Entry: PS51109

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] G5
Accession [info] PS51109
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51109
Associated ProRule [info] PRU00437

Name and characterization of the entry

Description [info] G5 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=81;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=76;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2004445; R2=0.0219951; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3010.23110; R2=31.26350; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=287; N_SCORE=8.5; H_SCORE=10545; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=205; N_SCORE=6.7000; H_SCORE=9107; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -4,-17,-21,-18,-16, -5,-26,-18, 13,-13,  3,  3,-17,-16,-16,-16,-11, -5, 15,-21, -2,-18;
/M: SY='T'; M= -4, -3,-20, -5, -6,-18, -8,-12,-11, -6,-12, -8, -2,-14, -6, -7,  1,  5, -5,-28,-14, -7;
/M: SY='R'; M= -8, -7,-27, -5,  6,-22,-15, -7,-21, 13,-19,-10, -5, -6,  4, 21, -5, -8,-15,-23,-13,  2;
/M: SY='V'; M= -4,-16,-19,-18,-14, -9,-23,-21,  7,-12, -1,  0,-15,-18,-14,-11, -6,  3, 15,-22,-10,-15;
/M: SY='T'; M= -6,  3,-22,  1,  0,-14,-18, -9,-11, -2,-10, -9,  2,-15, -4, -2, -1,  4, -9,-25, -7, -3;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-27,  1,  5,-23, -8, -8,-21,  0,-22,-14, -2,  5, -1, -5,  1, -3,-18,-27,-16,  1;
/M: SY='K'; M= -8, -5,-24, -5,  1,-20,-18,-11,-14,  9,-15, -7, -4,-13,  1,  9, -1,  0, -8,-26,-12,  0;
/I:         I=-24; MD=-25;
/M: SY='Q'; M= -5, -8,-21, -9,  4,-15,-21,-11, -4, -7, -2, -2, -8,-12,  5, -8, -2,  2, -5,-25,-11,  4; D=-24;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -8, -2,-24,  1, 16,-18,-22,-11, -8, -1, -9, -8, -6,-11,  2, -4, -3, -2, -6,-27,-13,  8; D=-24;
/I:         I=-24; DM=-25;
/M: SY='T'; M= -3, -7,-17,-12, -7,-11,-23,-19, -2, -3, -7, -4, -8,-15,-10, -7,  2, 15,  6,-26, -9, -9;
/M: SY='E'; M= -8, -9,-24, -7, 10,-15,-23, -9, -6, -1, -8, -5, -9,-15,  3,  0, -3, -4, -3,-24, -8,  5;
/M: SY='E'; M= -7,  0,-22, -2,  7,-16,-20, -9,-12,  3,-14, -9,  0,-13,  1,  0,  2,  5, -8,-25, -8,  3;
/M: SY='E'; M= -8,  5,-26, 10, 31,-25,-19, -3,-21,  7,-17,-12, -1, -7, 12,  1,  0, -3,-19,-29,-15, 21;
/M: SY='E'; M= -8,  4,-26,  8, 12,-23,-17, -9,-21,  3,-22,-16,  0,  7,  1, -4,  0, -3,-18,-30,-17,  6;
/I:         I=-28; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='I'; M= -9,-26,-24,-31,-25,  4,-34,-25, 33,-26, 22, 15,-22,-24,-21,-24,-19, -7, 23,-20,  1,-26;
/M: SY='P'; M= -2,  3,-31, 10,  6,-30,-13,-12,-24, -3,-26,-20, -2, 35, -5,-13, -3, -8,-25,-31,-24, -1;
/M: SY='F'; M=-14,-23,-23,-28,-19, 45,-26,-15, -5,-22, -1, -5,-17, -9,-27,-18,-14, -7, -7,  1, 20,-21;
/M: SY='E'; M= -4,  9,-24,  9, 10,-25,-13, -4,-21,  0,-23,-15,  8,  0,  5, -5,  6,  2,-20,-31,-17,  6;
/M: SY='T'; M=  0, -6,-16, -9,  1,-13,-21,-17, -6, -4, -7, -7, -8,-13, -7, -7,  5, 17,  3,-28,-12, -3;
/M: SY='K'; M= -7, -8,-23, -8,  4,-19,-23,-13, -7,  8,-12, -5, -9,-12,  0,  4, -5, -3,  1,-26,-12,  2;
/M: SY='R'; M= -8,-11,-22,-12, -4, -4,-24, -9, -6,  0, -7, -5,-10,-18, -6,  4, -5,  2, -1,-16,  4, -7;
/M: SY='V'; M= -7,-16,-24,-19,-10,-13,-27,-15,  7,  1, -2,  4,-13,-19, -5,  0,-11, -6, 10,-23, -7,-10;
/M: SY='E'; M=-11,  4,-30, 10, 31,-22,-20, -3,-24,  7,-20,-15, -1,  1, 12,  1, -3, -9,-25,-25,-12, 21;
/M: SY='D'; M=-16, 41,-26, 52, 13,-33,-10, -2,-32, -2,-27,-25, 21,-12, -2, -9,  3, -2,-24,-39,-19,  5;
/M: SY='P'; M= -1, -1,-28,  5,  3,-27,-12,-13,-20, -8,-25,-19, -4, 30, -6,-15,  2, -5,-21,-30,-22, -3;
/M: SY='N'; M= -1, 13,-19,  9,  5,-22, -6, -6,-21,  0,-23,-17, 16,-12, -1, -4, 14, 10,-17,-33,-17,  2;
/M: SY='L'; M= -8,-25,-21,-27,-17,  4,-27,-16, 16,-21, 37, 23,-25,-26,-13,-15,-25,-10,  7,-20, -1,-15;
/M: SY='P'; M= -2, -9,-26, -9, -2,-12,-13, -9,-13, -9,-11,-10, -8,  5, -8,-12, -7, -8,-15,-17, -8, -6;
/M: SY='K'; M= -8, -3,-27, -1, 10,-24,-19, -7,-17, 11,-17, -7, -4, -1,  7,  7, -6, -8,-14,-26,-15,  8;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-28, -2,-14,-28, 48,-16,-36,-14,-29,-20,  4,-18,-15,-16,  3,-14,-27,-20,-25,-14;
/M: SY='E'; M= -8, -1,-25,  0, 17,-23,-21, -3,-20, 10,-17, -9, -2,-10, 17, 10,  0,  2,-18,-22, -8, 16;
/I:         I=-28; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-23, -1, 16,-21,-19, -8,-18,  8,-16,-11, -2,-11,  7,  8,  2,  4,-12,-27,-14, 11;
/M: SY='R'; M=-10, -5,-24, -6,  2,-20,-21, -9,-13, 15,-15, -6, -3,-16,  4, 17, -5, -4, -5,-25,-11,  2;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-14,-28,-25,  0,-30,-28, 27,-20, 13, 10,-27,-27,-25,-20,-11,  0, 39,-28, -8,-26;
/M: SY='V'; M= -4,-15,-21,-15, -1,-11,-27,-18, 10,-10,  3,  2,-16,-17, -8,-12, -8, -4, 13,-26,-10, -6;
/M: SY='Q'; M= -8,  1,-24,  0,  8,-26,-19, -3,-17,  4,-17, -7,  1,-12, 22,  8,  4,  4,-16,-26,-12, 14;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-30,  7, 31,-31,-19, -4,-26, 14,-23,-15, -3,  7, 18,  5, -3, -9,-26,-26,-18, 23;
/M: SY='G'; M= -1,-11,-31,-10,-18,-30, 61,-20,-38,-19,-30,-20, -2, -9,-19,-20, -1,-19,-30,-21,-30,-19;
/M: SY='Q'; M= -6, -7,-23, -6,  7,-19,-21, -7,-12,  7,-14, -6, -7,-15, 10,  5, -1, -2, -7,-22, -7,  8;
/M: SY='K'; M= -6,  2,-27,  1,  2,-21,-15,-10,-19,  5,-21,-12,  2,  4,  0, -2, -3, -4,-18,-21,-14,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='E'; M= -7, -8,-24, -7,  9,-10,-24, -8, -7, -2, -3, -3,-11,-14,  0, -5, -7, -4, -5,-21, -4,  4;
/M: SY='K'; M=-12, -3,-29, -3,  9,-25,-21, -4,-24, 30,-20, -8, -1,-13, 11, 28,-10,-10,-18,-22,-10,  9;
/M: SY='E'; M= -6, -5,-20, -4,  4,-18,-21,-12, -9,  2,-11, -7, -7,-15,  1,  2,  1,  4, -1,-28,-13,  2;
/M: SY='V'; M= -7, -8,-21,-12, -9,-13,-24,-12,  4, -6, -6, -1, -6,-17, -8, -7, -3,  3,  7,-27, -8,-10;
/M: SY='T'; M= -5,-10,-17,-15,-11, -3,-21,-14, -3, -8, -6, -4, -9,-17,-11, -9,  2, 17,  4,-21,  0,-12;
/M: SY='Y'; M=-11,-16,-24,-20,-15, 10,-26, -6, -1, -8, -4, -2,-13,-18,-11, -5, -9,  2, -3, -2, 22,-15;
/M: SY='R'; M= -6, -3,-23, -3,  6,-21,-18, -9,-18, 10,-15, -9, -2,-10,  5, 11,  1,  2,-13,-26,-13,  5;
/M: SY='V'; M= -5,-22,-17,-24,-22,  0,-29,-23, 23,-20, 12,  8,-21,-26,-22,-19,-12, -1, 29,-25, -3,-23;
/M: SY='T'; M= -5,-10,-18,-13,-11, -6,-22,-10, -2, -7, -5, -2, -8,-18,-10, -5,  0,  9,  4,-22, -1,-11;
/M: SY='Y'; M=-10,-11,-23,-14,-12,  3,-16, -5, -9, -6, -8, -6, -7,-17,-10, -3, -4,  4, -8, -9, 15,-12;
/I:         I=-22; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -3, -6,-18, -5,  8,-14,-19, -8, -3, -4, -6, -4, -8,-13,  0, -7, -1, -1,  2,-26,-11,  4; D=-22;
/I:         I=-22; DM=-23;
/M: SY='N'; M=-11, 28,-21, 20,  2,-18, -6,  1,-21, -3,-23,-18, 35,-17, -3, -3,  6,  3,-23,-35,-16, -1;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -7,-15,-29, 55,-18,-37,-14,-28,-19,  0,-19,-16,-14, -1,-18,-27,-21,-27,-16;
/M: SY='K'; M= -5, -4,-23, -4,  6,-22,-20,-12,-14, 16,-18, -8, -3,-10,  2,  6, -4, -3, -6,-26,-13,  4;
/M: SY='E'; M= -7, -3,-26,  1, 25,-18,-22, -9,-15,  6,-10, -9, -7,-10,  5,  1, -6, -7,-13,-25,-13, 15;
/M: SY='V'; M=  1,-17,-15,-21,-16, -8,-25,-23, 12,-13,  0,  2,-16,-20,-16,-14,  0, 10, 22,-28,-10,-16;
/M: SY='E'; M= -1,  3,-21,  4,  9,-22, -7, -4,-21,  1,-18,-14,  4,-12,  1, -2,  8,  0,-17,-30,-15,  5;
/M: SY='R'; M=-10,  1,-25,  0,  6,-21,-17, -6,-24, 17,-20,-12,  5,-11,  4, 24,  1,  2,-17,-26,-13,  4;
/M: SY='E'; M= -7,  3,-24,  4, 16,-22,-10, -9,-20,  4,-15,-13,  1,-11,  2,  0, -1, -2,-16,-28,-16,  9;
/I:         I=-17; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='V'; M= -3,-13,-15,-13, -7, -8,-18,-15,  5, -7, -1,  0,-12, -5,-10, -8, -5, -2,  9,-20, -9, -9; D=-17;
/I:         I=-17; DM=-17;
/M: SY='I'; M= -4,-22,-19,-26,-18,  1,-27,-22, 18,-18, 13,  8,-19,-18,-18,-18,-12, -2, 16,-21, -4,-19; D=-17;
/I:         I=-17; DM=-17;
/M: SY='S'; M= -1, -2,-19, -4,  2,-18,-14,-11,-10, -1,-13, -8,  0,-13,  1, -2,  6,  5, -6,-27,-13,  1; D=-17;
/I:         I=-17; DM=-17;
/M: SY='E'; M= -4,  7,-21,  9, 21,-22,-10, -5,-23, -1,-22,-18,  6, -9,  5, -4, 13,  6,-18,-31,-15, 13;
/M: SY='R'; M= -9, -3,-23, -4,  7,-18,-19, -2,-17,  6,-16, -9, -1,-14,  3, 10,  0,  2,-11,-23,-10,  4;
/M: SY='V'; M= -4,-16,-17,-15,-19, -7,-27,-24, 19,-17,  3,  4,-18,-23,-21,-19, -7,  1, 29,-30,-10,-21;
/M: SY='V'; M= -3,-17,-18,-22,-16, -3,-26,-22, 11,-13,  9,  4,-16,-20,-15,-13, -7,  8, 13,-24, -6,-16;
/M: SY='K'; M= -7, -2,-24, -4,  5,-17,-19, -5,-18, 15,-18, -9, -1,-13,  6,  8, -1,  2,-13,-18,  0,  5;
/M: SY='E'; M= -1, -2,-27,  1, 18,-26,-17, -9,-19,  6,-19,-12, -5,  6,  7, -1, -3, -8,-17,-26,-18, 12;
/M: SY='P'; M=  6,-15,-29,-12, -5,-26, -8,-19,-17, -8,-23,-15,-14, 39, -8,-16, -2, -7,-17,-27,-25, -9;
/M: SY='V'; M= -5,-16,-20,-19,-12,-11,-26,-19,  9, -5, -3,  2,-14,-19, -8, -5, -5,  2, 15,-26, -9,-11;
/M: SY='D'; M= -8, 14,-28, 19,  9,-30,-13, -8,-26,  0,-27,-20,  7, 16,  0, -8,  2, -3,-24,-33,-21,  3;
/M: SY='E'; M= -7, -1,-28,  0, 15,-28,-10, -5,-27, 15,-23,-12, -1, -6, 15, 13, -1, -6,-23,-24,-16, 14;
/M: SY='I'; M= -6,-23,-21,-29,-22, -4,-31,-26, 28,-19,  9, 10,-18,-21,-18,-18,-10,  0, 26,-25, -6,-23;
/M: SY='V'; M= -5,-28,-19,-33,-28,  1,-33,-28, 34,-22, 13, 14,-24,-25,-24,-21,-13, -3, 37,-25, -5,-28;
/M: SY='K'; M= -2, -6,-24, -6,  6,-20,-18, -2,-19, 15,-16, -8, -4,-14,  5, 14, -4, -7,-13,-22, -8,  5;
/M: SY='V'; M= -7,-17,-21,-20,-16, -7,-26,-16,  9,  0, -3,  4,-15,-23,-12, -1,-11, -5, 17,-22, -2,-15;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-29,-10,-19,-30, 67,-20,-39,-20,-30,-20,  0,-20,-19,-20,  2,-18,-29,-21,-30,-19;
/M: SY='T'; M=  3, -4,-14,-11,-10,-13,-16,-19, -9, -7,-12, -9, -2, -9,-10, -9, 13, 30,  0,-29,-12,-10;
/M: SY='K'; M= -4, -6,-26, -6,  4,-23,-13,-11,-21, 22,-17, -6, -5,-10,  4, 13, -8, -9,-15,-22,-12,  3;
/M: SY='K'; M= -5, -4,-25, -3,  6,-24,-12,-12,-19,  7,-20,-12, -4,  2,  1,  0,  0,  0,-14,-27,-17,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 59 in 20 different sequences
Number of true positive hits 59 in 20 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 9
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] G5
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
20 sequences

IGA1A_STRPN (Q97QP7), IGA1B_STREE (Q54875), IGA1_STRR6  (Q59947), 
IGA1_STRSA  (Q59986), PLS_STAAC   (Q5HJU7), PLS_STAAM   (Q931E9), 
PLS_STAAN   (P61598), PLS_STAAU   (P80544), PLS_STAAW   (Q8NUV0), 
PLS_STAES   (Q8CQD9), RPF2_CORGL  (Q6M6N7), RPFB_MYCS2  (A0R3E0), 
RPFB_MYCTE  (H8EZH5), RPFB_MYCTO  (P9WG28), RPFB_MYCTU  (P9WG29), 
SASG_STAA8  (Q2G2B2), STRH_STRPN  (P49610), YABE_BACSU  (P37546), 
ZMPB_STRR6  (Q8DQN5), ZMPC_STRPN  (Q97T80)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

2LTJ; 3EO5; 3TIP; 3TIQ

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission