Entry: PS50998

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] GLA_2
Accession [info] PS50998
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00011
Associated ProRule [info] PRU00463

Name and characterization of the entry

Description [info] Gla domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0481772; R2=0.0159966; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1002.80556; R2=16.80556; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=404; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6734; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=279; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5675; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A'; M= 31, -5,-10,-11, -5,-20,  0,-15,-15,-10,-19,-15, -1,-10, -5,-15, 24,  9, -5,-29,-20, -5;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='F'; M=-15,-30,-20,-35,-25, 47,-30,-20,  9,-30, 29,  9,-25,-30,-31,-20,-25,-10,  5, -4, 16,-25;
/M: SY='F'; M=-12, -9,-24,-13,-11, 10,-18, -4,-10,-11, -5, -3, -5,-22, -9, -8,-11, -8,-10, -6,  6, -9;
/M: SY='L'; M=-11,-20,-21,-22,-12, 13,-22,-16,  0,-17, 14,  3,-17,-23,-16, -9,-14, -5, -1,-12,  1,-13;
/M: SY='E'; M= -2,  5,-26,  8, 27,-27, -4, -5,-28,  4,-21,-18,  3, -8,  8,  3,  3, -8,-24,-28,-20, 17;
/M: SY='E'; M=  0, -5,-25, -3, 20,-17,-19,-11,-11, -5, -8, -9, -8, -4,  3,-10, -2, -6,-12,-26,-15, 11;
/M: SY='M'; M= -5,-19,-23,-22,-15, -3,-13,-14,  0,-10,  5,  7,-14,-19,-11, -2,-12, -8, -1,-18, -5,-14;
/M: SY='R'; M= -8, -1,-27,  1,  9,-22,-14, -8,-22, 12,-17,-11, -2,-13,  6, 13, -5, -7,-16,-22,-12,  7;
/M: SY='P'; M= -3,-13,-28,-12, -1,-21,-19,-12,-14,  2,-10, -7,-12, 13,  2,  2, -8, -6,-16,-23,-15, -1;
/M: SY='G'; M=  0, -6,-23,-10,-15,-17, 24,-16,-21,-16,-20,-14,  2,-15,-15,-16,  4, -3,-14,-24,-18,-16;
/M: SY='N'; M= -8,  7,-25,  4,  0,-22,-10, -4,-19,  4,-23,-14, 14,  3, -3, -2,  1, -3,-20,-32,-17, -2;
/M: SY='L'; M= -1,-12,-19,-12,-10, -7,-19,-15,  3,-18, 12,  2,-12,-17,-11,-16, -6, -2,  1,-27,-10,-11;
/M: SY='E'; M=-10, -2,-34,  6, 32,-31,-20, -6,-25,  4,-24,-17, -7, 30, 15, -5, -4,-10,-30,-28,-22, 21;
/M: SY='R'; M=-13,-15,-26,-16, -6,-10,-22, -7,-12,  8,  2,  0,-10,-22,  1, 31,-14, -7,-10,-19, -4, -6;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='C'; M= -4,-15, 50,-20,-17,-18,-21,-21,-23,-16,-17,-15,-12,-22,-16,-11, -2, -4,-11,-39,-23,-18;
/M: SY='M'; M=-10,-11,-23,-16, -9, -9,-24, -4,  2, -7,  4,  7, -7,-21,  1, -2,-11, -4, -2,-21, -1, -6;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-28,  5, 30,-25,-18, -2,-28, 17,-20,-15, -1, -9, 13, 26, -3, -9,-23,-25,-16, 20;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='V'; M= -3,-19,-19,-23,-17, -5,-26,-21, 12,-10,  6,  5,-17,-21,-15,-10, -9,  1, 16,-23, -6,-17;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M= -5, 13,-23, 17, 29,-26,-12, -3,-24,  1,-23,-19,  9, -7,  8, -5, 11,  1,-21,-34,-19, 18;
/M: SY='Y'; M=-13, -9,-25, -7, -9, 10,-24, -5, -5,-13,  6, -1,-13,-23,-12,-11,-16, -8, -8, -7, 17,-11;
/M: SY='E'; M=-12, 12,-27, 12, 27,-14,-17,  5,-22,  2,-19,-16, 10,-11,  7, -3, -1, -7,-25,-21, -1, 16;
/M: SY='E'; M=-10, -2,-29,  4, 26,-20,-21, -4,-19,  1,-14,-11, -6,  6,  6, -4, -5, -9,-20,-27,-15, 15;
/M: SY='A'; M= 27, -6,-17, -9, -6,-21, -7,-18,-12,-11,-11,-11, -9,  2,-10,-19,  4, -3, -5,-24,-20, -9;
/M: SY='C'; M=-14,-15, 45,-21,-16,-16,-25,-15,-28, -3,-19,-14,-11,-30,-12, 11,-10,-10,-14,-34,-18,-16;
/M: SY='E'; M=-13, 18,-30, 29, 46,-32,-18,  0,-32,  9,-22,-22,  5, -4, 15,  3, -1,-10,-29,-32,-19, 30;
/M: SY='V'; M= -5,-14,-23,-15, -1, -9,-25, -9,  4, -9, -1,  0,-13,-17, -5, -7, -9, -8,  5,-23, -6, -5;
/M: SY='F'; M=-16,-27,-22,-32,-24, 42,-29,-10,  8,-23, 19, 13,-22,-29,-24,-17,-22,-10,  2,  2, 28,-23;
/M: SY='A'; M= 16, -3,-20, -4, 16,-23,-10, -9,-16, -1,-13, -9, -6, -8,  5, -7,  4, -5,-12,-24,-18, 11;
/M: SY='D'; M=-14, 23,-24, 27,  4,-19,-12,  2,-23, -4,-18,-15, 17,-16, -3, -5,  1, -3,-20,-31,-10,  0;
/M: SY='B'; M= -8,  6,-23,  6,  2,-22,-16,  1,-18,  1,-18,-11,  5,-11,  3,  3,  2,  2,-13,-30,-12,  2;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-26,  0, 11,-17,-21,  5,-10, -4,-12, -7, -5,-10,  3, -8, -4, -7,-11,-22, -2,  5;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M= -3, -3,-28, -2, -6,-28, 26,-13,-31, -2,-25,-15,  2,-16, -6, -3, -2,-12,-23,-23,-21, -7;
/M: SY='T'; M= -8,-15,-17,-23,-19, 16,-27,-19,  4,-19,  5,  0,-12,-19,-19,-16, -2, 18,  5,-15,  7,-19;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-26,  0,  3,-21,-20, -7,-10,  4,-11, -3, -1,-12,  6,  2, -6, -5,-10,-26,-11,  4;
/M: SY='E'; M= 10, -1,-22, -2, 19,-24,-14, -7,-19,  3,-15,-12, -4, -8, 11, -3,  3, -4,-16,-23,-14, 15;
/M: SY='F'; M= 15,-20,-15,-30,-20, 30,-15,-19, -5,-20,  0, -5,-15,-20,-25,-20, -5, -5,  0, -5,  6,-20;
/M: SY='W'; M=-20,-29,-39,-29,-25, 21,-25, -4, -9,-15, -9, -9,-29,-30,-15,-15,-29,-19,-19, 87, 56,-20;
/M: SY='R'; M= -4, -5,-24, -8, -1,-21,-14, -5,-17,  8,-17, -8,  1,-12,  6, 15,  0, -2,-13,-24,-11,  1;
/M: SY='R'; M= -2, -8,-24,-10, -2,-20,-15, -7,-19, 15,-17, -8, -3,-15,  2, 22, -3, -3,-11,-22,-11, -2;
/M: SY='Y'; M=-20,-22,-29,-24,-22, 36,-30, 12,  2,-14,  2,  1,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -7, 25, 70,-22;
/M: SY='Y'; M=-12,-15,-23,-19,-16, 20,-23, -4, -3,-12, -2, -3,-11,-22,-14,-11, -9, -3, -4, -3, 25,-16;
/M: SY='G'; M= -4,  6,-28, 10, -7,-29, 31,-12,-33,-10,-26,-19,  5,-17,-11,-10, -1,-14,-25,-25,-23, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 115 in 115 different sequences
Number of true positive hits 115 in 115 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 5
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Gla
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
115 sequences

FA101_PSETE (Q1L659), FA102_PSETE (Q1L658), FA10_BOVIN  (P00743), 
FA10_CHICK  (P25155), FA10_HUMAN  (P00742), FA10_MOUSE  (O88947), 
FA10_RABIT  (O19045), FA10_RAT    (Q63207), FA10_TROCA  (Q4QXT9), 
FA7_BOVIN   (P22457), FA7_HUMAN   (P08709), FA7_MOUSE   (P70375), 
FA7_PANPA   (Q2F9P4), FA7_PANTR   (Q2F9P2), FA7_RABIT   (P98139), 
FA7_RAT     (Q8K3U6), FA9_BOVIN   (P00741), FA9_CANFA   (P19540), 
FA9_CHICK   (Q804X6), FA9_FELCA   (Q6SA95), FA9_HUMAN   (P00740), 
FA9_MOUSE   (P16294), FA9_PANTR   (Q95ND7), FA9_PIG     (P16293), 
FAXC_OXYMI  (Q58L95), FAXC_OXYSU  (Q58L96), FAXC_PSETE  (Q56VR3), 
FAXD1_DEMVE (A6MFK7), FAXD1_NOTSC (P82807), FAXD2_DEMVE (A6MFK8), 
FAXD2_NOTSC (Q58L94), FAXD_HOPST  (P83370), FAXD_PSEPO  (Q58L93), 
FAXD_RHING  (B5G6G5), FAXD_TROCA  (P81428), GAS6_HUMAN  (Q14393), 
GAS6_MOUSE  (Q61592), GAS6_RAT    (Q63772), MGP_ARGRE   (Q800Y2), 
MGP_BOVIN   (P07507), MGP_CHICK   (O42413), MGP_CHILA   (Q6QN06), 
MGP_GALGA   (P56620), MGP_HUMAN   (P08493), MGP_MOUSE   (P19788), 
MGP_PIG     (Q8MJ39), MGP_PONAB   (Q5RDP6), MGP_RABIT   (P47841), 
MGP_RAT     (P08494), OSTC2_MOUSE (P86547), OSTCN_ARGRE (Q800Y1), 
OSTCN_ATEGE (A2D4U1), OSTCN_BISPR (P83489), OSTCN_BOVIN (P02820), 
OSTCN_CAMBA (P86314), OSTCN_CAMDR (P86313), OSTCN_CANFA (P81455), 
OSTCN_CAPHI (P0C225), OSTCN_CHICK (P02822), OSTCN_CYPCA (Q7LZI4), 
OSTCN_DANRE (P83238), OSTCN_DRONO (P15504), OSTCN_FELCA (P02821), 
OSTCN_GORGO (P84349), OSTCN_HOMNE (P84351), OSTCN_HORSE (P83005), 
OSTCN_HUMAN (P02818), OSTCN_LAMGU (P86315), OSTCN_LEPMA (P28317), 
OSTCN_MACEU (P0C226), OSTCN_MACFA (P02819), OSTCN_MACMU (A2D670), 
OSTCN_MACNE (A2T6K4), OSTCN_MOUSE (P86546), OSTCN_PANTR (P84348), 
OSTCN_PIG   (Q8HYY9), OSTCN_PONPY (P84350), OSTCN_RABIT (P39056), 
OSTCN_RAT   (P04640), OSTCN_SPAAU (P40148), OSTCN_XENLA (P40147), 
OSTCN_XENTR (Q6DJ00), OSTCN_XIPGL (P02823), OSTR_MOUSE  (P54615), 
PROC_BOVIN  (P00745), PROC_CANFA  (Q28278), PROC_HUMAN  (P04070), 
PROC_MOUSE  (P33587), PROC_PIG    (Q9GLP2), PROC_RABIT  (Q28661), 
PROC_RAT    (P31394), PROS_BOVIN  (P07224), PROS_HUMAN  (P07225), 
PROS_MACMU  (Q28520), PROS_MOUSE  (Q08761), PROS_RABIT  (P98118), 
PROS_RAT    (P53813), PROZ_BOVIN  (P00744), PROZ_HUMAN  (P22891), 
PROZ_MOUSE  (Q9CQW3), THRB_BOVIN  (P00735), THRB_HUMAN  (P00734), 
THRB_MOUSE  (P19221), THRB_PIG    (Q19AZ8), THRB_PONAB  (Q5R537), 
THRB_RAT    (P18292), TMG1_BOVIN  (A7Z070), TMG1_HUMAN  (O14668), 
TMG1_PONAB  (Q5RCB6), TMG2_HUMAN  (O14669), TMG2_MOUSE  (Q8R182), 
TMG3_HUMAN  (Q9BZD7), TMG3_MOUSE  (Q6PAQ9), TMG4_HUMAN  (Q9BZD6), 
TMG4_MOUSE  (Q8BGN6)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
5 sequences

FAXD_NOTSN  (P0CY52), MGP_PRIGL   (P83347), OSTCN_CAMHE (P86312), 
OSTCN_HALDD (P83473), THRB_SALSA  (P84122)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission