Entry: PS50951

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SARAH
Accession [info] PS50951
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50951
Associated ProRule [info] PRU00310

Name and characterization of the entry

Description [info] SARAH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3695838; R2=0.0147013; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2269.88933; R2=15.79842; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=452; N_SCORE=9.0; H_SCORE=8321; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=281; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6709; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M=-10,-20,-21,-21,-14, 12,-29,-18, 12,-19, 10,  4,-20,-24,-20,-18,-15, -7, 14,-16,  5,-17;
/M: SY='A'; M=  8,-11,-20,-11,  0,-13,-13,-17, -2,-13,  3, -3,-13,-16, -9,-16, -6, -6,  1,-24,-14, -5;
/M: SY='Q'; M=-13, -5,-26, -7, 10, -2,-22, -3,-15,  0,-10, -5, -3,-15, 14,  0, -7, -9,-19,-15, -2, 13;
/M: SY='W'; M=-17,-32,-34,-33,-25, 24,-26,-15, -3,-22,  7, -3,-30,-30,-21,-18,-30,-18,-11, 61, 33,-21;
/M: SY='D'; M=-13,  7,-29, 10,  7,-22,-21, -9,-11,  4,-11, -8,  2,-14,  0,  0, -8, -9,-12,-28,-12,  2;
/M: SY='N'; M=  5,  1,-18, -8, -7,-10,-10, -8, -9, -4, -7, -4,  8,-18, -6, -6,  0, -3,-10,-25,-11, -7;
/M: SY='F'; M=-17,-31,-23,-38,-28, 56,-30,-21,  6,-29, 16,  4,-23,-29,-33,-21,-23,-12,  2, 13, 22,-27;
/M: SY='S'; M= -3,  8,-19,  7, 12,-23,-12,  3,-22, -3,-22,-15,  9,-10,  8, -5, 17, 12,-18,-34,-14,  9;
/M: SY='L'; M=-12,-28,-20,-34,-25, 25,-29,-18, 19,-25, 27, 22,-24,-27,-22,-19,-23, -9, 13,-13,  7,-23;
/M: SY='P'; M= -5, -2,-32,  6, 14,-30,-15,-13,-24, -5,-26,-20, -7, 42, -2,-14, -1, -7,-26,-31,-25,  4;
/M: SY='E'; M=-11,  9,-27, 19, 30,-26,-20, -5,-19,  1,-13,-14, -2, -9,  9, -6, -4, -9,-16,-31,-16, 19;
/M: SY='L'; M=-10,-29, -9,-30,-21,  8,-30,-21, 16,-30, 45, 17,-29,-31,-21,-21,-28,-10,  8,-22, -2,-21;
/M: SY='E'; M=-12, 10,-28, 12, 18,-28,-19,  5,-21,  6,-19,-11,  6,-11, 18,  5, -1, -6,-22,-28,-12, 17;
/M: SY='N'; M=  0,  7,-20,  1,  2,-21, -4, -4,-20,  2,-22,-11, 14,-13,  4,  2, 11,  4,-17,-30,-17,  3;
/M: SY='F'; M=-18,-23,-26,-29,-21, 34,-29,-10,  0,-11,  2,  1,-15,-26,-19,  3,-17,-10, -2,  1, 23,-21;
/M: SY='L'; M=-10,-17,-23,-16, -7, -5,-27,-15,  8,-15, 23,  9,-19,-23, -8,-12,-20, -9,  3,-23, -5, -8;
/M: SY='E'; M= -9, -4,-17, -3, 10,-22,-13,  1,-23,  1,-15,-10, -2,-14,  9,  7, -1, -3,-20,-27,-13,  8;
/M: SY='M'; M= -2,-13,-23,-19,-11,-12,-20,-12,  3, -1, -1,  8, -7,-17, -5,  2, -8, -6,  1,-23, -8,-10;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-30,-21, 10,-30,-16, 20,-27, 42, 21,-28,-29,-18,-19,-28,-10, 10,-16,  6,-20;
/M: SY='D'; M=-13, 19,-27, 25, 10,-30,-10, -3,-25,  7,-22,-12,  9,-13,  7, -1, -3, -9,-20,-31,-16,  9;
/M: SY='E'; M=-10, -5,-28, -3, 13,-23,-19,  0,-20, 10,-16, -6, -5,  1, 10, 10, -6, -8,-20,-25,-12, 10;
/M: SY='E'; M=-10, -3,-26,  2, 32,-17,-22, -4,-12, -1,  1, -1, -9, -9,  9, -6, -9,-10,-16,-26,-13, 20;
/M: SY='E'; M=-12, -9,-25, -9, 14,  1,-23, -3, -7, -6,  2,  8,-12,-14,  1, -8,-12,-10,-11,-16,  1,  8;
/M: SY='E'; M= -7,  7,-28, 12, 28,-28,-17, -4,-25, 17,-20,-10,  0, -7, 13,  5, -4, -9,-22,-26,-15, 20;
/M: SY='R'; M=-14, -1,-29,  2, 18,-28,-20,  1,-25, 17,-17, -9, -1,-13, 23, 27, -6,-10,-23,-23,-12, 19;
/M: SY='E'; M=-11,  7,-30, 14, 47,-26,-21,  8,-28, 10,-19,-16, -1, -4, 19,  2, -2,-11,-28,-25,-10, 32;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-21,-34,-27,  3,-33,-25, 35,-26, 25, 20,-25,-25,-21,-23,-20, -7, 28,-23, -3,-26;
/M: SY='E'; M= -8, -6,-27, -5, 14,-12,-16, -1,-18,  0,-13, -8, -4,-13,  8,  3, -5,-10,-18,-20, -8, 10;
/M: SY='Q'; M=-10,  5,-28,  8, 21,-31,-18, -1,-26, 17,-23,-11,  2, -9, 25, 13,  1, -4,-24,-25,-13, 23;
/M: SY='I'; M= -9,-28,-25,-34,-25,  4,-35,-25, 34,-29, 31, 18,-23,-24,-19,-25,-22, -6, 20,-21, -1,-25;
/M: SY='R'; M= -7,-11,-21,-14, -7,-15,-23,-11, -2,  3, -5,  3, -9,-20,  2,  6, -7, -2,  4,-25, -9, -3;
/M: SY='R'; M=-10, -3,-28, -4,  9,-27,-14, -3,-23, 19,-19, -3, -2,-12, 19, 20, -4, -6,-20,-22,-11, 13;
/M: SY='K'; M=-13, -6,-29, -8,  2,-18,-21, -7,-24, 35,-21, -4, -3,-15,  6, 34,-11,-10,-16,-18, -7,  3;
/M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-23,-22, 38,-30, 14,  0,-13,  2,  0,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 27, 72,-22;
/M: SY='E'; M= -3,  8,-22,  4, 14,-24,-13, -3,-21,  6,-21,-13, 11,-10, 12,  5,  7,  4,-20,-29,-16, 13;
/M: SY='A'; M= 11, -6,-19, -9,  1,-19,-13,-10,-16,  7,-16, -9, -5,-12,  2,  2,  3,  0, -8,-20, -9,  1;
/M: SY='Y'; M=-13,-14,-18,-14, -5,  0,-26, -5,-10,  5, -2, -2,-14,-22, -6,  0,-16,-10,-10, -8, 16, -6;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10,  0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='Q'; M= -7, -4,-26, -7,  6,-23,-19,  3,-14,  4,-10, -1, -2,-16, 28, 10, -5, -8,-20,-19, -5, 16;
/M: SY='P'; M= -1,-13,-26,-14, -6,-19,-19,-10, -9,  1,-14, -4,-11, 12, -6, -3, -6, -4, -8,-25,-14, -8;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-35,-25,  4,-35,-24, 36,-28, 32, 23,-24,-24,-18,-25,-24,-10, 21,-20,  0,-25;
/M: SY='L'; M=-10,-13,-22,-13, -6, -6,-25,-13,  6,-15, 16,  6,-13,-22, -8,-10,-16, -8,  3,-25, -7, -7;
/M: SY='D'; M= -7, 11,-25, 17, 16,-28,-15, -4,-24,  5,-18,-14,  3,-10, 10,  2,  2, -2,-20,-29,-15, 13;
/M: SY='A'; M= 10, -7, -9, -8,  9,-21,-14,-12,-19,  2,-14,-12, -7,-13, -1,  3,  0, -6,-10,-26,-18,  3;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-23,-30,-20,  3,-30,-18, 23,-21, 33, 26,-24,-25,-14,-17,-25,-10, 12,-20, -1,-18;
/M: SY='E'; M=-13, 10,-29, 13, 28,-28,-12, 15,-29,  6,-22,-15, 10,-10, 15,  7, -1,-11,-29,-29,-13, 20;
/M: SY='Q'; M=  5,  2,-22, -3,  8,-23,-12, -5,-15,  2,-17,-10,  7,-12,  9,  3,  4, -4,-15,-26,-16,  7;
/M: SY='R'; M=-11,-12,-16,-13, -5,-17,-23,-12,-14, 16, -9, -4, -8,-19, -2, 22,-11, -8, -8,-24,-10, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 43 in 43 different sequences
Number of true positive hits 43 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SARAH
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
43 sequences

CST1_CAEBR  (A8XJW8), CST1_CAEEL  (Q9NB31), HIPPO_DROME (Q8T0S6), 
RASF1_HUMAN (Q9NS23), RASF1_MOUSE (Q99MK9), RASF2_HUMAN (P50749), 
RASF2_MOUSE (Q8BMS9), RASF2_RAT   (Q3B7D5), RASF3_HUMAN (Q86WH2), 
RASF3_MOUSE (Q99P51), RASF4_HUMAN (Q9H2L5), RASF4_MOUSE (Q8CB96), 
RASF4_RAT   (Q566C5), RASF5_HUMAN (Q8WWW0), RASF5_MOUSE (Q5EBH1), 
RASF5_RAT   (O35141), RASF6_HUMAN (Q6ZTQ3), RASF6_MOUSE (Q80UQ2), 
RASF6_RAT   (Q4QR82), SAV1_HUMAN  (Q9H4B6), SAV1_MOUSE  (Q8VEB2), 
SAV1_RAT    (A4V8B4), SAV_DROME   (Q9VCR6), STK3_DANRE  (Q7ZUQ3), 
STK3_HUMAN  (Q13188), STK3_MOUSE  (Q9JI10), STK3_RAT    (O54748), 
STK3_XENLA  (Q6IP06), STK4_AOTNA  (A4K2W5), STK4_BOVIN  (Q5E9L6), 
STK4_CHICK  (Q5ZJK4), STK4_CHLAE  (A4K2Y1), STK4_COLGU  (A4K2P5), 
STK4_DICDI  (O61125), STK4_HUMAN  (Q13043), STK4_LEMCA  (A4K2S1), 
STK4_MACMU  (A4K2T0), STK4_MOUSE  (Q9JI11), STK4_OTOGA  (A4K2Q5), 
STK4_PAPAN  (A4K2M3), STK4_SQUAC  (Q802A6), STK4_XENLA  (Q6PA14), 
STK4_XENTR  (Q6P3Q4)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission