Entry: PS51051

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] DSL
Accession [info] PS51051
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51051
Associated ProRule [info] PRU00377

Name and characterization of the entry

Description [info] DSL domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8295677; R2=0.0097802; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=619.29250; R2=16.83614; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=764; N_SCORE=10.3; H_SCORE=11243; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=376; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6933; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I'; M= -7,-17,-19,-25,-25,  5,-28,-22, 24,-21,  6,  7,-10,-25,-22,-20,-11, -4, 24,-25, -5,-25;
/M: SY='K'; M= -4,-11,-21,-13,-10,-15,-10,-18, -7,  1, -9, -4, -8,-17,-10, -4, -2,  1,  1,-25,-12,-10;
/M: SY='C'; M=-10,-15, 90,-26,-27,-18,-28,-26,-21,-27,-17,-16,-12,-36,-26,-27, -9, -9, -8,-46,-26,-27;
/M: SY='B'; M= -4, 14,-24, 14,  4,-20,-13, -4,-16, -1,-18,-14, 10,-14, -2, -7,  0, -5,-15,-25, -7,  0;
/M: SY='R'; M=-12,  1,-28,  5, 19,-25,-18, -5,-27, 14,-22,-16,  0,  0,  8, 21,  0, -4,-23,-27,-16, 11;
/M: SY='N'; M=-12, 14,-22,  3, -5, -8,-13, 12,-12, -6,-14, -9, 25,-21,  0, -4, -1, -1,-20,-22,  4, -4;
/M: SY='W'; M=-19,-31,-39,-31,-25, 18,-25, -8, -8,-17, -5, -8,-31,-30,-16,-16,-31,-20,-18, 83, 48,-20;
/M: SY='Y'; M=-19,-16,-27,-19,-14, 24,-26, 20,-13, -6, -6, -2, -9,-25,-11,  1,-16,-12,-13, -1, 31,-14;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-28, -9,-15,-29, 52,-17,-35,-16,-27,-17,  0,-18,-11,-16,  2,-12,-27,-21,-26,-13;
/M: SY='H'; M= -7, -1,-25, -2, 10,-15, -8, 12,-22, -4,-14,-10,  3,-15,  1,  0, -2, -9,-20,-26, -8,  4;
/M: SY='H'; M= -5,  1,-25,  2,  1,-22, -9, 11,-25,  6,-22,-11,  3,-15,  6,  9,  2, -6,-19,-24, -5,  2;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M= -3, 14,-24, 19, 21,-28, -4, -5,-29,  1,-24,-20,  8, -9,  4, -2,  8, -4,-23,-32,-20, 12;
/M: SY='K'; M=-10,  1,-25, -1, -1,-21,-19,  5,-16, 11,-19, -7,  4,-15,  1,  8, -3, -4,-11,-27, -7, -2;
/M: SY='F'; M=-11,-21,-21,-27,-20, 41,-24, -1, -5,-22,  3, -1,-14,-26,-23,-16,-11, -7, -5,  0, 25,-20;
/M: SY='C'; M=-10,-18,105,-27,-25,-22,-29,-26,-29,-26,-20,-18,-18,-37,-21,-26, -9,-10,-12,-47,-28,-23;
/M: SY='D'; M=-14, 11,-19, 12,  2,-25,-19,  2,-20,  8,-20,-12,  7,-16, -1,  3, -7,-10,-17,-30,-10, -1;
/M: SY='P'; M= -6,  4,-30, 12, 18,-31,-15, -8,-26,  2,-25,-18, -3, 23,  7, -7,  0, -7,-26,-30,-21, 11;
/M: SY='R'; M=-15,  7,-28, 10, 12,-25,-16,  7,-30, 16,-24,-15,  9,-14,  8, 30, -2, -8,-23,-28,-12,  8;
/M: SY='D'; M= -7,  8,-25, 12,  5,-20,-15, -7,-21, -3,-16,-13,  1, -5,  4, -7,  1, -2,-18,-27,-12,  4;
/M: SY='D'; M= 11, 24,-20, 27,  5,-29, -5, -7,-25, -4,-22,-20, 11,-11, -4,-13,  5, -5,-17,-32,-20,  0;
/M: SY='H'; M= -4, -9,-22,-13, -7,-10,-18,  9,-12, -4,-10, -4, -3,-17, -3,  3, -1, -2, -9,-24, -3, -7;
/M: SY='F'; M= -9, -9,-21,-15,-11, 11,-19,  7,-13, -8, -8, -5, -2,-20,-11, -2, -5, -3,-11,-17,  6,-11;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='G'; M=  3,-11,-15,-14,-14,-12, 12,-14, -4,-13, -7, -1, -7,-14,-12,-14, -1, -6,  0,-17,-13,-14; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='H'; M= -8,  0,-21, -2, -5,-17, 11, 25,-23, -6,-18, -8,  8,-14, -2,  0, -3,-12,-21,-19, -5, -5; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='Y'; M=-17,-18,-29,-21,-14, 17,-25, -3,-11,  4, -8, -1,-14,-24, -9,  8,-18,-12,-12, 14, 29,-12;
/M: SY='R'; M= -9, -9,-23, -8,  2,-16,-20, -3,-14,  7,-11, -6, -6,-17,  0, 17, -3, -2, -6,-26,-10,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M=-13, 36,-24, 40, 11,-31, -8,  1,-29, -1,-28,-23, 27,-13,  3, -6,  7,  0,-26,-38,-19,  7;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-28,  3, 12,-20,-18, -3,-19,  2,-19,-12, -3,  3,  5, -4, -3, -8,-19,-25,-12,  8;
/M: SY='Q'; M=-13, 14,-27, 15,  8,-28,-15,  7,-21,  7,-18, -6, 10,-14, 16,  3, -4, -9,-23,-28,-10, 12;
/M: SY='G'; M= -2, -4,-30, -2,-16,-31, 62,-18,-40,-18,-30,-21,  2,-19,-18,-19,  0,-19,-30,-22,-29,-17;
/M: SY='N'; M= -7, 10,-24,  7, -1,-25,  2, -5,-23,  1,-24,-14, 14,-16,  4,  1,  4, -2,-20,-29,-17,  1;
/M: SY='L'; M=-14,-20,-26,-22,-13,  4,-26,-11,  0, -4,  8,  7,-17,-16,-10,  2,-19,-10, -4,-12,  6,-13;
/M: SY='G'; M= -3, -9,-21,-11,-11,-19,  6,-16,-18, -2,-18,-11, -4,-18,-10,  2,  4,  3, -6,-26,-17,-11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='L'; M= -6,-12,-23,-13,-10, -8,-20, -3,  0,-18, 13,  6,-12, -8,-10,-15,-16, -9, -6,-25, -7,-11;
/M: SY='P'; M=-11, -5,-34,  0, 11,-26,-21,-12,-13, -6,-20,-14, -6, 35,  1,-13, -7, -9,-21,-29,-21,  3;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='W'; M=-17,-32,-37,-34,-26, 19,-24,-21,-10,-16, -7,-10,-31,-29,-21,-16,-30,-20,-15, 82, 28,-20;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-10, -8, -1,-18,-17, -1,-17, -2,-14, -5, -2,-14,  4,  3,  7, 11,-11,-29,-10,  1;
/M: SY='G'; M= -1, -5,-29, -7,-18,-29, 63,-17,-38,-18,-30,-20,  6,-20,-18,-18,  1,-18,-30,-22,-29,-18;
/M: SY='P'; M= -9,  3,-30,  9,  2,-27, -8,-12,-24, -6,-25,-19,  0, 25, -6,-12,  0, -6,-24,-32,-23, -4;
/M: SY='B'; M=-15, 16,-28, 16,  4,-18,-14,  6,-22,  1,-18,-14, 13,-17, -1, -2, -7,-10,-23,-16, -4,  1;
/M: SY='C'; M=-10,-14,106,-25,-27,-20,-27,-26,-29,-27,-21,-20,-12,-38,-27,-27, -8, -9,-12,-49,-29,-27;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 21 in 21 different sequences
Number of true positive hits 21 in 21 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 87.50 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] V_Lesaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] DSL
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
21 sequences

APX1_CAEEL  (P41990), DLL1_HUMAN  (O00548), DLL1_MOUSE  (Q61483), 
DLL1_RAT    (P97677), DLL4_HUMAN  (Q9NR61), DLL4_MOUSE  (Q9JI71), 
DLLA_DANRE  (Q6DI48), DLLB_DANRE  (O57409), DLLC_DANRE  (Q9IAT6), 
DLLD_DANRE  (Q8UWJ4), DL_DROME    (P10041), JAG1A_DANRE (Q90Y57), 
JAG1B_DANRE (Q90Y54), JAG1_HUMAN  (P78504), JAG1_MOUSE  (Q9QXX0), 
JAG1_RAT    (Q63722), JAG2_HUMAN  (Q9Y219), JAG2_MOUSE  (Q9QYE5), 
JAG2_RAT    (P97607), LAG2_CAEEL  (P45442), SERR_DROME  (P18168)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

DLL3_HUMAN  (Q9NYJ7), DLL3_MOUSE  (O88516), DLL3_RAT    (O88671)

		
PDB
[Detailed view]
4 PDB

2VJ2; 4CBZ; 4CC0; 4CC1

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission