Entry: PS51044

General information about the entry

Entry name [info] ZF_SP_RING
Accession [info] PS51044
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51044
Associated ProRule [info] PRU00452

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger SP-RING-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=78;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=73;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6787088; R2=0.0259866; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4408.77874; R2=25.59002; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=378; N_SCORE=12.5; H_SCORE=11113; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=148; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8171; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-30; I=-30; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-27,  4,  8,-22,  6, -6,-28, -5,-28,-20,  5,-15, -1,-10,  7, -8,-22,-25,-15,  4;
/M: SY='D'; M=-15, 24,-34, 38, 29,-30,-15, -5,-30,  0,-34,-24,  5,-11,  8, -6, -1,-10,-26,-35,-25, 20;
/M: SY='D'; M= -7,  5,-20, 10,  7,-25, -8,-11,-20, -7,-24,-16,  1,-11,  0,-13,  3, -7,-16,-31,-22,  4;
/M: SY='D'; M=-11, 17,-26, 29, 11,-26, -7,-13,-21,-10,-28,-19,  0,-13, -2,-17, -2, -9,-17,-33,-25,  5;
/M: SY='I'; M= -5,-30, -4,-30,-25, -6,-34,-29, 26,-23, 16, 11,-28,-25,-22,-26,-17, -3, 25,-26,-11,-24;
/M: SY='V'; M=  1,-15,-16,-15, -4,-15,-22,-17,  4,-11, -2,  2,-14,-18, -6,-14, -6, -6,  8,-28,-15, -4;
/M: SY='V'; M= -3,-15,-16,-12, -4,-14,-25,-19,  6,-12, -1,  2,-16,-18, -7,-16, -7, -2,  8,-27,-15, -5;
/M: SY='T'; M= -1, -2,-18,  2, -1,-22, -6,-16,-16,-10,-18,-14, -2,-13, -7,-14,  7, 10,-11,-27,-22, -4;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-22,  1,  7,-25,-12, -7,-22,  2,-20,-11,  5,-13,  5,  2,  7,  2,-17,-29,-20,  6;
/M: SY='E'; M=  1,-12,-19,-10,  3,-15,-19,-10,-10, -5, -9, -7,-10,-16,  0, -8,  0, -3, -6,-23, -9,  1;
/M:         M= -4,-14,-17,-15, -8,-16,-20,-16, -4, -1, -7, -3,-11,-13, -7, -9, -1, -3,  0,-27,-12, -8;
/M: SY='I'; M= -7,-28,-13,-28,-21, -3,-33,-25, 22,-20, 14, 12,-27,-24,-15,-24,-18, -7, 22,-24, -7,-19;
/M: SY='S'; M= -2,  2,-17,  1,  1,-19, -9, -7,-21,  4,-21,-13,  8,-12,  0, -7, 20,  6,-19,-26,-13,  0;
/M: SY='L'; M= -9,-38,-10,-38,-29, -1,-39,-30, 23,-21, 36, 18,-30,-29,-21,-22,-20, -9, 14,-22,-10,-29;
/M: SY='K'; M=-11,  2,-29, -4, 10,-27,-17, -4,-25, 14,-19,-10,  9,-15, 12, 12,  0, -2,-20,-29,-18, 10;
/M: SY='C'; M= -1,-19, 67,-17,-30,-21,-25,-26,-13,-25,-14,-12,-22,-26,-24,-27, -4, -8,-13,-23,-21,-23;
/M: SY='P'; M=-11,-16,-30,-10, -7,-36,-20,-10,-30, -4,-29,-19,-15, 54, -7,-14, -9,-11,-21,-37,-25, -7;
/M: SY='L'; M=-11,-35,-11,-35,-29,  3,-39,-28, 26,-24, 29, 17,-29,-30,-23,-24,-19,-11, 16,-21, -8,-29;
/M: SY='T'; M=  5, -5,-11, -5, -6,-21, -6,-15,-16, -6,-16,-11,  5,-11, -6,-11, 24, 27,-11,-25,-21, -6;
/M: SY='Y'; M=-12,-22,-21,-25,-16,  7,-22, -7,-10, -8, -5, -5,-15,-26,-11, -6,-12, -9,-11, -8, 10,-16;
/M: SY='S'; M=  0,-11,-17,-13, -7,-19,-14,-15,-12,  2, -8, -2, -7,-16, -4,  0,  3, -2,-10,-26,-19, -7;
/M: SY='R'; M= -9,-10,-28,-17, -1,-30,-20, -5,-28, 18,-20,-11, -2, -9,  6, 33, -7, -4,-24,-30,-21, -1;
/M: SY='M'; M=-10,-31,-10,-31,-26,  0,-36,-26, 25,-20, 23, 28,-26,-26,-16,-20,-16,-10, 19,-20,-10,-22;
/M: SY='K'; M= -9, -4,-29, -8, 12,-26,-21, -9,-24, 27,-15, -8, -3,-13, 10, 14, -2, -9,-18,-28,-18, 11;
/M: SY='I'; M=-10,-23,-15,-23,-16, -2,-33,-17, 14,-17,  6,  2,-21,-24,-16,-20,-14, -4, 11,-20,  0,-17;
/M: SY='P'; M= -4,-20,-26,-11,-10,-38,-18,-20,-28,-10,-28,-19,-20, 60,-10,-19, -8, -9,-18,-39,-29,-10;
/M: SY='V'; M=  2,-25,  3,-25,-21,-12,-16,-22,  5,-20, -4, -3,-23,-21,-19,-25,-11, -3, 13,-22, -8,-20;
/M: SY='R'; M= -5, -9,-27,-18,  1,-29,-18, -4,-28, 24,-19,-10, -2,-17,  8, 37, -6, -9,-25,-30,-20,  1;
/M: SY='G'; M=  2, -6,-15, -8,-13,-20, 22,-14,-27,-13,-27,-19,  4,-18,-13,-16, 12, -7,-23,-23,-21,-13;
/M:         M= -8,-12,-13,-15, -8,-15,-22, -2, -7, -3, -7, -1, -6,-20, -6, -6, -3, -8, -7,-26,-11, -7;
/M: SY='N'; M=-13, -1,-24, -4, -3,-11,-17,  3,-22,  1,-21,-14,  4,-12, -4, -6, -1, -3,-19,-21, -3, -4;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='K'; M= -5, -6,-24, -7,  4,-27,-14,-11,-23, 11,-20,-11, -2, -5,  5,  5,  4,  0,-16,-29,-20,  4;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,-10,  0,-10,-20, 80,-30,-10,-30,-20, 10,-20,  0,  0,-10,-20,-30,-20, 20,  0;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-14,-30,-25,  4,-33,-23, 16,-21, 16, 11,-24,-22,-20,-23,-17, -9, 12,-20, -5,-24;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='Q'; M= -5, -3,-24, -4, 10,-26,-11, -4,-25,  6,-18, -4, -1,-11, 30,  8,  0, -6,-17,-20,-12, 16; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-27;
/M: SY='C'; M=  0,-27, 72,-27,-34,-17,-27,-27, -5,-26, -7, -7,-27,-26,-26,-27,-10, -8, -5,-19,-17,-26; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-27;
/M: SY='F'; M=-18,-30,-18,-30,-28, 48,-30,-12,  2,-26,  4, 10,-28,-36,-24,-26,-18,-18, -6,  6, 22,-26;
/M: SY='D'; M=-18, 34,-32, 52, 26,-30,-12, -8,-30, -6,-38,-28,  8,-10,  4,-16,  0,-10,-28,-38,-28, 16;
/M: SY='L'; M= -2,-29,-13,-30,-22, -5,-21,-24,  3,-12, 15,  6,-22,-25,-16,-15,-12,-10,  0,-20,-12,-22;
/M: SY='E'; M= -3, -6,-16, -3,  7,-22,-19,-13,-16, -1,-12, -7, -7,-14,  3, -5,  1,  1,-11,-26,-19,  5;
/M: SY='S'; M= 10, -8,-12, -8, -2,-19, -7,-13,-16, -5,-15,-10, -1,-13, -4,-10, 16,  7,-12,-22,-17, -3;
/M: SY='Y'; M=-17,-30,-18,-30,-25, 35,-31, -2,  3,-25, -1, -2,-26,-33,-21,-26,-20,-17, -1,  6, 38,-25;
/M: SY='L'; M= -8,-34,-10,-34,-27, -2,-37,-29, 24,-21, 26, 17,-27,-27,-20,-22,-17, -6, 19,-23,-11,-26;
/M: SY='Q'; M= -9,  0,-27,  3, 17,-24,-21, -7,-19,  5,-17, -5, -3,-13, 19, -1,  0, -5,-13,-26,-16, 18;
/M: SY='M'; M= -8,-25,-15,-25,-18, -2,-21,-12,  1,-15,  5,  7,-18,-23, -7,-16,-10,-11,  0,-12,  4,-15;
/M: SY='N'; M= -5, -3,  0, -9, -8,-23,-15, -9,-18, -7,-14, -8,  8,-19,  1, -8,  4, -1,-16,-27,-17, -4;
/M: SY='K'; M= -3, -5,-14, -8,  6,-25,-18, -5,-22,  7,-18,-11, -3,-16,  5,  5,  0, -8,-18,-28,-17,  6;
/M: SY='Q'; M= -9, -1,-32, -3, 16,-30,-12, -4,-31, 16,-24,-11,  0,-13, 21, 16, -2,-11,-23,-26,-18, 17;
/M: SY='T'; M= -1, -9,-18,-11, -3,-23,-15,-13,-15,  2,-13, -7, -3,-13,  3,  1,  5, 11, -8,-25,-18, -1;
/M: SY='P'; M= -9,  0,-29, -1, -4,-33, -2, -9,-31, -3,-29,-19,  8, 12, -3, -6, -1, -9,-24,-34,-25, -4;
/M: SY='T'; M= -1,-11,-17,-14, -8,-20,-11,-16,-11, -2, -8, -5, -4,-15, -4, -8,  3,  6, -6,-25,-18, -7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='W'; M=-23,-38,-18,-38,-28,  7,-18,-20,-28,-28,-19,-10,-38,-37,-19,-28,-26,-18,-27, 96, 16,-28;
/M: SY='N'; M=-14,  7,-28, -3,  3,-27,-14,  0,-24,  6,-19, -9, 22,-18, 13,  9,  0, -6,-21,-31,-16,  5;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='P'; M= -9,-19,-28,-10,-10,-38,-20,-20,-28,-10,-28,-19,-18, 63,-10,-19, -8, -5,-18,-38,-29,-10;
/M: SY='V'; M= -5,-29,-11,-30,-22, -6,-33,-22, 28,-22, 13,  9,-27,-24,-21,-27,-19, -5, 29,-28, -8,-22;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='S'; M= -2,  4,-19,  4, -1,-22, -3, -6,-21, -6,-21,-14,  9,-14, -2,-10, 14,  3,-19,-29,-19, -2;
/M: SY='K'; M= -3, -1,-26, -3,  8,-23, -7, -9,-26, 14,-22,-14, -1,-13,  5,  2,  1, -9,-18,-27,-18,  7;
/M: SY='P'; M= -5, -8,-23, -8, -2,-21,-16,-10,-20, -4,-19,-13, -3,  5, -3,-10,  0, -1,-13,-27,-14, -2;
/M: SY='V'; M=  4,-29, -3,-29,-22, -6,-26,-23, 13,-18, 11, 10,-25,-22,-16,-20,-11, -7, 14,-22, -8,-20;
/M: SY='K'; M= -5,-11,-23,-12, -4,-21,-14,-12,-19,  2,-16,-10, -6, -5, -3,  1,  2, -2,-16,-27,-18, -5;
/M: SY='Y'; M=-14,-30,-18,-28,-24,  6,-32,-14,  5,-22,  4,  0,-26,-10,-20,-24,-18,-14,  2,-14,  9,-24;
/M: SY='E'; M= -6,  7,-25, 11, 12,-26,-10,-10,-22,  4,-24,-16,  3,-12,  1, -7,  5, -2,-15,-31,-22,  8;
/M: SY='D'; M=-13, 13,-28, 15,  9,-25,-11,  4,-26, -4,-26,-17, 10,-14,  6, -5,  1, -6,-24,-30,-17,  7;
/M: SY='L'; M= -9,-36,-10,-36,-29, -1,-39,-29, 25,-22, 32, 19,-29,-29,-21,-22,-19, -9, 16,-22,-10,-28;
/M: SY='V'; M= -1,-23, -9,-24,-15, -6,-25, -7,  3,-16, -2, -3,-19,-22,-13,-14,-11, -9,  4,-20,  2,-15;
/M: SY='I'; M= -8,-32,-10,-32,-28, -2,-38,-30, 34,-26, 21, 12,-30,-28,-26,-28,-20, -8, 29,-28,-10,-28;
/M: SY='D'; M=-17, 33,-23, 47, 14,-29, -9, -9,-28, -9,-36,-27, 13,-12, -1,-18,  3, -8,-28,-38,-28,  6;
/M: SY='E'; M= -3, -2,-24,  4,  7,-22,-11, -8,-24, -4,-24,-17, -5, -4,  1, -7,  0, -6,-18,-26,-14,  4;
/M: SY='Y'; M=-17,-24,-20,-26,-20, 23,-27,  1, -8,-17, -5, -5,-15,-30,-14,-14,-15,-13,-11,  2, 30,-20;
/M: SY='F'; M=-10,-27,-15,-27,-20, 13,-29,-13,  4,-18,  7,  9,-22,-26,-12,-18,-13, -7,  2, -7, 10,-18;
/M: SY='Q'; M=-12,-16,-14,-18, -9,-13,-23,-12,-14, -5, -7, -2,-11,-22,  3, -9, -7, -7,-12, -3, -4, -6;
/M: SY='E'; M= -9,  3,-28,  7, 10,-17,-10, -6,-25,  0,-25,-17, -2,-16,  1, -2, -2,-11,-22,-25,-13,  5;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-12,-30,-24, -4,-33,-26, 18,-18, 13,  8,-27,-27,-20,-22,-17,-10, 14,-13, -8,-23;
/M: SY='L'; M= -8,-36,-10,-36,-28, -2,-38,-29, 22,-21, 31, 16,-28,-28,-21,-22,-18, -5, 15,-23,-11,-28;
/M: SY='S'; M=  5,  2,-21,  0,  9,-26, -3, -7,-24,  3,-23,-15,  8,-13,  2, -3, 11, -3,-17,-31,-21,  6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_05 which contains 548'454 sequence entries.


Total number of hits 26 in 26 different sequences
Number of true positive hits 26 in 26 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 89.66 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] SP-RING-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
26 sequences

GEI17_CAEEL (Q94361), NSE2_BOVIN  (Q32KY9), NSE2_HUMAN  (Q96MF7), 
NSE2_MOUSE  (Q91VT1), NSE2_RAT    (Q4V8A0), NSE2_YEAST  (P38632), 
PIAS1_HUMAN (O75925), PIAS1_MOUSE (O88907), PIAS2_HUMAN (O75928), 
PIAS2_MOUSE (Q8C5D8), PIAS2_RAT   (Q6AZ28), PIAS3_HUMAN (Q9Y6X2), 
PIAS3_MOUSE (O54714), PIAS3_RAT   (O70260), PIAS4_HUMAN (Q8N2W9), 
PIAS4_MOUSE (Q9JM05), PLI1_SCHPO  (O94451), SIZ1_ARATH  (Q680Q4), 
SIZ1_ORYSJ  (Q6L4L4), SIZ1_YEAST  (Q04195), SIZ2_ORYSJ  (Q6ASW7), 
SIZ2_YEAST  (Q12216), ZMIZ1_HUMAN (Q9ULJ6), ZMIZ1_MOUSE (Q6P1E1), 
ZMIZ2_HUMAN (Q8NF64), ZMIZ2_MOUSE (Q8CIE2)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

NSE2_ARATH  (Q8GYH7), NSE2_SCHPO  (Q4PIR3), NSE2_XENLA  (Q7ZXH2)

		
PDB
[Detailed view]
4 PDB

3HTK; 3I2D; 4FO9; 4MVT

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission