PROSITE entry PS50950
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | ZF_THAP |
| Accession [info] | PS50950 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2004 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50950 |
| Associated ProRule [info] | PRU00309 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Zinc finger THAP-type profile |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=82; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9798009; R2=0.0128936; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=623; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=274; N_SCORE=5.5; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20, 0,-20, 0, 20,-10, 20, 60,-20,-20, 0,-10,-20,-10, 10,-20, 0,-10; /M: SY='P'; M= -4,-16,-30,-12, -5,-24,-13,-19,-16, -3,-22,-13,-14, 36, -9, -7, -6, -5,-15,-27,-22,-10; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='R'; M= 0, -4,-20, -8, -6,-15, -2, -7,-19, 2,-16,-10, 1,-15, -2, 6, 2, 3,-13,-17, -6, -5; D=-12; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='Y'; M=-10, -9,-10,-13,-10, 3,-18, 3,-10, -7, -9, -5, -2,-18, -8, 1, -2, -1, -8,-16, 4,-10; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 18,-10, 17,-17,-12,-19,-11,-20,-16,-10,-17,-13, -8,-18,-12,-15, 9, 1, -3,-32,-21,-12; /M: SY='A'; M= 17,-20,-15,-27,-20, 6,-17,-20, 6,-17, 1, -1,-18,-20,-20,-20, -4, -3, 13,-14, 0,-20; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='P'; M= 0,-18,-25,-20,-12,-12,-21,-17, 5, -7, -6, -2,-14, 8,-10,-10, -9, -7, 1,-19, -8,-14; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='G'; M= -7, 10,-17, 9, -7,-25, 25, -1,-31,-11,-26,-18, 15,-18, -9,-12, 1,-12,-26,-28,-20, -9; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M= -2, -8,-17, -9, -1,-17,-11,-11,-19, 3,-16,-11, -6, -9, -3, 1, 0, -2,-14,-22, -9, -3; /M: SY='N'; M= -2, 8,-18, -1, -6,-13,-10, 3,-14, -5,-19,-12, 18,-18, -4, -3, 9, 8,-12,-28, -7, -6; /M: SY='R'; M=-12, -4,-24, -9, -8, -7,-13, -6,-17, 7,-16, -9, 3,-20, -5, 17, -5, -2,-11,-19, -2, -8; /M: SY='S'; M= -5, 0,-10, 0, -6, -9,-14, -4,-17, -8,-19,-14, 0,-17, -5, -7, 12, 11,-11,-22, 5, -7; /M: SY='T'; M= -7, 0,-21, 0, -7,-18, -5, -5,-16, -5,-14,-10, 0,-17, -8, -3, 1, 3, -8,-29,-12, -8; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='R'; M= -9, -8, -9, -9, -3,-18, -9, 0,-17, 2,-14, -6, -4, -9, 5, 12, -5, -8,-13,-19,-10, -1; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16; /M: SY='D'; M= -6, 12,-19, 13, 7,-19,-11, 9,-17, -3,-13,-10, 9,-11, 5, -4, 0, -2,-16,-24, -8, 5; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='R'; M= -8, -6,-26, -5, 2,-24,-10, -8,-21, 14,-23,-11, -2, 3, 6, 15, -1, -6,-18,-22,-14, 2; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='G'; M= 0, 1,-22, 0, -6,-24, 19,-10,-27, -4,-25,-17, 7, -9, -7, -4, 6, -6,-21,-25,-21, -7; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='L'; M= -9,-25,-22,-28,-19, 0,-29,-18, 18,-15, 24, 20,-22,-25,-14, -9,-21, -9, 14,-21, -3,-18; /M: SY='S'; M= 3, -1,-18, -3, -1,-22, -3, 5,-22, -4,-24,-13, 5,-12, 3, -5, 17, 9,-15,-31,-12, 0; /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28, 63,-30,-20, 5,-30, 20, 5,-22,-30,-35,-20,-22,-10, 2, 3, 23,-28; /M: SY='F'; M=-19,-19,-26,-24,-19, 33,-28, 24, -5,-21, 0, 2,-10,-26,-18,-13,-17,-13, -9, -3, 31,-19; /M: SY='R'; M= -4, -8,-25,-10, -2,-21,-17, 1,-20, 13,-18, -8, -4,-10, 5, 24, -4, -4,-13,-23,-10, -1; /M: SY='F'; M=-18,-30,-19,-39,-30, 69,-30,-21, 4,-29, 12, 2,-21,-30,-38,-20,-20, -9, 5, 5, 25,-30; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='K'; M=-11, 0,-28, 1, 5,-26,-20, -5,-26, 28,-24,-10, -1, -4, 4, 18, -6, -3,-18,-24,-10, 4; /M: SY='D'; M=-16, 21, -4, 31, 15,-33,-17, -4,-34, 0,-25,-22, 6,-15, 4, -1, -3,-10,-25,-36,-20, 9; /M: SY='P'; M= 0, -2,-27, -5, -1,-24,-13,-12,-20, 2,-25,-16, 2, 25, -4, -3, -1, -2,-21,-28,-21, -5; /M: SY='E'; M= -2, -2,-28, 0, 6,-24,-19,-13, -8, -2,-14, -9, -5, 2, 1,-10, -3, -7,-11,-27,-15, 2; /M: SY='R'; M=-13,-14,-24,-15, -6, -7,-23,-10,-11, 8, -3, -1,-10,-20, -1, 22,-11, -4, -7,-19, -5, -5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='R'; M=-10,-15, -7,-18,-10, -5,-21, -3,-15, -1, -2, -3,-10,-23, -7, 17,-12, -9, -9,-20, -5,-10; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='R'; M=-10, -4,-28, -4, 8,-25,-15, -6,-25, 25,-20, -8, -2,-14, 13, 26, -6, -8,-19,-22,-12, 9; /M: SY='L'; M= -6,-10,-25, -9, -1,-13,-23,-15, -4, 2, 6, 1,-12,-17, -5, -3,-15, -9, -5,-22, -8, -3; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='L'; M= -9,-12,-23,-10, -3,-10,-26, -8, 2, -7, 6, 3,-14,-20, -9, -8,-14, -9, 4,-26, -6, -6; /M: SY='E'; M= -1, -3,-26, -2, 17,-24,-17, -5,-22, 14,-15,-10, -4,-11, 12, 17, -4, -8,-18,-23,-14, 13; /M: SY='N'; M= 5, 5,-17, -7,-10, 3, -8, -7,-12,-11,-13,-12, 16,-19,-12,-11, 5, -1,-12,-23, -8,-10; /M: SY='C'; M= -5,-22, 31,-27,-26, -9,-20,-24, -1,-22, 0, 3,-21,-30,-23,-22,-10, -4, 12,-34,-16,-25; /M: SY='R'; M= -8, -1,-26, -3, 2,-27, 0, 4,-28, 9,-25,-11, 6,-15, 12, 16, 2, -7,-24,-25,-13, 5; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='R'; M= -9, -8,-23,-10, -6,-13,-10, -3,-19, 11,-15, -8, -1,-19, 0, 32, -6, -8,-12,-16, -5, -6; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='A'; M= 2, -7, -7, -8, -7,-15,-15, -7,-12, -8,-10, -8, -6, -9, -8,-10, 2, 1, -5,-27,-12, -8; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='D'; M= -7, 14,-24, 19, 7,-25, -5, -6,-24, -3,-18,-17, 7, -4, -2, -5, 0, -7,-20,-29,-17, 2; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='V'; M= -1,-11,-16,-10, -2,-11,-15,-11, -2, -4, -4, -2,-11, 0, -3, -3, -5, -4, 1,-18,-10, -3; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='S'; M= -1, 6,-10, 7, 5,-13, -3, -2,-14, 0,-15,-11, 8, -6, 2, 1, 11, 3,-10,-20,-10, 3; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='W'; M=-13,-22,-21,-25,-20, 7,-22,-22,-14,-12,-13,-12,-21,-25,-17,-10,-22,-17,-15, 45, 9,-17; /M: SY='I'; M= -8,-13,-24,-13, -6,-12,-24,-11, 4, -9, -2, 4,-13,-11, -1,-11, -8, -6, 2,-22, -4, -5; /M: SY='P'; M= -9,-19,-35,-12, -4,-24,-15,-19,-16, -9,-18,-13,-18, 55,-11,-16,-12,-11,-23,-27,-24,-11; /M: SY='G'; M= -1, -6,-20, -9,-11,-12, 9, -6,-20,-12,-16,-11, 2,-17,-11,-11, 6, 1,-15,-25,-12,-11; /M: SY='K'; M= -7, 2,-26, 2, 10,-26,-16, -9,-26, 26,-28,-14, 4, -3, 6, 13, 1, -1,-19,-26,-14, 8; /M: SY='H'; M=-11, 2,-29, 1, -3,-17, 1, 6,-23, -4,-18,-12, 6,-19, 0, -5, -7,-13,-24,-10, -1, -2; /M: SY='S'; M= -1, -7,-23, -6, -3,-16,-14, 0,-16, -7,-15,-10, -5, 1, -1, -6, 2, -1,-15,-22, -4, -4; /M: SY='V'; M= -1,-17, -8,-22,-15, 1,-21,-17, -2,-11, -6, -3,-12,-21,-10, -5, -3, -4, 3,-21, -6,-13; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-33,-25, 8,-32,-23, 29,-27, 31, 21,-26,-26,-21,-22,-23, -9, 21,-20, 0,-24; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='S'; M= 14, 0,-13, -1, -3,-20, -4,-13,-14,-11,-22,-16, 4,-11, -4,-14, 25, 11, -6,-34,-18, -4; /M: SY='R'; M=-12, -1,-25, 2, 6,-19,-21, -9,-17, 11, -9, -8, -4,-15, 0, 13, -8, -4,-11,-26,-11, 2; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='E'; M= -6, 11,-25, 12, 13,-29, -9, -4,-26, 9,-23,-15, 8,-11, 11, 5, 2, -3,-22,-28,-16, 12; /M: SY='P'; M= -6, 5,-29, 12, 9,-29, -9,-11,-27, 1,-25,-19, -1, 15, -2, -4, -2, -6,-24,-29,-21, 2; /M: SY='S'; M= 1, 8,-21, 12, 14,-26, -3, -8,-26, 0,-25,-19, 6, -9, 2, -6, 15, 4,-18,-33,-19, 8; /I: I=-6; MD=-13; /M: SY='C'; M=-11, 2, 18, 4, -7,-15,-19,-12,-19,-13,-15,-10, -5,-21, -8,-15, -4, -7,-10,-32,-14, -7; D=-6; /I: I=-6; MD=-13; /M: SY='F'; M=-15,-29,-23,-36,-26, 40,-29,-22, 12,-27, 14, 5,-22,-25,-28,-21,-22,-11, 5, 11, 17,-25; D=-6; /I: I=-6; MD=-13; /M: SY='D'; M= -9, 13,-15, 17, 13,-26, -7, -5,-26, 4,-22,-14, 7,-11, 2, -3, 0, -7,-21,-30,-17, 8; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13; /M: SY='R'; M= -5, -7, -9, -9, -6,-16, -3, -9,-15, -3,-13, -8, -2,-14, 0, 5, 3, -1,-10,-21,-12, -4; D=-6; /I: I=-6; DM=-13; /M: SY='T'; M= -4, -5,-15, -8, -5, -2,-13, -8, -7, -9, -8, -7, 0,-14, -6, -5, 7, 8, -6,-20, -2, -6; D=-6; /I: I=-6; DM=-13; /M: SY='A'; M= 2, -8,-13,-12,-10, -5, -3,-11,-16, -7,-16,-11, -4,-10,-10,-10, 0, -5,-13, -7, -4,-10; D=-6; /I: I=-6; DM=-13; /M: SY='K'; M= -8, 2,-24, -2, -1,-19, -5, -4,-15, 8,-19, -8, 8, -7, 4, 2, -4, -8,-17,-18, -7, 1; D=-6; /I: I=-6; DM=-13; /M: SY='R'; M=-13, -5,-25, -9, -5,-15,-11, -3,-17, 13,-15, -4, 3,-18, 2, 29, -7, -7,-14,-19, -6, -4; D=-6; /I: I=-6; DM=-13; /M: SY='R'; M=-15, -6,-26, -6, -2,-18,-21, -2,-19, 14,-13, -7, -2,-17, 2, 32, -7, -2,-13,-23, -8, -3; /M: SY='R'; M=-12,-11,-24,-12, -5,-13,-22, -8,-15, 15, -8, -4, -7,-19, 0, 28, -9, -1, -8,-19, -4, -5; /M: SY='L'; M= -9,-28,-19,-28,-19, 8,-29,-20, 18,-28, 45, 18,-28,-28,-19,-19,-26, -5, 9,-21, -1,-19; /M: SY='K'; M=-11, -6,-26, -9, -3,-17,-22, -7,-11, 19,-16, -4, -2,-18, 3, 17, -9, -8, -7,-19, -3, -1; /M: SY='P'; M= 2, -3,-25, -2, 5,-26, -7,-12,-21, 1,-22,-13, -5, 11, 1, -7, 2, -2,-18,-27,-20, 2; /M: SY='G'; M= -7, 10,-24, 7, -4,-23, 16, -8,-23, -9,-22,-13, 14,-17, -8,-11, 2, -7,-19,-30,-21, -6; /M: SY='A'; M= 37,-11,-13,-18, -8,-20, -5,-17,-10, -6,-10, -8,-10,-12, -5,-11, 7, -1, -1,-21,-18, -7; /M: SY='V'; M= -2,-28,-13,-30,-28, 0,-31,-29, 29,-21, 13, 11,-27,-27,-27,-21,-11, 1, 41,-28, -8,-28; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='T'; M= 0, -4, 0,-11,-10, -6,-16,-18,-14,-13,-15,-13, 0,-14,-11,-12, 20, 32, -4,-31,-11,-10; /M: SY='I'; M= -8,-27,-26,-30,-22, -3,-33,-25, 28,-20, 17, 13,-22,-14,-18,-20,-19, -8, 19,-22, -5,-23; /M: SY='F'; M=-15,-16,-21,-23,-18, 32,-23, -3, -7,-14, -3, -4, -7,-26,-20, -3,-10, -7, -5, -7, 16,-18; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 44 in 44 different sequences |
| Number of true positive hits | 44 in 44 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 95.65 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | ZN_FING |
| Feature description [info] | THAP-type |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
44 sequences
CTBP1_CAEEL (Q20595), LI15B_CAEEL (Q27395), LIN36_CAEEL (P34427), P52K_HUMAN (O43422), P52K_MOUSE (Q9CUX1), PELET_DROME (Q7M3K2), THA10_HUMAN (Q9P2Z0), THA10_PONAB (Q5NVM3), THA11_BOVIN (A5PKF5), THA11_DANRE (Q6TGZ4), THA11_HUMAN (Q96EK4), THA11_MOUSE (Q9JJD0), THA11_XENLA (Q6IR68), THA11_XENTR (A4IGQ8), THAP1_BOVIN (Q3T0G1), THAP1_DANRE (Q1JPT7), THAP1_HUMAN (Q9NVV9), THAP1_MACFA (Q4R3Q6), THAP1_MOUSE (Q8CHW1), THAP1_PONAB (Q5RCE4), THAP1_RAT (Q5U208), THAP1_SALSA (B5XCB8), THAP1_XENTR (Q6DIN8), THAP2_HUMAN (Q9H0W7), THAP2_MOUSE (Q9D305), THAP3_BOVIN (Q0P5B4), THAP3_HUMAN (Q8WTV1), THAP3_MOUSE (Q8BJ25), THAP4_BOVIN (Q2TBI2), THAP4_HUMAN (Q8WY91), THAP4_MOUSE (Q6P3Z3), THAP4_RAT (Q642B6), THAP5_BOVIN (Q1RMM0), THAP5_CHICK (Q5ZHN5), THAP5_HUMAN (Q7Z6K1), THAP5_MACFA (Q4R7M0), THAP5_XENLA (Q0IHI7), THAP6_HUMAN (Q8TBB0), THAP7_HUMAN (Q9BT49), THAP7_MOUSE (Q8VCZ3), THAP8_HUMAN (Q8NA92), THAP9_HUMAN (Q9H5L6), THP1A_XENLA (Q5U560), THP1B_XENLA (Q6DDT6)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
NMAT3_ARATH (Q9LZA5), NMAT4_ARATH (Q9CA78) |
| PDB [Detailed view] |
9 PDB
2D8R; 2JM3; 2JTG; 2KO0; 2L1G; 2LAU; 3KDE; 6P5A; 6PE2 |