Entry: PS50912

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] EAR
Accession [info] PS50912
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50912
Associated ProRule [info] PRU00075

Name and characterization of the entry

Description [info] EAR repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4744849; R2=0.0224144; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1203.86885; R2=10.48361; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=314; N_SCORE=8.5; H_SCORE=4024; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=192; N_SCORE=5.3; H_SCORE=2850; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -5,  0,-23, -2,  2,-20, -3,-10,-21,  3,-19,-10,  2,-13,  3, -1,  5,  3,-17,-25,-13,  3;
/M: SY='K'; M= -6,  0,-26,  0,  4,-23, -4, -8,-21,  6,-19,-11,  1,-14,  3,  3,  0, -6,-18,-24,-12,  3;
/M: SY='F'; M=-17,-30,-19,-38,-29, 66,-30,-21,  5,-29, 14,  3,-22,-30,-37,-20,-20, -9,  5,  4, 24,-29;
/M: SY='V'; M= -6,-18,-19,-19,-12, -4,-26,-16,  8, -8, -2,  2,-16,-21,-10, -6, -7, -1, 15,-22, -2,-12;
/M:         M= -4, -7,-24, -6, -1,-15,-16,-10,-15, -1,-12,-10, -6, -5, -4,  0, -2, -4,-13,-18, -9, -3;
/M: SY='Y'; M=-15,-21,-24,-24,-18, 20,-28,  9,  3,-18,  6,  5,-15,-26,-15,-11,-17,-11,  1, -8, 21,-18;
/M: SY='Q'; M=-10,  2,-29,  2, 16,-36,-12,  8,-23,  8,-21, -5,  1,-11, 43,  6,  0, -9,-28,-22,-11, 29;
/M: SY='D'; M= -4, 14,-20, 16, 13,-24,-12, -7,-25,  2,-23,-19, 10, -9,  2, -1, 12, 10,-18,-33,-17,  7;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-22,-34,-25,  7,-33,-24, 31,-27, 31, 19,-26,-26,-21,-23,-22, -8, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='P'; M= -4, -5,-28, -3, -2,-21,-13, -1,-17,-10,-19,-13, -5, 21, -6,-14, -2, -4,-19,-27,-13, -7;
/M: SY='T'; M= -3,-10,-20,-13, -6, -6,-18,-15, -2, -9, -8, -5, -8,-13, -9,-11,  1,  5,  2,-23, -7, -8;
/M: SY='Q'; M= -5, -9,-22,-11, -1,-13,-17, -3,-15, -1,-14, -5, -5,-14,  7,  2, -4, -7,-15,-11, -6,  3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M=  1,  4,-22,  5,  3,-25,  8, -8,-26,  2,-22,-15,  5,-11,  0, -1,  3, -7,-19,-24,-18,  1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='A'; M= 12,-10,-13,-11, -9,-19,-14,-20, -7,-12,-14,-11,-10,  5,-12,-18,  5,  3, -1,-29,-19,-12;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-21,-13, -9,-10,-20, -8, -5, -1, -1,  2, -5,-20, -2,  7, -6,  0, -3,-23, -6, -6;
/M: SY='D'; M=  4, 10,-20, 13,  3,-26, -4,-10,-23, -5,-21,-17,  4,-12, -2, -8,  9,  3,-14,-31,-18,  0;
/M: SY='V'; M= -6,-29,-11,-33,-27, 10,-27,-27,  9,-23,  3,  0,-26,-28,-26,-22,-17, -8, 13, 10,  2,-25;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-22,  9, 31,-28,-19,  1,-28, 13,-21,-15,  0, -8, 15,  8, -2, -7,-25,-28,-15, 23;
/M: SY='A'; M=  7,-13,-20,-15,-10, -6,-15, -1, -9,-10, -9, -6,-10, -7, -9,-12,  0, -1, -6,-18,  1,-11;
/M: SY='F'; M=-16,-29,-20,-37,-28, 56,-30,-18,  8,-27, 15,  7,-22,-29,-33,-19,-20, -9,  6,  2, 23,-27;
/M: SY='N'; M= -7,  5,-21,  2,  4,-21,-13,  4,-19, -2,-19,-12, 10,-10,  7,  3,  8,  4,-18,-31,-12,  4;
/M: SY='I'; M=  1,-17,-21,-23,-17, -5,-23,-18, 13,-16, -1,  3,-12,-12,-13,-18, -2,  2,  9,-21, -2,-17;
/M: SY='D'; M= -3,  7,-27, 11, -1,-30, 11,-11,-28, -5,-25,-18,  4, -5, -3,-10,  1, -8,-22,-28,-21, -2;
/M: SY='N'; M= -7,  8,-25,  7, -1,-21,  9, -6,-29, -1,-25,-18, 12,-16, -4,  4,  4, -7,-23,-27,-18, -3;
/M: SY='D'; M= -7, 12,-24, 15,  8,-25, -7, -4,-25,  2,-22,-16,  8,-13,  4,  0,  3, -2,-19,-28,-13,  5;
/M:         M= -8,-12,-25,-11,-10,-15,-19, -9, -1,-15, -5, -2,-11, -6, -7,-15, -6, -5, -2,-22, -9,-10;
/M: SY='Y'; M=-15,-21,-25,-25,-19, 33,-27,  8, -1,-18,  7,  2,-18,-28,-16,-13,-18,-10, -6,  9, 43,-19;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-19,-29,-20, 16,-27,-14, 13,-26, 32, 15,-24,-27,-21,-18,-22, -7,  9,-17,  3,-20;
/M: SY='V'; M= 12,-21, -6,-28,-21, -5,-21,-25, 13,-21,  5,  3,-18,-21,-19,-23, -6, -4, 16,-24,-10,-21;
/M: SY='L'; M= -2,-26,-20,-30,-22,  5,-27,-20, 20,-22, 22, 14,-23,-25,-19,-18,-18, -7, 17,-19, -1,-22;
/M: SY='A'; M= 23, -9,-13,-14,-10,-17, -2,-19,-11,-12,-12,-11, -6, -8,-10,-16, 13,  9, -2,-26,-18,-10;
/M: SY='Q'; M= -4,  3,-23,  2,  4,-25, -7,  1,-21, -1,-23,-13,  9,-10, 11,  3, 10, -1,-19,-30,-15,  6;
/M:         M= -7, -3,-25, -3,  0, -4,-13, -1,-17, -9,-15,-11, -1, -5, -5, -8, -2, -6,-18,-19, -2, -3;
/M: SY='R'; M= -9,-11,-24,-13, -5, -4,-20, -7, -6, -2, -9, -4, -6,-18, -4,  1, -5, -5, -5,-18,  0, -6;
/M: SY='G'; M= -2, -3,-25, -2, -3,-21,  9,-13,-23, -4,-20,-12, -2,-12, -6, -6,  0, -8,-17,-24,-17, -5;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='E'; M=  0,  1,-15,  1,  2,-12, -1, -5,-12, -4, -8, -8,  0, -5, -3, -5, -1, -5,-11,-15, -8, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M:         M= -8, -3,-22, -4, -6, -6,-14, -9,-11, -6, -3, -3, -2,-20, -6, -1, -7, -6, -9,-23, -8, -6;
/M: SY='S'; M=  2, -3,  1, -7, -7,-18,-11,-15,-16,-13,-23,-16,  4, -7, -7,-13, 23, 19, -9,-38,-19, -7;
/M: SY='M'; M= -3,-10,-21,-11, -4,-15,-20, -7, -4, -3, -3,  2, -9,-17,  2, -2, -4, -3, -2,-25, -9, -2;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-22,-35,-29,  1,-35,-29, 39,-26, 20, 16,-25,-25,-24,-25,-18, -6, 35,-24, -4,-29;
/M: SY='Y'; M=-17,-25,-24,-28,-23, 36,-29, -1,  6,-20, 15,  9,-22,-29,-19,-15,-22,-10, -1, 10, 43,-22;
/M: SY='R'; M=-12, -3,-21, -5,  8,-24,-21, -5,-21, 18,-19, -8,  0,-15, 12, 24, -5, -6,-16,-24,-12,  8;
/M: SY='W'; M=-19,-35,-44,-35,-26, 12,-22,-16,-16,-20,-13,-14,-33,-29,-18,-18,-35,-26,-25,111, 29,-19;
/M: SY='B'; M=-11, 22,-24, 21,  7,-24,-12,  1,-20,  0,-22,-16, 21,-14,  1, -2,  4,  0,-20,-34,-15,  4;
/M: SY='G'; M= -3, -7,-24, -7, -6,-18,  2, -4,-16, -6,-17, -8, -3,-14, -5, -9,  1, -5,-12,-22, -8, -7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 132 in 24 different sequences
Number of true positive hits 132 in 24 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 7
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] EAR
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
24 sequences

DCTP1_BOVIN (Q32KY6), DCTP1_HUMAN (Q9H773), DCTP1_MOUSE (Q9QY93), 
DCTP1_RAT   (Q91VC0), GPR98_DANRE (Q6JAN0), GPR98_HUMAN (Q8WXG9), 
GPR98_MOUSE (Q8VHN7), LGI1_BOVIN  (Q5E9T6), LGI1_HUMAN  (O95970), 
LGI1_MOUSE  (Q9JIA1), LGI1_PANTR  (Q1EGL2), LGI1_PONAB  (Q5R945), 
LGI1_RAT    (Q8K4Y5), LGI2_HUMAN  (Q8N0V4), LGI2_MOUSE  (Q8K4Z0), 
LGI2_PANTR  (Q1EGL1), LGI3_HUMAN  (Q8N145), LGI3_MACFA  (Q4R4H3), 
LGI3_MOUSE  (Q8K406), LGI3_PANTR  (Q1EGL0), LGI4_HUMAN  (Q8N135), 
LGI4_MOUSE  (Q8K1S1), TSEAR_HUMAN (Q8WU66), TSEAR_MOUSE (J3S6Y1)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

2A3Q; 2OIE; 2OIG; 2Q4P

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission