Entry: PS51050

General information about the entry

Entry name [info] ZF_CW
Accession [info] PS51050
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51050
Associated ProRule [info] PRU00454

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger CW-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=54;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=49;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3607429; R2=0.0105080; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=930.05104; R2=19.84271; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=680; N_SCORE=8.5; H_SCORE=12518; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=490; N_SCORE=6.5; H_SCORE=10633; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -4, -8,-20, -9, -9, -6,-18,-10, -8, -4,-10, -7, -6,-19, -8,  0,  1,  0, -2,-21, -1,-10;
/M: SY='P'; M= -4, -4,-27, -2,  0,-24, -7,-11,-18, -1,-19,-10, -4,  4, -1, -3, -2, -7,-15,-27,-18, -2;
/M: SY='E'; M= -3, -5,-23, -3,  6,-19,-16, -7,-11, -8,-10, -5, -4,  0,  1,-10,  3, -1,-12,-30,-15,  3;
/M: SY='I'; M= -6, -9,-18,-11, -9,-16,-19,-16,  4,-12, -3,  0, -7,-19, -5,-14, -7, -7,  3,-27,-11, -8;
/M: SY='D'; M= -8,  6,-27, 13,  4,-27, -6, -5,-20, -8,-19,-14, -1, -3, -3,-13, -3,-10,-16,-30,-17, -1;
/M: SY='T'; M=  0, -7,-21,-13, -8, -8,-18, -7, -4, -9, -6, -3, -4,-10, -5,-10, -3,  1, -5,-21, -5, -7;
/M: SY='W'; M=-18,-32,-39,-35,-27, 22,-23,-20,-12,-19,-10,-10,-31,-28,-20,-18,-29,-18,-19, 93, 33,-20;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='V'; M=  4,-27,-13,-30,-27, -2,-28,-28, 28,-20, 11, 11,-26,-26,-25,-21,-10, -2, 39,-27, -9,-27;
/M: SY='Q'; M= -8, -2,-19, -3, 14,-37,-20,  5,-20,  7,-19, -2, -2,-12, 49,  8,  0, -8,-27,-22,-12, 31;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M= -9, 24,-16, 33, 13,-27,-14, -4,-29, -3,-22,-22,  7,-12, -2,-11,  2, -3,-21,-31,-12,  5;
/M: SY='D'; M= -7,  9,-24, 12,  8,-21,-14, -4,-22,  6,-16,-13,  5,-13,  0,  0,  0, -5,-17,-29,-12,  4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M:         M=-11, -9,-24,-10,  0, -3,-13, -1,-14, -4, -5, -4, -5,-19, -5,  0, -8, -8,-13,-19, -2, -3;
/M: SY='K'; M= -7, -1,-28, -2,  8,-29,-19,-11,-28, 45,-28,-10,  0,-10,  8, 27, -8, -7,-18,-20,-10,  8;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-29, -9,  0,-20,-19,  4,-30, 26,-20,-10,  1,-20, 10, 63, -8, -9,-20,-21, -9,  0;
/M: SY='R'; M=-10,-13,-19,-15, -7,-14,-24,-13, -7,  8, -3,  0,-10,-19, -2, 13,-11, -3, -3,-23, -8, -6;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-21,-32,-23,  5,-31,-23, 28,-28, 35, 19,-26,-26,-20,-22,-24, -9, 19,-21, -2,-23;
/M: SY='P'; M= -8, -9,-31, -1,  0,-28,-18,-17,-19, -9,-25,-18,-11, 55, -9,-16, -7, -7,-24,-31,-25, -8;
/M: SY='T'; M=  1, -4,-18, -7, -8, -6,-11,-13,-13, -8,-12,-10, -4,-16, -9,-10,  7,  9, -6,-22, -5, -9;
/M: SY='Q'; M= -8,  4,-26,  4,  7,-23, -3,  2,-23,  3,-20, -7,  6,-14,  9,  1,  0, -8,-22,-26,-13,  8;
/M: SY='I'; M= -5,-12,-21,-12, -5, -8,-22,-15,  5,-14,  5,  4,-13,-18, -7,-14, -8, -3,  4,-25, -8, -6;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='B'; M= -7, 14,-20, 12,  7,-15,-11,  1,-18,  2,-19,-13, 14,-13,  1, -2,  1, -4,-16,-26,-11,  4; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='Y'; M= -6,-11,-20,-11, -8,  2,-15, -4, -3,-10, -3, -3,-11, -7, -8,-11, -6, -2, -5, -6, 14,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='E'; M= -3,  2,-11,  2, 10,-11,-10, -4, -8,  1, -8, -6,  1, -5,  4, -1,  3,  3, -6,-15, -8,  7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='K'; M= -5,  4,-19,  4,  7,-19, -9, -5,-18,  8,-19,-12,  7, -6,  4,  6,  5,  0,-15,-23,-13,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M:         M= -9, -8,-24, -8, -7,-10,-18,-14, -5, -5, -5, -1, -8,-13, -5, -7, -8, -5, -3,-24, -9, -6;
/M: SY='L'; M= -9,-21,-16,-22,-13,  2,-28,-15,  9,-20, 22,  8,-20,-24,-11,-16,-16, -3,  5,-20,  1,-12;
/M: SY='P'; M= -4, -8,-30, -3, 10,-26,-14,-12,-21, -3,-25,-17, -7, 36,  1,-10,  1, -5,-24,-29,-22,  4;
/M: SY='D'; M=-11, 23,-25, 32, 16,-27,-13, -5,-27,  2,-22,-20, 11,-11,  0, -6,  3, -2,-21,-34,-16,  8;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-27, -3,  2,-23,-18,-13,-18,  7,-20,-12, -4, 12, -3,  2, -3,  0,-15,-27,-17, -2;
/M: SY='W'; M=-20,-37,-43,-39,-30, 25,-22,-26,-15,-22,-13,-15,-35,-30,-24,-20,-35,-25,-23,117, 32,-22;
/M: SY='F'; M=-11,-15,-20,-20,-18, 15,-25,-10,  3,-15,  1,  1,-11,-23,-18, -9, -8,  2,  5,-13, 11,-18;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  2, -1,-20, -1, -1,-20,  0, -9,-19, -3,-21,-12,  2,-13, -1, -7, 13,  3,-13,-27,-13, -1;
/M: SY='M'; M=-11, -4,-17, -9, -7, -8,-19, -5, -7, -3, -2, 10, -3,-19, -1,  2, -7, -2, -8,-24, -6, -4;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='N'; M= -4, 15,-16,  3, -1,-19, -9, -1,-17,  4,-19,-12, 25,-18,  2,  4,  2, -2,-20,-30,-15,  0; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='P'; M= -7, -8,-26, -7,  0,-18,-11,-12,-18, -4,-20,-13, -4, 17, -4, -4,  0, -1,-18,-26,-17, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D'; M=-14, 11,-27, 18,  1,-17,-12, -6,-21, -7,-15,-16,  0, -7, -6,-11,-10,-11,-21,  5, -5, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-22, -4,  0,-19,-11,-10,-14,  0,-19,-12, -1, 20, -4, -3,  0, -1,-14,-24,-17, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='R'; M= -1, -6,-20, -7,  0,-15, -5, -9,-16,  0,-13, -9, -4, -1,  0,  1,  0, -2,-13,-19,-12, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='Y'; M=-12, -1,-23, -1, -3, -1,-14,  3,-12, -5,-10, -5,  0,-18, -3, -2, -5, -7,-12,-14,  7, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='N'; M= -3,  6,-10, -1, -7,-18,-11, -7,-10, -7,-13, -6, 10,-19, -5, -8,  0, -4,-10,-32,-16, -6;
/M: SY='S'; M= -3,  8,-18,  7,  2,-21, -7,  2,-23,  0,-27,-17, 14,-13,  3,  3, 18,  7,-17,-34,-13,  2;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M= -4, 16,-22, 19, 18,-26, -7, -1,-25,  0,-25,-20, 14,-10,  4, -5, 11, -1,-21,-35,-19, 11;
/M: SY='V'; M=  0, -5,-20, -4, -7,-15,-20,-16,  3,-11, -3, -2,-10,-18, -9,-15, -4, -4,  8,-28,-12, -9;
/M: SY='P'; M= -4,-12,-30, -7,  1,-23,-17,-16,-16, -8,-22,-15,-12, 40, -6,-13, -2, -5,-18,-29,-22, -5;
/M: SY='E'; M= -1,  4,-27,  9, 39,-30,-14, -2,-26,  8,-19,-15, -1, -4, 20, -1,  1, -9,-25,-26,-18, 29;
/M: SY='E'; M=-13, 19,-26, 30, 32,-33,-14, -2,-32,  6,-22,-20,  6, -8, 12, -1, -2,-10,-28,-32,-19, 22;
/M: SY='I'; M= -8,-16,-26,-18, -7,-11,-23,-17,  8, -9,  5,  5,-13,-13, -5,-11,-11, -7,  2,-23, -8, -8;
/M: SY='E'; M= -8, -3,-25, -4,  3,-14,-15, -3,-16, -7,-15,-10, -3,-10,  0, -8,  0,  2,-16, -9, -2,  1;
/M: SY='T'; M= -4,  1,-22, -1, -3,-14,-18, -6,-12,  0,-14, -8, -1,-13,  0, -4,  1,  4,-10,-20,  0, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 24 in 24 different sequences
Number of true positive hits 23 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 95.83 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 95.83 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] CW-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
23 sequences

ASHH2_ARATH (Q2LAE1), KDM1B_HUMAN (Q8NB78), KDM1B_MOUSE (Q8CIG3), 
MBD12_ARATH (Q9FZP6), MBD1_ARATH  (Q5XEN5), MBD2_ARATH  (Q8LA53), 
MBD4_ARATH  (Q9LYB9), MOR2A_MOUSE (Q69ZX6), MOR2B_MOUSE (Q8C5W4), 
MORC1_HUMAN (Q86VD1), MORC1_MOUSE (Q9WVL5), MORC2_HUMAN (Q9Y6X9), 
MORC3_HUMAN (Q14149), MORC4_HUMAN (Q8TE76), MORC4_MOUSE (Q8BMD7), 
VAL1_ARATH  (Q8W4L5), VAL2_ARATH  (Q5CCK4), Y7633_ORYSJ (Q0D5G4), 
Y7797_ORYSJ (Q6Z3U3), ZCPW1_HUMAN (Q9H0M4), ZCPW1_MOUSE (Q6IR42), 
ZCPW2_HUMAN (Q504Y3), ZCPW2_MOUSE (Q08EN7)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

MBD3_ARATH  (Q4PSK1)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

FB304_ARATH (Q9M1I1)

		
PDB
[Detailed view]
17 PDB

2E61; 2L7P; 2RR4; 4FWE; 4FWF; 4FWJ; 4GU0; 4GU1; 4GUR; 4GUS; 4GUT; 4GUU; 4HSU; 4O62; 4QQ4; 4Z0O; 4Z0R
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission