9,-22, -9, -4; /M: SY='K'; M= -6, 6,-23, 4, 9,-23,-13, -5,-20, 10,-20,-10, 8,-13, 6, 6, 2, -1,-16,-29,-14, 7; /M: SY='R'; M= -1, -5,-21, -8, 0,-17,-17, -4,-13, 3,-12, -5, -3,-14, 3, 5, 1, 2, -9,-25,-10, 1; /M: SY='F'; M=-11,-27,-21,-32,-23, 25,-30,-21, 16,-24, 18, 11,-22,-26,-24,-17,-18, -8, 14,-13, 6,-23; /M: SY='E'; M= -2, 2,-23, 4, 12,-24, -9, -4,-22, 3,-19,-13, 2,-11, 6, 3, 6, -3,-18,-29,-16, 9; /I: I=-4; MD=-7; /M: SY='E'; M= -5, -3,-23, -4, 7,-14, -9, -5,-18, 0,-14,-10, 1,-13, 0, 2, 1, -2,-15,-24,-11, 3; D=-4; /I: I=-4; MD=-7; /M: SY='F'; M=-10,-17,-24,-18,-13, 2,-16, -8, -4,-16, 0, -2,-13, -2,-13,-13,-11, -6, -7,-12, 1,-14; D=-4; /I: I=-4; MD=-7; /M: M= -8,-12,-23,-13,-10, -2,-18,-14, -5,-12, -3, -5,-11,-10,-10,-12, -9, -2, -6, -2, 0,-10; D=-4; /I: I=-4; MD=-7; /M: M= -9, -5,-15, -7, -2, -8,-15,-10,-10, -6,-10, -7, -2, -7, -6, -6, -6, -5,-11,-17, -9, -4; D=-4; /I: I=-4; MD=-7; /M: M= -6, -7,-16, -8, -3, -5,-12, -7, -1, -6, -3, -2, -5, -1, -4, -7, -5, -4, -4,-13, -3, -5; D=-4; /I: I=-4; MD=-7; /M: SY='E'; M= -5, 3,-16, 5, 9,-14, -4, 1,-14, -1,-11, -8, 2, -7, 3, -3, -1, -6,-13,-12, -8, 6; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-7; IM=0; DM=-7; /M: SY='N'; M= -7, 3,-26, 1, -2,-23, 0, -4,-19, -3,-18, -9, 6, -5, 0, -5, -2, -6,-20,-26,-15, -2; D=-4; /I: I=-4; DM=-7; /M: M= -8,-12,-25,-11, -3, -8,-13,-14, -8, -8, -3, -3,-11, -9, -9, -7,-10, -7, -7,-22, -9, -7; /M: SY='N'; M= -7, 1,-26, 1, -1,-16, -6, -3,-22, 0,-21,-14, 3, -8, -1, 0, -1, -7,-20,-21, -6, -3; /M: SY='I'; M= -8,-21,-22,-24,-20, 3,-27,-20, 16,-19, 11, 10,-17,-15,-18,-17,-15, -6, 13,-22, -5,-20; /M: SY='T'; M= -4, 0,-19, -3, 1,-18,-14, -6,-18, -1,-17, -8, 1,-11, 2, -2, 10, 16,-12,-24,-10, 1; /M: SY='I'; M= -5,-24,-15,-28,-22, 7,-22,-17, 9,-21, 9, 8,-21,-15,-20,-20,-15, -8, 8,-15, 3,-22; /M: SY='S'; M= 1, 1,-16, 1, 0,-17, -3, -4,-20,-10,-22,-15, 6,-13, -1,-10, 22, 12,-12,-34,-15, -1; /M: SY='I'; M= -1,-24,-23,-30,-22, 6,-28,-17, 22,-20, 11, 11,-19,-21,-15,-21,-14, -7, 14,-11, 9,-21; /M: SY='G'; M= 2,-10,-27,-11,-18,-27, 51,-15,-33,-16,-25,-15, -2,-19,-17,-17, 0,-16,-23,-21,-25,-17; /M: SY='I'; M= -4,-25,-15,-30,-24, -1,-31,-23, 24,-21, 14, 10,-22,-24,-19,-20,-15, -5, 23,-21, -1,-23; /M: SY='A'; M= 9,-13, -8,-17,-14,-10, -2,-18,-10,-14,-11, -9, -9,-19,-15,-16, 4, 0, -1,-23,-12,-15; /M: SY='Y'; M= -7,-18,-26,-21,-12, -1,-23,-10, 2,-12, -1, 4,-16,-10, -8,-11,-11, -5, -3, -5, 5,-12; /M: SY='F'; M= -8,-14,-18,-15,-15, 9,-17,-10, -8,-14, -6, -6,-12,-23,-15,-11, -9, -6, -5, -4, 9,-15; /M: SY='P'; M= -8, -2,-29, 1, 4,-22,-13, 2,-22, -4,-21,-14, -3, 14, -1, -5, -2, -5,-22,-25,-10, -1; /M: SY='E'; M= -8, -4,-28, -1, 3,-15, -3, -4,-22, -8,-19,-14, -4, 0, -5,-11, -2, -9,-20,-22, -9, -2; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='D'; M=-10, 8,-25, 12, 11,-24, -7, -5,-26, 11,-22,-15, 4, -7, 5, 6, -2, -7,-21,-18,-13, 8; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; /M: SY='E'; M=-11, -4,-25, -2, 11, -9,-21, -4,-14, -1, -8, -8, -6, -7, 3, -2, -6, -3,-15,-19, -4, 7; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='D'; M= -8, 13,-23, 14, 3,-22,-13, -6,-21, -4,-20,-16, 11, -1, -3, -6, 6, 7,-18,-34,-17, -1; /M: SY='L'; M= 5,-21,-19,-25,-17, 1,-21,-17, 7,-17, 12, 5,-18,-17,-15,-15,-10, -4, 6,-17, -1,-17; /M: SY='E'; M= -6, 6,-25, 10, 16,-20, -5, -5,-23, -2,-18,-13, 1,-11, 3, -8, 2, -6,-20,-26,-12, 9; /M: SY='E'; M= -4, -1,-24, 1, 11,-19,-16, -6,-16, 2,-13, -9, -4,-13, 7, -1, -2, -5,-13,-23, -9, 8; /M: SY='L'; M= -1,-23,-18,-27,-20, 3,-25,-20, 17,-23, 24, 13,-21,-24,-18,-19,-16, -5, 14,-22, -4,-20; /M: SY='L'; M= -2,-20,-20,-24,-15, -1,-24,-16, 13,-18, 19, 11,-18,-23,-12,-15,-14, -6, 9,-21, -3,-14; /M: SY='E'; M= -7, 1,-26, 2, 14,-23,-17, -7,-22, 14,-20,-12, 1,-11, 9, 9, -1, -3,-18,-21,-12, 11; /M: M= -4, -2,-21, -5, -1,-13,-17, -2, -9, -5, -9, -4, 0,-16, -4, -2, 0, 0, -5,-28, -9, -4; /M: SY='A'; M= 27,-16, -9,-23,-14,-11,-11,-20, 0,-16, 4, 1,-15,-17,-13,-20, -1, -1, 5,-22,-14,-14; /M: SY='E'; M=-12, 13,-29, 22, 25,-29,-15, -2,-28, 8,-20,-18, 3, -6, 7, 6, -4,-10,-24,-30,-16, 15; /M: SY='E'; M= -7, 3,-22, 3, 5,-18,-17, -4,-12, -2,-10, -5, 3,-14, 2, -4, 0, 0,-12,-29,-12, 3; /M: SY='A'; M= 18, -7,-18,-11, -1,-17, -8,-12,-15, -4,-10, -9, -6,-13, -2, -3, 4, -3, -9,-23,-15, -2; /M: SY='L'; M= -3,-18,-16,-21, -7, -5,-23,-13, 7,-16, 18, 17,-19,-20, -7,-14,-15, -7, 3,-23, -7, -7; /M: SY='R'; M= -7, -6,-21, -6, -2, -9,-20, -1,-16, 6,-12, -6, -7,-18, -1, 7, -7, -7,-12,-14, 6, -3; /M: SY='R'; M= -1, -2,-23, -4, 0,-18,-13, -4,-18, 7,-15, -7, 0,-15, 3, 9, -2, -4,-14,-22, -9, 0; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='A'; M= 24, -8,-10,-16, -9,-13, -7,-16, -7,-11, -7, -7, -6,-10,-10,-16, 4, -1, -2,-22,-16, -9; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='K'; M= -6, -3,-26, -4, 6,-25,-11, -8,-26, 30,-23, -8, -1,-12, 7, 25, -7, -9,-18,-19,-12, 6; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='N'; M= -6, 2,-18, 0, 2,-19,-11, -4,-17, 1,-13,-10, 4,-11, -1, 1, -1, -4,-14,-27,-13, 0; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='E'; M= -3, 1,-21, 1, 9,-19,-13, -6,-13, 2, -9, -6, 1,-12, 5, -2, -3, -6,-13,-24,-12, 7; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='G'; M= -2, -7,-27, -8,-13,-25, 44,-16,-30,-12,-24,-16, 1,-18,-14,-14, 0,-15,-24,-21,-24,-14; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='R'; M= -9, -8,-26, -8, -5,-22, 4, -6,-25, 13,-21, -8, -2,-17, -1, 20, -6,-11,-16,-21,-14, -5; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='N'; M=-10, 22,-23, 10, -1,-21, 0, 11,-20, -4,-23,-14, 37,-17, 4, -2, 4, -5,-27,-34,-16, 1; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='R'; M= 2, -5,-22, -9, -2,-19, -9, -2,-18, 5,-15, -6, -2,-15, 6, 7, 0, -3,-14,-20, -7, 1; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='I'; M= -7,-24,-25,-29,-22, 4,-27,-18, 11,-17, 3, 3,-20,-23,-16,-13,-15, -6, 10, 3, 5,-20; /M: SY='A'; M= 2,-14,-11,-18,-10, -9,-13,-10, -8,-11, -6, -4,-10,-20, -6, -8, -3, -6, -4,-22, -7, -9; /M: SY='F'; M= 1,-22,-20,-27,-20, 10,-21,-17, 7,-16, 6, 4,-17,-22,-17,-11,-11, -7, 8,-13, 3,-19; /M: SY='F'; M= -8,-17,-22,-21,-14, 17,-19, -8, -5,-14, -3, -2,-13,-22,-15,-11, -8, -3, -4, -2, 14,-14; /M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 15, 8,-23,-12, 3,-23, 0,-18,-13, 6,-14, 4, -3, 0, -6,-19,-28, -9, 5; /M: SY='E'; M= -4, -6,-26, -5, 1,-20,-16,-12,-12, 0,-11, -5, -7, 1, -3, -1, -6, -7,-11,-26,-15, -3; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
Numerical results
UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_05, total number of sequence entries in that release: 540052. Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 78 hits in 77 different sequences Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 76 hits in 75 different sequences Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 2 hits in 2 different sequences Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences Number of known missed hits: 0 Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0 Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 % Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 100.00 %
Comments
MATRIX_TYPE: protein_domain Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed Matrix author: CJA_Sigrist Taxonomic range: Archaea, Prokaryotes (Bacteria) Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 2 FT_KEY: DOMAIN FT_DESC: GGDEF VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot	True positive hits: ADRA_ECOL6 (P0AAP2), ADRA_ECOLI (P0AAP1), CAS10_METJA (Q59066), CAS10_MYCTU (P71629), CMR2_PYRFU (Q8U1S6), CSRD_ECOLI (P13518), DOSC_ECO57 (P0AA90), DOSC_ECOLI (P0AA89), DOSC_SHIBS (Q320T0), DOSC_SHIF8 (Q0T466), DOSC_SHIFL (Q83KV7), DOSC_SHISS (Q3Z1N3), DOSP_ECOLI (P76129), GMR_ECOLI (P77334), MBAA_VIBCH (Q9KU26), PHY2_SYNY3 (Q55434), PLED_CAUCN (B8GZM2), PLED_CAUCR (Q9A5I5), Y091_CAUCR (Q9ABX9), Y1354_MYCTU (P64825), Y1389_MYCBO (P64826), Y1727_PSEAE (Q9I310), Y1895_SYNY3 (P74101), Y1970_STAS1 (Q49VU5), Y2027_AQUAE (O67821), Y2145_STAHJ (Q4L4H1), Y3085_AZOC5 (Q04855), Y3311_PSEAE (Q9HYT3), Y413_STAEQ (Q5HQY3), Y4LL_RHISN (P55552), Y528_STAES (Q8CTF5), Y698_STAAB (Q2YSF9), Y701_STAAN (Q99VM8), Y708_STAAW (Q7A1G8), Y711_STAAS (Q6GB84), Y730_STAA3 (Q2FIP5), Y746_STAAM (Q7A2V2), Y760_STAA8 (Q2G061), Y800_STAAR (Q6GIP5), Y809_STAAC (Q5HHS4), YCDT_ECOLI (P75908), YDAK_BACSU (P96585), YDAM_ECO57 (Q8X8Q3), YDAM_ECOLI (P77302), YDEH_ECOLI (P31129), YEAI_ECOLI (P76236), YEAJ_ECOLI (P76237), YEAP_ECOLI (P76245), YEDQ_ECO57 (Q8XB92), YEDQ_ECOL6 (Q8FGJ7), YEDQ_ECOLI (P76330), YEDQ_ECOUT (Q1RAI4), YEDQ_SALCH (Q57N14), YEDQ_SALPA (Q5PLI4), YEDQ_SALTI (Q8Z5R0), YEDQ_SALTY (Q8ZNT5), YEDQ_SHIDS (Q32HJ0), YEDQ_SHIFL (Q83KM9), YEDQ_SHISS (Q3Z0N3), YEGE_ECOLI (P38097), YFEA_ECOLI (P23842), YFIN_ECOLI (P46139), YHCK_BACSU (P54595), YHJK_ECOLI (P37649), YHUH_STRGR (P24222), YKOW_BACSU (O34311), YLIF_ECO57 (Q8X6V3), YLIF_ECOLI (P75801), YLLM_STAAU (Q7DLB7), YNEF_ECO57 (Q8XAZ4), YNEF_ECOLI (P76147), YPH5_THIVI (P45365), YREP_STRAM (P36892), YTRP_BACSU (O34325), YYBT_BACSU (P37484) Sequences which could potentially belong to the set under consideration: RL9_AYWBP (Q2NKC0), RL9_ONYPE (Q6YRK2) Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
PDB [Detailed view]	1W25; 2V0N; 2WB4; 3TVK; 3UNG; 3UR3; 4DOZ; 4H4K;

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Disclaimer

Back to the Top