To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50913

General information about the entry

Entry name [info] GRIP
Accession [info] PS50913
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JUL-2003 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50913
Associated ProRule [info] PRU00250

Name and characterization of the entry

Description [info] GRIP domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=51;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=46;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9887543; R2=0.0172481; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=378; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=262; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -4, -6,-23, -8, -4,-18,-11, -7, -9, -2,-13, -4, -1,-15,  0, -1,  2, -2, -7,-27,-12, -4;
/M: SY='S'; M= -7, -2,-22, -1,  0,-15,-18, -7, -7, -8,-10, -7, -1,-12, -2,-10,  1, -1, -6,-29,-11, -2;
/M: SY='A'; M=  5,  1,-23,  2,  5,-25,  0,-10,-24,  0,-21,-13,  0, -8,  1, -2,  5, -3,-17,-27,-19,  2;
/M: SY='E'; M= -7, 13,-27, 16, 18,-27, -8,  3,-27,  2,-24,-17, 10, -3,  5, -3,  2, -7,-25,-32,-18, 11;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-25, -3,  5,-18,-10, -4,-18,  2,-16, -9,  0, -6, -1, -3, -2, -3,-17,-23, -9,  1;
/M: SY='V'; M=  2,-15,-19,-19,-10,-11,-24,-14, 10,-13, -1,  2,-13,-17,-10,-15, -3,  1, 14,-26, -9,-12;
/M: SY='D'; M=-13, 27,-26, 29, 19,-28,-12,  8,-28,  3,-25,-20, 23,-11,  7, -2,  3, -3,-27,-35,-16, 13;
/M: SY='M'; M= -8,-18,-23,-21,-13,  4,-24,-16,  1, -1,  2,  5,-14,-20,-12, -2,-13, -7,  2,-17, -1,-12;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-25,  6, 27,-25,-19, -4,-17,  2,-13, -8, -3, -8, 17, -3,  1, -4,-17,-28,-15, 22;
/M: SY='Y'; M=-17,-23,-27,-24,-21, 28,-30,  6,  6,-17, 12,  5,-22,-30,-15,-14,-22,-10, -3, 16, 56,-21;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-21,-28,-18,  0,-29,-18, 20,-23, 29, 17,-23,-25,-11,-18,-20, -7, 12,-21, -3,-15;
/M: SY='K'; M=-11, -3,-28, -3,  5,-25,-18, -7,-28, 37,-26,-11,  1,-13,  8, 37, -5, -5,-18,-22,-11,  5;
/M: SY='N'; M= -8, 31,-20, 15,  0,-20, -2, 13,-21,  0,-29,-18, 48,-18,  1,  0, 11,  1,-27,-38,-17,  0;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-18,-31,-25,  0,-30,-22, 28,-24, 18, 13,-24,-25,-22,-22,-15, -6, 29,-24, -5,-25;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-34,-25, 21,-32,-22, 24,-29, 31, 16,-25,-27,-24,-22,-24, -9, 16,-15,  5,-25;
/M: SY='F'; M=-10,-24,-21,-29,-22, 18,-29,-17, 16,-23, 16,  8,-20,-25,-19,-19,-15, -4, 11,-12, 11,-21;
/M: SY='Q'; M= -8,  1,-27, -1,  4,-25, -1, -1,-25,  8,-24,-11,  6,-15, 15,  7,  1, -7,-24,-21, -9,  9;
/M: SY='F'; M=-20,-26,-23,-33,-26, 60,-29, -4, -1,-24,  7,  1,-19,-29,-29,-16,-20,-11, -4, 12, 41,-26;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-20,-32,-23,  9,-29,-20, 24,-26, 33, 21,-26,-26,-19,-20,-23, -8, 17,-20,  0,-22;
/M: SY='T'; M=  1, -4,-16, -7,  0,-13,-16, -4,-11, -7,-13, -7, -2,-13, -4, -9, 11, 15, -3,-30, -9, -3;
/M: SY='S'; M= -4, -3,-17, -5, -5,-18, -9, -7,-12,-12, -7, -6,  0,-15, -1,-11,  1,  1,-12,-29,-13, -4;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-30, -6, -2,-22,-12, -6,-18,  6,-20, -8, -1,  5, -1,  9, -6, -9,-17,-26,-15, -4;
/M: SY='E'; M=-11,  7,-29, 11, 20,-27,-13,  0,-27,  6,-23,-17,  5,  2,  6,  4, -1, -7,-25,-30,-18, 11;
/M: SY='S'; M= 11, -1,-15, -7, -7,-18, -4, -8,-12, -8,-18,-11,  6,-15, -5, -9, 14,  6, -5,-31,-16, -7;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='D'; M= -7, 10,-17, 13,  1,-16, -1, -4,-16, -4,-13,-11,  7, -2, -3, -5,  0, -4,-14,-21,-12, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -5,  6,-20,  9, 17,-22, -7, -2,-21, 10,-17,-11,  3, -6, 10,  5, -1, -7,-18,-19,-12, 13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='R'; M= -5, -6,-21, -8, -2,-18,-14, -8,-16, 14,-17, -8,  0,-14,  2, 25,  1, -3, -9,-22,-11, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='Q'; M=-13,  3,-26,  5,  8,-13,-19,  1,-21,  3,-18,-10,  1,-12,  9,  3, -3, -8,-19,-23, -6,  9;
/M: SY='Q'; M= -6,  4,-26,  6, 13,-28,-11,  6,-25,  3,-20,-11,  2,-11, 15,  4,  1, -3,-22,-26,-12, 13;
/M: SY='L'; M=-10,-25,-22,-28,-22,  5,-31, -9, 21,-23, 23, 17,-22,-26,-16,-19,-20, -8, 15,-17,  8,-21;
/M: SY='L'; M= -2,-28,-16,-30,-23,  4,-27,-23, 22,-24, 30, 16,-28,-28,-22,-20,-20, -6, 23,-23, -5,-22;
/M: SY='K'; M=-10, -2,-28, -3,  6,-26,-17, -7,-22, 14,-24,-12,  2,  6,  8, 14, -2, -3,-21,-26,-16,  5;
/M: SY='V'; M= 10,-24,-14,-28,-22, -3,-23,-24, 19,-20, 14, 10,-24,-24,-21,-20,-10, -3, 26,-24, -9,-22;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-25,-36,-27,  2,-35,-25, 39,-27, 25, 23,-23,-23,-19,-25,-21, -9, 26,-21, -1,-26;
/M: SY='S'; M=  3, -1,-18, -4, -2,-15,  6, -8,-20,-10,-21,-15,  6,-14, -4,-11, 15,  4,-15,-26,-12, -3;
/M: SY='S'; M=  4,  1,-14, -6, -8,-15, -7,-11,-11, -9,-16, -8,  8,-14, -6, -9, 17, 17, -6,-32,-15, -7;
/M: SY='V'; M= -3,-26,-17,-30,-24,  3,-29,-25, 24,-23, 17, 12,-23,-25,-22,-21,-12, -2, 26,-24, -5,-24;
/M: SY='L'; M= -8,-29,-20,-31,-21, 16,-29,-20, 17,-29, 43, 17,-28,-29,-22,-20,-27,-10,  9,-17,  2,-21;
/M: SY='N'; M=-11, 15,-27, 13,  8,-29, -6,  5,-28, 10,-26,-14, 17,-14, 11,  9,  0, -7,-26,-29,-14,  9;
/M: SY='F'; M=-15,-31,-23,-36,-27, 43,-28,-21,  6,-27, 17,  6,-26,-30,-30,-20,-24,-11,  4, 14, 17,-25;
/M: SY='S'; M= -2,  9,-18, 11,  4,-23, -8, -8,-23, -5,-26,-20, 11, -2, -1, -6, 20, 13,-16,-36,-19,  1;
/M: SY='E'; M= -7,  7,-28, 11, 12,-28,-15, -6,-23,  1,-22,-15,  2, 12,  5, -2,  0, -5,-23,-30,-19,  7;
/M: SY='E'; M= -2,  7,-23,  8, 20,-27,-15, -5,-20,  4,-19,-13,  3, -9, 13, -2,  4, -2,-17,-29,-16, 16;
/M: SY='E'; M=-11,  8,-30, 15, 44,-32,-20,  5,-28, 11,-21,-14,  1, -4, 28,  3, -1,-10,-30,-27,-16, 36;
/M: SY='M'; M= -5,-11,-18,-15, -3,-15,-22,-11, -3,  4, -5,  8, -9,-15,  1,  3, -8, -3, -3,-23, -9, -2;
/M: SY='Q'; M=-10,  8,-28, 11, 24,-32,-15,  4,-26, 12,-23,-12,  4, -8, 26,  6,  1, -7,-26,-26,-14, 25;
/M: SY='K'; M= -6, -7,-24,-11, -3,-16,-21, -8, -6,  8, -8,  3, -4,-17,  8,  5, -8, -8, -7,-21, -8,  2;
/M: SY='I'; M= -1,-26,-16,-32,-24,  0,-30,-25, 26,-25, 22, 13,-23,-24,-20,-24,-16, -5, 21,-23, -5,-24;
/M: SY='N'; M= -7, -1,-24, -4, -9,-14,  0, -6,-12,-10, -9, -5,  4,-20, -7,-10, -5, -9,-13,-25,-12, -8;
/M: SY='E'; M=  0, -6,-17, -7,  2,-16,-17, -6,-11, -3, -4, -3, -6,-16, -1, -5, -4, -5, -9,-26,-11,  0;
/M: SY='A'; M=  3, -2,-19, -6, -4,-19,-15, -9,-11,  3,-15, -8,  0,-15, -3, -1,  3,  1, -5,-27,-12, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 26 in 26 different sequences
Number of true positive hits 26 in 26 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.86 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GRIP
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
26 sequences

GCC1_HUMAN  (Q96CN9    ), GCC1_MOUSE  (Q9D4H2    ), GCC2_CAEEL  (P34562    ), 
GCC2_HUMAN  (Q8IWJ2    ), GCC2_MOUSE  (Q8CHG3    ), GCC2_RAT    (D3ZZL9    ), 
GOGA1_HUMAN (Q92805    ), GOGA1_MOUSE (Q9CW79    ), GOGA4_HUMAN (Q13439    ), 
GOGA4_MOUSE (Q91VW5    ), GOGA4_RAT   (Q5U4E6    ), GRIP_ARATH  (Q8S2T0    ), 
IMH1_ASHGO  (Q75AF5    ), IMH1_YEAST  (Q06704    ), RGPD1_HUMAN (P0DJD0    ), 
RGPD2_HUMAN (P0DJD1    ), RGPD3_HUMAN (A6NKT7    ), RGPD4_HUMAN (Q7Z3J3    ), 
RGPD5_HUMAN (Q99666    ), RGPD8_HUMAN (O14715    ), RUD3_YEAST  (Q12234    ), 
TRIPB_HUMAN (Q15643    ), YBAC_SCHPO  (O42903    ), YF82_SCHPO  (O42657    ), 
YGCC1_PLAF7 (O97237    ), YGRB_SCHPO  (Q9Y7X7    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

GOGC3_ARATH (Q84WU4    ), GOGC4_ARATH (Q8VYU6    )

		
PDB
[Detailed view]
2 PDB

1R4A; 1UPT

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission