Entry: PS50995

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] HTH_MARR_2
Accession [info] PS50995
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00861
Associated ProRule [info] PRU00345

Name and characterization of the entry

Description [info] MarR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=133;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=128;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2798102; R2=0.0249925; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5979.16078; R2=40.48112; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=505; N_SCORE=14.9; H_SCORE=24155; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=169; N_SCORE=6.5; H_SCORE=12820; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='H'; M= -5, -1,-25, -2,  3,-16,-13,  6,-16, -2,-13, -4, -2,-11,  1,  0, -5, -7,-15,-21, -3,  0;
/M: SY='N'; M= -2,  4,-22,  2, -2,-15,-14, -6,-13, -7,-14, -9,  5, -5, -6,-11,  1,  0,-12,-28,-12, -5;
/M: SY='E'; M=-10, -2,-20,  3,  7,-23,-16,-10,-19, -1,-12,-10, -6, -5,  1, -2, -7, -9,-16,-28,-16,  3;
/M: SY='L'; M= -7,-23,-21,-27,-21,  8,-19,-19, 13,-26, 27, 13,-20,-26,-20,-20,-21,-10,  7,-19, -2,-21;
/M: SY='F'; M= -4,-16,-15,-22,-13,  9,-13,-14, -4,-17,  3,  3,-14,-20,-16,-16, -9, -2, -3,-15,  1,-14;
/M: SY='R'; M= -9,-10,-26,-12, -5,-10,-16,  3,-15,  2,-14, -4, -5,-13,  4, 11, -4, -5,-14,-17,  1, -2;
/M: SY='L'; M=  0, -5,-20, -3, -2,-13,-19,-14, -6, -9,  5, -3,-10,-17, -6, -9, -8, -3, -4,-25,-11, -4;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-11,-31,-21,  2,-29,-19, 18,-24, 29, 20,-24,-26,-16,-17,-23,-10, 11,-22, -4,-20;
/M: SY='Y'; M= -5,-13,-24,-14, -6, -7,-11, -4, -9, -7, -5,  0, -9,-19, -3, -2, -6, -8, -8,-16,  1, -6;
/M: SY='R'; M= -7,-10,-25,-12, -3,-20,-12, -1,-14,  3, -8,  3, -6,-17, 13, 14, -7, -7,-13,-21, -9,  3;
/M: SY='V'; M=  9,-20,-11,-25,-18, -3,-20,-21,  9,-19,  9,  5,-18,-21,-15,-19, -7, -2, 11,-22, -8,-16;
/M: SY='A'; M=  5, -7,-17,-12,-11, -4,-11,-13, -8,-12, -9, -8, -3,-18,-10,-11,  4,  2, -3,-22, -6,-10;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='R'; M= -3, -7,-20, -7,  4,-16,-14, -4,-13,  8, -7, -2, -5,-12,  9, 18, -6, -7,-11,-17, -9,  5; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='A'; M=  9, -7,-17,-10, -2,-17,-12, -6,-10,  7,-10, -3, -6,-11,  3,  2, -3, -5, -6,-17, -9,  0; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='L'; M= -6,-19,-18,-20,-14,  3,-21, -7,  6,-15, 16,  7,-17,-21,-12, -9,-17, -8,  4,-10,  1,-14; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='D'; M= -9,  4,-22,  7, -2,-15, -1, -6,-22,  0,-16,-11,  1,-14, -4,  6, -5, -8,-16,-12, -9, -4; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='S'; M=  3, -1,-22, -2,  0,-23, -8,-11,-18,  3,-20,-12,  1, -9,  0,  2,  5, -1,-12,-27,-16, -1;
/M:         M= -7, -5,-25, -6, -3,-10,-16, -9, -8, -7, -3, -4, -3,-18, -2, -3, -8, -7,-10,-21, -5, -4;
/M: SY='I'; M= -9,-22,-25,-25,-19,  6,-22,-17,  7,-20,  4,  1,-17,-17,-16,-16,-11, -5,  2, -3,  6,-19;
/M: SY='N'; M=-11, 15,-24, 13,  5,-25,-12,  4,-23,  5,-24,-14, 18,-15,  9, 11,  5, -2,-21,-31,-14,  5;
/M: SY='Q'; M= -5, -4,-26, -4,  5,-19,-18, -2,-15,  1,-16, -8, -3, -4,  6,  0, -1, -4,-15,-25,-10,  4;
/M: SY='E'; M= -3,-13,-25,-15,  1, -9,-23,-13,  0, -7, -2, -1,-13,-15, -3, -7, -8, -6, -1,-14, -5, -2;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='L'; M= -8,-19,-11,-23,-16, 13,-23,-10,  5,-20, 17,  6,-16,-24,-16,-15,-16, -8,  3,-15,  2,-15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='K'; M= -3,  3,-23,  4,  5,-24, -5, -7,-22, 10,-20,-11,  2, -6,  5,  2,  1, -5,-18,-23,-14,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='P'; M=  0, -4,-24, -1,  6,-24,-14, -9,-18,  6,-18,-11, -6, 10,  4,  2, -3, -7,-15,-22,-16,  4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='Y'; M= -9,-13,-21,-12, -3, -1,-21,  5, -3,-10,  8,  3,-12,-19, -3, -8,-11, -7, -7,-13, 10, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='D'; M= -9, 19,-28, 24,  5,-32, 16, -7,-35, -5,-29,-23, 14, -9, -5,-10,  2,-11,-29,-31,-23,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-32,-23,  8,-31,-21, 24,-28, 34, 16,-28,-28,-20,-22,-26,-10, 14,-10,  5,-23;
/M: SY='T'; M=  1,  2,-15, -6, -8,-12, -5,-15,-16, -8,-17,-13,  7,-13, -9, -9, 16, 25, -9,-29,-13, -8;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-27,-10,  3,-17,-20, -7,-13,  1, -9, -7,-10,  4,  0,  3, -8, -7,-14,-22,-10, -1;
/M: SY='S'; M=  5, -3,-21, -7, -5,-23,  1,-13,-20, -7,-21,-14,  1,  3, -3, -9,  8,  7,-16,-27,-20, -5;
/M: SY='Q'; M=-11,  2,-28,  6, 20,-31,-20, 11,-19,  3,-14, -4, -1,-12, 34,  2, -4,-10,-24,-25, -9, 26;
/M: SY='Y'; M=-13,-23,-27,-26,-19, 22,-25,  0, -4,-18,  3, -1,-20,-22,-15,-14,-19,-12, -8, 17, 28,-17;
/M: SY='M'; M= -5,-10,-23,-12, -9,-14,-11,  2, -9, -4, -5,  4, -7,-19, -5, -1, -8, -7, -5,-24, -7, -8;
/M: SY='V'; M=  3,-22,-13,-28,-23, -2,-25,-20, 18,-20,  7,  8,-19,-22,-18,-21, -9, -2, 19,-19,  0,-22;
/M: SY='L'; M= -6,-29,-19,-30,-21,  7,-29,-21, 21,-27, 41, 19,-28,-28,-20,-20,-25, -9, 14,-21, -2,-21;
/M: SY='R'; M= -8,-12,-20,-13,-10,-10,-18, -2,-10, -5, -7, -4, -9,-21, -5,  2, -7, -4, -6,-13,  1, -9;
/M: SY='I'; M= -1,-14,-13,-22,-15, -6,-23,-17,  5,-13,  1,  2,-10,-19,-10, -8, -4,  3,  4,-23, -8,-14;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-24,-34,-25,  4,-33,-25, 33,-29, 32, 18,-24,-24,-20,-25,-23, -9, 20,-20, -1,-25;
/M: SY='H'; M= -1, -3,-12, -7, -7,-13, -5,  6,-22, -9,-19,-13,  2,-19, -6, -6,  1, -7,-18,-17, -4, -7;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-19,  4, 21,-19,-18, -5,-16,  1,-14,-11, -1, -9, 10, -1, -1, -5,-16,-24,-13, 15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='N'; M=  4,  5,-21,  0,  4,-23, -4, -2,-19, -3,-21,-14, 11, -5,  3, -7,  8, -2,-19,-30,-18,  3;
/M: SY='P'; M= -9, -2,-32,  2,  7,-27, -6,  0,-25, -4,-25,-16, -1, 20,  3, -7, -4,-11,-28,-26,-16,  2;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='G'; M=  2, -4,-14, -5, -8,-25, 25,-15,-28,-13,-25,-18,  1, -7,-12,-16,  4, -8,-22,-26,-24,-11; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I'; M= -7,-24,-24,-29,-19, -2,-29,-18, 22,-19, 21, 21,-21,-17,-12,-18,-20, -9, 13,-21, -4,-17;
/M: SY='S'; M=  2,  1,-16, -3, -3,-17,-12,-12,-10, -7,-17,-11,  6,-12, -3, -9, 16, 14, -5,-32,-15, -3;
/M: SY='Q'; M= -5,-14,-24,-15, -6,-15,-21,-12, -1, -9, -8,  1,-12,  2,  3,-11, -6, -6, -2,-25,-12, -2;
/M: SY='S'; M=  1, -5,-21, -5, -1,-22,  5, -9,-20, -6,-21,-13,  0,-13, -3, -9, 10,  2,-13,-28,-17, -2;
/M: SY='E'; M= -1,  8,-25, 12, 22,-24,-15, -6,-25,  8,-19,-15,  1, -8,  9, -1,  0, -5,-20,-26,-15, 16;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-33,-23, 13,-32,-21, 25,-29, 39, 20,-27,-27,-21,-22,-27,-10, 13,-18,  2,-23;
/M: SY='A'; M= 27,-13,-15,-20,-14,-17,  1,-21, -5,-13, -7, -6,-10,-15,-13,-19,  4, -3,  2,-22,-17,-14;
/M: SY='K'; M= -7,  1,-21,  2,  8,-22,-17, -7,-20, 10,-20,-12,  0, -9,  4,  7, -1, -6,-16,-26,-11,  5;
/M: SY='R'; M=  3,-14,-22,-18, -9,-10,-19, -8, -5,  0, -4,  1,-11,-18, -2,  5, -8, -7, -2,-18, -4, -7;
/M: SY='L'; M= -1,-21,-15,-25,-16, -3,-16,-19,  8,-22, 20, 11,-20,-23,-15,-19,-16, -7,  4,-22, -8,-16;
/M:         M= -6, -8,-11, -9, -7,-19, -5, -1,-17, -4,-16, -4, -6,-20, -5, -5, -4, -9,-10,-26,-10, -7;
/M: SY='V'; M= -6,-25,-19,-29,-24,  3,-29,-20, 24,-19, 12, 14,-21,-25,-19,-17,-12, -4, 25,-21,  0,-23;
/M: SY='D'; M= -8, 14,-21, 19,  5,-23,-13, -3,-22, -3,-20,-16,  8,-13, -2, -5,  9,  7,-14,-34,-14,  1;
/M: SY='R'; M= -8, -9,-27, -9, -2,-21,-14,-10,-20, 12,-16, -9, -4, -4,  1, 20, -6, -5,-15,-24,-14, -3;
/M: SY='S'; M=  7, -5,-19, -7, -3,-23, -1,-13,-19, -9,-22,-14, -1,  2,  1,-11, 16, 11,-14,-30,-19, -2;
/M: SY='T'; M=  8,  4,-13, -4, -6,-16, -8, -7,-14, -9,-17,-13, 10,-13, -5,-10, 19, 20, -9,-32,-14, -6;
/M: SY='L'; M=  2,-25,-19,-30,-21,  0,-25,-21, 22,-23, 24, 18,-23,-23,-17,-21,-17, -7, 16,-21, -5,-20;
/M: SY='T'; M=  5, -2,-12,-10,-11,-10,-10,-17,-10,-11,-13,-11,  2,-14,-11,-12, 16, 26, -2,-29,-13,-11;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-26, -8, -2,-19,-10, -1,-23, 11,-20,-11,  0,-13,  1, 24, -3, -6,-16,-21, -8, -3;
/M: SY='V'; M=  1,-19,-18,-24,-18, -2,-23,-17, 11,-12,  6,  9,-17,-21,-12,-12, -9, -1, 13,-19, -2,-16;
/M: SY='L'; M= -5,-25,-19,-29,-22,  2,-29,-23, 23,-25, 27, 13,-23,-24,-19,-21,-16, -2, 18,-23, -4,-22;
/M: SY='K'; M= -6, 13,-26, 15,  6,-28,-11, -2,-29, 16,-25,-16,  7,-13,  2, 12, -2, -6,-21,-27,-14,  3;
/M: SY='R'; M= -7, -4,-26, -6,  6,-21,-17, -5,-23, 15,-20,-10,  0, -9, 11, 25, -2, -4,-19,-22,-12,  7;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-17, 20,-27, 45, 26,-28,-28,-17,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='E'; M= -3, -1,-26,  4, 33,-22,-21, -8,-13,  0, -9,-11, -7, -7,  7, -7, -3, -8,-13,-28,-16, 20;
/M: SY='K'; M=-13, 11,-25, 16, 16,-30,-14, -3,-30, 17,-24,-14,  5,-12, 10, 13, -4,-10,-24,-28,-15, 13;
/M: SY='D'; M= -6,  8,-26, 10,  5,-28,-10,  1,-26, 10,-21,-11,  5,-13,  8, 10, -2, -7,-20,-26,-13,  5;
/M: SY='G'; M= -2, -1,-29, -2,-13,-30, 55,-15,-38,-16,-30,-21,  7,-19,-15,-17,  1,-17,-30,-23,-28,-14;
/M: SY='F'; M=-12,-28,-26,-31,-23, 21,-27,-12,  7,-24, 17,  5,-26,-28,-21,-18,-25,-13,  0, 17, 20,-21;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-14,-35,-29,  0,-35,-29, 36,-26, 17, 14,-25,-26,-25,-25,-16, -6, 35,-25, -5,-29;
/M: SY='R'; M= -6, -1,-24,  0,  6,-19,-15, -8,-17,  3,-13,-10, -3,-14,  1,  7, -1,  0,-12,-24,-10,  2;
/M: SY='R'; M=-14,-11,-25,-11, -4,-14,-19, -6,-21, 19,-17, -9, -3,-19,  2, 44, -4, -3,-11,-22, -9, -4;
/M: SY='E'; M=-10, -9,-26, -9,  2,-11,-23,-12, -7, -3, -5, -3, -9,-12,  0, -2, -8, -4, -8,-16, -7,  0;
/M: SY='K'; M= -1, -5,-26, -4,  4,-24,-16, -8,-20,  8,-21,-12, -5,  7,  2,  5, -1, -2,-15,-26,-16,  1;
/M: SY='D'; M= -7,  9,-12, 12,  1,-25, -8, -4,-25, -3,-26,-18,  9,-11, -3, -3,  9, -1,-19,-35,-18, -2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='P'; M= -6, -9,-30, -4,  8,-25,-19,-12,-16,  1,-18,-12,-10, 23,  1, -3, -5, -8,-18,-27,-19,  2;
/M: SY='N'; M= -4,  9,-22,  6,  4,-23,  1, -4,-23,  0,-24,-16, 15,-15,  1,  3,  8, -1,-20,-31,-19,  2;
/M: SY='D'; M=-16, 44,-28, 56, 14,-36, -5,  0,-36, -1,-30,-28, 25,-12, -1, -9,  3, -8,-29,-39,-20,  7;
/M: SY='R'; M=-13, -4,-30, -4,  7,-27,-13, -5,-30, 32,-25,-10,  0,-14, 12, 38, -8,-11,-22,-20,-12,  8;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10,  0,-18, 10, 62,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='S'; M=  1, -4,-16, -8, -1,-19,-12,-11,-11, -3,-16,-10,  2,-14,  0, -1,  7, -1, -9,-29,-15, -2;
/M: SY='V'; M= -7,-17,-22,-20,-13, -4,-25,-15,  1,  2,  0,  2,-15,-21,-10,  3,-12, -5,  6,-17,  1,-13;
/M: SY='R'; M=-15,-14,-20,-16, -9, -2,-24,  2,-11, -1, -3, -2, -9,-20, -4, 12,-14,-10,-10,-17,  4, -9;
/M: SY='I'; M= -5,-29,-21,-33,-26,  3,-33,-25, 32,-25, 22, 15,-25,-25,-22,-23,-18, -7, 28,-20,  0,-26;
/M: SY='H'; M=-10, -9,-23,-11, -5, -5,-19,  7,-16, -2,-15, -7, -4,-18,  2,  3,  1,  1,-13,-13,  5, -3;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-22,-28,-18,  3,-27,-19, 16,-25, 33, 17,-27,-14,-17,-20,-24, -9,  8,-22, -5,-19;
/M: SY='T'; M=  1, -1,-10,-10, -9,-10,-18,-19,-10,-11, -9,-10,  0,-11, -9,-10, 20, 44, -1,-31,-11, -9;
/M: SY='E'; M= -5,  9,-27, 15, 29,-30,-16, -5,-27,  9,-22,-17,  1, -1, 13,  0,  2, -4,-24,-29,-18, 21;
/M: SY='E'; M= -3,  2,-26,  4, 18,-28,-12, -7,-27, 17,-24,-15,  0, -4, 10, 10,  2, -5,-21,-26,-17, 13;
/M: SY='G'; M=  2,-10,-28,-10,-19,-29, 64,-20,-38,-19,-29,-20,  0,-19,-19,-20,  2,-17,-28,-21,-29,-19;
/M: SY='R'; M= -2, -7,-23, -8,  1,-16,-18, -5,-15,  7, -9, -4, -6,-15,  3, 10, -6, -6,-10,-22, -9,  2;
/M: SY='E'; M=  4, -5,-22, -6,  7,-19,-16, -6,-14,  6,-13, -7, -5,-13,  6, -1, -3, -7,-10,-23,-11,  7;
/M: SY='L'; M= -7,-26,-20,-29,-21,  7,-29,-18, 19,-22, 25, 13,-24,-26,-20,-18,-20, -8, 16,-20,  0,-21;
/M: SY='Y'; M= -5,-21,-12,-25,-17,  3,-26,-11,  5,-18,  8,  3,-19,-24,-15,-17,-16, -9,  2, -8,  9,-17;
/M: SY='E'; M=  1,  2,-27,  2,  8,-26,-13, -7,-23,  7,-22,-14,  1, -1,  7,  3, -2, -8,-21,-18,-16,  7;
/M: SY='R'; M= -6, -5,-25, -4,  6,-19,-14,  0,-17,  1,-10, -7, -4,-15,  2,  8, -4, -8,-13,-26,-11,  2;
/M: SY='L'; M=  8,-22,-14,-27,-19, -1,-21,-15, 11,-21, 17,  9,-20,-22,-17,-20,-13, -7, 10,-21, -5,-18;
/M: SY='E'; M= -7,-10,-23,-11,  2,-10,-22, -8, -3, -5, -3,  0, -7,-16, -1, -1, -6, -4, -2,-25, -8, -1;
/M: SY='E'; M= -7, -1,-28,  2, 19,-27,-18, -3,-23, 10,-18,-11, -3, -3, 18, 13, -3, -6,-22,-25,-15, 17;
/M: SY='A'; M=  4,-13,-24,-13,  2,-17,-20,-15, -3, -7, -3, -4,-13, -2, -3,-10, -7, -7, -4,-24,-14, -2;
/M:         M= -7,-12,-26,-16,-10,-12,-16, -3, -4, -7, -8,  0, -7,-16, -2, -6,-10,-10, -6,-14, -5, -7;
/M: SY='E'; M= -9,  3,-25,  6, 11,-25,-11,  2,-21,  2,-19, -9,  2,-12, 10,  2,  2, -5,-17,-28,-12,  9;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-25, -2,  8,-20,-13,  1,-18,  4,-17, -8,  0,-10,  3,  5, -2, -6,-15,-25,-10,  4;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='Y'; M=  0,-12,-15,-16,-11, -7,-18, -8, -6,-10, -7, -5, -9,-20, -4, -9,  0,  1, -4,-10,  5, -9;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='H'; M=-13,  1,-24,  1,  3, -8,-20,  6,-13, -4, -6, -4, -1,-17,  1, -1, -7, -5,-15,-18,  5,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='Q'; M= -7, -1,-26, -1,  4,-21,-10, -1,-20,  5,-17, -7,  0, -9,  8,  7, -4, -9,-18,-22,-12,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-24,  6, 16,-25,-17, -7,-16,  4,-15,-10, -3,-10,  9,  1, -2, -7,-12,-26,-15, 12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='L'; M=  0,-23,-19,-27,-19,  7,-24,-20, 12,-18, 14,  6,-18,-22,-18,-13,-13, -6, 11,-17, -2,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='F'; M=-11,-21,-16,-23,-13, 17,-24,-16, -1,-21, 12,  0,-19,-24,-17,-16,-15, -6, -4, -2,  7,-14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='A'; M=  4, -2,-22, -4,  0,-23, -2, -4,-21,  4,-18, -9,  1,-14,  1,  2,  2, -6,-16,-25,-14,  0;
/M: SY='G'; M= -3, -6,-20, -6, -4,-23, 11,-12,-25, -6,-21,-15, -3, -9, -6, -5, -2, -9,-19,-23,-18, -6;
/M: SY='F'; M= -7,-21,-20,-25,-19, 25,-25,-15,  6,-24, 19,  5,-19,-26,-22,-19,-17, -8,  2, -9, 12,-20;
/M: SY='T'; M=  2,  1,-14, -4, -4,-19, -3,-12,-18, -9,-21,-14,  6,-11,  0, -9, 23, 24,-11,-32,-16, -2;
/M: SY='E'; M=  1,  1,-25,  4,  8,-25,-12, -8,-18, -2,-20,-14, -2,  3, -1, -9,  2, -3,-16,-29,-17,  2;
/M: SY='E'; M= -4,  6,-25, 11, 18,-25,-16, -6,-20,  3,-16,-13,  0, -7,  7, -2, -1, -5,-16,-29,-17, 12;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-27, 14, 37,-28,-17, -3,-27, 12,-22,-17,  4, -5, 15,  2,  2, -5,-25,-29,-18, 26;
/M: SY='M'; M= -5,-17,-23,-19,-10,-14,-21,-14,  4, -3,  2,  7,-14,-20,  1, -1,-11, -8,  5,-22, -8, -5;
/M: SY='E'; M=  6,  6,-21,  6, 18,-25, -9, -8,-22,  0,-18,-16,  2, -8,  5, -5,  7,  1,-17,-28,-18, 11;
/M: SY='T'; M= -5, -5,-21, -8,  0,-16,-17, -7, -9, -7, -3, -1, -6,-14,  4, -5, -1,  7, -9,-25, -9,  1;
/M: SY='L'; M= -8,-27,-20,-32,-22, 21,-28,-20, 15,-27, 32, 15,-24,-27,-22,-20,-23, -7,  8,-14,  5,-22;
/M: SY='R'; M= -9,-15,-23,-18, -7,  1,-24,-13, -2, -3,  0,  3,-11,-18, -8,  4, -9, -3, -1,-19, -3, -8;
/M: SY='Q'; M= -3,  3,-17,  2,  4,-25,-10,  9,-21, -1,-20,-10,  5,-15, 11, -1,  2, -7,-19,-27, -9,  6;
/M: SY='L'; M= -5,-25,-19,-29,-21,  8,-27,-17, 17,-23, 28, 16,-24,-26,-18,-19,-19, -5, 12,-16,  4,-20;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-21,-27,-20,  7,-27,-21, 14,-23, 28, 11,-23,-26,-19,-18,-22, -7,  9,-12,  0,-19;
/M: SY='E'; M= -8,  2,-26,  6,  9,-24,-10,  1,-22,  6,-18,-12,  1,-13,  2,  5, -2, -8,-17,-27,-12,  4;
/M: SY='R'; M= -8, -2,-28, -1,  7,-25,-18, -2,-26, 27,-21, -9, -1,-13,  9, 28, -8,-10,-19,-22,-10,  7;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-14,-31,-24,  7,-29,-20, 22,-24, 24, 18,-25,-27,-20,-20,-20, -8, 18,-19,  2,-23;
/M: SY='M'; M= -8,-11,-24,-11, -1, -6,-19, -6, -4, -7,  5,  6,-12,-18, -3, -5,-12, -8, -7,-17,  2, -3;
/M: SY='D'; M=  1,  6,-23,  8,  6,-25, -8, -5,-23,  4,-19,-14,  3, -9,  0, -1,  2, -4,-17,-28,-16,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 164 in 164 different sequences
Number of true positive hits 163 in 163 different sequences
Number of 'unknown' hits 1
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 24
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 87.17 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH marR-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
163 sequences

ADCR_STRP2  (Q04I02), ADCR_STRP6  (Q5XEA3), BADR_RHOPA  (O07458), 
EXPG_RHIME  (P96440), HCRR_THAAR  (O33817), HOSA_ECO11  (Q9F8R8), 
HOSA_ECO27  (P69782), HOSA_ECO57  (Q7ABA6), HOSA_ECOLX  (Q93CC3), 
HPCR_ECOLX  (P62573), HPCR_SHIFL  (P62574), HPR_BACA2   (A7Z311), 
HPR_BACAA   (C3P2U9), HPR_BACAC   (C3LCW8), HPR_BACAH   (A0RAQ6), 
HPR_BACAN   (Q81JG1), HPR_BACC0   (B7JCX5), HPR_BACC1   (Q73CB7), 
HPR_BACC2   (B7IKC1), HPR_BACC3   (C1EKG1), HPR_BACC4   (B7HG19), 
HPR_BACC7   (B7HZH8), HPR_BACCN   (A7GLZ1), HPR_BACCQ   (B9IT66), 
HPR_BACCR   (Q813W6), HPR_BACCZ   (Q63EV6), HPR_BACHD   (Q9KDM7), 
HPR_BACHK   (Q6HMB8), HPR_BACLD   (Q65LS8), HPR_BACP2   (A8FBL1), 
HPR_BACSK   (Q5WHU1), HPR_BACSU   (P11065), HPR_BACWK   (A9VI69), 
HPR_EXIS2   (B1YK88), HPR_GEOKA   (Q5L293), HPR_GEOSW   (C5D6L6), 
HPR_GEOTN   (A4IKT9), HPR_LYSSC   (B1HVK6), MARR_ECOLI  (P27245), 
MARR_SALTI  (P0A2T5), MARR_SALTY  (P0A2T4), MEXR_PSEAE  (P52003), 
MGRA_STAA8  (Q2G0B1), MGRA_STAAC  (Q5HHY2), MGRA_STAAM  (Q99VT5), 
MGRA_STAAN  (Q7A6X2), MGRA_STAAR  (Q6GIV6), MGRA_STAAS  (Q6GBE4), 
MGRA_STAAU  (P0C1S0), MGRA_STAAW  (Q7A1J9), MHQR_BACSU  (O31672), 
MPRA_ECO57  (P0ACS1), MPRA_ECOL6  (P0ACS0), MPRA_ECOLI  (P0ACR9), 
NICR_PSEPK  (Q88FY0), OHRR_BACSU  (O34777), PAPX_ECOLX  (P42193), 
PECS_DICD3  (P42195), PETP_RHOCB  (P31078), PRSX_ECOL6  (P62089), 
PRSX_ECOLX  (P62088), SARZ_STAA3  (Q2FEB2), SARZ_STAA8  (Q2FVN3), 
SARZ_STAAB  (Q2YZ47), SARZ_STAAC  (Q5HDG9), SARZ_STAAM  (Q99RP3), 
SARZ_STAAN  (Q7A3V0), SARZ_STAAR  (Q6GE46), SARZ_STAAS  (Q6G6T5), 
SARZ_STAAW  (Q8NV32), SARZ_STAEQ  (Q5HLK8), SARZ_STAES  (Q8CN77), 
SARZ_STAHJ  (Q4L8Q3), SARZ_STAS1  (Q49ZX3), SLYA_BLOFL  (Q7VR54), 
SLYA_BLOPB  (Q492T9), SLYA_ECO24  (A7ZMA4), SLYA_ECO27  (P0A4U5), 
SLYA_ECO45  (B7M9Z6), SLYA_ECO55  (B7L5J5), SLYA_ECO57  (P0A8W3), 
SLYA_ECO5E  (B5Z476), SLYA_ECO7I  (B7NTZ0), SLYA_ECO81  (B7MVC0), 
SLYA_ECO8A  (B7M0J9), SLYA_ECOBW  (C4ZYA5), SLYA_ECODH  (B1XFV4), 
SLYA_ECOHS  (A8A0I5), SLYA_ECOL6  (P0A4U4), SLYA_ECOLI  (P0A8W2), 
SLYA_ECOLU  (B7NB96), SLYA_ECOSM  (B1LEP4), SLYA_EDWI9  (C5BE36), 
SLYA_EDWTA  (Q9F6B2), SLYA_KLEP3  (B5XWN4), SLYA_PECAS  (Q6D5V7), 
SLYA_PECCC  (Q9RB09), SLYA_PECCP  (C6DK30), SLYA_PHOLL  (Q8KM02), 
SLYA_SALCH  (P61090), SLYA_SALPA  (Q5PH01), SLYA_SALPC  (C0Q5T8), 
SLYA_SALPK  (B5BKC5), SLYA_SALTI  (P61091), SLYA_SALTY  (P40676), 
SLYA_SERMA  (Q9RA96), SLYA_SERP5  (A8GDX5), SLYA_SHIB3  (B2U2E2), 
SLYA_SHIFL  (P0A8W4), SLYA_SODGM  (Q2NT07), SLYA_WIGBR  (Q8D2L8), 
SLYA_YERE8  (A1JNY1), SLYA_YEREN  (Q9S3W0), SLYA_YERP3  (A7FHL4), 
SLYA_YERPA  (Q1C786), SLYA_YERPE  (P69988), SLYA_YERPG  (A9QZA1), 
SLYA_YERPN  (Q1CIM0), SLYA_YERPP  (A4TIR6), SLYA_YERPS  (P69989), 
SLYA_YERPY  (B1JJ73), TCAR_STAAC  (Q9F4G3), TCAR_STAAE  (A6QJJ8), 
Y1720_BACAH (A0RCV1), Y1758_BACCZ (Q63CL4), Y1775_BACHK (Q6HK19), 
Y1936_BACCR (Q81EN2), Y1941_BACAN (Q81RU6), Y2019_BACC1 (Q739W8), 
Y2060_STAAN (P62087), Y2140_MYCLE (O33060), Y2155_STAAS (Q6G757), 
Y2183_STAAW (Q8NVA6), Y2256_STAAC (Q5HDU4), Y2265_STAAM (P62086), 
Y2349_STAAR (Q6GEG9), Y2887_MYCTO (P9WME8), Y2887_MYCTU (P9WME9), 
Y2911_MYCBO (P67748), Y880_MYCTO  (P9WMF0), Y880_MYCTU  (P9WMF1), 
Y904_MYCBO  (P67746), YBFA_BACSU  (O31443), YCGE_BACSU  (O31472), 
YDCH_BACSU  (P96625), YDGG_BACSU  (P96705), YDGJ_BACSU  (P96708), 
YETL_BACSU  (O31541), YFIV_BACSU  (O31564), YHBI_BACSU  (O31592), 
YHJH_BACSU  (Q796S4), YKOM_BACSU  (O34949), YPOP_BACSU  (P54182), 
YSMB_BACSU  (P97247), YUSO_BACSU  (O32181), YVMB_BACSU  (P40762), 
YVNA_BACSU  (O34692), YWAE_BACSU  (P25150), YWHA_BACSU  (P70993), 
YWOH_BACSU  (P94578), YXAD_BACSU  (P42103), YYBA_BACSU  (P37503), 
ZITR_LACLM  (A2RNS2)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
24 sequences

SGRR_ECO57  (Q8XA02), SGRR_ECOK1  (A1A7B8), SGRR_ECOL5  (Q0TLR9), 
SGRR_ECOL6  (Q8FL80), SGRR_ECOLI  (P33595), SGRR_ECOUT  (Q1RGC7), 
SGRR_PECAS  (Q6D0F8), SGRR_PHOLL  (Q7N125), SGRR_SALCH  (Q57TF2), 
SGRR_SALPA  (Q5PDG5), SGRR_SALTI  (Q8Z9I4), SGRR_SALTY  (Q8ZRV0), 
SGRR_SHIBS  (Q326G6), SGRR_SHIDS  (Q32K24), SGRR_SHIF8  (Q0T8C8), 
SGRR_SHIFL  (Q83SP3), SGRR_SHISS  (Q3Z5U2), SGRR_YERE8  (A1JJG7), 
SGRR_YERPA  (Q1C1Y8), SGRR_YERPE  (Q74Q56), SGRR_YERPN  (Q1CMQ0), 
SGRR_YERPP  (A4TQA7), SGRR_YERPS  (Q66EM6), YHJP_BACSU  (O07570)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences
1 sequence

RIFK_PYRFU  (Q8U262)

		
PDB
[Detailed view]
23 PDB

1JGS; 1LNW; 1S3J; 1Z91; 1Z9C; 2BV6; 2FXA; 3DEU; 3ECH; 3MEX; 3Q5F; 3QPT; 3TGN; 3VB2; 3VOD; 3VOE; 4AIH; 4AIJ; 4AIK; 4EM0; 4EM1; 4EM2; 4JBA
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission