PROSITE entry PS51120
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | LDLRB |
| Accession [info] | PS51120 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAY-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51120 |
| Associated ProRule [info] | PRU00461 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=43; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7791114; R2=0.0232049; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=381; N_SCORE=10.6; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=109; N_SCORE=4.3; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='D'; M= -9, 7,-28, 9, 3,-29, 8, -5,-31, 5,-27,-17, 9,-13, 4, 6, 0,-10,-26,-26,-18, 3; /M: SY='R'; M=-13, -7,-24,-10, -3, -9,-21, -2,-13, 8, -9, -3, -2,-19, 1, 16, -8, -5,-12,-16, 2, -3; /M: SY='I'; M= -8,-29,-22,-33,-25, 5,-32,-24, 31,-27, 29, 20,-25,-24,-20,-23,-22, -8, 22,-21, -2,-24; /M: SY='Y'; M=-19,-23,-21,-26,-23, 38,-30, 5, -1,-17, 2, -1,-21,-30,-19,-14,-20,-11, -7, 23, 58,-23; /M: SY='W'; M=-19,-36,-42,-38,-28, 21,-23,-24,-13,-20,-12,-13,-34,-30,-21,-18,-34,-24,-22,110, 32,-21; /M: SY='T'; M= 8,-11,-10,-17,-14,-11,-16,-21, 1,-15, -5, -4, -8,-16,-13,-16, 9, 17, 8,-29,-13,-14; /M: SY='D'; M=-17, 38,-27, 52, 17,-34,-11, 1,-34, -1,-27,-25, 17,-11, 1, -9, 1, -7,-26,-38,-18, 9; /M: SY='A'; M= 1,-12,-24,-16,-11,-10,-12,-13, -9,-10,-11, -7, -9,-16, -6,-10, -3, -4, -8, 1, -3, -9; /M: SY='N'; M= -5, -3,-24, -4, -4,-17, -1, -7,-19, -1,-17,-10, 1,-16, -4, -1, 0, -4,-15,-22,-11, -5; /I: I=-17; MD=-17; /M: SY='T'; M= -6, -4,-21, -6, -1,-11,-17, -7,-11, -3, -5, -4, -3,-17, 0, 0, -2, 2,-10,-23, -7, -1; D=-17; /I: I=-17; MD=-17; /M: SY='D'; M= -9, 8,-26, 10, 7,-25, -7, 2,-25, 4,-20,-12, 7,-10, 5, 4, 0, -8,-22,-28,-13, 5; D=-17; /I: I=-17; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='R'; M= -5, -8,-18,-11, -7,-14,-14,-10,-12, 3,-11, -4, -5,-18, -4, 7, -2, 0, -6,-22, -8, -7; /M: SY='I'; M= -8,-28,-27,-36,-27, 1,-34,-26, 39,-28, 20, 18,-21,-22,-20,-27,-19, -9, 25,-19, 0,-27; /M: SY='E'; M= -8, -1,-23, 1, 13,-14,-14, -3,-20, -1,-15,-12, -1,-13, 3, -1, 0, -5,-18,-20, -7, 7; /M: SY='R'; M= -6,-12,-14,-14, -9,-12,-19, -9,-10, 2,-12, -5, -7,-20, -5, 14, -2, -2, -2,-24, -8, -9; /M: SY='A'; M= 13,-11, -4,-18,-14,-13,-13,-17, -2,-14, -7, -3, -8,-17,-12,-17, 3, 1, 4,-28,-15,-13; /M: SY='N'; M= -9, 9,-23, 8, 2,-18,-11, 0,-23, 4,-20,-13, 10,-16, 0, 4, 0, -4,-20,-24, -9, 0; /M: SY='L'; M=-10,-21,-24,-23,-15, 3,-26,-12, 8,-12, 13, 12,-19,-18,-11,-11,-18, -8, 2,-11, 6,-14; /M: SY='D'; M=-13, 30,-26, 36, 10,-28, -8, 2,-30, -1,-25,-21, 19,-12, 0, -6, 2, -5,-25,-33,-16, 5; /M: SY='G'; M= -1, -5,-27, -5,-13,-28, 49,-17,-35,-15,-28,-19, 2,-17,-15,-16, 3,-13,-26,-23,-27,-14; /I: I=-18; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; /M: SY='S'; M= -1, -1,-17, -3, 0,-16, -9, -6,-14, -4,-13, -9, 1,-12, 0, -3, 8, 8, -9,-26,-12, 0; D=-18; /I: I=-18; DM=-18; /M: SY='N'; M= -8, 8,-24, 7, 3,-20, -4, 5,-23, -2,-21,-14, 11,-13, 1, -2, 3, -3,-21,-27,-11, 1; /M: SY='R'; M=-11, -6,-20, -8, -2,-16,-18, -3,-19, 6,-15, -9, 0,-15, 1, 22, -5, -6,-14,-22, -9, -3; /M: SY='R'; M= -7, -6,-24, -6, 4,-19,-19, -7,-14, 7,-13, -6, -4,-12, 4, 10, -3, -2, -9,-25,-11, 2; /M: SY='V'; M= -4,-13,-18,-17,-13, -9,-24,-18, 7,-11, -2, 2,-12,-16,-11,-11, -2, 9, 12,-26, -8,-13; /M: SY='L'; M= -7,-25,-20,-28,-22, 2,-29,-21, 23,-22, 24, 14,-22,-26,-19,-18,-18, -7, 20,-23, -4,-22; /M: SY='I'; M= -4,-25,-19,-29,-23, 4,-28,-21, 20,-22, 16, 10,-22,-24,-20,-19,-15, -6, 19,-18, -1,-23; /M: SY='N'; M= -3, 3,-20, 0, 1,-18,-12, -4,-17, 0,-17,-10, 5,-15, 3, 0, 5, 1,-14,-26,-10, 2; /M: SY='N'; M= -5, 4,-22, 3, 3,-21, -6, -3,-20, -2,-20,-13, 8,-12, 2, -3, 7, 1,-16,-29,-14, 2; /I: I=-21; MD=-22; /M: SY='N'; M= -6, 4,-21, 4, -1,-20, 1, -2,-21, -3,-18,-11, 6,-11, -1, -4, 3, -3,-18,-24,-12, -2; D=-21; /I: I=-21; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='L'; M= -7,-17,-21,-19,-14, -2,-23,-16, 10,-18, 14, 7,-14,-20,-14,-15,-13, -5, 8,-24, -6,-15; /M: M= -5, -3,-24, -2, -1,-18, -7, -4,-16, -5,-14, -8, -2,-11, -2, -5, -2, -5,-13,-24,-10, -3; /M: SY='H'; M= -9, -8,-25,-11, -6,-11,-15, 3,-12, -6,-10, -4, -3,-17, 0, -2, -6, -5,-13,-11, -1, -4; /M: SY='P'; M= -5,-18,-30,-13, -6,-21,-20,-20, -8,-12,-17,-11,-17, 47,-12,-18, -7, -5,-12,-29,-22,-12; /M: SY='H'; M=-10, -1,-23, -3, 1, -6,-17, 6,-16, -3,-13, -7, 2,-17, -2, 2, -4, -6,-14,-21, 0, -2; /M: SY='G'; M= 7, -3,-21, -4, -9,-25, 21,-14,-25,-13,-22,-16, 0, -9,-10,-16, 5, -7,-18,-26,-23,-10; /M: SY='L'; M=-10,-28,-23,-33,-24, 9,-32,-22, 28,-26, 29, 20,-24,-25,-19,-21,-23, -9, 18,-18, 2,-23; /M: SY='A'; M= 21, -9,-12,-15,-11,-16, -8,-19, -7,-10,-10, -8, -9,-14,-11,-15, 7, 6, 3,-24,-16,-11; /M: SY='V'; M= -6,-27,-18,-30,-25, 7,-30,-23, 24,-23, 17, 12,-24,-27,-23,-21,-16, -4, 26,-20, 1,-25; /M: SY='D'; M=-16, 21,-25, 30, 4,-16,-16, 5,-25, -6,-19,-17, 7,-16, -6,-10, -4, -8,-19,-26, -3, -1; /M: SY='W'; M=-11,-16,-34,-14, -6,-10,-17, -1,-14,-12,-14,-10,-14, -1, -7,-13,-15,-14,-19, 14, 4, -8; /M: M= -7,-10,-22,-11, -8, -7,-20,-11, -3,-10, -3, -2, -9,-14, -9,-11, -8, -5, -3,-20, -3, -9; /M: SY='S'; M= -3, -1,-22, -3, 0,-16, -5, -2,-19, -3,-17,-11, 2,-15, -1, -3, 4, -1,-16,-21, -8, -1; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 765 in 67 different sequences |
| Number of true positive hits | 765 in 67 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 5 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 99.35 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 37 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | N_Hulo |
| Feature key [info] | REPEAT |
| Feature description [info] | LDL-receptor class B |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
67 sequences
CUE_DROAN (B3M8G0), CUE_DROER (B3NBB6), CUE_DROGR (B4IXJ2), CUE_DROME (Q95RU0), CUE_DROMO (B4L8V5), CUE_DROPE (B4H1F5), CUE_DROPS (Q29FE9), CUE_DROSE (B4HVU2), CUE_DROSI (B4QMF4), CUE_DROVI (B4LCX4), CUE_DROWI (B4MLE8), CUE_DROYA (B4PD96), EGF_CANLF (Q9BEA0), EGF_FELCA (Q95ND4), EGF_HUMAN (P01133), EGF_MOUSE (P01132), EGF_PIG (Q00968), EGF_RAT (P07522), LDLR1_XENLA (Q99087), LDLR2_XENLA (Q99088), LDLR_BOVIN (P01131), LDLR_CRIGR (P35950), LDLR_HUMAN (P01130), LDLR_MOUSE (P35951), LDLR_PIG(Q28832), LDLR_RABIT (P20063), LDLR_RAT(P35952), LRP1B_HUMAN (Q9NZR2), LRP1B_MOUSE (Q9JI18), LRP1_CHICK (P98157), LRP1_HUMAN (Q07954), LRP1_MOUSE (Q91ZX7), LRP1_RAT(G3V928), LRP2_HUMAN (P98164), LRP2_MOUSE (A2ARV4), LRP2_PIG(C0HL13), LRP2_RAT(P98158), LRP4_HUMAN (O75096), LRP4_MOUSE (Q8VI56), LRP4_RAT(Q9QYP1), LRP5L_HUMAN (A4QPB2), LRP5_HUMAN (O75197), LRP5_MOUSE (Q91VN0), LRP6_HUMAN (O75581), LRP6_MOUSE (O88572), LRP8_CHICK (Q98931), LRP8_HUMAN (Q14114), LRP8_MOUSE (Q924X6), LRP_CAEEL (Q04833), NDG_DROME (A1Z877), NID1_HUMAN (P14543), NID1_MOUSE (P10493), NID2_HUMAN (Q14112), NID2_MOUSE (O88322), NID2_RAT(B5DFC9), SORL_CHICK (Q98930), SORL_HUMAN (Q92673), SORL_MOUSE (O88307), SORL_RABIT (Q95209), SORL_RAT(P0DSP1), VGR_SOLIN (Q6X0I2), VLDLR_CHICK (P98165), VLDLR_HUMAN (P98155), VLDLR_MOUSE (P98156), VLDLR_RABIT (P35953), VLDLR_RAT (P98166), YL_DROME(P98163)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
5 sequences
7LESS_DROME (P13368), 7LESS_DROVI (P20806), CUE_AEDAE (Q16YE7), CUE_ANOGA (Q7QIQ6), CUE_CULQU (B0WH58)» more |
| PDB [Detailed view] |
48 PDB
1IJQ; 1N7D; 1NPE; 3M0C; 3P5B; 3P5C; 3S2K; 3S8V; 3S8Z; 3S94; 3SOB; 3SOQ; 3SOV; 3V64; 3V65; 4A0P; 4DG6; 5B4X; 5FWW; 5GJE; 6H15; 6H16; 6L6R; 7NAM; 8CTG; 8DVL; 8DVM; 8DVN; 8EM4; 8EM7; 8FFE; 8JUT; 8JUU; 8JX8; 8JX9; 8JXA; 8JXB; 8JXC; 8JXD; 8JXE; 8JXF; 8JXG; 8JXH; 8JXI; 8JXJ; 8S7C; 8S9P; 8UFB » more |