PROSITE

Home | Contact

	Home ScanProsite ProRule Documents Downloads Links Funding
	Entry: PS50994

General information about the entry
Entry name	INTEGRASE
Accession number	PS50994
Entry type	MATRIX
Date	OCT-2004 (CREATED); OCT-2004 (DATA UPDATE); MAR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation	PDOC50994
Associated ProRule	PRU00457
Name and characterization of the entry
Description	Integrase catalytic domain profile.
Matrix / Profile	/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=161; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=156; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0267998; R2=0.0160468; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=466; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=342; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-6; D=-30; I=-30; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M= -4,-11,-22, -8, -6, -5,-19, -6, -5, -2, 0, 1,-12,-10, 3, 10, -6, -6, 1,-18, 4, -5; /M: SY='P'; M= 3, -2,-27, -1, 1,-22, 5, -9,-14, 3,-13, -9, -4, 7, 0, -6, 1, -4,-17,-20,-16, -2; /M: SY='E'; M= -1, -6,-14, -4, 7,-17,-16, 5,-10, -2, -2, -1, -7, -1, 1,-11, 4, 4,-10,-24, -5, 5; /M: SY='R'; M= 4, -6,-17, -9, -7,-13, -9,-14,-10, 0, -8, 2, -1,-12, 9, 11, 0, 1, -5,-24,-13, -3; /M: SY='P'; M= -8,-18,-30,-10, 9,-37, -9, 7,-26, 9,-28,-35,-27, 98, 0,-10, -8, 1,-35,-30,-20, -1; /I: I=-6; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='N'; M= -6, 3,-18, -8,-14, -2, 11,-18, 1, -7, -4, -4, 13,-21,-12, -9, -6, -8, -9,-13, -9,-14; D=-6; /I: I=-6; DM=-19; /M: SY='E'; M= -1, 2,-19, 9, 19,-25, -7, -4,-23, 7,-12,-12, -5, 4, 10, -3, -1,-11,-22,-16,-12, 15; /M: SY='M'; M= -3,-11,-22,-13, -5, -5,-17, 4, 6, -5, 3, 7, -7,-13, -2, -4, -5, -2, 2,-24, 2, -5; /M: SY='W'; M=-26,-34,-22,-30,-15, 13, -6,-34, -6,-16, -2,-12,-43,-30,-13, -3,-21,-26, -4, 93, 33,-15; /M: SY='Q'; M= 3,-13,-17,-13, 6,-13,-21, -1, -9, -4, -7, -6,-12, -7, 29, 7, -6, -1,-11,-16, -4, 13; /M: SY='M'; M= 9,-11,-16,-18,-13,-16, 1, -9, 10, -5, 2, 12, -3,-22,-11,-14, -4, 1, 4,-28,-19,-13; /M: SY='D'; M= 0, 47,-28, 85, 13,-49,-11,-19,-39, 1,-10,-29, 9, -9, -8,-10, 0,-11,-21,-38,-11, 3; /M: SY='F'; M=-11,-21,-11,-29,-21, 23,-18,-19, 11,-14, 13, -2,-15,-30,-20,-14,-12, -8, 11, 3, 12,-22; /M: SY='T'; M= 4, -7,-13,-14,-13,-10,-11,-20, 6, -7, 1, 0, -1,-12, -8,-19, 6, 17, 7,-30, -9,-11; /M: SY='H'; M= -9, -9,-30, -7, 3,-18, 0, 23,-14, -5, -5, -4,-10, -1, -5,-12, -4,-13,-19,-13, -1, 1; /M: SY='P'; M= -6,-13,-27,-11, -9, -4,-13, -2, 1, -7, 0, -9,-16, 4,-13,-12, -7, -4, 0,-17, 4,-13; /M: SY='D'; M= 3, 0,-19, 4, 1,-16, -8,-15, -8, 0, -4, -4, -5, -6, -3, -8, 0, -1, -6,-20, -9, -1; /I: I=-5; MD=-16; /M: SY='I'; M= -4,-13,-16,-13, -7, -8,-12,-11, 4, -6, -1, -7,-13, 4, -6, -9, -3, 3, 3, -8, 1, -8; D=-5; /I: I=-5; MD=-16; /M: SY='F'; M= -5,-10,-20,-13, -5, 9,-11,-12, -6, 2, -3, -8, -8, -1, -7, -6, -4, -7, -6, -6, 1, -8; D=-5; /I: I=-5; MD=-16; /M: SY='A'; M= 5, -3,-11, -5, -4, -6, -1,-11, 5, -4, -3, -4, -3,-11, -7, -8, 4, 2, 4,-15, -8, -6; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16; /M: SY='G'; M= 1, 2,-17, 1, 2,-17, 6,-11, -8, 1, -9, -7, 3, -4, 2, -5, 0, -4,-13,-16,-13, 1; D=-5; /I: I=-5; DM=-16; /M: SY='G'; M= -3, 1,-17, -1, -7,-14, 11,-14,-11, -3,-10,-10, 2, -8, -8, -6, -2, -8,-13,-13,-13, -8; D=-5; /I: I=-5; DM=-16; /M: SY='K'; M= -7, -4,-26, -4, -1, -8, -5,-16,-16, 9,-11, -2, -1, -5, 2, 6, -5, -8,-15, -5, -1, -1; /M: SY='M'; M= -3, -8, -6, -9, -3, -6,-14,-17, -2, 0, -2, 1, -7,-11, -7, -1, -3, -2, -2,-21, -5, -5; /M: SY='Y'; M=-16,-16,-34,-13,-12, 7,-18, 7, -2,-10, 9, -1,-15,-18, -9, -9,-10, -7, 1, 5, 27,-13; /M: SY='I'; M= -6,-18,-13,-24,-21, 22,-21,-17, 23,-16, 23, 6,-15,-29,-21,-17,-14, -2, 20,-17, 16,-21; /M: SY='L'; M= 1,-12,-20,-16,-13, 11,-15, -2, 10,-14, 13, 7,-12,-22,-13,-15, -7, -1, 9,-24, 6,-13; /M: SY='V'; M= 8,-13,-21,-18,-23, 1,-20,-24, 24,-15, 5, -1, -9,-23,-19,-17, 0, 17, 29,-33, 0,-22; /M: SY='I'; M= -2,-14, -3,-23,-18, 10,-16,-24, 15,-14, 10, 1, -6,-28,-17,-17, -8, -1, 14,-18, -4,-19; /M: SY='I'; M= 5,-16,-19,-25,-26, 3,-20,-23, 40,-16, 13, 7, -7,-32,-22,-18, -8, 8, 37,-32, 0,-26; /M: SY='D'; M= -3, 31,-16, 59, 11,-37,-14,-11,-29, -3, -2,-18, 2,-11, -9,-12, -4,-10,-17,-34, -6, 3; /M: SY='D'; M= 3, 5,-23, 9, -9,-17, -7,-19, -6, -4, -5, -6, 0,-13, -5, -5, 3, 6, -1,-29, -8, -8; /M: SY='F'; M= -8,-15,-31,-20,-16, 30,-19,-13, -4, -3, 8, -2, -7,-24,-10, -5, -8, -9, 2, -2, 16,-17; /M: SY='S'; M= 11, 1,-20, -2, -6,-13, -5,-13, -7, -3,-14,-13, 5, -8, -7,-16, 33, 27, -4,-37,-18,-10; /M: SY='R'; M= -5, -6,-24, -7, -6,-17, 12,-12,-19, 6,-19, -3, -3, -7, 3, 21, -2,-18,-19, -9,-15, -5; /M: SY='Y'; M=-12,-18,-33,-15,-10, 21,-20,-11, -8, 0, 10, -2,-17,-19, -6, 0,-10,-10, 1, 8, 27,-11; /M: SY='I'; M= 5,-12,-11,-20,-16, -1,-14,-23, 23,-11, 7, 4, -6,-23,-15,-17, -3, 5, 20,-30, -9,-17; /M: SY='Y'; M= -7,-20,-21,-22,-12, 5,-18, -8, 9,-10, 7, 2,-18,-23,-13,-12,-10, -6, 9, 4, 12,-13; /M: SY='A'; M= 12, -7,-19,-10,-12, -8, -1,-21, 9,-10, 2, 1, -6,-19, -7,-12, -1, 3, 10,-28,-13,-12; /M: SY='Y'; M=-10,-18,-20,-17, -8, 5,-20, -8, -2, -9, 5, -5,-18,-17, -4, -6, -7, -4, 1, 4, 15, -8; /M: SY='P'; M= 0,-13,-16,-13, -4, -5,-15, -8, -7, -1, -5, -6,-13, 6, -1, -1, -3, -3, -6,-23, -8, -6; /M: SY='I'; M= 1,-13,-16,-21,-15, -1,-19, -4, 16, -9, 10, 11, -4,-22,-10,-15, -6, 5, 11,-30, -2,-14; /M: SY='S'; M= 2, -5,-21, -4, -2,-14, -8,-15,-13, 5,-14, -9, -7, 5, 0, 3, 6, 1,-10,-24,-13, -5; /M: SY='S'; M= 0, 0,-24, -1, -1,-15, 0,-11,-15, 4,-14, -7, 1, -4, 0, 1, 7, -1,-14,-21,-13, -2; /M: SY='E'; M= 1, -3,-18, 2, 18,-21,-12,-11,-19, 15,-15, -3, -8, 6, 12, 9, 0,-10,-18,-17,-12, 14; /M: SY='T'; M= 7, 4,-19, 4, -1,-19,-12,-11, -7, 1, -5, -2, 6, -8, -4,-15, 9, 12, -4,-36,-15, -3; /M: SY='A'; M= 14, -2,-24, -2, -2,-20, -5,-15, -7, -2,-10, -4, -3, -6, 7, -8, 9, 11, -3,-28,-19, -1; /M: SY='A'; M= 7, -4,-15, -4, 0,-13,-13,-16, 1, 0, -3, 1, -4,-14, -2, -6, 0, 2, 3,-28,-12, -2; /M: SY='E'; M= 2, -2,-12, -3, 6,-16,-18, 2,-12, -2, -7, -5, 1, -4, 2,-12, 2, 2,-10,-32,-15, 5; /M: SY='V'; M= 1,-13,-13,-17,-16, 2,-20,-19, 12,-13, 10, 2,-10,-22, -8,-14, -4, 11, 14,-21, 5,-12; /M: SY='V'; M= 6,-10,-24,-13,-13, -3,-16,-14, 12, -5, 5, 8, -5,-22, -7, -7, -4, 6, 14,-26, 0,-13; /M: SY='K'; M= 1, -5,-16, -6, 4, -6,-10,-13, -8, 5, -5, 0, -4, -9, -1, -5, -1, -5, -7,-20, -9, 1; /M: SY='Q'; M= 5, -4,-20, -2, 1,-16,-10, -2,-12, -2, -9, -3, -4, -6, 8, -2, 0, -3,-10,-27,-14, 1; /M: SY='L'; M= 2,-11,-11,-13,-11, 6,-17,-16, 14,-11, 17, 12,-12,-26,-12,-14,-11, 1, 12,-22, 5,-11; /M: SY='L'; M= -5,-13, -8,-19,-15, 15,-22,-11, 13,-13, 20, 9,-10,-27,-16,-14,-11, 2, 11,-23, 11,-15; /M: SY='E'; M= -1, -1,-14, 6, 19,-23,-15, -4,-19, 6, -8, -6, -9, -4, 13, 2, -4,-11,-18,-12, -7, 17; /M: SY='A'; M= 8, -9,-13,-12, 0,-12,-11,-10, 0, -4, -3, 5, -6,-15, 8, -4, -3, -1, -3,-20,-13, 1; /M: SY='F'; M= -1,-16,-23,-23,-18, 22,-16,-19, 13,-10, 14, 3,-11,-25,-10,-12, -8, -3, 13,-13, 8,-17; /M: SY='A'; M= 4, -8,-14,-11, -5, 2,-15,-11, 0, -5, 0, 0, -4,-18, 0, -2, -1, -1, 0,-25, -7, -5; /M: SY='Y'; M= -7,-16,-19,-15, -4, -2,-15,-10, 0, -3, 3, 1,-15,-14, -2, -3, -8, -7, -1, -1, 7, -5; /I: I=-5; MD=-17; /M: SY='F'; M= -4,-13,-20,-16,-12, 15,-13,-13, 2, -3, 5, 2, -9,-19, -8, -1, -7, -7, 4, -8, 6,-13; D=-5; /I: I=-5; MD=-17; /M: SY='H'; M= -7, -8,-19, -7, -1, -4, -3, 4, -9, -1, -3, -4, -7, -4, 0, 1, -5,-10, -9, -4, 2, -1; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='G'; M= -4, -7,-33,-12,-11,-20, 33,-12,-14, -5,-16,-16, -7, 5, -8, -8, -4,-14,-24, -2,-17,-11; /M: SY='M'; M= 0, -8,-15,-10, -5, -7,-14,-14, 2, 1, -2, 3, -5, -7, -5, -1, -5, -2, 1,-25, -7, -7; /M: SY='P'; M= -5,-17,-27,-14, -3,-25, -7, 1, -9, 1,-16,-20,-19, 51, -6, -8,-10, -2,-17,-27,-14, -8; /M: SY='K'; M= -1, -5,-19, -2, 12,-13,-17, -7,-11, 13, -7, 8, -7, 1, 3, 2, -4, -5,-11,-22, -4, 8; /M: SY='T'; M= 5, -8,-21,-10, -4,-10,-17,-11, 2, 0, -2, 4, -6,-10, -1, -7, 2, 8, 5,-28, -5, -3; /M: SY='I'; M= -5,-17,-14,-24,-20, 17,-21, -8, 29,-17, 25, 13,-13,-31,-21,-18,-15, -1, 21,-23, 14,-20; /M: SY='H'; M= -8,-11,-30,-14, -9, -7,-18, 17, 2, -7, 2, 7, -5,-11, -3, -6, -7, -2, -1,-25, 6, -8; /M: SY='T'; M= 5, -7,-19,-10,-12, -9,-13,-16, -3, -6, -4, -7, -2, -7, -6,-17, 16, 23, 3,-28, -8,-11; /M: SY='D'; M= 0, 50,-30, 90, 10,-50,-10,-20,-40, 0,-10,-30, 10,-10,-10,-10, 0,-10,-20,-40,-10, 0; /M: SY='N'; M= 0, 16,-16, 1, -2,-14, -9, -4, -9, 5,-18, 3, 39,-18, 12, 5, -4, 0,-20,-44,-25, 2; /M: SY='G'; M= 0, 1,-34, -1, -9,-32, 50,-17,-15, -5,-17,-15, -2, -6,-10,-13, -2,-17,-27, -1,-24,-10; /M: SY='P'; M= 0, -9,-27, -8, 0,-20, -3, -8,-17, 7,-18, -9, -9, 19, 0, 1, 6, 2,-17,-20,-14, -4; /M: SY='E'; M= 10, 0, -9, -1, 12,-25, -8,-14, -8, 0,-10, -5, 1, -6, 12, -8, -1, -1,-10,-28,-23, 12; /M: SY='F'; M=-20,-26,-33,-30,-27, 56,-26,-18, 2,-11, 23, -8,-21,-32,-21, -8,-14,-12, 11, 16, 42,-27; /I: I=-4; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14; /M: SY='T'; M= -1, -8, -3,-13,-12, -4,-15,-21, 3, -9, 3, -1, -5,-14, -9,-15, 3, 14, 5,-22, -4,-11; D=-4; /I: I=-4; DM=-14; /M: SY='S'; M= 5, 4,-13, -2, -3,-12, 0,-11, -6, -1,-13, -7, 13,-15, -7,-12, 15, 9,-10,-28,-20, -7; D=-4; /I: I=-4; DM=-14; /M: SY='Q'; M= 4, -3,-24, -3, 1,-18, -8, -2,-12, 1,-11, -2, -1, -2, 10, 0, 4, 4,-12,-27,-11, 3; /M: SY='Q'; M= 5, -3,-21, -2, 2,-18,-11,-10,-10, 3, -9, 0, -4, -4, 9, 4, 1, 0, -6,-26,-12, 3; /M: SY='F'; M=-13,-23,-30,-31,-25, 37,-25, -6, 6,-11, 15, -2,-12,-27,-18,-12, -9, -5, 10, -3, 23,-25; /M: SY='Q'; M= 8, -6,-16, -5, 10,-19,-10,-11, -9, 2, -8, -2, -8, -6, 21, 4, -1, -1,-10,-20,-12, 14; /M: SY='Q'; M= 3, 5,-15, 10, 12,-22,-12, -9,-15, 4, -8, -5, 0, -9, 13, 2, -1, -5,-14,-23,-11, 12; /M: SY='F'; M=-14,-24,-23,-29,-21, 33,-19,-21, 6,-12, 15, -3,-21,-30,-15, -8,-14,-11, 8, 18, 25,-20; /M: SY='C'; M= 0,-10, 26,-15, -4, -5,-20,-23, 4,-13, 10, 5, -9,-22, -9,-16, -8, 1, 3,-28,-14, -6; /M: SY='Q'; M= 1, -2,-18, -3, 6,-18,-14, -4,-11, 6,-12, 2, 1, -7, 9, 3, -2, -4,-12,-24,-13, 5; /M: SY='Q'; M= -4, -8,-24, -1, 9,-13,-15, 1,-18, 4, -8, -5,-11, -6, 11, 6, 1, -6,-15, -8, 2, 8; /M: SY='Y'; M=-12,-15,-24,-14, -7, 9,-18, 5, -1, -9, 13, 6,-17,-17, -8, -9,-11, -6, -2, -4, 22, -8; /M: SY='G'; M= -1, 5,-32, -2, -6,-26, 42,-17,-13, 1,-19,-10, 8, -7,-10,-11, -1,-15,-27, -9,-25, -8; /M: SY='I'; M= -1,-20,-20,-35,-29, 16,-16,-22, 43,-18, 19, 5, -5,-31,-21,-23, -9, 0, 33,-25, 1,-29; /M: SY='E'; M= 2, 0,-17, 4, 13,-18,-14, -8,-14, 10, -9, 1, -4, -4, 9, 5, -1, -7,-13,-23,-10, 11; /M: SY='H'; M= -8,-15,-28,-17, -8, -9,-18, 32, 0,-11, 2, 7,-11, -3, -8,-12,-10, -5, -6,-27, 3, -9; /M: SY='T'; M= -1,-10,-23,-11, -4, -7,-14, -9, 1, -1, 0, 1, -8,-12, -3, -7, 2, 5, 2,-18, 2, -5; /M: SY='F'; M= -3,-12,-17,-21,-17, 11,-22, -9, 1, -7, 9, 3, -4,-13,-11,-16, -3, 10, 3,-26, 4,-15; /M: SY='C'; M= 1, -4, 11,-11, -5,-21, 3,-15, -8,-11,-11,-10, 1,-13,-10,-17, 9, 4,-11,-28,-30, -9; /M: SY='V'; M= 2, -8,-17, -9, -8,-12,-14,-16, 2, -1, -5, -1, -5, -8, -2, 3, 0, 0, 5,-27,-11, -8; /I: I=-8; MD=-29; /M: SY='P'; M= -1,-13,-26, -8, 3,-27, -9, -2,-18, 8,-20,-19,-17, 57, 0, -6, -4, 3,-21,-28,-16, -2; D=-8; /I: I=-8; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='Y'; M=-16,-15,-39,-10,-12, -4, 6, 2,-12, -8, 0, -9,-18,-11, -2, 0, -9,-13,-11, 17, 22,-10; D=-8; /I: I=-8; DM=-29; /M: SY='N'; M= -3, 8,-19, 3, -5,-17,-13, 10,-11, -2,-12, 0, 18,-13, -3, -2, 1, 0,-12,-41,-16, -6; /M: SY='P'; M= -5,-14,-14, -9, 7,-30,-11, 7,-22, 3,-23,-26,-18, 58, -3,-10, 1, 2,-28,-31,-23, -2; /M: SY='Q'; M= -3,-13,-21,-10, 8,-16,-17, -8,-18, -1,-10, -8,-14, -7, 37, 16, -7, -4,-17, 6, 4, 17; /M: SY='S'; M= 9, 6,-24, 9, -2,-23, 1,-13,-11, -4,-11,-11, 1, -8, -1,-12, 13, 10, -9,-30,-17, -4; /M: SY='N'; M= 2, 9,-19, 1, 2,-13,-10,-12,-10, 8,-18, 0, 21,-13, 12, 8, 0, 0,-15,-34,-18, 3; /M: SY='G'; M= 12, 0,-37, -7,-14,-27, 56,-27, -7, -7,-17,-11, 0,-10,-11,-17, 3,-11,-18, -8,-33,-14; /M: SY='M'; M= 3, -9,-18, -9, -2,-10,-17,-14, -1, 5, -2, 8, -9,-11, 2, 4, -6, -1, 1,-23, -4, -2; /M: SY='V'; M= 10,-12,-15,-16,-22, 0,-22,-24, 29,-14, 7, 4, -8,-33,-21,-13, -6, 8, 32,-34, -4,-22; /M: SY='E'; M= 0, 0, 10, 10, 60,-40,-20, 0,-30, 20,-10,-10,-10, 10, 20,-10, 0,-20,-30,-10,-20, 50; /M: SY='R'; M= -4, -9,-14, -6, -8,-10,-15,-12,-20, 5,-18, -3, -3,-14, 15, 46, -1,-15, -9,-16,-10, -4; /M: SY='F'; M= 1,-15,-25,-24,-20, 19,-17,-15, 4, -4, 9, 4, -5,-21,-13,-13, -2, 5, 8,-21, 3,-19; /M: SY='N'; M= -6, 5,-23,-11,-15, -1,-14, 16, 5, -9, -6, 4, 28,-24,-13,-15, -7, -2, -5,-41,-12,-15; /M: SY='R'; M= -1, -7,-28, -6, 1,-20, 5, -7,-20, 7,-19, -4, -7, -4, 17, 23, -2,-14,-21, -9,-12, 4; /M: SY='T'; M= 1, -4,-21, -6,-15, -8,-19,-16, 2,-10, 8, 1, -2, -9, -5,-21, 7, 27, 8,-31, 6,-10; /M: SY='I'; M= -6,-15,-11,-21,-20, 18,-19,-16, 31,-19, 30, 12,-15,-31,-21,-20,-16, 0, 23,-20, 18,-20; /M: SY='K'; M= 1, 0,-22, -2, 9,-13,-12,-14,-13, 21,-13, 12, 4, -4, 5, 9, -3, -7,-13,-25,-11, 6; /M: SY='E'; M= 3, 5,-12, 11, 19,-26,-16, -6,-19, 6,-11, -7, 1, -5, 14, 2, 0, -6,-16,-25,-15, 17; /M: SY='Y'; M= -8, -8,-21, -7, 1, -8,-13, -9, -6, 1, -1, 1, -7,-11, 0, -2, -7, -7, -6, -5, 5, 0; /M: SY='I'; M= -5,-17, -4,-24,-18, 17,-20,-16, 20,-16, 19, 5,-12,-29,-19,-17,-11, -3, 16,-20, 6,-19; /M: SY='R'; M= -4,-12,-19,-14, -9, -2,-15,-12, -2, -3, 0, -2,-10, -4, 2, 6, -6, -3, -1,-19, 0, -7; /M: SY='K'; M= -1, -6,-11, -9, 1,-10,-16,-11, -4, 6, -8, 4, -2, -9, -5, -4, 1, -1, -4,-26,-10, -3; /M: SY='L'; M= -5, -9,-23, -8, -6, -6, -6, -5, -2, -5, 6, 3,-12,-16, -2, -2,-10, -9, -4,-11, 6, -5; /M: SY='M'; M= -3, -8,-17, -7, -3, -5,-15, -9, -1, 0, 4, 8, -9,-11, -4, -4, -5, -1, -1,-22, 3, -4; /M: SY='R'; M= -4, -5,-16, 3, 1,-19,-11, -7,-16, -1, -9, -9,-12, -2, 1, 7, -2,-10,-12,-12, -7, 0; /M: SY='F'; M= -5, -7,-22, -9,-10, 8, -7,-13, -8, -5, 2, -7, -6,-19, -9, -6, -4, -9, -7, -9, 1,-11; /M: SY='E'; M= 0, -1,-13, 0, 2,-13,-11,-12,-12, -1, -6, -8, -1, -6, -1, -9, 2, 0, -9,-24,-11, -1; /I: I=-4; MD=-15; /M: SY='D'; M= -1, 8,-18, 10, 1,-17, -2, -9,-12, 5,-12, -8, 5, 7, -4, -5, 1, -1,-13,-23,-12, -3; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='L'; M= -1, -6, -8,-10, -5, 2,-12, -7, 3, -2, 4, 3, -2,-12, -6, -7, -3, 0, 2,-17, -2, -6; D=-4; /I: I=-4; DM=-15; /M: SY='E'; M= 7, 0,-16, -2, 8,-18, -9,-11, -9, 2, -8, -5, 2, -4, 8, -9, 5, 4,-10,-28,-16, 7; /M: SY='E'; M= 0, -2,-22, 1, 6,-13,-14, -7,-13, 3, -5, -6, -4, -3, 1, -9, 0, -1, -9,-21, -5, 4; /M: SY='W'; M= -9,-17,-18,-18,-11, 3,-10,-20, -1, -9, 2, -4,-20,-13, -8, -8, -9, -4, -2, 15, 10,-10; /M: SY='N'; M= 2, 9,-17, 9, 7,-21, -7, -8,-12, 1,-11, -7, 11,-12, 8, -3, -2, -4,-15,-28,-15, 7; /M: SY='E'; M= 2, 2,-15, 7, 13,-20,-15, -8,-15, 4, -7, -5, -2, -7, 7, -5, 0, -3,-12,-20, -9, 11; /M: SY='A'; M= 9,-10,-20,-12, -1, -2,-13,-14, 3, -4, 1, 4,-10,-15, 4, -7, -4, -2, 3,-20, -7, 0; /M: SY='I'; M= -2,-15,-12,-20,-19, 16,-20,-17, 26,-16, 25, 12,-14,-31,-20,-16,-13, 1, 22,-23, 15,-19; /M: SY='Q'; M= 3, 0,-19, 2, 5,-17,-14, 1,-11, 0, -7, -2, -2, -3, 7, -2, 0, 0,-11,-30,-10, 5; /M: SY='Y'; M= -8,-11,-25, -7, -4, -4,-16, -6, -7, -1, 3, 2,-14,-11, 0, 1, -5, -3, -3, -6, 13, -4; /M: SY='W'; M= 1,-19,-26,-21,-15, 9, -9,-25, 7,-11, 2, -3,-18,-21, -9,-11, -7, -6, 10, 11, 4,-15; /M: SY='L'; M= 0,-12, 1,-15, -5, -4,-21,-15, 12,-10, 13, 8,-11,-22, -7,-11,-10, 1, 9,-24, 0, -5; /M: SY='Y'; M= -4, -4,-21, -2, -4,-10,-15, -9, -3, -6, 1, -4, -4,-16, -1, -9, -6, -4, -1,-13, 2, -4; /M: SY='Q'; M= -1, -6,-15, -3, -3,-11,-16,-12, -7, -4, -3, -5, -8,-12, 3, -1, 1, 0, -3,-17, -4, -2; /M: SY='Y'; M=-20,-19,-28,-13,-17, 19,-25, -5, 5,-14, 24, 1,-23,-24,-14, -9,-15, -5, 11, 5, 42,-17; /M: SY='N'; M= 1, 32,-14, 7,-10,-10, 1,-11, -2, 0,-18, 0, 65,-27, -7,-15, 0, 7,-17,-60,-34,-10; /M: SY='N'; M= -2, 3,-21, -4, -5, -6,-12, -5,-10, 0,-10, -2, 15,-14, 7, 3, -2, -1,-12,-30,-11, -2; /M: SY='R'; M= -2,-10,-17,-11, -2, -9,-10,-16, -9, 3, -8, 0, -8, -9, 9, 11, -2, -4, -8,-12, -6, 0; /M: SY='R'; M= -6,-12,-22,-11, -3, -7,-17,-10,-15, 6,-13, -8, -9, 8, 8, 20, -7,-10,-11,-16, -5, -2; /I: I=-7; MD=-25; /M: SY='R'; M= -1, -9,-16, -9, -2, -7,-10, -6, -6, 3, -6, -2, -9, -1, 0, 7, -1, -5, -5,-16, -5, -3; D=-7; /I: I=-7; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='H'; M= -7,-10,-32,-10, -2,-18,-10, 40,-10, -5, -5, 10, -6, 0, -5, -8, -6, -8,-16,-30, -4, -4; /M: SY='S'; M= 5, -2,-22, 1, 1,-19, 0,-13,-15, 3,-16,-11, -4, -2, 2, 4, 11, 0,-12,-22,-17, -2; /I: I=-9; MD=-32; /M: SY='I'; M= 2, -7,-15,-11,-10, -5, -8,-12, 6, -7, 4, 3, -6,-13, -5, -8, -4, 4, 3,-19, -2, -8; D=-9; /I: I=-9; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='T'; M= 1, -2,-16, -9, -5,-14, -3, -8, -5, -5, -5, -3, 3, -6, -3,-16, 5, 8, -9,-29,-13, -4; /M: SY='G'; M= -2, 0,-32, -5,-12,-16, 33,-23,-12, -4,-14,-13, 1,-12, -7, -7, -1,-12,-20, -1,-15,-11; /M: SY='H'; M= -6,-11,-22,-10, 3,-10,-18, 9, -6, 2, 1, 8,-11, -5, 2, 0, -6, -6, -8,-18, 4, 2; /M: SY='T'; M= 6, -3,-12, -9, -9,-16,-15,-17, -2, -5, -5, -4, 3, -5, -1,-14, 14, 24, 2,-37,-13, -7; /M: SY='P'; M=-10,-20,-29,-10, 9,-37, -9, 7,-29, 9,-29,-38,-30, 99, 0, -8, -9, -1,-38,-23,-18, -1; /M: SY='L'; M= 0,-12,-24,-12, -3, -2,-13, -8, 0, -2, 2, 1,-11,-11, -3, -9, -4, -3, 0,-11, 2, -5; /M: SY='E'; M= 3, 3, -9, 9, 29,-26,-17, -2,-22, 9,-10, -8, -2, -1, 21, -1, -2,-11,-22,-20,-15, 27; /M: SY='V'; M= -2,-16,-15,-18,-11, 6,-19,-16, 7, -4, 6, 4,-12,-22, -4, 6, -9, -9, 10,-16, 3,-10; /M: SY='F'; M= -9,-19,-21,-23,-14, 18,-18, -7, 3,-11, 8, 0,-16,-25,-11, -6,-12,-11, 3, 4, 13,-13; /M: SY='H'; M= -2, -8,-24,-11, -4, 0,-14, 1, -3, -4, 0, 1, -3,-11, -6,-12, -4, -5, -4,-19, -3, -6; /M: SY='Q'; M= -1, -2,-24, -2, -1,-14, -3,-10,-11, 0,-10, -7, 0, -7, 8, 3, -1, -4,-13,-17, -7, 0; /M: SY='Q'; M= -1, -5,-21, -5, 2,-16, -6,-10,-10, 3,-10, -5, -2, -1, 5, 3, -4, -6,-11,-19,-10, 2; /M: SY='E'; M= 0, -5,-24, -3, 2,-14,-10, -4, -8, 2, -6, -2, -6, 0, 1, -5, 0, 0, -9,-23, -5, 0; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
Numerical results
UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_05, total number of sequence entries in that release: 540052. Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 276 hits in 276 different sequences Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 276 hits in 276 different sequences Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences Number of known missed hits: 1 Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0 Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 % Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 99.64 %
Comments
MATRIX_TYPE: protein_domain Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed Matrix author: N_Hulo Taxonomic range: Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 1 FT_KEY: DOMAIN FT_DESC: Integrase catalytic VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot	True positive hits: ADPR_LACLL (Q06715), COPIA_DROME (P04146), GIN1_BOVIN (A4FUB7), GIN1_HUMAN (Q9NXP7), GIN1_MACFA (Q4R6I1), GIN1_MOUSE (Q8K259), GIN1_PONAB (Q5RBK0), GIN1_RAT (Q66H30), IGEB_MOUSE (P03975), IND10_ECOLI (P0CF62), IND11_ECOLI (P0CF63), IND12_ECOLI (P0CF64), INSD1_ECOLI (P0CF53), INSD2_ECOLI (P0CF54), INSD3_ECOLI (P0CF55), INSD4_ECOLI (P0CF56), INSD5_ECOLI (P0CF57), INSD6_ECOLI (P0CF58), INSD7_ECOLI (P0CF59), INSD8_ECOLI (P0CF60), INSD9_ECOLI (P0CF61), INSD_ECOLX (P0C5W5), INSF1_ECOLI (P0CF79), INSF2_ECOLI (P0CF80), INSF3_ECOLI (P0CF81), INSF4_ECOLI (P0CF82), INSF5_ECOLI (P0CF83), INSF6_ECOLI (P0CF84), INSF7_ECOLI (Q9JMT3), INSF_ECO11 (P0CF85), INSI1_ECOLI (P0CF88), INSI3_ECOLI (P0CF89), INSI4_ECOLI (P0CF90), INSK_ECOLI (P19769), INSO2_ECOLI (Q47718), INTG_SPV1C (Q88419), INTG_SPV1R (P15894), ISTA_PSEAI (P15025), ISTA_SHISO (P16944), KRBA2_HUMAN (Q6ZNG9), NYNRI_HUMAN (Q9P2P1), NYNRI_MOUSE (Q5DTZ0), POK10_HUMAN (P10266), POK12_HUMAN (P63135), POK17_HUMAN (P63136), POK20_HUMAN (Q9UQG0), POK2_HUMAN (Q9BXR3), POK3_HUMAN (Q9WJR5), POK5_HUMAN (P63132), POK6_HUMAN (P63133), POK7_HUMAN (Q9QC07), POL1_CHICK (P10399), POL2_DROME (P20825), POL3_DROME (P04323), POL4_DROME (P10394), POL5_DROME (Q8I7P9), POLX_TOBAC (P10978), POLY_DROME (P10401), POL_ALV (Q7SQ98), POL_AVIRE (P03360), POL_BAEVM (P10272), POL_BIV29 (P19560), POL_BLVAU (P25059), POL_BLVJ (P03361), POL_CAEVC (P33459), POL_EIAV9 (P11204), POL_EIAVC (P32542), POL_EIAVY (P03371), POL_FENV1 (P31792), POL_FFV (O93209), POL_FIVPE (P16088), POL_FIVSD (P19028), POL_FIVT2 (P31822), POL_FOAMV (P14350), POL_GALV (P21414), POL_HTL1A (P03362), POL_HTL1C (P14078), POL_HTL1L (P0C211), POL_HTL32 (Q0R5R2), POL_HTL3P (Q4U0X6), POL_HTLV2 (P03363), POL_HV190 (O93215), POL_HV192 (O12158), POL_HV193 (O89290), POL_HV196 (Q9QBY3), POL_HV197 (Q9QBZ9), POL_HV19N (O41798), POL_HV1A2 (P03369), POL_HV1AN (Q77373), POL_HV1B1 (P03366), POL_HV1B5 (P04587), POL_HV1B9 (Q73368), POL_HV1BR (P03367), POL_HV1EL (P04589), POL_HV1ET (Q75002), POL_HV1H2 (P04585), POL_HV1JR (P20875), POL_HV1LW (P0C6F2), POL_HV1M2 (Q9QBZ1), POL_HV1MA (P04588), POL_HV1MN (P05961), POL_HV1MP (Q9QBZ5), POL_HV1MV (Q79666), POL_HV1N5 (P12497), POL_HV1ND (P18802), POL_HV1OY (P20892), POL_HV1RH (P05959), POL_HV1S2 (Q9WC54), POL_HV1S9 (Q9WC63), POL_HV1SE (O89940), POL_HV1U4 (P24740), POL_HV1V9 (Q9Q720), POL_HV1VI (Q9QSR3), POL_HV1Y2 (P35963), POL_HV1YB (Q9IDV9), POL_HV1YF (O91080), POL_HV1Z2 (P12499), POL_HV1Z6 (P04586), POL_HV2BE (P18096), POL_HV2CA (P24107), POL_HV2D1 (P17757), POL_HV2D2 (P15833), POL_HV2EH (Q89928), POL_HV2G1 (P18042), POL_HV2KR (Q74120), POL_HV2NZ (P05962), POL_HV2RO (P04584), POL_HV2SB (P12451), POL_HV2ST (P20876), POL_HV2UC (Q76634), POL_IPHA (P04026), POL_IPMA (P11368), POL_IPMAI (P12894), POL_JEMBR (Q82851), POL_JSRV (P31623), POL_KORV (Q9TTC1), POL_MLVAV (P03356), POL_MLVCB (P08361), POL_MLVF5 (P26810), POL_MLVFF (P26809), POL_MLVFP (P26808), POL_MLVMS (P03355), POL_MLVRD (P11227), POL_MLVRK (P31795), POL_MMTVB (P03365), POL_MMTVC (P11283), POL_MPMV (P07572), POL_OMVVS (P16901), POL_RSVP (P03354), POL_RSVSA (Q04095), POL_RSVSB (O92956), POL_SFV1 (P23074), POL_SFV3L (P27401), POL_SFVCP (Q87040), POL_SIVCZ (P17283), POL_SIVEK (Q1A249), POL_SIVG1 (Q02836), POL_SIVGB (P22382), POL_SIVM1 (P05896), POL_SIVMB (Q1A267), POL_SIVMK (P05897), POL_SIVS4 (P12502), POL_SIVSP (P19505), POL_SIVTN (Q8AII1), POL_SIVV1 (P27973), POL_SIVVG (P27980), POL_SIVVT (P05895), POL_SMRVH (P03364), POL_SRV1 (P04025), POL_SRV2 (P51517), POL_VILV (P03370), POL_VILV1 (P23426), POL_VILV2 (P23427), POL_VILVK (P35956), POL_WDSV (O92815), POL_WMSV (P03359), POL_XMRV3 (Q2F7J3), POL_XMRV4 (Q2F7J0), POL_XMRV6 (A1Z651), RTF21_SCHPO (Q05654), RTF22_SCHPO (Q9C0R2), RTF23_SCHPO (Q9UR07), SCND3_HUMAN (Q6R2W3), T1353_SHIFL (Q79CE8), T232_BACTB (Q99335), T257_STAAU (P14506), T341_ECOLX (P11257), T408_BURM1 (Q51649), T431_STAA8 (P0C1L0), T431_STAAM (P0A043), T431_STAAN (P0A044), T431_STAAW (P0A045), T629_SHISO (P16942), T904_LACLA (P35878), TNPA_BACFG (Q45119), TNPA_BACFR (Q64NF0), TNSB_ECOLX (P13989), TRA1_STRSL (P37245), TRA2_PSEFL (Q51761), TRA2_STREE (Q54513), TRA3_STAAU (P18416), TRA4_BACFG (P37247), TRA6_GEOSE (Q45618), TRA6_PSEAI (P0A134), TRA6_SHIFL (P0A135), TRA8_RALME (P37248), TRA9_MYCBO (P59800), TRA9_MYCTA (A5TY79), TRA9_MYCTU (P0C5G8), TRAT_CHEHE (Q46087), TY1AB_YEASX (Q07163), Y1280_HAEIN (P44151), Y1721_HAEIN (O05086), Y3428_MYCTU (Q50700), Y4601_AGRT5 (P0A3L3), Y4601_AGRT7 (P0A3L4), Y4BF_RHISN (P55373), Y4BL_RHISN (P55379), Y4JA_RHISN (P55501), Y4RM_RHISN (P55646), Y4UI_RHISN (Q53201), YA11B_YEAST (O13527), YAGA_ECOLI (P37007), YB11B_YEAST (Q12490), YB12B_YEAST (Q12193), YB21B_YEAST (Q12491), YC21B_YEAST (P25384), YD11B_YEAST (Q03855), YD12B_YEAST (Q99231), YD13B_YEAST (Q07793), YD14B_YEAST (P0C2I2), YD15B_YEAST (P0C2I3), YD21B_YEAST (Q12472), YD22B_YEAST (Q03494), YD23B_YEAST (Q07791), YE11B_YEAST (Q03612), YE12B_YEAST (Q03619), YF21B_YEAST (P0CX63), YG11B_YEAST (Q12141), YG12B_YEAST (Q12269), YG13B_YEAST (Q12316), YG21B_YEAST (Q12337), YG22B_YEAST (P0CX64), YG31B_YEAST (Q99315), YH11B_YEAST (O13535), YH41B_YEAST (P0C2J7), YI2A_ECOLX (P51026), YI31B_YEAST (Q7LHG5), YI61_XANEU (P25438), YI71_BURM1 (P24577), YIS2_SHISO (P16940), YJ11B_YEAST (P47098), YJ12B_YEAST (P47100), YJ41B_YEAST (P47024), YL11B_YEAST (Q12088), YL12B_YEAST (P0C2I5), YL13B_YEAST (P0C2I6), YL14B_YEAST (P0C2I7), YL21B_YEAST (P0C2J3), YL22B_YEAST (P0C2J5), YM11B_YEAST (Q04711), YM12B_YEAST (Q03434), YM13B_YEAST (Q04214), YM14B_YEAST (Q04670), YMD3_CAEEL (P34457), YN11B_YEAST (Q12112), YN12B_YEAST (Q99337), YO11B_YEAST (Q12273), YO12B_YEAST (Q92393), YO21B_YEAST (Q12113), YO22B_YEAST (Q12501), YP11B_YEAST (Q12414), YP12B_YEAST (P0C2I9), YP13B_YEAST (P0C2J0), YP14B_YEAST (P0C2J1), YRD6_CAEEL (Q09575) False negative hits (sequences which belong to the set under consideration, but which have not been picked up by the pattern or profile): INTG_BPPF1 (Q38067) Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
PDB [Detailed view]	1A5V; 1A5W; 1A5X; 1ASU; 1ASV; 1ASW; 1B92; 1B9D; 1B9F; 1BHL; 1BI4; 1BIS; 1BIU; 1BIZ; 1BL3; 1C0M; 1C1A; 1C6V; 1CXQ; 1CXU; 1CZ9; 1CZB; 1EX4; 1EXQ; 1HYV; 1HYZ; 1ITG; 1K6Y; 1M0C; 1QS4; 1VSD; 1VSE; 1VSF; 1VSH; 1VSI; 1VSJ; 1VSK; 1VSL; 1VSM; 1WKN; 1ZA9; 2B4J; 2G3L; 2ITG; 2X6N; 2X6S; 2X74; 2X78; 3AO2; 3AV9; 3AVA; 3AVB; 3AVC; 3AVF; 3AVG; 3AVH; 3AVI; 3AVJ; 3AVK; 3AVL; 3AVM; 3AVN; 3DLR; 3F9K; 3HPG; 3HPH; 3KKR; 3KKS; 3L2Q; 3L2R; 3L2U; 3L2V; 3L2W; 3L3U; 3L3V; 3LPT; 3LPU; 3NF6; 3NF7; 3NF8; 3NF9; 3NFA; 3O4N; 3O4Q; 3OS0; 3OS1; 3OS2; 3OY9; 3OYA; 3OYB; 3OYC; 3OYD; 3OYE; 3OYF; 3OYG; 3OYH; 3OYI; 3OYJ; 3OYK; 3OYL; 3OYM; 3OYN; 3S3M; 3S3N; 3S3O; 4AH9; 4AHR; 4AHS; 4AHT; 4AHU; 4AHV; 4BAC; 4BDY; 4BDZ; 4BE0; 4BE1; 4BE2; 4DMN; 4E1M; 4E1N; 4E7H; 4E7I; 4E7J; 4E7K; 4E7L;

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Disclaimer

Back to the Top