To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51061

General information about the entry

Entry name [info] R3H
Accession [info] PS51061
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JAN-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51061
Associated ProRule [info] PRU00382

Name and characterization of the entry

Description [info] R3H domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=65;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=60;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0811083; R2=0.0214359; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2745.0908203; R2=3.1363637; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=277; H_SCORE=3614; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=160; H_SCORE=3247; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-250; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M= -9,  1,-26,  2,  9,-22,-16, -6,-19, 10,-16,-10,  1,-12,  5, 13, -3, -6,-15,-26,-14,  6;
/M: SY='R'; M=-10, -1,-27,  0,  3,-20,-16, -5,-17,  9,-13, -5, -1,-13,  2, 11, -8, -9,-14,-24,-11,  1;
/M: SY='R'; M=-11,-12,-24,-15, -7,  4,-21,-11,-13, -1, -8, -5, -7,-19, -6, 11, -7, -2,-10,-10, -1, -7;
/M: SY='L'; M= -7,-14,-18,-17, -8,-10,-24,-14,  1, -6,  3,  2,-12,-20, -6, -2,-11, -5,  1,-23, -7, -8;
/M: SY='E'; M= -5, -1,-24,  1, 10,-18,-19, -7,-11, -2, -5, -6, -4,-14,  1, -4, -5, -6,-11,-26,-11,  4;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-25,  6, 12,-23,-15, -2,-23,  8,-19,-12,  2,-11,  9,  6,  1, -1,-19,-23,-10,  9;
/M: SY='L'; M= -9,-25,-21,-28,-21,  8,-29,-19, 19,-22, 24, 16,-23,-25,-18,-18,-20, -8, 14,-16,  2,-20;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-25,  0, 21,-20,-22, -7,-14,  5,-13,-10, -5,-10,  7,  3, -3, -6,-13,-25,-11, 13;
/M: SY='E'; M= -5,  3,-25,  3, 14,-25,-16, -4,-20, 11,-18,-10,  3,-11, 13,  8,  1, -3,-18,-26,-14, 13;
/M: SY='L'; M= -8, -9,-21, -8,  0,-11,-23,-10, -3, -6,  3,  2,-11,-18, -3, -4,-11, -8, -4,-24, -7, -2;
/M: SY='I'; M=  6,-22,-19,-27,-20, -3,-20,-21, 14,-19, 13,  9,-18,-21,-16,-18,-11, -5, 13,-21, -7,-19;
/M: SY='E'; M= -8, -6,-25, -6,  5,-15,-21, -7, -6, -3, -3, -3, -6,-16,  2, -3, -8, -7, -6,-24, -8,  2;
/M: SY='D'; M= -5, 10,-25, 12, 11,-26,-13, -4,-25, 12,-21,-14,  6,-12,  5, 10,  0, -5,-19,-28,-15,  8;
/M: SY='F'; M= -7,-26,-19,-33,-24, 34,-26,-20,  9,-25, 16,  6,-21,-26,-27,-20,-17, -7,  7, -5, 12,-24;
/M: SY='V'; M=  9,-20,-19,-25,-15, -4,-21,-19, 10,-14,  7,  5,-17,-19,-14,-14, -8, -5, 11,-19, -6,-16;
/M: SY='Q'; M= -4,  4,-25,  4,  9,-24,-14, -1,-19,  6,-17,-10,  3,-13, 10,  3, -1, -7,-17,-24,-11,  8;
/M: SY='D'; M= -5,  7,-23,  8,  5,-25,-10, -6,-22,  5,-22,-14,  7,-13,  5,  5,  7,  0,-16,-30,-16,  4;
/M: SY='S'; M=  0, -5,-18, -5, -4,-15,-16,-15, -6, -6,-13, -9, -5, -9, -9,-11,  2,  0,  2,-30,-15, -7;
/M: SY='E'; M= -5,  0,-23, -1,  4,-19,-16, -8,-13,  2,-10, -6,  1,-13,  2,  1, -2, -3,-12,-27,-13,  2;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-26,  2, 12,-25,-14, -2,-21,  9,-20,-10,  4, -6, 12,  8,  1, -5,-20,-26,-14, 11;
/M: SY='S'; M= -2, -2,-18, -4,  1,-21,-10, -8,-18, -2,-18,-11,  0,-11,  5, -2, 10,  9,-13,-28,-13,  2;
/M:         M= -6, -8,-21, -9, -8,-13,  0,-10,-15, -6,-13, -8, -4,-19, -7, -6, -3, -8,-11,-21, -8, -8;
/M: SY='E'; M=-10, -5,-24, -5,  7,-14,-21, -7,-15,  7, -9, -5, -6,-14,  5,  7, -8, -7,-13,-20, -7,  5;
/M: SY='E'; M= -8, -9,-24, -8,  1, -8,-20, -8,-13, -4,-10, -8, -8, -2, -4, -4, -4, -3,-12,-22, -7, -3;
/M: SY='F'; M=-10,-19,-23,-21,-12, 12,-26,-11,  1,-13,  2,  0,-16,-13,-15,-11,-13, -8,  1,-14,  4,-13;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-20, -2,  5,-11,-16, -1,-13,  0,-11, -7, -3, -4,  2, -3, -2, -3,-11,-19, -6,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='L'; M= -4,-10,-11,-11, -8,  1,-13, -6,  4,-11, 10,  6, -9,-10, -7, -8, -8, -1,  1,-12, -1, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='P'; M= -6,-14,-33, -7,  2,-26,-16,-16,-20, -9,-27,-18,-13, 60, -7,-17, -2, -5,-25,-30,-26, -6;
/M: SY='M'; M= -8,-19,-11,-25,-17, -3,-21, -8,  7,-14, 14, 27,-17,-21, -7, -9,-16, -7,  3,-23, -4,-12;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N'; M= -3,  9,-16,  3, -2,-19, -8, -7,-19, -5,-24,-17, 16, -4, -3, -5, 16, 14,-16,-35,-18, -4;
/M: SY='S'; M=  3, -4,-22, -4, -1,-23, -5,-12,-20, -1,-25,-16,  2,  7, -2, -4, 11,  3,-16,-31,-20, -3;
/M: SY='Y'; M=-11,-10,-25,-12, -7, 11,-21,  3,-10, -9, -8, -6, -7,-18, -8, -7, -8, -7,-11, -6, 20, -8;
/M: SY='E'; M=-11,  3,-28,  8, 24,-23,-20,  7,-20,  3,-14, -9, -2,-11, 16, -2, -5,-10,-21,-22, -7, 19;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R'; M= -9,-10,-25,-12, -3,-16,-18, -7,-15, 16, -9,  1, -7,-17,  3, 21,-10, -7,-11,-20, -7, -1;
/M: SY='I'; M= -6,-25,-21,-30,-21,  5,-29,-19, 21,-22, 21, 15,-22,-24,-16,-18,-17, -6, 16,-20, -1,-20;
/M: SY='I'; M= -2,-25,-20,-30,-23, -3,-30,-24, 27,-22, 14, 12,-21,-23,-16,-21,-12, -4, 25,-24, -6,-21;
/M: SY='H'; M=-18, -2,-29, -2, -1,-17,-20, 89,-28, -9,-19, -1,  7,-20,  8,  0,-10,-19,-28,-26, 21, -1;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-24,  2, 10,-22,-17, -5,-19,  4,-14, -8,  0,-12, 10,  8,  1,  2,-16,-26,-12,  9;
/M: SY='L'; M= -6,-27,-16,-31,-24,  6,-30,-23, 23,-25, 27, 15,-26,-27,-21,-21,-19, -5, 20,-21, -1,-23;
/M: SY='A'; M= 24,-13, -4,-20,-14,-14,-11,-19, -3,-14, -5, -5,-11,-17,-12,-19,  4,  0,  5,-25,-16,-13;
/M: SY='E'; M= -3,  4,-26,  4, 16,-25,-11, -1,-24,  5,-21,-14,  5,-11, 12,  3,  1, -7,-23,-19,-14, 14;
/M: SY='H'; M=-10, -1,-25, -2, -2,-10,-20,  4,-12,  2,-12, -6,  0,-18, -2,  1, -8, -7,-11,-17,  4, -4;
/M: SY='Y'; M=-11,-13,-25,-15, -9, 13,-22,  8, -7,-11, -2,  1,-11,-18, -9, -9,-12, -9,-10, -5, 23,-10;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M= -5,  2,-28,  2, -7,-29, 35, -8,-35, -8,-28,-18,  8,-17, -8, -7,  1,-14,-28,-25,-23, -8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-18,-28,-22,  5,-29,-16, 21,-25, 29, 17,-25,-27,-19,-20,-21, -8, 17,-22, -1,-21;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-23,  2,  7,-19,-18, -6,-15,  5,-16,-10,  1,-14,  3,  5,  0,  0,-11,-26,-10,  4;
/M: SY='S'; M=  0,  0,-16, -1,  0,-19, -8, 11,-21, -9,-22,-13,  7,-12,  1, -7, 20, 14,-14,-34, -9, -1;
/M: SY='E'; M= -9, -2,-22, -3,  3, -9,-18, -2,-15,  1,-14, -9, -1,-16, -2,  1, -3, -3,-11,-21, -2,  0;
/M: SY='S'; M=  7, -7,-12, -8, -7,-14, -3,-14,-11,-13,-19,-13,  1,-15, -7,-13, 25, 13, -1,-35,-16, -7;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-23, -3,  8, -9,-18, -3,-14, -4,-11, -8, -4,-15,  1, -6, -2, -3,-11,-21, -3,  4;
/M: SY='G'; M= -3,  1,-28,  3, -9,-30, 40,-14,-36,-11,-28,-20,  4,-16,-10,-12,  1,-13,-27,-24,-25,-10;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-25, 12, 18,-25,-15, -5,-22,  4,-20,-14,  3, -5,  6,  1,  1, -3,-18,-30,-16, 12;
/M: SY='G'; M= -6,  5,-29, 10, 15,-30, 16, -7,-33, -3,-25,-19,  3, -9,  1, -8,  1,-12,-28,-27,-22,  8;
/M: SY='P'; M= -8, -5,-31,  0,  6,-26,-13,-11,-22, -1,-23,-16, -6, 27, -3, -7, -5, -7,-23,-26,-19,  0;
/M: SY='N'; M= -7,  9,-24,  8,  7,-19,-13,  5,-20,  3,-19,-12, 10,-15,  4,  0,  1, -5,-19,-25, -6,  5;
/M: SY='R'; M=-16,-10,-16,-11, -4,-20,-21, -6,-25, 21,-19,-10, -2,-21,  4, 47, -8, -8,-14,-24,-12, -4;
/M: SY='R'; M=-14,-10,-25,-12, -7, -7,-22, 11,-13,  3,-12, -4, -3,-21,  1, 16, -8, -8,-10,-16,  9, -6;
/M: SY='I'; M= -6,-28,-20,-31,-26,  3,-32,-24, 29,-24, 21, 15,-25,-24,-22,-22,-17, -4, 27,-22, -2,-25;
/M: SY='V'; M= -5,-19,-16,-22,-20, -2,-25,-17, 12,-12,  3,  5,-16,-25,-17, -7, -8, -1, 21,-25, -5,-19;
/M: SY='V'; M= -5,-26,-20,-31,-25,  1,-31,-25, 27,-18, 14, 13,-23,-24,-21,-18,-15, -5, 28,-22, -3,-24;
/M: SY='T'; M= -4, -8,-17,-11, -6, -5,-18, -9,-11, -4,-11, -8, -5,-15, -6, -4,  4,  8, -7,-19,  2, -7;
/M: SY='K'; M= -6, -8,-27, -8,  0,-19,-17, -7,-19, 11,-18, -9, -5,  4,  0,  7, -6, -7,-17,-22,-10, -1;
/M: SY='K'; M= -5, -2,-23, -3,  2,-20,-17, -9,-17,  9,-19,-10, -1, -7,  0,  7, -1, -2,-11,-27,-14,  0;
/M: SY='R'; M= -8,  2,-21,  2,  2,-22,-12, -5,-21,  6,-20,-12,  3,-10,  1,  7, -1, -3,-16,-28,-14,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 47 in 47 different sequences
Number of true positive hits 47 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 11
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 81.03 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] V_Lesaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] R3H
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
47 sequences

ARP21_HUMAN (Q9UBL0    ), ARP21_MOUSE (Q9DCB4    ), CIP2_SCHPO  (Q09868    ), 
ENC_DROME   (Q8MSX1    ), FAP1H_SCHPO (O74853    ), FAP1_YEAST  (P53971    ), 
HVT1_ARATH  (F4INY4    ), JAG_BACHD   (Q9RCA6    ), JAG_BACSU   (Q01620    ), 
NFX1_BOVIN  (A6QLA0    ), NFX1_CAEEL  (Q18034    ), NFX1_HUMAN  (Q12986    ), 
NFX1_MOUSE  (B1AY10    ), NIH_ARATH   (F4IDQ6    ), NKRF_HUMAN  (O15226    ), 
NKRF_MOUSE  (Q8BY02    ), PARN_BOVIN  (P69341    ), PARN_DANRE  (Q7ZU92    ), 
PARN_HUMAN  (O95453    ), PARN_MOUSE  (Q8VDG3    ), PARN_PONAB  (Q5RC51    ), 
PARN_XENLA  (Q90ZA1    ), R3HC1_HUMAN (Q9Y3T6    ), R3HC1_MOUSE (Q8BSI6    ), 
R3HD1_HUMAN (Q15032    ), R3HD2_BOVIN (A0JNC2    ), R3HD2_HUMAN (Q9Y2K5    ), 
R3HD2_MOUSE (Q80TM6    ), R3HD4_BOVIN (Q2KIL7    ), R3HD4_HUMAN (Q96D70    ), 
R3HD4_MOUSE (Q4VBF2    ), RBS1_YEAST  (Q05672    ), SMBP2_HUMAN (P38935    ), 
SMBP2_MESAU (Q60560    ), SMBP2_MOUSE (P40694    ), SMBP2_RAT   (Q9EQN5    ), 
SPAG7_DANRE (Q7SYJ9    ), SPAG7_HUMAN (O75391    ), SPAG7_MOUSE (Q7TNE3    ), 
SQS1_PICGU  (A5DEF8    ), SQS1_PODAS  (Q875B6    ), STC_DROME   (P40798    ), 
YCF45_PORPU (P51281    ), YND2_SCHPO  (O74363    ), YR431_MIMIV (Q5UQM4    ), 
YTDC2_HUMAN (Q9H6S0    ), YTDC2_MOUSE (B2RR83    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
11 sequences

NFXL1_ARATH (Q9SY59    ), SQS1_ASHGO  (Q75E62    ), SQS1_CANAL  (Q59UG4    ), 
SQS1_CANGA  (Q6FP19    ), SQS1_DEBHA  (Q6BYP9    ), SQS1_KLULA  (Q6CQ59    ), 
SQS1_LODEL  (A5DSB5    ), SQS1_VANPO  (A7TQN2    ), SQS1_YARLI  (Q6C233    ), 
SQS1_YEAS7  (A6ZRL6    ), SQS1_YEAST  (P53866    )
» more

PDB
[Detailed view]
6 PDB

1MSZ; 1UG8; 1WHR; 2A1S; 2CPM; 2LRR

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission