PROSITE entry PS50961

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HTH_LA
Accession [info]	PS50961
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2004 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50961
Associated ProRule [info]	PRU00332

Name and characterization of the entry

Description [info]

La-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=91;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=86;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8120127; R2=0.0159223; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5747.9912109; R2=6.5552325; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=389; H_SCORE=8298; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=232; H_SCORE=7269; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M= -4, -1,-22, -2, -2,-17,-12, -5,-13, -4,-16, -8,  2, -8, -3, -4,  4,  2,-10,-28,-11, -4;
/M: SY='P';  M= -7,-10,-28, -8,  0,-16,-16,-13,-11, -4,-13, -8, -8,  9, -2, -9, -6, -8,-14,-24,-14, -2;
/M: SY='P';  M= -6, -6,-24, -4,  0,-11,-16,-12,-15, -8,-12,-11, -7,  2, -6, -8,  0, -1,-13,-25,-11, -4;
/M:         M= -8, -8,-23, -7, -4,-12,-20, -9, -6, -7, -9, -4, -7, -6, -3, -8, -3, -3, -5,-25, -8, -5;
/M: SY='D';  M= -6,  8,-19, 13,  9,-22,-12, -9,-23, -4,-17,-16,  2,-10,  0, -7,  5,  1,-17,-31,-16,  4;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-27, 13, 17,-23,-18, -3,-20,  2,-15,-12,  1, -6,  3, -3, -5, -9,-18,-28,-14,  9;
/M: SY='L';  M=  0,-11,-18,-12, -8, -9,-19,-14,  1,-14,  8,  2,-11,-19, -7,-13, -4,  0,  1,-26,-10, -7;
/M: SY='E';  M= -8, -9,-29, -9,  2,-15,-22,-11,-10,  2,-10, -6, -9, -7,  1,  2,-10,-10,-11,-13, -7,  0;
/M: SY='Q';  M= -3,  4,-25,  2,  5,-23,-15,  1,-15, -1,-14, -8,  5, -7,  7, -4, -2, -6,-16,-28,-13,  5;
/M: SY='K';  M= -9,  0,-26, -1,  3,-18,-19, -9,-16, 12,-17, -8,  1,-10,  0,  8, -5, -5,-13,-24, -9,  1;
/M: SY='I';  M= -9,-27,-22,-34,-25, -1,-35,-26, 35,-27, 21, 16,-21,-23,-17,-25,-18, -8, 23,-22, -3,-24;
/M: SY='V';  M= -4,-14,-15,-18,-12, -9,-19,-15, -2, -5,  0,  0,-10,-22, -8, -1,-10, -6,  1,-23, -9,-11;
/M: SY='K';  M= -6,  6,-23,  1,  4,-22,-11, -3,-22, 13,-23,-11, 12,-13,  3, 12,  4,  2,-18,-28,-14,  3;
/M: SY='Q';  M= -8,  4,-28,  2, 16,-37,-17,  8,-21,  9,-21, -3,  4,-11, 48, 10,  1, -9,-28,-22,-11, 32;
/M: SY='V';  M= -3,-27,-18,-30,-26,  2,-30,-23, 28,-22, 16, 13,-24,-26,-22,-21,-14, -4, 29,-21,  0,-25;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-29, 18, 52,-30,-20, -1,-29, 11,-20,-19,  1, -2, 20,  1,  0, -8,-28,-29,-19, 36;
/M: SY='Y';  M=-19,-20,-26,-25,-21, 42,-28,  2, -1,-17,  2, -1,-15,-24,-21,-14,-18, -9, -8, 14, 47,-22;
/M: SY='Y';  M=-18,-16,-30,-16,-13, 21,-28, 12, -2,-10, -2, -2,-17,-26, -7,-10,-18,-11,-11, 21, 59,-13;
/M: SY='F';  M=-17,-28,-21,-36,-27, 66,-29,-17, -1,-27,  8, -1,-20,-24,-35,-19,-19,-10, -2,  8, 28,-27;
/M: SY='S';  M=  6, -5,-15, -6, -6,-19,  5,-14,-15,-14,-24,-15,  5,-13, -5,-14, 27, 12, -8,-35,-19, -6;
/M: SY='D';  M=-15, 30,-27, 42, 15,-31,-14,  1,-29, -1,-22,-21, 12,-12,  0, -5, -1, -7,-22,-35,-16,  7;
/M: SY='E';  M=  0,  0,-21, -1,  9,-15,-15, -6,-10, -6, -9, -4, -2,-12, -1,-10,  2, -3, -9,-27,-12,  4;
/M: SY='N';  M=-10, 29,-21, 13, -2,-15, -4,  6,-20,  0,-27,-18, 47,-16, -2,  3,  7, -1,-27,-36,-17, -2;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-32,-22, 13,-31,-21, 22,-30, 43, 18,-28,-29,-22,-21,-28,-10, 12,-18,  2,-22;
/M: SY='P';  M= -3, -7, -6, -7, -2,-20,-17,-11,-19, -9,-20,-15, -7, 12, -6,-13,  2,  2,-16,-30,-16, -6;
/M: SY='R';  M= -7, -1,-21, -6, -4,-16,-18,  1,-17,  8,-17, -8,  4,-16, -1, 14,  2,  8,-10,-26, -6, -4;
/M: SY='D';  M=-18, 47,-28, 62, 17,-37, -9,  0,-37,  0,-29,-28, 24,-11,  0, -9,  2, -7,-29,-40,-20,  8;
/M: SY='K';  M= -8,  1,-25, -2,  3,-18,-16, -1,-17, 10,-18, -7,  4,-14,  1,  7, -2, -2,-14,-25, -9,  1;
/M: SY='F';  M=-18,-25,-23,-31,-24, 57,-28, -6, -4,-24,  3, -2,-17,-22,-29,-17,-17, -9, -5,  7, 32,-24;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-29,-20,  8,-29,-20, 19,-28, 44, 20,-27,-28,-19,-19,-26, -6, 10,-21, -1,-19;
/M: SY='R';  M=-15,-11,-29,-12, -4,-17,-15, -6,-21, 17,-15, -6, -4,-19,  4, 36,-11,-10,-17,-11, -8, -3;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-21,  2,  7,-25, -5, -6,-28, 11,-25,-16,  7,-14,  4, 15,  4, -3,-21,-28,-17,  4;
/M: SY='H';  M=-11, -5,-26, -6,  5,-14,-22, 15,-17,  1,-10, -3, -3,-15, 12,  1, -6, -5,-18,-20,  2,  8;
/M: SY='M';  M= -7,-24,-19,-31,-23,  8,-26,-15, 21,-19, 17, 29,-21,-23,-15,-17,-16, -5, 18,-20,  0,-19;
/M: SY='D';  M=-11, 16,-22, 20, 14,-27,-10, -4,-28,  4,-21,-17,  9,-13,  3,  1, -1, -7,-23,-31,-17,  8;
/M: SY='K';  M= -5,  6,-26,  8, 12,-28, -9, -7,-27, 17,-23,-14,  3,-11,  6,  9, -2, -8,-21,-26,-15,  9;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='B';  M=  0, 11,-12, 11,  5,-15, -4, -3,-13, -2,-14,-11, 10, -7, -1, -5,  7,  0,-10,-21,-12,  2; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='D';  M=-12, 22,-20, 32, 26,-32,-14,  2,-32,  2,-25,-22, 10, -9,  9, -5,  3, -7,-27,-35,-18, 18;
/M: SY='G';  M= -2, -9,-29, -9,-15,-28, 48,-17,-32,-14,-27,-16, -1,-16,-13,-15, -1,-17,-24,-22,-26,-14;
/M: SY='W';  M=-17,-27,-34,-28,-21, 20,-24,-12,-10,-16, -8, -9,-25,-16,-18,-13,-22,-15,-16, 51, 30,-19;
/M: SY='V';  M= -1,-29,-13,-31,-29,  0,-30,-29, 30,-22, 14, 11,-28,-28,-28,-21,-12, -2, 43,-28, -8,-29;
/M: SY='P';  M= -8,-13,-34, -6,  2,-25,-17,-12,-21,-10,-28,-19,-12, 61, -7,-17, -2, -6,-26,-31,-24, -6;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-23,-33,-25,  4,-33,-24, 32,-28, 32, 20,-25,-25,-20,-23,-23, -8, 21,-21, -1,-24;
/M: SY='S';  M= -1,  3,-21,  5, 10,-23,-11, -3,-23,  3,-24,-16,  5, -6,  4,  1, 13,  4,-18,-30,-14,  6;
/M: SY='V';  M= -5,-20, -7,-25,-21,  1,-28,-22, 11,-19, 11,  4,-19,-24,-20,-17, -8,  8, 17,-25, -4,-21;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-23,-35,-27,  5,-34,-25, 36,-27, 25, 21,-24,-24,-21,-24,-21, -8, 26,-21, -1,-26;
/M: SY='A';  M= 23,-14, -1,-20,-14,-14, -8,-21, -6,-16, -4, -6,-12,-17,-14,-20,  5,  1,  2,-26,-17,-14;
/M: SY='S';  M=  1,  1,-18, -2, -3,-21,  0,-11,-21,  0,-24,-13,  6,-12, -3, -3, 17, 11,-13,-31,-17, -3;
/M: SY='F';  M=-19,-29,-20,-39,-29, 77,-30,-20,  0,-29,  9,  0,-19,-29,-39,-20,-18, -8,  0,  8, 28,-29;
/M: SY='N';  M=-11, 16,-25,  9,  3,-22,-11,  5,-24, 16,-27,-15, 23,-13,  3, 11,  0, -5,-24,-28, -9,  2;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-29, -8,  3,-23,-19, -5,-27, 32,-21, -9, -1,-16,  9, 48, -9, -9,-18,-20,-10,  3;
/M: SY='M';  M= -8,-24,-21,-28,-19, -1,-28,-17, 24,-15, 18, 27,-22,-22,-13,-15,-18, -8, 20,-23, -4,-17;
/M: SY='K';  M= -2, -7,-24,-11, -3,-15,-18,-10,-14, 15,-15, -5, -3,-15,  2, 14, -6, -7, -9,-20, -9, -1;
/M: SY='K';  M=  0,  0,-22, -5,  2,-20,-14, -6,-13,  7,-17, -7,  6,-13,  1,  3,  3, -2,-11,-27,-13,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-20,-29,-21, 12,-27,-13, 17,-24, 30, 21,-23,-26,-17,-18,-21, -8, 10,-18,  4,-19;
/M: SY='T';  M= -1, -6,-14,-11, -8,-12,-17,-15, -8, -9, -9, -7, -2,-14, -4, -5, 14, 25, -2,-30,-11, -6;
/M: SY='T';  M= -7,  0,-15, -4, -4,-17,-13,-12,-17,  1,-16,-10,  2, -7, -5, -2,  1,  6,-14,-28,-14, -5;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='D';  M=-13, 27,-25, 35,  9,-27, -6,  1,-26, -1,-21,-19, 15,-13, -2, -7, -2, -8,-21,-32,-15,  4; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='I';  M= -8,-21,-12,-26,-22,  0,-26,-15, 12,-21,  7,  7,-17,-21,-19,-19,-13, -4, 12,-19, -1,-22;
/M: SY='Q';  M= -7, 10,-24,  9, 14,-27,-13,  3,-21,  5,-22,-12, 12,-12, 15,  2,  6, -3,-22,-30,-14, 14;
/M: SY='L';  M= -6,-13,-22,-16, -6, -1,-22, -6, -2,-10,  7,  2,-10,-21, -4, -7,-12, -7, -5,-18,  0, -5;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-23,-33,-26,  0,-33,-27, 33,-25, 13, 12,-21,-18,-21,-25,-13, -5, 28,-23, -4,-26;
/M: SY='V';  M=  9,-22, -9,-27,-21, -3,-22,-20, 13,-19,  9,  7,-20,-23,-19,-20, -8, -2, 20,-24, -9,-21;
/M: SY='E';  M=  3,  1,-19,  2, 22,-22,-15, -6,-20,  3,-13,-13, -1,-10,  6, -3, -1, -7,-18,-26,-15, 14;
/M: SY='A';  M= 31, -9, -6,-18,-12,-16, -6,-18, -6,-12, -8, -6, -7,-15,-11,-18,  7,  1,  2,-25,-18,-12;
/M: SY='L';  M= -6,-28,-15,-31,-22,  8,-29,-21, 20,-27, 36, 17,-27,-28,-21,-21,-24, -9, 14,-20, -2,-22;
/M: SY='R';  M= -6, -4,-27, -4,  7,-25,-14, -6,-25, 21,-22,-11,  0, -9,  9, 25, -3, -7,-19,-23,-14,  6;
/M: SY='N';  M= -6, 12,-23,  9, 12,-23, -7, -3,-25,  7,-25,-17, 16, -9,  4,  3,  7, -1,-22,-31,-17,  8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='S';  M=  7, -2,-16, -3,  0,-22,  0,-11,-21, -8,-27,-18,  5, -3,  0,-10, 27, 13,-13,-35,-20,  0;
/M: SY='E';  M= -1,  6,-23,  6,  7,-23, -9, -8,-18, -3,-21,-15,  7, -4,  0, -6,  7,  1,-17,-31,-18,  3;
/M: SY='Y';  M= -7,-13,-21,-16,-12,  1,-23, -5,  1, -9,  1,  1, -9,-21,-11, -9, -8, -4,  2,-19,  4,-12;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-19,-28,-23,  6,-29,-22, 24,-25, 27, 15,-22,-28,-22,-20,-20, -7, 21,-23, -3,-23;
/M: SY='E';  M=-10,  2,-26,  7, 24,-21,-20, -6,-19,  8,-16,-12, -2,-11,  6,  6, -3, -7,-13,-27,-14, 15;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-18,-33,-28,  2,-33,-28, 34,-25, 21, 15,-27,-27,-25,-23,-17, -5, 37,-25, -5,-28;
/M: SY='S';  M=  2,  9,-19,  8,  3,-25, -5, -6,-20, -5,-24,-16, 11, -8,  6, -8, 16,  6,-16,-33,-18,  4;
/M: SY='E';  M= -7,  4,-28,  9, 23,-26, -5, -7,-23, -1,-16,-13, -1, -4,  4, -7, -4,-11,-22,-27,-19, 13;
/M: SY='D';  M=-13, 24,-28, 32, 15,-30, -5,  2,-32,  2,-24,-21, 14,-12,  1, -3, -1, -8,-26,-33,-17,  8;
/M: SY='G';  M= -7, -4,-25, -7, -4,-15,  6,-11,-20, -1,-17, -7,  1,-17, -6, -2, -3, -7,-16,-22,-14, -5;
/M: SY='L';  M= -8,-10,-20,-11, -4,-10,-20,-13, -3, -7,  1,  1,-10,-18, -2, -8, -8, -3, -5,-24, -8, -3;
/M: SY='R';  M= -6,  0,-25, -2,  6,-23,-15, -5,-24, 22,-23,-10,  5,-13,  8, 25,  0, -3,-18,-25,-13,  6;
/M: SY='V';  M= -7,-18,-22,-21,-14, -9,-23,-18,  9, -7,  3,  7,-14,-19,-12, -4,-12, -7, 12,-24, -9,-15;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-27, -9, -2,-19,-14, -5,-23, 20,-16, -7,  1,-19,  4, 40, -8, -7,-17,-22,-11, -2;
/M: SY='R';  M=-12, -1,-27,  2,  5,-23,-15, -5,-25, 13,-20,-13,  0,-13,  5, 31, -3, -7,-16,-26,-14,  2;
/M: SY='K';  M=-10,  3,-27,  2,  2,-23,-13, -6,-18, 13,-20, -9,  6,-14,  1, 10, -3, -7,-15,-27,-12,  0;
/M: SY='K';  M=-11, -3,-30, -2, -3,-18,-19,-14,-17,  2,-19,-13, -5, -6, -5, -1, -7, -3,-15, -1, -7, -4;
/M: SY='P';  M= -7, -1,-29,  1, 12,-28,-17, -8,-21,  8,-24,-12, -2, 17,  8, -1, -1, -6,-22,-28,-19,  9;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='R';  M=-12, -9,-25,-11, -5, -2,-22, -8, -8,  0, -5, -4, -5,-20, -6,  4,-10, -7, -8,-13,  2, -7;
/M: SY='P';  M= -8,-13,-27,-11, -7,-17,-18,-17,-18, -7,-22,-16,-13, 18, -9,-10, -6, -4,-19,  0,-10, -9;
/M: SY='L';  M= -7,-10,-23, -9, -3,-10,-21,-14,  0, -9,  4, -1,-12,-14, -9,-12,-11, -7,  0,-24, -8, -7;
/M: SY='P';  M= -7, -5,-26, -3,  1,-18,-19,-12,-10, -6,-10, -7, -7,  3, -3, -6, -3, -3,-11,-26,-12, -3;
/M: SY='T';  M=  0, -1,-22, -3,  4,-16,-16,-12,-13, -5,-11,-11, -2, -4, -4, -5,  2,  5,-11,-27,-14, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	43 in 43 different sequences
Number of true positive hits	43 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH La-type RNA-binding
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

43 sequences

HEN1_ARATH  (Q9C5Q8), LA1_ARATH   (Q93ZV7), LA2_ARATH   (Q0V7U7),

LAA_XENLA   (P28048), LAB_XENLA   (P28049), LAH1_SCHPO  (P87058), 
LAR1B_HUMAN (Q659C4), LAR4B_HUMAN (Q92615), LAR4B_MOUSE (Q6A0A2), 
LAR4_DROME  (Q9I7T7), LARP1_CAEEL (D5MCN2), LARP1_CRYNH (J9VT60), 
LARP1_HUMAN (Q6PKG0), LARP1_MOUSE (Q6ZQ58), LARP4_HUMAN (Q71RC2), 
LARP4_MOUSE (Q8BWW4), LARP6_HUMAN (Q9BRS8), LARP6_MOUSE (Q8BN59), 
LARP7_DANRE (Q7ZWE3), LARP7_EUPAE (Q9GSF8), LARP7_HUMAN (Q4G0J3), 
LARP7_MACFA (Q4R627), LARP7_MOUSE (Q05CL8), LARP7_RAT   (Q5XI01), 
LARP7_TETTS (W7X6T2), LARP7_XENTR (Q28G87), LARP_DROME  (Q9VAW5), 
LA_AEDAL(Q26457), LA_BOVIN(P10881), LA_DROME(P40796), 
LA_HUMAN(P05455), LA_MOUSE(P32067), LA_RAT  (P38656), 
LHP1_YEAST  (P33399), LRP1A_ARATH (Q940X9), LRP1B_ARATH (Q8RWR2), 
LRP1C_ARATH (Q94K80), LRP6A_ARATH (Q94A38), LRP6B_ARATH (O80567), 
LRP6C_ARATH (Q9LHL3), SLF1_YEAST  (Q12034), SRO9_YEAST  (P25567), 
YLA3_SCHPO  (Q9P6K0)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

24 PDB

1S7A; 1YTY; 1ZH5; 2CQK; 2MTF; 2VOD; 2VON; 2VOO; 2VOP; 3HTX; 4WKR; 6D6V; 6I9B; 7LMA; 7LMB; 7SLP; 7SLQ; 7SOW; 7UY5; 7UY6; 8EY6; 8EY7; 8EY8; 8GAP
» more