Entry: PS51017

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] CCT
Accession [info] PS51017
Entry type [info] MATRIX
Date [info] SEP-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51017
Associated ProRule [info] PRU00357

Name and characterization of the entry

Description [info] CCT domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=39;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1719618; R2=0.0099220; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=644.55263; R2=16.98355; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=638; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9765; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=437; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8049; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=-19, -8,-30, -7,  3,-21,-19, 10,-30, 25,-20,-10,  1,-19, 10, 58, -9,-11,-22,-22, -7,  2;
/M: SY='E'; M=  1,  0,-24,  1, 16,-22,-15, -8,-19,  8,-13,-10, -2,-11,  4,  4, -4, -8,-15,-25,-15,  9;
/M: SY='A'; M= 18,  2,-18, -2, 10,-24, -8, -9,-18,  0,-17,-13,  1, -9,  4, -7,  7, -2,-13,-26,-18,  7;
/M: SY='R'; M=  5, -8,-20,-11, -2,-16,-13,-11,-18, 10,-16, -9, -4,-14,  1, 13,  3, -2,-10,-22,-12, -1;
/M: SY='I'; M= -6,-26,-18,-28,-22,  1,-29,-23, 23,-20, 22, 14,-24,-26,-20,-18,-17, -5, 23,-24, -5,-22;
/M: SY='M'; M= -8, -9,-22,-12, -5,-13,-20,  0, -3, -5,  1, 12, -8,-17,  5, -3, -6, -2, -6,-24, -5, -1;
/M: SY='R'; M=-16, -4,-29, -3,  3,-23,-18, -3,-30, 31,-23,-12,  2,-17,  9, 53, -7, -9,-20,-22,-11,  3;
/M: SY='Y'; M=-19,-18,-28,-19,-18, 31,-29,  8, -1,-13,  0, -1,-17,-27,-12,-12,-18,-10, -8, 18, 57,-18;
/M: SY='R'; M=-15, -9,-28,-10,  0,-16,-21, -7,-23, 27,-16, -7, -3,-17,  4, 42,-10, -7,-16,-19, -7,  0;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-28, 11, 33,-26,-19, -4,-23,  8,-17,-14, -1, -2, 12,  2, -3, -8,-21,-29,-17, 22;
/M: SY='K'; M= -9, -3,-28, -4,  5,-22,-16,-11,-26, 36,-24, -9, -2,-12,  4, 21, -8, -9,-17,-20, -9,  5;
/M: SY='R'; M=-15, -9,-28,-10, -1,-16,-21, -6,-23, 29,-18, -5, -4,-18,  5, 44,-11,-10,-14,-19, -7,  0;
/M: SY='K'; M= -9,  0,-26, -2,  6,-24,-14, -7,-22, 23,-21, -9,  3,-14,  8, 18, -5, -7,-17,-24,-12,  6;
/M: SY='T'; M= -3,  1,-20, -3,  1,-17,-10, -8,-14, -2,-11, -6,  4,-15,  1, -1,  2,  5,-13,-28,-13,  1;
/M: SY='R'; M=-19,-10,-29,-10, -2,-17,-21,  5,-27, 24,-18, -9, -1,-20,  8, 58, -9, -7,-19,-18, -4, -2;
/M: SY='R'; M=-11, -2, -5, -7, -5,-17,-18, -4,-18,  7,-12, -7,  4,-21, -3,  8, -7, -7,-15,-29,-12, -5;
/M: SY='F'; M=-19,-22,-23,-31,-25, 57,-26,-13, -2,-24,  5, -2,-13,-29,-30,-17,-18,-10, -5, 13, 29,-25;
/M: SY='D'; M= -7,  9,-25, 14, 12,-26,  1, -6,-26, -4,-20,-17,  5,-13,  0, -5,  2, -7,-21,-30,-19,  5;
/M: SY='K'; M=-10, -5,-22, -6,  4,-25,-22,-12,-23, 37,-22, -7, -4,-14,  5, 23,-12,-10,-15,-21,-10,  4;
/M: SY='K'; M= -8, -3,-25, -6,  3,-23,-20, -6,-21, 21,-18, -7, -2,-13, 11, 19, -2,  3,-15,-22, -9,  7;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-20,-33,-27, -5,-30,-25, 32,-26, 10, 11,-20,-17,-21,-26,-16, -9, 24,-24, -6,-27;
/M: SY='R'; M=-14,-11,-27,-12, -2,-18,-20, -5,-23, 24,-15, -7, -4,-19,  5, 51,-10, -8,-14,-21,-10, -2;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A'; M= 15, -3,-20, -5, 13,-25,-10, -8,-16, -2,-14,-10, -6, -9,  9, -9,  4, -3,-12,-24,-17, 11;
/M: SY='C'; M=  2,-11, 17,-14,-14,-14,-15,-19, -9,-17,-15,-11, -6,-22,-14,-17, 14,  8,  4,-39,-19,-14;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='K'; M= -9, -1,-29, -1,  9,-29,-19, -9,-29, 45,-28,-10,  0,-11, 11, 31, -9,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='A'; M=  7, -7,-19,-10,  2,-17,-16,-14,-12,  2, -7, -6, -7,-12, -1, -2,  1,  5, -6,-24,-13,  0;
/M: SY='L'; M=-11,-15,-21,-18,-16,  2,-24,-10,  6,-13, 14,  5,-10,-26,-13, -5,-15, -4,  3,-18,  5,-16;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='D'; M=-12, 20,-21, 31, 26,-29,-17, -5,-27, -1,-17,-19,  4,-10,  4, -9, -3, -9,-22,-34,-18, 15;
/M: SY='Q'; M= -4, -2,-18, -3,  1,-23,-14, -7,-19,  6,-19, -9,  1,-14,  9,  9,  7,  4,-13,-28,-13,  4;
/M: SY='R'; M=-18,-10,-29,-11, -1,-19,-20,  0,-24, 26,-16, -2, -2,-19, 11, 58,-11,-10,-17,-20, -9,  1;
/M: SY='P'; M= -8,-17,-35,-10,  0,-27,-20,-16,-18, -3,-23,-14,-16, 57, -3,-10, -9, -9,-24,-27,-24, -5;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  1,-30, 29,-20,-10,  0,-20, 10, 68,-10,-10,-20,-19, -9,  0;
/M: SY='V'; M= -2,-22,-16,-26,-23, -3,-26,-22, 23,-16,  8, 12,-18,-24,-19,-16,-10, -3, 29,-27, -8,-22;
/M: SY='K'; M=-13, -2,-30, -3,  5,-27,-15, -6,-30, 38,-27,-11,  3,-14,  9, 38, -9,-10,-21,-21,-11,  6;
/M: SY='G'; M=  1,-12,-28,-12,-20,-27, 61,-21,-34,-20,-26,-17, -3,-21,-20,-20, -1,-18,-24,-21,-28,-20;
/M: SY='R'; M=-15, -7,-27, -7,  5,-25,-19,  1,-26, 21,-20, -8,  0,-17, 22, 47, -5, -7,-22,-21,-11, 10;
/M: SY='F'; M=-19,-26,-20,-36,-28, 72,-28,-19, -1,-28,  8, -1,-16,-29,-37,-19,-18, -8, -1,  6, 26,-28;
/M: SY='V'; M= 18,-18,-13,-23,-18,-10,-17,-23,  9,-14,  0,  0,-16,-17,-18,-17,  0,  3, 19,-25,-14,-18;
/M: SY='R'; M=-11, -4,-27, -4,  4,-25,-16, -7,-28, 32,-26,-12,  1,-14,  8, 38, -2, -5,-18,-23,-12,  4;
/M: SY='N'; M=  0,  6,-19, -1,  0,-21,-11, -5,-17,  3,-20,-11, 13,-15,  6,  5,  8,  4,-14,-29,-15,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 33 in 33 different sequences
Number of true positive hits 33 in 33 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CCT
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
33 sequences

APRR1_ARATH (Q9LKL2), APRR3_ARATH (Q9LVG4), APRR5_ARATH (Q6LA42), 
APRR7_ARATH (Q93WK5), APRR9_ARATH (Q8L500), CIA2_ARATH  (Q9LU68), 
COL10_ARATH (Q9LUA9), COL11_ARATH (O23379), COL12_ARATH (Q9LJ44), 
COL13_ARATH (O82256), COL14_ARATH (O22800), COL15_ARATH (Q9C7E8), 
COL16_ARATH (Q8RWD0), COL1_ARATH  (O50055), COL2_ARATH  (Q96502), 
COL3_ARATH  (Q9SK53), COL4_ARATH  (Q940T9), COL5_ARATH  (Q9FHH8), 
COL6_ARATH  (Q8LG76), COL7_ARATH  (Q9C9A9), COL8_ARATH  (Q9M9B3), 
COL9_ARATH  (Q9SSE5), CONS_ARATH  (Q39057), GAT24_ARATH (Q8GXL7), 
GAT25_ARATH (Q9LRH6), GAT28_ARATH (Q8H1G0), HD1_ORYSJ   (Q9FDX8), 
PRR1_ORYSJ  (Q689G9), PRR37_ORYSI (A2YQ93), PRR37_ORYSJ (Q0D3B6), 
PRR73_ORYSI (A2XFB7), PRR73_ORYSJ (Q10N34), PRR95_ORYSJ (Q689G6)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission