Entry: PS51091

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] FN1_2
Accession [info] PS51091
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00965
Associated ProRule [info] PRU00478

Name and characterization of the entry

Description [info] Fibronectin type-I domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3517132; R2=0.0095476; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2243.77760; R2=10.20529; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=749; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8816; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=540; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7744; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D'; M= -6, 14,-25, 21, 21,-28,-12, -6,-24,  3,-22,-18,  6, -8,  3, -4,  2, -6,-18,-32,-19, 12;
/M: SY='K'; M= -5, -7,-23, -9, -3,-20,-13, -9,-18,  8,-17, -8, -4,-15,  4,  7, -1,  4,-12,-17, -9,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M=-15,-16,-24,-22,-17, 21,-26, -1, -1,-12, -2,  0, -9,-25,-14, -6,-13, -7, -2, -5, 21,-16;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M=-17, 40,-29, 55, 28,-36,-12,  1,-36,  2,-28,-27, 18, -8,  5, -7,  1, -9,-30,-38,-20, 16;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-28, 10, 12,-28, -5, -1,-26, -1,-26,-17,  7,  6,  4, -7,  3, -6,-26,-31,-19,  7;
/M: SY='Q'; M= -5, -5,-25, -6, -1,-19, -1, -9,-16, -5,-16, -8, -3,-15,  5, -7,  1, -4,-14,-21,-10,  1;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='T'; M= -3, -7,-14,-12, -9, -4,-17,-12, -5, -6, -1, -3, -5,-15, -9, -3,  1, 13,  0,-22, -6, -9; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='Q'; M= -5, -8,-18, -9, -5, -8, -1, -2,-11, -4, -6, -3, -5,-14,  1,  1, -5, -7,-10, -9, -1, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='R'; M= -4, -3,-14, -5,  1,-11,-10, -5, -9,  3, -7, -1, -2,-10,  1,  6,  1,  3, -5,-17, -8,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='F'; M= -8,-12,-18,-19,-15, 15,-21, -6, -2,-16, -4, -1, -6,-20,-15,-13,  0,  6, -1,-16,  7,-15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-24,-22, 38,-30, 12,  0,-14,  3,  2,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 23, 66,-21;
/M: SY='Q'; M=-12,  1,-27,  3,  9,-26,-16, 13,-24, 10,-20, -8,  2,-14, 17, 16, -3, -9,-21,-25, -7, 11;
/M: SY='V'; M= -4,-20,-20,-22,-12, -9,-28,-20, 17,-12,  5,  7,-19,-21,-10,-12,-10, -5, 20,-25, -9,-12;
/M: SY='G'; M= -6,  8,-27,  2,-10,-27, 36,  0,-33,-11,-29,-18, 19,-19, -9, -9,  2,-13,-30,-27,-22,-10;
/M: SY='E'; M=-13, 18,-29, 27, 34,-32,-17,  4,-28,  5,-21,-14,  6, -7, 19, -2, -1, -9,-27,-31,-16, 26;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-20, -7,  4,-18,-19, -8,-11, -3,-12, -7, -1,-11,  7, -2,  8, 13, -9,-28,-11,  4;
/M: SY='W'; M=-20,-38,-47,-39,-30, 17,-21,-27,-17,-20,-17,-17,-37,-30,-21,-20,-37,-27,-27,133, 32,-21;
/M: SY='E'; M= -8,  0,-24,  3, 13,-12,-19,  0,-15, -7, -6, -8, -3,-14,  4, -8, -3, -5,-16,-24, -6,  8;
/M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6,  5,-24,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-16, 10, 55,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='P'; M= -9,-15,-26,-14, -5,-13,-22,-15, -8, -5,-10, -5,-13, 15, -7, -3, -6,  0, -8,-25,-14, -8;
/M: SY='H'; M= -7, -6,-25, -5, -2,-12, -8, 10,-15, -6,-13, -7, -4,-18, -2, -7, -3, -8,-14,-17,  6, -4;
/M: SY='E'; M=-11,  1,-28,  6, 10,-23,-14, -5,-16, -6, -8, -7, -4, -3,  7, -8, -7,-10,-19,-28,-14,  8;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='R'; M= -4,  0,-13,  0,  2,-13, -4, -4,-14,  4,-12, -8,  3, -8,  2,  9,  3,  1,-10,-16, -9,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M=  1, -3,-26, -6,-14,-23, 41,-14,-30,-13,-25,-17,  5,-18,-14,-14,  0,-14,-25,-12,-21,-14; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='H'; M= -6, -7,-24,-12, -8, -9, -7,  8,-15, -4,-13, -1, -1,-19,  0,  2, -4, -7,-14,-19, -1, -6;
/M: SY='V'; M= -5,-20,-18,-24,-19, -6,-26,-17, 16,-12,  7, 15,-18,-19,-13,-11,-10,  1, 20,-25, -6,-17;
/M: SY='L'; M= -4,-15,-15,-16, -1, -6,-22,-11, -1,-12,  8,  8,-18,-19, -6,-13,-13, -9, -2,-14, -4, -4;
/M: SY='R'; M=-13,  0,-27,  0,  1,-15,-18,  3,-20,  4,-17, -9,  2,-17,  7,  9, -5, -6,-18,-12, -1,  3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M= -7, -7,-21,-11, -3,-14,-21,-10,-11, -3,-12, -7, -5,-14,  3,  0,  4, 15, -9,-14, -4, -1;
/M: SY='C'; M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-30,-28,-20,-20,-19,-39,-29,-27,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='Y'; M=-10,-15,-19,-17,-11,  6,-23, -7,  3, -7,  8,  4,-14,-19, -9, -7,-14, -5,  1, -8, 11,-11; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-23, -8,-15,-23, 53,-15,-30,-15,-23,-15,  0,-15,-15,-15,  0,-15,-23,-15,-23,-15; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='N'; M= -4,  3,-16,  0,  2,-11, -7, -2,-11, -2,-12, -7,  7,  1,  3, -3,  1, -3,-14,-17, -9,  2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M=  2, -1,-20, -2, -8,-21, 34,-12,-26,-11,-21,-15,  3,-13,-10,-13,  2,-10,-20,-16,-20, -9; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='R'; M= -7,  0,-21, -1,  0,-19, -7, -5,-18,  6,-19,-11,  6,-13,  4, 15,  4, -2,-14,-24,-13,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-25, -8,-15,-26, 53,-15,-33,-14,-25,-16,  0,-17,-13,-13,  1,-16,-25,-18,-24,-14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='E'; M=-12, -2,-28,  1, 13,-23,-14,  3,-23,  7,-16, -9, -2,-14, 11, 11, -6,-11,-20,-21,-10, 11;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='W'; M=  2,-23,-26,-29,-20,  7,-18,-22,  0,-18, -3, -3,-20,-17,-17,-19,-14,-10, -4, 29,  5,-18; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R'; M= -9, -1,-25, -2,  6,-24,-16,  6,-24, 16,-22,-10,  5,-14, 12, 22,  1, -2,-19,-26, -9,  7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M=-12, 11,-27, 16, 16,-27,-19,  9,-24,  6,-19,-12,  4,-11,  9,  1, -2, -5,-21,-29, -9, 12;
/M: SY='S'; M=  1, -5,-22, -4,  0,-22, -9,-11,-17, -5,-22,-15,  0,  9, -2, -5, 11,  3,-15,-31,-20, -3;
/M: SY='V'; M= -4,-16,-12,-19,-15,-10,-21, -6,  1,-10, -2,  2,-13,-22,-11, -8, -6, -2,  8,-27, -6,-14;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 91 in 28 different sequences
Number of true positive hits 91 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 12
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Fibronectin type-I
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
28 sequences

FA12_BOVIN  (P98140), FA12_CAVPO  (Q04962), FA12_HUMAN  (P00748), 
FA12_MOUSE  (Q80YC5), FA12_PIG    (O97507), FA12_RAT    (D3ZTE0), 
FINC_BOVIN  (P07589), FINC_CANFA  (Q28275), FINC_CHICK  (P11722), 
FINC_HORSE  (Q28377), FINC_HUMAN  (P02751), FINC_MOUSE  (P11276), 
FINC_NOTVI  (Q91400), FINC_PLEWA  (Q91289), FINC_RABIT  (Q28749), 
FINC_RAT    (P04937), FINC_XENLA  (Q91740), HGFA_CANFA  (Q6QNF4), 
HGFA_HUMAN  (Q04756), HGFA_MOUSE  (Q9R098), TPA_BOVIN   (Q28198), 
TPA_HUMAN   (P00750), TPA_MOUSE   (P11214), TPA_PIG     (Q8SQ23), 
TPA_PONAB   (Q5R8J0), TPA_RAT     (P19637), URT1_DESRO  (P98119), 
URT2_DESRO  (P15638)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission