Entry: PS51095

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PTS_EIIA_TYPE_3
Accession [info] PS51095
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00528
Associated ProRule [info] PRU00418

Name and characterization of the entry

Description [info] PTS_EIIA type-3 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1385057; R2=0.0151223; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4200.05946; R2=33.13243; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1182; N_SCORE=20.0; H_SCORE=41143; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=289; N_SCORE=6.5; H_SCORE=13742; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M=-10,  2,-25,  4, 16,-18,-20, -7, -9, -5, -5, -1, -3, -8,  3, -9, -5, -4,-12,-28,-13,  9;
/M: SY='D'; M= -9, 10,-25, 15, 15,-24,-12, -1,-21, -4,-16,-14,  4,-11,  3, -8,  2, -1,-18,-31,-14,  9;
/M: SY='I'; M= -5,-18,-19,-25,-19, -2,-23,-19, 15,-20, 15, 14,-15,-21,-15,-18,-10,  5, 11,-24, -5,-18;
/M: SY='E'; M=-10, 11,-27, 16, 38,-26,-18, -1,-24,  4,-16,-14,  4, -6, 15, -2,  0, -7,-25,-30,-17, 27;
/M: SY='E'; M= -9, -1,-23, -1,  6,-16,-21, -6,-10,  0, -4, -2, -4,-15,  6, -3, -6, -1,-11,-24, -7,  6;
/M: SY='V'; M= -1,-18,-21,-22,-17, -4,-27,-22, 16,-16,  5,  5,-16,-20,-15,-16, -9, -3, 17,-23, -6,-17;
/M: SY='V'; M=  5,-15, -5,-20,-16,-11,-15,-20,  4,-18, -4, -1, -9,-18,-13,-19,  6,  5,  7,-30,-13,-16;
/M: SY='F'; M=-14,-25,-20,-34,-25, 32,-25,-10, 13,-19, 15, 31,-20,-25,-18,-15,-20,-10,  8, -7, 14,-20;
/M: SY='E'; M= -2,  3,-23, -1,  7,-24, -3, -5,-23,  0,-21,-13,  6, -7,  6, -1,  5,  2,-20,-27,-17,  6;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-24,-34,-24,  4,-33,-22, 32,-27, 32, 25,-25,-25,-18,-23,-24,-10, 20,-20,  0,-23;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-29,  1,-37,-29, 43,-29, 22, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='L'; M=  7,-19, -9,-23,-17, -5,-19,-20,  8,-20, 11,  4,-16,-21,-15,-19, -4,  0,  9,-26,-10,-16;
/M: SY='H'; M=-13,  3,-26,  1, -1,-12,-17, 27,-19,  2,-18, -7,  8,-19,  6,  1, -4, -8,-21,-18, 14,  0;
/M: SY='A'; M= 30,-11,-12,-17,-11,-18, -1,-19, -7,-13,-12, -9, -7,-13,-10,-18, 13,  3,  2,-26,-18,-11;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D'; M= -5, 24,-23, 25, 18,-28, -8,  0,-26,  0,-26,-20, 22,-11,  7, -5,  9, -2,-25,-35,-19, 12;
/M: SY='A'; M= 42, -9,-11,-18,-10,-20,  4,-19,-13,-11,-13,-11, -8,-11,-10,-19, 12,  2, -3,-22,-20,-10;
/M: SY='R'; M=-17, -8,-29, -8,  2,-19,-20, -4,-29, 32,-22,-10,  0,-17,  8, 54, -9, -9,-19,-20, -9,  2;
/M: SY='S'; M= 10,  2,-12,  1, -1,-21, -1,-10,-20, -9,-26,-18,  9,-11,  0,-10, 31, 17,-11,-36,-19, -1;
/M: SY='C'; M= -2,-11,  2,-14, -8, -6,-20, -9,-12,-12, -4, -6,-10,-21,-11,-12, -5, -5, -7,-26, -7,-10;
/M: SY='A'; M= 11,-21,-13,-27,-20,  1,-20,-19, 10,-19,  8,  4,-19,-21,-18,-21, -8, -5, 11,-17, -2,-20;
/M: SY='M'; M= -9,-23,-22,-28,-21, 14,-27, -8, 13,-17, 13, 15,-19,-24,-15,-13,-17, -7,  8, -9, 15,-20;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-27,  8, 34,-29,-17,  3,-24, 11,-19,-11,  1, -6, 21,  3, -1, -9,-25,-26,-15, 27;
/M: SY='A'; M= 44,-10,-12,-18,-10,-21,  6,-20,-13,-11,-13,-11, -8,-11,-10,-20, 10, -1, -3,-21,-21,-10;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-32,-23, 12,-31,-20, 24,-28, 39, 22,-27,-28,-20,-21,-26,-10, 14,-18,  2,-22;
/M: SY='Q'; M= -6,  9,-26, 11, 13,-30,-14,  1,-26, 14,-24,-13,  7,-11, 16, 12,  1, -7,-23,-27,-14, 14;
/M: SY='A'; M= 11, -7,-18, -9,  6,-17,-15,  0,-14, -4, -6, -6, -8,-13,  0, -9, -3, -7,-11,-21, -8,  2;
/M: SY='A'; M= 30,-15,-14,-23,-15,-13, -6,-17, -1,-13, -2,  2,-14,-15,-11,-19,  1, -3,  5,-19,-12,-14;
/M: SY='R'; M=-10, -2,-29, -2, 10,-25,-15,  0,-29, 26,-23,-11,  2,-13, 10, 33, -6,-10,-22,-22,-12,  8;
/M: SY='E'; M=  3,  5,-24,  1, 13,-27,-10, -3,-22, 10,-21,-12,  7,-11, 13,  7,  2, -6,-21,-25,-16, 13;
/M: SY='G'; M= -5, -6,-28, -5,-11,-24, 34,-12,-31, -9,-24,-15,  1,-19, -8, -7, -1,-14,-25,-20,-17,-10;
/M: SY='D'; M= -9, 26,-25, 30, 19,-29,-10,  0,-29,  6,-26,-22, 19,-11,  5,  1,  5, -5,-26,-35,-19, 12;
/M: SY='F'; M=-17,-28,-23,-34,-27, 51,-29,-14,  5,-25,  9,  3,-21,-28,-29,-19,-19, -9,  2, 11, 30,-26;
/M: SY='E'; M= -4, 14,-25, 19, 29,-29,-14,  0,-27,  4,-21,-18,  6, -7, 12, -3,  4, -4,-23,-30,-17, 20;
/M: SY='E'; M= -1,  2,-25,  4, 24,-25,-17, -3,-23, 10,-16,-12, -2, -8,  9,  4, -1, -6,-19,-26,-14, 16;
/M: SY='A'; M= 35,-12,-11,-19,-12,-12, -5,-19, -7,-12,-10, -9, -9,-13,-12,-19, 11,  2,  3,-22,-16,-12;
/M: SY='E'; M=-12, 14,-28, 19, 26,-27,-17, -1,-28, 13,-23,-17,  8, -9, 12,  7, -1, -6,-25,-27,-12, 18;
/M: SY='E'; M=  1, -2,-24, -3, 17,-23,-15, -7,-14,  1,-11, -6, -3,-10, 11, -3, -1, -5,-15,-25,-15, 14;
/M: SY='L'; M=-10,-15,-16,-16, -7, -8,-24, -7, -6,  1,  6,  6,-13,-21, -6, -1,-16, -9, -6,-23, -4, -6;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-33,-24,  5,-32,-22, 31,-27, 33, 23,-26,-26,-19,-22,-24, -9, 21,-21, -1,-23;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-25,  3, 14,-26,-17, -6,-19, 10,-18,-10,  0,-11, 13,  5,  0, -3,-16,-26,-14, 13;
/M: SY='E'; M= -4,  1,-26,  4, 28,-28,-18, -2,-22, 10,-17, -9, -2, -7, 22,  4,  0, -6,-22,-25,-15, 25;
/M: SY='A'; M= 39, -8,-11,-16, -9,-21,  5,-18,-14,-11,-15,-13, -6,-11, -9,-18, 15,  2, -4,-24,-21, -9;
/M: SY='N'; M= -8, 14,-25, 14, 14,-23,-10, -2,-25,  6,-23,-16, 15,-12,  7,  4,  3, -5,-23,-30,-16, 10;
/M: SY='E'; M=-10, 14,-26, 20, 24,-28,-14, -3,-25,  6,-21,-15,  6, -9, 11,  0,  1, -3,-22,-30,-17, 17;
/M: SY='E'; M=  7, -1,-20, -1,  9,-16,-11,-11,-16, -5,-12,-12, -4,-11, -1,-10,  5,  0,-12,-24,-12,  4;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-23,-33,-23,  8,-32,-22, 27,-29, 37, 20,-26,-26,-20,-23,-25,-10, 15,-19,  0,-23;
/M: SY='A'; M=  1, -7,-20,-12, -8,-15,-11,-13, -8,  0, -8, -5, -3,-18, -5, -1, -2, -1, -4,-23,-10, -7;
/M: SY='E'; M= -9,  4,-27,  6, 26,-24,-19, -5,-21, 13,-17,-12,  3, -8, 11,  7, -2, -5,-20,-27,-14, 18;
/M: SY='A'; M= 40,-11,-12,-19,-12,-20,  7,-20,-12,-12,-12,-11, -9,-12,-12,-20,  9, -2, -1,-21,-21,-12;
/M: SY='H'; M=-19,  0,-30,  0,  2,-22,-20, 91,-29, -8,-20,  0,  9,-19, 15,  1, -9,-19,-30,-29, 17,  4;
/M: SY='R'; M=-13, 10,-26, 10,  7,-23,-15, 10,-25, 12,-20,-12, 12,-15,  5, 15, -3, -6,-22,-29, -9,  4;
/M: SY='I'; M=  0,-17,-19,-22,-15, -4,-24,-17, 13,-16,  8,  8,-15,-20,-11,-16, -9, -1, 13,-22, -5,-14;
/M: SY='Q'; M=-13,  0,-30,  0, 15,-35,-20, 34,-23,  5,-20,  0,  3,-13, 46,  7, -3,-13,-30,-23, -2, 29;
/M: SY='T'; M=  0, -3,-13,-12,-11, -8,-18,-11, -9, -9, -9, -5, -1,-13, -9, -7, 12, 31, -1,-27, -8,-10;
/M: SY='E'; M= -9,  6,-27,  8, 18,-30, -9, -2,-26, 11,-23,-12,  5,-10, 18,  7,  1, -6,-25,-26,-16, 17;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-20,-29,-20, 10,-28,-17, 16,-22, 33, 22,-24,-27,-16,-13,-23, -7, 10,-19,  1,-18;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-35,-26,  3,-36,-26, 37,-29, 30, 19,-23,-23,-20,-26,-23, -8, 22,-20,  0,-26;
/M: SY='Q'; M= -6, -6,-27, -7,  6,-29,-10, -4,-14,  0,-16, -4, -3,-13, 25,  1,  0, -6,-17,-22,-13, 15;
/M: SY='Q'; M= -7, -5,-27, -6,  8,-19,-15, -1,-19, 11,-14, -4, -5,-14, 14,  7, -7,-10,-18,-18, -5, 11;
/M: SY='E'; M=-11, 15,-28, 23, 39,-27,-17,  0,-27,  4,-18,-18,  5, -6, 13, -3,  0, -8,-26,-30,-16, 26;
/M: SY='A'; M= 33, -9,-13,-15, -4,-19, -6,-17, -9, -9,-10, -9, -8,-11, -6,-16,  9,  2, -1,-23,-18, -5;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N'; M= -1,  7,-22,  3, -2,-25, 13, -7,-27, -1,-27,-17, 14,-15, -1, -3, 10, -2,-22,-29,-20, -1;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='G'; M=  2, -7,-22, -6, -3,-28, 35,-15,-32,-12,-25,-18, -3,-10, -9,-15,  0,-15,-25,-22,-26, -7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -1,  3,-24,  2,  9,-26,  9, -7,-25, -3,-23,-16,  7,-12,  4, -7,  7, -4,-22,-28,-20,  7;
/M: SY='R'; M= -9, -1,-27,  0,  9,-27,-17,  1,-26, 21,-23,-10,  1,-10, 13, 22, -2, -7,-21,-25,-11, 10;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='V'; M= -4,-19,-17,-24,-19,  1,-25,-18, 16,-15,  9, 12,-16,-21,-15,-15, -9,  1, 18,-22, -4,-18; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -8,  4,-27,  7, 17,-26,-13, -7,-23,  8,-22,-15,  2,  3,  6,  2,  0, -5,-20,-28,-18, 10; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='I'; M= -9,-24,-22,-27,-21,  6,-28,-12, 17,-20, 10, 13,-21,-15,-17,-18,-16, -8, 15,-18,  2,-20; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='S'; M= -1, 10,-18, 10,  6,-24, -5, -7,-23, -6,-26,-19, 12, -6,  2, -8, 21, 12,-17,-36,-19,  3;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-19,-30,-22, 15,-29,-22, 18,-27, 30, 13,-24,-26,-22,-20,-20, -3, 12,-17,  2,-22;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-32,-23,  8,-33,-22, 27,-29, 39, 19,-27,-27,-20,-22,-27,-10, 16,-19,  2,-23;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-19,-32,-23, 26,-28,-17, 14,-25, 28, 19,-25,-28,-23,-18,-22, -7, 11,-13,  7,-22;
/M: SY='V'; M= -5,-24,-12,-30,-26, -2,-29,-23, 27,-21, 12, 17,-21,-25,-21,-20,-12, -2, 30,-27, -7,-25;
/M: SY='H'; M=-19,  2,-29,  1,  0,-20,-19, 95,-29, -9,-21, -1, 13,-20,  9,  0, -9,-19,-30,-31, 18,  0;
/M: SY='A'; M= 43,-10,-12,-20,-11,-19,  0,-20, -9,-11,-10, -9, -9,-11,-10,-20, 10,  0,  0,-21,-19,-11;
/M: SY='Q'; M=-10,  3,-30,  5, 31,-37,-20,  7,-23, 10,-20, -5,  0, -7, 49,  7,  0,-10,-30,-23,-13, 40;
/M: SY='D'; M=-17, 44,-29, 61, 17,-38, -5, -2,-39, -2,-30,-29, 18,-11, -1,-11,  2, -9,-29,-39,-21,  8;
/M: SY='H'; M=-11, -2,-25, -4,  0,-20,-19, 55,-22, -8,-15, -1,  4,-17, 13, -2, -4, -7,-22,-27,  8,  3;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-21, 15,-30,-20, 20,-29, 44, 20,-28,-29,-21,-20,-28,-10, 10,-17,  3,-21;
/M: SY='M'; M= -6,-19,-19,-28,-19, -2,-20, -5, 18,-12, 15, 48,-18,-20, -3,-12,-15, -7, 12,-22, -3,-12;
/M: SY='T'; M=  1,  7,-12, -3, -7,-14,-12,-12,-13, -8,-17,-13, 13,-13, -7, -8, 20, 30, -6,-34,-14, -7;
/M: SY='T'; M= 19, -7,-10,-14,-11,-14,-11,-20, -7,-11,-11, -9, -6,-12,-11,-15, 16, 22,  5,-28,-15,-11;
/M: SY='M'; M=-11,-16,-25,-20,-12, -2,-22,-10, 13,-13, 13, 24,-16,-19, -7,-14,-17,-10,  5,-19,  0,-11;
/M: SY='T'; M=  0,-14,-16,-18,-15, -6,-15,-20,  3,-19,  6,  0,-11,-19,-14,-16,  2, 12,  5,-27,-10,-15;
/M: SY='E'; M=  1,-12,-10,-13,  5,-10,-21,-14, -5,-12,  2, -2,-14,-16, -6,-15, -8, -8, -4,-24,-10, -1;
/M: SY='R'; M=-11,-13,-25,-15, -7,-14,-23, -9, -4,  4, -2,  2, -7,-19,  2, 15,-10, -7, -4,-23, -8, -4;
/M: SY='D'; M=-10, 19,-25, 26, 25,-27,-14, -2,-25,  0,-19,-18, 11,-10,  8, -5,  3, -4,-24,-34,-17, 16;
/M: SY='L'; M= -9,-27,-20,-29,-19,  5,-29,-18, 22,-24, 35, 24,-26,-26,-16,-18,-24, -9, 15,-21, -2,-18;
/M: SY='V'; M= 12,-18,-17,-26,-19, -6,-17,-24, 12,-19,  1,  1,-14,-17,-17,-21, -1,  2, 14,-22,-10,-19;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-25,  1, 15,-21,-17, -5,-22, 15,-20,-13,  2,-10,  7, 14,  2,  0,-18,-25,-11, 10;
/M: SY='E'; M=-10, 11,-28, 16, 40,-26,-17,  8,-27,  6,-21,-17,  7, -6, 15,  1,  2, -8,-28,-29,-13, 27;
/M: SY='M'; M=-10,-26,-21,-33,-23, 12,-28,-15, 24,-22, 27, 32,-24,-25,-16,-18,-22, -9, 15,-17,  3,-20;
/M: SY='I'; M= -8,-29,-26,-35,-27,  0,-31,-27, 36,-28, 23, 17,-22,-23,-21,-26,-20,-10, 24,-21, -3,-27;
/M: SY='E'; M=  1,  7,-25,  8, 18,-26, -5,  2,-26,  3,-21,-16,  6,-10,  5,  0,  1, -8,-22,-28,-17, 10;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-21,-32,-23,  3,-29,-21, 27,-25, 30, 22,-25,-25,-18,-21,-21, -8, 19,-21, -2,-22;
/M: SY='Y'; M=-18,-19,-27,-22,-18, 26,-27, 12, -5,-13, -2, -1,-15,-27,-13, -7,-16, -9,-10, 13, 44,-18;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 13,-29,-21, -3,-25, 30,-23, -7, -1,-11, 21, 28, -7,-10,-21,-21,-10, 16;
/M: SY='R'; M=-14,  3,-30,  4, 11,-24,-18, -5,-25, 20,-22,-13,  3,-13,  9, 22, -7, -9,-21,-15,-10,  8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 19 in 19 different sequences
Number of true positive hits 19 in 19 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] V_Lesaux
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PTS EIIA type-3
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
19 sequences

PTEA_BACSU  (O05506), PTEA_GEOSE  (Q45402), PTJA_BACSU  (P46319), 
PTLA_LACCA  (P11502), PTLA_LACLL  (P23532), PTLA_STAAC  (Q5HE14), 
PTLA_STAAM  (P0A0D3), PTLA_STAAN  (P0A0D4), PTLA_STAAR  (Q6GEN8), 
PTLA_STAAS  (Q6G7C3), PTLA_STAAU  (P0A0D6), PTLA_STAAW  (P0A0D5), 
PTLA_STAEQ  (Q5HM39), PTLA_STAES  (Q8CNF6), PTLA_STRMU  (P26426), 
PTQA_ECO57  (P69793), PTQA_ECOL6  (P69792), PTQA_ECOLI  (P69791), 
PTQA_SHIFL  (P69794)
» More

PDB
[Detailed view]
7 PDB

1E2A; 1WCR; 2E2A; 2LRK; 2LRL; 2WWV; 2WY2

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission