PROSITE entry PS50995
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | HTH_MARR_2 |
| Accession [info] | PS50995 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAY-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00861 |
| Associated ProRule [info] | PRU00345 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | MarR-type HTH domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=133; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=128; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2798102; R2=0.0249925; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6998.8300781; R2=7.9757175; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=505; H_SCORE=11027; N_SCORE=14.9; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=169; H_SCORE=8347; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='H'; M= -5, -1,-25, -2, 3,-16,-13, 6,-16, -2,-13, -4, -2,-11, 1, 0, -5, -7,-15,-21, -3, 0; /M: SY='N'; M= -2, 4,-22, 2, -2,-15,-14, -6,-13, -7,-14, -9, 5, -5, -6,-11, 1, 0,-12,-28,-12, -5; /M: SY='E'; M=-10, -2,-20, 3, 7,-23,-16,-10,-19, -1,-12,-10, -6, -5, 1, -2, -7, -9,-16,-28,-16, 3; /M: SY='L'; M= -7,-23,-21,-27,-21, 8,-19,-19, 13,-26, 27, 13,-20,-26,-20,-20,-21,-10, 7,-19, -2,-21; /M: SY='F'; M= -4,-16,-15,-22,-13, 9,-13,-14, -4,-17, 3, 3,-14,-20,-16,-16, -9, -2, -3,-15, 1,-14; /M: SY='R'; M= -9,-10,-26,-12, -5,-10,-16, 3,-15, 2,-14, -4, -5,-13, 4, 11, -4, -5,-14,-17, 1, -2; /M: SY='L'; M= 0, -5,-20, -3, -2,-13,-19,-14, -6, -9, 5, -3,-10,-17, -6, -9, -8, -3, -4,-25,-11, -4; /M: SY='L'; M= -8,-26,-11,-31,-21, 2,-29,-19, 18,-24, 29, 20,-24,-26,-16,-17,-23,-10, 11,-22, -4,-20; /M: SY='Y'; M= -5,-13,-24,-14, -6, -7,-11, -4, -9, -7, -5, 0, -9,-19, -3, -2, -6, -8, -8,-16, 1, -6; /M: SY='R'; M= -7,-10,-25,-12, -3,-20,-12, -1,-14, 3, -8, 3, -6,-17, 13, 14, -7, -7,-13,-21, -9, 3; /M: SY='V'; M= 9,-20,-11,-25,-18, -3,-20,-21, 9,-19, 9, 5,-18,-21,-15,-19, -7, -2, 11,-22, -8,-16; /M: SY='A'; M= 5, -7,-17,-12,-11, -4,-11,-13, -8,-12, -9, -8, -3,-18,-10,-11, 4, 2, -3,-22, -6,-10; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='R'; M= -3, -7,-20, -7, 4,-16,-14, -4,-13, 8, -7, -2, -5,-12, 9, 18, -6, -7,-11,-17, -9, 5; D=-2; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='A'; M= 9, -7,-17,-10, -2,-17,-12, -6,-10, 7,-10, -3, -6,-11, 3, 2, -3, -5, -6,-17, -9, 0; D=-2; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='L'; M= -6,-19,-18,-20,-14, 3,-21, -7, 6,-15, 16, 7,-17,-21,-12, -9,-17, -8, 4,-10, 1,-14; D=-2; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='D'; M= -9, 4,-22, 7, -2,-15, -1, -6,-22, 0,-16,-11, 1,-14, -4, 6, -5, -8,-16,-12, -9, -4; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='S'; M= 3, -1,-22, -2, 0,-23, -8,-11,-18, 3,-20,-12, 1, -9, 0, 2, 5, -1,-12,-27,-16, -1; /M: M= -7, -5,-25, -6, -3,-10,-16, -9, -8, -7, -3, -4, -3,-18, -2, -3, -8, -7,-10,-21, -5, -4; /M: SY='I'; M= -9,-22,-25,-25,-19, 6,-22,-17, 7,-20, 4, 1,-17,-17,-16,-16,-11, -5, 2, -3, 6,-19; /M: SY='N'; M=-11, 15,-24, 13, 5,-25,-12, 4,-23, 5,-24,-14, 18,-15, 9, 11, 5, -2,-21,-31,-14, 5; /M: SY='Q'; M= -5, -4,-26, -4, 5,-19,-18, -2,-15, 1,-16, -8, -3, -4, 6, 0, -1, -4,-15,-25,-10, 4; /M: SY='E'; M= -3,-13,-25,-15, 1, -9,-23,-13, 0, -7, -2, -1,-13,-15, -3, -7, -8, -6, -1,-14, -5, -2; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='L'; M= -8,-19,-11,-23,-16, 13,-23,-10, 5,-20, 17, 6,-16,-24,-16,-15,-16, -8, 3,-15, 2,-15; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='K'; M= -3, 3,-23, 4, 5,-24, -5, -7,-22, 10,-20,-11, 2, -6, 5, 2, 1, -5,-18,-23,-14, 5; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='P'; M= 0, -4,-24, -1, 6,-24,-14, -9,-18, 6,-18,-11, -6, 10, 4, 2, -3, -7,-15,-22,-16, 4; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='Y'; M= -9,-13,-21,-12, -3, -1,-21, 5, -3,-10, 8, 3,-12,-19, -3, -8,-11, -7, -7,-13, 10, -4; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='D'; M= -9, 19,-28, 24, 5,-32, 16, -7,-35, -5,-29,-23, 14, -9, -5,-10, 2,-11,-29,-31,-23, 0; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-32,-23, 8,-31,-21, 24,-28, 34, 16,-28,-28,-20,-22,-26,-10, 14,-10, 5,-23; /M: SY='T'; M= 1, 2,-15, -6, -8,-12, -5,-15,-16, -8,-17,-13, 7,-13, -9, -9, 16, 25, -9,-29,-13, -8; /M: SY='P'; M= -5,-11,-27,-10, 3,-17,-20, -7,-13, 1, -9, -7,-10, 4, 0, 3, -8, -7,-14,-22,-10, -1; /M: SY='S'; M= 5, -3,-21, -7, -5,-23, 1,-13,-20, -7,-21,-14, 1, 3, -3, -9, 8, 7,-16,-27,-20, -5; /M: SY='Q'; M=-11, 2,-28, 6, 20,-31,-20, 11,-19, 3,-14, -4, -1,-12, 34, 2, -4,-10,-24,-25, -9, 26; /M: SY='Y'; M=-13,-23,-27,-26,-19, 22,-25, 0, -4,-18, 3, -1,-20,-22,-15,-14,-19,-12, -8, 17, 28,-17; /M: SY='M'; M= -5,-10,-23,-12, -9,-14,-11, 2, -9, -4, -5, 4, -7,-19, -5, -1, -8, -7, -5,-24, -7, -8; /M: SY='V'; M= 3,-22,-13,-28,-23, -2,-25,-20, 18,-20, 7, 8,-19,-22,-18,-21, -9, -2, 19,-19, 0,-22; /M: SY='L'; M= -6,-29,-19,-30,-21, 7,-29,-21, 21,-27, 41, 19,-28,-28,-20,-20,-25, -9, 14,-21, -2,-21; /M: SY='R'; M= -8,-12,-20,-13,-10,-10,-18, -2,-10, -5, -7, -4, -9,-21, -5, 2, -7, -4, -6,-13, 1, -9; /M: SY='I'; M= -1,-14,-13,-22,-15, -6,-23,-17, 5,-13, 1, 2,-10,-19,-10, -8, -4, 3, 4,-23, -8,-14; /M: SY='I'; M= -7,-29,-24,-34,-25, 4,-33,-25, 33,-29, 32, 18,-24,-24,-20,-25,-23, -9, 20,-20, -1,-25; /M: SY='H'; M= -1, -3,-12, -7, -7,-13, -5, 6,-22, -9,-19,-13, 2,-19, -6, -6, 1, -7,-18,-17, -4, -7; /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='E'; M= -7, 2,-19, 4, 21,-19,-18, -5,-16, 1,-14,-11, -1, -9, 10, -1, -1, -5,-16,-24,-13, 15; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='N'; M= 4, 5,-21, 0, 4,-23, -4, -2,-19, -3,-21,-14, 11, -5, 3, -7, 8, -2,-19,-30,-18, 3; /M: SY='P'; M= -9, -2,-32, 2, 7,-27, -6, 0,-25, -4,-25,-16, -1, 20, 3, -7, -4,-11,-28,-26,-16, 2; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='G'; M= 2, -4,-14, -5, -8,-25, 25,-15,-28,-13,-25,-18, 1, -7,-12,-16, 4, -8,-22,-26,-24,-11; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='I'; M= -7,-24,-24,-29,-19, -2,-29,-18, 22,-19, 21, 21,-21,-17,-12,-18,-20, -9, 13,-21, -4,-17; /M: SY='S'; M= 2, 1,-16, -3, -3,-17,-12,-12,-10, -7,-17,-11, 6,-12, -3, -9, 16, 14, -5,-32,-15, -3; /M: SY='Q'; M= -5,-14,-24,-15, -6,-15,-21,-12, -1, -9, -8, 1,-12, 2, 3,-11, -6, -6, -2,-25,-12, -2; /M: SY='S'; M= 1, -5,-21, -5, -1,-22, 5, -9,-20, -6,-21,-13, 0,-13, -3, -9, 10, 2,-13,-28,-17, -2; /M: SY='E'; M= -1, 8,-25, 12, 22,-24,-15, -6,-25, 8,-19,-15, 1, -8, 9, -1, 0, -5,-20,-26,-15, 16; /M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-33,-23, 13,-32,-21, 25,-29, 39, 20,-27,-27,-21,-22,-27,-10, 13,-18, 2,-23; /M: SY='A'; M= 27,-13,-15,-20,-14,-17, 1,-21, -5,-13, -7, -6,-10,-15,-13,-19, 4, -3, 2,-22,-17,-14; /M: SY='K'; M= -7, 1,-21, 2, 8,-22,-17, -7,-20, 10,-20,-12, 0, -9, 4, 7, -1, -6,-16,-26,-11, 5; /M: SY='R'; M= 3,-14,-22,-18, -9,-10,-19, -8, -5, 0, -4, 1,-11,-18, -2, 5, -8, -7, -2,-18, -4, -7; /M: SY='L'; M= -1,-21,-15,-25,-16, -3,-16,-19, 8,-22, 20, 11,-20,-23,-15,-19,-16, -7, 4,-22, -8,-16; /M: M= -6, -8,-11, -9, -7,-19, -5, -1,-17, -4,-16, -4, -6,-20, -5, -5, -4, -9,-10,-26,-10, -7; /M: SY='V'; M= -6,-25,-19,-29,-24, 3,-29,-20, 24,-19, 12, 14,-21,-25,-19,-17,-12, -4, 25,-21, 0,-23; /M: SY='D'; M= -8, 14,-21, 19, 5,-23,-13, -3,-22, -3,-20,-16, 8,-13, -2, -5, 9, 7,-14,-34,-14, 1; /M: SY='R'; M= -8, -9,-27, -9, -2,-21,-14,-10,-20, 12,-16, -9, -4, -4, 1, 20, -6, -5,-15,-24,-14, -3; /M: SY='S'; M= 7, -5,-19, -7, -3,-23, -1,-13,-19, -9,-22,-14, -1, 2, 1,-11, 16, 11,-14,-30,-19, -2; /M: SY='T'; M= 8, 4,-13, -4, -6,-16, -8, -7,-14, -9,-17,-13, 10,-13, -5,-10, 19, 20, -9,-32,-14, -6; /M: SY='L'; M= 2,-25,-19,-30,-21, 0,-25,-21, 22,-23, 24, 18,-23,-23,-17,-21,-17, -7, 16,-21, -5,-20; /M: SY='T'; M= 5, -2,-12,-10,-11,-10,-10,-17,-10,-11,-13,-11, 2,-14,-11,-12, 16, 26, -2,-29,-13,-11; /M: SY='R'; M= -7, -7,-26, -8, -2,-19,-10, -1,-23, 11,-20,-11, 0,-13, 1, 24, -3, -6,-16,-21, -8, -3; /M: SY='V'; M= 1,-19,-18,-24,-18, -2,-23,-17, 11,-12, 6, 9,-17,-21,-12,-12, -9, -1, 13,-19, -2,-16; /M: SY='L'; M= -5,-25,-19,-29,-22, 2,-29,-23, 23,-25, 27, 13,-23,-24,-19,-21,-16, -2, 18,-23, -4,-22; /M: SY='K'; M= -6, 13,-26, 15, 6,-28,-11, -2,-29, 16,-25,-16, 7,-13, 2, 12, -2, -6,-21,-27,-14, 3; /M: SY='R'; M= -7, -4,-26, -6, 6,-21,-17, -5,-23, 15,-20,-10, 0, -9, 11, 25, -2, -4,-19,-22,-12, 7; /M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-30,-20, 8,-28,-17, 20,-27, 45, 26,-28,-28,-17,-18,-28,-10, 10,-20, 0,-18; /M: SY='E'; M= -3, -1,-26, 4, 33,-22,-21, -8,-13, 0, -9,-11, -7, -7, 7, -7, -3, -8,-13,-28,-16, 20; /M: SY='K'; M=-13, 11,-25, 16, 16,-30,-14, -3,-30, 17,-24,-14, 5,-12, 10, 13, -4,-10,-24,-28,-15, 13; /M: SY='D'; M= -6, 8,-26, 10, 5,-28,-10, 1,-26, 10,-21,-11, 5,-13, 8, 10, -2, -7,-20,-26,-13, 5; /M: SY='G'; M= -2, -1,-29, -2,-13,-30, 55,-15,-38,-16,-30,-21, 7,-19,-15,-17, 1,-17,-30,-23,-28,-14; /M: SY='F'; M=-12,-28,-26,-31,-23, 21,-27,-12, 7,-24, 17, 5,-26,-28,-21,-18,-25,-13, 0, 17, 20,-21; /M: SY='I'; M= -6,-30,-14,-35,-29, 0,-35,-29, 36,-26, 17, 14,-25,-26,-25,-25,-16, -6, 35,-25, -5,-29; /M: SY='R'; M= -6, -1,-24, 0, 6,-19,-15, -8,-17, 3,-13,-10, -3,-14, 1, 7, -1, 0,-12,-24,-10, 2; /M: SY='R'; M=-14,-11,-25,-11, -4,-14,-19, -6,-21, 19,-17, -9, -3,-19, 2, 44, -4, -3,-11,-22, -9, -4; /M: SY='E'; M=-10, -9,-26, -9, 2,-11,-23,-12, -7, -3, -5, -3, -9,-12, 0, -2, -8, -4, -8,-16, -7, 0; /M: SY='K'; M= -1, -5,-26, -4, 4,-24,-16, -8,-20, 8,-21,-12, -5, 7, 2, 5, -1, -2,-15,-26,-16, 1; /M: SY='D'; M= -7, 9,-12, 12, 1,-25, -8, -4,-25, -3,-26,-18, 9,-11, -3, -3, 9, -1,-19,-35,-18, -2; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='P'; M= -6, -9,-30, -4, 8,-25,-19,-12,-16, 1,-18,-12,-10, 23, 1, -3, -5, -8,-18,-27,-19, 2; /M: SY='N'; M= -4, 9,-22, 6, 4,-23, 1, -4,-23, 0,-24,-16, 15,-15, 1, 3, 8, -1,-20,-31,-19, 2; /M: SY='D'; M=-16, 44,-28, 56, 14,-36, -5, 0,-36, -1,-30,-28, 25,-12, -1, -9, 3, -8,-29,-39,-20, 7; /M: SY='R'; M=-13, -4,-30, -4, 7,-27,-13, -5,-30, 32,-25,-10, 0,-14, 12, 38, -8,-11,-22,-20,-12, 8; /M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8, 2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10, 0,-18, 10, 62,-10,-10,-20,-20,-10, 2; /M: SY='S'; M= 1, -4,-16, -8, -1,-19,-12,-11,-11, -3,-16,-10, 2,-14, 0, -1, 7, -1, -9,-29,-15, -2; /M: SY='V'; M= -7,-17,-22,-20,-13, -4,-25,-15, 1, 2, 0, 2,-15,-21,-10, 3,-12, -5, 6,-17, 1,-13; /M: SY='R'; M=-15,-14,-20,-16, -9, -2,-24, 2,-11, -1, -3, -2, -9,-20, -4, 12,-14,-10,-10,-17, 4, -9; /M: SY='I'; M= -5,-29,-21,-33,-26, 3,-33,-25, 32,-25, 22, 15,-25,-25,-22,-23,-18, -7, 28,-20, 0,-26; /M: SY='H'; M=-10, -9,-23,-11, -5, -5,-19, 7,-16, -2,-15, -7, -4,-18, 2, 3, 1, 1,-13,-13, 5, -3; /M: SY='L'; M= -7,-27,-22,-28,-18, 3,-27,-19, 16,-25, 33, 17,-27,-14,-17,-20,-24, -9, 8,-22, -5,-19; /M: SY='T'; M= 1, -1,-10,-10, -9,-10,-18,-19,-10,-11, -9,-10, 0,-11, -9,-10, 20, 44, -1,-31,-11, -9; /M: SY='E'; M= -5, 9,-27, 15, 29,-30,-16, -5,-27, 9,-22,-17, 1, -1, 13, 0, 2, -4,-24,-29,-18, 21; /M: SY='E'; M= -3, 2,-26, 4, 18,-28,-12, -7,-27, 17,-24,-15, 0, -4, 10, 10, 2, -5,-21,-26,-17, 13; /M: SY='G'; M= 2,-10,-28,-10,-19,-29, 64,-20,-38,-19,-29,-20, 0,-19,-19,-20, 2,-17,-28,-21,-29,-19; /M: SY='R'; M= -2, -7,-23, -8, 1,-16,-18, -5,-15, 7, -9, -4, -6,-15, 3, 10, -6, -6,-10,-22, -9, 2; /M: SY='E'; M= 4, -5,-22, -6, 7,-19,-16, -6,-14, 6,-13, -7, -5,-13, 6, -1, -3, -7,-10,-23,-11, 7; /M: SY='L'; M= -7,-26,-20,-29,-21, 7,-29,-18, 19,-22, 25, 13,-24,-26,-20,-18,-20, -8, 16,-20, 0,-21; /M: SY='Y'; M= -5,-21,-12,-25,-17, 3,-26,-11, 5,-18, 8, 3,-19,-24,-15,-17,-16, -9, 2, -8, 9,-17; /M: SY='E'; M= 1, 2,-27, 2, 8,-26,-13, -7,-23, 7,-22,-14, 1, -1, 7, 3, -2, -8,-21,-18,-16, 7; /M: SY='R'; M= -6, -5,-25, -4, 6,-19,-14, 0,-17, 1,-10, -7, -4,-15, 2, 8, -4, -8,-13,-26,-11, 2; /M: SY='L'; M= 8,-22,-14,-27,-19, -1,-21,-15, 11,-21, 17, 9,-20,-22,-17,-20,-13, -7, 10,-21, -5,-18; /M: SY='E'; M= -7,-10,-23,-11, 2,-10,-22, -8, -3, -5, -3, 0, -7,-16, -1, -1, -6, -4, -2,-25, -8, -1; /M: SY='E'; M= -7, -1,-28, 2, 19,-27,-18, -3,-23, 10,-18,-11, -3, -3, 18, 13, -3, -6,-22,-25,-15, 17; /M: SY='A'; M= 4,-13,-24,-13, 2,-17,-20,-15, -3, -7, -3, -4,-13, -2, -3,-10, -7, -7, -4,-24,-14, -2; /M: M= -7,-12,-26,-16,-10,-12,-16, -3, -4, -7, -8, 0, -7,-16, -2, -6,-10,-10, -6,-14, -5, -7; /M: SY='E'; M= -9, 3,-25, 6, 11,-25,-11, 2,-21, 2,-19, -9, 2,-12, 10, 2, 2, -5,-17,-28,-12, 9; /M: SY='E'; M= -7, -2,-25, -2, 8,-20,-13, 1,-18, 4,-17, -8, 0,-10, 3, 5, -2, -6,-15,-25,-10, 4; /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='Y'; M= 0,-12,-15,-16,-11, -7,-18, -8, -6,-10, -7, -5, -9,-20, -4, -9, 0, 1, -4,-10, 5, -9; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='H'; M=-13, 1,-24, 1, 3, -8,-20, 6,-13, -4, -6, -4, -1,-17, 1, -1, -7, -5,-15,-18, 5, 1; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='Q'; M= -7, -1,-26, -1, 4,-21,-10, -1,-20, 5,-17, -7, 0, -9, 8, 7, -4, -9,-18,-22,-12, 5; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='E'; M= -2, 2,-24, 6, 16,-25,-17, -7,-16, 4,-15,-10, -3,-10, 9, 1, -2, -7,-12,-26,-15, 12; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='L'; M= 0,-23,-19,-27,-19, 7,-24,-20, 12,-18, 14, 6,-18,-22,-18,-13,-13, -6, 11,-17, -2,-19; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='F'; M=-11,-21,-16,-23,-13, 17,-24,-16, -1,-21, 12, 0,-19,-24,-17,-16,-15, -6, -4, -2, 7,-14; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='A'; M= 4, -2,-22, -4, 0,-23, -2, -4,-21, 4,-18, -9, 1,-14, 1, 2, 2, -6,-16,-25,-14, 0; /M: SY='G'; M= -3, -6,-20, -6, -4,-23, 11,-12,-25, -6,-21,-15, -3, -9, -6, -5, -2, -9,-19,-23,-18, -6; /M: SY='F'; M= -7,-21,-20,-25,-19, 25,-25,-15, 6,-24, 19, 5,-19,-26,-22,-19,-17, -8, 2, -9, 12,-20; /M: SY='T'; M= 2, 1,-14, -4, -4,-19, -3,-12,-18, -9,-21,-14, 6,-11, 0, -9, 23, 24,-11,-32,-16, -2; /M: SY='E'; M= 1, 1,-25, 4, 8,-25,-12, -8,-18, -2,-20,-14, -2, 3, -1, -9, 2, -3,-16,-29,-17, 2; /M: SY='E'; M= -4, 6,-25, 11, 18,-25,-16, -6,-20, 3,-16,-13, 0, -7, 7, -2, -1, -5,-16,-29,-17, 12; /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='E'; M= -6, 9,-27, 14, 37,-28,-17, -3,-27, 12,-22,-17, 4, -5, 15, 2, 2, -5,-25,-29,-18, 26; /M: SY='M'; M= -5,-17,-23,-19,-10,-14,-21,-14, 4, -3, 2, 7,-14,-20, 1, -1,-11, -8, 5,-22, -8, -5; /M: SY='E'; M= 6, 6,-21, 6, 18,-25, -9, -8,-22, 0,-18,-16, 2, -8, 5, -5, 7, 1,-17,-28,-18, 11; /M: SY='T'; M= -5, -5,-21, -8, 0,-16,-17, -7, -9, -7, -3, -1, -6,-14, 4, -5, -1, 7, -9,-25, -9, 1; /M: SY='L'; M= -8,-27,-20,-32,-22, 21,-28,-20, 15,-27, 32, 15,-24,-27,-22,-20,-23, -7, 8,-14, 5,-22; /M: SY='R'; M= -9,-15,-23,-18, -7, 1,-24,-13, -2, -3, 0, 3,-11,-18, -8, 4, -9, -3, -1,-19, -3, -8; /M: SY='Q'; M= -3, 3,-17, 2, 4,-25,-10, 9,-21, -1,-20,-10, 5,-15, 11, -1, 2, -7,-19,-27, -9, 6; /M: SY='L'; M= -5,-25,-19,-29,-21, 8,-27,-17, 17,-23, 28, 16,-24,-26,-18,-19,-19, -5, 12,-16, 4,-20; /M: SY='L'; M= -7,-25,-21,-27,-20, 7,-27,-21, 14,-23, 28, 11,-23,-26,-19,-18,-22, -7, 9,-12, 0,-19; /M: SY='E'; M= -8, 2,-26, 6, 9,-24,-10, 1,-22, 6,-18,-12, 1,-13, 2, 5, -2, -8,-17,-27,-12, 4; /M: SY='R'; M= -8, -2,-28, -1, 7,-25,-18, -2,-26, 27,-21, -9, -1,-13, 9, 28, -8,-10,-19,-22,-10, 7; /M: SY='L'; M= -7,-27,-14,-31,-24, 7,-29,-20, 22,-24, 24, 18,-25,-27,-20,-20,-20, -8, 18,-19, 2,-23; /M: SY='M'; M= -8,-11,-24,-11, -1, -6,-19, -6, -4, -7, 5, 6,-12,-18, -3, -5,-12, -8, -7,-17, 2, -3; /M: SY='D'; M= 1, 6,-23, 8, 6,-25, -8, -5,-23, 4,-19,-14, 3, -9, 0, -1, 2, -4,-17,-28,-16, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 169 in 169 different sequences |
| Number of true positive hits | 168 in 168 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 1 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 25 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 87.05 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Archaea, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | HTH marR-type |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
168 sequences
ADCR_STRP2 (Q04I02), ADCR_STRP6 (Q5XEA3), BADR_RHOPA (O07458), BILQ_CLOD3 (P0DXC9), BILQ_CLOS6 (E7GT88), EXPG_RHIME (P96440), FARR_NEIGO (P0DPR8), HCRR_THAAR (O33817), HOSA_ECO11 (Q9F8R8), HOSA_ECO27 (P69782), HOSA_ECO57 (Q7ABA6), HOSA_ECOLX (Q93CC3), HPCR_ECOLX (P62573), HPCR_SHIFL (P62574), HPR_BACAA (C3P2U9), HPR_BACAC (C3LCW8), HPR_BACAH (A0RAQ6), HPR_BACAN (Q81JG1), HPR_BACC0 (B7JCX5), HPR_BACC1 (Q73CB7), HPR_BACC2 (B7IKC1), HPR_BACC3 (C1EKG1), HPR_BACC4 (B7HG19), HPR_BACC7 (B7HZH8), HPR_BACCN (A7GLZ1), HPR_BACCQ (B9IT66), HPR_BACCR (Q813W6), HPR_BACCZ (Q63EV6), HPR_BACHK (Q6HMB8), HPR_BACLD (Q65LS8), HPR_BACMK (A9VI69), HPR_BACP2 (A8FBL1), HPR_BACSU (P11065), HPR_BACVZ (A7Z311), HPR_EXIS2 (B1YK88), HPR_GEOKA (Q5L293), HPR_GEOSW (C5D6L6), HPR_GEOTN (A4IKT9), HPR_HALH5 (Q9KDM7), HPR_LYSSC (B1HVK6), HPR_SHOC1 (Q5WHU1), HTMR_MYCBO (P67748), HTMR_MYCTO (P9WME8), HTMR_MYCTU (P9WME9), IACR_PSEPU (B0FXI7), MARR_ECOLI (P27245), MARR_SALTI (P0A2T5), MARR_SALTY (P0A2T4), MEXR_PSEAE (P52003), MGRA_STAA8 (Q2G0B1), MGRA_STAAC (Q5HHY2), MGRA_STAAM (Q99VT5), MGRA_STAAN (Q7A6X2), MGRA_STAAR (Q6GIV6), MGRA_STAAS (Q6GBE4), MGRA_STAAU (P0C1S0), MGRA_STAAW (Q7A1J9), MHQR_BACSU (O31672), MPRA_ECO57 (P0ACS1), MPRA_ECOL6 (P0ACS0), MPRA_ECOLI (P0ACR9), NICR_PSEPK (Q88FY0), OHRR_BACSU (O34777), PAPX_ECOLX (P42193), PCHR_BACSU (P40762), PECS_DICD3 (P42195), PETP_RHOCB (P31078), PRSX_ECOL6 (P62089), PRSX_ECOLX (P62088), SARZ_STAA3 (Q2FEB2), SARZ_STAA8 (Q2FVN3), SARZ_STAAB (Q2YZ47), SARZ_STAAC (Q5HDG9), SARZ_STAAM (Q99RP3), SARZ_STAAN (Q7A3V0), SARZ_STAAR (Q6GE46), SARZ_STAAS (Q6G6T5), SARZ_STAAW (Q8NV32), SARZ_STAEQ (Q5HLK8), SARZ_STAES (Q8CN77), SARZ_STAHJ (Q4L8Q3), SARZ_STAS1 (Q49ZX3), SLYA_BLOFL (Q7VR54), SLYA_BLOPB (Q492T9), SLYA_ECO24 (A7ZMA4), SLYA_ECO27 (P0A4U5), SLYA_ECO45 (B7M9Z6), SLYA_ECO55 (B7L5J5), SLYA_ECO57 (P0A8W3), SLYA_ECO5E (B5Z476), SLYA_ECO7I (B7NTZ0), SLYA_ECO81 (B7MVC0), SLYA_ECO8A (B7M0J9), SLYA_ECOBW (C4ZYA5), SLYA_ECODH (B1XFV4), SLYA_ECOHS (A8A0I5), SLYA_ECOL6 (P0A4U4), SLYA_ECOLI (P0A8W2), SLYA_ECOLU (B7NB96), SLYA_ECOSM (B1LEP4), SLYA_EDWI9 (C5BE36), SLYA_EDWTA (Q9F6B2), SLYA_KLEP3 (B5XWN4), SLYA_PECAS (Q6D5V7), SLYA_PECCC (Q9RB09), SLYA_PECCP (C6DK30), SLYA_PHOLL (Q8KM02), SLYA_SALCH (P61090), SLYA_SALPA (Q5PH01), SLYA_SALPC (C0Q5T8), SLYA_SALPK (B5BKC5), SLYA_SALTI (P61091), SLYA_SALTY (P40676), SLYA_SERP5 (A8GDX5), SLYA_SERS3 (Q9RA96), SLYA_SHIB3 (B2U2E2), SLYA_SHIFL (P0A8W4), SLYA_SODGM (Q2NT07), SLYA_WIGBR (Q8D2L8), SLYA_YERE8 (A1JNY1), SLYA_YEREN (Q9S3W0), SLYA_YERP3 (A7FHL4), SLYA_YERPA (Q1C786), SLYA_YERPE (P69988), SLYA_YERPG (A9QZA1), SLYA_YERPN (Q1CIM0), SLYA_YERPP (A4TIR6), SLYA_YERPS (P69989), SLYA_YERPY (B1JJ73), TCAR_STAAC (Q9F4G3), TCAR_STAAE (A6QJJ8), TTMR_METEP (P0DX95), Y1720_BACAH (A0RCV1), Y1758_BACCZ (Q63CL4), Y1775_BACHK (Q6HK19), Y1936_BACCR (Q81EN2), Y1941_BACAN (Q81RU6), Y2019_BACC1 (Q739W8), Y2060_STAAN (P62087), Y2140_MYCLE (O33060), Y2155_STAAS (Q6G757), Y2183_STAAW (Q8NVA6), Y2256_STAAC (Q5HDU4), Y2265_STAAM (P62086), Y2349_STAAR (Q6GEG9), Y880_MYCTO (P9WMF0), Y880_MYCTU (P9WMF1), Y904_MYCBO (P67746), YBFA_BACSU (O31443), YCGE_BACSU (O31472), YDCH_BACSU (P96625), YDGG_BACSU (P96705), YDGJ_BACSU (P96708), YETL_BACSU (O31541), YFIV_BACSU (O31564), YHBI_BACSU (O31592), YHJH_BACSU (Q796S4), YKOM_BACSU (O34949), YPOP_BACSU (P54182), YSMB_BACSU (P97247), YUSO_BACSU (O32181), YVNA_BACSU (O34692), YWAE_BACSU (P25150), YWHA_BACSU (P70993), YWOH_BACSU (P94578), YXAD_BACSU (P42103), YYBA_BACSU (P37503), ZITR_LACLM (A2RNS2)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
25 sequences
MMPR5_MYCTU (I6Y8F7), SGRR_ECO57 (Q8XA02), SGRR_ECOK1 (A1A7B8), SGRR_ECOL5 (Q0TLR9), SGRR_ECOL6 (Q8FL80), SGRR_ECOLI (P33595), SGRR_ECOUT (Q1RGC7), SGRR_PECAS (Q6D0F8), SGRR_PHOLL (Q7N125), SGRR_SALCH (Q57TF2), SGRR_SALPA (Q5PDG5), SGRR_SALTI (Q8Z9I4), SGRR_SALTY (Q8ZRV0), SGRR_SHIBS (Q326G6), SGRR_SHIDS (Q32K24), SGRR_SHIF8 (Q0T8C8), SGRR_SHIFL (Q83SP3), SGRR_SHISS (Q3Z5U2), SGRR_YERE8 (A1JJG7), SGRR_YERPA (Q1C1Y8), SGRR_YERPE (Q74Q56), SGRR_YERPN (Q1CMQ0), SGRR_YERPP (A4TQA7), SGRR_YERPS (Q66EM6), YHJP_BACSU (O07570)» more |
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences |
1 sequence
RIFK_PYRFU (Q8U262) |
| PDB [Detailed view] |
36 PDB
1JGS; 1LNW; 1S3J; 1Z91; 1Z9C; 2BV6; 2FXA; 3DEU; 3ECH; 3MEX; 3Q5F; 3QPT; 3TGN; 3VB2; 3VOD; 3VOE; 4AIH; 4AIJ; 4AIK; 4EM0; 4EM1; 4EM2; 4JBA; 4NB5; 4YIF; 4ZZL; 5H3R; 5HSM; 5HSO; 5X7Z; 5X80; 6FI9; 7KUA; 7WZE; 8AGA; 8PQ4 » more |