Entry: PS50987

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] HTH_ARSR_2
Accession [info] PS50987
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); FEB-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00661
Associated ProRule [info] PRU00340

Name and characterization of the entry

Description [info] ArsR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=95;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=90;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5284152; R2=0.0144047; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5559.34598; R2=34.67808; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=491; N_SCORE=9.6; H_SCORE=19951; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=276; N_SCORE=6.5; H_SCORE=15130; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-24,-29,-20,  1,-30,-21, 21,-25, 28, 17,-24,-13,-17,-21,-21, -6, 10,-22, -4,-20;
/M: SY='D'; M=  0,  8,-24,  9,  8,-26, -7, -6,-22,  4,-21,-10,  6, -7,  3, -3,  2, -5,-18,-29,-17,  5;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='E'; M= -3,  3,-20,  2, 13,-19,-12,-10,-19, -2,-17,-14,  3, -4,  1, -6, 10, 12,-15,-29,-16,  7; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-24,  4, 16,-16,-19, -5,-11, -2, -8, -1, -5,-11,  6, -7, -4, -6,-10,-25,-11, 11; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='B'; M=  0,  4,-20,  3,  4,-21,-14, -6,-17,  0,-14,-11,  3,-10,  0, -5,  4,  3,-12,-29,-13,  1;
/M: SY='L'; M=  1,-17,-20,-21,-12, -1,-22,-16,  3,-13,  7,  2,-15,-15,-12,-14, -8, -1,  2,-17, -1,-13;
/M: SY='Q'; M= -2,-10,-23,-12, -1,-11,-19, -9,-11,  2,-10, -3, -8,-10,  4,  0, -3, -3,-10,-19, -5,  1;
/M: SY='Q'; M= -3, -2,-22, -1,  4,-22,-10, -9,-18,  1,-12, -9, -2,-14,  5,  2,  2, -1,-15,-26,-14,  4;
/M: SY='V'; M= -3,-26,-18,-28,-23,  0,-27,-20, 22,-20, 14, 15,-24,-19,-20,-19,-14, -5, 25,-22, -2,-23;
/M: SY='A'; M= 19, -8,-15,-13, -4,-16,-11,-17, -6,-11, -8, -8, -6,-11, -7,-16, 11,  8, -1,-26,-15, -6;
/M: SY='Q'; M= -8,  5,-27,  8, 26,-31,-14,  0,-24,  6,-21,-11,  1, -7, 27,  2,  4, -2,-25,-26,-15, 27;
/M: SY='I'; M=-11,-25,-22,-31,-22, 16,-30,-21, 19,-21, 19, 14,-20,-23,-20,-18,-18, -4, 12,-15,  4,-22;
/M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28, 63,-30,-20,  5,-30, 20,  5,-22,-30,-35,-20,-22,-10,  2,  3, 23,-28;
/M: SY='K'; M= -4, -1,-26, -1,  7,-29,-12,-10,-28, 33,-29,-11,  1,-10,  9, 19,  0, -5,-19,-23,-13,  8;
/M: SY='A'; M= 19,-16,-17,-22,-12, -9,-16,-21,  7,-15,  1, -1,-13,-16,-14,-20, -3, -4, 11,-22,-12,-14;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 48, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 11,-20,  0,-21;
/M: SY='A'; M= 27, -7,-14,-11, -8,-22, 13,-17,-19,-12,-20,-15, -1,-12, -8,-17, 18,  3, -9,-27,-22, -8;
/M: SY='D'; M=-18, 43,-29, 60, 18,-38,-11, -2,-38,  3,-29,-27, 17,-10,  0, -7,  0, -7,-28,-38,-19,  9;
/M: SY='P'; M= -5,  0,-28,  4, 17,-24,-16, -7,-21, -2,-22,-16, -2, 20,  4, -9,  1, -2,-23,-27,-16,  9;
/M: SY='T'; M= -3, 12,-16,  2, -3,-17,-11, -8,-17,  1,-22,-15, 19,-13, -3, -1, 16, 22,-13,-33,-15, -3;
/M: SY='R'; M=-18, -9,-28, -9,  0,-20,-18, -1,-29, 27,-21,-11,  1,-19,  9, 64, -6, -8,-19,-22,-11,  0;
/M: SY='L'; M= -3,-29,-19,-31,-23,  4,-30,-24, 26,-26, 31, 16,-27,-27,-22,-22,-21, -7, 22,-22, -4,-23;
/M: SY='R'; M=-11, -2,-29, -2,  8,-26, -4, -6,-28, 21,-23, -9,  1,-14,  7, 23, -6,-11,-22,-22,-15,  6;
/M: SY='I'; M= -5,-28,-27,-37,-27,  0,-35,-28, 41,-28, 22, 18,-21,-21,-19,-28,-19, -9, 24,-20, -2,-27;
/M: SY='L'; M= -2,-24,-16,-27,-21,  2,-25,-20, 17,-21, 24, 18,-24,-25,-18,-17,-15,  0, 19,-24, -5,-19;
/M: SY='Y'; M=-11, -5,-24, -4, -6,  1,-19, 12,-11,-10, -8, -7, -4,-21, -4, -9, -2, -1,-13, -8, 26, -8;
/M: SY='A'; M= 19,-16,-16,-21, -9, -7,-15,-17,  0,-15, 10,  1,-17,-18, -9,-17, -6, -5,  2,-20,-10, -9;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 48, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Q'; M=  4, -5,-19, -6,  5,-18,-12, -2,-16, -4,-15, -9, -1,-13, 10, -3, 10,  2,-14,-26,-11,  7;
/M: SY='E'; M=-12,  6,-15,  9, 13,-24,-18, -4,-22,  3,-16,-11,  2,-14,  6,  6, -2, -5,-17,-31,-16,  9;
/M: SY='G'; M= -4,  1,-25,  2,  2,-27, 16,-10,-31,  1,-27,-17,  5,-13, -1, -2,  6, -5,-23,-27,-21,  0;
/M: SY='E'; M=-10,  5,-31, 15, 49,-30,-20, -3,-29, 10,-22,-19, -3, 12, 15, -1, -2,-10,-29,-29,-21, 31;
/M: SY='L'; M= -6,-24,-19,-26,-17,  6,-26,-13, 13,-25, 35, 15,-24,-26,-16,-17,-21, -5,  6,-19,  2,-17;
/M: SY='C'; M= -5,-16, 84,-24,-23,-20,-25,-26,-26,-25,-20,-19,-15,-26,-24,-26, -2, -2,-10,-45,-27,-24;
/M: SY='V'; M=  3,-29,-12,-30,-29, -1,-29,-29, 29,-20,  9,  9,-28,-28,-28,-21, -9, -1, 45,-28,-10,-29;
/M: SY='C'; M= -6,-11, 72,-20,-22,-20,-14,-23,-28,-23,-22,-19, -7,-31,-22,-23,  0, -3,-13,-44,-27,-22;
/M: SY='D'; M=-19, 43,-30, 61, 19,-38, -8,  5,-39, -1,-29,-28, 18,-10,  1, -9, -1,-11,-30,-38,-18, 10;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-23,-34,-25,  5,-34,-25, 34,-29, 33, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='A'; M= 31,-12,  0,-21,-13,-16, -8,-19, -8,-13, -5, -4,-11,-15,-11,-19,  5,  2,  0,-24,-17,-12;
/M: SY='E'; M=  0,  8,-22,  4, 15,-22,-13,  5,-20,  1,-18,-12, 11,-11,  7, -2,  4,  1,-20,-29,-14, 10;
/M: SY='I'; M=  3,-16,-23,-22,-10,-11,-24,-12, 11,-15,  6,  5,-13,-17, -7,-16, -9, -6,  7,-22, -6,-11;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-33,-25, 14,-32,-23, 26,-28, 29, 17,-24,-26,-22,-22,-22, -7, 17,-17,  3,-24;
/M: SY='G'; M= -6,  8,-28, 10, 11,-30, 12, -7,-32,  4,-26,-18,  7,-12,  3, -3,  0,-11,-27,-26,-21,  7;
/M: SY='M'; M= -1,-22,-14,-27,-19,  3,-23,-17, 12,-18, 10, 15,-19,-22,-12,-17,-11, -6, 12,-20, -4,-15;
/M: SY='S'; M=  5,  1,-12, -2,  0,-17, -7,-11,-17, -9,-22,-16,  8,-11, -2, -9, 29, 24, -9,-36,-17, -1;
/M: SY='Q'; M= -6, -3,-25, -3, 16,-28,-21, -3,-13,  6,-14, -4, -5,-11, 26,  2, -1, -4,-13,-24,-12, 21;
/M: SY='S'; M= 17, -7,-16, -8, -5,-22,  2,-16,-18,-11,-24,-17, -1,  5, -6,-15, 20,  8,-12,-31,-22, -6;
/M: SY='A'; M= 14,  5,-15, -6, -5,-18, -9,-12,-15,  1,-17,-12,  9,-12, -5, -5, 10, 14, -9,-27,-15, -5;
/M: SY='V'; M=  7,-23,-13,-26,-23, -3,-24,-26, 18,-19, 10,  6,-22,-23,-22,-19, -6,  4, 29,-26,-10,-23;
/M: SY='S'; M=  9, -1, -5, -1, -1,-20, -1,-11,-20,-11,-30,-20,  9,-11, -1,-11, 38, 19,-10,-40,-20, -1;
/M: SY='H'; M=-19, -4,-29, -4, -3,-15,-21, 79,-24, -7,-16,  4,  5,-21,  8,  5,-11,-18,-25,-25, 19, -2;
/M: SY='H'; M=-13,  0,-28,  0,  9,-29,-18, 53,-25, -1,-21, -2,  6,-15, 31,  3, -2,-13,-28,-27,  4, 17;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-19, 20,-29, 48, 23,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R'; M=-11, -5,-28, -7,  2,-23,-17, -4,-28, 30,-22,-11,  2,-16,  8, 48, -7, -9,-19,-21,-11,  2;
/M: SY='L'; M= -7,-17,-20,-21,-16,  5,-23,-12,  7,-15,  8,  7,-11,-21,-14,-13, -8, -2,  5,-22, -1,-15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-14, -8,-28, -7,  4,-19,-22, -3,-22, 25,-16, -7, -4,-17,  5, 35,-11,-10,-14,-20, -6,  2;
/M: SY='B'; M= -5, 19,-23, 18, 15,-27,-10, -2,-25,  8,-25,-18, 18,-11,  6,  1,  6, -1,-23,-32,-17, 10;
/M: SY='L'; M= -4,-12,-20,-16,-10, -9,-15, -9,  2,-14, 11, 10, -8,-21, -2,-11, -9, -6, -2,-25, -9, -6;
/M: SY='G'; M= -8, -5,-29, -5, -5,-26, 26, -4,-34,  1,-26,-16,  4,-18, -5, 11, -3,-15,-27,-22,-20, -7;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-33,-24, 13,-32,-23, 26,-29, 37, 18,-27,-28,-22,-22,-25, -9, 17,-18,  2,-24;
/M: SY='V'; M=  6,-27,-12,-29,-26, -2,-26,-28, 24,-20, 11,  8,-26,-26,-25,-21, -9, -1, 38,-27,-10,-26;
/M: SY='K'; M= -5,  0,-21, -2, -1,-19,-16,-10,-17, 13,-16, -9,  2,-15, -1, 11,  1,  3,-10,-27,-12, -1;
/M: SY='Y'; M= -8, -6,-24, -7, -8,  3,-14,  0,-16, -2,-14, -9, -5,-19, -8, -3, -3, -2,-13, -8, 16, -9;
/M: SY='R'; M=-17, -6,-28, -4,  3,-21,-20,  2,-26, 22,-19,-10, -1,-18,  7, 48, -9,-10,-16,-23,-10,  1;
/M: SY='K'; M=-12, -3,-29, -3,  6,-26,-20, -8,-29, 41,-26,-10,  0,-13,  9, 38, -8, -6,-19,-21,-10,  6;
/M: SY='E'; M= -7,  9,-28, 15, 27,-32,-10, -2,-26,  6,-21,-15,  3, -8, 18, -1,  0,-10,-25,-28,-18, 23;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-30, -8,-14,-30, 63,-18,-39,-18,-29,-20,  0,-18,-17,-18,  0,-19,-30,-21,-29,-15;
/M: SY='R'; M=-12,  0,-26, -3,  4,-24,-19, -6,-26, 29,-23,-10,  4,-14,  9, 34, -4, -1,-18,-23,-11,  5;
/M:         M= -8,-14,-24,-16,-11, -7,-19, -8, -7, -8, -2, -3,-10,-22, -9, -7,-10, -5, -7, -1, -1,-10;
/M: SY='V'; M=  0,-19,-15,-23,-22, -6,-24,-14, 18,-17,  3,  8,-14,-24,-19,-17, -6, -2, 26,-29, -8,-21;
/M: SY='Y'; M=-18,-22,-27,-24,-21, 27,-29, 12,  2,-16,  3,  4,-19,-28,-15,-13,-20,-11, -4, 17, 51,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='S'; M= -3,  0,-19,  1,  6,-18,-10, -5,-21,  0,-22,-12,  4,-12,  8,  6, 16,  5,-15,-30,-14,  6;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-21,-28,-17,  4,-27,-19, 16,-26, 38, 15,-26,-23,-15,-19,-24, -9,  7,-20, -3,-17;
/M: SY='B'; M=  2, 11,-21, 11,  2,-22, -9, -2,-19, -1,-20,-14,  8,-14, -1, -7,  4, -4,-14,-28,-11,  0;
/M: SY='D'; M=-18, 39,-30, 53, 15,-36,-11,  6,-36, -2,-29,-26, 20, -3,  0, -9, -1,-10,-30,-38,-18,  7;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-24, 11, 16,-22, -8, -2,-18, -3,-17,-14,  8, -9,  2, -8,  2, -4,-18,-28,-15,  9; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H'; M=-19, -4,-29, -5,  0, -9,-22, 65,-24, -7,-16, -1,  4,-19,  4,  1,-11,-17,-23,-24, 15, -2;
/M: SY='V'; M= -3,-28,-16,-30,-27, -1,-30,-28, 31,-23, 13, 11,-24,-26,-24,-22,-10, -2, 37,-27, -7,-27;
/M:         M= -3, -6,-23, -7, -4,-16,-15,-12,-10, -3, -6, -5, -5, -8, -5,  0, -4, -3, -8,-26,-13, -6;
/M: SY='Q'; M= -4,  7,-24,  5,  5,-24,-10, -5,-17, -2,-18,-11,  8,-13,  9, -5,  4,  1,-17,-26,-12,  7;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-26,-30,-20,  2,-30,-21, 17,-19, 25, 15,-24,-25,-16,-14,-25,-11,  9, -6,  1,-19;
/M: SY='L'; M= -7,-17,-22,-20,-18,  5,-25,-11, 12,-19, 16, 12,-17,-24,-15,-17,-17, -8,  6,-14,  9,-17;
/M: SY='Q'; M= -2, -2,-24, -3,  8,-24,-17, -6,-15,  6,-15, -4, -2,-11, 13,  6,  1, -3,-13,-25,-13, 10;
/M: SY='Q'; M= -1, -3,-23, -6,  7,-20,-17, -6, -9, -2, -6, -2, -1,-14, 10, -5, -2, -5,-12,-25,-12,  8;
/M: SY='A'; M= 15,-15,-18,-20,-11,-13, -9,-20,  1,-11,  0,  0,-14,-17,-12,-15, -5, -6,  5,-22,-14,-12;
/M: SY='I'; M= -6,-22,-22,-26,-20,  4,-28,-21, 18,-20, 18,  9,-17,-24,-18,-15,-17, -8, 14,-20, -3,-21;
/M: SY='D'; M=-11,  3,-17,  6,  5,-18,-20,  1,-15, -3,-11, -9, -1,-17, -2, -5, -8, -9,-12,-27, -6,  0;
/M: SY='H'; M=-17, -1,-19, -4, -3,-15,-21, 61,-21,-11,-16, -2,  8,-21,  5, -4, -9,-16,-23,-29, 10, -2;
/M: SY='A'; M=  4, -3,-20, -8, -8,-13,-12,-14, -6, -6, -7, -5, -1,-17, -7,-10, -2, -3, -4,-24,-11, -8;
/M: SY='E'; M=-12, -1,-27, -2,  6,-14,-19, -3,-19,  5,-14,-10,  0,-15,  5,  5, -6, -4,-19, -9, -5,  6;
/M: SY='E'; M=-11, -2,-28,  2, 20,-19,-17, 15,-19, -1,-13, -9, -1,-12,  7,  1, -4,-10,-20,-26, -5, 12;
/M: SY='A'; M=  2, -8, -9, -8,-10,-18,-10,-12,-11, -8,-12, -8, -7,-14,-12,-12, -1, -4, -1,-30,-16,-12;
/M: SY='K'; M= -8,  4,-27,  5, 10,-27,-13,  1,-25, 15,-20,-10,  3,-12, 12, 10, -4, -7,-21,-25,-11, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_03 which contains 542'782 sequence entries.


Total number of hits 45 in 45 different sequences
Number of true positive hits 43 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits 2 in 2 different sequences
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 95.56 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH arsR-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
43 sequences

ARSR1_ECOLX (P15905), ARSR2_ECOLX (P52144), ARSR_BACSU  (P45949), 
ARSR_ECOLI  (P37309), ARSR_STAAU  (P30338), ARSR_STAXY  (Q01256), 
ASER_BACSU  (P96677), B115_SSV1   (P0C7L5), BIGR_AGRT5  (Q8UAA8), 
BIGR_XYLFA  (Q9PFB1), BIGR_XYLFT  (Q87AD5), CADC_BACPE  (P30339), 
CADC_LACLL  (P0A4U3), CADC_LISIN  (P0A4U2), CADC_LISMN  (Q56405), 
CADC_STAAU  (P20047), CADF_STAAU  (P37374), CMTR_MYCBO  (P67732), 
CMTR_MYCTU  (P67731), CZRA_BACSU  (O31844), HLYU_VIBCH  (P52695), 
HTHAR_MYCTU (O53478), KMTR_MYCTU  (O53838), MERR_STRLI  (P30346), 
NMTR_MYCTU  (O69711), NOLR_RHIML  (P28267), PAGR_BACAN  (O31178), 
SDPR_BACSU  (O32242), SMTB_MYCTU  (O05840), SMTB_SYNE7  (P30340), 
Y0081_MYCTU (O53626), Y1325_METJA (Q58721), Y1398_METJA (Q58793), 
Y1553_METJA (Q58948), Y1563_METJA (Q58958), Y774_METJA  (Q58184), 
YBZH_BACSU  (C0H3S9), YCEK_BACSU  (O34464), YCZG_BACSU  (O31480), 
YDFF_BACSU  (P96683), YGAV_ECOLI  (P77295), YUZN_BACSU  (C0H3Q8), 
ZIAR_SYNY3  (Q55940)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

Y229_METJA  (Q57682), Y361_METJA  (Q57807)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences
2 sequences

RIFK_CENSY  (A0RTV6), Y529_ARCFU  (O29721)

		
PDB
[Detailed view]
11 PDB

1R1T; 1R22; 1R23; 1SMT; 1U2W; 2JSC; 2ZKZ; 3CUO; 3F72; 3PQJ; 3PQK

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission