Entry: PS50913

General information about the entry

Entry name [info] GRIP
Accession [info] PS50913
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUL-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50913
Associated ProRule [info] PRU00250

Name and characterization of the entry

Description [info] GRIP domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=51;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=46;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9887543; R2=0.0172481; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1862.89189; R2=16.51351; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=378; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7147; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=262; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6189; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -4, -6,-23, -8, -4,-18,-11, -7, -9, -2,-13, -4, -1,-15,  0, -1,  2, -2, -7,-27,-12, -4;
/M: SY='S'; M= -7, -2,-22, -1,  0,-15,-18, -7, -7, -8,-10, -7, -1,-12, -2,-10,  1, -1, -6,-29,-11, -2;
/M: SY='A'; M=  5,  1,-23,  2,  5,-25,  0,-10,-24,  0,-21,-13,  0, -8,  1, -2,  5, -3,-17,-27,-19,  2;
/M: SY='E'; M= -7, 13,-27, 16, 18,-27, -8,  3,-27,  2,-24,-17, 10, -3,  5, -3,  2, -7,-25,-32,-18, 11;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-25, -3,  5,-18,-10, -4,-18,  2,-16, -9,  0, -6, -1, -3, -2, -3,-17,-23, -9,  1;
/M: SY='V'; M=  2,-15,-19,-19,-10,-11,-24,-14, 10,-13, -1,  2,-13,-17,-10,-15, -3,  1, 14,-26, -9,-12;
/M: SY='D'; M=-13, 27,-26, 29, 19,-28,-12,  8,-28,  3,-25,-20, 23,-11,  7, -2,  3, -3,-27,-35,-16, 13;
/M: SY='M'; M= -8,-18,-23,-21,-13,  4,-24,-16,  1, -1,  2,  5,-14,-20,-12, -2,-13, -7,  2,-17, -1,-12;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-25,  6, 27,-25,-19, -4,-17,  2,-13, -8, -3, -8, 17, -3,  1, -4,-17,-28,-15, 22;
/M: SY='Y'; M=-17,-23,-27,-24,-21, 28,-30,  6,  6,-17, 12,  5,-22,-30,-15,-14,-22,-10, -3, 16, 56,-21;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-21,-28,-18,  0,-29,-18, 20,-23, 29, 17,-23,-25,-11,-18,-20, -7, 12,-21, -3,-15;
/M: SY='K'; M=-11, -3,-28, -3,  5,-25,-18, -7,-28, 37,-26,-11,  1,-13,  8, 37, -5, -5,-18,-22,-11,  5;
/M: SY='N'; M= -8, 31,-20, 15,  0,-20, -2, 13,-21,  0,-29,-18, 48,-18,  1,  0, 11,  1,-27,-38,-17,  0;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-18,-31,-25,  0,-30,-22, 28,-24, 18, 13,-24,-25,-22,-22,-15, -6, 29,-24, -5,-25;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-34,-25, 21,-32,-22, 24,-29, 31, 16,-25,-27,-24,-22,-24, -9, 16,-15,  5,-25;
/M: SY='F'; M=-10,-24,-21,-29,-22, 18,-29,-17, 16,-23, 16,  8,-20,-25,-19,-19,-15, -4, 11,-12, 11,-21;
/M: SY='Q'; M= -8,  1,-27, -1,  4,-25, -1, -1,-25,  8,-24,-11,  6,-15, 15,  7,  1, -7,-24,-21, -9,  9;
/M: SY='F'; M=-20,-26,-23,-33,-26, 60,-29, -4, -1,-24,  7,  1,-19,-29,-29,-16,-20,-11, -4, 12, 41,-26;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-20,-32,-23,  9,-29,-20, 24,-26, 33, 21,-26,-26,-19,-20,-23, -8, 17,-20,  0,-22;
/M: SY='T'; M=  1, -4,-16, -7,  0,-13,-16, -4,-11, -7,-13, -7, -2,-13, -4, -9, 11, 15, -3,-30, -9, -3;
/M: SY='S'; M= -4, -3,-17, -5, -5,-18, -9, -7,-12,-12, -7, -6,  0,-15, -1,-11,  1,  1,-12,-29,-13, -4;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-30, -6, -2,-22,-12, -6,-18,  6,-20, -8, -1,  5, -1,  9, -6, -9,-17,-26,-15, -4;
/M: SY='E'; M=-11,  7,-29, 11, 20,-27,-13,  0,-27,  6,-23,-17,  5,  2,  6,  4, -1, -7,-25,-30,-18, 11;
/M: SY='S'; M= 11, -1,-15, -7, -7,-18, -4, -8,-12, -8,-18,-11,  6,-15, -5, -9, 14,  6, -5,-31,-16, -7;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='D'; M= -7, 10,-17, 13,  1,-16, -1, -4,-16, -4,-13,-11,  7, -2, -3, -5,  0, -4,-14,-21,-12, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -5,  6,-20,  9, 17,-22, -7, -2,-21, 10,-17,-11,  3, -6, 10,  5, -1, -7,-18,-19,-12, 13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='R'; M= -5, -6,-21, -8, -2,-18,-14, -8,-16, 14,-17, -8,  0,-14,  2, 25,  1, -3, -9,-22,-11, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='Q'; M=-13,  3,-26,  5,  8,-13,-19,  1,-21,  3,-18,-10,  1,-12,  9,  3, -3, -8,-19,-23, -6,  9;
/M: SY='Q'; M= -6,  4,-26,  6, 13,-28,-11,  6,-25,  3,-20,-11,  2,-11, 15,  4,  1, -3,-22,-26,-12, 13;
/M: SY='L'; M=-10,-25,-22,-28,-22,  5,-31, -9, 21,-23, 23, 17,-22,-26,-16,-19,-20, -8, 15,-17,  8,-21;
/M: SY='L'; M= -2,-28,-16,-30,-23,  4,-27,-23, 22,-24, 30, 16,-28,-28,-22,-20,-20, -6, 23,-23, -5,-22;
/M: SY='K'; M=-10, -2,-28, -3,  6,-26,-17, -7,-22, 14,-24,-12,  2,  6,  8, 14, -2, -3,-21,-26,-16,  5;
/M: SY='V'; M= 10,-24,-14,-28,-22, -3,-23,-24, 19,-20, 14, 10,-24,-24,-21,-20,-10, -3, 26,-24, -9,-22;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-25,-36,-27,  2,-35,-25, 39,-27, 25, 23,-23,-23,-19,-25,-21, -9, 26,-21, -1,-26;
/M: SY='S'; M=  3, -1,-18, -4, -2,-15,  6, -8,-20,-10,-21,-15,  6,-14, -4,-11, 15,  4,-15,-26,-12, -3;
/M: SY='S'; M=  4,  1,-14, -6, -8,-15, -7,-11,-11, -9,-16, -8,  8,-14, -6, -9, 17, 17, -6,-32,-15, -7;
/M: SY='V'; M= -3,-26,-17,-30,-24,  3,-29,-25, 24,-23, 17, 12,-23,-25,-22,-21,-12, -2, 26,-24, -5,-24;
/M: SY='L'; M= -8,-29,-20,-31,-21, 16,-29,-20, 17,-29, 43, 17,-28,-29,-22,-20,-27,-10,  9,-17,  2,-21;
/M: SY='N'; M=-11, 15,-27, 13,  8,-29, -6,  5,-28, 10,-26,-14, 17,-14, 11,  9,  0, -7,-26,-29,-14,  9;
/M: SY='F'; M=-15,-31,-23,-36,-27, 43,-28,-21,  6,-27, 17,  6,-26,-30,-30,-20,-24,-11,  4, 14, 17,-25;
/M: SY='S'; M= -2,  9,-18, 11,  4,-23, -8, -8,-23, -5,-26,-20, 11, -2, -1, -6, 20, 13,-16,-36,-19,  1;
/M: SY='E'; M= -7,  7,-28, 11, 12,-28,-15, -6,-23,  1,-22,-15,  2, 12,  5, -2,  0, -5,-23,-30,-19,  7;
/M: SY='E'; M= -2,  7,-23,  8, 20,-27,-15, -5,-20,  4,-19,-13,  3, -9, 13, -2,  4, -2,-17,-29,-16, 16;
/M: SY='E'; M=-11,  8,-30, 15, 44,-32,-20,  5,-28, 11,-21,-14,  1, -4, 28,  3, -1,-10,-30,-27,-16, 36;
/M: SY='M'; M= -5,-11,-18,-15, -3,-15,-22,-11, -3,  4, -5,  8, -9,-15,  1,  3, -8, -3, -3,-23, -9, -2;
/M: SY='Q'; M=-10,  8,-28, 11, 24,-32,-15,  4,-26, 12,-23,-12,  4, -8, 26,  6,  1, -7,-26,-26,-14, 25;
/M: SY='K'; M= -6, -7,-24,-11, -3,-16,-21, -8, -6,  8, -8,  3, -4,-17,  8,  5, -8, -8, -7,-21, -8,  2;
/M: SY='I'; M= -1,-26,-16,-32,-24,  0,-30,-25, 26,-25, 22, 13,-23,-24,-20,-24,-16, -5, 21,-23, -5,-24;
/M: SY='N'; M= -7, -1,-24, -4, -9,-14,  0, -6,-12,-10, -9, -5,  4,-20, -7,-10, -5, -9,-13,-25,-12, -8;
/M: SY='E'; M=  0, -6,-17, -7,  2,-16,-17, -6,-11, -3, -4, -3, -6,-16, -1, -5, -4, -5, -9,-26,-11,  0;
/M: SY='A'; M=  3, -2,-19, -6, -4,-19,-15, -9,-11,  3,-15, -8,  0,-15, -3, -1,  3,  1, -5,-27,-12, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 26 in 26 different sequences
Number of true positive hits 26 in 26 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.86 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GRIP
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
26 sequences

GCC1_HUMAN  (Q96CN9), GCC1_MOUSE  (Q9D4H2), GCC2_HUMAN  (Q8IWJ2), 
GCC2_MOUSE  (Q8CHG3), GCC2_RAT    (D3ZZL9), GOGA1_HUMAN (Q92805), 
GOGA1_MOUSE (Q9CW79), GOGA4_HUMAN (Q13439), GOGA4_MOUSE (Q91VW5), 
GOGA4_RAT   (Q5U4E6), GRIP_ARATH  (Q8S2T0), IMH1_ASHGO  (Q75AF5), 
IMH1_YEAST  (Q06704), RGPD1_HUMAN (P0DJD0), RGPD2_HUMAN (P0DJD1), 
RGPD3_HUMAN (A6NKT7), RGPD4_HUMAN (Q7Z3J3), RGPD5_HUMAN (Q99666), 
RGPD8_HUMAN (O14715), RUD3_YEAST  (Q12234), TRIPB_HUMAN (Q15643), 
YBAC_SCHPO  (O42903), YF82_SCHPO  (O42657), YGCC1_PLAF7 (O97237), 
YGRB_SCHPO  (Q9Y7X7), YNP9_CAEEL  (P34562)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

GOGC3_ARATH (Q84WU4), GOGC4_ARATH (Q8VYU6)

		
PDB
[Detailed view]
2 PDB

1R4A; 1UPT

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission