Entry: PS51120

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] LDLRB
Accession [info] PS51120
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51120
Associated ProRule [info] PRU00461

Name and characterization of the entry

Description [info] LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7791114; R2=0.0232049; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=773.25926; R2=16.74074; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=381; N_SCORE=10.6; H_SCORE=6348; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=109; N_SCORE=4.3; H_SCORE=2380; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D'; M= -9,  7,-28,  9,  3,-29,  8, -5,-31,  5,-27,-17,  9,-13,  4,  6,  0,-10,-26,-26,-18,  3;
/M: SY='R'; M=-13, -7,-24,-10, -3, -9,-21, -2,-13,  8, -9, -3, -2,-19,  1, 16, -8, -5,-12,-16,  2, -3;
/M: SY='I'; M= -8,-29,-22,-33,-25,  5,-32,-24, 31,-27, 29, 20,-25,-24,-20,-23,-22, -8, 22,-21, -2,-24;
/M: SY='Y'; M=-19,-23,-21,-26,-23, 38,-30,  5, -1,-17,  2, -1,-21,-30,-19,-14,-20,-11, -7, 23, 58,-23;
/M: SY='W'; M=-19,-36,-42,-38,-28, 21,-23,-24,-13,-20,-12,-13,-34,-30,-21,-18,-34,-24,-22,110, 32,-21;
/M: SY='T'; M=  8,-11,-10,-17,-14,-11,-16,-21,  1,-15, -5, -4, -8,-16,-13,-16,  9, 17,  8,-29,-13,-14;
/M: SY='D'; M=-17, 38,-27, 52, 17,-34,-11,  1,-34, -1,-27,-25, 17,-11,  1, -9,  1, -7,-26,-38,-18,  9;
/M: SY='A'; M=  1,-12,-24,-16,-11,-10,-12,-13, -9,-10,-11, -7, -9,-16, -6,-10, -3, -4, -8,  1, -3, -9;
/M: SY='N'; M= -5, -3,-24, -4, -4,-17, -1, -7,-19, -1,-17,-10,  1,-16, -4, -1,  0, -4,-15,-22,-11, -5;
/I:         I=-17; MD=-17;
/M: SY='T'; M= -6, -4,-21, -6, -1,-11,-17, -7,-11, -3, -5, -4, -3,-17,  0,  0, -2,  2,-10,-23, -7, -1; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-17;
/M: SY='D'; M= -9,  8,-26, 10,  7,-25, -7,  2,-25,  4,-20,-12,  7,-10,  5,  4,  0, -8,-22,-28,-13,  5; D=-17;
/I:         I=-17; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='R'; M= -5, -8,-18,-11, -7,-14,-14,-10,-12,  3,-11, -4, -5,-18, -4,  7, -2,  0, -6,-22, -8, -7;
/M: SY='I'; M= -8,-28,-27,-36,-27,  1,-34,-26, 39,-28, 20, 18,-21,-22,-20,-27,-19, -9, 25,-19,  0,-27;
/M: SY='E'; M= -8, -1,-23,  1, 13,-14,-14, -3,-20, -1,-15,-12, -1,-13,  3, -1,  0, -5,-18,-20, -7,  7;
/M: SY='R'; M= -6,-12,-14,-14, -9,-12,-19, -9,-10,  2,-12, -5, -7,-20, -5, 14, -2, -2, -2,-24, -8, -9;
/M: SY='A'; M= 13,-11, -4,-18,-14,-13,-13,-17, -2,-14, -7, -3, -8,-17,-12,-17,  3,  1,  4,-28,-15,-13;
/M: SY='N'; M= -9,  9,-23,  8,  2,-18,-11,  0,-23,  4,-20,-13, 10,-16,  0,  4,  0, -4,-20,-24, -9,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-21,-24,-23,-15,  3,-26,-12,  8,-12, 13, 12,-19,-18,-11,-11,-18, -8,  2,-11,  6,-14;
/M: SY='D'; M=-13, 30,-26, 36, 10,-28, -8,  2,-30, -1,-25,-21, 19,-12,  0, -6,  2, -5,-25,-33,-16,  5;
/M: SY='G'; M= -1, -5,-27, -5,-13,-28, 49,-17,-35,-15,-28,-19,  2,-17,-15,-16,  3,-13,-26,-23,-27,-14;
/I:         I=-18; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='S'; M= -1, -1,-17, -3,  0,-16, -9, -6,-14, -4,-13, -9,  1,-12,  0, -3,  8,  8, -9,-26,-12,  0; D=-18;
/I:         I=-18; DM=-18;
/M: SY='N'; M= -8,  8,-24,  7,  3,-20, -4,  5,-23, -2,-21,-14, 11,-13,  1, -2,  3, -3,-21,-27,-11,  1;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-20, -8, -2,-16,-18, -3,-19,  6,-15, -9,  0,-15,  1, 22, -5, -6,-14,-22, -9, -3;
/M: SY='R'; M= -7, -6,-24, -6,  4,-19,-19, -7,-14,  7,-13, -6, -4,-12,  4, 10, -3, -2, -9,-25,-11,  2;
/M: SY='V'; M= -4,-13,-18,-17,-13, -9,-24,-18,  7,-11, -2,  2,-12,-16,-11,-11, -2,  9, 12,-26, -8,-13;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-20,-28,-22,  2,-29,-21, 23,-22, 24, 14,-22,-26,-19,-18,-18, -7, 20,-23, -4,-22;
/M: SY='I'; M= -4,-25,-19,-29,-23,  4,-28,-21, 20,-22, 16, 10,-22,-24,-20,-19,-15, -6, 19,-18, -1,-23;
/M: SY='N'; M= -3,  3,-20,  0,  1,-18,-12, -4,-17,  0,-17,-10,  5,-15,  3,  0,  5,  1,-14,-26,-10,  2;
/M: SY='N'; M= -5,  4,-22,  3,  3,-21, -6, -3,-20, -2,-20,-13,  8,-12,  2, -3,  7,  1,-16,-29,-14,  2;
/I:         I=-21; MD=-22;
/M: SY='N'; M= -6,  4,-21,  4, -1,-20,  1, -2,-21, -3,-18,-11,  6,-11, -1, -4,  3, -3,-18,-24,-12, -2; D=-21;
/I:         I=-21; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L'; M= -7,-17,-21,-19,-14, -2,-23,-16, 10,-18, 14,  7,-14,-20,-14,-15,-13, -5,  8,-24, -6,-15;
/M:         M= -5, -3,-24, -2, -1,-18, -7, -4,-16, -5,-14, -8, -2,-11, -2, -5, -2, -5,-13,-24,-10, -3;
/M: SY='H'; M= -9, -8,-25,-11, -6,-11,-15,  3,-12, -6,-10, -4, -3,-17,  0, -2, -6, -5,-13,-11, -1, -4;
/M: SY='P'; M= -5,-18,-30,-13, -6,-21,-20,-20, -8,-12,-17,-11,-17, 47,-12,-18, -7, -5,-12,-29,-22,-12;
/M: SY='H'; M=-10, -1,-23, -3,  1, -6,-17,  6,-16, -3,-13, -7,  2,-17, -2,  2, -4, -6,-14,-21,  0, -2;
/M: SY='G'; M=  7, -3,-21, -4, -9,-25, 21,-14,-25,-13,-22,-16,  0, -9,-10,-16,  5, -7,-18,-26,-23,-10;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-23,-33,-24,  9,-32,-22, 28,-26, 29, 20,-24,-25,-19,-21,-23, -9, 18,-18,  2,-23;
/M: SY='A'; M= 21, -9,-12,-15,-11,-16, -8,-19, -7,-10,-10, -8, -9,-14,-11,-15,  7,  6,  3,-24,-16,-11;
/M: SY='V'; M= -6,-27,-18,-30,-25,  7,-30,-23, 24,-23, 17, 12,-24,-27,-23,-21,-16, -4, 26,-20,  1,-25;
/M: SY='D'; M=-16, 21,-25, 30,  4,-16,-16,  5,-25, -6,-19,-17,  7,-16, -6,-10, -4, -8,-19,-26, -3, -1;
/M: SY='W'; M=-11,-16,-34,-14, -6,-10,-17, -1,-14,-12,-14,-10,-14, -1, -7,-13,-15,-14,-19, 14,  4, -8;
/M:         M= -7,-10,-22,-11, -8, -7,-20,-11, -3,-10, -3, -2, -9,-14, -9,-11, -8, -5, -3,-20, -3, -9;
/M: SY='S'; M= -3, -1,-22, -3,  0,-16, -5, -2,-19, -3,-17,-11,  2,-15, -1, -3,  4, -1,-16,-21, -8, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 683 in 62 different sequences
Number of true positive hits 683 in 62 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 5
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 99.27 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 37
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] LDL-receptor class B
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
62 sequences

CUE_DROAN   (B3M8G0), CUE_DROER   (B3NBB6), CUE_DROGR   (B4IXJ2), 
CUE_DROME   (Q95RU0), CUE_DROMO   (B4L8V5), CUE_DROPE   (B4H1F5), 
CUE_DROPS   (Q29FE9), CUE_DROSE   (B4HVU2), CUE_DROSI   (B4QMF4), 
CUE_DROVI   (B4LCX4), CUE_DROWI   (B4MLE8), CUE_DROYA   (B4PD96), 
EGF_CANFA   (Q9BEA0), EGF_FELCA   (Q95ND4), EGF_HUMAN   (P01133), 
EGF_MOUSE   (P01132), EGF_PIG     (Q00968), EGF_RAT     (P07522), 
LDLR1_XENLA (Q99087), LDLR2_XENLA (Q99088), LDLR_CRIGR  (P35950), 
LDLR_HUMAN  (P01130), LDLR_MOUSE  (P35951), LDLR_PIG    (Q28832), 
LDLR_RABIT  (P20063), LDLR_RAT    (P35952), LRP1B_HUMAN (Q9NZR2), 
LRP1B_MOUSE (Q9JI18), LRP1_CHICK  (P98157), LRP1_HUMAN  (Q07954), 
LRP1_MOUSE  (Q91ZX7), LRP2_HUMAN  (P98164), LRP2_MOUSE  (A2ARV4), 
LRP2_RAT    (P98158), LRP4_HUMAN  (O75096), LRP4_MOUSE  (Q8VI56), 
LRP4_RAT    (Q9QYP1), LRP5L_HUMAN (A4QPB2), LRP5_HUMAN  (O75197), 
LRP5_MOUSE  (Q91VN0), LRP6_HUMAN  (O75581), LRP6_MOUSE  (O88572), 
LRP8_CHICK  (Q98931), LRP8_HUMAN  (Q14114), LRP8_MOUSE  (Q924X6), 
LRP_CAEEL   (Q04833), NID1_HUMAN  (P14543), NID1_MOUSE  (P10493), 
NID2_HUMAN  (Q14112), NID2_MOUSE  (O88322), NID2_RAT    (B5DFC9), 
SORL_CHICK  (Q98930), SORL_HUMAN  (Q92673), SORL_MOUSE  (O88307), 
SORL_RABIT  (Q95209), VGR_SOLIN   (Q6X0I2), VLDLR_CHICK (P98165), 
VLDLR_HUMAN (P98155), VLDLR_MOUSE (P98156), VLDLR_RABIT (P35953), 
VLDLR_RAT   (P98166), YL_DROME    (P98163)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
5 sequences

7LESS_DROME (P13368), 7LESS_DROVI (P20806), CUE_AEDAE   (Q16YE7), 
CUE_ANOGA   (Q7QIQ6), CUE_CULQU   (B0WH58)
» More

PDB
[Detailed view]
17 PDB

1IJQ; 1N7D; 1NPE; 3M0C; 3P5B; 3P5C; 3S2K; 3S8V; 3S8Z; 3S94; 3SOB; 3SOQ; 3SOV; 3V64; 3V65; 4A0P; 4DG6
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission