PROSITE entry PS51092
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | FN2_2 |
| Accession [info] | PS51092 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAR-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00022 |
| Associated ProRule [info] | PRU00479 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=49; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=45; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2742712; R2=0.0110785; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=788; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=562; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 8, -2,-17, -2, 3,-19, -7,-13,-15, -7,-18,-14, -1, -9, -3,-12, 14, 6, -8,-30,-17, 0; /M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 15, 10,-20,-11, 1,-23, -3,-19,-14, 8, -9, 2, -7, 1, -4,-21,-28,-11, 5; /M: SY='G'; M= -5, -3,-29, -1,-11,-26, 42,-10,-35,-12,-27,-18, 1,-18,-13,-13, -1,-16,-27,-19,-17,-13; /M: SY='E'; M= -1, 6,-27, 9, 18,-28,-11, -6,-25, 9,-22,-15, 2, 0, 7, 2, -1, -8,-22,-27,-18, 12; /M: SY='P'; M= -6,-14,-31,-10, 0,-22,-15,-15,-18, -1,-19,-12,-13, 35, -6, -6, -7, -7,-21,-25,-19, -6; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='V'; M= -3,-17,-20,-18,-12,-10,-25, -4, 6, -6, -3, 3,-14,-21,-11, -8, -9, -6, 14,-26, -5,-13; /M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 74,-30,-20, 3,-30, 12, 2,-21,-30,-38,-20,-21,-10, 1, 8, 28,-29; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='F'; M=-18,-28,-20,-37,-28, 73,-28,-19, -1,-29, 7, -1,-18,-29,-37,-19,-16, -8, -1, 7, 28,-28; /M: SY='I'; M= -4,-14,-21,-19,-12,-10,-25,-18, 8, -7, 2, 4,-10,-18, -7, -8, -7, 3, 8,-24, -7,-11; /M: SY='Y'; M=-19,-25,-26,-29,-25, 47,-31, 1, 4,-20, 5, 2,-20,-29,-23,-15,-20,-10, -2, 17, 52,-25; /M: SY='R'; M=-12, 3,-27, 2, 5,-23, -9, 2,-23, 10,-17, -8, 6,-16, 10, 14, -5,-10,-22,-24,-10, 6; /M: SY='G'; M= -2, 0,-28, -3,-12,-28, 46,-13,-34,-12,-28,-19, 10,-19,-12,-10, 2,-15,-28,-24,-26,-12; /M: SY='R'; M=-11, 1,-26, -1, 6,-21,-19, 2,-22, 17,-21, -9, 4,-14, 9, 19, -3, -4,-18,-24, -7, 6; /M: SY='T'; M= -4, -6,-22, -9, -2,-14,-16,-13,-12, -4,-13, -9, -3,-15, -2, -5, 3, 4,-10,-10, -8, -1; /M: SY='Y'; M=-19,-18,-29,-19,-18, 24,-29, 25, -2,-13, -1, 1,-16,-28,-10,-10,-18,-11, -9, 16, 62,-18; /M: SY='H'; M=-12, 2,-24, 2, -2, -1,-17, 15,-18, -8,-15,-10, 3,-18, -3, -6, 0, -3,-17,-17, 11, -3; /M: SY='D'; M= -3, 13,-21, 18, 10,-27, -3, -7,-26, -1,-25,-19, 9,-10, 1, -6, 14, 4,-19,-34,-19, 5; /M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='T'; M= -3,-11,-16,-20,-17, -6,-26,-22, 9,-16, 1, 1, -8,-14,-13,-16, 6, 29, 10,-27, -7,-16; /M: SY='T'; M= -4, -5,-19, -6, 0,-14,-18, -4,-14, -2,-12, -8, -2,-14, -1, 2, 7, 11, -7,-28, -9, -1; /M: SY='E'; M= -9, 11,-26, 17, 25,-28,-13, 1,-27, 4,-21,-17, 4, -8, 9, -2, 3, -3,-23,-30,-15, 16; /M: SY='G'; M= -5, 0,-29, 1, -6,-29, 44,-11,-37,-12,-28,-20, 6,-17,-11,-11, 0,-16,-30,-24,-25, -9; /M: SY='R'; M= -8, 0,-23, 1, 3,-23,-12, -3,-27, 12,-25,-15, 5,-15, 8, 29, 9, 1,-18,-29,-14, 4; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='E'; M= -5, 2,-15, 2, 4, -9, -8, 0,-15, -2,-13, -9, 3, -6, 1, -1, 3, 0,-12,-17, -7, 2; D=-6; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='D'; M= -9, 18,-17, 26, 6,-16, -3, -3,-19, -4,-13,-14, 7, -8, -3, -7, 0, -5,-15,-20,-10, 2; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='G'; M= -3, -8,-25,-11,-15,-14, 23,-13,-21,-15,-15,-12, 1,-17,-16,-14, -3,-11,-17,-21,-17,-16; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='Y'; M=-13,-13,-26,-15, -8, 0,-21, 1,-11, 3, -7, -1,-10,-20, -2, 6,-12, -9,-12, -1, 13, -6; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M=-11,-22,-28,-19,-10, -8,-25,-13, -3,-10, 10, 3,-20, 5,-10, -3,-19,-10, -8,-22, -8,-12; /M: SY='W'; M=-19,-36,-48,-35,-23, 7,-20,-28,-21,-18,-20,-20,-37,-28,-17,-18,-37,-28,-30,136, 26,-15; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 27, -7,-13,-11, -6,-21, 3,-16,-16,-11,-20,-15, -2, -5, -7,-16, 20, 6, -8,-28,-21, -7; /M: SY='T'; M= -2, -8,-12,-16,-14, -6,-23,-21, 0,-14, 1, -3, -8,-15,-14,-13, 9, 34, 8,-28, -8,-14; /M: SY='T'; M= -3, 1,-13, -6, -8,-12,-20,-18,-11, -8,-11,-10, 1,-11, -8, -6, 16, 40, -2,-30,-10, -9; /M: SY='A'; M= 7, -4,-20, -4, 4,-18,-10, -8,-16, -7,-15,-12, -5, -3, -1,-11, 7, 2,-13,-24,-10, 0; /M: SY='N'; M=-10, 28,-22, 25, 4,-23, -8, 1,-22, -1,-25,-19, 29,-16, -2, -3, 7, -1,-20,-36,-16, 1; /M: SY='Y'; M=-19,-23,-28,-26,-23, 40,-29, 7, 1,-15, 3, 3,-21,-29,-17,-13,-21,-11, -7, 26, 61,-22; /M: SY='D'; M=-14, 32,-27, 44, 19,-33, -9, -1,-32, 0,-26,-22, 15,-10, 4, -7, 3, -7,-25,-36,-19, 12; /M: SY='R'; M= -8, -2,-27, -2, 6,-23, -1, -6,-25, 9,-21,-11, 1,-14, 5, 10, -2, -7,-21,-22,-12, 4; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='D'; M=-15, 37,-23, 49, 15,-30, -8, 0,-30, 2,-24,-22, 17, -8, 1, -6, 0, -7,-23,-31,-15, 8; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='Q'; M= -7, -2,-24, -2, 6,-24, 1, -1,-23, 10,-19, -8, 0,-11, 14, 9, -3,-10,-20,-16,-10, 9; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='K'; M= -9, -2,-27, -2, 8,-27,-17, -6,-25, 28,-22, -8, 0,-13, 15, 24, -5, -7,-20,-22,-11, 11; /M: SY='W'; M=-20,-34,-42,-34,-27, 21,-24,-15,-13,-18,-12,-13,-33,-30,-19,-17,-33,-23,-22,106, 44,-21; /M: SY='G'; M= 0, -6,-26, -6, -8,-28, 31,-15,-33, 1,-29,-17, 1,-16, -8, -2, 4,-10,-23,-23,-22, -8; /M: SY='F'; M=-19,-25,-24,-31,-23, 53,-30, -7, 2,-22, 7, 1,-19,-28,-26,-16,-19,-10, -3, 12, 41,-23; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -2,-14,-27,-12, -1,-19,-19,-16,-12, -7,-11, -8,-14, 26, -6, -9, -6, -1,-13,-26,-18, -6; /M: SY='D'; M= -5, 7,-21, 9, 9,-20,-15, -1,-17, -5,-15,-11, 3,-11, 3, -8, 3, -1,-15,-28,-10, 5; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 112 in 62 different sequences |
| Number of true positive hits | 112 in 62 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 1 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 4 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | N_Hulo |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Fibronectin type-II |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
62 sequences
BSPH1_HUMAN (Q075Z2), BSPH1_MOUSE (Q3UW26), BSPH2_MOUSE (Q0Q236), ESPB1_CANLF (Q9GL25), ESPB1_HUMAN (Q96BH3), ESPB1_PIG (Q7YR83), FA12_BOVIN (P98140), FA12_CAVPO (Q04962), FA12_HUMAN (P00748), FA12_MOUSE (Q80YC5), FA12_PIG(O97507), FA12_RAT(D3ZTE0), FINC_BOVIN (P07589), FINC_CANLF (Q28275), FINC_CHICK (P11722), FINC_HORSE (Q28377), FINC_HUMAN (P02751), FINC_MOUSE (P11276), FINC_NOTVI (Q91400), FINC_RABIT (Q28749), FINC_RAT(P04937), FINC_XENLA (Q91740), HGFA_CANLF (Q6QNF4), HGFA_HUMAN (Q04756), HGFA_MOUSE (Q9R098), LY75_HUMAN (O60449), LY75_MESAU (Q920P9), LY75_MOUSE (Q60767), MMP2_BOVIN (Q9GLE5), MMP2_CHICK (Q90611), MMP2_HUMAN (P08253), MMP2_MOUSE (P33434), MMP2_RABIT (P50757), MMP2_RAT(P33436), MMP9_BOVIN (P52176), MMP9_CANLF (O18733), MMP9_HUMAN (P14780), MMP9_MOUSE (P41245), MMP9_RABIT (P41246), MMP9_RAT(P50282), MPRI_BOVIN (P08169), MPRI_HUMAN (P11717), MPRI_MOUSE (Q07113), MRC1_HUMAN (P22897), MRC1_MOUSE (Q61830), MRC2_HUMAN (Q9UBG0), MRC2_MOUSE (Q64449), MRC2_RAT(Q4TU93), PB1_PIG (P80964), PLA2R_BOVIN (P49259), PLA2R_HUMAN (Q13018), PLA2R_MOUSE (Q62028), PLA2R_PONAB (Q5R880), PLA2R_RABIT (P49260), SE1L1_HUMAN (Q9UBV2), SE1L1_MESAU (Q9ESM7), SE1L1_MOUSE (Q9Z2G6), SE1L1_RAT (Q80Z70), SFP1_BOVIN (P02784), SFP3_BOVIN (P04557), SFP4_BOVIN (P81019), SP1_HORSE (P81121)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
1 sequence
SFP1_BOSIN (B3EWK6) |
| PDB [Detailed view] |
39 PDB
1CK7; 1CXW; 1E88; 1E8B; 1EAK; 1GXD; 1H8P; 1J7M; 1KS0; 1L6J; 1PDC; 1QO6; 2FN2; 2V5O; 2V5P; 3M7P; 3MQL; 5AO5; 5AO6; 5E4K; 5E4L; 5EW6; 5XTS; 5XTW; 6INN; 6INO; 6INU; 6INV; 6IOE; 6SZW; 6UM1; 6UM2; 7JPT; 7JPU; 7PRJ; 7PRK; 7QSR; 8HBC; 8K8H » more |