Entry: PS50892

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] V_SNARE
Accession [info] PS50892
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50892
Associated ProRule [info] PRU00290

Name and characterization of the entry

Description [info] v-SNARE coiled-coil homology domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0112; R2=0.01377804; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1265.33333; R2=25.33333; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=470; N_SCORE=8.5; H_SCORE=11348; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=325; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9524; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M= -7,  4,-25,  0,  3,-23, -8, -6,-23, 13,-24,-13, 10, -8,  3, 14,  0, -3,-20,-27,-16,  2;
/M: SY='L'; M= -9,-25,-22,-30,-22,  3,-28,-19, 24,-24, 27, 20,-21,-25,-17,-20,-20, -7, 15,-20,  0,-21;
/M: SY='E'; M=  2,  3,-22,  2,  7,-23,-10, -6,-18,  3,-17, -8,  3,-11,  7, -1,  4, -1,-15,-27,-15,  6;
/M: SY='K'; M= -6,  0,-27, -2,  6,-26,-12, -4,-23, 19,-22, -9,  3,-13, 12, 18, -2, -7,-19,-23,-13,  8;
/M: SY='V'; M= -1,-23,-12,-27,-21, -2,-27,-23, 17,-20, 17, 11,-21,-24,-19,-19,-12,  1, 19,-25, -7,-21;
/M: SY='Q'; M=-12,  4,-28,  2,  9,-28,-14,  7,-25, 18,-24, -8,  9,-14, 23, 19, -3, -9,-25,-23, -9, 15;
/M: SY='A'; M=  8,  1,-21, -2,  0,-25,  1, -8,-21, -2,-19,-12,  3,-13,  5, -2,  6, -2,-17,-25,-18,  2;
/M: SY='E'; M= -3,  3,-27,  6, 29,-30,-17,  0,-23,  9,-18,-10, -1, -7, 27,  4,  0, -8,-24,-25,-15, 28;
/M: SY='V'; M=  4,-26,-16,-29,-23, -1,-26,-24, 22,-22, 20, 12,-25,-25,-21,-21,-14, -5, 25,-24, -7,-23;
/M: SY='D'; M= -9, 21,-24, 26,  9,-26, -7, -2,-26, -1,-25,-20, 14,-12,  3, -6,  8,  1,-21,-32,-13,  6;
/M: SY='E'; M= -9, 13,-28, 21, 33,-31, -8, -3,-31,  4,-23,-20,  4, -6, 12, -3,  4, -6,-27,-31,-20, 22;
/M: SY='V'; M=  1,-23,-11,-26,-25, -2,-27,-27, 21,-18,  7,  8,-23,-25,-24,-18, -5,  9, 36,-29, -9,-25;
/M: SY='K'; M= -6, -8,-23,-10, -4,-19,-21, -6,-11, 14,-15, -3, -5,-16,  0, 10, -4,  0, -3,-25, -8, -3;
/M: SY='N'; M= -3,  3,-24,  3, -1,-24,  3, -9,-19, -6,-19,-11,  4,-14,  1, -6,  4, -5,-16,-28,-17, -1;
/M: SY='I'; M= -5,-25,-22,-30,-20, -3,-33,-25, 32,-22, 14, 14,-21,-21,-18,-23,-14, -6, 28,-24, -5,-22;
/M: SY='M'; M= -7,-22,-20,-30,-20,  1,-22, -6, 20,-14, 23, 47,-21,-21, -5,-13,-20, -9, 11,-20, -1,-13;
/M: SY='R'; M= -6,-10,-21,-14, -8,-14,-20,  0, -6, -1, -7,  4, -6,-18,  0,  6, -3,  0, -2,-25, -6, -6;
/M: SY='E'; M=-10,  9,-26, 11, 17,-26,-16, -3,-24, 15,-22,-14,  7,-12,  9, 14, -2, -6,-19,-28,-15, 12;
/M: SY='N'; M=  0, 28,-17, 11, -3,-19, -2,  2,-17, -3,-25,-17, 43,-17, -3, -4, 11,  6,-22,-36,-19, -3;
/M: SY='I'; M= -9,-25,-23,-31,-24,  2,-32,-21, 28,-20, 11, 13,-19,-22,-19,-17,-14, -6, 24,-21, -1,-24;
/M: SY='E'; M=-12, 16,-29, 24, 31,-29,-16,  0,-26,  4,-19,-17,  6, -8, 16, -2, -1, -8,-26,-30,-16, 23;
/M: SY='K'; M= -4,  3,-25,  5,  8,-26,-14, -9,-25, 21,-21,-12,  2,-12,  4, 13, -2, -6,-17,-25,-14,  6;
/M: SY='V'; M=  0,-28,-15,-31,-26,  2,-29,-27, 27,-23, 19, 12,-27,-27,-25,-21,-15, -4, 33,-25, -6,-26;
/M: SY='L'; M= -8,-19,-21,-21,-16,  1,-25,-12, 13,-22, 30, 18,-19,-25,-13,-16,-21, -9,  5,-23, -3,-15;
/M: SY='E'; M= -5,  9,-27, 15, 31,-28,-12,  0,-26,  3,-19,-15,  1, -7, 15, -4,  0, -8,-25,-26,-14, 23;
/M: SY='R'; M=-19,-11,-29,-11, -1,-19,-21, -2,-27, 28,-19, -9, -2,-20,  8, 65,-10, -9,-16,-21,-10, -1;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G'; M= -3, -2,-28,  0,-12,-30, 52,-14,-37,-15,-28,-19,  3,-18,-12,-16,  1,-17,-28,-22,-26,-12; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -9,  7,-27, 14, 35,-28,-15, -3,-24,  4,-18,-15, -1, -6, 16, -2,  0, -8,-22,-28,-17, 26; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-27, -5,  2,-23,-16, -7,-23, 28,-22, -9,  2,-14,  6, 30, -6, -8,-16,-21,-11,  2; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-13,-30,-21,  7,-30,-21, 21,-29, 41, 17,-27,-28,-20,-21,-27, -9, 12,-21, -2,-21; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='D'; M= -6, 20,-24, 27, 20,-29, -5, -4,-29,  1,-25,-21, 12, -9,  3, -6,  7, -3,-24,-33,-20, 12; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-24,  7,  9,-19,-17, -4,-13, -3, -7, -5,  1,-14,  2, -4, -3, -5,-13,-29,-12,  5;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-20,-31,-21,  7,-29,-20, 22,-27, 40, 22,-28,-28,-19,-20,-26, -9, 14,-21, -1,-20;
/M: SY='V'; M= -4, -5,-20, -1,  3,-18,-16,-14, -5, -7,-10, -7, -8,-16, -5,-10,  0, -2,  4,-30,-15, -1;
/M: SY='D'; M=-11, 23,-26, 29, 22,-31,-11,  1,-30,  3,-25,-20, 14, -9, 11, -1,  6, -4,-26,-34,-18, 16;
/M: SY='R'; M=-10, -7,-27, -8,  1,-20,-19, -6,-22, 30,-18, -4, -4,-15,  6, 33,-10, -9,-15,-19, -7,  2;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='T'; M= 15, -3,-10, -9, -6,-16, -8,-16,-13, -8,-16,-13,  0,-10, -6,-10, 22, 25, -4,-29,-15, -6; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E'; M=  1, 13,-22, 18, 21,-26,-10, -5,-25,  0,-22,-19,  7, -8,  6, -7,  9, -2,-20,-31,-18, 14; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='N'; M= -3, 12,-22,  8,  6,-22, -9, -3,-20,  4,-21,-14, 14,-14,  4,  3,  3, -3,-18,-28,-15,  5; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-20,-29,-20,  9,-28,-15, 19,-26, 43, 25,-27,-28,-16,-18,-27,-10,  9,-18,  3,-18; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='Q'; M=  0, -4,-21, -6,  4,-21,-12, -7,-13,  0,-14, -5, -1,-13, 11,  0,  5, -1,-11,-26,-13,  7; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='S'; M=  1,  7,-19,  6, -1,-16, -5, -8,-17, -8,-17,-13,  7,-14, -4,-10,  9,  3,-12,-28,-12, -3; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='S'; M=  0,  2,-19, -2,  1,-21, -3, -6,-16, -6,-16, -7,  6,-13,  7, -7, 11,  4,-15,-29,-15,  4; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='A'; M= 23, -5,-11, -9, -5,-19, -3,-15,-15,-10,-20,-15,  0, -4, -5,-14, 23, 12, -6,-30,-19, -5; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='Q'; M= -6,  1,-23,  1,  9,-17,-16, -5,-19,  6,-19,-10,  2,-12, 10,  5,  3, -2,-16,-24,-10, 10; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='Q'; M=  0, -3,-23, -6, -2,-22, -9, -4,-15,  3,-16, -4, -1,-11,  5,  2, -1, -5,-12,-24,-12,  1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='F'; M=-18,-26,-21,-33,-26, 64,-28,-11, -1,-24,  6, -1,-18,-28,-31,-17,-17, -8, -2, 12, 37,-26; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='R'; M= -5, -7,-25, -8,  1,-12,-18, -1,-17, 10,-17, -9, -4,-16,  5, 13, -2, -5,-14,-13,  7,  1;
/M: SY='K'; M= -7,  0,-26, -1,  6,-24,-13, -9,-25, 21,-23,-11,  1,-12,  6, 16, -1, -2,-18,-23,-12,  6;
/M: SY='Q'; M= -4,  0,-17, -2,  1,-23,-12, -3,-20,  3,-19, -9,  1,-13,  8,  0,  7,  8,-14,-28,-12,  4;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='A'; M= 34, -6,-12,-14, -9,-20,  2,-17,-14, -9,-15,-12, -4,-11, -8,-15, 14,  5, -5,-24,-20, -9;
/M: SY='R'; M=-10, -4,-25, -6, -1,-22,-14,  7,-22, 14,-20, -8,  2,-15,  5, 19, -3, -4,-15,-25, -8,  0;
/M: SY='K'; M=-11,  5,-27,  5, 10,-26,-18, -3,-25, 23,-22,-11,  5,-13, 12, 21, -4, -6,-20,-24,-10, 10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='L'; M= -8,-25,-20,-28,-19,  5,-28,-18, 19,-22, 27, 18,-23,-25,-15,-18,-19, -5, 14,-20, -1,-18; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='N'; M= -1,  7,-22, -2, -1,-20,-10, -2,-18, 12,-19, -6, 15,-16,  4, 14,  0, -3,-16,-26,-14,  0; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='R'; M=-12, -7,-24, -8,  1,-15,-18, -4,-18, 13,-11, -6,  0,-17,  6, 30, -5, -5,-15,-22, -9,  1; D=-10;
/I:         I=-10; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='K'; M= -7, -2,-12, -4,  7,-26,-19, -6,-22, 18,-20, -7, -3,-13, 12, 11, -5, -7,-17,-24,-12,  9; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='M'; M= -7,-17, -6,-23,-17,  5,-22, -7,  0,-10,  2, 14,-16,-23,-10,-10,-11, -5,  0,-14,  8,-14; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='W'; M=-10,-22,-23,-24,-17, -3,-21,-21,-12,-10,-10, -9,-22,-23,-13,-11,-19,-12,-13, 44,  6,-13; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='W'; M=-16,-22,-34,-23,-20,  7,-24,-15, -3,-17, -4, -3,-22,-24,-15,-17,-24,-17,-10, 46, 17,-16; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='K'; M= -7, -5,-26, -6,  7,-22,-19, -6,-20, 21,-17, -5, -4,-13, 11, 19, -6, -7,-15,-21, -9,  8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 103 in 103 different sequences
Number of true positive hits 103 in 103 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20_shuffled
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] v-SNARE coiled-coil homology
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
103 sequences

NYV1_YEAST  (Q12255), S22BA_DANRE (Q7ZV15), S22BB_DANRE (Q7SXP0), 
SC22B_CHICK (Q5ZJW4), SC22B_CRIGR (O08595), SC22B_HUMAN (O75396), 
SC22B_MOUSE (O08547), SC22B_PONAB (Q5RAI9), SC22B_RAT   (Q4KM74), 
SC22B_XENTR (Q6P7L4), SEC22_ARATH (Q94AU2), SEC22_ASHGO (Q74ZD2), 
SEC22_CANGA (Q6FWT0), SEC22_KLULA (Q6CJA0), SEC22_SCHPO (Q9Y7L0), 
SEC22_YARLI (Q6C880), SEC22_YEAST (P22214), SNB5_CAEEL  (P34351), 
SNC1_YEAST  (P31109), SNC2_YEAST  (P33328), STB5L_DANRE (Q5SQE2), 
STB5L_HUMAN (Q9Y2K9), STB5L_MOUSE (Q5DQR4), STXB5_HUMAN (Q5T5C0), 
STXB5_MOUSE (Q8K400), STXB5_RAT   (Q9WU70), STXB6_BOVIN (Q2YDL1), 
STXB6_HUMAN (Q8NFX7), STXB6_MOUSE (Q8R3T5), SYB1_CAEBR  (Q60WU2), 
SYB1_CAEEL  (O02495), SYB1_SCHPO  (Q92356), SYBA_DICDI  (Q6TMJ9), 
SYBB_DICDI  (Q54GB3), SYBL_SCHMA  (Q27236), SYB_APLCA   (P35589), 
SYB_DORPE   (P47194), SYB_DROME   (P18489), SYB_TORCA   (P13701), 
VA711_ARATH (O49377), VA712_ARATH (Q9SIQ9), VA713_ARATH (Q9LFP1), 
VA714_ARATH (Q9FMR5), VA721_ARATH (Q9ZTW3), VA722_ARATH (P47192), 
VA723_ARATH (Q8VY69), VA724_ARATH (O23429), VA725_ARATH (O48850), 
VA726_ARATH (Q9MAS5), VA727_ARATH (Q9M376), VAM7A_DICDI (Q54NW7), 
VAM7B_DICDI (Q86AQ7), VAMP1_BOVIN (Q0V7N0), VAMP1_HUMAN (P23763), 
VAMP1_MOUSE (Q62442), VAMP1_RAT   (Q63666), VAMP2_BOVIN (P63026), 
VAMP2_HUMAN (P63027), VAMP2_MACMU (Q9N0Y0), VAMP2_MOUSE (P63044), 
VAMP2_RAT   (P63045), VAMP2_XENLA (P47193), VAMP3_BOVIN (Q2KJD2), 
VAMP3_HUMAN (Q15836), VAMP3_MACFA (Q4R8T0), VAMP3_MOUSE (P63024), 
VAMP3_RAT   (P63025), VAMP4_BOVIN (Q32L97), VAMP4_HUMAN (O75379), 
VAMP4_MOUSE (O70480), VAMP5_BOVIN (Q2KHY2), VAMP5_HUMAN (O95183), 
VAMP5_MOUSE (Q9Z2P8), VAMP5_RAT   (Q9Z2J5), VAMP7_BOVIN (Q17QI5), 
VAMP7_CHICK (Q5ZL74), VAMP7_HUMAN (P51809), VAMP7_MOUSE (P70280), 
VAMP7_PONAB (Q5RF94), VAMP7_RAT   (Q9JHW5), VAMP8_BOVIN (Q3T0Y8), 
VAMP8_HUMAN (Q9BV40), VAMP8_MOUSE (O70404), VAMP8_PONAB (Q5REQ5), 
VAMP8_RAT   (Q9WUF4), YKT61_ARATH (Q9ZRD6), YKT62_ARATH (Q9LVM9), 
YKT6A_XENLA (Q6DDU7), YKT6B_XENLA (Q32N70), YKT6_ASHGO  (Q757A4), 
YKT6_BOVIN  (Q3T000), YKT6_CANGA  (Q6FW27), YKT6_DANRE  (Q7ZUN8), 
YKT6_DEBHA  (Q6BSL0), YKT6_DICDI  (Q54ES8), YKT6_HUMAN  (O15498), 
YKT6_KLULA  (Q6CSA2), YKT6_MOUSE  (Q9CQW1), YKT6_RAT    (Q5EGY4), 
YKT6_SCHPO  (O60073), YKT6_XENTR  (Q6P816), YKT6_YARLI  (Q6C537), 
YKT6_YEAST  (P36015)
» More

PDB
[Detailed view]
19 PDB

1GL2; 1KIL; 1L4A; 1N7S; 1SFC; 1URQ; 2KOG; 2NPS; 3B5N; 3FIE; 3FII; 3HD7; 3IPD; 3KYQ; 3RK2; 3RK3; 3RL0; 3ZYM; 4B93
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission