Entry: PS51039

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_AN1
Accession [info] PS51039
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51039
Associated ProRule [info] PRU00449

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger AN1-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7740248; R2=0.0057708; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-621.21951; R2=18.54878; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1253; N_SCORE=8.0; H_SCORE=19078; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=1062; N_SCORE=6.9; H_SCORE=19078; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=-300; E1=-300; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='K'; M=  7, -1,-26,  1, -1,-13,-13,-14, -8, 10, -7,  6, -1, -5, -5, -3,  1,  2, -4,-31,-11, -5;
/M: SY='N'; M=  5,  7, -8, -3, -4,-14, -9,-13, -7,  2,-12,  1, 21,-11, -1, -4,  2,  5,-10,-42,-26, -5;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-21, -2, -5,-13,-17,-10,-20,  7,-13,  2, -5, -7, 12, 32, -1, -8, -9,-20, -5, -2;
/M: SY='C'; M=-29,-21,158,-31,  7,-22,-39,-49,-19,-29,  1,-20,-10,-31,-21,-19,-19,-20,-18,-18,-55, -2;
/M: SY='D'; M= -2,  2,-29,  3, -4, -9,  2, -3,-14, -2, -8,-10,  0, -6, -9,-12, -1, -9,-15,-23,-11, -8;
/M: SY='V'; M=  0,-13,-25,-17,-14,  5,-12,-19,  3, -4, -1, -3, -9,-18, -6, -5, -1,  2,  6,-12,  1,-12;
/M: SY='C'; M=-23,-18,137,-26, 10,-29,-34,-44,-19,-23, -3,-17,-10,-20,-16,-17,-17,-17,-19,-22,-54,  1;
/M: SY='R'; M= -3, -4,-27, -7, -5,-10,  9,-18,-17, 10,-18, -2,  1, -8,  4, 19, -2,-16,-18,-10,-13, -4;
/M: SY='K'; M= -2, -6,  6, -7, 13,-17,-17,-22,-19, 16,-14,  7, -4, -1,  6,  8, -3, -7,-16,-21,-19,  9;
/M: SY='K'; M= -1, -6,-25, -3, 11,-13,-14,-16,-21, 26,-18, 10, -5,  3, 12, 25, -1,-11,-16,-16, -8,  9;
/M: SY='V'; M=  6,-10,-12,-12,-10, -2,-22,-19, 18,-12, 11,  4,-11,-22,-13,-17, -5, 10, 20,-30,  3, -9;
/M: SY='G'; M= -1,  1,-32, -5, -8,-22, 34,-21, -9,  0,-15,-11,  2, -3,-12,-14,  1, -9,-20, -8,-19,-11;
/M: SY='L'; M= -2,-12, -8,-16,-15, 10,-19,-13, 25,-16, 28, 17,-14,-29,-18,-19,-14,  4, 18,-26, 15,-14;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='T'; M=  6, -6,-13,-11,-10, -9,-17,-12,  9, -6,  8,  8, -2,-13, -6,-17,  2, 18, 11,-31, -3, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='G'; M=  0,  0,-32, -8,-11,-29, 45,-18,-12, -4,-19,-17,  3,  7,-13,-18,  0, -9,-27,-10,-27,-13;
/M: SY='F'; M=-13,-21,-28,-30,-21, 43,-24,-17,  1, -6, 15, -5,-12,-26, -9, -6,-10, -8,  5,  0, 24,-19;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Q'; M=  1, -1,-22,  2,  5,-12,-16, -6,-14,  6, -9, -2, -4, -4,  7,  2,  0, -2,-12,-24, -6,  4;
/M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='R'; M= -3, -8,-22, -6,  1,-13,-15, -6,-22, 12,-20,  1, -5, -6, 21, 40, -1,-13,-16,-15, -8,  4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='G'; M=  1,  2,-31, -4, -8,-22, 45,-23,-11, -2,-16,-13,  2, -9,-14,-15,  5,-11,-23, -5,-23,-12;
/M: SY='N'; M= -2, -1,-29, -4, -8,-12,  3,  0,-10,  0,-10,  0,  5,-14, -6, -1, -2, -8,-12,-22,-11, -9;
/M: SY='V'; M= -3,-13,-20,-14,-16,  0,-21,-14,  9, -6,  9,  8,-10,-20, -7,  0, -7,  5, 13,-21,  9,-13;
/M: SY='F'; M=-24,-29,-35,-38,-33, 78,-29,-21, -1,-11, 24,-15,-18,-35,-25, -8,-13,-16, 10, 18, 45,-33;
/M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='G'; M=  5, -5,-23, -8, -8, -5,  9,-16, -2, -3, -1, -2, -4,-18,-11,-13,  2, -4, -6,-17,-12,-11;
/M: SY='K'; M=  4,  0,-20,  3,  6,-15,-12,-15,-12,  9, -8,  2, -4, -5,  3,  1,  4,  1, -7,-25, -9,  4;
/M: SY='H'; M=-20,-20,-50,-20,  0,-30,-30,140,-20,-20,-10, 20,-10, 10,  0,-10,-10,-20,-30,-50,  0,  0;
/M: SY='R'; M= -9,-18,-23,-11,-10,-12,-14, -2,-23,  5,-18,  0,-16,-10, 21, 59, -7,-25,-10, -6, -3, -3;
/M: SY='Y'; M=-25,-21,-33,-14,-16, 28,-26,  3,  2,-15, 30,  3,-27,-24,-15,-10,-18, -8,  7, 11, 54,-16;
/M: SY='P'; M=  1,-12,-29, -5,  5,-27, -8,  0,-20,  8,-20,-20,-17, 54, -1, -8,  0,  4,-22,-29,-17, -2;
/M: SY='E'; M=  2, 10, -9, 22, 32,-37,-12, -8,-26, 12,-12,-13, -2, 10,  8,-10,  2, -9,-23,-24,-19, 24;
/M: SY='N'; M=  7,  5,-22,  3,  1,-17,-10,-16, -2,  4, -9,  1,  9,-12,  5, -3,  0,  0, -4,-33,-17,  0;
/M: SY='H'; M=-20,-20,-50,-20,  0,-30,-30,140,-20,-20,-10, 20,-10, 10,  0,-10,-10,-20,-30,-50,  0,  0;
/M: SY='D'; M=  3, 17,-25, 22, -3,-21,  7,-20,-15, -3,-11,-17, 11,-14,-11,-14,  5, -3,-13,-28,-17, -8;
/M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='P'; M=  3, -2,-27, -3, -7,-25, 11,-13,-11, -3,-17,-19, -2, 19, -9,-16,  8,  8,-16,-27,-20,-10;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='F'; M=-10,-15,-25,-18, -8, 25,-12,-15, -6, -1,  7, -9,-11,-16,-10, -8, -6,-13, -1,  5, 15,-10; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='D'; M=  2, 26,-24, 47, 10,-38, -2,-17,-29,  4,-12,-18,  5, -7, -3, -5,  1,-10,-19,-29,-15,  4;
/M: SY='Y'; M=-19,-23,-38,-19,-19, 24,-22, -9,  4,-10, 18, -2,-24,-23,-13, -8,-14, -9, 11, 18, 42,-19;
/M: SY='K'; M= -2,-10,-24, -9,  7,-10,-14,-14,-12, 19,-13, 11, -9, -4,  6, 17, -6,-12,-10, -9, -4,  4;
/M: SY='A'; M= 10,  1,-21, -4, -4,-16, -3,-15, -5, -1,-13, -3,  8,-13,  7,  2,  4,  4, -5,-32,-21, -2;
/M: SY='H'; M=  0, -5,-29, -1, -1,-17,-13,  5,-10,  0, -7,  4, -6, -9, -3, -5, -2, -5, -7,-17, -5, -3;
/M: SY='G'; M=  8, -3,-28, -4,  2,-30, 30,-13,-13, -1,-17,-12, -5,  6, -4,-14,  2,-10,-21,-14,-28, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 78 in 62 different sequences
Number of true positive hits 78 in 62 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.50 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] AN1-type
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
62 sequences

SAP10_ARATH (Q9STJ9), SAP10_ORYSJ (Q69LE0), SAP11_ARATH (Q8VZ42), 
SAP11_ORYSJ (Q84PD8), SAP12_ARATH (Q67YE6), SAP12_ORYSJ (Q6Z541), 
SAP13_ARATH (Q9SCM4), SAP13_ORYSJ (Q5JLA7), SAP14_ORYSJ (Q852K8), 
SAP15_ORYSJ (Q0DJC7), SAP16_ORYSJ (Q0D5B9), SAP17_ORYSJ (Q6H595), 
SAP1_ARATH  (Q6NNI8), SAP1_ORYSI  (A2Z2J6), SAP1_ORYSJ  (A3C039), 
SAP2_ARATH  (Q8H0X0), SAP2_ORYSJ  (Q942F8), SAP3_ARATH  (Q9ZNU9), 
SAP3_ORYSJ  (Q5JN07), SAP4_ARATH  (Q9SJM6), SAP4_ORYSJ  (Q6H7P8), 
SAP5_ARATH  (Q9LHJ8), SAP5_ORYSJ  (Q6H754), SAP6_ARATH  (Q94B40), 
SAP6_ORYSJ  (Q852K5), SAP7_ARATH  (Q9SZ69), SAP7_ORYSJ  (Q852K6), 
SAP8_ARATH  (Q3EA33), SAP8_ORYSI  (A2YEZ6), SAP8_ORYSJ  (A3BDI8), 
SAP9_ARATH  (O49663), SAP9_ORYSJ  (Q7Y1W9), SMBP2_HUMAN (P38935), 
SMBP2_MESAU (Q60560), SMBP2_RAT   (Q9EQN5), Y8260_DICDI (Q55GW8), 
YNP5_YEAST  (P53899), YO052_YEAST (Q08422), ZFAN1_HUMAN (Q8TCF1), 
ZFAN1_MOUSE (Q8BFR6), ZFAN3_HUMAN (Q9H8U3), ZFAN3_MOUSE (Q497H0), 
ZFAN3_RAT   (Q5U2M7), ZFAN3_XENLA (Q66J85), ZFAN4_HUMAN (Q86XD8), 
ZFAN4_MOUSE (D3Z3C6), ZFAN5_HUMAN (O76080), ZFAN5_MOUSE (O88878), 
ZFAN5_RAT   (B5DF11), ZFAN6_BOVIN (Q3SZY7), ZFAN6_HUMAN (Q6FIF0), 
ZFAN6_MOUSE (Q9DCH6), ZFAN6_PONAB (Q5R7S6), ZFAN6_RAT   (Q6DGF4), 
ZFAND_DICDI (Q55BU1), ZFN2A_HUMAN (Q8N6M9), ZFN2A_MOUSE (Q9JII7), 
ZFN2A_PONAB (Q5R966), ZFN2A_RAT   (Q5U2P3), ZFN2B_HUMAN (Q8WV99), 
ZFN2B_MOUSE (Q91X58), ZFN2B_RAT   (Q4KLG9)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

SMBP2_MOUSE (P40694), YHM5_SCHPO  (O94338)

		
PDB
[Detailed view]
6 PDB

1WFH; 1WFL; 1WFP; 1WG2; 1X4V; 1X4W

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission