Entry: PS51061

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] R3H
Accession [info] PS51061
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51061
Associated ProRule [info] PRU00382

Name and characterization of the entry

Description [info] R3H domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=65;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=60;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0811083; R2=0.0214359; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3423.07576; R2=21.99495; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=277; N_SCORE=9.0; H_SCORE=6920; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=160; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6920; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-250; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M= -9,  1,-26,  2,  9,-22,-16, -6,-19, 10,-16,-10,  1,-12,  5, 13, -3, -6,-15,-26,-14,  6;
/M: SY='R'; M=-10, -1,-27,  0,  3,-20,-16, -5,-17,  9,-13, -5, -1,-13,  2, 11, -8, -9,-14,-24,-11,  1;
/M: SY='R'; M=-11,-12,-24,-15, -7,  4,-21,-11,-13, -1, -8, -5, -7,-19, -6, 11, -7, -2,-10,-10, -1, -7;
/M: SY='L'; M= -7,-14,-18,-17, -8,-10,-24,-14,  1, -6,  3,  2,-12,-20, -6, -2,-11, -5,  1,-23, -7, -8;
/M: SY='E'; M= -5, -1,-24,  1, 10,-18,-19, -7,-11, -2, -5, -6, -4,-14,  1, -4, -5, -6,-11,-26,-11,  4;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-25,  6, 12,-23,-15, -2,-23,  8,-19,-12,  2,-11,  9,  6,  1, -1,-19,-23,-10,  9;
/M: SY='L'; M= -9,-25,-21,-28,-21,  8,-29,-19, 19,-22, 24, 16,-23,-25,-18,-18,-20, -8, 14,-16,  2,-20;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-25,  0, 21,-20,-22, -7,-14,  5,-13,-10, -5,-10,  7,  3, -3, -6,-13,-25,-11, 13;
/M: SY='E'; M= -5,  3,-25,  3, 14,-25,-16, -4,-20, 11,-18,-10,  3,-11, 13,  8,  1, -3,-18,-26,-14, 13;
/M: SY='L'; M= -8, -9,-21, -8,  0,-11,-23,-10, -3, -6,  3,  2,-11,-18, -3, -4,-11, -8, -4,-24, -7, -2;
/M: SY='I'; M=  6,-22,-19,-27,-20, -3,-20,-21, 14,-19, 13,  9,-18,-21,-16,-18,-11, -5, 13,-21, -7,-19;
/M: SY='E'; M= -8, -6,-25, -6,  5,-15,-21, -7, -6, -3, -3, -3, -6,-16,  2, -3, -8, -7, -6,-24, -8,  2;
/M: SY='D'; M= -5, 10,-25, 12, 11,-26,-13, -4,-25, 12,-21,-14,  6,-12,  5, 10,  0, -5,-19,-28,-15,  8;
/M: SY='F'; M= -7,-26,-19,-33,-24, 34,-26,-20,  9,-25, 16,  6,-21,-26,-27,-20,-17, -7,  7, -5, 12,-24;
/M: SY='V'; M=  9,-20,-19,-25,-15, -4,-21,-19, 10,-14,  7,  5,-17,-19,-14,-14, -8, -5, 11,-19, -6,-16;
/M: SY='Q'; M= -4,  4,-25,  4,  9,-24,-14, -1,-19,  6,-17,-10,  3,-13, 10,  3, -1, -7,-17,-24,-11,  8;
/M: SY='D'; M= -5,  7,-23,  8,  5,-25,-10, -6,-22,  5,-22,-14,  7,-13,  5,  5,  7,  0,-16,-30,-16,  4;
/M: SY='S'; M=  0, -5,-18, -5, -4,-15,-16,-15, -6, -6,-13, -9, -5, -9, -9,-11,  2,  0,  2,-30,-15, -7;
/M: SY='E'; M= -5,  0,-23, -1,  4,-19,-16, -8,-13,  2,-10, -6,  1,-13,  2,  1, -2, -3,-12,-27,-13,  2;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-26,  2, 12,-25,-14, -2,-21,  9,-20,-10,  4, -6, 12,  8,  1, -5,-20,-26,-14, 11;
/M: SY='S'; M= -2, -2,-18, -4,  1,-21,-10, -8,-18, -2,-18,-11,  0,-11,  5, -2, 10,  9,-13,-28,-13,  2;
/M:         M= -6, -8,-21, -9, -8,-13,  0,-10,-15, -6,-13, -8, -4,-19, -7, -6, -3, -8,-11,-21, -8, -8;
/M: SY='E'; M=-10, -5,-24, -5,  7,-14,-21, -7,-15,  7, -9, -5, -6,-14,  5,  7, -8, -7,-13,-20, -7,  5;
/M: SY='E'; M= -8, -9,-24, -8,  1, -8,-20, -8,-13, -4,-10, -8, -8, -2, -4, -4, -4, -3,-12,-22, -7, -3;
/M: SY='F'; M=-10,-19,-23,-21,-12, 12,-26,-11,  1,-13,  2,  0,-16,-13,-15,-11,-13, -8,  1,-14,  4,-13;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-20, -2,  5,-11,-16, -1,-13,  0,-11, -7, -3, -4,  2, -3, -2, -3,-11,-19, -6,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='L'; M= -4,-10,-11,-11, -8,  1,-13, -6,  4,-11, 10,  6, -9,-10, -7, -8, -8, -1,  1,-12, -1, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='P'; M= -6,-14,-33, -7,  2,-26,-16,-16,-20, -9,-27,-18,-13, 60, -7,-17, -2, -5,-25,-30,-26, -6;
/M: SY='M'; M= -8,-19,-11,-25,-17, -3,-21, -8,  7,-14, 14, 27,-17,-21, -7, -9,-16, -7,  3,-23, -4,-12;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N'; M= -3,  9,-16,  3, -2,-19, -8, -7,-19, -5,-24,-17, 16, -4, -3, -5, 16, 14,-16,-35,-18, -4;
/M: SY='S'; M=  3, -4,-22, -4, -1,-23, -5,-12,-20, -1,-25,-16,  2,  7, -2, -4, 11,  3,-16,-31,-20, -3;
/M: SY='Y'; M=-11,-10,-25,-12, -7, 11,-21,  3,-10, -9, -8, -6, -7,-18, -8, -7, -8, -7,-11, -6, 20, -8;
/M: SY='E'; M=-11,  3,-28,  8, 24,-23,-20,  7,-20,  3,-14, -9, -2,-11, 16, -2, -5,-10,-21,-22, -7, 19;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R'; M= -9,-10,-25,-12, -3,-16,-18, -7,-15, 16, -9,  1, -7,-17,  3, 21,-10, -7,-11,-20, -7, -1;
/M: SY='I'; M= -6,-25,-21,-30,-21,  5,-29,-19, 21,-22, 21, 15,-22,-24,-16,-18,-17, -6, 16,-20, -1,-20;
/M: SY='I'; M= -2,-25,-20,-30,-23, -3,-30,-24, 27,-22, 14, 12,-21,-23,-16,-21,-12, -4, 25,-24, -6,-21;
/M: SY='H'; M=-18, -2,-29, -2, -1,-17,-20, 89,-28, -9,-19, -1,  7,-20,  8,  0,-10,-19,-28,-26, 21, -1;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-24,  2, 10,-22,-17, -5,-19,  4,-14, -8,  0,-12, 10,  8,  1,  2,-16,-26,-12,  9;
/M: SY='L'; M= -6,-27,-16,-31,-24,  6,-30,-23, 23,-25, 27, 15,-26,-27,-21,-21,-19, -5, 20,-21, -1,-23;
/M: SY='A'; M= 24,-13, -4,-20,-14,-14,-11,-19, -3,-14, -5, -5,-11,-17,-12,-19,  4,  0,  5,-25,-16,-13;
/M: SY='E'; M= -3,  4,-26,  4, 16,-25,-11, -1,-24,  5,-21,-14,  5,-11, 12,  3,  1, -7,-23,-19,-14, 14;
/M: SY='H'; M=-10, -1,-25, -2, -2,-10,-20,  4,-12,  2,-12, -6,  0,-18, -2,  1, -8, -7,-11,-17,  4, -4;
/M: SY='Y'; M=-11,-13,-25,-15, -9, 13,-22,  8, -7,-11, -2,  1,-11,-18, -9, -9,-12, -9,-10, -5, 23,-10;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M= -5,  2,-28,  2, -7,-29, 35, -8,-35, -8,-28,-18,  8,-17, -8, -7,  1,-14,-28,-25,-23, -8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-18,-28,-22,  5,-29,-16, 21,-25, 29, 17,-25,-27,-19,-20,-21, -8, 17,-22, -1,-21;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-23,  2,  7,-19,-18, -6,-15,  5,-16,-10,  1,-14,  3,  5,  0,  0,-11,-26,-10,  4;
/M: SY='S'; M=  0,  0,-16, -1,  0,-19, -8, 11,-21, -9,-22,-13,  7,-12,  1, -7, 20, 14,-14,-34, -9, -1;
/M: SY='E'; M= -9, -2,-22, -3,  3, -9,-18, -2,-15,  1,-14, -9, -1,-16, -2,  1, -3, -3,-11,-21, -2,  0;
/M: SY='S'; M=  7, -7,-12, -8, -7,-14, -3,-14,-11,-13,-19,-13,  1,-15, -7,-13, 25, 13, -1,-35,-16, -7;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-23, -3,  8, -9,-18, -3,-14, -4,-11, -8, -4,-15,  1, -6, -2, -3,-11,-21, -3,  4;
/M: SY='G'; M= -3,  1,-28,  3, -9,-30, 40,-14,-36,-11,-28,-20,  4,-16,-10,-12,  1,-13,-27,-24,-25,-10;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-25, 12, 18,-25,-15, -5,-22,  4,-20,-14,  3, -5,  6,  1,  1, -3,-18,-30,-16, 12;
/M: SY='G'; M= -6,  5,-29, 10, 15,-30, 16, -7,-33, -3,-25,-19,  3, -9,  1, -8,  1,-12,-28,-27,-22,  8;
/M: SY='P'; M= -8, -5,-31,  0,  6,-26,-13,-11,-22, -1,-23,-16, -6, 27, -3, -7, -5, -7,-23,-26,-19,  0;
/M: SY='N'; M= -7,  9,-24,  8,  7,-19,-13,  5,-20,  3,-19,-12, 10,-15,  4,  0,  1, -5,-19,-25, -6,  5;
/M: SY='R'; M=-16,-10,-16,-11, -4,-20,-21, -6,-25, 21,-19,-10, -2,-21,  4, 47, -8, -8,-14,-24,-12, -4;
/M: SY='R'; M=-14,-10,-25,-12, -7, -7,-22, 11,-13,  3,-12, -4, -3,-21,  1, 16, -8, -8,-10,-16,  9, -6;
/M: SY='I'; M= -6,-28,-20,-31,-26,  3,-32,-24, 29,-24, 21, 15,-25,-24,-22,-22,-17, -4, 27,-22, -2,-25;
/M: SY='V'; M= -5,-19,-16,-22,-20, -2,-25,-17, 12,-12,  3,  5,-16,-25,-17, -7, -8, -1, 21,-25, -5,-19;
/M: SY='V'; M= -5,-26,-20,-31,-25,  1,-31,-25, 27,-18, 14, 13,-23,-24,-21,-18,-15, -5, 28,-22, -3,-24;
/M: SY='T'; M= -4, -8,-17,-11, -6, -5,-18, -9,-11, -4,-11, -8, -5,-15, -6, -4,  4,  8, -7,-19,  2, -7;
/M: SY='K'; M= -6, -8,-27, -8,  0,-19,-17, -7,-19, 11,-18, -9, -5,  4,  0,  7, -6, -7,-17,-22,-10, -1;
/M: SY='K'; M= -5, -2,-23, -3,  2,-20,-17, -9,-17,  9,-19,-10, -1, -7,  0,  7, -1, -2,-11,-27,-14,  0;
/M: SY='R'; M= -8,  2,-21,  2,  2,-22,-12, -5,-21,  6,-20,-12,  3,-10,  1,  7, -1, -3,-16,-28,-14,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 45 in 45 different sequences
Number of true positive hits 45 in 45 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 11
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 80.36 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] V_Lesaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] R3H
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
45 sequences

ARP21_HUMAN (Q9UBL0), ARP21_MOUSE (Q9DCB4), CIP2_SCHPO  (Q09868), 
ENC_DROME   (Q8MSX1), FAP1H_SCHPO (O74853), FAP1_YEAST  (P53971), 
JAG_BACHD   (Q9RCA6), JAG_BACSU   (Q01620), NFX1_BOVIN  (A6QLA0), 
NFX1_CAEEL  (Q18034), NFX1_HUMAN  (Q12986), NFX1_MOUSE  (B1AY10), 
NKRF_HUMAN  (O15226), NKRF_MOUSE  (Q8BY02), PARN_BOVIN  (P69341), 
PARN_DANRE  (Q7ZU92), PARN_HUMAN  (O95453), PARN_MOUSE  (Q8VDG3), 
PARN_PONAB  (Q5RC51), PARN_XENLA  (Q90ZA1), R3HC1_HUMAN (Q9Y3T6), 
R3HC1_MOUSE (Q8BSI6), R3HD1_HUMAN (Q15032), R3HD2_BOVIN (A0JNC2), 
R3HD2_HUMAN (Q9Y2K5), R3HD2_MOUSE (Q80TM6), R3HD4_BOVIN (Q2KIL7), 
R3HD4_HUMAN (Q96D70), R3HD4_MOUSE (Q4VBF2), RBS1_YEAST  (Q05672), 
SMBP2_HUMAN (P38935), SMBP2_MESAU (Q60560), SMBP2_MOUSE (P40694), 
SMBP2_RAT   (Q9EQN5), SPAG7_DANRE (Q7SYJ9), SPAG7_HUMAN (O75391), 
SPAG7_MOUSE (Q7TNE3), SQS1_PICGU  (A5DEF8), SQS1_PODAS  (Q875B6), 
STC_DROME   (P40798), YCF45_PORPU (P51281), YND2_SCHPO  (O74363), 
YR431_MIMIV (Q5UQM4), YTDC2_HUMAN (Q9H6S0), YTDC2_MOUSE (B2RR83)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
11 sequences

NFXL1_ARATH (Q9SY59), SQS1_ASHGO  (Q75E62), SQS1_CANAL  (Q59UG4), 
SQS1_CANGA  (Q6FP19), SQS1_DEBHA  (Q6BYP9), SQS1_KLULA  (Q6CQ59), 
SQS1_LODEL  (A5DSB5), SQS1_VANPO  (A7TQN2), SQS1_YARLI  (Q6C233), 
SQS1_YEAS7  (A6ZRL6), SQS1_YEAST  (P53866)
» More

PDB
[Detailed view]
6 PDB

1MSZ; 1UG8; 1WHR; 2A1S; 2CPM; 2LRR

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission