To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51095

General information about the entry

Entry name [info] PTS_EIIA_TYPE_3
Accession [info] PS51095
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-APR-2005 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00528
Associated ProRule [info] PRU00418

Name and characterization of the entry

Description [info] PTS_EIIA type-3 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1385057; R2=0.0151223; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1182; N_SCORE=20.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=289; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M=-10,  2,-25,  4, 16,-18,-20, -7, -9, -5, -5, -1, -3, -8,  3, -9, -5, -4,-12,-28,-13,  9;
/M: SY='D'; M= -9, 10,-25, 15, 15,-24,-12, -1,-21, -4,-16,-14,  4,-11,  3, -8,  2, -1,-18,-31,-14,  9;
/M: SY='I'; M= -5,-18,-19,-25,-19, -2,-23,-19, 15,-20, 15, 14,-15,-21,-15,-18,-10,  5, 11,-24, -5,-18;
/M: SY='E'; M=-10, 11,-27, 16, 38,-26,-18, -1,-24,  4,-16,-14,  4, -6, 15, -2,  0, -7,-25,-30,-17, 27;
/M: SY='E'; M= -9, -1,-23, -1,  6,-16,-21, -6,-10,  0, -4, -2, -4,-15,  6, -3, -6, -1,-11,-24, -7,  6;
/M: SY='V'; M= -1,-18,-21,-22,-17, -4,-27,-22, 16,-16,  5,  5,-16,-20,-15,-16, -9, -3, 17,-23, -6,-17;
/M: SY='V'; M=  5,-15, -5,-20,-16,-11,-15,-20,  4,-18, -4, -1, -9,-18,-13,-19,  6,  5,  7,-30,-13,-16;
/M: SY='F'; M=-14,-25,-20,-34,-25, 32,-25,-10, 13,-19, 15, 31,-20,-25,-18,-15,-20,-10,  8, -7, 14,-20;
/M: SY='E'; M= -2,  3,-23, -1,  7,-24, -3, -5,-23,  0,-21,-13,  6, -7,  6, -1,  5,  2,-20,-27,-17,  6;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-24,-34,-24,  4,-33,-22, 32,-27, 32, 25,-25,-25,-18,-23,-24,-10, 20,-20,  0,-23;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-29,  1,-37,-29, 43,-29, 22, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='L'; M=  7,-19, -9,-23,-17, -5,-19,-20,  8,-20, 11,  4,-16,-21,-15,-19, -4,  0,  9,-26,-10,-16;
/M: SY='H'; M=-13,  3,-26,  1, -1,-12,-17, 27,-19,  2,-18, -7,  8,-19,  6,  1, -4, -8,-21,-18, 14,  0;
/M: SY='A'; M= 30,-11,-12,-17,-11,-18, -1,-19, -7,-13,-12, -9, -7,-13,-10,-18, 13,  3,  2,-26,-18,-11;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D'; M= -5, 24,-23, 25, 18,-28, -8,  0,-26,  0,-26,-20, 22,-11,  7, -5,  9, -2,-25,-35,-19, 12;
/M: SY='A'; M= 42, -9,-11,-18,-10,-20,  4,-19,-13,-11,-13,-11, -8,-11,-10,-19, 12,  2, -3,-22,-20,-10;
/M: SY='R'; M=-17, -8,-29, -8,  2,-19,-20, -4,-29, 32,-22,-10,  0,-17,  8, 54, -9, -9,-19,-20, -9,  2;
/M: SY='S'; M= 10,  2,-12,  1, -1,-21, -1,-10,-20, -9,-26,-18,  9,-11,  0,-10, 31, 17,-11,-36,-19, -1;
/M: SY='C'; M= -2,-11,  2,-14, -8, -6,-20, -9,-12,-12, -4, -6,-10,-21,-11,-12, -5, -5, -7,-26, -7,-10;
/M: SY='A'; M= 11,-21,-13,-27,-20,  1,-20,-19, 10,-19,  8,  4,-19,-21,-18,-21, -8, -5, 11,-17, -2,-20;
/M: SY='M'; M= -9,-23,-22,-28,-21, 14,-27, -8, 13,-17, 13, 15,-19,-24,-15,-13,-17, -7,  8, -9, 15,-20;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-27,  8, 34,-29,-17,  3,-24, 11,-19,-11,  1, -6, 21,  3, -1, -9,-25,-26,-15, 27;
/M: SY='A'; M= 44,-10,-12,-18,-10,-21,  6,-20,-13,-11,-13,-11, -8,-11,-10,-20, 10, -1, -3,-21,-21,-10;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-32,-23, 12,-31,-20, 24,-28, 39, 22,-27,-28,-20,-21,-26,-10, 14,-18,  2,-22;
/M: SY='Q'; M= -6,  9,-26, 11, 13,-30,-14,  1,-26, 14,-24,-13,  7,-11, 16, 12,  1, -7,-23,-27,-14, 14;
/M: SY='A'; M= 11, -7,-18, -9,  6,-17,-15,  0,-14, -4, -6, -6, -8,-13,  0, -9, -3, -7,-11,-21, -8,  2;
/M: SY='A'; M= 30,-15,-14,-23,-15,-13, -6,-17, -1,-13, -2,  2,-14,-15,-11,-19,  1, -3,  5,-19,-12,-14;
/M: SY='R'; M=-10, -2,-29, -2, 10,-25,-15,  0,-29, 26,-23,-11,  2,-13, 10, 33, -6,-10,-22,-22,-12,  8;
/M: SY='E'; M=  3,  5,-24,  1, 13,-27,-10, -3,-22, 10,-21,-12,  7,-11, 13,  7,  2, -6,-21,-25,-16, 13;
/M: SY='G'; M= -5, -6,-28, -5,-11,-24, 34,-12,-31, -9,-24,-15,  1,-19, -8, -7, -1,-14,-25,-20,-17,-10;
/M: SY='D'; M= -9, 26,-25, 30, 19,-29,-10,  0,-29,  6,-26,-22, 19,-11,  5,  1,  5, -5,-26,-35,-19, 12;
/M: SY='F'; M=-17,-28,-23,-34,-27, 51,-29,-14,  5,-25,  9,  3,-21,-28,-29,-19,-19, -9,  2, 11, 30,-26;
/M: SY='E'; M= -4, 14,-25, 19, 29,-29,-14,  0,-27,  4,-21,-18,  6, -7, 12, -3,  4, -4,-23,-30,-17, 20;
/M: SY='E'; M= -1,  2,-25,  4, 24,-25,-17, -3,-23, 10,-16,-12, -2, -8,  9,  4, -1, -6,-19,-26,-14, 16;
/M: SY='A'; M= 35,-12,-11,-19,-12,-12, -5,-19, -7,-12,-10, -9, -9,-13,-12,-19, 11,  2,  3,-22,-16,-12;
/M: SY='E'; M=-12, 14,-28, 19, 26,-27,-17, -1,-28, 13,-23,-17,  8, -9, 12,  7, -1, -6,-25,-27,-12, 18;
/M: SY='E'; M=  1, -2,-24, -3, 17,-23,-15, -7,-14,  1,-11, -6, -3,-10, 11, -3, -1, -5,-15,-25,-15, 14;
/M: SY='L'; M=-10,-15,-16,-16, -7, -8,-24, -7, -6,  1,  6,  6,-13,-21, -6, -1,-16, -9, -6,-23, -4, -6;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-33,-24,  5,-32,-22, 31,-27, 33, 23,-26,-26,-19,-22,-24, -9, 21,-21, -1,-23;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-25,  3, 14,-26,-17, -6,-19, 10,-18,-10,  0,-11, 13,  5,  0, -3,-16,-26,-14, 13;
/M: SY='E'; M= -4,  1,-26,  4, 28,-28,-18, -2,-22, 10,-17, -9, -2, -7, 22,  4,  0, -6,-22,-25,-15, 25;
/M: SY='A'; M= 39, -8,-11,-16, -9,-21,  5,-18,-14,-11,-15,-13, -6,-11, -9,-18, 15,  2, -4,-24,-21, -9;
/M: SY='N'; M= -8, 14,-25, 14, 14,-23,-10, -2,-25,  6,-23,-16, 15,-12,  7,  4,  3, -5,-23,-30,-16, 10;
/M: SY='E'; M=-10, 14,-26, 20, 24,-28,-14, -3,-25,  6,-21,-15,  6, -9, 11,  0,  1, -3,-22,-30,-17, 17;
/M: SY='E'; M=  7, -1,-20, -1,  9,-16,-11,-11,-16, -5,-12,-12, -4,-11, -1,-10,  5,  0,-12,-24,-12,  4;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-23,-33,-23,  8,-32,-22, 27,-29, 37, 20,-26,-26,-20,-23,-25,-10, 15,-19,  0,-23;
/M: SY='A'; M=  1, -7,-20,-12, -8,-15,-11,-13, -8,  0, -8, -5, -3,-18, -5, -1, -2, -1, -4,-23,-10, -7;
/M: SY='E'; M= -9,  4,-27,  6, 26,-24,-19, -5,-21, 13,-17,-12,  3, -8, 11,  7, -2, -5,-20,-27,-14, 18;
/M: SY='A'; M= 40,-11,-12,-19,-12,-20,  7,-20,-12,-12,-12,-11, -9,-12,-12,-20,  9, -2, -1,-21,-21,-12;
/M: SY='H'; M=-19,  0,-30,  0,  2,-22,-20, 91,-29, -8,-20,  0,  9,-19, 15,  1, -9,-19,-30,-29, 17,  4;
/M: SY='R'; M=-13, 10,-26, 10,  7,-23,-15, 10,-25, 12,-20,-12, 12,-15,  5, 15, -3, -6,-22,-29, -9,  4;
/M: SY='I'; M=  0,-17,-19,-22,-15, -4,-24,-17, 13,-16,  8,  8,-15,-20,-11,-16, -9, -1, 13,-22, -5,-14;
/M: SY='Q'; M=-13,  0,-30,  0, 15,-35,-20, 34,-23,  5,-20,  0,  3,-13, 46,  7, -3,-13,-30,-23, -2, 29;
/M: SY='T'; M=  0, -3,-13,-12,-11, -8,-18,-11, -9, -9, -9, -5, -1,-13, -9, -7, 12, 31, -1,-27, -8,-10;
/M: SY='E'; M= -9,  6,-27,  8, 18,-30, -9, -2,-26, 11,-23,-12,  5,-10, 18,  7,  1, -6,-25,-26,-16, 17;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-20,-29,-20, 10,-28,-17, 16,-22, 33, 22,-24,-27,-16,-13,-23, -7, 10,-19,  1,-18;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-35,-26,  3,-36,-26, 37,-29, 30, 19,-23,-23,-20,-26,-23, -8, 22,-20,  0,-26;
/M: SY='Q'; M= -6, -6,-27, -7,  6,-29,-10, -4,-14,  0,-16, -4, -3,-13, 25,  1,  0, -6,-17,-22,-13, 15;
/M: SY='Q'; M= -7, -5,-27, -6,  8,-19,-15, -1,-19, 11,-14, -4, -5,-14, 14,  7, -7,-10,-18,-18, -5, 11;
/M: SY='E'; M=-11, 15,-28, 23, 39,-27,-17,  0,-27,  4,-18,-18,  5, -6, 13, -3,  0, -8,-26,-30,-16, 26;
/M: SY='A'; M= 33, -9,-13,-15, -4,-19, -6,-17, -9, -9,-10, -9, -8,-11, -6,-16,  9,  2, -1,-23,-18, -5;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N'; M= -1,  7,-22,  3, -2,-25, 13, -7,-27, -1,-27,-17, 14,-15, -1, -3, 10, -2,-22,-29,-20, -1;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='G'; M=  2, -7,-22, -6, -3,-28, 35,-15,-32,-12,-25,-18, -3,-10, -9,-15,  0,-15,-25,-22,-26, -7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -1,  3,-24,  2,  9,-26,  9, -7,-25, -3,-23,-16,  7,-12,  4, -7,  7, -4,-22,-28,-20,  7;
/M: SY='R'; M= -9, -1,-27,  0,  9,-27,-17,  1,-26, 21,-23,-10,  1,-10, 13, 22, -2, -7,-21,-25,-11, 10;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='V'; M= -4,-19,-17,-24,-19,  1,-25,-18, 16,-15,  9, 12,-16,-21,-15,-15, -9,  1, 18,-22, -4,-18; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -8,  4,-27,  7, 17,-26,-13, -7,-23,  8,-22,-15,  2,  3,  6,  2,  0, -5,-20,-28,-18, 10; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='I'; M= -9,-24,-22,-27,-21,  6,-28,-12, 17,-20, 10, 13,-21,-15,-17,-18,-16, -8, 15,-18,  2,-20; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='S'; M= -1, 10,-18, 10,  6,-24, -5, -7,-23, -6,-26,-19, 12, -6,  2, -8, 21, 12,-17,-36,-19,  3;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-19,-30,-22, 15,-29,-22, 18,-27, 30, 13,-24,-26,-22,-20,-20, -3, 12,-17,  2,-22;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-32,-23,  8,-33,-22, 27,-29, 39, 19,-27,-27,-20,-22,-27,-10, 16,-19,  2,-23;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-19,-32,-23, 26,-28,-17, 14,-25, 28, 19,-25,-28,-23,-18,-22, -7, 11,-13,  7,-22;
/M: SY='V'; M= -5,-24,-12,-30,-26, -2,-29,-23, 27,-21, 12, 17,-21,-25,-21,-20,-12, -2, 30,-27, -7,-25;
/M: SY='H'; M=-19,  2,-29,  1,  0,-20,-19, 95,-29, -9,-21, -1, 13,-20,  9,  0, -9,-19,-30,-31, 18,  0;
/M: SY='A'; M= 43,-10,-12,-20,-11,-19,  0,-20, -9,-11,-10, -9, -9,-11,-10,-20, 10,  0,  0,-21,-19,-11;
/M: SY='Q'; M=-10,  3,-30,  5, 31,-37,-20,  7,-23, 10,-20, -5,  0, -7, 49,  7,  0,-10,-30,-23,-13, 40;
/M: SY='D'; M=-17, 44,-29, 61, 17,-38, -5, -2,-39, -2,-30,-29, 18,-11, -1,-11,  2, -9,-29,-39,-21,  8;
/M: SY='H'; M=-11, -2,-25, -4,  0,-20,-19, 55,-22, -8,-15, -1,  4,-17, 13, -2, -4, -7,-22,-27,  8,  3;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-21, 15,-30,-20, 20,-29, 44, 20,-28,-29,-21,-20,-28,-10, 10,-17,  3,-21;
/M: SY='M'; M= -6,-19,-19,-28,-19, -2,-20, -5, 18,-12, 15, 48,-18,-20, -3,-12,-15, -7, 12,-22, -3,-12;
/M: SY='T'; M=  1,  7,-12, -3, -7,-14,-12,-12,-13, -8,-17,-13, 13,-13, -7, -8, 20, 30, -6,-34,-14, -7;
/M: SY='T'; M= 19, -7,-10,-14,-11,-14,-11,-20, -7,-11,-11, -9, -6,-12,-11,-15, 16, 22,  5,-28,-15,-11;
/M: SY='M'; M=-11,-16,-25,-20,-12, -2,-22,-10, 13,-13, 13, 24,-16,-19, -7,-14,-17,-10,  5,-19,  0,-11;
/M: SY='T'; M=  0,-14,-16,-18,-15, -6,-15,-20,  3,-19,  6,  0,-11,-19,-14,-16,  2, 12,  5,-27,-10,-15;
/M: SY='E'; M=  1,-12,-10,-13,  5,-10,-21,-14, -5,-12,  2, -2,-14,-16, -6,-15, -8, -8, -4,-24,-10, -1;
/M: SY='R'; M=-11,-13,-25,-15, -7,-14,-23, -9, -4,  4, -2,  2, -7,-19,  2, 15,-10, -7, -4,-23, -8, -4;
/M: SY='D'; M=-10, 19,-25, 26, 25,-27,-14, -2,-25,  0,-19,-18, 11,-10,  8, -5,  3, -4,-24,-34,-17, 16;
/M: SY='L'; M= -9,-27,-20,-29,-19,  5,-29,-18, 22,-24, 35, 24,-26,-26,-16,-18,-24, -9, 15,-21, -2,-18;
/M: SY='V'; M= 12,-18,-17,-26,-19, -6,-17,-24, 12,-19,  1,  1,-14,-17,-17,-21, -1,  2, 14,-22,-10,-19;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-25,  1, 15,-21,-17, -5,-22, 15,-20,-13,  2,-10,  7, 14,  2,  0,-18,-25,-11, 10;
/M: SY='E'; M=-10, 11,-28, 16, 40,-26,-17,  8,-27,  6,-21,-17,  7, -6, 15,  1,  2, -8,-28,-29,-13, 27;
/M: SY='M'; M=-10,-26,-21,-33,-23, 12,-28,-15, 24,-22, 27, 32,-24,-25,-16,-18,-22, -9, 15,-17,  3,-20;
/M: SY='I'; M= -8,-29,-26,-35,-27,  0,-31,-27, 36,-28, 23, 17,-22,-23,-21,-26,-20,-10, 24,-21, -3,-27;
/M: SY='E'; M=  1,  7,-25,  8, 18,-26, -5,  2,-26,  3,-21,-16,  6,-10,  5,  0,  1, -8,-22,-28,-17, 10;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-21,-32,-23,  3,-29,-21, 27,-25, 30, 22,-25,-25,-18,-21,-21, -8, 19,-21, -2,-22;
/M: SY='Y'; M=-18,-19,-27,-22,-18, 26,-27, 12, -5,-13, -2, -1,-15,-27,-13, -7,-16, -9,-10, 13, 44,-18;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 13,-29,-21, -3,-25, 30,-23, -7, -1,-11, 21, 28, -7,-10,-21,-21,-10, 16;
/M: SY='R'; M=-14,  3,-30,  4, 11,-24,-18, -5,-25, 20,-22,-13,  3,-13,  9, 22, -7, -9,-21,-15,-10,  8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 19 in 19 different sequences
Number of true positive hits 19 in 19 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] V_Lesaux
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PTS EIIA type-3
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
19 sequences

PTEA_BACSU  (O05506    ), PTEA_GEOSE  (Q45402    ), PTJA_BACSU  (P46319    ), 
PTLA_LACCA  (P11502    ), PTLA_LACLL  (P23532    ), PTLA_STAAC  (Q5HE14    ), 
PTLA_STAAM  (P0A0D3    ), PTLA_STAAN  (P0A0D4    ), PTLA_STAAR  (Q6GEN8    ), 
PTLA_STAAS  (Q6G7C3    ), PTLA_STAAU  (P0A0D6    ), PTLA_STAAW  (P0A0D5    ), 
PTLA_STAEQ  (Q5HM39    ), PTLA_STAES  (Q8CNF6    ), PTLA_STRMU  (P26426    ), 
PTQA_ECO57  (P69793    ), PTQA_ECOL6  (P69792    ), PTQA_ECOLI  (P69791    ), 
PTQA_SHIFL  (P69794    )
» more

PDB
[Detailed view]
7 PDB

1E2A; 1WCR; 2E2A; 2LRK; 2LRL; 2WWV; 2WY2

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission