PROSITE entry PS50935

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	SSB
Accession [info]	PS50935
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-OCT-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00602
Associated ProRule [info]	PRU00252

Name and characterization of the entry

Description [info]

Single-strand binding (SSB) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=105;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=100;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8648449; R2=0.0204135; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5503.3300781; R2=4.0550160; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=326; H_SCORE=6825; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=228; H_SCORE=6428; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B0=-50; E0=-50; M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -9,-17,-21,-24,-18, -1,-24,-10, 18,-15, 17, 33,-17,-19, -8,-14,-17, -6, 11,-23, -3,-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N';  M= -8, 35,-19, 16, -2,-19, -2,  7,-18, -2,-26,-18, 53,-19, -1, -2,  9,  2,-26,-38,-19, -2;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='K';  M= -9, -3,-23, -5,  4,-22,-19,  4,-23, 16,-19, -7,  0,-12, 10, 15, -3, -4,-18,-24, -8,  5;
/M: SY='V';  M= -4,-28, -9,-31,-28,  2,-30,-28, 26,-24, 15, 10,-26,-28,-26,-22,-14, -3, 33,-26, -7,-28;
/M: SY='I';  M= -7,-14,-18,-20,-15, -1,-25,-12, 10,-16,  3,  7,-11,-20,-11,-15, -6,  1,  9,-22, -2,-14;
/M: SY='L';  M= -8,-29,-20,-31,-22,  8,-30,-21, 23,-28, 40, 18,-28,-28,-21,-21,-25, -9, 15,-19,  0,-22;
/M: SY='V';  M= -3,-18,-16,-21,-16, -5,-25,-20, 15,-18,  5,  6,-15,-21,-15,-18, -6, -1, 17,-26, -7,-17;
/M: SY='G';  M=  6,-10,-27,-12,-19,-28, 59,-20,-35,-19,-27,-18, -2,-19,-19,-20,  1,-17,-25,-20,-28,-19;
/M: SY='R';  M=-13,  0,-24, -6, -4,-12,-16,  1,-18,  8,-15, -9,  9,-20,  0, 25, -4, -2,-16,-23, -7, -4;
/M: SY='L';  M= -5,-29,-16,-31,-25,  5,-31,-25, 26,-26, 29, 15,-27,-28,-23,-22,-20, -6, 25,-23, -4,-25;
/M: SY='T';  M=  7, -9,-11,-15,-14,-15,  0,-21, -9,-15,-10, -9, -6,-16,-15,-16,  6, 12,  0,-27,-16,-15;
/M: SY='R';  M= -5,  0,-22, -1,  4,-22,-14, -5,-24, 13,-21,-12,  3,-12,  6, 17,  1, -2,-18,-26,-13,  4;
/M: SY='D';  M= -9, 27,-23, 37, 16,-32,-12, -5,-30,  1,-24,-22, 10,-11,  1, -6,  2, -6,-21,-35,-19,  8;
/M: SY='P';  M= -5,-18,-32,-12, -4,-20,-18,-19,-13,-12,-19,-14,-17, 51,-11,-17, -8, -8,-18,-27,-22,-11;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-26,  9, 25,-24,-19, -4,-20,  6,-16,-12, -2, -8, 12,  2, -2, -7,-18,-27,-13, 18;
/M: SY='L';  M= -8,-22,-21,-25,-17,  4,-27,-16, 13,-17, 17, 13,-19,-22,-13,-12,-17, -7, 10,-19,  0,-16;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-27, -8,  1,-18,-19, -4,-26, 27,-20, -9,  0,-17,  6, 43, -7, -7,-17,-21, -9,  1;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='Y';  M=-12,-13,-24,-15, -9,  7,-24,  5, -3, -6, -3,  1,-12,-20, -2, -6,-11, -6, -7,  2, 27, -7; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='T';  M= -2, -8,-13,-14,-12, -3,-16,-18, -5,-14, -6, -6, -6,-15,-13,-13, 11, 26,  2,-25, -7,-13; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='P';  M= -5, -3,-28,  0,  6,-26,-11,-11,-22,  1,-25,-16, -2, 23,  1, -5,  1, -3,-22,-29,-20,  2; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='N';  M=  3,  7,-20,  4,  5,-22,  4, -7,-23, -5,-23,-16, 12,-13,  0, -8, 11,  0,-19,-30,-19,  2;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='G';  M= -3,  0,-28, -1,-11,-29, 50,-14,-36,-12,-29,-20,  7,-18,-13,-14,  1,-16,-29,-23,-27,-12; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='K';  M= -5, -2,-22, -7, -4,-18,-17, -9, -8,  2,-12, -3,  1,-15,  0, -1,  0,  2, -6,-26,-10, -3;
/M: SY='P';  M= 10,-10,-19,-11, -2,-20,-13,-15,-14, -7,-15,-12, -9, 12, -7,-12,  3,  2,-11,-27,-19, -6;
/M: SY='V';  M= -6,-23,-21,-24,-21, -2,-26,-15, 15,-16,  4,  6,-20,-17,-17,-15,-12, -6, 19,-20,  0,-21;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='V';  M=  9,-18, -5,-23,-19, -6,-18,-22,  5,-18,  3,  0,-17,-21,-18,-19, -1,  4, 13,-26,-10,-19;
/M: SY='N';  M= -4,  4,-17,  0, -1,-18,-12, -7,-16,  0,-18,-12,  9,-16, -2,  3,  6,  3,-12,-30,-14, -2;
/M: SY='F';  M=-13,-26,-18,-33,-21, 43,-29,-20,  6,-26, 13,  4,-19,-26,-28,-20,-18, -8,  3, -5, 14,-22;
/M: SY='T';  M= -2, -7,-14,-11, -9,-11,-13,-13, -9, -9,-10, -5, -2,-15, -6, -5,  9, 12, -4,-26,-11, -8;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-21,-31,-23,  5,-31,-22, 27,-27, 33, 19,-25,-26,-19,-22,-22, -7, 19,-22, -2,-22;
/M: SY='A';  M= 34,-10,-14,-16, -5,-20, -3,-18, -9, -8,-10, -9,-10,-12, -8,-17,  7, -2,  0,-22,-19, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-12, -8,-16,-16, -8,-20, -8,  1,-14, -5, -2, -9,-22,-15,-12,  0,  8, 11,-29, -6,-16;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='N';  M= -9, 14,-20,  7,  5,-17,-10,  1,-22,  1,-23,-15, 21,-14,  4,  2,  6, -1,-22,-30,-14,  4;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='R';  M= -9,  1,-24,  5,  8,-23,-12, -5,-25,  8,-22,-16,  4, -8,  4, 19,  5, -1,-19,-29,-16,  4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='R';  M= -9, -4,-25, -6, -2,-15,-10, -6,-19,  4,-19,-10,  3, -9,  2, 12, -2, -5,-17,-20,-11, -1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='Y';  M=-12,-18,-26,-22,-16, 12,-22, -5, -5, -8, -2, -1,-14,-23,-11, -1,-15, -9, -6,  8, 19,-14; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-26, -7,  0,-15,-15, -5,-17, 11,-15, -5, -1,-16,  4, 17, -7, -7,-14,-20, -6,  0; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='D';  M= -9, 20,-23, 21, 14,-25, -6, -1,-26,  3,-25,-19, 17, -9,  3, -3,  6, -2,-24,-31,-15,  8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='K';  M=  1,  1,-20, -1,  6,-22, -5, -6,-20,  7,-20,-12,  5, -8,  5,  5,  4, -3,-16,-24,-15,  5; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='B';  M= -4, 11,-12, 11,  7,-14, -5,  0,-13,  3,-13, -9,  9, -6,  5,  0,  3,  0,-12,-16, -8,  6; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='G';  M= -6, 11,-27, 14, -1,-31, 31, -9,-35, -9,-28,-21, 10,-15, -6,-12,  2,-12,-28,-27,-24, -4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-26,  8, 19,-20,-17,  1,-22,  4,-17,-11,  3, -8, 13,  3, -1, -7,-22,-24, -9, 15; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M:         M= -3,-11,-23,-13, -5,-11,-21,-12, -6, -5, -8, -5,-10, -6, -6, -5, -4,  0, -4,-20, -7, -7;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='R';  M= -7, -1,-19, -1,  8,-20,-13, -1,-19,  9,-16, -9,  1, -6, 10, 14, -1, -5,-17,-21,-11,  8; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E';  M= -2,  3,-14,  3, 11,-15, -9, -1,-11,  3,-10, -6,  2, -6, 10,  1,  1, -2,-11,-15, -9, 10; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='K';  M= -2, -5,-10, -5,  0, -7,-11, -5, -3,  1, -4, -2, -5, -8, -1,  1, -2,  0,  1,-12, -4, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='T';  M= -1, -4, -9, -6, -3, -6,-11, -9, -5, -5, -6, -5, -4, -5, -4, -6,  4, 12, -1, -7, -3, -3; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='D';  M=-10,  6,-12, 11,  4,-15,-14, -3,-17, -8, -9,-11, -2,-14, -5,-10, -4, -5,-13,-22, -8, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='W';  M=-16,-23,-29,-26,-16, 28,-23,-13,-10,-15, -6, -8,-19,-23,-16,-12,-18,-12,-13, 39, 25,-14; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='I';  M=-12,-22,-21,-28,-21, 10,-30,  1, 16,-24, 13, 11,-15,-23,-16,-19,-18,-11,  9,-17,  8,-21; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='R';  M=-10,  5,-26,  7,  8,-24,-13, -4,-24,  7,-23,-15,  6,  1,  6, 11,  1, -4,-22,-27,-16,  5; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='V';  M=  0,-25, 12,-29,-26, -5,-28,-27, 16,-22,  6,  4,-23,-27,-24,-23,-11, -4, 25,-29,-12,-26; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='V';  M= -4,-13,-14,-16,-12, -9,-23,-18,  9, -9, -2,  1,-11,-20,-12, -8, -4,  1, 16,-27,-10,-13; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='I';  M=  8,-20,-18,-26,-20, -5,-14,-23, 13,-20,  9,  5,-17,-19,-18,-21, -8, -4, 13,-20, -9,-20; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='W';  M=-13,-25,-33,-26,-21, 15,-16,-19,-14,-17,-10,-12,-23,-25,-17,-14,-20,-16,-17, 60, 18,-16; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='G';  M= -6, -3,-29, -3, -9,-27, 34,-12,-34, -5,-27,-17,  5,-14, -8,  0, -1,-13,-27,-23,-23,-10; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='K';  M= -8,  3,-23,  0,  3,-24,-11, -5,-25, 19,-24,-12,  7,-11,  3, 18, -3, -7,-20,-26,-14,  2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='L';  M= -2,-13,-22,-16, -5,-13,-21,-11, -2, -8,  6,  4,-12,-14,  4, -5, -9, -3, -6,-22, -9, -2;
/M: SY='A';  M= 31,-10,-14,-17,-10,-15,  0,-17,-11,-10,-11,-10, -8,-14,-10,-15,  7, -2, -2,-20,-16,-10;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-27, 16, 31,-24,-17, -3,-24,  4,-18,-17,  3, -8, 10, -1,  1, -6,-23,-28,-16, 21;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='I';  M= -4, -9,-19,-16,-12, -1,-18,-15,  5,-13, -1,  1, -4,-19,-12,-13, -4,  0,  5,-23, -7,-13; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I';  M=  3,-25,-13,-31,-23,  0,-25,-24, 16,-23, 14,  9,-23,-24,-20,-22,-15, -7, 14,-12, -4,-22;
/M: SY='A';  M=  8, -2,-17, -5, -2,-21, -1, -9,-19, -4,-16,-11, -1,-15, -3, -8,  2, -4,-13,-24,-15, -3;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E';  M= -9,  9,-26, 12, 18,-29,-15,  0,-25, 13,-23,-13,  7, -6, 15,  7,  1, -5,-23,-28,-15, 16; D=-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='Y';  M=-11, -8,-21,-11,-10, 10,-19,  8, -6, -6, -5, -4, -5,-20, -4, -5, -7, -2,-10,  4, 34,-10; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='L';  M= -7,-24,-16,-28,-21,  8,-29,-18, 17,-24, 23, 12,-22,-26,-19,-19,-18, -5, 14,-19,  2,-21; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-26, -3,  3,-23,-13,  0,-24, 19,-24,-10,  3,-12,  7, 19, -2, -5,-19,-24,-10,  4;
/M: SY='K';  M= -8, -6,-29, -5,  5,-25,-20,-13,-21, 30,-22, -8, -6, -3,  4, 16,-10, -9,-14,-22,-12,  4;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 69,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  1,-19,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D';  M= -4, 10,-21, 13,  3,-24,-12, -5,-20,  1,-21,-14,  6,-13,  3, -1,  8,  3,-12,-31,-14,  3;
/M: SY='R';  M= -8,-11,-25,-12, -3,-14,-18, -8,-10,  5, -3,  1, -8,-15,  2, 10,-11, -8,-10,-21, -8, -2;
/M: SY='I';  M= -4,-28,-17,-32,-26,  2,-31,-27, 30,-25, 20, 14,-25,-26,-23,-23,-16, -5, 30,-24, -5,-26;
/M: SY='M';  M= -3,-15,-22,-18,-11, -2,-14, -8, -1,-12, -1,  2,-11,-19, -8,-10, -6, -5, -2,-16,  2,-10;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-13,-33,-29,  1,-31,-29, 32,-24, 14, 12,-26,-27,-27,-23,-14, -4, 38,-26, -7,-29;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-24,  1, 17,-21,-19, -6,-12, -2,-13, -8, -3,-11, 10, -6,  2, -2,-11,-24,-12, 13;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R';  M=-12, -7,-25, -7,  5, -9,-18, -3,-23, 11,-18,-11, -1,-14,  2, 24, -2, -4,-16,-21, -7,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-22,-32,-22,  6,-31,-21, 26,-27, 35, 21,-26,-26,-18,-21,-25, -9, 15,-18,  0,-21;
/M: SY='R';  M= -6, -5,-24, -6,  2,-22,-15, -1,-18,  9,-17, -7, -2,-15,  9, 14, -1, -4,-13,-23, -9,  4;
/M: SY='T';  M= -7, -7,-18,-12, -7, -8,-19, -7, -7, -8, -7,  0, -4,-13,  0, -5,  2,  9, -7,-21, -1, -5;
/M: SY='R';  M=-11,  5,-26,  6,  4,-21, -8,  3,-26,  8,-23,-15,  9,-16,  4, 17,  1, -5,-22,-24, -8,  2;
/M: SY='K';  M= -4, -1,-22, -2,  6,-23,-12, -2,-21, 10,-22,-10,  4,-12,  9, 10,  7,  2,-16,-28,-13,  7;
/M: SY='W';  M=-16,-25,-34,-26,-21, 13,-22,-10, -7,-12, -8, -7,-23,-27,-15, -9,-23,-16,-12, 51, 33,-18;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='E';  M= -6,  1,-21,  3, 17,-20,-18, -4,-16,  3,-13, -9, -3, -6,  9, -1,  2,  3,-14,-24,-10, 13; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='D';  M= -4, 13,-17, 15,  3,-20, -1, -4,-21,  1,-18,-14,  9, -9,  0,  1,  3, -2,-15,-22,-13,  1; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='Q';  M= -8,  4,-22,  3, 11,-24,-12, -1,-20, 14,-20, -9,  6, -5, 17, 12,  0, -4,-20,-21,-12, 13; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='D';  M= -9, 22,-22, 29, 19,-26,-10,  0,-25,  1,-21,-18, 11, -7,  8, -4,  5, -3,-22,-29,-14, 14; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='G';  M= -1, -4,-23, -5,-12,-23, 45,-13,-29,-13,-23,-15,  4,-16,-13,-13,  1,-13,-23,-19,-23,-12; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='N';  M= -6,  3,-20,  0,  5,-17,-14, -4,-12,  4,-15, -7,  6,-12,  5,  0,  1,  1,-11,-24,-11,  5; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-25, -2,  0,-23,-10, -9,-22, 17,-22, -9,  4,-11,  2, 15, -1, -1,-16,-25,-14,  0;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-25, -6,  2,-18,-20,  2,-17, 10,-14, -7, -1,-17,  6, 22, -4, -5,-12,-25, -9,  2;
/M: SY='Y';  M= -7, -6,-22, -9, -7, -2,-18, -1,-11, -2,-13, -7, -2,-17, -1, -3,  2,  4,-11,-12, 14, -5;
/M: SY='K';  M= -1, -9,-21,-12, -7,-17,-12,-13, -9,  4,-13, -4, -5,-16, -3,  4,  0, -1, -4,-23,-11, -6;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='T';  M= -4,-16,-19,-20,-16, -4,-23,-16,  5,-15,  3,  3,-14,-10,-14,-15, -5,  9,  6,-18, -1,-16; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -8,  2,-25,  5, 21,-22,-18, -4,-18,  6,-16,-10, -1,-11, 10,  3, -1, -5,-14,-26,-12, 15; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-15,-34,-28,  6,-33,-27, 31,-25, 19, 14,-25,-26,-24,-23,-17, -6, 30,-22, -3,-27; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='V';  M= -7,-11,-21,-14, -8,-10,-23, -4,  0, -8, -4,  0, -8,-18, -5, -5, -4,  1,  3,-26, -5, -8;
/M: SY='A';  M= 20,-19,-15,-26,-19,-10,-15,-24, 11,-17,  2,  1,-17,-18,-17,-21, -2, -1, 17,-23,-13,-19;
/M: SY='E';  M= -7, 14,-24, 19, 22,-27,-14, -2,-25,  1,-20,-17,  8, -9, 10, -4,  6,  0,-22,-32,-17, 16;
/M: SY='N';  M= -7,  8,-23,  4,  6,-22, -8,  0,-22,  6,-23,-12, 15,-14,  8,  9,  5, -1,-20,-29,-15,  6;
/M: SY='I';  M= -8,-26,-18,-32,-25,  8,-31,-23, 26,-24, 15, 15,-21,-24,-21,-22,-16, -7, 22,-19,  0,-25;
/M: SY='E';  M=-10,  0,-27,  1, 12,-21,-15,  0,-16,  1,-15, -8,  1,-12,  9,  1, -2, -6,-17,-26,-11,  9;
/M: SY='F';  M=-13,-21,-22,-25,-15, 22,-25,-12,  0,-18,  8,  3,-17,-14,-18,-12,-16, -8, -3,-11,  7,-16;
/M: SY='L';  M= -8,-21,-22,-23,-18,  3,-24,-18, 14,-22, 20, 10,-19,-20,-16,-18,-17, -8,  8,-20, -2,-18;
/M: SY='D';  M= -3,  9,-22, 11,  7,-24, -2, -6,-24, -4,-20,-16,  6,-12,  0, -6,  7,  0,-18,-30,-16,  3;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	276 in 272 different sequences
Number of true positive hits	276 in 272 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	2
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	99.28 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	2
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	SSB
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

272 sequences

MTSS1_CAEEL (P34496), OSB1_ARATH  (Q9SX99), OSB2_ARATH  (Q8GXH3),

OSB3_ARATH  (Q8GWJ4), OSB4_ARATH  (Q9FYJ2), PRIB_ACTP2  (A3N1H2), 
PRIB_ACTP7  (B3GY58), PRIB_ACTPJ  (B0BQB2), PRIB_ACTSZ  (A6VMD5), 
PRIB_BORBR  (P67674), PRIB_BORPA  (P67675), PRIB_BORPE  (P67673), 
PRIB_CITK8  (A8AMJ7), PRIB_CROS8  (A7MM77), PRIB_ECO24  (A7ZV72), 
PRIB_ECO27  (B7UQL0), PRIB_ECO45  (B7MLK6), PRIB_ECO55  (B7LCR2), 
PRIB_ECO57  (P67676), PRIB_ECO81  (B7MT75), PRIB_ECO8A  (B7M9G3), 
PRIB_ECOBW  (C4ZR78), PRIB_ECOHS  (A8A7U7), PRIB_ECOK1  (A1AJA6), 
PRIB_ECOL5  (Q0T9J2), PRIB_ECOLC  (B1IT05), PRIB_ECOLI  (P07013), 
PRIB_ECOLU  (B7NGD5), PRIB_ECOSE  (B6I2A7), PRIB_ECOUT  (Q1R359), 
PRIB_ENT38  (A4W5T0), PRIB_ERWT9  (B2VCW0), PRIB_ESCF3  (B7LLY3), 
PRIB_HAEDU  (Q7VMD6), PRIB_HAEI8  (Q4QN02), PRIB_HAEIE  (A5U9U9), 
PRIB_HAEIN  (P44748), PRIB_HISS1  (Q0I4E6), PRIB_HISS2  (B0US44), 
PRIB_NEIG1  (Q5F924), PRIB_NEIM0  (A9LZQ2), PRIB_NEIMA  (Q9JU25), 
PRIB_NEIMB  (Q9JZ30), PRIB_NEIMF  (A1KUE9), PRIB_NITEU  (Q82XQ7), 
PRIB_PASMU  (Q9CLN9), PRIB_PECAS  (Q6D136), PRIB_PECCP  (C6DE14), 
PRIB_PHOLL  (Q7MYU8), PRIB_PHOPR  (Q6LM42), PRIB_PROMH  (B4F276), 
PRIB_SALA4  (B5F3B8), PRIB_SALAR  (A9MFL0), PRIB_SALCH  (Q57GJ0), 
PRIB_SALDC  (B5FSA2), PRIB_SALEP  (B5R0R9), PRIB_SALG2  (B5R9E9), 
PRIB_SALHS  (B4TFD6), PRIB_SALNS  (B4T3F2), PRIB_SALPA  (Q5PJ57), 
PRIB_SALPC  (C0Q6F9), PRIB_SALPK  (B5BKL0), PRIB_SALSV  (B4TT34), 
PRIB_SALTI  (Q8Z164), PRIB_SALTY  (Q8ZK82), PRIB_SERP5  (A8G8W5), 
PRIB_SHEB2  (B8E9N7), PRIB_SHEB5  (A3D8Q4), PRIB_SHEB8  (A6WJ80), 
PRIB_SHEB9  (A9L121), PRIB_SHEHH  (B0TUU8), PRIB_SHEON  (Q8EAH3), 
PRIB_SHEPA  (A8H8L1), PRIB_SHEPC  (A4Y3F1), PRIB_SHEPW  (B8CIQ2), 
PRIB_SHESH  (A8FR96), PRIB_SHESW  (A1RNI8), PRIB_SHEWM  (B1KHY9), 
PRIB_SHIB3  (B2TY74), PRIB_SHIBS  (Q31TD2), PRIB_SHIDS  (Q328J8), 
PRIB_SHIFL  (P67677), PRIB_SHISS  (Q3YUE6), PRIB_VIBCH  (Q9KUZ1), 
PRIB_VIBPA  (Q87L73), PRIB_VIBVU  (Q8DCL5), PRIB_VIBVY  (Q7MH89), 
PRIB_YERE8  (A1JIS9), PRIB_YERP3  (A7FMW4), PRIB_YERPA  (Q1CBW5), 
PRIB_YERPE  (Q8ZB82), PRIB_YERPN  (Q1CEH1), PRIB_YERPS  (Q66FA1), 
RIM1_SCHPO  (O14087), RIM1_YEAST  (P32445), SSB1_CHLTE  (Q8KB47), 
SSB1_CLOAB  (Q97KH4), SSB1_LACLA  (Q9CGS5), SSB1_LISIN  (Q92FR5), 
SSB1_LISMO  (Q8YAR8), SSB1_NOSS1  (P0A4K0), SSB1_PSEPU  (Q847G1), 
SSB1_SALTI  (P0A2F7), SSB1_SALTY  (P0A2F6), SSB1_STAAC  (Q5HIS8), 
SSB1_STAAM  (Q931K4), SSB1_STAAS  (Q6G7V6), SSB1_STRA3  (P66850), 
SSB1_STRA5  (P66851), SSB1_STRAW  (Q82FG5), SSB1_STRCO  (Q9KYI9), 
SSB1_STRP6  (Q5XE77), SSB1_STRP8  (Q8P2H3), SSB1_SYNY3  (Q55499), 
SSB1_TROW8  (Q83NU2), SSB1_TROWT  (Q83N34), SSB1_XYLFA  (Q9PHE7), 
SSB2_CHLTE  (Q8KAM2), SSB2_CLOAB  (Q97HT8), SSB2_ECOLX  (P28043), 
SSB2_LACLA  (Q9CDM9), SSB2_LISIN  (Q92FK7), SSB2_LISMO  (Q8Y4X1), 
SSB2_NOSS1  (Q8ZSD2), SSB2_PSEPU  (Q8VMM4), SSB2_SALTI  (Q9RHF4), 
SSB2_SALTY  (Q93GP7), SSB2_STAAC  (Q5HJ26), SSB2_STAAM  (Q932A8), 
SSB2_STAAS  (Q6GCA6), SSB2_STRA3  (Q8E7H6), SSB2_STRA5  (Q8E220), 
SSB2_STRAW  (Q82CI4), SSB2_STRCO  (Q9X8U3), SSB2_STRP6  (Q5XA62), 
SSB2_STRP8  (Q8NZJ0), SSB2_SYNY3  (P73145), SSB2_TROW8  (P66857), 
SSB2_TROWT  (P66856), SSB2_XYLFA  (Q9PDI7), SSB3_CLOAB  (Q97CX3), 
SSB3_LISIN  (Q928X8), SSB3_STRA5  (Q8E0Z9), SSB4_STRA5  (Q8DXI7), 
SSB7_ECOLX  (P28044), SSBA_BACSU  (P37455), SSBB_BACSU  (C0SPB6), 
SSBF_ECOLI  (P18310), SSBPA_XENLA (P09380), SSBPB_XENLA (P09381), 
SSBP_ARATH  (Q84J78), SSBP_BOVIN  (Q32PB0), SSBP_DANRE  (B8A5I7), 
SSBP_DROME  (P54622), SSBP_ECOLX  (P18022), SSBP_HUMAN  (Q04837), 
SSBP_MOUSE  (Q9CYR0), SSBP_PONAB  (Q5RDQ0), SSBP_RABIT  (Q95KK4), 
SSBP_RAT(P28042), SSBR_ECOLX  (P28045), SSB_AGRFC   (Q8UF87), 
SSB_ANAVA   (P0A4K1), SSB_AQUAE   (O66475), SSB_BACAN   (Q81JI3), 
SSB_BACCR   (Q814G6), SSB_BACTN   (Q8A7M7), SSB_BIFLO   (Q8G757), 
SSB_BORBR   (P66847), SSB_BORBU   (O51141), SSB_BORPA   (P59928), 
SSB_BORPE   (P66846), SSB_BPP1(Q9XJG4), SSB_BRADU   (Q89L50), 
SSB_BRUA2   (Q2YPX7), SSB_BRUAB   (P0C118), SSB_BRUME   (Q8YHC2), 
SSB_BRUSU   (Q8G0J1), SSB_BUCAI   (P57610), SSB_BUCAP   (Q8K933), 
SSB_BUCBP   (Q89A53), SSB_CALS4   (Q8R6M2), SSB_CAMJE   (O69302), 
SSB_CAUVC   (Q9A894), SSB_CERS4   (Q9ZAQ8), SSB_CHLCV   (Q823K0), 
SSB_CHLMU   (Q9PKZ4), SSB_CHLPN   (Q9Z8F7), SSB_CHLTR   (O84048), 
SSB_CLOPE   (Q8XH44), SSB_CLOTE   (Q899R2), SSB_COREF   (Q8FLP9), 
SSB_CORGL   (Q8NLG0), SSB_COXBU   (Q83EP4), SSB_CUPNH   (P59927), 
SSB_DEIRA   (Q9RY51), SSB_ECO57   (P0AGE2), SSB_ECOL6   (P0AGE1), 
SSB_ECOLI   (P0AGE0), SSB_ENTFA   (Q839Y9), SSB_FUSNN   (Q8RE26), 
SSB_HAEDU   (P59930), SSB_HAEIN   (P44409), SSB_HALH5   (Q9K5N9), 
SSB_HELHP   (P59931), SSB_HELPJ   (Q9ZJY2), SSB_HELPY   (O25841), 
SSB_LACPL   (Q890K1), SSB_LEPIC   (Q72UU3), SSB_LEPIN   (Q8F052), 
SSB_MALP2   (Q8EWT6), SSB_MYCBO   (P0A611), SSB_MYCGE   (P47337), 
SSB_MYCLE   (P46390), SSB_MYCPN   (P75542), SSB_MYCPU   (Q98PV9), 
SSB_MYCS2   (Q9AFI5), SSB_MYCTO   (P9WGD4), SSB_MYCTU   (P9WGD5), 
SSB_NEIMA   (P66848), SSB_NEIMB   (P66849), SSB_NITEU   (Q82S98), 
SSB_OCEIH   (Q8CX55), SSB_ONYPE   (P60471), SSB_PAEAU   (Q8KSB6), 
SSB_PAENI   (Q8GAN5), SSB_PASMU   (Q9CJP4), SSB_PROMI   (P28046), 
SSB_PROVU   (Q8L2A6), SSB_PSEAE   (P40947), SSB_PSEPK   (Q88QK5), 
SSB_PSESM   (Q889U1), SSB_RALN1   (Q8Y2B4), SSB_RHILO   (Q98M41), 
SSB_RHIME   (P56898), SSB_RHOBA   (P59932), SSB_RICBR   (Q1RK72), 
SSB_RICCN   (Q92G30), SSB_RICFE   (Q4UJW3), SSB_RICPR   (Q9ZCC2), 
SSB_RICTY   (Q68Y11), SSB_SERMA   (P25762), SSB_SHEHA   (P77953), 
SSB_SHEON   (Q8EA81), SSB_SHIFL   (P0AGE3), SSB_STAAN   (Q99SQ9), 
SSB_STAAR   (Q6GF73), SSB_STAAW   (Q8NVN2), SSB_STAES   (Q8CNK0), 
SSB_STRMU   (Q8DSD8), SSB_STRP1   (P66852), SSB_STRP3   (P0DF76), 
SSB_STRPN   (P66854), SSB_STRPQ   (P0DF77), SSB_STRR6   (P66855), 
SSB_THEAQ   (Q9KH06), SSB_THEMA   (Q9WZ73), SSB_THET8   (Q5SLP9), 
SSB_THETH   (O85824), SSB_THEVB   (Q8DIU1), SSB_TREPA   (O83101), 
SSB_UREPA   (Q9PPT7), SSB_VIBCH   (Q9KUW2), SSB_VIBPA   (Q87LA3), 
SSB_VIBVU   (Q8DCJ0), SSB_WIGBR   (Q8D254), SSB_WOLSU   (P59933), 
SSB_XANAC   (Q8PIJ2), SSB_XANCP   (Q8P778), SSB_XYLFT   (Q87DQ5), 
SSB_YERPE   (Q8ZJ06), YCF41_PORPU (P51237)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

2 sequences

YCF41_NEOYE (Q1XDQ0), YCF41_TRICV (P49536)

PDB
[Detailed view]

55 PDB

1EQQ; 1EYG; 1KAW; 1QVC; 1S3O; 1SE8; 1SRU; 1TXY; 1UE1; 1UE5; 1UE6; 1UE7; 1V1Q; 1WOC; 1X3E; 1X3F; 1X3G; 1Z9F; 2CCZ; 2CWA; 2DUD; 2FXQ; 2IHE; 2IHF; 2PNH; 2VW9; 3A5U; 3AFP; 3AFQ; 3EIV; 3FHW; 3K8A; 3KLW; 3TQY; 3UDG; 3ULL; 3VDY; 4DAM; 4MZ9; 5WQV; 5YUN; 5YUO; 6BHW; 6BHX; 6CQK; 6CQM; 6CQO; 6IRQ; 6JDG; 6RUP; 7F25; 7F5Y; 7F5Z; 7VUM; 8FAK
» more