Entry: PS51092

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] FN2_2
Accession [info] PS51092
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00022
Associated ProRule [info] PRU00479

Name and characterization of the entry

Description [info] Fibronectin type-II collagen-binding domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=49;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2742712; R2=0.0110785; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1502.60686; R2=16.21372; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=788; N_SCORE=11.0; H_SCORE=12804; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=382; N_SCORE=8.5; H_SCORE=10615; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M=  8, -2,-17, -2,  3,-19, -7,-13,-15, -7,-18,-14, -1, -9, -3,-12, 14,  6, -8,-30,-17,  0;
/M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 15, 10,-20,-11,  1,-23, -3,-19,-14,  8, -9,  2, -7,  1, -4,-21,-28,-11,  5;
/M: SY='G'; M= -5, -3,-29, -1,-11,-26, 42,-10,-35,-12,-27,-18,  1,-18,-13,-13, -1,-16,-27,-19,-17,-13;
/M: SY='E'; M= -1,  6,-27,  9, 18,-28,-11, -6,-25,  9,-22,-15,  2,  0,  7,  2, -1, -8,-22,-27,-18, 12;
/M: SY='P'; M= -6,-14,-31,-10,  0,-22,-15,-15,-18, -1,-19,-12,-13, 35, -6, -6, -7, -7,-21,-25,-19, -6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V'; M= -3,-17,-20,-18,-12,-10,-25, -4,  6, -6, -3,  3,-14,-21,-11, -8, -9, -6, 14,-26, -5,-13;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 74,-30,-20,  3,-30, 12,  2,-21,-30,-38,-20,-21,-10,  1,  8, 28,-29;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='F'; M=-18,-28,-20,-37,-28, 73,-28,-19, -1,-29,  7, -1,-18,-29,-37,-19,-16, -8, -1,  7, 28,-28;
/M: SY='I'; M= -4,-14,-21,-19,-12,-10,-25,-18,  8, -7,  2,  4,-10,-18, -7, -8, -7,  3,  8,-24, -7,-11;
/M: SY='Y'; M=-19,-25,-26,-29,-25, 47,-31,  1,  4,-20,  5,  2,-20,-29,-23,-15,-20,-10, -2, 17, 52,-25;
/M: SY='R'; M=-12,  3,-27,  2,  5,-23, -9,  2,-23, 10,-17, -8,  6,-16, 10, 14, -5,-10,-22,-24,-10,  6;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-28, -3,-12,-28, 46,-13,-34,-12,-28,-19, 10,-19,-12,-10,  2,-15,-28,-24,-26,-12;
/M: SY='R'; M=-11,  1,-26, -1,  6,-21,-19,  2,-22, 17,-21, -9,  4,-14,  9, 19, -3, -4,-18,-24, -7,  6;
/M: SY='T'; M= -4, -6,-22, -9, -2,-14,-16,-13,-12, -4,-13, -9, -3,-15, -2, -5,  3,  4,-10,-10, -8, -1;
/M: SY='Y'; M=-19,-18,-29,-19,-18, 24,-29, 25, -2,-13, -1,  1,-16,-28,-10,-10,-18,-11, -9, 16, 62,-18;
/M: SY='H'; M=-12,  2,-24,  2, -2, -1,-17, 15,-18, -8,-15,-10,  3,-18, -3, -6,  0, -3,-17,-17, 11, -3;
/M: SY='D'; M= -3, 13,-21, 18, 10,-27, -3, -7,-26, -1,-25,-19,  9,-10,  1, -6, 14,  4,-19,-34,-19,  5;
/M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M= -3,-11,-16,-20,-17, -6,-26,-22,  9,-16,  1,  1, -8,-14,-13,-16,  6, 29, 10,-27, -7,-16;
/M: SY='T'; M= -4, -5,-19, -6,  0,-14,-18, -4,-14, -2,-12, -8, -2,-14, -1,  2,  7, 11, -7,-28, -9, -1;
/M: SY='E'; M= -9, 11,-26, 17, 25,-28,-13,  1,-27,  4,-21,-17,  4, -8,  9, -2,  3, -3,-23,-30,-15, 16;
/M: SY='G'; M= -5,  0,-29,  1, -6,-29, 44,-11,-37,-12,-28,-20,  6,-17,-11,-11,  0,-16,-30,-24,-25, -9;
/M: SY='R'; M= -8,  0,-23,  1,  3,-23,-12, -3,-27, 12,-25,-15,  5,-15,  8, 29,  9,  1,-18,-29,-14,  4;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='E'; M= -5,  2,-15,  2,  4, -9, -8,  0,-15, -2,-13, -9,  3, -6,  1, -1,  3,  0,-12,-17, -7,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='D'; M= -9, 18,-17, 26,  6,-16, -3, -3,-19, -4,-13,-14,  7, -8, -3, -7,  0, -5,-15,-20,-10,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='G'; M= -3, -8,-25,-11,-15,-14, 23,-13,-21,-15,-15,-12,  1,-17,-16,-14, -3,-11,-17,-21,-17,-16;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Y'; M=-13,-13,-26,-15, -8,  0,-21,  1,-11,  3, -7, -1,-10,-20, -2,  6,-12, -9,-12, -1, 13, -6; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M=-11,-22,-28,-19,-10, -8,-25,-13, -3,-10, 10,  3,-20,  5,-10, -3,-19,-10, -8,-22, -8,-12;
/M: SY='W'; M=-19,-36,-48,-35,-23,  7,-20,-28,-21,-18,-20,-20,-37,-28,-17,-18,-37,-28,-30,136, 26,-15;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A'; M= 27, -7,-13,-11, -6,-21,  3,-16,-16,-11,-20,-15, -2, -5, -7,-16, 20,  6, -8,-28,-21, -7;
/M: SY='T'; M= -2, -8,-12,-16,-14, -6,-23,-21,  0,-14,  1, -3, -8,-15,-14,-13,  9, 34,  8,-28, -8,-14;
/M: SY='T'; M= -3,  1,-13, -6, -8,-12,-20,-18,-11, -8,-11,-10,  1,-11, -8, -6, 16, 40, -2,-30,-10, -9;
/M: SY='A'; M=  7, -4,-20, -4,  4,-18,-10, -8,-16, -7,-15,-12, -5, -3, -1,-11,  7,  2,-13,-24,-10,  0;
/M: SY='N'; M=-10, 28,-22, 25,  4,-23, -8,  1,-22, -1,-25,-19, 29,-16, -2, -3,  7, -1,-20,-36,-16,  1;
/M: SY='Y'; M=-19,-23,-28,-26,-23, 40,-29,  7,  1,-15,  3,  3,-21,-29,-17,-13,-21,-11, -7, 26, 61,-22;
/M: SY='D'; M=-14, 32,-27, 44, 19,-33, -9, -1,-32,  0,-26,-22, 15,-10,  4, -7,  3, -7,-25,-36,-19, 12;
/M: SY='R'; M= -8, -2,-27, -2,  6,-23, -1, -6,-25,  9,-21,-11,  1,-14,  5, 10, -2, -7,-21,-22,-12,  4;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='D'; M=-15, 37,-23, 49, 15,-30, -8,  0,-30,  2,-24,-22, 17, -8,  1, -6,  0, -7,-23,-31,-15,  8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='Q'; M= -7, -2,-24, -2,  6,-24,  1, -1,-23, 10,-19, -8,  0,-11, 14,  9, -3,-10,-20,-16,-10,  9; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='K'; M= -9, -2,-27, -2,  8,-27,-17, -6,-25, 28,-22, -8,  0,-13, 15, 24, -5, -7,-20,-22,-11, 11;
/M: SY='W'; M=-20,-34,-42,-34,-27, 21,-24,-15,-13,-18,-12,-13,-33,-30,-19,-17,-33,-23,-22,106, 44,-21;
/M: SY='G'; M=  0, -6,-26, -6, -8,-28, 31,-15,-33,  1,-29,-17,  1,-16, -8, -2,  4,-10,-23,-23,-22, -8;
/M: SY='F'; M=-19,-25,-24,-31,-23, 53,-30, -7,  2,-22,  7,  1,-19,-28,-26,-16,-19,-10, -3, 12, 41,-23;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -2,-14,-27,-12, -1,-19,-19,-16,-12, -7,-11, -8,-14, 26, -6, -9, -6, -1,-13,-26,-18, -6;
/M: SY='D'; M= -5,  7,-21,  9,  9,-20,-15, -1,-17, -5,-15,-11,  3,-11,  3, -8,  3, -1,-15,-28,-10,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 102 in 57 different sequences
Number of true positive hits 102 in 57 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Fibronectin type-II
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
57 sequences

BSPH1_HUMAN (Q075Z2), BSPH1_MOUSE (Q3UW26), ESPB1_CANFA (Q9GL25), 
ESPB1_HUMAN (Q96BH3), ESPB1_PIG   (Q7YR83), FA12_BOVIN  (P98140), 
FA12_CAVPO  (Q04962), FA12_HUMAN  (P00748), FA12_MOUSE  (Q80YC5), 
FA12_PIG    (O97507), FA12_RAT    (D3ZTE0), FINC_BOVIN  (P07589), 
FINC_HUMAN  (P02751), FINC_MOUSE  (P11276), FINC_NOTVI  (Q91400), 
FINC_RAT    (P04937), FINC_XENLA  (Q91740), HGFA_CANFA  (Q6QNF4), 
HGFA_HUMAN  (Q04756), HGFA_MOUSE  (Q9R098), LY75_HUMAN  (O60449), 
LY75_MESAU  (Q920P9), LY75_MOUSE  (Q60767), MMP2_BOVIN  (Q9GLE5), 
MMP2_CHICK  (Q90611), MMP2_HUMAN  (P08253), MMP2_MOUSE  (P33434), 
MMP2_RABIT  (P50757), MMP2_RAT    (P33436), MMP9_BOVIN  (P52176), 
MMP9_CANFA  (O18733), MMP9_HUMAN  (P14780), MMP9_MOUSE  (P41245), 
MMP9_RABIT  (P41246), MMP9_RAT    (P50282), MPRI_BOVIN  (P08169), 
MPRI_HUMAN  (P11717), MPRI_MOUSE  (Q07113), MRC1_HUMAN  (P22897), 
MRC1_MOUSE  (Q61830), MRC2_HUMAN  (Q9UBG0), MRC2_MOUSE  (Q64449), 
MRC2_RAT    (Q4TU93), PB1_PIG     (P80964), PLA2R_BOVIN (P49259), 
PLA2R_HUMAN (Q13018), PLA2R_MOUSE (Q62028), PLA2R_PONAB (Q5R880), 
PLA2R_RABIT (P49260), SE1L1_HUMAN (Q9UBV2), SE1L1_MESAU (Q9ESM7), 
SE1L1_MOUSE (Q9Z2G6), SE1L1_RAT   (Q80Z70), SFP1_BOVIN  (P02784), 
SFP3_BOVIN  (P04557), SFP4_BOVIN  (P81019), SP1_HORSE   (P81121)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

SFP1_BOSIN  (B3EWK6)

		
PDB
[Detailed view]
17 PDB

1CK7; 1CXW; 1E88; 1E8B; 1EAK; 1GXD; 1H8P; 1J7M; 1KS0; 1L6J; 1PDC; 1QO6; 2FN2; 2V5O; 2V5P; 3M7P; 3MQL
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission