Entry: PS51091

General information about the entry

Entry name [info] FN1_2
Accession [info] PS51091
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00965
Associated ProRule [info] PRU00478

Name and characterization of the entry

Description [info] Fibronectin type-I domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3517132; R2=0.0095476; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2243.77760; R2=10.20529; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=749; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8816; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=540; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7744; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D'; M= -6, 14,-25, 21, 21,-28,-12, -6,-24,  3,-22,-18,  6, -8,  3, -4,  2, -6,-18,-32,-19, 12;
/M: SY='K'; M= -5, -7,-23, -9, -3,-20,-13, -9,-18,  8,-17, -8, -4,-15,  4,  7, -1,  4,-12,-17, -9,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M=-15,-16,-24,-22,-17, 21,-26, -1, -1,-12, -2,  0, -9,-25,-14, -6,-13, -7, -2, -5, 21,-16;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M=-17, 40,-29, 55, 28,-36,-12,  1,-36,  2,-28,-27, 18, -8,  5, -7,  1, -9,-30,-38,-20, 16;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-28, 10, 12,-28, -5, -1,-26, -1,-26,-17,  7,  6,  4, -7,  3, -6,-26,-31,-19,  7;
/M: SY='Q'; M= -5, -5,-25, -6, -1,-19, -1, -9,-16, -5,-16, -8, -3,-15,  5, -7,  1, -4,-14,-21,-10,  1;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='T'; M= -3, -7,-14,-12, -9, -4,-17,-12, -5, -6, -1, -3, -5,-15, -9, -3,  1, 13,  0,-22, -6, -9; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='Q'; M= -5, -8,-18, -9, -5, -8, -1, -2,-11, -4, -6, -3, -5,-14,  1,  1, -5, -7,-10, -9, -1, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='R'; M= -4, -3,-14, -5,  1,-11,-10, -5, -9,  3, -7, -1, -2,-10,  1,  6,  1,  3, -5,-17, -8,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='F'; M= -8,-12,-18,-19,-15, 15,-21, -6, -2,-16, -4, -1, -6,-20,-15,-13,  0,  6, -1,-16,  7,-15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-24,-22, 38,-30, 12,  0,-14,  3,  2,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 23, 66,-21;
/M: SY='Q'; M=-12,  1,-27,  3,  9,-26,-16, 13,-24, 10,-20, -8,  2,-14, 17, 16, -3, -9,-21,-25, -7, 11;
/M: SY='V'; M= -4,-20,-20,-22,-12, -9,-28,-20, 17,-12,  5,  7,-19,-21,-10,-12,-10, -5, 20,-25, -9,-12;
/M: SY='G'; M= -6,  8,-27,  2,-10,-27, 36,  0,-33,-11,-29,-18, 19,-19, -9, -9,  2,-13,-30,-27,-22,-10;
/M: SY='E'; M=-13, 18,-29, 27, 34,-32,-17,  4,-28,  5,-21,-14,  6, -7, 19, -2, -1, -9,-27,-31,-16, 26;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-20, -7,  4,-18,-19, -8,-11, -3,-12, -7, -1,-11,  7, -2,  8, 13, -9,-28,-11,  4;
/M: SY='W'; M=-20,-38,-47,-39,-30, 17,-21,-27,-17,-20,-17,-17,-37,-30,-21,-20,-37,-27,-27,133, 32,-21;
/M: SY='E'; M= -8,  0,-24,  3, 13,-12,-19,  0,-15, -7, -6, -8, -3,-14,  4, -8, -3, -5,-16,-24, -6,  8;
/M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6,  5,-24,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-16, 10, 55,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='P'; M= -9,-15,-26,-14, -5,-13,-22,-15, -8, -5,-10, -5,-13, 15, -7, -3, -6,  0, -8,-25,-14, -8;
/M: SY='H'; M= -7, -6,-25, -5, -2,-12, -8, 10,-15, -6,-13, -7, -4,-18, -2, -7, -3, -8,-14,-17,  6, -4;
/M: SY='E'; M=-11,  1,-28,  6, 10,-23,-14, -5,-16, -6, -8, -7, -4, -3,  7, -8, -7,-10,-19,-28,-14,  8;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='R'; M= -4,  0,-13,  0,  2,-13, -4, -4,-14,  4,-12, -8,  3, -8,  2,  9,  3,  1,-10,-16, -9,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M=  1, -3,-26, -6,-14,-23, 41,-14,-30,-13,-25,-17,  5,-18,-14,-14,  0,-14,-25,-12,-21,-14; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='H'; M= -6, -7,-24,-12, -8, -9, -7,  8,-15, -4,-13, -1, -1,-19,  0,  2, -4, -7,-14,-19, -1, -6;
/M: SY='V'; M= -5,-20,-18,-24,-19, -6,-26,-17, 16,-12,  7, 15,-18,-19,-13,-11,-10,  1, 20,-25, -6,-17;
/M: SY='L'; M= -4,-15,-15,-16, -1, -6,-22,-11, -1,-12,  8,  8,-18,-19, -6,-13,-13, -9, -2,-14, -4, -4;
/M: SY='R'; M=-13,  0,-27,  0,  1,-15,-18,  3,-20,  4,-17, -9,  2,-17,  7,  9, -5, -6,-18,-12, -1,  3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M= -7, -7,-21,-11, -3,-14,-21,-10,-11, -3,-12, -7, -5,-14,  3,  0,  4, 15, -9,-14, -4, -1;
/M: SY='C'; M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-30,-28,-20,-20,-19,-39,-29,-27,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='Y'; M=-10,-15,-19,-17,-11,  6,-23, -7,  3, -7,  8,  4,-14,-19, -9, -7,-14, -5,  1, -8, 11,-11; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-23, -8,-15,-23, 53,-15,-30,-15,-23,-15,  0,-15,-15,-15,  0,-15,-23,-15,-23,-15; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='N'; M= -4,  3,-16,  0,  2,-11, -7, -2,-11, -2,-12, -7,  7,  1,  3, -3,  1, -3,-14,-17, -9,  2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M=  2, -1,-20, -2, -8,-21, 34,-12,-26,-11,-21,-15,  3,-13,-10,-13,  2,-10,-20,-16,-20, -9; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='R'; M= -7,  0,-21, -1,  0,-19, -7, -5,-18,  6,-19,-11,  6,-13,  4, 15,  4, -2,-14,-24,-13,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-25, -8,-15,-26, 53,-15,-33,-14,-25,-16,  0,-17,-13,-13,  1,-16,-25,-18,-24,-14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='E'; M=-12, -2,-28,  1, 13,-23,-14,  3,-23,  7,-16, -9, -2,-14, 11, 11, -6,-11,-20,-21,-10, 11;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='W'; M=  2,-23,-26,-29,-20,  7,-18,-22,  0,-18, -3, -3,-20,-17,-17,-19,-14,-10, -4, 29,  5,-18; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R'; M= -9, -1,-25, -2,  6,-24,-16,  6,-24, 16,-22,-10,  5,-14, 12, 22,  1, -2,-19,-26, -9,  7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M=-12, 11,-27, 16, 16,-27,-19,  9,-24,  6,-19,-12,  4,-11,  9,  1, -2, -5,-21,-29, -9, 12;
/M: SY='S'; M=  1, -5,-22, -4,  0,-22, -9,-11,-17, -5,-22,-15,  0,  9, -2, -5, 11,  3,-15,-31,-20, -3;
/M: SY='V'; M= -4,-16,-12,-19,-15,-10,-21, -6,  1,-10, -2,  2,-13,-22,-11, -8, -6, -2,  8,-27, -6,-14;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 91 in 28 different sequences
Number of true positive hits 91 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 12
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Fibronectin type-I
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
28 sequences

FA12_BOVIN  (P98140), FA12_CAVPO  (Q04962), FA12_HUMAN  (P00748), 
FA12_MOUSE  (Q80YC5), FA12_PIG    (O97507), FA12_RAT    (D3ZTE0), 
FINC_BOVIN  (P07589), FINC_CANFA  (Q28275), FINC_CHICK  (P11722), 
FINC_HORSE  (Q28377), FINC_HUMAN  (P02751), FINC_MOUSE  (P11276), 
FINC_NOTVI  (Q91400), FINC_PLEWA  (Q91289), FINC_RABIT  (Q28749), 
FINC_RAT    (P04937), FINC_XENLA  (Q91740), HGFA_CANFA  (Q6QNF4), 
HGFA_HUMAN  (Q04756), HGFA_MOUSE  (Q9R098), TPA_BOVIN   (Q28198), 
TPA_HUMAN   (P00750), TPA_MOUSE   (P11214), TPA_PIG     (Q8SQ23), 
TPA_PONAB   (Q5R8J0), TPA_RAT     (P19637), URT1_DESRO  (P98119), 
URT2_DESRO  (P15638)
» More

PDB
[Detailed view]
22 PDB

1FBR; 1O9A; 1QGB; 1TPG; 1TPM; 1TPN; 2CG6; 2CG7; 2CKU; 2EC3; 2RKY; 2RKZ; 2RL0; 3CAL; 3EJH; 3GXE; 3M7P; 3MQL; 3ZRZ; 4BDW; 4BDX; 4PZ5
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission