Entry: PS51050

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_CW
Accession [info] PS51050
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51050
Associated ProRule [info] PRU00454

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger CW-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=54;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=49;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3607429; R2=0.0105080; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=930.05104; R2=19.84271; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=680; N_SCORE=8.5; H_SCORE=12518; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=490; N_SCORE=6.5; H_SCORE=10633; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -4, -8,-20, -9, -9, -6,-18,-10, -8, -4,-10, -7, -6,-19, -8,  0,  1,  0, -2,-21, -1,-10;
/M: SY='P'; M= -4, -4,-27, -2,  0,-24, -7,-11,-18, -1,-19,-10, -4,  4, -1, -3, -2, -7,-15,-27,-18, -2;
/M: SY='E'; M= -3, -5,-23, -3,  6,-19,-16, -7,-11, -8,-10, -5, -4,  0,  1,-10,  3, -1,-12,-30,-15,  3;
/M: SY='I'; M= -6, -9,-18,-11, -9,-16,-19,-16,  4,-12, -3,  0, -7,-19, -5,-14, -7, -7,  3,-27,-11, -8;
/M: SY='D'; M= -8,  6,-27, 13,  4,-27, -6, -5,-20, -8,-19,-14, -1, -3, -3,-13, -3,-10,-16,-30,-17, -1;
/M: SY='T'; M=  0, -7,-21,-13, -8, -8,-18, -7, -4, -9, -6, -3, -4,-10, -5,-10, -3,  1, -5,-21, -5, -7;
/M: SY='W'; M=-18,-32,-39,-35,-27, 22,-23,-20,-12,-19,-10,-10,-31,-28,-20,-18,-29,-18,-19, 93, 33,-20;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='V'; M=  4,-27,-13,-30,-27, -2,-28,-28, 28,-20, 11, 11,-26,-26,-25,-21,-10, -2, 39,-27, -9,-27;
/M: SY='Q'; M= -8, -2,-19, -3, 14,-37,-20,  5,-20,  7,-19, -2, -2,-12, 49,  8,  0, -8,-27,-22,-12, 31;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M= -9, 24,-16, 33, 13,-27,-14, -4,-29, -3,-22,-22,  7,-12, -2,-11,  2, -3,-21,-31,-12,  5;
/M: SY='D'; M= -7,  9,-24, 12,  8,-21,-14, -4,-22,  6,-16,-13,  5,-13,  0,  0,  0, -5,-17,-29,-12,  4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M:         M=-11, -9,-24,-10,  0, -3,-13, -1,-14, -4, -5, -4, -5,-19, -5,  0, -8, -8,-13,-19, -2, -3;
/M: SY='K'; M= -7, -1,-28, -2,  8,-29,-19,-11,-28, 45,-28,-10,  0,-10,  8, 27, -8, -7,-18,-20,-10,  8;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-29, -9,  0,-20,-19,  4,-30, 26,-20,-10,  1,-20, 10, 63, -8, -9,-20,-21, -9,  0;
/M: SY='R'; M=-10,-13,-19,-15, -7,-14,-24,-13, -7,  8, -3,  0,-10,-19, -2, 13,-11, -3, -3,-23, -8, -6;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-21,-32,-23,  5,-31,-23, 28,-28, 35, 19,-26,-26,-20,-22,-24, -9, 19,-21, -2,-23;
/M: SY='P'; M= -8, -9,-31, -1,  0,-28,-18,-17,-19, -9,-25,-18,-11, 55, -9,-16, -7, -7,-24,-31,-25, -8;
/M: SY='T'; M=  1, -4,-18, -7, -8, -6,-11,-13,-13, -8,-12,-10, -4,-16, -9,-10,  7,  9, -6,-22, -5, -9;
/M: SY='Q'; M= -8,  4,-26,  4,  7,-23, -3,  2,-23,  3,-20, -7,  6,-14,  9,  1,  0, -8,-22,-26,-13,  8;
/M: SY='I'; M= -5,-12,-21,-12, -5, -8,-22,-15,  5,-14,  5,  4,-13,-18, -7,-14, -8, -3,  4,-25, -8, -6;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='B'; M= -7, 14,-20, 12,  7,-15,-11,  1,-18,  2,-19,-13, 14,-13,  1, -2,  1, -4,-16,-26,-11,  4; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='Y'; M= -6,-11,-20,-11, -8,  2,-15, -4, -3,-10, -3, -3,-11, -7, -8,-11, -6, -2, -5, -6, 14,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='E'; M= -3,  2,-11,  2, 10,-11,-10, -4, -8,  1, -8, -6,  1, -5,  4, -1,  3,  3, -6,-15, -8,  7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='K'; M= -5,  4,-19,  4,  7,-19, -9, -5,-18,  8,-19,-12,  7, -6,  4,  6,  5,  0,-15,-23,-13,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M:         M= -9, -8,-24, -8, -7,-10,-18,-14, -5, -5, -5, -1, -8,-13, -5, -7, -8, -5, -3,-24, -9, -6;
/M: SY='L'; M= -9,-21,-16,-22,-13,  2,-28,-15,  9,-20, 22,  8,-20,-24,-11,-16,-16, -3,  5,-20,  1,-12;
/M: SY='P'; M= -4, -8,-30, -3, 10,-26,-14,-12,-21, -3,-25,-17, -7, 36,  1,-10,  1, -5,-24,-29,-22,  4;
/M: SY='D'; M=-11, 23,-25, 32, 16,-27,-13, -5,-27,  2,-22,-20, 11,-11,  0, -6,  3, -2,-21,-34,-16,  8;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-27, -3,  2,-23,-18,-13,-18,  7,-20,-12, -4, 12, -3,  2, -3,  0,-15,-27,-17, -2;
/M: SY='W'; M=-20,-37,-43,-39,-30, 25,-22,-26,-15,-22,-13,-15,-35,-30,-24,-20,-35,-25,-23,117, 32,-22;
/M: SY='F'; M=-11,-15,-20,-20,-18, 15,-25,-10,  3,-15,  1,  1,-11,-23,-18, -9, -8,  2,  5,-13, 11,-18;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  2, -1,-20, -1, -1,-20,  0, -9,-19, -3,-21,-12,  2,-13, -1, -7, 13,  3,-13,-27,-13, -1;
/M: SY='M'; M=-11, -4,-17, -9, -7, -8,-19, -5, -7, -3, -2, 10, -3,-19, -1,  2, -7, -2, -8,-24, -6, -4;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='N'; M= -4, 15,-16,  3, -1,-19, -9, -1,-17,  4,-19,-12, 25,-18,  2,  4,  2, -2,-20,-30,-15,  0; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='P'; M= -7, -8,-26, -7,  0,-18,-11,-12,-18, -4,-20,-13, -4, 17, -4, -4,  0, -1,-18,-26,-17, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D'; M=-14, 11,-27, 18,  1,-17,-12, -6,-21, -7,-15,-16,  0, -7, -6,-11,-10,-11,-21,  5, -5, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-22, -4,  0,-19,-11,-10,-14,  0,-19,-12, -1, 20, -4, -3,  0, -1,-14,-24,-17, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='R'; M= -1, -6,-20, -7,  0,-15, -5, -9,-16,  0,-13, -9, -4, -1,  0,  1,  0, -2,-13,-19,-12, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='Y'; M=-12, -1,-23, -1, -3, -1,-14,  3,-12, -5,-10, -5,  0,-18, -3, -2, -5, -7,-12,-14,  7, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='N'; M= -3,  6,-10, -1, -7,-18,-11, -7,-10, -7,-13, -6, 10,-19, -5, -8,  0, -4,-10,-32,-16, -6;
/M: SY='S'; M= -3,  8,-18,  7,  2,-21, -7,  2,-23,  0,-27,-17, 14,-13,  3,  3, 18,  7,-17,-34,-13,  2;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M= -4, 16,-22, 19, 18,-26, -7, -1,-25,  0,-25,-20, 14,-10,  4, -5, 11, -1,-21,-35,-19, 11;
/M: SY='V'; M=  0, -5,-20, -4, -7,-15,-20,-16,  3,-11, -3, -2,-10,-18, -9,-15, -4, -4,  8,-28,-12, -9;
/M: SY='P'; M= -4,-12,-30, -7,  1,-23,-17,-16,-16, -8,-22,-15,-12, 40, -6,-13, -2, -5,-18,-29,-22, -5;
/M: SY='E'; M= -1,  4,-27,  9, 39,-30,-14, -2,-26,  8,-19,-15, -1, -4, 20, -1,  1, -9,-25,-26,-18, 29;
/M: SY='E'; M=-13, 19,-26, 30, 32,-33,-14, -2,-32,  6,-22,-20,  6, -8, 12, -1, -2,-10,-28,-32,-19, 22;
/M: SY='I'; M= -8,-16,-26,-18, -7,-11,-23,-17,  8, -9,  5,  5,-13,-13, -5,-11,-11, -7,  2,-23, -8, -8;
/M: SY='E'; M= -8, -3,-25, -4,  3,-14,-15, -3,-16, -7,-15,-10, -3,-10,  0, -8,  0,  2,-16, -9, -2,  1;
/M: SY='T'; M= -4,  1,-22, -1, -3,-14,-18, -6,-12,  0,-14, -8, -1,-13,  0, -4,  1,  4,-10,-20,  0, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 24 in 24 different sequences
Number of true positive hits 23 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 95.83 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 95.83 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] CW-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
23 sequences

ASHH2_ARATH (Q2LAE1), KDM1B_HUMAN (Q8NB78), KDM1B_MOUSE (Q8CIG3), 
MBD12_ARATH (Q9FZP6), MBD1_ARATH  (Q5XEN5), MBD2_ARATH  (Q8LA53), 
MBD4_ARATH  (Q9LYB9), MOR2A_MOUSE (Q69ZX6), MOR2B_MOUSE (Q8C5W4), 
MORC1_HUMAN (Q86VD1), MORC1_MOUSE (Q9WVL5), MORC2_HUMAN (Q9Y6X9), 
MORC3_HUMAN (Q14149), MORC4_HUMAN (Q8TE76), MORC4_MOUSE (Q8BMD7), 
VAL1_ARATH  (Q8W4L5), VAL2_ARATH  (Q5CCK4), Y7633_ORYSJ (Q0D5G4), 
Y7797_ORYSJ (Q6Z3U3), ZCPW1_HUMAN (Q9H0M4), ZCPW1_MOUSE (Q6IR42), 
ZCPW2_HUMAN (Q504Y3), ZCPW2_MOUSE (Q08EN7)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

MBD3_ARATH  (Q4PSK1)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

FB304_ARATH (Q9M1I1)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission