PROSITE entry PS50898
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | RBD |
| Accession [info] | PS50898 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-FEB-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50898 |
| Associated ProRule [info] | PRU00262 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Ras-binding domain (RBD) profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=66; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0632534; R2=0.0273644; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3298.3598633; R2=3.4391534; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=364; H_SCORE=4550; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=163; H_SCORE=3859; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='K'; M= -5, -9,-21,-12, -8,-15,-16,-17, -6, 4,-10, -4, -6,-12, -8, -2, -3, 3, 0,-26,-12, -9; /M: SY='F'; M= -6,-15,-22,-20,-12, 5,-23, -4, -2,-15, 2, 3,-12,-12, -8,-13, -8, 2, -5,-15, 5,-11; /M: SY='C'; M= -9,-18, 11,-23,-16, 4,-26,-20, -4,-18, -3, -5,-14,-25,-19,-13, -7, -1, 2,-25, -7,-18; /M: SY='R'; M=-14,-16, -7,-18,-11, -9,-24,-10,-15, 6, -7, -2,-14,-24, -5, 12,-17,-11,-12, -7, 1, -9; /M: SY='V'; M= -3,-19,-16,-19,-17, 0,-27,-23, 16,-18, 8, 4,-21,-24,-22,-18,-11, -4, 25,-26, -7,-19; /M: SY='H'; M=-11,-10,-14,-12,-12, 0,-23, 21, -9,-17, -1, 0, -8,-23,-10,-13,-13,-12,-10,-18, 13,-13; /M: SY='L'; M= -9,-27,-18,-29,-21, 13,-28,-19, 17,-26, 36, 19,-26,-28,-20,-18,-23, -5, 12,-19, 1,-20; /M: SY='P'; M= -5,-16,-35,-10, 0,-29,-18,-17,-19, -8,-26,-17,-16, 66, -4,-17, -5, -5,-26,-28,-26, -5; /M: SY='D'; M=-16, 29,-26, 32, 4,-19,-12, -2,-20, -7,-17,-17, 22,-17, -6,-10, -2, -7,-20,-33,-13, -1; /M: SY='N'; M= -8, 14,-28, 10, 4,-28, 7, -4,-28, 4,-29,-18, 20, -6, 1, -2, 1, -9,-29,-30,-21, 2; /M: SY='Q'; M= 0, -2,-24, -4, 10,-27,-17, -4,-20, 10,-18, -7, -2,-11, 22, 12, 2, 0,-18,-22,-13, 16; /M: SY='R'; M= -3,-12,-21,-13,-10,-13,-10, -4,-13, -4,-15, -8, -7,-11, -7, 4, 2, 0, -6,-23, -5,-11; /M: SY='T'; M= 4,-12, -1,-18,-16,-10,-19,-22, 1,-16, -8, -5, -9,-18,-15,-17, 10, 17, 12,-32,-14,-16; /M: SY='V'; M= -4,-16,-17,-18,-15, -9,-15,-19, 1,-12, -1, -1,-11,-20,-13, -4, 0, 7, 8,-27,-11,-15; /M: SY='V'; M= 2,-26,-12,-29,-26, -1,-28,-28, 25,-20, 11, 9,-26,-26,-26,-20, -9, 2, 38,-28, -9,-26; /M: SY='E'; M= -2, -5,-22, -6, 3,-15,-18, -9,-13, 3,-12, -8, -4, -9, 1, -3, 1, 3, -9,-22, -6, 2; /M: SY='V'; M= 13,-20,-13,-24,-20, -7,-19,-24, 13,-18, 4, 2,-18,-21,-19,-19, -1, 4, 22,-26,-12,-20; /M: SY='R'; M=-15, -7,-30, -8, 2,-23,-21, -6,-25, 35,-22, -8, -1,-16, 8, 47,-11,-10,-17,-20, -9, 2; /M: SY='P'; M= -5, -5,-26, 2, 1,-29,-15,-15,-23, -9,-28,-21, -8, 50, -8,-17, -3, -7,-25,-33,-27, -7; /M: SY='G'; M= 3, -6,-25, -7, -8,-26, 33,-17,-31, -9,-24,-17, -1,-15,-11,-12, 3, -5,-22,-22,-23, -9; /M: SY='M'; M=-11, -6,-24, -6, 2, -9,-22, 1, -9, 4, -5, 7, -8,-17, -2, 0,-12,-10, -6,-22, -4, 0; /M: SY='T'; M= -3, -4,-19, -6, -2,-19,-14,-10,-19, 1,-20,-13, 1, -4, 3, 9, 14, 18,-12,-30,-14, -1; /M: SY='V'; M= 3,-27,-16,-30,-24, 0,-27,-26, 24,-23, 20, 11,-26,-26,-23,-21,-14, -4, 29,-24, -7,-24; /M: SY='R'; M=-13, -4,-19, -3, 8,-21,-15, 10,-27, 8,-20,-10, -1,-16, 8, 16, -5, -7,-22,-23, -5, 6; /M: SY='D'; M=-16, 34,-30, 50, 36,-36,-14, 0,-36, 4,-26,-26, 12, -6, 8, -6, 0,-10,-30,-36,-20, 22; /M: SY='V'; M= 6,-19, -9,-26,-20, 0,-21,-22, 10,-19, 4, 5,-16,-20,-18,-20, -3, 1, 14,-23, -7,-19; /M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-32,-22, 8,-32,-22, 25,-29, 42, 19,-28,-28,-21,-22,-27, -9, 16,-21, -1,-22; /M: SY='E'; M= 6, -2,-21, -3, 7,-22,-11, -6,-18, 5,-16, -6, -2,-11, 7, 6, 4, -3,-13,-26,-15, 6; /M: SY='P'; M= -7,-12,-29,-10, -3,-22, -7,-15,-20, 5,-16,-10, -9, 9, -5, 1, -7, -9,-18,-24,-17, -6; /M: SY='I'; M= 14,-22,-18,-29,-20, -6,-21,-24, 18,-21, 14, 7,-19,-19,-17,-23,-10, -5, 15,-21, -9,-20; /M: SY='C'; M= -9,-26, 37,-30,-25, -3,-30,-25, 1,-29, 18, 3,-26,-34,-25,-24,-20, -9, 5,-33,-13,-25; /M: SY='K'; M= 2, 0,-24, 1, 19,-26,-15, -8,-23, 20,-21,-11, -2, -7, 8, 7, 0, -6,-17,-25,-15, 14; /M: SY='R'; M=-11,-10,-24,-12, -4,-16,-22,-10,-12, 20,-10, 3, -8,-17, 1, 23,-10, -4, -5,-22, -8, -3; /M: SY='R'; M=-20, -9,-30, -9, -3,-12,-22, 27,-25, 14,-17, -6, -1,-22, 7, 40,-12,-12,-21,-14, 12, -3; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -5, 3,-27, -2, -6,-27, 25, -6,-26, -9,-22,-13, 13,-18, 3, -8, 0,-12,-27,-25,-21, -1; /M: SY='L'; M= -9,-27,-21,-29,-21, 8,-30,-18, 21,-26, 33, 15,-25,-27,-19,-20,-22, -7, 13,-18, 5,-21; /M: SY='B'; M= -9, 13,-23, 11, 5,-18,-15, -3,-16, 0,-16,-13, 13,-15, 1, -4, 3, 2,-17,-28, -8, 3; /M: SY='P'; M=-11,-17,-34,-13, -5,-20,-14, -5,-14,-11,-16, -6,-16, 40, -5,-15,-12,-12,-22,-23,-13, -9; /M: SY='E'; M= -3, -1,-21, 1, 7,-15,-16, -6,-12, -7, -6, -4, -4,-13, 2, -9, 1, 1,-11,-25, -7, 4; /M: M= -1, -8, -2,-11, -1,-17,-12, -1,-17,-10,-10, -5, -8,-18, -1,-12, -4, -6,-14,-24, -7, -2; /M: SY='C'; M= -5,-12, 19,-14,-16,-11,-22, 1,-12,-18, -8, -7,-12,-27,-15,-17, -7, -7, -2,-30, -4,-17; /M: M= -4,-10,-22,-10, -8, -6,-13, -5, -6,-13, -5, -3, -9,-19, -7,-13, -6, -7, -4,-19, -1, -8; /M: SY='V'; M= -4,-30,-14,-30,-26, 4,-30,-26, 26,-24, 26, 14,-30,-30,-26,-20,-18, -4, 34,-26, -6,-26; /M: SY='R'; M=-15,-12,-27,-15, -9, 5,-22, 3,-11, -3,-10, -5, -4,-14, -3, 9, -9, -8,-13,-13, 8, -8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='R'; M= -5,-13,-19,-15, -8, -9,-12, -8, -5, -4, 5, 5,-10,-17, -1, 7,-10, -5, -5,-17, -7, -6; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='R'; M= -4,-12,-19,-12, -9,-13, -4,-13, -9, -6, -8, -6, -7, -8, -8, 1, 0, -1, -5,-22,-13,-10; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='G'; M= -5, 2,-20, 1, -4,-19, 8, -2,-17, -4,-15, -9, 4,-13, -3, -6, -1, -8,-15,-20,-12, -4; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='E'; M= -4, -7,-21, -6, 5,-17, -7,-13,-10, -3,-12, -8, -6,-13, -4, -5, 0, -1, -4,-25,-15, 0; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='K'; M=-12, 6,-28, 10, 12,-28,-19, -5,-25, 21,-20,-10, 1,-11, 13, 14, -5, -6,-20,-25,-12, 12; /M: SY='K'; M= -6, -4,-25, -5, 7,-23,-21, -4,-18, 22,-17, -6, -5,-13, 7, 12, -7, -6,-12,-23, -9, 6; /M: SY='P'; M= -3,-15,-26,-14, -6,-14,-17,-16,-12, -8,-19,-12,-10, 23, -9, -6, 2, -2,-12,-27,-17,-10; /M: SY='L'; M= -9,-27,-22,-30,-21, 3,-31,-22, 23,-23, 29, 15,-23,-25,-18,-14,-21, -6, 16,-21, -2,-21; /M: SY='D'; M= -9, 15,-24, 24, 6,-26,-12, -9,-19, -6,-17,-13, 1, -7, -5,-12, -2, -4,-11,-33,-17, 0; /M: SY='W'; M=-12,-28,-29,-29,-18, 5,-25,-19, 5,-20, 16, 11,-29,-26,-15,-17,-28,-15, -2, 30, 7,-15; /M: SY='N'; M=-12, 15,-14, 15, 8,-28, -1, 11,-30, -5,-25,-17, 16,-16, 3, -7, 0,-11,-28,-33,-16, 5; /M: SY='Q'; M= -4, 1,-22, 0, 7,-25,-18, -6,-17, 5,-16, -8, -2,-12, 16, 4, 3, 4,-12,-26,-12, 11; /M: SY='P'; M=-10, 1,-30, 9, 0,-24,-19, -5,-15,-11,-15,-13, -6, 19, -8,-16, -8,-10,-15,-31,-16, -7; /M: SY='V'; M= 7,-12, -9,-19,-15,-13,-18,-18, 7,-15, -6, -2, -6,-19, -9,-18, 2, -1, 8,-28,-13,-13; /M: SY='S'; M= 4, -8,-16,-12, -8, -6, -8,-11,-12,-12,-11, -9, -4,-16, -5,-12, 12, 10, -7,-22, -4, -7; /M: SY='Y'; M= -8,-18,-23,-21,-16, 5,-22,-11, 3,-13, -4, 2,-13,-15,-12,-10, -4, 0, 1, -7, 10,-16; /M: SY='L'; M= -3,-25,-19,-25,-14, 1,-27,-21, 17,-23, 29, 12,-25,-25,-17,-19,-20, -7, 14,-23, -5,-16; /M: SY='P'; M= 0, 2,-27, 7, 4,-22,-15, -3,-18, -7,-18,-15, -4, 11, -5,-14, -3, -6,-18,-24, -9, -3; /M: SY='G'; M= 0, -6,-25, -6,-11,-24, 25, -4,-24,-13,-20, -7, -1,-18, -6,-14, 1,-12,-18,-24,-18, -9; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='Q'; M=-12, 4,-29, 5, 26,-32,-19, 4,-25, 16,-21,-10, 4,-10, 32, 18, -2, -9,-28,-24,-14, 28; /M: SY='E'; M=-13, 11,-29, 17, 37,-27,-17, 1,-30, 13,-22,-18, 7, -8, 14, 16, -2, -9,-28,-29,-18, 24; /M: SY='L'; M= -9,-14,-21,-11,-13, -6,-26,-17, 10,-19, 20, 8,-18,-24,-12,-16,-17, -8, 10,-25, -6,-12; /M: SY='V'; M=-11,-23,-23,-25,-18, -1,-27,-14, 7, -9, 3, 4,-18,-25,-12, 2,-15, -9, 11,-10, -1,-17; /M: SY='I'; M= -9,-28,-21,-31,-25, 8,-32,-19, 27,-24, 23, 14,-26,-28,-21,-21,-20, -7, 23,-14, 11,-25; /M: SY='E'; M=-13, 13,-28, 23, 36,-28,-19, 4,-27, 5,-20,-18, 2, -7, 10, 0, -2,-10,-22,-32,-16, 22; /M: SY='E'; M= -8, -3,-21, -7, 1, -9,-18, -8, -8, -2, -5, -1, 0,-17, -3, -1, -4, -1, -6,-27,-10, -1; /M: SY='L'; M=-12,-20,-25,-20, -9, -3,-27,-12, 3, -5, 13, 6,-17,-23, -8, 5,-18, -9, 2,-17, 2,-11; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 38 in 31 different sequences |
| Number of true positive hits | 38 in 31 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 1 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 97.44 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | RBD |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
31 sequences
ARAF_HUMAN (P10398), ARAF_MOUSE (P04627), ARAF_PIG(O19004), ARAF_RAT(P14056), BRAF_CHICK (Q04982), BRAF_COTJA (P34908), BRAF_HUMAN (P15056), BRAF_MOUSE (P28028), KRAF1_CAEBR (Q61UC4), KRAF1_CAEEL (Q07292), KRAF1_DROME (P11346), RAF1_BOVIN (A7E3S4), RAF1_CHICK (P05625), RAF1_HUMAN (P04049), RAF1_MOUSE (Q99N57), RAF1_PONAB (Q5R5M7), RAF1_RAT(P11345), RAF1_XENLA (P09560), RGS12_HUMAN (O14924), RGS12_MOUSE (Q8CGE9), RGS12_RAT (O08774), RGS14_HUMAN (O43566), RGS14_MOUSE (P97492), RGS14_RAT (O08773), RGS_DROME (Q9VCX1), SIF1_DROME (P91621), SIF2_DROME (P91620), TIAM1_HUMAN (Q13009), TIAM1_MOUSE (Q60610), TIAM2_HUMAN (Q8IVF5), TIAM2_MOUSE (Q6ZPF3)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
1 sequence
RIP3_DICDI (Q9Y0C9) |
| PDB [Detailed view] |
50 PDB
1C1Y; 1GUA; 1RFA; 1RRB; 1WFY; 1WXM; 2L05; 2MSE; 3KUC; 3KUD; 3NY5; 4G0N; 4G3X; 5J17; 5J18; 5J2R; 6NTC; 6NTD; 6NYB; 6PTS; 6PTW; 6Q0J; 6Q0K; 6Q0T; 6UAN; 6VJJ; 6XGU; 6XGV; 6XHA; 6XHB; 6XI7; 7JHP; 7MFD; 7MFE; 7MFF; 7Z37; 7Z38; 7ZR0; 7ZR5; 7ZR6; 8CHF; 8CPD; 8DGS; 8DGT; 8EPW; 8JOF; 8JOG; 8T74; 8T75; 8U1L » more |