Due to scheduled maintenance work, this service may not be available on Monday January 22nd between 08.00 am and 9.00 am CEST
To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50987

General information about the entry

Entry name [info] HTH_ARSR_2
Accession [info] PS50987
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-MAY-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 20-DEC-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00661
Associated ProRule [info] PRU00340

Name and characterization of the entry

Description [info] ArsR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=95;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=90;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5284152; R2=0.0144047; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5880.1357422; R2=5.3587360; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=491; H_SCORE=8511; N_SCORE=9.6; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=276; H_SCORE=7359; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-24,-29,-20,  1,-30,-21, 21,-25, 28, 17,-24,-13,-17,-21,-21, -6, 10,-22, -4,-20;
/M: SY='D'; M=  0,  8,-24,  9,  8,-26, -7, -6,-22,  4,-21,-10,  6, -7,  3, -3,  2, -5,-18,-29,-17,  5;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='E'; M= -3,  3,-20,  2, 13,-19,-12,-10,-19, -2,-17,-14,  3, -4,  1, -6, 10, 12,-15,-29,-16,  7; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-24,  4, 16,-16,-19, -5,-11, -2, -8, -1, -5,-11,  6, -7, -4, -6,-10,-25,-11, 11; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='B'; M=  0,  4,-20,  3,  4,-21,-14, -6,-17,  0,-14,-11,  3,-10,  0, -5,  4,  3,-12,-29,-13,  1;
/M: SY='L'; M=  1,-17,-20,-21,-12, -1,-22,-16,  3,-13,  7,  2,-15,-15,-12,-14, -8, -1,  2,-17, -1,-13;
/M: SY='Q'; M= -2,-10,-23,-12, -1,-11,-19, -9,-11,  2,-10, -3, -8,-10,  4,  0, -3, -3,-10,-19, -5,  1;
/M: SY='Q'; M= -3, -2,-22, -1,  4,-22,-10, -9,-18,  1,-12, -9, -2,-14,  5,  2,  2, -1,-15,-26,-14,  4;
/M: SY='V'; M= -3,-26,-18,-28,-23,  0,-27,-20, 22,-20, 14, 15,-24,-19,-20,-19,-14, -5, 25,-22, -2,-23;
/M: SY='A'; M= 19, -8,-15,-13, -4,-16,-11,-17, -6,-11, -8, -8, -6,-11, -7,-16, 11,  8, -1,-26,-15, -6;
/M: SY='Q'; M= -8,  5,-27,  8, 26,-31,-14,  0,-24,  6,-21,-11,  1, -7, 27,  2,  4, -2,-25,-26,-15, 27;
/M: SY='I'; M=-11,-25,-22,-31,-22, 16,-30,-21, 19,-21, 19, 14,-20,-23,-20,-18,-18, -4, 12,-15,  4,-22;
/M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28, 63,-30,-20,  5,-30, 20,  5,-22,-30,-35,-20,-22,-10,  2,  3, 23,-28;
/M: SY='K'; M= -4, -1,-26, -1,  7,-29,-12,-10,-28, 33,-29,-11,  1,-10,  9, 19,  0, -5,-19,-23,-13,  8;
/M: SY='A'; M= 19,-16,-17,-22,-12, -9,-16,-21,  7,-15,  1, -1,-13,-16,-14,-20, -3, -4, 11,-22,-12,-14;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 48, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 11,-20,  0,-21;
/M: SY='A'; M= 27, -7,-14,-11, -8,-22, 13,-17,-19,-12,-20,-15, -1,-12, -8,-17, 18,  3, -9,-27,-22, -8;
/M: SY='D'; M=-18, 43,-29, 60, 18,-38,-11, -2,-38,  3,-29,-27, 17,-10,  0, -7,  0, -7,-28,-38,-19,  9;
/M: SY='P'; M= -5,  0,-28,  4, 17,-24,-16, -7,-21, -2,-22,-16, -2, 20,  4, -9,  1, -2,-23,-27,-16,  9;
/M: SY='T'; M= -3, 12,-16,  2, -3,-17,-11, -8,-17,  1,-22,-15, 19,-13, -3, -1, 16, 22,-13,-33,-15, -3;
/M: SY='R'; M=-18, -9,-28, -9,  0,-20,-18, -1,-29, 27,-21,-11,  1,-19,  9, 64, -6, -8,-19,-22,-11,  0;
/M: SY='L'; M= -3,-29,-19,-31,-23,  4,-30,-24, 26,-26, 31, 16,-27,-27,-22,-22,-21, -7, 22,-22, -4,-23;
/M: SY='R'; M=-11, -2,-29, -2,  8,-26, -4, -6,-28, 21,-23, -9,  1,-14,  7, 23, -6,-11,-22,-22,-15,  6;
/M: SY='I'; M= -5,-28,-27,-37,-27,  0,-35,-28, 41,-28, 22, 18,-21,-21,-19,-28,-19, -9, 24,-20, -2,-27;
/M: SY='L'; M= -2,-24,-16,-27,-21,  2,-25,-20, 17,-21, 24, 18,-24,-25,-18,-17,-15,  0, 19,-24, -5,-19;
/M: SY='Y'; M=-11, -5,-24, -4, -6,  1,-19, 12,-11,-10, -8, -7, -4,-21, -4, -9, -2, -1,-13, -8, 26, -8;
/M: SY='A'; M= 19,-16,-16,-21, -9, -7,-15,-17,  0,-15, 10,  1,-17,-18, -9,-17, -6, -5,  2,-20,-10, -9;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 48, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Q'; M=  4, -5,-19, -6,  5,-18,-12, -2,-16, -4,-15, -9, -1,-13, 10, -3, 10,  2,-14,-26,-11,  7;
/M: SY='E'; M=-12,  6,-15,  9, 13,-24,-18, -4,-22,  3,-16,-11,  2,-14,  6,  6, -2, -5,-17,-31,-16,  9;
/M: SY='G'; M= -4,  1,-25,  2,  2,-27, 16,-10,-31,  1,-27,-17,  5,-13, -1, -2,  6, -5,-23,-27,-21,  0;
/M: SY='E'; M=-10,  5,-31, 15, 49,-30,-20, -3,-29, 10,-22,-19, -3, 12, 15, -1, -2,-10,-29,-29,-21, 31;
/M: SY='L'; M= -6,-24,-19,-26,-17,  6,-26,-13, 13,-25, 35, 15,-24,-26,-16,-17,-21, -5,  6,-19,  2,-17;
/M: SY='C'; M= -5,-16, 84,-24,-23,-20,-25,-26,-26,-25,-20,-19,-15,-26,-24,-26, -2, -2,-10,-45,-27,-24;
/M: SY='V'; M=  3,-29,-12,-30,-29, -1,-29,-29, 29,-20,  9,  9,-28,-28,-28,-21, -9, -1, 45,-28,-10,-29;
/M: SY='C'; M= -6,-11, 72,-20,-22,-20,-14,-23,-28,-23,-22,-19, -7,-31,-22,-23,  0, -3,-13,-44,-27,-22;
/M: SY='D'; M=-19, 43,-30, 61, 19,-38, -8,  5,-39, -1,-29,-28, 18,-10,  1, -9, -1,-11,-30,-38,-18, 10;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-23,-34,-25,  5,-34,-25, 34,-29, 33, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='A'; M= 31,-12,  0,-21,-13,-16, -8,-19, -8,-13, -5, -4,-11,-15,-11,-19,  5,  2,  0,-24,-17,-12;
/M: SY='E'; M=  0,  8,-22,  4, 15,-22,-13,  5,-20,  1,-18,-12, 11,-11,  7, -2,  4,  1,-20,-29,-14, 10;
/M: SY='I'; M=  3,-16,-23,-22,-10,-11,-24,-12, 11,-15,  6,  5,-13,-17, -7,-16, -9, -6,  7,-22, -6,-11;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-33,-25, 14,-32,-23, 26,-28, 29, 17,-24,-26,-22,-22,-22, -7, 17,-17,  3,-24;
/M: SY='G'; M= -6,  8,-28, 10, 11,-30, 12, -7,-32,  4,-26,-18,  7,-12,  3, -3,  0,-11,-27,-26,-21,  7;
/M: SY='M'; M= -1,-22,-14,-27,-19,  3,-23,-17, 12,-18, 10, 15,-19,-22,-12,-17,-11, -6, 12,-20, -4,-15;
/M: SY='S'; M=  5,  1,-12, -2,  0,-17, -7,-11,-17, -9,-22,-16,  8,-11, -2, -9, 29, 24, -9,-36,-17, -1;
/M: SY='Q'; M= -6, -3,-25, -3, 16,-28,-21, -3,-13,  6,-14, -4, -5,-11, 26,  2, -1, -4,-13,-24,-12, 21;
/M: SY='S'; M= 17, -7,-16, -8, -5,-22,  2,-16,-18,-11,-24,-17, -1,  5, -6,-15, 20,  8,-12,-31,-22, -6;
/M: SY='A'; M= 14,  5,-15, -6, -5,-18, -9,-12,-15,  1,-17,-12,  9,-12, -5, -5, 10, 14, -9,-27,-15, -5;
/M: SY='V'; M=  7,-23,-13,-26,-23, -3,-24,-26, 18,-19, 10,  6,-22,-23,-22,-19, -6,  4, 29,-26,-10,-23;
/M: SY='S'; M=  9, -1, -5, -1, -1,-20, -1,-11,-20,-11,-30,-20,  9,-11, -1,-11, 38, 19,-10,-40,-20, -1;
/M: SY='H'; M=-19, -4,-29, -4, -3,-15,-21, 79,-24, -7,-16,  4,  5,-21,  8,  5,-11,-18,-25,-25, 19, -2;
/M: SY='H'; M=-13,  0,-28,  0,  9,-29,-18, 53,-25, -1,-21, -2,  6,-15, 31,  3, -2,-13,-28,-27,  4, 17;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-19, 20,-29, 48, 23,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R'; M=-11, -5,-28, -7,  2,-23,-17, -4,-28, 30,-22,-11,  2,-16,  8, 48, -7, -9,-19,-21,-11,  2;
/M: SY='L'; M= -7,-17,-20,-21,-16,  5,-23,-12,  7,-15,  8,  7,-11,-21,-14,-13, -8, -2,  5,-22, -1,-15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-14, -8,-28, -7,  4,-19,-22, -3,-22, 25,-16, -7, -4,-17,  5, 35,-11,-10,-14,-20, -6,  2;
/M: SY='B'; M= -5, 19,-23, 18, 15,-27,-10, -2,-25,  8,-25,-18, 18,-11,  6,  1,  6, -1,-23,-32,-17, 10;
/M: SY='L'; M= -4,-12,-20,-16,-10, -9,-15, -9,  2,-14, 11, 10, -8,-21, -2,-11, -9, -6, -2,-25, -9, -6;
/M: SY='G'; M= -8, -5,-29, -5, -5,-26, 26, -4,-34,  1,-26,-16,  4,-18, -5, 11, -3,-15,-27,-22,-20, -7;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-33,-24, 13,-32,-23, 26,-29, 37, 18,-27,-28,-22,-22,-25, -9, 17,-18,  2,-24;
/M: SY='V'; M=  6,-27,-12,-29,-26, -2,-26,-28, 24,-20, 11,  8,-26,-26,-25,-21, -9, -1, 38,-27,-10,-26;
/M: SY='K'; M= -5,  0,-21, -2, -1,-19,-16,-10,-17, 13,-16, -9,  2,-15, -1, 11,  1,  3,-10,-27,-12, -1;
/M: SY='Y'; M= -8, -6,-24, -7, -8,  3,-14,  0,-16, -2,-14, -9, -5,-19, -8, -3, -3, -2,-13, -8, 16, -9;
/M: SY='R'; M=-17, -6,-28, -4,  3,-21,-20,  2,-26, 22,-19,-10, -1,-18,  7, 48, -9,-10,-16,-23,-10,  1;
/M: SY='K'; M=-12, -3,-29, -3,  6,-26,-20, -8,-29, 41,-26,-10,  0,-13,  9, 38, -8, -6,-19,-21,-10,  6;
/M: SY='E'; M= -7,  9,-28, 15, 27,-32,-10, -2,-26,  6,-21,-15,  3, -8, 18, -1,  0,-10,-25,-28,-18, 23;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-30, -8,-14,-30, 63,-18,-39,-18,-29,-20,  0,-18,-17,-18,  0,-19,-30,-21,-29,-15;
/M: SY='R'; M=-12,  0,-26, -3,  4,-24,-19, -6,-26, 29,-23,-10,  4,-14,  9, 34, -4, -1,-18,-23,-11,  5;
/M:         M= -8,-14,-24,-16,-11, -7,-19, -8, -7, -8, -2, -3,-10,-22, -9, -7,-10, -5, -7, -1, -1,-10;
/M: SY='V'; M=  0,-19,-15,-23,-22, -6,-24,-14, 18,-17,  3,  8,-14,-24,-19,-17, -6, -2, 26,-29, -8,-21;
/M: SY='Y'; M=-18,-22,-27,-24,-21, 27,-29, 12,  2,-16,  3,  4,-19,-28,-15,-13,-20,-11, -4, 17, 51,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='S'; M= -3,  0,-19,  1,  6,-18,-10, -5,-21,  0,-22,-12,  4,-12,  8,  6, 16,  5,-15,-30,-14,  6;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-21,-28,-17,  4,-27,-19, 16,-26, 38, 15,-26,-23,-15,-19,-24, -9,  7,-20, -3,-17;
/M: SY='B'; M=  2, 11,-21, 11,  2,-22, -9, -2,-19, -1,-20,-14,  8,-14, -1, -7,  4, -4,-14,-28,-11,  0;
/M: SY='D'; M=-18, 39,-30, 53, 15,-36,-11,  6,-36, -2,-29,-26, 20, -3,  0, -9, -1,-10,-30,-38,-18,  7;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-24, 11, 16,-22, -8, -2,-18, -3,-17,-14,  8, -9,  2, -8,  2, -4,-18,-28,-15,  9; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H'; M=-19, -4,-29, -5,  0, -9,-22, 65,-24, -7,-16, -1,  4,-19,  4,  1,-11,-17,-23,-24, 15, -2;
/M: SY='V'; M= -3,-28,-16,-30,-27, -1,-30,-28, 31,-23, 13, 11,-24,-26,-24,-22,-10, -2, 37,-27, -7,-27;
/M:         M= -3, -6,-23, -7, -4,-16,-15,-12,-10, -3, -6, -5, -5, -8, -5,  0, -4, -3, -8,-26,-13, -6;
/M: SY='Q'; M= -4,  7,-24,  5,  5,-24,-10, -5,-17, -2,-18,-11,  8,-13,  9, -5,  4,  1,-17,-26,-12,  7;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-26,-30,-20,  2,-30,-21, 17,-19, 25, 15,-24,-25,-16,-14,-25,-11,  9, -6,  1,-19;
/M: SY='L'; M= -7,-17,-22,-20,-18,  5,-25,-11, 12,-19, 16, 12,-17,-24,-15,-17,-17, -8,  6,-14,  9,-17;
/M: SY='Q'; M= -2, -2,-24, -3,  8,-24,-17, -6,-15,  6,-15, -4, -2,-11, 13,  6,  1, -3,-13,-25,-13, 10;
/M: SY='Q'; M= -1, -3,-23, -6,  7,-20,-17, -6, -9, -2, -6, -2, -1,-14, 10, -5, -2, -5,-12,-25,-12,  8;
/M: SY='A'; M= 15,-15,-18,-20,-11,-13, -9,-20,  1,-11,  0,  0,-14,-17,-12,-15, -5, -6,  5,-22,-14,-12;
/M: SY='I'; M= -6,-22,-22,-26,-20,  4,-28,-21, 18,-20, 18,  9,-17,-24,-18,-15,-17, -8, 14,-20, -3,-21;
/M: SY='D'; M=-11,  3,-17,  6,  5,-18,-20,  1,-15, -3,-11, -9, -1,-17, -2, -5, -8, -9,-12,-27, -6,  0;
/M: SY='H'; M=-17, -1,-19, -4, -3,-15,-21, 61,-21,-11,-16, -2,  8,-21,  5, -4, -9,-16,-23,-29, 10, -2;
/M: SY='A'; M=  4, -3,-20, -8, -8,-13,-12,-14, -6, -6, -7, -5, -1,-17, -7,-10, -2, -3, -4,-24,-11, -8;
/M: SY='E'; M=-12, -1,-27, -2,  6,-14,-19, -3,-19,  5,-14,-10,  0,-15,  5,  5, -6, -4,-19, -9, -5,  6;
/M: SY='E'; M=-11, -2,-28,  2, 20,-19,-17, 15,-19, -1,-13, -9, -1,-12,  7,  1, -4,-10,-20,-26, -5, 12;
/M: SY='A'; M=  2, -8, -9, -8,-10,-18,-10,-12,-11, -8,-12, -8, -7,-14,-12,-12, -1, -4, -1,-30,-16,-12;
/M: SY='K'; M= -8,  4,-27,  5, 10,-27,-13,  1,-25, 15,-20,-10,  3,-12, 12, 10, -4, -7,-21,-25,-11, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_12 which contains 556'388 sequence entries.


Total number of hits 52 in 52 different sequences
Number of true positive hits 50 in 50 different sequences
Number of 'unknown' hits 2 in 2 different sequences
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 96.15 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH arsR-type
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
50 sequences

ARSR1_ECOLX (P15905    ), ARSR1_PSEPK (Q88LK1    ), ARSR2_ECOLX (P52144    ), 
ARSR2_HALSA (O52026    ), ARSR2_PSEPK (Q88JD1    ), ARSR_BACSU  (P45949    ), 
ARSR_ECOLI  (P37309    ), ARSR_HALSA  (O52029    ), ARSR_STAAU  (P30338    ), 
ARSR_STAXY  (Q01256    ), ASER_BACSU  (P96677    ), B115_SSV1   (P0C7L5    ), 
BIGR_AGRFC  (Q8UAA8    ), BIGR_XYLFA  (Q9PFB1    ), BIGR_XYLFT  (Q87AD5    ), 
CADC_BACPE  (P30339    ), CADC_LACLL  (P0A4U3    ), CADC_LISIN  (P0A4U2    ), 
CADC_LISMN  (Q56405    ), CADC_STAAU  (P20047    ), CADF_STAAU  (P37374    ), 
CMTR_MYCBO  (P67732    ), CMTR_MYCTO  (P9WMI8    ), CMTR_MYCTU  (P9WMI9    ), 
CZRA_BACSU  (O31844    ), HLYU_VIBCH  (P52695    ), HTHAR_MYCTU (O53478    ), 
KMTR_MYCTU  (O53838    ), MERR_STRLI  (P30346    ), NMTR_MYCTU  (O69711    ), 
NOLR_RHIML  (P28267    ), PAGR_BACAN  (O31178    ), SDPR_BACSU  (O32242    ), 
SMTB_MYCTO  (P9WMI4    ), SMTB_MYCTU  (P9WMI5    ), SMTB_SYNE7  (P30340    ), 
Y0081_MYCTO (P9WMI6    ), Y0081_MYCTU (P9WMI7    ), Y1325_METJA (Q58721    ), 
Y1398_METJA (Q58793    ), Y1553_METJA (Q58948    ), Y1563_METJA (Q58958    ), 
Y774_METJA  (Q58184    ), YBZH_BACSU  (C0H3S9    ), YCEK_BACSU  (O34464    ), 
YCZG_BACSU  (O31480    ), YDFF_BACSU  (P96683    ), YGAV_ECOLI  (P77295    ), 
YUZN_BACSU  (C0H3Q8    ), ZIAR_SYNY3  (Q55940    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

Y229_METJA  (Q57682    ), Y361_METJA  (Q57807    )

		
UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences
2 sequences

RIFK_CENSY  (A0RTV6    ), Y529_ARCFU  (O29721    )

		
PDB
[Detailed view]
13 PDB

1R1T; 1R22; 1R23; 1SMT; 1U2W; 2JSC; 2ZKZ; 3CUO; 3F72; 3PQJ; 3PQK; 4K2E; 4OOI
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission