PROSITE logo

PROSITE entry PS50915


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] CRYSTALLIN_BETA_GAMMA
Accession [info] PS50915
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JUL-2003 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00197
Associated ProRule [info] PRU00028

Name and characterization of the entry

Description [info] Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1640513; R2=0.0252941; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=251; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=113; N_SCORE=5.0; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M=  1, -9,-26,-10,-12,-20, 21,-16,-23,-15,-21,-14, -2, -1,-12,-16,  0,-10,-20,-24,-22,-13;
/M: SY='R';  M= -4, -6,-10,-10, -4,-21,-19,  1,-16,  2,-17, -8, -2,-13,  2,  3, -1, -1,-12,-28,-10, -3;
/M: SY='W';  M= -7,-31,-32,-36,-27,  2,-26,-26, 14,-21,  2,  6,-28,-24,-19,-22,-23,-15,  7, 39,  8,-23;
/M: SY='V';  M= -5,-15,-19,-18,-17, -8,-26,-15, 12,-13,  3,  5,-14,-21,-15,-10, -7,  3, 17,-27, -7,-18;
/M: SY='L';  M= -5,-27,-18,-31,-23,  9,-29,-22, 21,-25, 27, 15,-25,-26,-22,-20,-19, -5, 19,-20, -1,-23;
/M: SY='Y';  M=-20,-23,-27,-26,-23, 45,-30,  8,  0,-16,  3,  0,-20,-30,-19,-13,-20,-10, -7, 24, 65,-23;
/M: SY='E';  M= -7,  5,-25, 11, 31,-23,-17, -1,-24,  5,-20,-16,  1, -7, 13, -1,  5, -1,-22,-25, -9, 22;
/M: SY='E';  M=-13, 10,-28, 11, 17,-24,-12, 13,-27,  9,-22,-12, 11,-13,  9, 10, -3,-10,-26,-27, -9, 12;
/M: SY='P';  M=-10, -4,-32,  3, 10,-27,-17,-13,-18, -3,-22,-16, -8, 30, -3,-10, -5, -9,-20,-30,-21,  1;
/M: SY='N';  M=-11, 26,-25, 22,  7,-25,  2,  1,-27, -2,-27,-19, 28,-15,  3, -5,  5, -6,-28,-33,-18,  5;
/M: SY='F';  M=-17,-26,-22,-32,-26, 52,-19,-14, -4,-23,  3, -2,-18,-28,-31,-14,-17,-10, -3,  6, 26,-26;
/M: SY='Q';  M= -4, -2,-24, -1,  5,-25, -4, -6,-22,  1,-18,-10,  0,-13, 12,  3,  5,  0,-19,-26,-15,  8;
/M: SY='G';  M=  0, -8,-29, -8,-14,-29, 61,-18,-38,-18,-29,-20,  1,-18,-17,-18,  2,-17,-29,-22,-29,-15;
/M: SY='K';  M=-13,  1,-28,  1,  5,-24,-20,  8,-20, 16,-18, -6,  2,-15,  8, 16, -9,-11,-17,-25, -6,  5;
/M: SY='Q';  M= -5, -8,  7,-11, -2,-24,-16, -6,-19, -7,-15, -6, -7,-15,  9, -8, -2, -5,-17,-30,-16,  3;
/M: SY='Y';  M= -8,-20,-22,-23,-18,  7,-26,-12, 12,-16,  5,  4,-16,-23,-12,-15, -9, -4,  8,-12, 13,-17;
/M: SY='E';  M= -6, -5,-23, -2,  6,-15,-20,-13, -8, -9, -9, -9, -7, -2, -4,-12,  0, -1, -6,-29,-14,  0;
/M: SY='L';  M= -7,-28,-15,-31,-23, 13,-30,-20, 18,-26, 29, 13,-26,-28,-22,-21,-22, -8, 14,-16,  5,-23;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-24,  4, 12,-11,-17, -8,-20, -1,-17,-15,  3, -3, -2,  0,  1,  1,-17,-26,-12,  4;
/M: SY='E';  M=  0,  1,-24,  6, 13,-25,-13,-11,-21, -1,-22,-17, -3, 10,  0, -7,  6,  0,-17,-31,-20,  5;
/M: SY='G';  M= -6, 11,-27, 16,  1,-29, 22,-11,-32,-10,-23,-19,  6,-15, -7,-13,  0,-11,-25,-28,-22, -3;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -3, -2,-10, -4,  5,-16,-14, -6,-14, -7,-12, -8, -3,-14, -1,-10,  0,  1,-11,-27,-12,  2; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y';  M=-12,-16,-22,-14, -6, -1,-25, -2, -5,-10, -8, -5,-16, -4, -5,-12,-10, -5, -9, -7, 20, -9;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='E';  M= -7,  4,-22,  3,  6,-20,-15, -8,-16, -3,-17,-13,  5,  3,  0, -4,  4,  6,-15,-30,-16,  2; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='L';  M= -5,-11, -6,-14,-11, -7,-20,-13, -2,-14,  8,  3,-11,-22, -9,-10,-11, -7, -3,-25, -9,-11; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M:         M=  0, -5,-18, -7, -6, -7,-13, -7, -8, -7, -7, -6, -3,-16, -2, -6, -2, -4, -7, -8, -2, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='Q';  M= -5, -1,-15,  1,  5,-10, -8,  0, -9, -2, -7, -3, -2, -8,  6, -3,  1, -3,-10,-12, -1,  5; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M:         M= -1, -4, -7, -3,  0, -7,-11, -8, -8, -5, -1, -4, -5,-11, -3, -6, -2, -3, -6,-17, -7, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='W';  M= -4,-10,-17,-10, -4, -2, -3,-10,-10, -7, -8, -6,-10,-10, -6, -8, -8, -7,-11, 21,  1, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-16, -4, -8,-10,  6, -9,-10, -8,-10, -6,  1,-12, -8, -7,  0, -4, -8,-16,-10, -8; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='G';  M= -2, -9,-18, -9, -9,-20, 23,-13,-24,-13,-19,-13, -3,-17, -9,-11,  1, -9,-19,-21,-16,-10; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='F';  M= -8,-15,-19,-18,-11,  8,-12,-13,-12,-13,-10, -8,-11, -8,-15,-13, -8, -7,-12, -3,  3,-13; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='N';  M= -6,  2,-22, -3, -7,-11, -3, -2, -9,-10,-11, -4,  8,-12, -7,-11, -2, -6,-13,-23, -8, -7; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='N';  M= -6,  1,-13,  0, -1, -5, -7, -2, -4, -7, -2, -3,  2,-11, -5, -6, -4, -5, -5,-16, -5, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='B';  M= -2, 10,-20,  8, -2,-16,-10, -6,-16, -6,-18,-14, 10,-16, -3, -7,  6,  4,-12,-28,-11, -3;
/M: SY='K';  M= -6,  1,-18, -2,  3,-22,-13, -7,-20,  6,-22,-12,  5, -8,  6,  3,  5,  3,-17,-27,-13,  4;
/M: SY='V';  M= -2,-22,-14,-29,-24,  0,-30,-26, 22,-22,  8,  7,-17,-21,-21,-22, -7,  6, 23,-24, -5,-24;
/M: SY='S';  M= -2, -4,-12, -6, -5,-23,  2, -7,-22, -4,-24,-14,  4,-16,  0, -2, 12,  0,-16,-31,-17, -3;
/M: SY='S';  M=  7, -2,-12, -2, -1,-18, -3, -5,-18,-11,-25,-17,  8,-12, -1,-10, 34, 16,-10,-38,-17, -1;
/M: SY='I';  M= -8,-27, -9,-31,-25,  0,-31,-19, 24,-24, 19, 19,-24,-26,-19,-21,-18, -8, 22,-26, -4,-24;
/M: SY='R';  M=-15, -2,-24, -4,  3,-22,-19, -1,-27, 28,-23,-10,  4,-17, 11, 39, -8, -9,-21,-21, -7,  4;
/M: SY='V';  M= -6,-26,-21,-25,-21, -4,-28,-22, 15,-18,  3,  3,-24, -1,-22,-18,-13, -5, 20,-26,-10,-23;
/M: SY='I';  M= -8,-19,-23,-21,-15, -5,-27,-12, 14,-20,  9,  7,-15,-17,-10,-17,-11, -6,  9,-24, -4,-14;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-19, -8, -7,-19, -1,-14,-22, -4,-20,-14, -6,-14, -8,  2,  0, -5,-14,-16,-15, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.


Total number of hits 448 in 108 different sequences
Number of true positive hits 448 in 108 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 12
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Beta/gamma crystallin 'Greek key'
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
108 sequences

CRB11_AQUCT (Q91315), CRB12_AQUCT (Q91314), CRB31_AQUCT (Q91316), 
CRB32_AQUCT (Q91317), CRBA1_BOVIN (P11843), CRBA1_CHICK (P10042), 
CRBA1_HUMAN (P05813), CRBA1_MOUSE (P02525), CRBA1_RANTE (P07317), 
CRBA1_RAT   (P14881), CRBA2_BOVIN (P26444), CRBA2_CHICK (P55164), 
CRBA2_HUMAN (P53672), CRBA2_MACFL (Q8HY68), CRBA2_MOUSE (Q9JJV1), 
CRBA2_RABIT (A4L9I9), CRBA4_BOVIN (P11842), CRBA4_CANLF (A2ICR5), 
CRBA4_CHICK (P49152), CRBA4_HUMAN (P53673), CRBA4_MOUSE (Q9JJV0), 
CRBA4_RAT   (P56374), CRBB1_BOVIN (P07318), CRBB1_CHICK (P07530), 
CRBB1_HUMAN (P53674), CRBB1_MOUSE (Q9WVJ5), CRBB1_PIG   (Q007T1), 
CRBB1_RAT   (P02523), CRBB2_AQUCT (Q91318), CRBB2_BOVIN (P02522), 
CRBB2_CANLF (Q2LEC2), CRBB2_CHICK (Q05714), CRBB2_HUMAN (P43320), 
CRBB2_MESAU (P62698), CRBB2_MOUSE (P62696), CRBB2_RABIT (A2IBH5), 
CRBB2_RAT   (P62697), CRBB3_BOVIN (P19141), CRBB3_CHICK (P55165), 
CRBB3_HUMAN (P26998), CRBB3_MOUSE (Q9JJU9), CRBB3_RAT   (P02524), 
CRBG1_HUMAN (Q9Y4K1), CRBG2_HUMAN (Q8N1P7), CRBG3_HUMAN (Q68DQ2), 
CRBG3_MOUSE (Q80W49), CRG11_AQUCT (Q91320), CRG12_AQUCT (Q91321), 
CRG1_RANTE  (P02530), CRG1_XENLA  (Q06254), CRG2_RANTE  (P02531), 
CRG2_RHIAS  (P19865), CRG2_XENLA  (Q91724), CRG3_XENLA  (P55940), 
CRG4_XENLA  (P55941), CRG5_XENLA  (Q06255), CRGA_BOVIN  (P02527), 
CRGA_HUMAN  (P11844), CRGA_MOUSE  (P04345), CRGA_RAT(P10065), 
CRGB_BOVIN  (P02526), CRGB_CANLF  (A3RLE1), CRGB_HUMAN  (P07316), 
CRGB_MACFL  (Q5EF40), CRGB_MACMU  (A3RLD7), CRGB_MOUSE  (P04344), 
CRGB_RAT(P10066), CRGC_BOVIN  (Q28088), CRGC_CANLF  (A3RLE2), 
CRGC_HUMAN  (P07315), CRGC_MACMU  (A3RLD8), CRGC_MOUSE  (Q61597), 
CRGC_RAT(P02529), CRGD_BOVIN  (P08209), CRGD_HUMAN  (P07320), 
CRGD_MACFL  (Q5EF39), CRGD_MOUSE  (P04342), CRGD_RAT(P10067), 
CRGE_MOUSE  (Q03740), CRGE_RAT(P02528), CRGF_BOVIN  (P23005), 
CRGF_MOUSE  (Q9CXV3), CRGF_RAT(P10068), CRGM1_CHIID (P48648), 
CRGM1_CYPCA (P10043), CRGM2_CHIID (P48649), CRGM2_CYPCA (P10044), 
CRGM3_CYPCA (P28022), CRGNA_DANRE (Q5XTN8), CRGNB_DANRE (Q6DGY7), 
CRGN_HUMAN  (Q8WXF5), CRGN_MOUSE  (Q8VHL5), CRGN_RAT(D3ZEG1), 
CRGN_XENTR  (A4QNB6), CRGS1_CHIID (P48646), CRGS2_CHIID (P48647), 
CRYGS_BOVIN (P06504), CRYGS_CANLF (A2IBY7), CRYGS_CYPCA (P10112), 
CRYGS_HUMAN (P22914), CRYGS_MACFL (Q5EF38), CRYGS_MOUSE (O35486), 
CRYGS_RABIT (A4L9I8), CRYGS_RAT   (P0C5E9), DESS_MYXXA  (P02966), 
DEST_MYXXA  (P02967), EDSP_CYNPY  (P46058), SR3A_PHYPO  (P09353)
» more

PDB
[Detailed view]
73 PDB

1A45; 1A5D; 1A7H; 1AG4; 1AMM; 1BD7; 1BLB; 1DSL; 1E7N; 1ELP; 1GAM; 1GCS; 1H4A; 1HA4; 1HDF; 1HK0; 1I5I; 1M8U; 1NPS; 1OKI; 1PRR; 1PRS; 1YTQ; 1ZGT; 1ZIE; 1ZIQ; 1ZIR; 1ZWM; 1ZWO; 2A5M; 2BB2; 2DAD; 2G98; 2JDF; 2JDG; 2KFB; 2KLJ; 2M3T; 2M3U; 2NBR; 2V2U; 3CW3; 3LWK; 3QK3; 4FD9; 4GCR; 4GR7; 4JGF; 4W9A; 4W9B; 6ETA; 6ETC; 6FD8; 6IF9; 6MYG; 6QDW; 6W5B; 6WCY; 6YS3; 7K7U; 7N36; 7N37; 7N38; 7N39; 7N3A; 7N3B; 7NJE; 7P53; 7RJ0; 8BD0; 8BPI; 8H0R; 8Q3L
» more