Entry: PS50912

General information about the entry

Entry name [info] EAR
Accession [info] PS50912
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50912
Associated ProRule [info] PRU00075

Name and characterization of the entry

Description [info] EAR repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4744849; R2=0.0224144; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1203.86885; R2=10.48361; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=314; N_SCORE=8.5; H_SCORE=4024; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=192; N_SCORE=5.3; H_SCORE=2850; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -5,  0,-23, -2,  2,-20, -3,-10,-21,  3,-19,-10,  2,-13,  3, -1,  5,  3,-17,-25,-13,  3;
/M: SY='K'; M= -6,  0,-26,  0,  4,-23, -4, -8,-21,  6,-19,-11,  1,-14,  3,  3,  0, -6,-18,-24,-12,  3;
/M: SY='F'; M=-17,-30,-19,-38,-29, 66,-30,-21,  5,-29, 14,  3,-22,-30,-37,-20,-20, -9,  5,  4, 24,-29;
/M: SY='V'; M= -6,-18,-19,-19,-12, -4,-26,-16,  8, -8, -2,  2,-16,-21,-10, -6, -7, -1, 15,-22, -2,-12;
/M:         M= -4, -7,-24, -6, -1,-15,-16,-10,-15, -1,-12,-10, -6, -5, -4,  0, -2, -4,-13,-18, -9, -3;
/M: SY='Y'; M=-15,-21,-24,-24,-18, 20,-28,  9,  3,-18,  6,  5,-15,-26,-15,-11,-17,-11,  1, -8, 21,-18;
/M: SY='Q'; M=-10,  2,-29,  2, 16,-36,-12,  8,-23,  8,-21, -5,  1,-11, 43,  6,  0, -9,-28,-22,-11, 29;
/M: SY='D'; M= -4, 14,-20, 16, 13,-24,-12, -7,-25,  2,-23,-19, 10, -9,  2, -1, 12, 10,-18,-33,-17,  7;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-22,-34,-25,  7,-33,-24, 31,-27, 31, 19,-26,-26,-21,-23,-22, -8, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='P'; M= -4, -5,-28, -3, -2,-21,-13, -1,-17,-10,-19,-13, -5, 21, -6,-14, -2, -4,-19,-27,-13, -7;
/M: SY='T'; M= -3,-10,-20,-13, -6, -6,-18,-15, -2, -9, -8, -5, -8,-13, -9,-11,  1,  5,  2,-23, -7, -8;
/M: SY='Q'; M= -5, -9,-22,-11, -1,-13,-17, -3,-15, -1,-14, -5, -5,-14,  7,  2, -4, -7,-15,-11, -6,  3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M=  1,  4,-22,  5,  3,-25,  8, -8,-26,  2,-22,-15,  5,-11,  0, -1,  3, -7,-19,-24,-18,  1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='A'; M= 12,-10,-13,-11, -9,-19,-14,-20, -7,-12,-14,-11,-10,  5,-12,-18,  5,  3, -1,-29,-19,-12;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-21,-13, -9,-10,-20, -8, -5, -1, -1,  2, -5,-20, -2,  7, -6,  0, -3,-23, -6, -6;
/M: SY='D'; M=  4, 10,-20, 13,  3,-26, -4,-10,-23, -5,-21,-17,  4,-12, -2, -8,  9,  3,-14,-31,-18,  0;
/M: SY='V'; M= -6,-29,-11,-33,-27, 10,-27,-27,  9,-23,  3,  0,-26,-28,-26,-22,-17, -8, 13, 10,  2,-25;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-22,  9, 31,-28,-19,  1,-28, 13,-21,-15,  0, -8, 15,  8, -2, -7,-25,-28,-15, 23;
/M: SY='A'; M=  7,-13,-20,-15,-10, -6,-15, -1, -9,-10, -9, -6,-10, -7, -9,-12,  0, -1, -6,-18,  1,-11;
/M: SY='F'; M=-16,-29,-20,-37,-28, 56,-30,-18,  8,-27, 15,  7,-22,-29,-33,-19,-20, -9,  6,  2, 23,-27;
/M: SY='N'; M= -7,  5,-21,  2,  4,-21,-13,  4,-19, -2,-19,-12, 10,-10,  7,  3,  8,  4,-18,-31,-12,  4;
/M: SY='I'; M=  1,-17,-21,-23,-17, -5,-23,-18, 13,-16, -1,  3,-12,-12,-13,-18, -2,  2,  9,-21, -2,-17;
/M: SY='D'; M= -3,  7,-27, 11, -1,-30, 11,-11,-28, -5,-25,-18,  4, -5, -3,-10,  1, -8,-22,-28,-21, -2;
/M: SY='N'; M= -7,  8,-25,  7, -1,-21,  9, -6,-29, -1,-25,-18, 12,-16, -4,  4,  4, -7,-23,-27,-18, -3;
/M: SY='D'; M= -7, 12,-24, 15,  8,-25, -7, -4,-25,  2,-22,-16,  8,-13,  4,  0,  3, -2,-19,-28,-13,  5;
/M:         M= -8,-12,-25,-11,-10,-15,-19, -9, -1,-15, -5, -2,-11, -6, -7,-15, -6, -5, -2,-22, -9,-10;
/M: SY='Y'; M=-15,-21,-25,-25,-19, 33,-27,  8, -1,-18,  7,  2,-18,-28,-16,-13,-18,-10, -6,  9, 43,-19;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-19,-29,-20, 16,-27,-14, 13,-26, 32, 15,-24,-27,-21,-18,-22, -7,  9,-17,  3,-20;
/M: SY='V'; M= 12,-21, -6,-28,-21, -5,-21,-25, 13,-21,  5,  3,-18,-21,-19,-23, -6, -4, 16,-24,-10,-21;
/M: SY='L'; M= -2,-26,-20,-30,-22,  5,-27,-20, 20,-22, 22, 14,-23,-25,-19,-18,-18, -7, 17,-19, -1,-22;
/M: SY='A'; M= 23, -9,-13,-14,-10,-17, -2,-19,-11,-12,-12,-11, -6, -8,-10,-16, 13,  9, -2,-26,-18,-10;
/M: SY='Q'; M= -4,  3,-23,  2,  4,-25, -7,  1,-21, -1,-23,-13,  9,-10, 11,  3, 10, -1,-19,-30,-15,  6;
/M:         M= -7, -3,-25, -3,  0, -4,-13, -1,-17, -9,-15,-11, -1, -5, -5, -8, -2, -6,-18,-19, -2, -3;
/M: SY='R'; M= -9,-11,-24,-13, -5, -4,-20, -7, -6, -2, -9, -4, -6,-18, -4,  1, -5, -5, -5,-18,  0, -6;
/M: SY='G'; M= -2, -3,-25, -2, -3,-21,  9,-13,-23, -4,-20,-12, -2,-12, -6, -6,  0, -8,-17,-24,-17, -5;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='E'; M=  0,  1,-15,  1,  2,-12, -1, -5,-12, -4, -8, -8,  0, -5, -3, -5, -1, -5,-11,-15, -8, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M:         M= -8, -3,-22, -4, -6, -6,-14, -9,-11, -6, -3, -3, -2,-20, -6, -1, -7, -6, -9,-23, -8, -6;
/M: SY='S'; M=  2, -3,  1, -7, -7,-18,-11,-15,-16,-13,-23,-16,  4, -7, -7,-13, 23, 19, -9,-38,-19, -7;
/M: SY='M'; M= -3,-10,-21,-11, -4,-15,-20, -7, -4, -3, -3,  2, -9,-17,  2, -2, -4, -3, -2,-25, -9, -2;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-22,-35,-29,  1,-35,-29, 39,-26, 20, 16,-25,-25,-24,-25,-18, -6, 35,-24, -4,-29;
/M: SY='Y'; M=-17,-25,-24,-28,-23, 36,-29, -1,  6,-20, 15,  9,-22,-29,-19,-15,-22,-10, -1, 10, 43,-22;
/M: SY='R'; M=-12, -3,-21, -5,  8,-24,-21, -5,-21, 18,-19, -8,  0,-15, 12, 24, -5, -6,-16,-24,-12,  8;
/M: SY='W'; M=-19,-35,-44,-35,-26, 12,-22,-16,-16,-20,-13,-14,-33,-29,-18,-18,-35,-26,-25,111, 29,-19;
/M: SY='B'; M=-11, 22,-24, 21,  7,-24,-12,  1,-20,  0,-22,-16, 21,-14,  1, -2,  4,  0,-20,-34,-15,  4;
/M: SY='G'; M= -3, -7,-24, -7, -6,-18,  2, -4,-16, -6,-17, -8, -3,-14, -5, -9,  1, -5,-12,-22, -8, -7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 132 in 24 different sequences
Number of true positive hits 132 in 24 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 7
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] EAR
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
24 sequences

DCTP1_BOVIN (Q32KY6), DCTP1_HUMAN (Q9H773), DCTP1_MOUSE (Q9QY93), 
DCTP1_RAT   (Q91VC0), GPR98_DANRE (Q6JAN0), GPR98_HUMAN (Q8WXG9), 
GPR98_MOUSE (Q8VHN7), LGI1_BOVIN  (Q5E9T6), LGI1_HUMAN  (O95970), 
LGI1_MOUSE  (Q9JIA1), LGI1_PANTR  (Q1EGL2), LGI1_PONAB  (Q5R945), 
LGI1_RAT    (Q8K4Y5), LGI2_HUMAN  (Q8N0V4), LGI2_MOUSE  (Q8K4Z0), 
LGI2_PANTR  (Q1EGL1), LGI3_HUMAN  (Q8N145), LGI3_MACFA  (Q4R4H3), 
LGI3_MOUSE  (Q8K406), LGI3_PANTR  (Q1EGL0), LGI4_HUMAN  (Q8N135), 
LGI4_MOUSE  (Q8K1S1), TSEAR_HUMAN (Q8WU66), TSEAR_MOUSE (J3S6Y1)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

2A3Q; 2OIE; 2OIG; 2Q4P

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission