PROSITE entry PS50894
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | HPT |
Accession [info] | PS50894 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-FEB-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50894 |
Associated ProRule [info] | PRU00110 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4143000; R2=0.0265388; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5289.4028320; R2=6.9194140; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=286; H_SCORE=7268; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=154; H_SCORE=6355; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='D'; M= -4, 2,-25, 4, 1,-23, 3,-12,-22, -1,-14, -9, -2,-14, -5, -7, -4, -7,-17,-25,-16, -2; /M: SY='E'; M= -4, 3,-24, 6, 14,-23,-17, 1,-20, -4,-14,-12, -1, -3, 6, -8, 3, 2,-18,-29,-13, 9; /M: SY='E'; M= 0, 0,-23, 1, 10,-20,-16, -6,-11, -1, -4, 3, -7,-12, 5, -7, -6, -8,-11,-25,-12, 7; /M: SY='L'; M=-13, -8,-24, -6, -8, 1,-19, -5, -5,-14, 11, 5,-12,-22,-12,-12,-17,-11, -6,-21, -1, -9; /M: SY='M'; M= 3, -9,-21,-17, -9,-13,-18,-12, 6, -9, -2, 9, -5,-15, -3,-12, -3, -2, 2,-24,-10, -7; /M: SY='R'; M= -4, 2,-22, 0, 8,-23,-14, 1,-23, 10,-22,-12, 6,-12, 8, 14, 6, 2,-18,-28,-12, 7; /M: SY='D'; M=-10, 19,-27, 27, 26,-33, -8, 0,-30, 2,-25,-19, 10, -8, 15, -4, 6, -6,-27,-32,-19, 20; /M: SY='L'; M=-13,-26,-26,-31,-24, 14,-24,-14, 15,-22, 17, 17,-22,-25,-17,-19,-22,-12, 6, 2, 15,-22; /M: SY='L'; M=-10,-27,-21,-27,-19, 8,-29,-15, 15,-20, 32, 14,-26,-29,-17,-13,-24, -9, 10,-15, 7,-19; /M: SY='E'; M= 3, -3,-25, -3, 4,-23, -6,-10,-20, 2,-17, -9, -5,-13, 4, -2, -2, -8,-16,-12,-13, 4; /M: SY='M'; M= -5, -9,-19,-12, -7,-10,-22,-13, 4, -9, 5, 7, -9,-19, -6,-10, -8, 0, 5,-26, -9, -7; /M: SY='F'; M=-17,-29,-12,-36,-28, 55,-30,-18, 3,-28, 13, 2,-22,-31,-34,-20,-20, -9, 4, 1, 23,-28; /M: SY='F'; M=-11,-22,-22,-27,-16, 19,-29,-18, 10,-21, 13, 6,-18,-23,-15,-16,-15, -5, 7,-13, 5,-15; /M: SY='D'; M= -9, 15,-27, 23, 20,-30,-15, 4,-27, 6,-22,-16, 5,-10, 11, 2, 0, -8,-22,-30,-15, 15; /M: SY='E'; M= -8, 3,-24, 6, 22,-17,-19, 1,-18, -1,-14, -9, -1, -9, 8, -5, 2, 0,-16,-28,-11, 15; /M: SY='A'; M= 16,-10, -1,-18,-14,-12,-13,-18, -5,-14, -2, -3, -8,-18,-13,-17, 3, 6, 1,-27,-15,-13; /M: SY='E'; M= -8, 1,-29, 7, 16,-27,-17, 0,-24, 4,-19,-13, -2, 7, 9, 1, -3, -9,-23,-28,-15, 11; /M: SY='E'; M= -2, 12,-25, 14, 19,-28, -8, -6,-26, 2,-22,-18, 7, -2, 5, -5, 3, -4,-23,-30,-19, 11; /M: SY='D'; M=-14, 2,-16, 6, -3,-14,-22, 3,-14, -9, -4, -6, -5,-21, -3, -7, -9, -6,-11,-24, 0, -4; /M: SY='L'; M= -8,-27,-19,-28,-22, 2,-29,-21, 19,-18, 24, 15,-25,-28,-19, -9,-19, -7, 21,-23, -5,-21; /M: SY='E'; M= -1, 11,-26, 13, 15,-31, -7, -4,-25, 3,-23,-16, 6, -4, 11, -4, 2, -7,-24,-28,-19, 13; /M: SY='E'; M= 2, 6,-23, 7, 8,-26,-14, -8,-18, 5,-17,-12, 1,-12, 6, 0, 0, -4,-13,-27,-15, 6; /M: SY='L'; M= -6,-28,-16,-32,-23, 3,-30,-22, 24,-27, 32, 18,-25,-26,-19,-22,-23, -9, 16,-22, -3,-22; /M: SY='E'; M=-13, 10,-28, 11, 24,-19,-17, 4,-23, 5,-19,-13, 9,-11, 17, 4, -1, -8,-26,-23, -8, 20; /M: SY='E'; M= -8, 0,-24, 3, 10,-22,-19, -5,-15, 5,-15, -9, -1,-12, 6, 2, 1, -1,-11,-28,-12, 7; /M: SY='N'; M= 7, 5,-21, 0, -1,-22, 2, -3,-19, -6,-16,-12, 9,-15, -2, -9, 2, -5,-17,-27,-16, -2; /M: SY='L'; M= -7,-23,-22,-24,-17, -2,-21,-10, 7,-18, 22, 10,-19,-25,-14, -7,-20,-10, 4,-21, -3,-17; /M: SY='L'; M= 3,-11,-19,-12, -2,-11,-19,-14, -2,-12, 9, 2,-13,-17, -4,-13, -7, 0, -1,-24,-10, -3; /M: SY='A'; M= 4, 0,-11, -3, -2,-22, -9,-11,-17, -4,-16,-11, 0,-15, 1, -6, 4, 1,-10,-28,-17, -1; /M: SY='L'; M= -2,-13,-23,-14, -3,-14,-15,-12, -3,-10, 4, 2,-11,-17, 3, -9, -7, -6, -6,-23,-10, 0; /M: SY='D'; M=-15, 33,-28, 45, 29,-34,-13, 0,-32, 3,-25,-24, 16, -8, 7, -6, 1, -9,-28,-36,-19, 18; /M: SY='K'; M=-11, -5,-29, -3, -4,-13,-18,-13,-17, 3,-17,-12, -6, -6, -5, -3,-10, -9,-16, -2, -6, -4; /M: SY='E'; M= -8, 10,-28, 15, 20,-28,-12, 2,-29, 8,-24,-17, 5, -2, 6, 3, -1, -7,-25,-29,-16, 12; /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='E'; M= 7, 2,-23, 3, 10,-27, -3,-11,-25, 7,-21,-14, -1, -9, 4, -2, 2, -5,-18,-24,-18, 7; /M: SY='I'; M= -6,-29,-21,-34,-26, 7,-32,-26, 30,-27, 26, 15,-25,-26,-23,-24,-20, -7, 25,-20, -1,-26; /M: SY='F'; M= -4,-18,-19,-24,-17, 19,-21,-11, -3,-14, -4, -3,-11,-21,-19, -9, -5, -4, 2,-14, 4,-17; /M: SY='R'; M=-15, 4,-29, 8, 17,-27,-17, 1,-29, 17,-22,-14, 3,-13, 16, 33, -2, -8,-24,-26,-14, 14; /M: SY='A'; M= 15,-10, -7,-15, -4,-15,-12,-14,-10, -9, -5, -4, -9,-15, -6,-10, 3, 1, -4,-26,-15, -5; /M: SY='A'; M= 22,-18,-17,-24,-18,-13, -4,-23, 4,-18, 1, -1,-14,-17,-16,-22, -3, -5, 7,-21,-15,-18; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='R'; M= -4, -5,-20,-10, -3,-13,-17,-10,-19, 8,-17,-10, -1,-14, 2, 17, 6, 11,-11,-23, -9, -2; /M: SY='L'; M=-11,-29,-23,-33,-23, 10,-32,-22, 27,-29, 38, 21,-26,-27,-20,-22,-26,-10, 15,-18, 2,-23; /M: SY='K'; M= -8, -1,-28, -2, 6,-27,-18, 11,-28, 33,-26, -8, 1,-13, 8, 23, -8,-11,-20,-22, -5, 6; /M: SY='G'; M= 1, -9,-29, -9,-19,-29, 65,-19,-39,-19,-30,-20, 1,-19,-19,-19, 3,-17,-29,-21,-29,-19; /M: SY='G'; M= 10,-10,-18,-13,-10,-18, 11,-15,-13,-13,-14, -4, -6,-16,-10,-15, 8, -2, -4,-26,-19,-10; /M: SY='A'; M= 27,-10, 5,-18,-12,-13, -7,-19,-14,-14,-14,-13, -7,-15,-12,-19, 12, 6, -3,-27,-17,-12; /M: SY='G'; M= 12, -6,-21,-10, -9,-23, 17,-13,-25, -4,-22,-15, 2,-16, -7, 1, 7, -6,-16,-24,-21, -9; /M: SY='T'; M= 1,-10,-16,-16,-14, -5,-18,-11, 2,-12, -5, 2, -6,-18,-10,-13, 5, 12, 6,-22, 0,-13; /M: SY='L'; M= -8,-26, -8,-30,-23, 13,-27,-19, 13,-24, 24, 15,-24,-28,-22,-19,-18, -6, 13,-21, -1,-21; /M: SY='G'; M= -5, 5,-29, 5, -8,-30, 43,-12,-37,-10,-30,-21, 10,-17,-12,-13, 1,-15,-30,-25,-26,-10; /M: SY='L'; M= -6,-27,-18,-30,-22, 16,-26,-17, 15,-23, 28, 19,-25,-27,-20,-18,-21, -8, 12,-15, 5,-20; /M: SY='Q'; M= -2, -3,-23, -3, 0,-23,-16, -2,-17, 1,-18, -8, -3, 0, 4, 1, 1, 1,-13,-27,-13, 0; /M: SY='Q'; M= 0, -1,-25, -1, 7,-26,-16, -2,-18, 5,-19, -9, -2, -5, 11, 1, 0, -6,-16,-25,-13, 8; /M: SY='L'; M= -4,-25,-19,-29,-21, 1,-20,-17, 17,-22, 28, 24,-24,-25,-15,-18,-20, -9, 12,-21, -4,-19; /M: SY='A'; M= 4,-11,-21,-14, -6,-19,-12,-13, -8, 1,-13, -5, -6,-15, 1, 2, 2, -3, -3,-24,-13, -4; /M: SY='Q'; M= -9, 13,-25, 14, 12,-30, -8, 4,-27, 7,-26,-15, 13,-12, 17, 5, 6, -4,-25,-30,-15, 14; /M: SY='L'; M= -4,-23,-17,-27,-20, 14,-25,-21, 11,-24, 21, 7,-20,-24,-21,-19,-13, 1, 9,-18, 1,-20; /M: SY='C'; M= 6,-11, 36,-19,-19,-18, -8,-23,-20,-19,-17,-15,-10,-23,-19,-21, 5, 7, -6,-35,-22,-19; /M: SY='H'; M=-10, -2,-28, -1, 8,-23,-14, 46,-24, -6,-15, -3, 2,-16, 15, -2, -6,-15,-25,-26, 2, 10; /M: SY='Q'; M= 4,-10,-21,-13, -1,-18,-18,-10, -8, -3, -3, -2, -9,-15, 8, 2, -3, -1, -7,-22,-11, 3; /M: SY='L'; M= -3,-26,-20,-32,-22, 9,-27,-21, 21,-25, 27, 18,-24,-25,-19,-21,-19, -8, 15,-18, -1,-21; /M: SY='E'; M=-10, 7,-29, 14, 50,-30,-20, 1,-26, 9,-18,-13, -1, -2, 24, 1, -1,-10,-28,-28,-18, 37; /M: SY='N'; M=-10, 15,-23, 10, 3,-23,-14, 4,-19, 2,-21,-12, 18,-14, 7, 2, 5, 3,-19,-31,-12, 4; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='L'; M= -5,-16,-14,-18,-14, 1,-20,-11, 11,-14, 13, 10,-16,-18, -9,-11,-11, 0, 11,-14, 2,-12; D=-8; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='L'; M= -3,-19,-15,-21,-15, 5,-14,-15, 10,-20, 24, 9,-18,-20,-15,-15,-17, -7, 5,-13, -2,-15; D=-8; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='D'; M=-11, 20,-19, 28, 9,-23, -8, -1,-24, 6,-19,-16, 9, -8, 2, 5, 1, -5,-17,-23,-12, 5; D=-8; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='A'; M= 6, -4, -7, -5, 3,-13, -5, -7,-10, -3, -7, -6, -4, -8, 1, -6, 1, -3, -8,-16,-11, 2; D=-8; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='V'; M= 0, -7,-13,-10, -6, -8, -8,-10, 1, -6, -2, -1, -3,-12, -7, -5, -4, -4, 2,-15, -8, -7; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16; /M: SY='R'; M= -7, -6,-19, -7, -2,-15, -6, -3,-20, 15,-14, -7, -1,-12, 3, 32, -5, -7,-13,-14, -9, -2; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='E'; M= -3, 4,-18, 5, 9,-18,-10, -5,-15, 4,-16,-12, 6, -2, 1, 1, 2, -2,-12,-23,-14, 5; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='G'; M= -3, -3,-26, -5, -1,-21, 7, -2,-22, -4,-20, -9, 1, -8, 0, -7, -2,-11,-21,-14,-13, -1; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='K'; M=-12, 9,-27, 14, 14,-29,-17, -3,-27, 16,-23,-14, 3, -3, 12, 13, -3, -5,-22,-25,-14, 12; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='L'; M= -6,-21,-19,-23,-16, -2,-20,-19, 12,-20, 20, 12,-21,-23,-16,-17,-14, -2, 12,-24, -7,-16; /M: SY='P'; M= -1, -2,-27, 0, 15,-28,-15, -7,-21, 1,-23,-14, -3, 17, 12, -6, 4, -2,-23,-28,-20, 12; /M: SY='A'; M= 17,-16,-16,-21,-15,-14,-10,-22, 1,-15, -5, -4,-14, -7,-15,-20, 1, 0, 7,-25,-16,-16; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='N'; M= -5, 0,-17, -4, 0,-10, -6, -8, -9, -7, -9, -8, 3,-11, -4, -8, 1, 2,-10,-11, -8, -2; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='E'; M= -5, -3,-14, -3, 5, -6,-12, -4, -2, -5, -2, -3, -2, -9, -1, -6, -2, -3, -3,-13, -2, 1; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: M= -1, -3,-17, -3, -6,-10,-13,-12, -1, -6, -3, -3, -7,-12, -8,-10, -7, -6, 0, -7, -5, -7; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='S'; M= -6, -2,-22, 0, 0,-19, -6,-10,-18, -3,-14,-11, -1, -2, -2, -3, 2, 1,-15,-27,-15, -2; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='D'; M= -6, 17,-26, 27, 15,-28, -6, -1,-27, -4,-19,-18, 5, -5, 0,-10, -2, -9,-22,-30,-17, 7; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='L'; M=-10,-28,-23,-30,-22, 3,-29,-22, 21,-22, 22, 13,-24,-25,-18,-16,-22,-10, 14, -4, 1,-21; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='I'; M= -8,-23,-20,-24,-21, 1,-29,-22, 25,-24, 25, 13,-22,-24,-20,-21,-19, -7, 20,-22, -3,-21; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='D'; M= -7, 12,-25, 17, 9,-27,-12, -4,-25, 3,-22,-17, 7, -6, 5, 4, 5, -3,-21,-32,-17, 6; /M: SY='L'; M= -9,-16,-23,-17, -6, -4,-27,-14, 3, -9, 13, 5,-16,-20, -9, -6,-14, -1, 1,-20, -1, -8; /M: SY='L'; M= -5,-22,-21,-24,-13, 1,-24,-16, 12,-20, 19, 15,-20,-15,-13,-17,-15, -7, 6,-22, -5,-14; /M: SY='L'; M= -5, -9,-15,-13,-10, -2,-20, -2,-10, -8, 1, -2, -7,-22,-10, -5,-12, -9, -9,-21, -3,-10; /M: SY='E'; M= 2, 7,-20, 8, 20,-24,-11, -7,-23, 3,-22,-18, 6, -8, 6, -2, 12, 5,-18,-31,-18, 13; /M: SY='A'; M= 5,-11,-10,-12, -3,-17,-14,-15, -6,-10, -8, -5,-11,-17, -3,-12, 3, 1, 2,-28,-15, -3; /M: SY='L'; M= 1,-19,-20,-22,-14, -6,-21,-19, 2, -9, 7, 2,-17,-21,-12, -7,-10, -3, 4,-13, -6,-13; /M: SY='D'; M= -6, 16,-22, 20, 8,-26,-12, -6,-24, 3,-22,-18, 9,-13, -1, 2, 5, 0,-15,-32,-17, 3; /M: SY='H'; M= -5, -4,-23, -4, -3,-17,-18, 14,-10, -5, -9, 2, -4,-17, -2, -2, -7, -9, -5,-27, -5, -5; /M: SY='L'; M= -1,-18,-21,-22,-18, 1,-18,-19, 10,-22, 15, 8,-16,-21,-16,-20,-12, -7, 6,-20, -5,-18; /M: SY='E'; M= 1, -3,-21, -4, 7,-17,-16, -8,-13, 4,-16, -9, -2,-13, 2, -2, 3, 0, -8,-23, -7, 4; /M: SY='E'; M= -3, 10,-24, 13, 21,-26,-16, -8,-25, 9,-20,-17, 2, -7, 5, 2, 3, 3,-18,-28,-16, 13; /M: SY='M'; M= -2, -9,-22,-10, -8,-13,-19, -9, 4,-11, 7, 15,-12,-18, 1,-12,-11, -8, 1,-24, -8, -4; /M: SY='L'; M= -4,-21,-18,-21,-17, 1,-26,-20, 13,-24, 30, 11,-23,-26,-19,-19,-19, -5, 12,-23, -5,-18; /M: SY='D'; M= -8, 9,-26, 13, 13,-30, -8, -2,-28, 8,-24,-16, 7,-12, 13, 10, 3, -6,-24,-28,-17, 13; /M: SY='A'; M= 27, -4,-16, -8, -2,-22, 0,-16,-16, -6,-13,-12, -5,-11, -6,-14, 8, -2, -8,-24,-19, -4; /M: SY='W'; M= -5,-24,-31,-28,-20, 0,-23,-15, 0,-10, -6, -4,-20,-22,-11, -5,-18,-13, -5, 30, 15,-17; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 52 in 52 different sequences |
Number of true positive hits | 52 in 52 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 3 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 94.55 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | window20 |
Author [info] | V_Lesaux |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | HPt |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
52 sequences
AHP1_ARATH (Q9ZNV9), AHP2_ARATH (Q9ZNV8), AHP3_ARATH (Q9SAZ5), AHP4_ARATH (Q9LU15), AHP5_ARATH (Q8L9T7), AHP6_ARATH (Q9SSC9), ARCB_ECO57 (P58363), ARCB_ECOLI (P0AEC3), ARCB_SHIFL (P0AEC4), BARA_ECO57 (P0AEC7), BARA_ECOL6 (P0AEC6), BARA_ECOLI (P0AEC5), BARA_SHIFL (P59342), BVGS_BORBR (P26762), BVGS_BORPA (P40330), BVGS_BORPE (P16575), CHEAY_HELPY (O25153), CHEA_BACSU (P29072), CHEA_BORBU (Q44737), CHEA_CERSP (Q53135), CHEA_ECOLI (P07363), CHEA_HALS3 (B0R4J9), CHEA_KLEAK (P21813), CHEA_LISIN (Q92DW2), CHEA_LISMO (Q48768), CHEA_RHIME (Q52880), CHEA_SALTY (P09384), CHEA_THEMA (Q56310), CHEA_TREPA (P96123), EVGS_ECO57 (P58402), EVGS_ECOLI (P30855), FRZE_MYXXA (P18769), GACS_PSEPH (Q9F8D7), GACS_PSESY (P48027), LUXU_VIBC1 (A7MVC1), LUXU_VIBCH (Q9KT83), LUXU_VIBHA (P0C5S4), LUXU_VIBPA (Q87MX8), LUXU_VIBVU (Q8D892), LUXU_VIBVY (Q7MM77), MPR1_SCHPO (O94321), OHP1_ORYSJ (Q6VAK3), OHP2_ORYSJ (Q6VAK4), PHP2_ORYSJ (Q0DK78), RCSD_ECOLI (P39838), RDEA_DICDI (Q54RR8), RPFC_XANC8 (P0C0F7), RPFC_XANCP (P0C0F6), TORS_ECO57 (P58356), TORS_ECOLI (P39453), YPD1_CANAL (Q59WC6), YPD1_YEAST (Q07688)» more
|
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
3 sequences
ARUS_PSEAE (Q9HUI3), PHP1_ORYSJ (Q0JJE3), PHP5_ORYSJ (Q6F303) |
PDB [Detailed view] |
25 PDB
1A0B; 1BDJ; 1C02; 1C03; 1FR0; 1I5N; 1OXB; 1OXK; 1QSP; 1SR2; 1TQG; 1Y6D; 1YVI; 2A0B; 2LD6; 2LP4; 2Q4F; 2R25; 3IQT; 4EUK; 4PAC; 5KBX; 6M7W; 6S1K; 8C5V » more |