PROSITE entry PS51061
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | R3H |
| Accession [info] | PS51061 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51061 |
| Associated ProRule [info] | PRU00382 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | R3H domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=65; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=60; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0811083; R2=0.0214359; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2745.0908203; R2=3.1363637; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=277; H_SCORE=3614; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=160; H_SCORE=3247; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-250; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M= -9, 1,-26, 2, 9,-22,-16, -6,-19, 10,-16,-10, 1,-12, 5, 13, -3, -6,-15,-26,-14, 6; /M: SY='R'; M=-10, -1,-27, 0, 3,-20,-16, -5,-17, 9,-13, -5, -1,-13, 2, 11, -8, -9,-14,-24,-11, 1; /M: SY='R'; M=-11,-12,-24,-15, -7, 4,-21,-11,-13, -1, -8, -5, -7,-19, -6, 11, -7, -2,-10,-10, -1, -7; /M: SY='L'; M= -7,-14,-18,-17, -8,-10,-24,-14, 1, -6, 3, 2,-12,-20, -6, -2,-11, -5, 1,-23, -7, -8; /M: SY='E'; M= -5, -1,-24, 1, 10,-18,-19, -7,-11, -2, -5, -6, -4,-14, 1, -4, -5, -6,-11,-26,-11, 4; /M: SY='E'; M= -7, 4,-25, 6, 12,-23,-15, -2,-23, 8,-19,-12, 2,-11, 9, 6, 1, -1,-19,-23,-10, 9; /M: SY='L'; M= -9,-25,-21,-28,-21, 8,-29,-19, 19,-22, 24, 16,-23,-25,-18,-18,-20, -8, 14,-16, 2,-20; /M: SY='E'; M= -7, -3,-25, 0, 21,-20,-22, -7,-14, 5,-13,-10, -5,-10, 7, 3, -3, -6,-13,-25,-11, 13; /M: SY='E'; M= -5, 3,-25, 3, 14,-25,-16, -4,-20, 11,-18,-10, 3,-11, 13, 8, 1, -3,-18,-26,-14, 13; /M: SY='L'; M= -8, -9,-21, -8, 0,-11,-23,-10, -3, -6, 3, 2,-11,-18, -3, -4,-11, -8, -4,-24, -7, -2; /M: SY='I'; M= 6,-22,-19,-27,-20, -3,-20,-21, 14,-19, 13, 9,-18,-21,-16,-18,-11, -5, 13,-21, -7,-19; /M: SY='E'; M= -8, -6,-25, -6, 5,-15,-21, -7, -6, -3, -3, -3, -6,-16, 2, -3, -8, -7, -6,-24, -8, 2; /M: SY='D'; M= -5, 10,-25, 12, 11,-26,-13, -4,-25, 12,-21,-14, 6,-12, 5, 10, 0, -5,-19,-28,-15, 8; /M: SY='F'; M= -7,-26,-19,-33,-24, 34,-26,-20, 9,-25, 16, 6,-21,-26,-27,-20,-17, -7, 7, -5, 12,-24; /M: SY='V'; M= 9,-20,-19,-25,-15, -4,-21,-19, 10,-14, 7, 5,-17,-19,-14,-14, -8, -5, 11,-19, -6,-16; /M: SY='Q'; M= -4, 4,-25, 4, 9,-24,-14, -1,-19, 6,-17,-10, 3,-13, 10, 3, -1, -7,-17,-24,-11, 8; /M: SY='D'; M= -5, 7,-23, 8, 5,-25,-10, -6,-22, 5,-22,-14, 7,-13, 5, 5, 7, 0,-16,-30,-16, 4; /M: SY='S'; M= 0, -5,-18, -5, -4,-15,-16,-15, -6, -6,-13, -9, -5, -9, -9,-11, 2, 0, 2,-30,-15, -7; /M: SY='E'; M= -5, 0,-23, -1, 4,-19,-16, -8,-13, 2,-10, -6, 1,-13, 2, 1, -2, -3,-12,-27,-13, 2; /M: SY='E'; M= -6, 2,-26, 2, 12,-25,-14, -2,-21, 9,-20,-10, 4, -6, 12, 8, 1, -5,-20,-26,-14, 11; /M: SY='S'; M= -2, -2,-18, -4, 1,-21,-10, -8,-18, -2,-18,-11, 0,-11, 5, -2, 10, 9,-13,-28,-13, 2; /M: M= -6, -8,-21, -9, -8,-13, 0,-10,-15, -6,-13, -8, -4,-19, -7, -6, -3, -8,-11,-21, -8, -8; /M: SY='E'; M=-10, -5,-24, -5, 7,-14,-21, -7,-15, 7, -9, -5, -6,-14, 5, 7, -8, -7,-13,-20, -7, 5; /M: SY='E'; M= -8, -9,-24, -8, 1, -8,-20, -8,-13, -4,-10, -8, -8, -2, -4, -4, -4, -3,-12,-22, -7, -3; /M: SY='F'; M=-10,-19,-23,-21,-12, 12,-26,-11, 1,-13, 2, 0,-16,-13,-15,-11,-13, -8, 1,-14, 4,-13; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='E'; M= -7, -3,-20, -2, 5,-11,-16, -1,-13, 0,-11, -7, -3, -4, 2, -3, -2, -3,-11,-19, -6, 3; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='L'; M= -4,-10,-11,-11, -8, 1,-13, -6, 4,-11, 10, 6, -9,-10, -7, -8, -8, -1, 1,-12, -1, -8; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='P'; M= -6,-14,-33, -7, 2,-26,-16,-16,-20, -9,-27,-18,-13, 60, -7,-17, -2, -5,-25,-30,-26, -6; /M: SY='M'; M= -8,-19,-11,-25,-17, -3,-21, -8, 7,-14, 14, 27,-17,-21, -7, -9,-16, -7, 3,-23, -4,-12; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='N'; M= -3, 9,-16, 3, -2,-19, -8, -7,-19, -5,-24,-17, 16, -4, -3, -5, 16, 14,-16,-35,-18, -4; /M: SY='S'; M= 3, -4,-22, -4, -1,-23, -5,-12,-20, -1,-25,-16, 2, 7, -2, -4, 11, 3,-16,-31,-20, -3; /M: SY='Y'; M=-11,-10,-25,-12, -7, 11,-21, 3,-10, -9, -8, -6, -7,-18, -8, -7, -8, -7,-11, -6, 20, -8; /M: SY='E'; M=-11, 3,-28, 8, 24,-23,-20, 7,-20, 3,-14, -9, -2,-11, 16, -2, -5,-10,-21,-22, -7, 19; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='R'; M= -9,-10,-25,-12, -3,-16,-18, -7,-15, 16, -9, 1, -7,-17, 3, 21,-10, -7,-11,-20, -7, -1; /M: SY='I'; M= -6,-25,-21,-30,-21, 5,-29,-19, 21,-22, 21, 15,-22,-24,-16,-18,-17, -6, 16,-20, -1,-20; /M: SY='I'; M= -2,-25,-20,-30,-23, -3,-30,-24, 27,-22, 14, 12,-21,-23,-16,-21,-12, -4, 25,-24, -6,-21; /M: SY='H'; M=-18, -2,-29, -2, -1,-17,-20, 89,-28, -9,-19, -1, 7,-20, 8, 0,-10,-19,-28,-26, 21, -1; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='E'; M= -6, 2,-24, 2, 10,-22,-17, -5,-19, 4,-14, -8, 0,-12, 10, 8, 1, 2,-16,-26,-12, 9; /M: SY='L'; M= -6,-27,-16,-31,-24, 6,-30,-23, 23,-25, 27, 15,-26,-27,-21,-21,-19, -5, 20,-21, -1,-23; /M: SY='A'; M= 24,-13, -4,-20,-14,-14,-11,-19, -3,-14, -5, -5,-11,-17,-12,-19, 4, 0, 5,-25,-16,-13; /M: SY='E'; M= -3, 4,-26, 4, 16,-25,-11, -1,-24, 5,-21,-14, 5,-11, 12, 3, 1, -7,-23,-19,-14, 14; /M: SY='H'; M=-10, -1,-25, -2, -2,-10,-20, 4,-12, 2,-12, -6, 0,-18, -2, 1, -8, -7,-11,-17, 4, -4; /M: SY='Y'; M=-11,-13,-25,-15, -9, 13,-22, 8, -7,-11, -2, 1,-11,-18, -9, -9,-12, -9,-10, -5, 23,-10; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='G'; M= -5, 2,-28, 2, -7,-29, 35, -8,-35, -8,-28,-18, 8,-17, -8, -7, 1,-14,-28,-25,-23, -8; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='L'; M= -8,-26,-18,-28,-22, 5,-29,-16, 21,-25, 29, 17,-25,-27,-19,-20,-21, -8, 17,-22, -1,-21; /M: SY='E'; M= -8, 1,-23, 2, 7,-19,-18, -6,-15, 5,-16,-10, 1,-14, 3, 5, 0, 0,-11,-26,-10, 4; /M: SY='S'; M= 0, 0,-16, -1, 0,-19, -8, 11,-21, -9,-22,-13, 7,-12, 1, -7, 20, 14,-14,-34, -9, -1; /M: SY='E'; M= -9, -2,-22, -3, 3, -9,-18, -2,-15, 1,-14, -9, -1,-16, -2, 1, -3, -3,-11,-21, -2, 0; /M: SY='S'; M= 7, -7,-12, -8, -7,-14, -3,-14,-11,-13,-19,-13, 1,-15, -7,-13, 25, 13, -1,-35,-16, -7; /M: SY='E'; M= -7, -3,-23, -3, 8, -9,-18, -3,-14, -4,-11, -8, -4,-15, 1, -6, -2, -3,-11,-21, -3, 4; /M: SY='G'; M= -3, 1,-28, 3, -9,-30, 40,-14,-36,-11,-28,-20, 4,-16,-10,-12, 1,-13,-27,-24,-25,-10; /M: SY='E'; M= -8, 7,-25, 12, 18,-25,-15, -5,-22, 4,-20,-14, 3, -5, 6, 1, 1, -3,-18,-30,-16, 12; /M: SY='G'; M= -6, 5,-29, 10, 15,-30, 16, -7,-33, -3,-25,-19, 3, -9, 1, -8, 1,-12,-28,-27,-22, 8; /M: SY='P'; M= -8, -5,-31, 0, 6,-26,-13,-11,-22, -1,-23,-16, -6, 27, -3, -7, -5, -7,-23,-26,-19, 0; /M: SY='N'; M= -7, 9,-24, 8, 7,-19,-13, 5,-20, 3,-19,-12, 10,-15, 4, 0, 1, -5,-19,-25, -6, 5; /M: SY='R'; M=-16,-10,-16,-11, -4,-20,-21, -6,-25, 21,-19,-10, -2,-21, 4, 47, -8, -8,-14,-24,-12, -4; /M: SY='R'; M=-14,-10,-25,-12, -7, -7,-22, 11,-13, 3,-12, -4, -3,-21, 1, 16, -8, -8,-10,-16, 9, -6; /M: SY='I'; M= -6,-28,-20,-31,-26, 3,-32,-24, 29,-24, 21, 15,-25,-24,-22,-22,-17, -4, 27,-22, -2,-25; /M: SY='V'; M= -5,-19,-16,-22,-20, -2,-25,-17, 12,-12, 3, 5,-16,-25,-17, -7, -8, -1, 21,-25, -5,-19; /M: SY='V'; M= -5,-26,-20,-31,-25, 1,-31,-25, 27,-18, 14, 13,-23,-24,-21,-18,-15, -5, 28,-22, -3,-24; /M: SY='T'; M= -4, -8,-17,-11, -6, -5,-18, -9,-11, -4,-11, -8, -5,-15, -6, -4, 4, 8, -7,-19, 2, -7; /M: SY='K'; M= -6, -8,-27, -8, 0,-19,-17, -7,-19, 11,-18, -9, -5, 4, 0, 7, -6, -7,-17,-22,-10, -1; /M: SY='K'; M= -5, -2,-23, -3, 2,-20,-17, -9,-17, 9,-19,-10, -1, -7, 0, 7, -1, -2,-11,-27,-14, 0; /M: SY='R'; M= -8, 2,-21, 2, 2,-22,-12, -5,-21, 6,-20,-12, 3,-10, 1, 7, -1, -3,-16,-28,-14, 0; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 52 in 52 different sequences |
| Number of true positive hits | 52 in 52 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 11 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 82.54 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | V_Lesaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | R3H |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
52 sequences
ARP21_HUMAN (Q9UBL0), ARP21_MOUSE (Q9DCB4), CIP2_SCHPO (Q09868), ENC_DROME (Q8MSX1), FAP1H_SCHPO (O74853), FAP1_YEAST (P53971), HVT1_ARATH (F4INY4), KHPB_BACSU (Q01620), KHPB_CLOSY (D0VX24), KHPB_HALH5 (Q9RCA6), KHPB_LACPL (F9ULM5), KHPB_STRP2 (A0A0H2ZPS7), KHPB_STRR6 (Q8CY87), NFX1_BOVIN (A6QLA0), NFX1_CAEEL (Q18034), NFX1_HUMAN (Q12986), NFX1_MOUSE (B1AY10), NIH_ARATH (F4IDQ6), NKRF_HUMAN (O15226), NKRF_MOUSE (Q8BY02), PARN_BOVIN (P69341), PARN_DANRE (Q7ZU92), PARN_HUMAN (O95453), PARN_MOUSE (Q8VDG3), PARN_PONAB (Q5RC51), PARN_XENLA (Q90ZA1), R3HC1_HUMAN (Q9Y3T6), R3HC1_MOUSE (Q8BSI6), R3HD1_HUMAN (Q15032), R3HD2_BOVIN (A0JNC2), R3HD2_HUMAN (Q9Y2K5), R3HD2_MOUSE (Q80TM6), R3HD4_BOVIN (Q2KIL7), R3HD4_HUMAN (Q96D70), R3HD4_MOUSE (Q4VBF2), RBS1_YEAST (Q05672), SMBP2_HUMAN (P38935), SMBP2_MESAU (Q60560), SMBP2_MOUSE (P40694), SMBP2_RAT (Q9EQN5), SPAG7_DANRE (Q7SYJ9), SPAG7_HUMAN (O75391), SPAG7_MOUSE (Q7TNE3), SQS1_PICGU (A5DEF8), SQS1_PODAS (Q875B6), STC_DROME (P40798), YCF45_PORPU (P51281), YND2_SCHPO (O74363), YR431_MIMIV (Q5UQM4), YTDC2_HUMAN (Q9H6S0), YTDC2_MOUSE (B2RR83), YTDC2_PONAB (Q5R746)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
11 sequences
NFXL1_ARATH (Q9SY59), SQS1_CANAL (Q59UG4), SQS1_CANGA (Q6FP19), SQS1_DEBHA (Q6BYP9), SQS1_EREGS (Q75E62), SQS1_KLULA (Q6CQ59), SQS1_LODEL (A5DSB5), SQS1_VANPO (A7TQN2), SQS1_YARLI (Q6C233), SQS1_YEAS7 (A6ZRL6), SQS1_YEAST (P53866)» more |
| PDB [Detailed view] |
9 PDB
1MSZ; 1UG8; 1WHR; 2A1R; 2A1S; 2CPM; 2LRR; 3D45; 3GKU |