To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50967

General information about the entry

Entry name [info] HRDC
Accession [info] PS50967
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-MAR-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50967
Associated ProRule [info] PRU00328

Name and characterization of the entry

Description [info] HRDC domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=81;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=76;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9155555; R2=0.0241654; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=252; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=149; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='B'; M= -7,  3,-22,  3,  1,-20,-12, -5,-17, -2,-16,-11,  3,-11, -1, -1,  2, -1,-13,-29,-13, -1;
/M: SY='P'; M= -7,  1,-26,  5,  9,-25,-14, -4,-21, -2,-22,-15,  1, 10,  2, -5,  1, -5,-21,-31,-18,  4;
/M: SY='Q'; M= -5, -6,-23, -7,  1,-15,-19, -3,-10, -2, -7, -2, -5,-13,  2,  1, -4, -3, -9,-24, -8,  0;
/M: SY='Q'; M= -7,  5,-22,  5,  8,-22,-15,  5,-18, -2,-15, -8,  3,-14, 11, -2, -2, -8,-19,-26, -9,  9;
/M: SY='Q'; M= -9, -8,-24, -8,  1,-14,-19, -8, -8, -5,  0,  0, -8,-12,  3, -1, -9, -6,-10,-24,-10,  1;
/M: SY='A'; M=  4,  0,-22, -1,  4,-22, -9, -9,-17,  0,-15, -9, -1,-10,  1, -2,  0, -4,-12,-25,-15,  2;
/M: SY='L'; M= -2,-25, -4,-28,-22,  0,-27,-22, 12,-22, 19,  8,-23,-27,-20,-17,-15, -5, 15,-24, -6,-22;
/M: SY='F'; M= -7,-24,-22,-28,-20, 21,-26,-13,  6,-20, 15,  5,-21,-26,-20,-14,-18, -8,  4, -2, 16,-20;
/M: SY='E'; M= -9, -1,-27,  1, 14,-24,-15, -4,-24, 14,-19,-11, -1,-12, 11, 14, -3, -7,-20,-21,-11, 11;
/M: SY='E'; M= -1, -2,-23, -2,  5,-18,-15, -2,-16,  3,-13, -8, -1,-13,  2,  4, -3, -7,-13,-25,-11,  2;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-31,-21, 22,-28, 42, 19,-28,-28,-20,-20,-27, -9, 13,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M= -9,-14,-20,-15, -8, -6,-21, -8,-13,  0, -7, -5,-12,-21, -5,  9,-12, -8,-10, -4,  1, -8;
/M: SY='E'; M=  0,  1,-21,  1,  8,-22,-16, -5,-18,  5,-15,-10, -1,-13,  5,  3, -1, -5,-14,-25,-12,  6;
/M: SY='W'; M=-10,-29,-32,-30,-21,  6,-23,-23, -3,-19,  5, -4,-29,-26,-17,-18,-26,-15, -9, 53, 12,-17;
/M: SY='R'; M=-17,-11,-23,-12, -2,-18,-20, -3,-28, 24,-19,-10, -2,-20,  6, 58, -9, -9,-18,-21,-10, -2;
/M: SY='D'; M=-10,  8,-26, 13, 13,-23,-18, -5,-22,  9,-16,-12,  0,-13,  4,  7, -4, -6,-17,-26,-11,  8;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-23,  0, 11,-20,-14, -5,-19,  6,-16,-10,  3,-13,  5,  6,  2, -1,-15,-27,-13,  8;
/M: SY='I'; M= -7,-18,-24,-20,-10, -5,-28,-15, 13,-15, 13,  9,-16,-20, -6,-13,-15, -7,  6,-21, -3,-10;
/M: SY='A'; M= 37,-10, -9,-18, -9,-17,  0,-18,-11,-11,-11, -8, -8,-12,-10,-18, 10,  1, -2,-22,-18, -9;
/M: SY='R'; M= -7, -1,-25, -1,  6,-23,-16, -4,-23, 14,-18,-10,  2,-14, 11, 26, -2, -4,-18,-24,-13,  6;
/M: SY='E'; M= -3,  1,-25,  1, 15,-24,-14, -6,-19,  9,-17,-10,  1,-10,  9,  7,  0, -5,-17,-26,-15, 11;
/M: SY='R'; M=-10, -4,-22, -4,  6,-14,-20,  0,-16,  3,-10, -6, -3,-17,  5, 11, -7, -8,-14,-22, -5,  3;
/M: SY='D'; M=-11, 27,-26, 32,  7,-30,  5, -4,-31, -4,-28,-23, 19,-13, -4, -9,  3, -8,-25,-35,-21,  1;
/M: SY='V'; M= -8,-15,-18,-15, -3,-11,-26,-13,  6,-10,  4,  4,-15,-17, -7,-10,-10, -6,  8,-27,-10, -6;
/M: SY='P'; M=  7,-10,-22, -9, -4,-20,-11,-14,-15,-10,-19,-12, -7, 21, -7,-14,  8,  3,-13,-30,-20, -7;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='P'; M= -5,-17,-28,-14, -7,-17,-20,-14,-10, -7,-13, -8,-15, 27, -9, -6, -8, -4,-12,-25,-15,-11;
/M: SY='Y'; M=-10, -6,-25, -8, -9,  0, -8,  7,-18, -5,-16, -9,  1,-20, -6,  0, -3, -6,-17,-10, 13, -9;
/M: SY='Y'; M= -8,-15,-21,-19,-13,  1,-22, -8, -2, -7, -6,  0,-11,-17, -8, -4, -7, -4, -1,-11,  5,-12;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-22,-35,-28,  5,-34,-27, 35,-25, 16, 15,-24,-22,-24,-24,-17, -6, 32,-21, -2,-28;
/M: SY='F'; M=-10,-27,-18,-33,-24, 30,-28,-18, 12,-25, 23, 15,-23,-25,-24,-19,-21, -9,  9,-11,  8,-23;
/M: SY='S'; M= -1, -3,-22, -4, -1,-23, -6, -5,-22, -3,-25,-15,  3,  6, -1, -4, 11,  6,-18,-31,-17, -2;
/M: SY='D'; M=-14, 32,-27, 36, 16,-30,-12,  0,-26,  1,-24,-21, 22,-12,  3, -5,  2, -5,-25,-36,-18,  9;
/M: SY='E'; M=  0,  2,-22,  1,  9,-24,-13,  2,-21,  4,-20,-11,  2,-10,  9,  0,  6,  1,-16,-28,-12,  8;
/M: SY='T'; M=  4, -7,-14,-14,-11,-13,-13,-13, -3,-11, -5,  0, -5,-16, -7,-12,  4, 11,  1,-27,-12, -9;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-32,-23,  8,-32,-21, 27,-28, 36, 21,-26,-26,-19,-22,-25, -9, 16,-19,  2,-22;
/M: SY='R'; M= -7,-12,-25,-14, -8,-11,-21,-12, -5,  1, -3,  0,-11,-19, -6,  4,-12, -9, -3,-16, -6, -8;
/M: SY='E'; M=  0,  7,-21, 11, 22,-27,-12, -6,-24,  3,-21,-17,  2, -7,  8, -3,  6, -2,-20,-30,-18, 15;
/M: SY='M'; M= -7,-26,-22,-33,-24,  4,-28,-17, 28,-22, 25, 30,-23,-23,-15,-20,-20, -9, 18,-20, -1,-20;
/M: SY='A'; M= 31,-13, -8,-20,-13,-15, -8,-20, -3,-14, -5, -6,-12,-15,-13,-19,  7,  1,  6,-25,-17,-13;
/M: SY='E'; M= -3, -1,-24, -2, 10,-21,-18, -8,-15,  7,-13, -8, -1,-12,  6,  7, -2, -2,-13,-25,-13,  7;
/M: SY='R'; M= -4, -7,-22,-10, -4,-12,-19, -7, -8,  2, -8, -3, -3,-17,  0,  3, -4, -3, -7,-21, -4, -3;
/M: SY='M'; M=-11,-15,-23,-18,-11, -5,-20,-10, -2, -7,  6,  8,-13,-20, -3, -2,-15, -8, -5,-11, -2, -7;
/M: SY='P'; M= -9,-19,-37,-10, -1,-28,-19,-19,-19,-10,-28,-19,-18, 80,-10,-19, -7, -7,-28,-30,-29,-10;
/M: SY='R'; M= -4, -3,-22, -5, -1,-19,-16, -9,-14,  5,-13, -6, -3,-12,  2,  7,  0,  4, -9,-26,-11, -1;
/M: SY='B'; M= -4, 16,-18, 14,  3,-22, -7, -6,-22, -4,-23,-18, 16,-12, -3, -6, 16, 14,-16,-35,-17,  0;
/M: SY='L'; M= -2,-13,-21,-14, -7, -8,-21,-15, -1, -8,  4,  2,-14,-11,-10, -9,-10, -4,  0,-23, -9, -9;
/M: SY='E'; M=  1,  7,-22,  8, 13,-26, -9, -6,-22,  2,-21,-15,  5,-10,  6, -4,  7, -1,-18,-29,-17,  9;
/M: SY='E'; M=  0, 10,-25, 13, 17,-29, -7, -6,-25,  4,-21,-16,  4, -9,  6, -3,  3, -6,-20,-28,-18, 12;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-17,-31,-23, 14,-27,-19, 18,-26, 33, 20,-26,-28,-21,-19,-24, -9, 12,-18,  1,-21;
/M:         M= -3,-10,-18,-12, -2,-12,-18,-11, -9, -1, -2, -3, -9,-18, -5, -1, -9, -7, -8,-20, -8, -4;
/M: SY='S'; M=  7,  2,-19, -2,  2,-22, -7, -8,-19,  4,-19,-11,  5,-12,  2,  2,  8,  3,-14,-27,-16,  2;
/M: SY='I'; M= -8,-25,-14,-31,-24, -1,-30,-23, 26,-25, 20, 15,-21,-25,-18,-23,-19, -9, 19,-24, -5,-23;
/M:         M= -9, -4,-15, -4, -5,-17,-14,-10,-16, -5,-15,-11, -2, -4, -5, -4, -3, -4,-15,-28,-13, -6;
/M: SY='G'; M= -5, -4,-27, -4,-11,-23, 25,-13,-24,-12,-19,-13,  1,-17,-12,-13, -1,-10,-19,-24,-19,-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='V'; M= -6,-20,-22,-21,-16, -2,-23,-20,  9,-15,  2,  5,-18, -8,-16,-16,-10, -5, 11,-20, -7,-17; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='G'; M= -3, -3,-21, -6, -9,-17, 14,-11,-18,-10,-15,-10,  3,-14,-10,-11,  2, -3,-14,-24,-17,-10; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -2, -2,-25,  0, 10,-24, -9, -5,-21,  0,-20,-13, -1,  2,  3, -3,  3, -3,-18,-28,-17,  5;
/M: SY='R'; M= -9, -2,-28,  0,  2,-21,-13, -2,-21,  4,-20,-12, -1, -5,  3,  7, -4, -8,-19,-19, -9,  1;
/M: SY='K'; M= -8, -5,-26, -8,  1,-13,-15, -8,-19, 16,-17, -7, -2,-15,  1, 11, -8, -8,-14,-18, -6,  0;
/M: SY='V'; M= -1,-23,-20,-26,-19, -1,-23,-20, 13,-17, 12,  6,-20,-22,-16,-13,-13, -5, 14,-19, -3,-19;
/M: SY='E'; M= -6,  4,-25,  4, 14,-24,-16, -3,-22, 10,-19,-13,  5,-12,  8, 11,  1, -4,-18,-28,-14, 10;
/M: SY='R'; M= -7, -4,-24, -5,  5,-24,-17,  2,-21, 15,-19, -6, -1,-14, 13, 19, -4, -7,-16,-24,-10,  7;
/M: SY='Y'; M=-16,-10,-26,-13,-12, 15,-24, 19, -8,-10, -5, -3, -6,-25, -6, -6,-12, -8,-14,  3, 40,-11;
/M: SY='G'; M=  1,-13,-25,-15,-19,-17, 35,-20,-22,-19,-16,-12, -5,-19,-19,-19, -2,-11,-15,-20,-19,-19;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-25,  7, 11,-24,-13, -2,-21,  3,-18,-12,  2, -4,  3,  0,  0, -4,-18,-28,-15,  6; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='E'; M= -9,  2,-25,  4,  7,-16,-15, -5,-19,  5,-13, -9, -2,-12,  1,  4, -5, -5,-16,-22, -7,  3; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F'; M=-13,-30,-24,-36,-27, 25,-32,-24, 21,-27, 17, 10,-23,-24,-25,-22,-21,-10, 14, -3,  9,-26;
/M: SY='L'; M= -7,-23,-21,-26,-18,  3,-26,-15, 15,-23, 25, 13,-21,-25,-16,-19,-20, -9,  8,-18, -1,-18;
/M: SY='E'; M=  3,  2,-23,  2, 10,-25,-11, -6,-21,  4,-19,-13,  0, -5,  7, -1,  3, -3,-18,-26,-15,  8;
/M: SY='V'; M=  1,-18,-14,-22,-13, -7,-24,-18, 11,-16,  9,  6,-16,-20,-13,-17, -8,  0, 12,-25, -9,-14;
/M: SY='I'; M= -8,-29,-17,-35,-28,  5,-34,-27, 33,-27, 19, 16,-23,-25,-23,-25,-18, -6, 28,-22, -2,-28;
/M: SY='R'; M= -3, -3,-22, -4,  4,-22,-15, -8,-18,  9,-16, -8, -2,-14,  6, 13, -1, -4,-13,-25,-14,  4;
/M: SY='D'; M= -6, 10,-23, 12,  8,-27,-13,  0,-26,  9,-23,-15,  7,-11,  8,  9,  2, -3,-21,-29,-14,  7;
/M: SY='Y'; M=  5,-15,-20,-19,-12,  6,-16, -4, -6,-13, -4, -5,-12,-18,-11,-14, -4, -3, -5, -8, 10,-12;
/M:         M= -3,-12,-15,-14, -7,-14,-15,-14,-10, -4, -7, -5, -9,-16, -6, -1, -6, -6, -7,-18,-10, -8;
/M: SY='E'; M= -3,  1,-25,  1,  6,-23,-10, -7,-20,  6,-19,-11,  0, -9,  4,  1, -1, -6,-16,-24,-13,  4;
/M: SY='E'; M= -5, -2,-24, -2,  8,-16,-12, -8,-15, -3,-12, -9, -2,-14,  1, -5, -1, -4,-13,-22,-10,  4;
/M:         M= -7, -6,-22, -7, -4,-14,-15, -8,-12, -5,-12, -8, -4, -2, -5, -8, -5, -4,-13,-23, -7, -6;
/M: SY='D'; M= -3,  4,-25,  6,  6,-24, -9, -8,-22,  1,-19,-15,  4, -1,  0, -1,  1, -4,-19,-29,-18,  2;
/M: SY='E'; M= -2, -4,-24, -5,  5,-16,-16, -9, -8, -8, -7, -7, -2, -7, -2,-10, -3, -4,-10,-27,-13,  0;
/M: SY='E'; M= -3, -1,-23, -2,  6,-17,-15, -6,-14,  0,-11, -5, -2, -9,  3, -4, -2, -2,-13,-24,-10,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 50 in 50 different sequences
Number of true positive hits 50 in 50 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 98.04 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HRDC
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
50 sequences

BLM_CAEEL   (O18017    ), BLM_CHICK   (Q9I920    ), BLM_DROME   (Q9VGI8    ), 
BLM_HUMAN   (P54132    ), BLM_MOUSE   (O88700    ), BLM_XENLA   (Q9DEY9    ), 
EXOSX_HUMAN (Q01780    ), EXOSX_MOUSE (P56960    ), HUS2_SCHPO  (Q09811    ), 
MED34_ARATH (Q9FT73    ), RECQ_BACSU  (O34748    ), RECQ_ECOLI  (P15043    ), 
RECQ_HAEIN  (P71359    ), RECQ_PASMU  (Q9CL21    ), RECQ_SALTY  (P40724    ), 
RND_ACICJ   (A5G127    ), RND_BARHE   (Q6G329    ), RND_CROTZ   (C9XUE4    ), 
RND_DESPS   (Q6AJF4    ), RND_DICP7   (C6C608    ), RND_ECOLI   (P09155    ), 
RND_GLUDA   (A9H9B7    ), RND_GRABC   (Q0BVP4    ), RND_HAEIN   (P44442    ), 
RND_JANSC   (Q28RA7    ), RND_METSB   (B8EN54    ), RND_NITHX   (Q1QLI8    ), 
RND_PARL1   (A7HYE5    ), RND_PSEA7   (A6V8R6    ), RND_PSYIN   (A1SVE6    ), 
RND_SERP5   (A8GFH0    ), RND_SHESA   (A0KXU5    ), RND_SPHJU   (D4Z694    ), 
RND_XANOR   (Q5GZ75    ), RND_ZYMMO   (Q5NPM2    ), RP6L1_ARATH (Q0WVE8    ), 
RP6L2_ARATH (A9LLI7    ), RQL4A_ARATH (Q8L840    ), RQL4B_ARATH (Q9FT70    ), 
RRP6_SCHPO  (Q10146    ), RRP6_YEAST  (Q12149    ), SGS1_YEAST  (P35187    ), 
UVRD2_MYCBO (P64321    ), UVRD2_MYCLE (P53528    ), UVRD2_MYCTO (P9WMP8    ), 
UVRD2_MYCTU (P9WMP9    ), WRN_CAEEL   (Q19546    ), WRN_HUMAN   (Q14191    ), 
WRN_MOUSE   (O09053    ), WRN_XENLA   (O93530    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

RP6L3_ARATH (A9LLI8    )

		
PDB
[Detailed view]
22 PDB

1D8B; 1WUD; 1YT3; 2CPR; 2DGZ; 2E1E; 2E1F; 2HBJ; 2HBK; 2HBL; 2HBM; 2KV2; 2RRD; 3SAF; 3SAG; 3SAH; 4CDG; 4CGZ; 4O3M; 4OO1; 5C0W; 5C0Y
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission