Entry: PS50915

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] CRYSTALLIN_BETA_GAMMA
Accession [info] PS50915
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUL-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00197
Associated ProRule [info] PRU00028

Name and characterization of the entry

Description [info] Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1640513; R2=0.0252941; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=918.96203; R2=22.54430; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=251; N_SCORE=8.5; H_SCORE=3895; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=113; N_SCORE=5.0; H_SCORE=3444; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G'; M=  1, -9,-26,-10,-12,-20, 21,-16,-23,-15,-21,-14, -2, -1,-12,-16,  0,-10,-20,-24,-22,-13;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-10,-10, -4,-21,-19,  1,-16,  2,-17, -8, -2,-13,  2,  3, -1, -1,-12,-28,-10, -3;
/M: SY='W'; M= -7,-31,-32,-36,-27,  2,-26,-26, 14,-21,  2,  6,-28,-24,-19,-22,-23,-15,  7, 39,  8,-23;
/M: SY='V'; M= -5,-15,-19,-18,-17, -8,-26,-15, 12,-13,  3,  5,-14,-21,-15,-10, -7,  3, 17,-27, -7,-18;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-18,-31,-23,  9,-29,-22, 21,-25, 27, 15,-25,-26,-22,-20,-19, -5, 19,-20, -1,-23;
/M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-26,-23, 45,-30,  8,  0,-16,  3,  0,-20,-30,-19,-13,-20,-10, -7, 24, 65,-23;
/M: SY='E'; M= -7,  5,-25, 11, 31,-23,-17, -1,-24,  5,-20,-16,  1, -7, 13, -1,  5, -1,-22,-25, -9, 22;
/M: SY='E'; M=-13, 10,-28, 11, 17,-24,-12, 13,-27,  9,-22,-12, 11,-13,  9, 10, -3,-10,-26,-27, -9, 12;
/M: SY='P'; M=-10, -4,-32,  3, 10,-27,-17,-13,-18, -3,-22,-16, -8, 30, -3,-10, -5, -9,-20,-30,-21,  1;
/M: SY='N'; M=-11, 26,-25, 22,  7,-25,  2,  1,-27, -2,-27,-19, 28,-15,  3, -5,  5, -6,-28,-33,-18,  5;
/M: SY='F'; M=-17,-26,-22,-32,-26, 52,-19,-14, -4,-23,  3, -2,-18,-28,-31,-14,-17,-10, -3,  6, 26,-26;
/M: SY='Q'; M= -4, -2,-24, -1,  5,-25, -4, -6,-22,  1,-18,-10,  0,-13, 12,  3,  5,  0,-19,-26,-15,  8;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-29, -8,-14,-29, 61,-18,-38,-18,-29,-20,  1,-18,-17,-18,  2,-17,-29,-22,-29,-15;
/M: SY='K'; M=-13,  1,-28,  1,  5,-24,-20,  8,-20, 16,-18, -6,  2,-15,  8, 16, -9,-11,-17,-25, -6,  5;
/M: SY='Q'; M= -5, -8,  7,-11, -2,-24,-16, -6,-19, -7,-15, -6, -7,-15,  9, -8, -2, -5,-17,-30,-16,  3;
/M: SY='Y'; M= -8,-20,-22,-23,-18,  7,-26,-12, 12,-16,  5,  4,-16,-23,-12,-15, -9, -4,  8,-12, 13,-17;
/M: SY='E'; M= -6, -5,-23, -2,  6,-15,-20,-13, -8, -9, -9, -9, -7, -2, -4,-12,  0, -1, -6,-29,-14,  0;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-15,-31,-23, 13,-30,-20, 18,-26, 29, 13,-26,-28,-22,-21,-22, -8, 14,-16,  5,-23;
/M: SY='E'; M=-10,  3,-24,  4, 12,-11,-17, -8,-20, -1,-17,-15,  3, -3, -2,  0,  1,  1,-17,-26,-12,  4;
/M: SY='E'; M=  0,  1,-24,  6, 13,-25,-13,-11,-21, -1,-22,-17, -3, 10,  0, -7,  6,  0,-17,-31,-20,  5;
/M: SY='G'; M= -6, 11,-27, 16,  1,-29, 22,-11,-32,-10,-23,-19,  6,-15, -7,-13,  0,-11,-25,-28,-22, -3;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E'; M= -3, -2,-10, -4,  5,-16,-14, -6,-14, -7,-12, -8, -3,-14, -1,-10,  0,  1,-11,-27,-12,  2; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-12,-16,-22,-14, -6, -1,-25, -2, -5,-10, -8, -5,-16, -4, -5,-12,-10, -5, -9, -7, 20, -9;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-22,  3,  6,-20,-15, -8,-16, -3,-17,-13,  5,  3,  0, -4,  4,  6,-15,-30,-16,  2; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='L'; M= -5,-11, -6,-14,-11, -7,-20,-13, -2,-14,  8,  3,-11,-22, -9,-10,-11, -7, -3,-25, -9,-11; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M:         M=  0, -5,-18, -7, -6, -7,-13, -7, -8, -7, -7, -6, -3,-16, -2, -6, -2, -4, -7, -8, -2, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='Q'; M= -5, -1,-15,  1,  5,-10, -8,  0, -9, -2, -7, -3, -2, -8,  6, -3,  1, -3,-10,-12, -1,  5; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M:         M= -1, -4, -7, -3,  0, -7,-11, -8, -8, -5, -1, -4, -5,-11, -3, -6, -2, -3, -6,-17, -7, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='W'; M= -4,-10,-17,-10, -4, -2, -3,-10,-10, -7, -8, -6,-10,-10, -6, -8, -8, -7,-11, 21,  1, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-16, -4, -8,-10,  6, -9,-10, -8,-10, -6,  1,-12, -8, -7,  0, -4, -8,-16,-10, -8; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='G'; M= -2, -9,-18, -9, -9,-20, 23,-13,-24,-13,-19,-13, -3,-17, -9,-11,  1, -9,-19,-21,-16,-10; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='F'; M= -8,-15,-19,-18,-11,  8,-12,-13,-12,-13,-10, -8,-11, -8,-15,-13, -8, -7,-12, -3,  3,-13; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='N'; M= -6,  2,-22, -3, -7,-11, -3, -2, -9,-10,-11, -4,  8,-12, -7,-11, -2, -6,-13,-23, -8, -7; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='N'; M= -6,  1,-13,  0, -1, -5, -7, -2, -4, -7, -2, -3,  2,-11, -5, -6, -4, -5, -5,-16, -5, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='B'; M= -2, 10,-20,  8, -2,-16,-10, -6,-16, -6,-18,-14, 10,-16, -3, -7,  6,  4,-12,-28,-11, -3;
/M: SY='K'; M= -6,  1,-18, -2,  3,-22,-13, -7,-20,  6,-22,-12,  5, -8,  6,  3,  5,  3,-17,-27,-13,  4;
/M: SY='V'; M= -2,-22,-14,-29,-24,  0,-30,-26, 22,-22,  8,  7,-17,-21,-21,-22, -7,  6, 23,-24, -5,-24;
/M: SY='S'; M= -2, -4,-12, -6, -5,-23,  2, -7,-22, -4,-24,-14,  4,-16,  0, -2, 12,  0,-16,-31,-17, -3;
/M: SY='S'; M=  7, -2,-12, -2, -1,-18, -3, -5,-18,-11,-25,-17,  8,-12, -1,-10, 34, 16,-10,-38,-17, -1;
/M: SY='I'; M= -8,-27, -9,-31,-25,  0,-31,-19, 24,-24, 19, 19,-24,-26,-19,-21,-18, -8, 22,-26, -4,-24;
/M: SY='R'; M=-15, -2,-24, -4,  3,-22,-19, -1,-27, 28,-23,-10,  4,-17, 11, 39, -8, -9,-21,-21, -7,  4;
/M: SY='V'; M= -6,-26,-21,-25,-21, -4,-28,-22, 15,-18,  3,  3,-24, -1,-22,-18,-13, -5, 20,-26,-10,-23;
/M: SY='I'; M= -8,-19,-23,-21,-15, -5,-27,-12, 14,-20,  9,  7,-15,-17,-10,-17,-11, -6,  9,-24, -4,-14;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-19, -8, -7,-19, -1,-14,-22, -4,-20,-14, -6,-14, -8,  2,  0, -5,-14,-16,-15, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 442 in 107 different sequences
Number of true positive hits 442 in 107 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 12
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Beta/gamma crystallin 'Greek key'
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
107 sequences

AIM1L_HUMAN (Q8N1P7), AIM1_HUMAN  (Q9Y4K1), CRB11_LITCT (Q91315), 
CRB12_LITCT (Q91314), CRB31_LITCT (Q91316), CRB32_LITCT (Q91317), 
CRBA1_BOVIN (P11843), CRBA1_CHICK (P10042), CRBA1_HUMAN (P05813), 
CRBA1_MOUSE (P02525), CRBA1_RANTE (P07317), CRBA1_RAT   (P14881), 
CRBA2_BOVIN (P26444), CRBA2_CHICK (P55164), CRBA2_HUMAN (P53672), 
CRBA2_MACFL (Q8HY68), CRBA2_MOUSE (Q9JJV1), CRBA2_RABIT (A4L9I9), 
CRBA4_BOVIN (P11842), CRBA4_CANFA (A2ICR5), CRBA4_CHICK (P49152), 
CRBA4_HUMAN (P53673), CRBA4_MOUSE (Q9JJV0), CRBA4_RAT   (P56374), 
CRBB1_BOVIN (P07318), CRBB1_CHICK (P07530), CRBB1_HUMAN (P53674), 
CRBB1_MOUSE (Q9WVJ5), CRBB1_PIG   (Q007T1), CRBB1_RAT   (P02523), 
CRBB2_BOVIN (P02522), CRBB2_CANFA (Q2LEC2), CRBB2_CHICK (Q05714), 
CRBB2_HUMAN (P43320), CRBB2_LITCT (Q91318), CRBB2_MESAU (P62698), 
CRBB2_MOUSE (P62696), CRBB2_RABIT (A2IBH5), CRBB2_RAT   (P62697), 
CRBB3_BOVIN (P19141), CRBB3_CHICK (P55165), CRBB3_HUMAN (P26998), 
CRBB3_MOUSE (Q9JJU9), CRBB3_RAT   (P02524), CRBG3_HUMAN (Q68DQ2), 
CRBG3_MOUSE (Q80W49), CRBS1_CHIID (P48646), CRBS2_CHIID (P48647), 
CRBS_BOVIN  (P06504), CRBS_CANFA  (A2IBY7), CRBS_CYPCA  (P10112), 
CRBS_HUMAN  (P22914), CRBS_MACFL  (Q5EF38), CRBS_MOUSE  (O35486), 
CRBS_RABIT  (A4L9I8), CRBS_RAT    (P0C5E9), CRG11_LITCT (Q91320), 
CRG12_LITCT (Q91321), CRG1_RANTE  (P02530), CRG1_XENLA  (Q06254), 
CRG2_RANTE  (P02531), CRG2_RHIAS  (P19865), CRG2_XENLA  (Q91724), 
CRG3_XENLA  (P55940), CRG4_XENLA  (P55941), CRG5_XENLA  (Q06255), 
CRGA_BOVIN  (P02527), CRGA_HUMAN  (P11844), CRGA_MOUSE  (P04345), 
CRGA_RAT    (P10065), CRGB_BOVIN  (P02526), CRGB_CANFA  (A3RLE1), 
CRGB_HUMAN  (P07316), CRGB_MACFL  (Q5EF40), CRGB_MACMU  (A3RLD7), 
CRGB_MOUSE  (P04344), CRGB_RAT    (P10066), CRGC_BOVIN  (Q28088), 
CRGC_CANFA  (A3RLE2), CRGC_HUMAN  (P07315), CRGC_MACMU  (A3RLD8), 
CRGC_MOUSE  (Q61597), CRGC_RAT    (P02529), CRGD_BOVIN  (P08209), 
CRGD_HUMAN  (P07320), CRGD_MACFL  (Q5EF39), CRGD_MOUSE  (P04342), 
CRGD_RAT    (P10067), CRGE_MOUSE  (Q03740), CRGE_RAT    (P02528), 
CRGF_BOVIN  (P23005), CRGF_MOUSE  (Q9CXV3), CRGF_RAT    (P10068), 
CRGM1_CHIID (P48648), CRGM1_CYPCA (P10043), CRGM2_CHIID (P48649), 
CRGM2_CYPCA (P10044), CRGM3_CYPCA (P28022), CRGNA_DANRE (Q5XTN8), 
CRGNB_DANRE (Q6DGY7), CRGN_HUMAN  (Q8WXF5), CRGN_MOUSE  (Q8VHL5), 
CRGN_XENTR  (A4QNB6), DESS_MYXXA  (P02966), DEST_MYXXA  (P02967), 
EDSP_CYNPY  (P46058), SR3A_PHYPO  (P09353)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission