PROSITE entry PS51011
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | ARID |
Accession [info] | PS51011 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-AUG-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51011 |
Associated ProRule [info] | PRU00355 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | ARID domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=93; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=88; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4749351; R2=0.0184610; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5986.1000977; R2=4.7271385; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=381; H_SCORE=7787; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=219; H_SCORE=7021; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='T'; M= -5, -6,-20, -8, -4,-12,-17,-11,-11, -6,-13, -8, -5,-10, -6, -6, 0, 2, -8,-16, -8, -5; /M: SY='R'; M= -4, -4,-21, -4, 6,-24, -9, -9,-24, 7,-20,-14, -1, -3, 2, 11, -2, -7,-20,-26,-18, 2; /M: SY='E'; M= -4, 4,-26, 8, 17,-24,-17, -8,-20, 4,-19,-14, -2, -2, 6, -4, 0, -6,-17,-28,-16, 11; /M: SY='R'; M=-11, -4,-27, -5, 3,-18,-17, -4,-19, 15,-19, -8, 1,-11, 6, 18, -4, -7,-17,-21, -6, 3; /M: SY='E'; M= -4, -4,-23, -2, 5,-17,-18, -5,-12, -1, -7, -5, -6,-12, 1, -2, -4, -5,-10,-25, -9, 2; /M: SY='N'; M= -3, 4,-22, 2, 5,-17,-10, -4,-15, -3,-10, -9, 6,-15, -1, -5, -1, -5,-15,-28,-13, 2; /M: SY='F'; M=-19,-26,-24,-33,-23, 54,-29,-15, -2,-21, 6, -1,-20,-28,-28,-14,-20,-11, -4, 15, 29,-23; /M: SY='L'; M=-12,-20,-19,-21,-18, 5,-27,-14, 10,-21, 20, 13,-21,-26,-15,-16,-21,-10, 6,-12, 3,-17; /M: SY='D'; M= -6, 11,-22, 16, 15,-28,-15, -6,-25, 10,-22,-16, 4,-11, 5, 4, 1, -6,-18,-30,-16, 10; /M: SY='Q'; M= -5, 1,-20, 1, 5,-20,-16, -5,-20, 4,-17,-10, 0,-14, 10, 6, 1, -4,-17,-24,-10, 7; /M: SY='L'; M=-11,-27,-22,-29,-21, 8,-30,-18, 20,-25, 33, 15,-25,-28,-19,-16,-25, -9, 12,-16, 4,-21; /M: SY='Y'; M= -6,-12,-25,-13, -2, -7,-22, -6, -6, -1, -3, 1,-11,-15, 0, 1, -9, -7, -8,-14, 4, -3; /M: SY='K'; M= -1, -3,-24, -4, 7,-22,-15, -8,-19, 14,-19, -7, -1, -9, 6, 9, -1, -4,-14,-24,-13, 6; /M: SY='F'; M=-15,-23,-22,-30,-23, 54,-27, -7, -2,-23, 6, -1,-15,-28,-28,-16,-17,-10, -4, 6, 30,-23; /M: SY='H'; M=-13,-13,-11,-17,-13, -4,-22, 13, -7,-14, 0, 10,-11,-21, -7,-11,-16,-12,-10,-13, 4,-11; /M: SY='E'; M= -7, 2,-23, 5, 19,-25,-16, -3,-24, 8,-19,-12, 0, -8, 10, 5, -2, -8,-22,-23,-14, 14; /M: SY='E'; M= -8, 0,-26, 1, 10,-20,-18, -1,-17, 5,-13, -8, -1,-13, 9, 6, -2, -5,-16,-24, -8, 8; /M: SY='R'; M=-13, -5,-25, -6, 2,-21,-18, 2,-19, 11,-15, -5, 0,-15, 13, 24, -6, -8,-18,-23, -8, 5; /M: SY='G'; M= -1, -6,-25, -8,-15,-25, 44,-13,-34,-14,-28,-18, 3,-17,-15,-14, 1,-15,-27,-20,-24,-15; /M: SY='T'; M= -6, -4,-17,-10, -8, -8,-19, -9, -5, -7, -6, 0, -1,-16, -7, -6, 2, 11, -3,-27, -7, -8; /M: SY='P'; M= -4, -7,-27, -5, 0,-21,-16,-14,-17, -4,-20,-14, -6, 24, -6, -9, 0, 3,-17,-27,-17, -5; /M: SY='L'; M=-10,-23,-22,-27,-18, 11,-28,-18, 12,-18, 17, 11,-20,-21,-17,-12,-18, -7, 8,-16, 2,-18; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='E'; M= -6, 3,-19, 2, 4,-14,-14, -4,-10, -3, -9, -7, 4, -8, 2, -5, -1, 0,-12,-22, -7, 2; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='K'; M= -9, -4,-27, -4, 5,-22,-18, -1,-20, 14,-21, -8, -2, -2, 4, 12, -5, -7,-17,-25,-11, 3; /M: SY='I'; M= -4,-16,-23,-17,-14,-10,-22,-18, 8,-16, 1, 0,-13, -6,-12,-16,-10, -7, 4,-24, -9,-15; /M: SY='P'; M= -7,-17,-35,-10, -3,-24,-19,-19,-16,-11,-24,-15,-17, 67,-11,-19, -9, -9,-22,-29,-26,-11; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='V'; M= -5,-14,-21,-17,-11, -5,-23,-10, 4, -9, 0, 3,-11,-20, -9,-10, -7, -3, 6,-20, -2,-11; /M: SY='I'; M= -8,-27,-23,-33,-26, 3,-29,-25, 28,-23, 15, 15,-22,-21,-21,-20,-17, -8, 24,-21, -3,-26; /M: SY='G'; M= -4, 3,-26, 5, 2,-24, 17, -9,-29, -9,-24,-18, 4,-12, -3,-12, 3, -9,-24,-24,-18, -1; /M: SY='G'; M= -6, -3,-27, -6, -9,-19, 19, -8,-28, 0,-23,-14, 6,-19, -8, 4, -2,-10,-23,-21,-14, -9; /M: SY='R'; M=-12, -4,-23, -5, 4,-24,-20, -6,-23, 23,-21, -7, -1,-10, 10, 26, -6, -5,-18,-23,-12, 6; /M: SY='P'; M= -8, -1,-27, 1, 5,-23,-17, -9,-15, -1,-19,-12, -1, 7, 0, -3, -1, -2,-15,-29,-16, 1; /M: SY='L'; M= -7,-29,-19,-31,-24, 4,-31,-24, 27,-26, 31, 17,-27,-27,-22,-21,-21, -6, 24,-23, -3,-24; /M: SY='D'; M=-17, 42,-28, 51, 13,-34, -7, 1,-33, -1,-28,-26, 26,-10, 0, -8, 2, -8,-29,-38,-20, 7; /M: SY='L'; M=-11,-28,-15,-29,-19, 9,-29,-19, 15,-26, 42, 17,-28,-29,-19,-17,-28,-10, 7,-20, -1,-19; /M: SY='Y'; M=-15,-22,-25,-24,-19, 25,-26, 8, -5,-18, 2, 0,-18,-21,-16,-14,-19,-12,-10, 13, 36,-19; /M: SY='R'; M=-10, 0,-22, -2, 3,-21,-16, -4,-22, 16,-20, -9, 3,-16, 7, 20, -3, -5,-17,-24,-10, 3; /M: SY='L'; M=-11,-27,-21,-27,-18, 9,-29,-19, 18,-28, 43, 18,-27,-28,-19,-19,-28,-10, 8,-20, 0,-18; /M: SY='Y'; M=-18,-19,-27,-23,-17, 31,-26, 3, -6,-11, -2, -2,-14,-26,-15, -6,-17,-10,-10, 15, 39,-17; /M: SY='R'; M=-10, -6,-24, -8, -2,-17,-19, -4,-12, 11,-11, -2, -1,-18, 3, 19, -7, -7, -8,-24, -9, -1; /M: SY='L'; M= 2,-13,-10,-16, -5, -9,-19,-14, -2,-14, 3, -2,-11,-18, -9,-15, -5, -3, -1,-25,-10, -8; /M: SY='V'; M= -1,-28,-13,-30,-28, -1,-30,-28, 29,-19, 10, 11,-27,-28,-26,-18,-11, -1, 43,-28, -9,-28; /M: SY='Q'; M= -4, -4,-21, -7, -2,-18,-19, -5, -7, -1,-11, -2, -2,-16, 7, -2, 1, 3, -5,-25, -8, 2; /M: SY='E'; M= -4, 1,-25, 2, 17,-25,-14, 1,-24, 13,-21,-12, 2,-10, 10, 11, 2, -5,-20,-27,-13, 13; /M: SY='R'; M=-12,-13,-25,-14, -3, -4,-22, -1,-10, 1, 0, 1, -9,-20, -2, 12,-12, -9, -9,-20, -2, -4; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= 0, -9,-29, -9,-17,-29, 60,-17,-37,-18,-29,-19, -1,-16,-18,-19, 0,-17,-28,-21,-28,-18; /M: SY='G'; M= 1, -8,-28, -9,-19,-29, 63,-19,-38,-19,-29,-20, 2,-19,-19,-19, 2,-16,-28,-21,-29,-19; /M: SY='Y'; M=-11,-21,-19,-26,-20, 25,-24, -6, 0,-19, 6, 2,-17,-27,-18,-16,-16, -9, -4, 4, 26,-19; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 16, 15,-24,-13, -2,-22, 2,-18,-14, 6,-12, 5, -2, -1, -7,-19,-29,-14, 10; /M: SY='Q'; M= -3, 1,-20, -2, 8,-24,-17, -6,-17, 9,-18, -9, 3,-13, 11, 5, 1, -1,-14,-27,-14, 9; /M: SY='V'; M= -2,-27,-15,-29,-26, -2,-27,-28, 28,-21, 10, 9,-25,-26,-25,-21,-10, -2, 38,-28, -9,-27; /M: SY='T'; M= -3, -1, 1, -7, -9,-14,-18,-15,-10,-13,-10, -9, 0,-18,-11,-14, 7, 14, -4,-34,-14,-10; /M: SY='K'; M= -4, 2,-25, 1, 7,-25, -7, -6,-24, 13,-23,-12, 5,-13, 6, 13, 2, -4,-19,-26,-16, 6; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='N'; M= -7, 7,-22, 7, 3,-22, -7, -6,-21, 3,-19,-13, 8,-14, 0, 2, 2, -2,-16,-29,-15, 1; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='K'; M= -7, 4,-26, 2, 8,-26,-13, -2,-27, 23,-24,-12, 7,-13, 9, 23, -4, -8,-21,-24,-13, 7; D=-11; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='K'; M=-10,-11,-25,-11, -3,-15,-20,-11, -9, 8, -7, -1,-10,-18, 2, 7,-11, -8, -7,-15, -6, -1; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='W'; M=-19,-38,-48,-38,-28, 8,-21,-29,-18,-18,-18,-18,-38,-29,-19,-19,-38,-28,-27,137, 27,-19; /M: SY='K'; M= -2, -1,-24, -2, 1,-24, -9, -7,-24, 14,-22,-12, 2,-11, 1, 14, 1, -4,-16,-25,-14, 0; /M: SY='E'; M=-12, 6,-29, 8, 20,-28,-17, 1,-25, 15,-21,-11, 4, -9, 18, 12, -4, -9,-24,-25,-13, 19; /M: SY='V'; M= -4,-29,-19,-34,-28, 1,-33,-28, 35,-25, 19, 16,-26,-26,-24,-24,-16, -5, 36,-25, -5,-28; /M: SY='A'; M= 14,-13,-13,-20,-16, -6, -6,-14, -6,-14, -7, -6,-11,-18,-14,-18, 1, 1, -2,-14, 0,-16; /M: SY='E'; M= -6, 1,-24, 3, 13,-25,-14, -5,-19, 5,-16, -7, -1,-11, 12, 5, 0, -3,-17,-26,-14, 12; /M: SY='E'; M= -9, 3,-26, 5, 13,-21,-12, -5,-22, 10,-18,-10, 1,-12, 4, 9, -2, -5,-18,-25,-12, 8; /M: SY='L'; M=-11,-27,-21,-30,-21, 19,-27,-16, 14,-25, 32, 19,-25,-24,-20,-18,-24, -9, 6,-14, 5,-20; /M: SY='G'; M= -5, 1,-21, -3, -8,-25, 24, -7,-28, -8,-25,-16, 11,-19, -5, -3, 3,-10,-24,-27,-21, -7; /M: SY='F'; M=-11,-21,-22,-25,-20, 10,-23,-11, 9,-21, 7, 4,-16,-17,-17,-19,-14, -8, 3,-12, 10,-20; /M: SY='P'; M= -5, -9,-29, -5, 1,-24,-10,-11,-20, -6,-23,-15, -7, 30, -5,-12, 0, -4,-21,-29,-20, -4; /M: SY='P'; M= -3, -3,-22, -2, -1,-20,-14,-14,-17, -2,-19,-13, -4, 7, -6, -6, 0, 0,-13,-28,-17, -5; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='T'; M= -3, -5,-15, -6, -4,-12,-10, -6,-13, -4, -9, -7, -3,-12, -4, -2, 3, 5, -8,-20, -5, -5; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='A'; M= 2, -5, -4, -9,-10,-12, -4,-11, -6,-10, -8, -3, -1,-13, -9,-12, 1, -1, -4,-23,-13,-10; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='T'; M= -1, -2,-17, -5, -1,-18,-13,-11,-14, 1,-18,-10, 1, -7, -1, -3, 11, 13, -8,-28,-13, -1; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='S'; M= 9, 5,-11, 0, -1,-22, -3, -8,-19, -7,-22,-16, 10,-11, -2,-10, 15, 4,-14,-32,-19, -2; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='A'; M= 15,-14,-17,-18,-13,-12, -7,-19, -3,-13, -5, -5,-11,-17,-13,-13, 0, -3, 4,-18,-13,-13; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='A'; M= 11, -8,-19,-11,-10,-18, 6,-16,-14,-12,-12,-10, -5,-14,-10,-14, 7, 0, -8,-25,-17,-10; /M: SY='Y'; M= -6, -8,-23,-12, -8, -1,-14, -3,-13, -6,-14, -9, -3,-15, -5, -7, 1, 2,-13, -9, 7, -7; /M: SY='T'; M= -3, -6,-11, -9, -4,-14,-18, -6, -9, -7, -7, -5, -3,-18, -4, -7, 1, 5, -5,-30,-10, -5; /M: SY='L'; M= -7,-28,-20,-31,-23, 9,-30,-23, 23,-27, 31, 15,-25,-26,-22,-21,-21, -5, 17,-20, -1,-23; /M: SY='R'; M=-13, -5,-25, -5, 3,-22,-20, -5,-25, 27,-21, -9, -2,-16, 8, 35, -7, -7,-17,-20, -7, 3; /M: SY='R'; M= -3, -2,-19, -4, 1,-22,-13, -8,-17, 4,-16, -9, 0,-14, 4, 5, 3, 2,-12,-27,-13, 2; /M: SY='H'; M= -2,-13,-20,-16,-10, -8,-21, 16, -6,-10, -5, 1, -9,-18, -2, -9, -9,-10, -7,-18, 8, -8; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-29,-21,-20, 30,-30, 18, 1,-11, 0, 0,-20,-30,-11,-10,-20,-10, -9, 28, 77,-20; /M: SY='E'; M=-11, -5,-17, -5, 8,-12,-22, -4,-10, -3, -4, 0, -7,-16, 2, -3, -9, -7,-12,-24, -6, 4; /M: SY='R'; M=-11, 1,-27, -1, 6,-25,-17, -4,-26, 26,-23,-11, 5,-14, 10, 32, -3, -5,-20,-24,-12, 6; /M: SY='Y'; M=-11,-18,-21,-22,-19, 12,-27, 4, 5,-16, 5, 3,-14,-26,-13,-14,-16, -9, -2, 0, 31,-19; /M: SY='L'; M= -9,-29,-21,-31,-21, 9,-31,-22, 24,-27, 36, 19,-27,-27,-20,-21,-25, -9, 16,-20, 0,-22; /M: SY='Y'; M=-12,-16,-23,-16,-10, 7,-23, -3, 0,-15, 11, 3,-14,-24,-11,-11,-16, -8, -5,-10, 16,-12; /M: SY='P'; M= -6, -7,-31, -1, 6,-28,-13,-10,-23, 0,-26,-16, -7, 35, -2, -7, -3, -7,-24,-29,-22, 0; /M: SY='Y'; M=-19,-24,-27,-27,-22, 44,-29, 1, -2,-18, 3, -1,-21,-29,-20,-14,-21,-11, -8, 26, 53,-21; /M: SY='E'; M=-10, 13,-28, 22, 44,-29,-17, -2,-27, 6,-19,-19, 3, -5, 13, -2, -1, -9,-25,-31,-19, 28; /M: SY='R'; M=-10, -4, -4, -6, 0,-18,-19, -7,-16, 0,-12, -7, -2,-19, -1, 5, -6, -6,-12,-28,-12, -2; /M: SY='Y'; M=-12,-14,-26,-16, -9, 7,-24, 1, -5, -9, -2, -2,-12,-22,-10, -6,-14,-10, -6, -3, 16,-11; /M: M= -7, -8,-19, -9, -3,-12,-21, 0, -9, -5, -5, -3, -7,-18, -2, -6, -7, -6, -9,-19, -2, -3; /M: SY='K'; M= -7, -3,-20, -3, 1,-15,-18, -8,-16, 3,-15, -9, -2,-10, -3, 3, 0, -1,-10,-27,-11, -2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 73 in 73 different sequences |
Number of true positive hits | 73 in 73 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | ARID |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
73 sequences
ARI1A_HUMAN (O14497), ARI1A_MOUSE (A2BH40), ARI1B_HUMAN (Q8NFD5), ARI1B_MOUSE (E9Q4N7), ARI3A_DANRE (A2BEA6), ARI3A_HUMAN (Q99856), ARI3A_MOUSE (Q62431), ARI3A_XENLA (Q6GQD7), ARI3A_XENTR (Q5XGD9), ARI3B_HUMAN (Q8IVW6), ARI3B_MOUSE (Q9Z1N7), ARI3C_HUMAN (A6NKF2), ARI3C_MOUSE (A6PWV5), ARI4A_HUMAN (P29374), ARI4A_MOUSE (F8VPQ2), ARI4B_HUMAN (Q4LE39), ARI4B_MOUSE (A2CG63), ARI4B_RAT (Q9JKB5), ARI5A_BOVIN (Q3SWY1), ARI5A_HUMAN (Q03989), ARI5A_MOUSE (Q3U108), ARI5B_BOVIN (E1BLP6), ARI5B_CANLF (E2R9X2), ARI5B_CHICK (Q5ZJ69), ARI5B_DANRE (E7F888), ARI5B_HUMAN (Q14865), ARI5B_MOUSE (Q8BM75), ARID1_ARATH (Q84JT7), ARID1_CAEEL (A0A0K3AXH1), ARID2_ARATH (Q9LDD4), ARID2_HUMAN (Q68CP9), ARID2_MOUSE (E9Q7E2), ARID3_ARATH (Q940Y3), ARID4_ARATH (Q6NQ79), ARID5_ARATH (Q0WNR6), ARID6_ARATH (C0SUW7), CFI1_CAEEL (O02326), DRI_CIOIN (Q4H3P5), DRI_DROME (Q24573), DRI_STRPU (Q8MQH7), ECM5_YEAST (Q03214), HMG10_ARATH (Q9LTT3), HMG11_ARATH (Q9LG02), HMG15_ARATH (Q9MAT6), HMGB9_ARATH (Q9SGS2), JARD2_CHICK (Q5F363), JARD2_DANRE (Q1LVC2), JARD2_HUMAN (Q92833), JARD2_MOUSE (Q62315), JMJ2_SCHPO (Q9US53), KD5BB_DANRE (Q6IQX0), KDM5A_HUMAN (P29375), KDM5A_MOUSE (Q3UXZ9), KDM5B_CHICK (Q5F3R2), KDM5B_HUMAN (Q9UGL1), KDM5B_MOUSE (Q80Y84), KDM5C_CANLF (Q38JA7), KDM5C_HUMAN (P41229), KDM5C_MOUSE (P41230), KDM5C_PIG (A1YVX4), KDM5D_CANLF (Q30DN6), KDM5D_HUMAN (Q9BY66), KDM5D_MOUSE (Q62240), KDM5D_PANTR (Q5XUN4), KDM5_CAEBR (Q61T02), KDM5_CAEEL (Q23541), KDM5_DROME (Q9VMJ7), LID2_SCHPO (Q9HDV4), OSA_DROME (Q8IN94), RSC9_SCHPO (Q9P7W8), SOL1_SCHPO (O74365), SWI1_YEAST (P09547), SWSN7_CAEEL (Q09441)» more
|
PDB [Detailed view] |
35 PDB
1C20; 1IG6; 1KKX; 1KN5; 1KQQ; 1RYU; 2CXY; 2EH9; 2EQY; 2JRZ; 2JXJ; 2KK0; 2LI6; 2LM1; 2OEH; 2RQ5; 2YQE; 4LJX; 5CEH; 5K4L; 5V9P; 5V9T; 6L87; 6LQF; 6LTH; 6LTJ; 6UXV; 6UXW; 7C4J; 7EGM; 7EGP; 7KSO; 7V8N; 7VDV; 7Y8R » more |