Entry: PS50913

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] GRIP
Accession [info] PS50913
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUL-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50913
Associated ProRule [info] PRU00250

Name and characterization of the entry

Description [info] GRIP domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=51;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=46;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9887543; R2=0.0172481; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1862.89189; R2=16.51351; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=378; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7147; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=262; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6189; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -4, -6,-23, -8, -4,-18,-11, -7, -9, -2,-13, -4, -1,-15,  0, -1,  2, -2, -7,-27,-12, -4;
/M: SY='S'; M= -7, -2,-22, -1,  0,-15,-18, -7, -7, -8,-10, -7, -1,-12, -2,-10,  1, -1, -6,-29,-11, -2;
/M: SY='A'; M=  5,  1,-23,  2,  5,-25,  0,-10,-24,  0,-21,-13,  0, -8,  1, -2,  5, -3,-17,-27,-19,  2;
/M: SY='E'; M= -7, 13,-27, 16, 18,-27, -8,  3,-27,  2,-24,-17, 10, -3,  5, -3,  2, -7,-25,-32,-18, 11;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-25, -3,  5,-18,-10, -4,-18,  2,-16, -9,  0, -6, -1, -3, -2, -3,-17,-23, -9,  1;
/M: SY='V'; M=  2,-15,-19,-19,-10,-11,-24,-14, 10,-13, -1,  2,-13,-17,-10,-15, -3,  1, 14,-26, -9,-12;
/M: SY='D'; M=-13, 27,-26, 29, 19,-28,-12,  8,-28,  3,-25,-20, 23,-11,  7, -2,  3, -3,-27,-35,-16, 13;
/M: SY='M'; M= -8,-18,-23,-21,-13,  4,-24,-16,  1, -1,  2,  5,-14,-20,-12, -2,-13, -7,  2,-17, -1,-12;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-25,  6, 27,-25,-19, -4,-17,  2,-13, -8, -3, -8, 17, -3,  1, -4,-17,-28,-15, 22;
/M: SY='Y'; M=-17,-23,-27,-24,-21, 28,-30,  6,  6,-17, 12,  5,-22,-30,-15,-14,-22,-10, -3, 16, 56,-21;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-21,-28,-18,  0,-29,-18, 20,-23, 29, 17,-23,-25,-11,-18,-20, -7, 12,-21, -3,-15;
/M: SY='K'; M=-11, -3,-28, -3,  5,-25,-18, -7,-28, 37,-26,-11,  1,-13,  8, 37, -5, -5,-18,-22,-11,  5;
/M: SY='N'; M= -8, 31,-20, 15,  0,-20, -2, 13,-21,  0,-29,-18, 48,-18,  1,  0, 11,  1,-27,-38,-17,  0;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-18,-31,-25,  0,-30,-22, 28,-24, 18, 13,-24,-25,-22,-22,-15, -6, 29,-24, -5,-25;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-34,-25, 21,-32,-22, 24,-29, 31, 16,-25,-27,-24,-22,-24, -9, 16,-15,  5,-25;
/M: SY='F'; M=-10,-24,-21,-29,-22, 18,-29,-17, 16,-23, 16,  8,-20,-25,-19,-19,-15, -4, 11,-12, 11,-21;
/M: SY='Q'; M= -8,  1,-27, -1,  4,-25, -1, -1,-25,  8,-24,-11,  6,-15, 15,  7,  1, -7,-24,-21, -9,  9;
/M: SY='F'; M=-20,-26,-23,-33,-26, 60,-29, -4, -1,-24,  7,  1,-19,-29,-29,-16,-20,-11, -4, 12, 41,-26;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-20,-32,-23,  9,-29,-20, 24,-26, 33, 21,-26,-26,-19,-20,-23, -8, 17,-20,  0,-22;
/M: SY='T'; M=  1, -4,-16, -7,  0,-13,-16, -4,-11, -7,-13, -7, -2,-13, -4, -9, 11, 15, -3,-30, -9, -3;
/M: SY='S'; M= -4, -3,-17, -5, -5,-18, -9, -7,-12,-12, -7, -6,  0,-15, -1,-11,  1,  1,-12,-29,-13, -4;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-30, -6, -2,-22,-12, -6,-18,  6,-20, -8, -1,  5, -1,  9, -6, -9,-17,-26,-15, -4;
/M: SY='E'; M=-11,  7,-29, 11, 20,-27,-13,  0,-27,  6,-23,-17,  5,  2,  6,  4, -1, -7,-25,-30,-18, 11;
/M: SY='S'; M= 11, -1,-15, -7, -7,-18, -4, -8,-12, -8,-18,-11,  6,-15, -5, -9, 14,  6, -5,-31,-16, -7;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='D'; M= -7, 10,-17, 13,  1,-16, -1, -4,-16, -4,-13,-11,  7, -2, -3, -5,  0, -4,-14,-21,-12, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -5,  6,-20,  9, 17,-22, -7, -2,-21, 10,-17,-11,  3, -6, 10,  5, -1, -7,-18,-19,-12, 13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='R'; M= -5, -6,-21, -8, -2,-18,-14, -8,-16, 14,-17, -8,  0,-14,  2, 25,  1, -3, -9,-22,-11, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='Q'; M=-13,  3,-26,  5,  8,-13,-19,  1,-21,  3,-18,-10,  1,-12,  9,  3, -3, -8,-19,-23, -6,  9;
/M: SY='Q'; M= -6,  4,-26,  6, 13,-28,-11,  6,-25,  3,-20,-11,  2,-11, 15,  4,  1, -3,-22,-26,-12, 13;
/M: SY='L'; M=-10,-25,-22,-28,-22,  5,-31, -9, 21,-23, 23, 17,-22,-26,-16,-19,-20, -8, 15,-17,  8,-21;
/M: SY='L'; M= -2,-28,-16,-30,-23,  4,-27,-23, 22,-24, 30, 16,-28,-28,-22,-20,-20, -6, 23,-23, -5,-22;
/M: SY='K'; M=-10, -2,-28, -3,  6,-26,-17, -7,-22, 14,-24,-12,  2,  6,  8, 14, -2, -3,-21,-26,-16,  5;
/M: SY='V'; M= 10,-24,-14,-28,-22, -3,-23,-24, 19,-20, 14, 10,-24,-24,-21,-20,-10, -3, 26,-24, -9,-22;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-25,-36,-27,  2,-35,-25, 39,-27, 25, 23,-23,-23,-19,-25,-21, -9, 26,-21, -1,-26;
/M: SY='S'; M=  3, -1,-18, -4, -2,-15,  6, -8,-20,-10,-21,-15,  6,-14, -4,-11, 15,  4,-15,-26,-12, -3;
/M: SY='S'; M=  4,  1,-14, -6, -8,-15, -7,-11,-11, -9,-16, -8,  8,-14, -6, -9, 17, 17, -6,-32,-15, -7;
/M: SY='V'; M= -3,-26,-17,-30,-24,  3,-29,-25, 24,-23, 17, 12,-23,-25,-22,-21,-12, -2, 26,-24, -5,-24;
/M: SY='L'; M= -8,-29,-20,-31,-21, 16,-29,-20, 17,-29, 43, 17,-28,-29,-22,-20,-27,-10,  9,-17,  2,-21;
/M: SY='N'; M=-11, 15,-27, 13,  8,-29, -6,  5,-28, 10,-26,-14, 17,-14, 11,  9,  0, -7,-26,-29,-14,  9;
/M: SY='F'; M=-15,-31,-23,-36,-27, 43,-28,-21,  6,-27, 17,  6,-26,-30,-30,-20,-24,-11,  4, 14, 17,-25;
/M: SY='S'; M= -2,  9,-18, 11,  4,-23, -8, -8,-23, -5,-26,-20, 11, -2, -1, -6, 20, 13,-16,-36,-19,  1;
/M: SY='E'; M= -7,  7,-28, 11, 12,-28,-15, -6,-23,  1,-22,-15,  2, 12,  5, -2,  0, -5,-23,-30,-19,  7;
/M: SY='E'; M= -2,  7,-23,  8, 20,-27,-15, -5,-20,  4,-19,-13,  3, -9, 13, -2,  4, -2,-17,-29,-16, 16;
/M: SY='E'; M=-11,  8,-30, 15, 44,-32,-20,  5,-28, 11,-21,-14,  1, -4, 28,  3, -1,-10,-30,-27,-16, 36;
/M: SY='M'; M= -5,-11,-18,-15, -3,-15,-22,-11, -3,  4, -5,  8, -9,-15,  1,  3, -8, -3, -3,-23, -9, -2;
/M: SY='Q'; M=-10,  8,-28, 11, 24,-32,-15,  4,-26, 12,-23,-12,  4, -8, 26,  6,  1, -7,-26,-26,-14, 25;
/M: SY='K'; M= -6, -7,-24,-11, -3,-16,-21, -8, -6,  8, -8,  3, -4,-17,  8,  5, -8, -8, -7,-21, -8,  2;
/M: SY='I'; M= -1,-26,-16,-32,-24,  0,-30,-25, 26,-25, 22, 13,-23,-24,-20,-24,-16, -5, 21,-23, -5,-24;
/M: SY='N'; M= -7, -1,-24, -4, -9,-14,  0, -6,-12,-10, -9, -5,  4,-20, -7,-10, -5, -9,-13,-25,-12, -8;
/M: SY='E'; M=  0, -6,-17, -7,  2,-16,-17, -6,-11, -3, -4, -3, -6,-16, -1, -5, -4, -5, -9,-26,-11,  0;
/M: SY='A'; M=  3, -2,-19, -6, -4,-19,-15, -9,-11,  3,-15, -8,  0,-15, -3, -1,  3,  1, -5,-27,-12, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 26 in 26 different sequences
Number of true positive hits 26 in 26 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.86 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GRIP
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
26 sequences

GCC1_HUMAN  (Q96CN9), GCC1_MOUSE  (Q9D4H2), GCC2_HUMAN  (Q8IWJ2), 
GCC2_MOUSE  (Q8CHG3), GCC2_RAT    (D3ZZL9), GOGA1_HUMAN (Q92805), 
GOGA1_MOUSE (Q9CW79), GOGA4_HUMAN (Q13439), GOGA4_MOUSE (Q91VW5), 
GOGA4_RAT   (Q5U4E6), GRIP_ARATH  (Q8S2T0), IMH1_ASHGO  (Q75AF5), 
IMH1_YEAST  (Q06704), RGPD1_HUMAN (P0DJD0), RGPD2_HUMAN (P0DJD1), 
RGPD3_HUMAN (A6NKT7), RGPD4_HUMAN (Q7Z3J3), RGPD5_HUMAN (Q99666), 
RGPD8_HUMAN (O14715), RUD3_YEAST  (Q12234), TRIPB_HUMAN (Q15643), 
YBAC_SCHPO  (O42903), YF82_SCHPO  (O42657), YGCC1_PLAF7 (O97237), 
YGRB_SCHPO  (Q9Y7X7), YNP9_CAEEL  (P34562)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

GOGC3_ARATH (Q84WU4), GOGC4_ARATH (Q8VYU6)

		
PDB
[Detailed view]
2 PDB

1R4A; 1UPT

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission