Entry: PS50900

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PLAC
Accession [info] PS50900
Entry type [info] MATRIX
Date [info] OCT-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50900
Associated ProRule [info] PRU00233

Name and characterization of the entry

Description [info] PLAC domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=40;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=36;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1332045; R2=0.0106719; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2575.29885; R2=9.65189; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=597; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7430; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=410; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6523; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B0=-50; E0=-50; M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M= -3,-11,-24,-12, -2,-18,-20,-14, -8, -1,-11, -4,-11,  6, -2, -4, -3,  1, -7,-26,-14, -3;
/M: SY='D'; M= -5,  7,-27, 10, -2,-24,  1,-12,-27, -5,-26,-20,  4, -4, -7,-11,  2, -2,-22,-16,-16, -4;
/M:         M= -2, -1,-26,  0, -3,-19, -9,  0,-17, -7,-13, -6, -3, -1, -2, -9, -5, -9,-17,-23, -8, -4;
/M: SY='S'; M= -8, -1,-22,  0,  0,-14,-18, -3,-14, -2,-11, -8, -1,-15, -1, -2,  1,  0, -9,-28, -8, -1;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -3, -4,-21, -7,  3,-21,-19,-10,-14, 10,-15, -4, -4,-12,  8,  6,  3,  7, -8,-25,-11,  5;
/M: SY='D'; M=-17, 34,-29, 47, 13,-35, -6, -1,-37,  6,-29,-25, 17,-13,  1,  3, -1,-10,-28,-35,-19,  6;
/M: SY='D'; M= -3,  8,-23, 10,  2,-23,-14, -6,-15, -1,-18,-11,  4,-14,  4, -3,  3, -4,-12,-27,-10,  2;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='P'; M= -7,  2,-21,  3,  2,-20, -7, -5,-18,  5,-19,-11,  3,  9,  3,  3, -2, -4,-18,-19,-13,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='W'; M= -5, -5,-13, -6, -1,  1, -9, -5, -5, -7, -1, -4, -4,-10, -4, -6, -4, -3, -7,  2,  2, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='F'; M=  0,-14, -5,-18,-12,  6, -9,-17,-13,-18, -6, -9, -9,-20,-17,-17,  2,  1, -7,-21, -7,-13;
/M: SY='S'; M=  5, -9,-19,-12,-10,-18,  1,-11,-14,-10,-17,-11, -3,-10, -9, -8,  9,  4, -7,-28,-16,-11;
/M: SY='F'; M=-15, -8,-24,-17,-16, 23,-21, -2, -7,-11, -7, -6,  1,-24,-16, -9,-11, -6,-11,  0, 17,-15;
/M: SY='C'; M=-11,-20,107,-29,-29,-16,-30,-26,-27,-28,-18,-18,-20,-39,-28,-28,-11,-10,-10,-43,-20,-29;
/M: SY='E'; M= -9,  1,-28,  5, 10,-25,-16, -3,-23,  6,-21,-11, -2,  3,  9,  9, -2, -7,-21,-25,-12,  7;
/M: SY='L'; M= -8,-19,-19,-24,-18,  1,-24,-16, 12,-19, 20, 17,-17,-23,-14,-15,-14,  3,  8,-16, -3,-16;
/M: SY='I'; M=  3,-22,-19,-25,-16, -5,-25,-23, 20,-20, 12,  7,-18,-20,-16,-21, -9, -4, 19,-25, -8,-18;
/M: SY='K'; M= -8,-13,-24,-13, -6,-17,-23,-15, -7, 15,-12, -3,-11,-13, -5, 15, -9, -6,  2,-24,-10, -7;
/M: SY='Q'; M= -1, -8,-23, -9,  4,-19,-18, -9,-12,  4, -4, -2, -7,-15,  9,  2, -4, -5,-11,-23,-11,  6;
/M: SY='N'; M=  3, -1,-20, -8, -6,-14, -8, -3,-14,  1,-13, -3,  5,-16, -3,  0,  0, -4,-12,-25,-11, -5;
/M: SY='R'; M=-11,  3,-28,  0,  2,-25,  3,  9,-30,  9,-25,-13, 12,-17,  5, 16, -3,-12,-26,-25,-13,  1;
/M: SY='L'; M=-12,-23,-23,-24,-17, 10,-26, -8,  8,-15, 23, 15,-21,-26,-12, -8,-21, -9,  1,-10, 15,-16;
/M: SY='C'; M=-10,-21,111,-30,-29,-18,-30,-29,-27,-30,-16,-17,-21,-39,-29,-29,-11,-10, -9,-48,-28,-29;
/M: SY='Q'; M= -4,  2,-23,  2,  6,-27,  0, -5,-23,  2,-25,-13,  6,-13, 12,  2,  9, -2,-19,-29,-17,  8;
/M: SY='H'; M=-11, -4,-15, -6, -8,-11,-20,  7,-11, -6, -9, -5,  0,-21, -5, -1, -5, -6, -9,-25,  0, -9;
/M: SY='K'; M=-12, -8,-33, -4,  4,-24,-20, -7,-21, 15,-22, -8, -9, 15,  1,  4,-12,-12,-21,-16,-12,  1;
/M: SY='Y'; M=-13,-10,-24,-10,-10,  1,-18, -4, -9, -5, -5, -5,-10,-22, -9,  2, -9, -2, -6, -9, 15,-12;
/M: SY='Y'; M=-16,-25,-27,-28,-24, 29,-29, -1,  7,-17,  6,  6,-23,-29,-18,-15,-21,-10,  1, 21, 46,-22;
/M: SY='R'; M= -5, -5,-23, -9, -6,-17, -7, -6,-18,  4,-18,-10,  2,-17,  1, 14,  2,  0,-14,-21, -8, -4;
/M: SY='Q'; M= -4,  1,-23,  0, 10,-25,-18, -7,-19,  9,-16, -8, -1,-10, 16,  4,  3,  6,-16,-25,-12, 13;
/M: SY='F'; M=-10,-14,-23,-20, -9, 13,-24,-13, -4, -8,  1, -1, -9,-20, -8, -4,-11, -6, -6,-13,  3, -8;
/M: SY='C'; M= -9,-19,111,-28,-28,-20,-28,-29,-29,-29,-21,-20,-18,-38,-28,-29, -7, -8,-10,-49,-29,-28;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M=-10, -8,-26, -9, -1,-14,-13, -1,-25, 16,-20, -9, -1,-17,  5, 27, -4, -8,-18,-20, -7,  0;
/M: SY='T'; M=  6,  0,-10, -4, -4,-16, -8,-14,-16,-10,-22,-16,  6,-10, -4,-10, 32, 33, -6,-36,-16, -4;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M=  4, -4,-17, -8, -3,-16,-13,-12,-14, -5,-12,-11,  1, -8, -4, -2, 11, 13, -9,-29,-15, -4;
/M: SY='R'; M= -9, -8,-27, -7,  0,-13,-17, -5,-16,  0, -8, -6, -8, -6,  1,  2,-10,-10,-16,-21, -8, -1;
/M: SY='A'; M=  1,-15,-23,-16, -9, -7,-15,-14, -9, -7,-12, -7,-12,  0, -7,-11, -3, -3, -6,-18, -6, -9;
/M: SY='H'; M= -8, -3,-26, -6, -7,-18,  7,  9,-21,-12,-18,-10,  4,-13, -4,-11, -1, -8,-21,-23, -7, -7;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 38 in 38 different sequences
Number of true positive hits 38 in 38 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.44 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PLAC
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
38 sequences

ATL1_HUMAN  (Q8N6G6), ATL1_MOUSE  (Q8BLI0), ATL2_HUMAN  (Q86TH1), 
ATL2_MOUSE  (Q7TSK7), ATL3_HUMAN  (P82987), ATL4_HUMAN  (Q6UY14), 
ATL4_MOUSE  (Q80T21), ATL4_RAT    (Q4FZU4), ATS10_HUMAN (Q9H324), 
ATS10_MOUSE (P58459), ATS12_HUMAN (P58397), ATS12_MOUSE (Q811B3), 
ATS14_HUMAN (Q8WXS8), ATS16_HUMAN (Q8TE57), ATS16_MOUSE (Q69Z28), 
ATS17_HUMAN (Q8TE56), ATS18_HUMAN (Q8TE60), ATS18_MOUSE (Q4VC17), 
ATS19_HUMAN (Q8TE59), ATS19_MOUSE (P59509), ATS2_BOVIN  (P79331), 
ATS2_HUMAN  (O95450), ATS2_MOUSE  (Q8C9W3), ATS3_HUMAN  (O15072), 
ATS6_HUMAN  (Q9UKP5), ATS7_HUMAN  (Q9UKP4), ATS7_MOUSE  (Q68SA9), 
ATS7_RAT    (Q1EHB3), MIG17_CAEEL (Q20930), NAS5_CAEEL  (P91828), 
PCSK6_HUMAN (P29122), PCSK6_RAT   (Q63415), PPN1_CAEEL  (O76840), 
PPN_DROME   (Q868Z9), PPN_HUMAN   (O95428), PPN_MOUSE   (Q9EPX2), 
THSD4_HUMAN (Q6ZMP0), THSD4_MOUSE (Q3UTY6)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

PCSK5_HUMAN (Q92824)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission