Entry: PS50934

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SWIRM
Accession [info] PS50934
Entry type [info] MATRIX
Date [info] OCT-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50934
Associated ProRule [info] PRU00247

Name and characterization of the entry

Description [info] SWIRM domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=98;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=93;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.3653004; R2=0.0215334; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4823.43163; R2=20.71005; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=239; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8800; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=146; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7847; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I'; M= -6,-15,-19,-18,-13,-11,-15,-12,  1,-18,  1,  0,-11, -9,-11,-17, -8, -5, -2,-26,-10,-13;
/M: SY='K'; M= -4, -9,-23,-13, -6,-11,-16,-11, -9,  4,-11, -5, -6,-17, -6,  2, -5, -3, -4,-20, -5, -7;
/M: SY='T'; M=  0,-12,-22,-13, -2,-16,-16,-18, -1,-11, -8, -5,-10, -5, -7,-13,  0,  1,  0,-27,-15, -6;
/M: SY='P'; M=  3,-11,-22, -9, -2,-22,-10,-16,-16, -6,-19,-14,-11, 15, -8,-10, -1, -4,-12,-26,-19, -7;
/M: SY='A'; M=  5, -6,-21, -7, -1,-19,-10,-14,-17,  4,-19,-12, -4,-13, -3, -2,  4, -1,-10,-12,-12, -2;
/M: SY='Y'; M=-10, -8,-26, -8, -3, -8,-19,  0,-13,  0,-14, -7, -5,-12,  2,  0, -4, -4,-12,-13,  6, -2;
/M: SY='A'; M=  8,-10,-16,-12, -2,-18, -7,-14,-14, -7,-13, -8, -8,-10, -3, -9,  1, -3,-10,-19,-14, -3;
/M: SY='S'; M=  6, -2,-16, -4, -6,-18, -6, -9,-15, -8,-16,-12,  0, -9, -7,-12,  7,  2,-11,-27,-12, -7;
/M: SY='W'; M=-13,-13,-30,-12, -9,-12,-13,-17,-15,-12,-14,-13,-13, -4,-10,-11,-15,-12,-19, 16, -5,-10;
/M: SY='F'; M=-11,-27,-23,-32,-23, 21,-28,-20, 14,-24, 19, 12,-22,-26,-22,-19,-20, -8,  8, -4,  7,-22;
/M: SY='D'; M= -7, 17,-25, 22,  7,-27,-11, -3,-25,  2,-22,-17, 10, -4, -1, -3,  1, -5,-21,-32,-17,  2;
/M: SY='L'; M= -8,-21,-27,-23,-13,  1,-24,-12,  1,-12,  4,  3,-18,-10,-11, -8,-17,-10, -4, -5,  3,-13;
/M: SY='D'; M= -8, 17,-23, 18, 10,-26, -8, -4,-23, -1,-24,-18, 16,-11,  4, -4,  9,  1,-20,-34,-18,  7;
/M: SY='K'; M= -1,  0,-20, -1, -3,-20, -5, -7,-19,  1,-19,-12,  1,-16, -6, -1,  1, -4,-11,-27,-14, -5;
/M: SY='I'; M= -5,-17,-23,-19,-17, -5,-19,-19, 12,-20, 10,  9,-16,-16,-16,-20,-12, -5,  8,-24, -8,-18;
/M: SY='P'; M= -8, -5,-26, -4,  3,-15,-18,  8,-19, -8,-18,-11, -2, 13, -1,-10,  0, -1,-20,-27, -9, -1;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-29,  7,  9,-24, -7,-10,-22, -6,-19,-16, -4,  7, -3,-11, -3, -7,-21,-24,-17,  2;
/M: SY='I'; M= -6,-13,-21,-16,-10, -7,-24,-11,  4,-10,  0,  0,-10,-19, -8, -6, -8, -5,  2,-20, -1,-11;
/M: SY='E'; M=-10, 11,-29, 18, 40,-27,-18,  5,-27,  7,-20,-17,  3, -6, 17, -1,  0, -9,-27,-27,-12, 28;
/M: SY='R'; M= -6,-12,-23,-13, -1, -9,-21,-12,-10,  5,  0, -2,-10,-18, -3,  7,-10, -6, -7,-21, -7, -2;
/M: SY='L'; M= -6,-16,-22,-19,-10, -4,-23, -9,  1,-11, 13,  6,-13,-22, -5, -1,-14, -6, -2,-20, -3, -9;
/M: SY='S'; M=  1, -6,-12,-10, -5, -8,-15, -4,-11,-11,-10, -6, -3,-16, -6,-11,  5,  3, -7,-27, -8, -5;
/M: SY='F'; M= -9,-12,-24,-14, -4,  4,-23,-13, -1,-15,  4,  0,-10, -8,-12,-14,-12, -8, -4,-20, -5, -8;
/M: SY='P'; M= -2, -2,-29,  3,  7,-28,-12,-13,-24,  1,-26,-18, -4, 29, -3, -9,  1, -4,-23,-30,-23,  0;
/M: SY='E'; M=-11, 14,-30, 24, 49,-31,-18,  0,-31, 10,-22,-20,  3, -3, 19,  1,  0, -9,-29,-31,-19, 34;
/M: SY='F'; M=-12,-21,-24,-26,-15, 17,-29,-17,  7,-12,  7,  4,-17,-22,-15, -9,-16, -9,  4,-11,  6,-15;
/M: SY='F'; M= -6,-18,-23,-21, -9, 12,-23,-12, -3,-11,  2,  0,-14,-20,-11, -8,-11, -8, -3,-10,  4, -9;
/I:         I=-8; MD=-16;
/M: SY='E'; M= -7, -1,-22, -1,  2,-11,-18, -6, -9, -6,  2, -2, -2,-17, -4, -6, -8, -4,-10,-26, -9, -1; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-16;
/M: SY='G'; M=  0, -4,  8, -7,-12,-22, 14,-13,-29,-14,-23,-18,  1,-21,-14,-14,  2, -9,-19,-30,-22,-13; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-16;
/M: SY='K'; M= -6, -6,-19, -5,  4,-23,-15, -9,-18,  9,-20,-10, -3, -2,  5,  7,  0, -4,-13,-25,-15,  3; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-16;
/M: SY='T'; M= -2, -5,-17, -7, -1,-14,-13,-11, -3, -6, -9, -4, -2,-13,  0, -8,  4,  5, -1,-25,-11, -1; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M:         M= -3, -8,-16, -9, -6, -9, -7,-10, -6, -3, -2, -2, -6, -7, -6, -3, -6, -4, -5,-15, -7, -7; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-16;
/M: SY='R'; M= -4, -4,-17, -5, -2,-16, -2, -6,-19,  5,-17,-10,  2,-10,  2, 14,  5,  1,-13,-19,-11, -1; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-16;
/M: SY='L'; M= -9,-14,-22,-16, -8, -9,-21,-11,  1,  2,  4,  4,-12,-17, -4,  4,-14, -8,  1,-18, -5, -7; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-16;
/M: SY='T'; M= -2, -6,-20, -8, -8,-11,-12,-17, -9,-13, -8, -8, -6, -8,-11,-14,  1,  8, -5,-23,-12,-10;
/M: SY='P'; M= -9,-13,-20, -8, -1,-26,-20,-11,-18, -9,-22,-14,-12, 39, -3,-14, -6, -8,-22,-31,-22, -5;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-26,  5, 17,-23,-17, -7,-20,  8,-17,-12, -1, -8,  8,  2, -1, -5,-17,-27,-14, 12;
/M: SY='V'; M= -4,-10,-22,-11, -9,-11,-21, -5,  0,-10, -4, -1, -9,-12,-10, -9, -6, -6,  3,-26, -7,-11;
/M: SY='Y'; M=-20,-22,-29,-23,-22, 36,-30, 13,  1,-13,  2,  1,-20,-30,-14,-12,-20,-10, -8, 26, 71,-22;
/M: SY='L'; M=-10,-24,-22,-27,-18,  5,-28,-17, 15,-19, 33, 19,-22,-26,-15,-13,-25,-10,  7,-20, -1,-17;
/M: SY='E'; M= -5, -1,-24,  0,  4,-13,-18, -5,-13,  0,-10, -6, -5,-16,  2, -2, -6, -7,-10,-19, -2,  2;
/M: SY='I'; M=-10,-21,-15,-27,-22,  6,-28,-12, 17,-20, 11, 13,-17,-25,-15,-18,-15, -5, 11,-14, 11,-21;
/M: SY='R'; M=-16, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-28, 33,-21, -9, -1,-17, 12, 53,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='N'; M= -9, 29,-22, 19,  6,-21, -6,  4,-23,  2,-26,-19, 38,-16,  2,  2,  6, -3,-26,-35,-18,  4;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='Y'; M= -6,-13,-20,-16, -9,  1,-17, -4, -8, -8, -5, -2, -9,-19, -6,  0, -4, -2, -5,-14,  2, -9; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='I'; M= -9,-25,-23,-32,-24,  3,-31,-21, 31,-24, 22, 22,-19,-20,-16,-22,-18, -4, 19,-19,  0,-22; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='I'; M= -9,-26,-14,-31,-24, 10,-29,-21, 23,-24, 23, 16,-22,-24,-20,-20,-19, -8, 18,-17,  1,-23; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='A'; M=  6,  3,-16,  2, -2,-16,  0, -5,-16, -5,-15,-11,  5,-11, -2, -7,  6, -2,-12,-18,-11, -2; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='L'; M= -7,-12,-19,-13, -5, -9,-19,-12, -3, -3,  5,  3,-10,-17, -2,  0, -7,  1, -2,-21, -7, -4; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='W'; M=-17,-24,-37,-26,-18, 14,-22, -6,-14,-13,-12,-11,-23,-26,-12,-12,-24,-17,-20, 68, 34,-14;
/M: SY='R'; M=-12, -9,-22, -8,  4,-14,-21, 10,-16,  2, -8, -5, -5,-18,  3, 13, -8, -9,-14,-22, -1,  1;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M:         M= -6, -6,-19, -7, -2,-13,-18,-10, -7, -6, -4, -4, -5,-16, -2, -7, -4, -2, -7,-24, -7, -3; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='N'; M=-10, 19,-20, 10,  0,-16, -9,  4,-20,  3,-22,-15, 28,-18, -2,  3,  2, -3,-22,-32,-13, -1;
/M: SY='P'; M= -7,-14,-20,-12, -5,-23,-17,-17,-16,  0,-22,-13,-13, 25, -9, -7, -6, -6,-14,-28,-20, -9;
/M:         M= -6, -4,-18, -8, -6,-17, -2,-11,-18, -1,-17, -7,  0,-13, -3, -4, -1, -3,-16,-24,-12, -4;
/M: SY='Q'; M= -9, -5,-27, -6,  5,-21,-12, -4,-13,  2,-13, -6, -2,-15,  7,  4, -4, -7,-13,-25,-11,  4;
/M: SY='Y'; M= -6,-14,-28,-15, -8, -7,-17, -7, -7, -8, -9, -5,-13,-10, -3, -9,-10, -8,-11,  0, 10, -7;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-14,-30,-22, 11,-30,-22, 18,-26, 33, 15,-26,-28,-22,-20,-23, -8, 13,-20,  0,-22;
/M: SY='T'; M= -3,  0,-17, -4, -1,-17,-17,-13,-17,  1,-17,-12,  2, -8, -1,  2, 13, 24,-10,-29,-13, -2;
/M: SY='F'; M= -8,-19,-24,-21,-12,  3,-24,-17, -1, -3,  1,  1,-15,-14,-13, -2,-13, -7,  0,-17, -3,-13;
/M: SY='T'; M= -1,  2,-19, -1,  6,-21,-14,-11,-18,  1,-16,-12,  1,-10,  4, -1,  9, 14,-12,-28,-14,  5;
/M: SY='D'; M= -3, 13,-25, 18, 13,-29,-13, -3,-24,  9,-21,-13,  4,-10,  6, -1,  0, -6,-19,-29,-15,  9;
/M: SY='C'; M= 13,-18, 23,-26,-20,-10,-19,-24, -4,-20, -3, -6,-17,-23,-20,-22, -3, -1,  6,-29,-16,-20;
/M: SY='R'; M=-13,-12,-26,-12, -6,-13,-20,  1, -9,  0, -2,  0, -8,-20,  1, 14,-12, -8, -9,-20, -2, -5;
/M: SY='R'; M= -5, -2,-25, -3,  5,-23,-10, -8,-19,  6,-20,-11,  2, -4,  2,  8,  0, -6,-16,-27,-17,  2;
/M: SY='L'; M= -6, -7,-21,-13,-10, -7,-15,  0, -3,-14,  3,  3, -1,-21, -4,-11, -6, -4, -7,-25, -5, -7;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-10,-27,-19,  6,-29,-20, 13,-23, 17,  7,-20,-26,-20,-18,-18, -8, 10,-22, -3,-21;
/M: SY='K'; M= -3, -5,-23, -6, -4,-17,-18,-14, -9,  5,-14, -7, -5,-11, -6,  2, -3, -3, -2,-26,-13, -6;
/M: SY='G'; M=  0,-14,-21,-16,-14,-16,  1,-17, -6,-15,-11, -5,-10,-11,-14,-17, -4, -9, -3,-21,-16,-15;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D'; M=-18, 35,-30, 49, 23,-35,-13,  3,-36,  5,-27,-25, 15,-10,  5,  2, -1,-10,-29,-36,-18, 13;
/M: SY='V'; M=  1,-20,-12,-22,-17, -7,-23,-20,  8,-17, -1,  0,-17,-11,-17,-17, -4,  0, 13,-27,-11,-18;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='N'; M= -5,  5, -8, -1, -2,-20,-13,  1,-16, -7,-19,-11, 10,-15,  1, -8,  6,  4,-13,-33,-14, -1;
/M: SY='K'; M=  0,-11,-19,-12, -2,-14,-19,-15, -7,  2,  2, -1,-11,-17, -5, -3, -9, -6, -5,-23,-10, -4;
/M: SY='V'; M=  3,-24,-17,-28,-23, -3,-25,-26, 21,-18,  9,  8,-21,-23,-21,-20,-10, -2, 26,-24, -8,-23;
/M: SY='Q'; M= -9,  2,-25,  5,  8,-22,-14,  5,-21,  2,-17, -9,  3,-14,  9,  9,  1, -6,-18,-28,-11,  7;
/M: SY='R'; M=-12, -4,-27, -3,  6,-22,-18, -4,-24, 18,-18,-10,  1,-13,  9, 34, -4, -6,-18,-24,-12,  5;
/M: SY='V'; M=  1,-27,-17,-31,-26, -1,-29,-26, 28,-23, 17, 13,-25,-25,-23,-22,-14, -4, 31,-24, -7,-25;
/M: SY='Y'; M=-17,-20,-26,-23,-19, 23,-27, 19, -2,-17,  4,  6,-16,-27,-13,-12,-19,-12, -6,  6, 37,-18;
/M: SY='D'; M= -7, 13,-24, 18, 10,-22,-13, -1,-23,  1,-18,-16,  6,-13,  2, -4,  2, -4,-19,-26, -7,  5;
/M: SY='F'; M=-13,-25,-21,-33,-25, 51,-26,-13,  0,-21,  6,  4,-18,-27,-27,-14,-17, -9, -1,  5, 27,-24;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-31,-22, 19,-28,-18, 17,-27, 38, 21,-27,-29,-21,-19,-26,-10, 10,-16,  4,-21;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-22,  8, 15,-20,-19, -3,-15, -5,-11,-11, -2,-11,  2, -8,  2,  2,-10,-31,-13,  8;
/M: SY='R'; M=-13, -1,-28, -2,  7,-21,-19,  7,-22, 14,-19, -8,  4,-15, 14, 22, -4, -7,-21,-22, -5,  9;
/M: SY='W'; M=-12,-10,-32,-12, -4,-11,-19,  7,-19,  1,-18,-10, -6,-19, -2, -1,-14,-15,-19, 19,  6, -3;
/M: SY='G'; M= -1, -9,-29,-10,-18,-28, 60,-18,-37,-17,-27,-18,  1,-20,-18,-16, -1,-19,-28,-20,-28,-18;
/M: SY='Y'; M=-13,-26,-27,-28,-21, 14,-25, -7,  7,-22, 18,  8,-24,-28,-17,-17,-24,-13, -1, 11, 22,-20;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-26,-35,-28,  2,-32,-27, 38,-27, 17, 16,-18,-22,-21,-26,-17, -9, 26,-21, -2,-27;
/M: SY='N'; M=-10, 31,-22, 19,  4,-23, -1,  9,-23, -1,-28,-18, 43,-17,  4, -1,  8, -2,-29,-37,-18,  4;
/M: SY='Y'; M= -9,-11,-22,-13,-13, 18,-22, -4, -7,-11, -3, -4,-10,-22,-15,-10, -9, -3, -6, -5, 20,-14;
/M: SY='G'; M= -2, -6,-24, -6, -6,-27, 24, -7,-30, -9,-26,-15,  1,-10, -2,-10,  3,-10,-25,-24,-21, -5;
/M: SY='V'; M= -1,-19, -6,-23,-19, -8,-24,-20,  8,-19, -2, -1,-14,-13,-17,-18, -4, -2, 11,-29,-12,-20;
/M: SY='F'; M= -6, -3,-21, -5, -8,  5,-17, -9, -9,-14, -5, -8, -2,-15,-13,-14, -2, -2, -9,-18,  3,-10;
/M: SY='P'; M= -2, -8,-24, -7, -1,-17,-16,-11,-16, -2,-17,-11, -7,  9, -2, -4,  2,  2,-14,-24,-11, -3;
/M: SY='R'; M= -7, -8,-25, -6, -2,-15,-17,-12,-13,  3,-13, -8, -8, -9, -3,  7, -6, -7, -6,-24,-12, -3;
/M:         M= -3,-12,-22,-15,-13, -7,-15,-14, -2, -8, -4, -2, -8,-18,-10, -8, -4, -1, -1,-19, -2,-13;
/M: SY='K'; M= -2, -5,-24, -6, -4,-18, -6, -8,-18,  4,-14, -9, -3,-16, -4,  3, -3, -5,-12,-21, -8, -5;
/M: SY='P'; M= -8,  2,-30,  7,  6,-28,-13,-12,-23,  4,-26,-18,  0, 22, -2, -6, -1, -4,-23,-30,-21,  0;
/M:         M= -5,-13,-24,-16, -9,-11,-11, -8, -9, -6, -3, -1, -9,-15, -2, -1, -7, -4, -9,-19, -5, -7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 52 in 52 different sequences
Number of true positive hits 52 in 52 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 98.11 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SWIRM
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
52 sequences

ADA2_CANAL  (Q59WH0), ADA2_SCHPO  (Q9P7J7), ADA2_YEAST  (Q02336), 
AMX1_CAEEL  (Q21988), FLD_ARATH   (Q9CAE3), FUN19_YEAST (P28003), 
KDM1A_HUMAN (O60341), KDM1A_MOUSE (Q6ZQ88), KDM1B_HUMAN (Q8NB78), 
KDM1B_MOUSE (Q8CIG3), LAF1_SCHPO  (O13719), LAF2_SCHPO  (O74443), 
LDL1_ARATH  (Q8VXV7), LDL1_ORYSJ  (Q6Z690), LDL2_ARATH  (Q9LID0), 
LDL2_ORYSJ  (Q6YYZ1), LDL3_ARATH  (F4JLS1), LDL3_ORYSI  (Q01H90), 
LDL3_ORYSJ  (Q7XUR2), LSD1_CAEEL  (Q9XWP6), LSD1_SCHPO  (Q9Y802), 
LSD2_SCHPO  (Q10135), LSDA_DROME  (Q9VW97), MYBH_DICDI  (Q54Z40), 
MYBX_DICDI  (Q54J55), MYSM1_BRAFL (B6MUN4), MYSM1_CHICK (Q5F3F2), 
MYSM1_DANRE (Q5RGA4), MYSM1_HUMAN (Q5VVJ2), MYSM1_MOUSE (Q69Z66), 
MYSM1_XENLA (A0JMR6), RSC8_YEAST  (P43609), SMRC1_HUMAN (Q92922), 
SMRC1_MOUSE (P97496), SMRC2_HUMAN (Q8TAQ2), SMRC2_MOUSE (Q6PDG5), 
SSR1_SCHPO  (O13788), SSR2_SCHPO  (O14470), SWI3A_ARATH (Q8W475), 
SWI3B_ARATH (Q84JG2), SWI3C_ARATH (Q9XI07), SWI3D_ARATH (Q8VY05), 
SWI3_YEAST  (P32591), TAD2A_ARATH (Q9SFD5), TAD2A_BOVIN (Q3SZP8), 
TAD2A_CHICK (Q5ZJF3), TAD2A_DROME (Q7KSD8), TAD2A_HUMAN (O75478), 
TAD2A_MOUSE (Q8CHV6), TAD2A_RAT   (Q6AYE3), TAD2B_ARATH (Q9ATB4), 
YO338_YEAST (Q99326)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

TADA2_ORYSJ (Q75LL6)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission