PROSITE entry PS50916
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | RABBD |
| Accession [info] | PS50916 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JUL-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50916 |
| Associated ProRule [info] | PRU00234 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Rab-binding domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=57; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=52; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5992838; R2=0.0116062; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3693.1933594; R2=6.2024169; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=595; H_SCORE=7384; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=423; H_SCORE=6317; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='M'; M= -9,-11,-25,-12, 1,-12,-16, -7, -8, 1, 0, 7,-10,-16, 6, -1,-10, -9,-10,-21, -7, 4; /M: SY='L'; M= -7,-22,-25,-22,-13, -4,-25,-18, 2,-10, 6, 2,-19, -3,-13, -4,-16, -8, 1,-21, -8,-15; /M: SY='D'; M=-17, 34,-28, 46, 15,-35,-12, 0,-34, 6,-27,-23, 16,-12, 5, 3, 0, -6,-27,-35,-17, 9; /M: SY='L'; M= -7,-21,-19,-23,-14, 5,-24,-17, 8,-21, 26, 9,-19,-24,-13,-14,-14, -2, 3,-22, -3,-13; /M: SY='S'; M= 2, 1,-18, 3, 13,-24, -3, -7,-23, -4,-26,-17, 5, -9, 9, -6, 23, 9,-17,-34,-19, 11; /M: SY='H'; M=-11,-11,-14,-13, -8, 4,-15, 12,-19,-12,-15, -9, -5,-14,-10,-10, -3, -8,-16,-19, 6,-10; /M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-32,-22, 17,-31,-21, 20,-30, 44, 18,-28,-29,-22,-21,-28,-10, 10,-17, 3,-22; /M: SY='T'; M= -1, 0,-14, -6, -5,-14,-15,-14,-15, -2,-15,-11, 4,-12, -4, -1, 16, 28, -7,-31,-12, -5; /M: SY='E'; M= -4, 11,-29, 21, 32,-31,-15, -6,-28, 2,-23,-21, 0, 12, 7, -8, 0, -9,-26,-31,-22, 18; /M: SY='E'; M= -2, 3,-25, 9, 29,-24,-11, -2,-23, -1,-13,-14, -2, -8, 7, -7, 0, -8,-21,-28,-17, 18; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='R'; M= -5, -8,-25,-10, 1,-22,-19, -6,-18, 15,-13, -5, -5,-16, 13, 25, -5, -5,-13,-21,-11, 6; /M: SY='E'; M=-12, 16,-29, 24, 37,-31,-17, 0,-31, 14,-24,-19, 7, -6, 16, 6, -1, -9,-28,-30,-18, 26; /M: SY='I'; M= -1,-19,-27,-25,-17, -8,-25, 1, 11,-16, 3, 8,-13,-19,-10,-17,-14,-11, 4,-11, 2,-16; /M: SY='I'; M= -9,-30,-27,-39,-30, 0,-39,-30, 47,-29, 19, 19,-21,-21,-21,-29,-19, -9, 33,-21, -1,-30; /M: SY='L'; M= -9,-17,-23,-18, -6, -6,-25,-10, 7,-16, 21, 12,-15,-22, 1,-12,-16, -8, -2,-22, -5, -3; /M: SY='Q'; M= -2, 3,-25, 3, 12,-28,-10, -3,-25, 10,-22,-12, 4,-11, 17, 11, 3, -6,-22,-25,-16, 14; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='L'; M= -9,-29,-21,-33,-24, 9,-31,-21, 27,-26, 32, 22,-26,-27,-20,-21,-23, -9, 19,-20, 0,-23; /M: SY='Q'; M= -6, 6,-28, 9, 12,-27,-17, 1,-23, 11,-20,-10, 0,-12, 21, 7, -3, -9,-22,-19, -4, 15; /M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9, 1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10, 0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10, 1; /M: SY='D'; M= -1, 26,-24, 31, 11,-33, -8, -2,-27, -1,-24,-19, 14,-11, 8, -8, 3, -7,-23,-32,-18, 10; /M: SY='E'; M= -6, 0,-27, 3, 29,-16,-20, -5,-23, 10,-17,-13, -3, -8, 12, 2, -3, -9,-22,-21,-11, 21; /M: SY='E'; M= -9, 9,-25, 11, 18,-22,-17, 1,-25, 9,-20,-15, 5,-10, 6, 7, 1, 1,-21,-26, -9, 11; /M: SY='L'; M= -7,-20,-21,-20, -7, -3,-27,-17, 13,-19, 21, 10,-20,-21,-12,-16,-15, -6, 10,-25, -7,-10; /M: SY='R'; M=-14, 6,-30, 11, 24,-30,-19, 0,-29, 21,-23,-13, 2,-10, 20, 25, -4,-10,-26,-25,-14, 21; /M: SY='K'; M= -4, -6,-23, -5, 7,-21,-18,-10,-15, 11,-17, -9, -3,-13, 5, 11, 1, -3, -9,-26,-13, 5; /M: SY='K'; M= 7,-10,-20,-14, -5,-16,-17,-16, -9, 9, -6, -1,-10,-15, -5, 0, -5, -1, -3,-22,-11, -5; /M: SY='E'; M=-10, 12,-30, 22, 58,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 1, 0, 19, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 39; /M: SY='E'; M=-11, 9,-29, 15, 33,-32,-19, 1,-27, 11,-21,-13, 2, -6, 27, 7, 0, -7,-27,-27,-15, 30; /M: SY='E'; M= -2, 4,-26, 7, 25,-32,-12, -2,-25, 8,-21,-12, 1, -7, 23, 1, 3, -7,-24,-26,-17, 24; /M: SY='R'; M=-18,-13,-28,-14, -5,-16,-22, -4,-19, 21,-13, -3, -4,-21, 5, 54,-11, -9,-11,-21, -9, -4; /M: SY='I'; M= -6,-28,-21,-33,-26, 1,-33,-26, 33,-26, 22, 15,-23,-24,-21,-24,-17, -6, 28,-24, -4,-26; /M: SY='R'; M= -6, -4,-27, -3, 4,-27, 9, -8,-31, 8,-26,-15, 2,-14, 4, 13, 3, -8,-23,-25,-19, 3; /M: SY='R'; M=-10, -5,-20, -5, 6,-25,-19, -4,-29, 30,-24,-11, -1,-15, 7, 33, -8,-10,-19,-23,-11, 4; /M: SY='L'; M= -6,-28,-19,-29,-20, 7,-28,-19, 19,-27, 42, 21,-28,-28,-19,-19,-26, -9, 12,-21, -2,-19; /M: SY='K'; M= -6,-12,-22,-11, -6,-18,-22, -9, -7, 13,-14, -3,-10,-14, -3, 7, -7, -5, 4,-26,-10, -5; /M: SY='E'; M= -5, 11,-25, 13, 20,-29, -7, -2,-27, 5,-25,-17, 9,-10, 12, 2, 7, -4,-24,-30,-18, 16; /M: SY='R'; M=-13, 2,-28, 4, 13,-26,-18, 7,-28, 20,-23,-12, 3,-12, 12, 26, -3, -6,-22,-25, -9, 11; /I: I=-2; MD=-10; /M: SY='L'; M= -6,-26,-19,-29,-21, 10,-27,-19, 20,-25, 34, 18,-25,-25,-19,-19,-22, -8, 13,-18, 0,-20; D=-2; /I: I=-2; MD=-10; /M: SY='E'; M= -5, 2,-24, 6, 25,-23,-17, -4,-18, 6,-11, -7, -3, -8, 13, -1, -2, -7,-18,-25,-14, 19; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10; /M: SY='E'; M= -7, 10,-26, 17, 21,-27,-16, -5,-25, 14,-18,-14, 2, -8, 9, 4, -4, -9,-21,-26,-14, 15; D=-2; /I: I=-2; DM=-10; /M: SY='Q'; M= -3, -5, -5, -6, 0,-23,-19,-10,-14, -3,-14, -8, -5,-11, 7, -1, -3, -5,-12,-26,-14, 2; D=-2; /I: I=-2; DM=-10; /M: SY='R'; M=-13, -8,-30, -8, 6,-23,-20, -2,-23, 18,-18, -8, -3,-16, 18, 36, -8,-10,-20,-13, -9, 9; /M: SY='E'; M= -9, -5,-26, -3, 15,-21,-22, -8,-12, 5,-12, -6, -7,-14, 11, 0, -7, -9,-10,-16,-11, 13; /M: SY='L'; M= -9,-29,-20,-33,-25, 9,-32,-23, 28,-27, 31, 19,-26,-27,-22,-22,-22, -8, 22,-20, 0,-24; /M: SY='W'; M=-13,-18,-32,-18, -9,-11,-16,-15,-16, 6, -7, -5,-16,-21, -3, 7,-20,-15,-16, 17, 0, -5; /M: SY='K'; M= -2,-10,-24,-17,-10,-15,-17,-16, 0, 3, -8, 2, -6,-15, -6, -1, -6, -2, 0,-22, -9,-10; /M: SY='R'; M= -6, -8,-27,-10, -1,-22,-13, -9,-20, 21,-16, -4, -4,-15, 6, 25, -8,-10,-14,-20,-11, 1; /M: SY='T'; M= 4, -3,-13, -7, -6,-14,-10,-16,-16,-11,-21,-16, 2,-11, -6,-11, 26, 29, -7,-22,-12, -6; /M: SY='G'; M= -3,-14,-28,-14,-19,-21, 45,-19,-28,-19,-14,-11, -6,-22,-18,-15, -7,-17,-21,-20,-23,-19; /M: SY='E'; M= 13, 4,-22, 5, 21,-28,-11, -8,-22, 3,-17,-14, -2, -7, 10, -6, 3, -6,-17,-25,-18, 15; /M: SY='W'; M=-20,-37,-49,-37,-28, 8,-20,-21,-21,-19,-20,-19,-36,-29,-18,-19,-38,-29,-30,137, 29,-19; /M: SY='F'; M=-19,-28,-21,-36,-27, 70,-29,-17, -2,-24, 7, -1,-19,-29,-35,-16,-19,-10, -2, 10, 31,-27; /M: SY='Y'; M=-16,-20,-17,-23,-15, 27,-28, -1, -3,-16, 5, 0,-18,-27,-11,-12,-18,-10, -8, 5, 35,-14; /M: SY='E'; M=-10, 12,-28, 16, 25,-29,-11, -5,-29, 12,-25,-18, 8, -2, 7, 3, 0, -6,-26,-29,-18, 16; /M: SY='E'; M= 0, -3,-22, -3, 6,-20, -2, -4,-16, -8,-15,-10, 1,-14, 0,-10, 5, -4,-13,-29,-15, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 38 in 38 different sequences |
| Number of true positive hits | 38 in 38 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | N_Hulo |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | RabBD |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
38 sequences
EXPH5_HUMAN (Q8NEV8), EXPH5_MOUSE (Q0VAV2), MELPH_FELCA (M3WHG5), MELPH_HUMAN (Q9BV36), MELPH_MOUSE (Q91V27), MYRIP_DANRE (A8T6P4), MYRIP_HUMAN (Q8NFW9), MYRIP_MOUSE (Q8K3I4), MYRIP_RAT (Q7TNY7), RBF1_CAEEL (P41885), RIMS1_HUMAN (Q86UR5), RIMS1_MOUSE (Q99NE5), RIMS1_RAT (Q9JIR4), RIMS2_HUMAN (Q9UQ26), RIMS2_MOUSE (Q9EQZ7), RIMS2_RAT (Q9JIS1), RIM_CAEEL (Q22366), RP3A_BOVIN (Q06846), RP3A_HUMAN (Q9Y2J0), RP3A_MOUSE (P47708), RP3A_RAT(P47709), RPH3L_BOVIN (Q58D79), RPH3L_HUMAN (Q9UNE2), RPH3L_MOUSE (Q768S4), RPH3L_RAT (O54880), SYTL1_HUMAN (Q8IYJ3), SYTL1_MOUSE (Q99N80), SYTL2_BOVIN (A6QP06), SYTL2_HUMAN (Q9HCH5), SYTL2_MOUSE (Q99N50), SYTL3_HUMAN (Q4VX76), SYTL3_MOUSE (Q99N48), SYTL4_HUMAN (Q96C24), SYTL4_MOUSE (Q9R0Q1), SYTL4_RAT (Q8VHQ7), SYTL5_HUMAN (Q8TDW5), SYTL5_MOUSE (Q80T23), SYTL5_RAT (Q812E4)» more
|
| PDB [Detailed view] |
6 PDB
1ZBD; 2ZET; 3BC1; 7OPP; 7OPQ; 7OPR |