Entry: PS51011

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ARID
Accession [info] PS51011
Entry type [info] MATRIX
Date [info] AUG-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51011
Associated ProRule [info] PRU00355

Name and characterization of the entry

Description [info] ARID domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=93;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=88;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4749351; R2=0.0184610; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5078.30760; R2=22.21971; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=381; N_SCORE=9.5; H_SCORE=12322; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=219; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9922; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T'; M= -5, -6,-20, -8, -4,-12,-17,-11,-11, -6,-13, -8, -5,-10, -6, -6,  0,  2, -8,-16, -8, -5;
/M: SY='R'; M= -4, -4,-21, -4,  6,-24, -9, -9,-24,  7,-20,-14, -1, -3,  2, 11, -2, -7,-20,-26,-18,  2;
/M: SY='E'; M= -4,  4,-26,  8, 17,-24,-17, -8,-20,  4,-19,-14, -2, -2,  6, -4,  0, -6,-17,-28,-16, 11;
/M: SY='R'; M=-11, -4,-27, -5,  3,-18,-17, -4,-19, 15,-19, -8,  1,-11,  6, 18, -4, -7,-17,-21, -6,  3;
/M: SY='E'; M= -4, -4,-23, -2,  5,-17,-18, -5,-12, -1, -7, -5, -6,-12,  1, -2, -4, -5,-10,-25, -9,  2;
/M: SY='N'; M= -3,  4,-22,  2,  5,-17,-10, -4,-15, -3,-10, -9,  6,-15, -1, -5, -1, -5,-15,-28,-13,  2;
/M: SY='F'; M=-19,-26,-24,-33,-23, 54,-29,-15, -2,-21,  6, -1,-20,-28,-28,-14,-20,-11, -4, 15, 29,-23;
/M: SY='L'; M=-12,-20,-19,-21,-18,  5,-27,-14, 10,-21, 20, 13,-21,-26,-15,-16,-21,-10,  6,-12,  3,-17;
/M: SY='D'; M= -6, 11,-22, 16, 15,-28,-15, -6,-25, 10,-22,-16,  4,-11,  5,  4,  1, -6,-18,-30,-16, 10;
/M: SY='Q'; M= -5,  1,-20,  1,  5,-20,-16, -5,-20,  4,-17,-10,  0,-14, 10,  6,  1, -4,-17,-24,-10,  7;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-22,-29,-21,  8,-30,-18, 20,-25, 33, 15,-25,-28,-19,-16,-25, -9, 12,-16,  4,-21;
/M: SY='Y'; M= -6,-12,-25,-13, -2, -7,-22, -6, -6, -1, -3,  1,-11,-15,  0,  1, -9, -7, -8,-14,  4, -3;
/M: SY='K'; M= -1, -3,-24, -4,  7,-22,-15, -8,-19, 14,-19, -7, -1, -9,  6,  9, -1, -4,-14,-24,-13,  6;
/M: SY='F'; M=-15,-23,-22,-30,-23, 54,-27, -7, -2,-23,  6, -1,-15,-28,-28,-16,-17,-10, -4,  6, 30,-23;
/M: SY='H'; M=-13,-13,-11,-17,-13, -4,-22, 13, -7,-14,  0, 10,-11,-21, -7,-11,-16,-12,-10,-13,  4,-11;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-23,  5, 19,-25,-16, -3,-24,  8,-19,-12,  0, -8, 10,  5, -2, -8,-22,-23,-14, 14;
/M: SY='E'; M= -8,  0,-26,  1, 10,-20,-18, -1,-17,  5,-13, -8, -1,-13,  9,  6, -2, -5,-16,-24, -8,  8;
/M: SY='R'; M=-13, -5,-25, -6,  2,-21,-18,  2,-19, 11,-15, -5,  0,-15, 13, 24, -6, -8,-18,-23, -8,  5;
/M: SY='G'; M= -1, -6,-25, -8,-15,-25, 44,-13,-34,-14,-28,-18,  3,-17,-15,-14,  1,-15,-27,-20,-24,-15;
/M: SY='T'; M= -6, -4,-17,-10, -8, -8,-19, -9, -5, -7, -6,  0, -1,-16, -7, -6,  2, 11, -3,-27, -7, -8;
/M: SY='P'; M= -4, -7,-27, -5,  0,-21,-16,-14,-17, -4,-20,-14, -6, 24, -6, -9,  0,  3,-17,-27,-17, -5;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-22,-27,-18, 11,-28,-18, 12,-18, 17, 11,-20,-21,-17,-12,-18, -7,  8,-16,  2,-18;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-19,  2,  4,-14,-14, -4,-10, -3, -9, -7,  4, -8,  2, -5, -1,  0,-12,-22, -7,  2; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='K'; M= -9, -4,-27, -4,  5,-22,-18, -1,-20, 14,-21, -8, -2, -2,  4, 12, -5, -7,-17,-25,-11,  3;
/M: SY='I'; M= -4,-16,-23,-17,-14,-10,-22,-18,  8,-16,  1,  0,-13, -6,-12,-16,-10, -7,  4,-24, -9,-15;
/M: SY='P'; M= -7,-17,-35,-10, -3,-24,-19,-19,-16,-11,-24,-15,-17, 67,-11,-19, -9, -9,-22,-29,-26,-11;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='V'; M= -5,-14,-21,-17,-11, -5,-23,-10,  4, -9,  0,  3,-11,-20, -9,-10, -7, -3,  6,-20, -2,-11;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-23,-33,-26,  3,-29,-25, 28,-23, 15, 15,-22,-21,-21,-20,-17, -8, 24,-21, -3,-26;
/M: SY='G'; M= -4,  3,-26,  5,  2,-24, 17, -9,-29, -9,-24,-18,  4,-12, -3,-12,  3, -9,-24,-24,-18, -1;
/M: SY='G'; M= -6, -3,-27, -6, -9,-19, 19, -8,-28,  0,-23,-14,  6,-19, -8,  4, -2,-10,-23,-21,-14, -9;
/M: SY='R'; M=-12, -4,-23, -5,  4,-24,-20, -6,-23, 23,-21, -7, -1,-10, 10, 26, -6, -5,-18,-23,-12,  6;
/M: SY='P'; M= -8, -1,-27,  1,  5,-23,-17, -9,-15, -1,-19,-12, -1,  7,  0, -3, -1, -2,-15,-29,-16,  1;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-19,-31,-24,  4,-31,-24, 27,-26, 31, 17,-27,-27,-22,-21,-21, -6, 24,-23, -3,-24;
/M: SY='D'; M=-17, 42,-28, 51, 13,-34, -7,  1,-33, -1,-28,-26, 26,-10,  0, -8,  2, -8,-29,-38,-20,  7;
/M: SY='L'; M=-11,-28,-15,-29,-19,  9,-29,-19, 15,-26, 42, 17,-28,-29,-19,-17,-28,-10,  7,-20, -1,-19;
/M: SY='Y'; M=-15,-22,-25,-24,-19, 25,-26,  8, -5,-18,  2,  0,-18,-21,-16,-14,-19,-12,-10, 13, 36,-19;
/M: SY='R'; M=-10,  0,-22, -2,  3,-21,-16, -4,-22, 16,-20, -9,  3,-16,  7, 20, -3, -5,-17,-24,-10,  3;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-21,-27,-18,  9,-29,-19, 18,-28, 43, 18,-27,-28,-19,-19,-28,-10,  8,-20,  0,-18;
/M: SY='Y'; M=-18,-19,-27,-23,-17, 31,-26,  3, -6,-11, -2, -2,-14,-26,-15, -6,-17,-10,-10, 15, 39,-17;
/M: SY='R'; M=-10, -6,-24, -8, -2,-17,-19, -4,-12, 11,-11, -2, -1,-18,  3, 19, -7, -7, -8,-24, -9, -1;
/M: SY='L'; M=  2,-13,-10,-16, -5, -9,-19,-14, -2,-14,  3, -2,-11,-18, -9,-15, -5, -3, -1,-25,-10, -8;
/M: SY='V'; M= -1,-28,-13,-30,-28, -1,-30,-28, 29,-19, 10, 11,-27,-28,-26,-18,-11, -1, 43,-28, -9,-28;
/M: SY='Q'; M= -4, -4,-21, -7, -2,-18,-19, -5, -7, -1,-11, -2, -2,-16,  7, -2,  1,  3, -5,-25, -8,  2;
/M: SY='E'; M= -4,  1,-25,  2, 17,-25,-14,  1,-24, 13,-21,-12,  2,-10, 10, 11,  2, -5,-20,-27,-13, 13;
/M: SY='R'; M=-12,-13,-25,-14, -3, -4,-22, -1,-10,  1,  0,  1, -9,-20, -2, 12,-12, -9, -9,-20, -2, -4;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M=  0, -9,-29, -9,-17,-29, 60,-17,-37,-18,-29,-19, -1,-16,-18,-19,  0,-17,-28,-21,-28,-18;
/M: SY='G'; M=  1, -8,-28, -9,-19,-29, 63,-19,-38,-19,-29,-20,  2,-19,-19,-19,  2,-16,-28,-21,-29,-19;
/M: SY='Y'; M=-11,-21,-19,-26,-20, 25,-24, -6,  0,-19,  6,  2,-17,-27,-18,-16,-16, -9, -4,  4, 26,-19;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 16, 15,-24,-13, -2,-22,  2,-18,-14,  6,-12,  5, -2, -1, -7,-19,-29,-14, 10;
/M: SY='Q'; M= -3,  1,-20, -2,  8,-24,-17, -6,-17,  9,-18, -9,  3,-13, 11,  5,  1, -1,-14,-27,-14,  9;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-15,-29,-26, -2,-27,-28, 28,-21, 10,  9,-25,-26,-25,-21,-10, -2, 38,-28, -9,-27;
/M: SY='T'; M= -3, -1,  1, -7, -9,-14,-18,-15,-10,-13,-10, -9,  0,-18,-11,-14,  7, 14, -4,-34,-14,-10;
/M: SY='K'; M= -4,  2,-25,  1,  7,-25, -7, -6,-24, 13,-23,-12,  5,-13,  6, 13,  2, -4,-19,-26,-16,  6;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='N'; M= -7,  7,-22,  7,  3,-22, -7, -6,-21,  3,-19,-13,  8,-14,  0,  2,  2, -2,-16,-29,-15,  1; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='K'; M= -7,  4,-26,  2,  8,-26,-13, -2,-27, 23,-24,-12,  7,-13,  9, 23, -4, -8,-21,-24,-13,  7; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='K'; M=-10,-11,-25,-11, -3,-15,-20,-11, -9,  8, -7, -1,-10,-18,  2,  7,-11, -8, -7,-15, -6, -1; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='W'; M=-19,-38,-48,-38,-28,  8,-21,-29,-18,-18,-18,-18,-38,-29,-19,-19,-38,-28,-27,137, 27,-19;
/M: SY='K'; M= -2, -1,-24, -2,  1,-24, -9, -7,-24, 14,-22,-12,  2,-11,  1, 14,  1, -4,-16,-25,-14,  0;
/M: SY='E'; M=-12,  6,-29,  8, 20,-28,-17,  1,-25, 15,-21,-11,  4, -9, 18, 12, -4, -9,-24,-25,-13, 19;
/M: SY='V'; M= -4,-29,-19,-34,-28,  1,-33,-28, 35,-25, 19, 16,-26,-26,-24,-24,-16, -5, 36,-25, -5,-28;
/M: SY='A'; M= 14,-13,-13,-20,-16, -6, -6,-14, -6,-14, -7, -6,-11,-18,-14,-18,  1,  1, -2,-14,  0,-16;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-24,  3, 13,-25,-14, -5,-19,  5,-16, -7, -1,-11, 12,  5,  0, -3,-17,-26,-14, 12;
/M: SY='E'; M= -9,  3,-26,  5, 13,-21,-12, -5,-22, 10,-18,-10,  1,-12,  4,  9, -2, -5,-18,-25,-12,  8;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-21,-30,-21, 19,-27,-16, 14,-25, 32, 19,-25,-24,-20,-18,-24, -9,  6,-14,  5,-20;
/M: SY='G'; M= -5,  1,-21, -3, -8,-25, 24, -7,-28, -8,-25,-16, 11,-19, -5, -3,  3,-10,-24,-27,-21, -7;
/M: SY='F'; M=-11,-21,-22,-25,-20, 10,-23,-11,  9,-21,  7,  4,-16,-17,-17,-19,-14, -8,  3,-12, 10,-20;
/M: SY='P'; M= -5, -9,-29, -5,  1,-24,-10,-11,-20, -6,-23,-15, -7, 30, -5,-12,  0, -4,-21,-29,-20, -4;
/M: SY='P'; M= -3, -3,-22, -2, -1,-20,-14,-14,-17, -2,-19,-13, -4,  7, -6, -6,  0,  0,-13,-28,-17, -5;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='T'; M= -3, -5,-15, -6, -4,-12,-10, -6,-13, -4, -9, -7, -3,-12, -4, -2,  3,  5, -8,-20, -5, -5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='A'; M=  2, -5, -4, -9,-10,-12, -4,-11, -6,-10, -8, -3, -1,-13, -9,-12,  1, -1, -4,-23,-13,-10; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='T'; M= -1, -2,-17, -5, -1,-18,-13,-11,-14,  1,-18,-10,  1, -7, -1, -3, 11, 13, -8,-28,-13, -1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='S'; M=  9,  5,-11,  0, -1,-22, -3, -8,-19, -7,-22,-16, 10,-11, -2,-10, 15,  4,-14,-32,-19, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='A'; M= 15,-14,-17,-18,-13,-12, -7,-19, -3,-13, -5, -5,-11,-17,-13,-13,  0, -3,  4,-18,-13,-13; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='A'; M= 11, -8,-19,-11,-10,-18,  6,-16,-14,-12,-12,-10, -5,-14,-10,-14,  7,  0, -8,-25,-17,-10;
/M: SY='Y'; M= -6, -8,-23,-12, -8, -1,-14, -3,-13, -6,-14, -9, -3,-15, -5, -7,  1,  2,-13, -9,  7, -7;
/M: SY='T'; M= -3, -6,-11, -9, -4,-14,-18, -6, -9, -7, -7, -5, -3,-18, -4, -7,  1,  5, -5,-30,-10, -5;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-20,-31,-23,  9,-30,-23, 23,-27, 31, 15,-25,-26,-22,-21,-21, -5, 17,-20, -1,-23;
/M: SY='R'; M=-13, -5,-25, -5,  3,-22,-20, -5,-25, 27,-21, -9, -2,-16,  8, 35, -7, -7,-17,-20, -7,  3;
/M: SY='R'; M= -3, -2,-19, -4,  1,-22,-13, -8,-17,  4,-16, -9,  0,-14,  4,  5,  3,  2,-12,-27,-13,  2;
/M: SY='H'; M= -2,-13,-20,-16,-10, -8,-21, 16, -6,-10, -5,  1, -9,-18, -2, -9, -9,-10, -7,-18,  8, -8;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-29,-21,-20, 30,-30, 18,  1,-11,  0,  0,-20,-30,-11,-10,-20,-10, -9, 28, 77,-20;
/M: SY='E'; M=-11, -5,-17, -5,  8,-12,-22, -4,-10, -3, -4,  0, -7,-16,  2, -3, -9, -7,-12,-24, -6,  4;
/M: SY='R'; M=-11,  1,-27, -1,  6,-25,-17, -4,-26, 26,-23,-11,  5,-14, 10, 32, -3, -5,-20,-24,-12,  6;
/M: SY='Y'; M=-11,-18,-21,-22,-19, 12,-27,  4,  5,-16,  5,  3,-14,-26,-13,-14,-16, -9, -2,  0, 31,-19;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-21,-31,-21,  9,-31,-22, 24,-27, 36, 19,-27,-27,-20,-21,-25, -9, 16,-20,  0,-22;
/M: SY='Y'; M=-12,-16,-23,-16,-10,  7,-23, -3,  0,-15, 11,  3,-14,-24,-11,-11,-16, -8, -5,-10, 16,-12;
/M: SY='P'; M= -6, -7,-31, -1,  6,-28,-13,-10,-23,  0,-26,-16, -7, 35, -2, -7, -3, -7,-24,-29,-22,  0;
/M: SY='Y'; M=-19,-24,-27,-27,-22, 44,-29,  1, -2,-18,  3, -1,-21,-29,-20,-14,-21,-11, -8, 26, 53,-21;
/M: SY='E'; M=-10, 13,-28, 22, 44,-29,-17, -2,-27,  6,-19,-19,  3, -5, 13, -2, -1, -9,-25,-31,-19, 28;
/M: SY='R'; M=-10, -4, -4, -6,  0,-18,-19, -7,-16,  0,-12, -7, -2,-19, -1,  5, -6, -6,-12,-28,-12, -2;
/M: SY='Y'; M=-12,-14,-26,-16, -9,  7,-24,  1, -5, -9, -2, -2,-12,-22,-10, -6,-14,-10, -6, -3, 16,-11;
/M:         M= -7, -8,-19, -9, -3,-12,-21,  0, -9, -5, -5, -3, -7,-18, -2, -6, -7, -6, -9,-19, -2, -3;
/M: SY='K'; M= -7, -3,-20, -3,  1,-15,-18, -8,-16,  3,-15, -9, -2,-10, -3,  3,  0, -1,-10,-27,-11, -2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 69 in 69 different sequences
Number of true positive hits 69 in 69 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] ARID
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
69 sequences

ARI1A_HUMAN (O14497), ARI1A_MOUSE (A2BH40), ARI1B_HUMAN (Q8NFD5), 
ARI3A_DANRE (A2BEA6), ARI3A_HUMAN (Q99856), ARI3A_MOUSE (Q62431), 
ARI3A_XENLA (Q6GQD7), ARI3A_XENTR (Q5XGD9), ARI3B_HUMAN (Q8IVW6), 
ARI3B_MOUSE (Q9Z1N7), ARI3C_HUMAN (A6NKF2), ARI3C_MOUSE (A6PWV5), 
ARI4A_HUMAN (P29374), ARI4B_HUMAN (Q4LE39), ARI4B_MOUSE (A2CG63), 
ARI4B_RAT   (Q9JKB5), ARI5A_BOVIN (Q3SWY1), ARI5A_HUMAN (Q03989), 
ARI5A_MOUSE (Q3U108), ARI5B_BOVIN (E1BLP6), ARI5B_CANFA (E2R9X2), 
ARI5B_CHICK (Q5ZJ69), ARI5B_DANRE (E7F888), ARI5B_HUMAN (Q14865), 
ARI5B_MOUSE (Q8BM75), ARID1_ARATH (Q84JT7), ARID2_ARATH (Q9LDD4), 
ARID2_HUMAN (Q68CP9), ARID3_ARATH (Q940Y3), ARID4_ARATH (Q6NQ79), 
ARID5_ARATH (Q0WNR6), ARID6_ARATH (C0SUW7), CFI1_CAEEL  (O02326), 
DRI_CIOIN   (Q4H3P5), DRI_DROME   (Q24573), DRI_STRPU   (Q8MQH7), 
ECM5_YEAST  (Q03214), HMG10_ARATH (Q9LTT3), HMG11_ARATH (Q9LG02), 
HMG15_ARATH (Q9MAT6), HMGB9_ARATH (Q9SGS2), JARD2_CHICK (Q5F363), 
JARD2_DANRE (Q1LVC2), JARD2_HUMAN (Q92833), JARD2_MOUSE (Q62315), 
JMJ2_SCHPO  (Q9US53), KD5BB_DANRE (Q6IQX0), KDM5A_HUMAN (P29375), 
KDM5A_MOUSE (Q3UXZ9), KDM5B_CHICK (Q5F3R2), KDM5B_HUMAN (Q9UGL1), 
KDM5B_MOUSE (Q80Y84), KDM5C_CANFA (Q38JA7), KDM5C_HUMAN (P41229), 
KDM5C_MOUSE (P41230), KDM5C_PIG   (A1YVX4), KDM5D_CANFA (Q30DN6), 
KDM5D_HUMAN (Q9BY66), KDM5D_MOUSE (Q62240), KDM5D_PANTR (Q5XUN4), 
KDM5_CAEBR  (Q61T02), KDM5_CAEEL  (Q23541), KDM5_DROME  (Q9VMJ7), 
LID2_SCHPO  (Q9HDV4), OSA_DROME   (Q8IN94), RSC9_SCHPO  (Q9P7W8), 
SOL1_SCHPO  (O74365), SWI1_YEAST  (P09547), SWSN7_CAEEL (Q09441)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission