Entry: PS50951

General information about the entry

Entry name [info] SARAH
Accession [info] PS50951
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50951
Associated ProRule [info] PRU00310

Name and characterization of the entry

Description [info] SARAH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3695838; R2=0.0147013; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2269.88933; R2=15.79842; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=452; N_SCORE=9.0; H_SCORE=8321; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=281; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6709; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M=-10,-20,-21,-21,-14, 12,-29,-18, 12,-19, 10,  4,-20,-24,-20,-18,-15, -7, 14,-16,  5,-17;
/M: SY='A'; M=  8,-11,-20,-11,  0,-13,-13,-17, -2,-13,  3, -3,-13,-16, -9,-16, -6, -6,  1,-24,-14, -5;
/M: SY='Q'; M=-13, -5,-26, -7, 10, -2,-22, -3,-15,  0,-10, -5, -3,-15, 14,  0, -7, -9,-19,-15, -2, 13;
/M: SY='W'; M=-17,-32,-34,-33,-25, 24,-26,-15, -3,-22,  7, -3,-30,-30,-21,-18,-30,-18,-11, 61, 33,-21;
/M: SY='D'; M=-13,  7,-29, 10,  7,-22,-21, -9,-11,  4,-11, -8,  2,-14,  0,  0, -8, -9,-12,-28,-12,  2;
/M: SY='N'; M=  5,  1,-18, -8, -7,-10,-10, -8, -9, -4, -7, -4,  8,-18, -6, -6,  0, -3,-10,-25,-11, -7;
/M: SY='F'; M=-17,-31,-23,-38,-28, 56,-30,-21,  6,-29, 16,  4,-23,-29,-33,-21,-23,-12,  2, 13, 22,-27;
/M: SY='S'; M= -3,  8,-19,  7, 12,-23,-12,  3,-22, -3,-22,-15,  9,-10,  8, -5, 17, 12,-18,-34,-14,  9;
/M: SY='L'; M=-12,-28,-20,-34,-25, 25,-29,-18, 19,-25, 27, 22,-24,-27,-22,-19,-23, -9, 13,-13,  7,-23;
/M: SY='P'; M= -5, -2,-32,  6, 14,-30,-15,-13,-24, -5,-26,-20, -7, 42, -2,-14, -1, -7,-26,-31,-25,  4;
/M: SY='E'; M=-11,  9,-27, 19, 30,-26,-20, -5,-19,  1,-13,-14, -2, -9,  9, -6, -4, -9,-16,-31,-16, 19;
/M: SY='L'; M=-10,-29, -9,-30,-21,  8,-30,-21, 16,-30, 45, 17,-29,-31,-21,-21,-28,-10,  8,-22, -2,-21;
/M: SY='E'; M=-12, 10,-28, 12, 18,-28,-19,  5,-21,  6,-19,-11,  6,-11, 18,  5, -1, -6,-22,-28,-12, 17;
/M: SY='N'; M=  0,  7,-20,  1,  2,-21, -4, -4,-20,  2,-22,-11, 14,-13,  4,  2, 11,  4,-17,-30,-17,  3;
/M: SY='F'; M=-18,-23,-26,-29,-21, 34,-29,-10,  0,-11,  2,  1,-15,-26,-19,  3,-17,-10, -2,  1, 23,-21;
/M: SY='L'; M=-10,-17,-23,-16, -7, -5,-27,-15,  8,-15, 23,  9,-19,-23, -8,-12,-20, -9,  3,-23, -5, -8;
/M: SY='E'; M= -9, -4,-17, -3, 10,-22,-13,  1,-23,  1,-15,-10, -2,-14,  9,  7, -1, -3,-20,-27,-13,  8;
/M: SY='M'; M= -2,-13,-23,-19,-11,-12,-20,-12,  3, -1, -1,  8, -7,-17, -5,  2, -8, -6,  1,-23, -8,-10;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-30,-21, 10,-30,-16, 20,-27, 42, 21,-28,-29,-18,-19,-28,-10, 10,-16,  6,-20;
/M: SY='D'; M=-13, 19,-27, 25, 10,-30,-10, -3,-25,  7,-22,-12,  9,-13,  7, -1, -3, -9,-20,-31,-16,  9;
/M: SY='E'; M=-10, -5,-28, -3, 13,-23,-19,  0,-20, 10,-16, -6, -5,  1, 10, 10, -6, -8,-20,-25,-12, 10;
/M: SY='E'; M=-10, -3,-26,  2, 32,-17,-22, -4,-12, -1,  1, -1, -9, -9,  9, -6, -9,-10,-16,-26,-13, 20;
/M: SY='E'; M=-12, -9,-25, -9, 14,  1,-23, -3, -7, -6,  2,  8,-12,-14,  1, -8,-12,-10,-11,-16,  1,  8;
/M: SY='E'; M= -7,  7,-28, 12, 28,-28,-17, -4,-25, 17,-20,-10,  0, -7, 13,  5, -4, -9,-22,-26,-15, 20;
/M: SY='R'; M=-14, -1,-29,  2, 18,-28,-20,  1,-25, 17,-17, -9, -1,-13, 23, 27, -6,-10,-23,-23,-12, 19;
/M: SY='E'; M=-11,  7,-30, 14, 47,-26,-21,  8,-28, 10,-19,-16, -1, -4, 19,  2, -2,-11,-28,-25,-10, 32;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-21,-34,-27,  3,-33,-25, 35,-26, 25, 20,-25,-25,-21,-23,-20, -7, 28,-23, -3,-26;
/M: SY='E'; M= -8, -6,-27, -5, 14,-12,-16, -1,-18,  0,-13, -8, -4,-13,  8,  3, -5,-10,-18,-20, -8, 10;
/M: SY='Q'; M=-10,  5,-28,  8, 21,-31,-18, -1,-26, 17,-23,-11,  2, -9, 25, 13,  1, -4,-24,-25,-13, 23;
/M: SY='I'; M= -9,-28,-25,-34,-25,  4,-35,-25, 34,-29, 31, 18,-23,-24,-19,-25,-22, -6, 20,-21, -1,-25;
/M: SY='R'; M= -7,-11,-21,-14, -7,-15,-23,-11, -2,  3, -5,  3, -9,-20,  2,  6, -7, -2,  4,-25, -9, -3;
/M: SY='R'; M=-10, -3,-28, -4,  9,-27,-14, -3,-23, 19,-19, -3, -2,-12, 19, 20, -4, -6,-20,-22,-11, 13;
/M: SY='K'; M=-13, -6,-29, -8,  2,-18,-21, -7,-24, 35,-21, -4, -3,-15,  6, 34,-11,-10,-16,-18, -7,  3;
/M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-23,-22, 38,-30, 14,  0,-13,  2,  0,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 27, 72,-22;
/M: SY='E'; M= -3,  8,-22,  4, 14,-24,-13, -3,-21,  6,-21,-13, 11,-10, 12,  5,  7,  4,-20,-29,-16, 13;
/M: SY='A'; M= 11, -6,-19, -9,  1,-19,-13,-10,-16,  7,-16, -9, -5,-12,  2,  2,  3,  0, -8,-20, -9,  1;
/M: SY='Y'; M=-13,-14,-18,-14, -5,  0,-26, -5,-10,  5, -2, -2,-14,-22, -6,  0,-16,-10,-10, -8, 16, -6;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10,  0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='Q'; M= -7, -4,-26, -7,  6,-23,-19,  3,-14,  4,-10, -1, -2,-16, 28, 10, -5, -8,-20,-19, -5, 16;
/M: SY='P'; M= -1,-13,-26,-14, -6,-19,-19,-10, -9,  1,-14, -4,-11, 12, -6, -3, -6, -4, -8,-25,-14, -8;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-35,-25,  4,-35,-24, 36,-28, 32, 23,-24,-24,-18,-25,-24,-10, 21,-20,  0,-25;
/M: SY='L'; M=-10,-13,-22,-13, -6, -6,-25,-13,  6,-15, 16,  6,-13,-22, -8,-10,-16, -8,  3,-25, -7, -7;
/M: SY='D'; M= -7, 11,-25, 17, 16,-28,-15, -4,-24,  5,-18,-14,  3,-10, 10,  2,  2, -2,-20,-29,-15, 13;
/M: SY='A'; M= 10, -7, -9, -8,  9,-21,-14,-12,-19,  2,-14,-12, -7,-13, -1,  3,  0, -6,-10,-26,-18,  3;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-23,-30,-20,  3,-30,-18, 23,-21, 33, 26,-24,-25,-14,-17,-25,-10, 12,-20, -1,-18;
/M: SY='E'; M=-13, 10,-29, 13, 28,-28,-12, 15,-29,  6,-22,-15, 10,-10, 15,  7, -1,-11,-29,-29,-13, 20;
/M: SY='Q'; M=  5,  2,-22, -3,  8,-23,-12, -5,-15,  2,-17,-10,  7,-12,  9,  3,  4, -4,-15,-26,-16,  7;
/M: SY='R'; M=-11,-12,-16,-13, -5,-17,-23,-12,-14, 16, -9, -4, -8,-19, -2, 22,-11, -8, -8,-24,-10, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 43 in 43 different sequences
Number of true positive hits 43 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SARAH
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
43 sequences

CST1_CAEBR  (A8XJW8), CST1_CAEEL  (Q9NB31), HIPPO_DROME (Q8T0S6), 
RASF1_HUMAN (Q9NS23), RASF1_MOUSE (Q99MK9), RASF2_HUMAN (P50749), 
RASF2_MOUSE (Q8BMS9), RASF2_RAT   (Q3B7D5), RASF3_HUMAN (Q86WH2), 
RASF3_MOUSE (Q99P51), RASF4_HUMAN (Q9H2L5), RASF4_MOUSE (Q8CB96), 
RASF4_RAT   (Q566C5), RASF5_HUMAN (Q8WWW0), RASF5_MOUSE (Q5EBH1), 
RASF5_RAT   (O35141), RASF6_HUMAN (Q6ZTQ3), RASF6_MOUSE (Q80UQ2), 
RASF6_RAT   (Q4QR82), SAV1_HUMAN  (Q9H4B6), SAV1_MOUSE  (Q8VEB2), 
SAV1_RAT    (A4V8B4), SAV_DROME   (Q9VCR6), STK3_DANRE  (Q7ZUQ3), 
STK3_HUMAN  (Q13188), STK3_MOUSE  (Q9JI10), STK3_RAT    (O54748), 
STK3_XENLA  (Q6IP06), STK4_AOTNA  (A4K2W5), STK4_BOVIN  (Q5E9L6), 
STK4_CHICK  (Q5ZJK4), STK4_CHLAE  (A4K2Y1), STK4_COLGU  (A4K2P5), 
STK4_DICDI  (O61125), STK4_HUMAN  (Q13043), STK4_LEMCA  (A4K2S1), 
STK4_MACMU  (A4K2T0), STK4_MOUSE  (Q9JI11), STK4_OTOGA  (A4K2Q5), 
STK4_PAPAN  (A4K2M3), STK4_SQUAC  (Q802A6), STK4_XENLA  (Q6PA14), 
STK4_XENTR  (Q6P3Q4)
» More

PDB
[Detailed view]
8 PDB

2JO8; 2YMY; 4HKD; 4L0N; 4LGD; 4NR2; 4OH8; 4OH9

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission