PROSITE entry PS51139
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | GTF2I |
| Accession [info] | PS51139 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JUL-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51139 |
| Associated ProRule [info] | PRU00484 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | GTF2I-like repeat profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=95; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=95; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5372207; R2=0.0145597; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=410; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=170; N_SCORE=5.0; MODE=1; TEXT='RR'; /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -3, -4,-24, -1, 14,-17,-20,-10, -8, -8, 1, -5, -8,-13, 3,-11, -5, -7,-10,-26,-13, 8; /M: SY='S'; M= 1, 4,-19, 4, 8,-22,-12, -9,-17, 4,-21,-14, 5,-12, 0, -3, 9, 1, -9,-32,-17, 4; /M: SY='W'; M=-16,-10,-35, -8, -3,-13,-18, 12,-27, -1,-22,-14, -9,-19, -1, 2,-14,-17,-26, 30, 8, -2; /M: SY='N'; M= -2, -2,-20,-10,-14,-10, -2,-10, -6,-14, -8, -7, 6,-21,-12,-13, 0, 0, -6,-24, -8,-14; /M: SY='A'; M= 10, -2,-20, -1, 6,-23, 3,-14,-18, -7,-17,-14, -4,-12, -5,-13, 5, -5, -9,-27,-20, 1; /M: SY='K'; M=-13, 6,-28, 12, 19,-27,-19, -5,-27, 21,-22,-14, 1,-11, 8, 21, -6, -9,-19,-27,-14, 12; /M: SY='I'; M= -3,-23,-25,-31,-23, -6,-32,-26, 30,-17, 9, 11,-16,-18,-16,-20,-13, -4, 22,-22, -4,-23; /M: SY='T'; M= -8, -2,-20, -6, 1,-12,-20, -8,-13, 4,-13, -9, 0,-15, -2, 7, 2, 12, -7,-23, -4, -2; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-27, 1, 0,-22,-23,-12, -8, -1, -9, -5, -4, -6, 4, -6, -5, -1,-10,-26,-11, 1; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9, 1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10, 0,-19, 10, 66,-10,-10,-20,-20,-10, 1; /M: SY='K'; M=-10, 4,-30, 7, 29,-31,-20, -4,-29, 32,-25,-13, 0, -6, 18, 17, -5,-10,-25,-24,-14, 24; /M: SY='Q'; M= -5, -6,-13,-10, 4,-27,-20, -1,-14, 4,-13, 6, -6,-14, 28, 2, -3, -5,-16,-23,-11, 16; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='E'; M=-11, 16,-28, 20, 38,-30,-16, 1,-28, 12,-24,-18, 12, -6, 17, 3, 1, -8,-29,-31,-18, 28; /M: SY='D'; M=-13, 18,-28, 25, 25,-27,-18, -2,-20, -1,-15,-15, 8,-10, 9, -6, -3, -9,-22,-32,-16, 16; /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-29,-22, 11,-31,-16, 20,-26, 38, 16,-28,-29,-19,-19,-26, -9, 12,-14, 10,-22; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='N'; M= -8, 18, 11, 10, 0,-23, -9, -4,-25, -7,-27,-21, 25,-20, -5, -9, 9, -1,-22,-41,-22, -2; /M: SY='R'; M=-11, -9,-23, -9, 4, -5,-21,-10,-15, 4, -9, -8, -7,-16, -3, 13, -4, -2, -9,-21, -7, 0; /M: SY='K'; M=-12, -7, -8, -8, 0,-23,-22,-12,-26, 29,-20, -9, -5,-18, 2, 24,-12,-10,-16,-24,-12, 0; /M: SY='Y'; M=-19,-23,-12,-27,-24, 41,-30, 3, -3,-18, 1, -2,-20,-31,-21,-15,-19,-10, -7, 16, 54,-24; /M: SY='G'; M= 21, -9,-20,-13,-14,-25, 36,-19,-26,-15,-22,-16, -3,-15,-14,-19, 7, -9,-16,-22,-25,-14; /M: SY='E'; M=-10, 6,-30, 13, 43,-32,-20, -1,-28, 19,-22,-15, 0, -4, 24, 8, -2,-10,-28,-26,-16, 34; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23, 7,-33,-23, 30,-30, 40, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 17,-20, 0,-23; /M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-17,-30, 62,-19,-39,-14,-30,-19, 0,-19,-17,-16, -1,-19,-29,-20,-28,-17; /M: SY='L'; M= -2,-19,-19,-22,-15, -4,-23,-17, 7,-12, 14, 10,-17,-21,-11, -7,-11, -2, 7,-23, -6,-14; /M: SY='B'; M= 0, 11,-20, 9, 0,-24, -4,-10,-24, 3,-24,-17, 11,-12, -3, -3, 10, 9,-16,-31,-17, -1; /M: SY='E'; M=-10, -7,-24, -7, 6, -6,-13, 0,-19, -4,-14, -9, -4,-15, 1, 1, -1, -4,-15,-21, -6, 3; /M: SY='P'; M= 6,-19,-25,-19,-10,-18,-17,-19, -4,-12,-11, -1,-19, 30,-12,-18, -7, -6, -4,-26,-20,-13; /M: SY='V'; M= -1,-28,-12,-28,-27, -2,-29,-28, 25,-14, 7, 8,-28,-28,-27,-16,-10, -1, 44,-29,-10,-27; /M: SY='P'; M= -4,-10,-29, -9, 0,-23,-19,-16,-18, 12,-18,-10,-10, 19, -3, 1, -8, -4,-16,-24,-16, -3; /M: SY='V'; M= -2,-30,-13,-31,-29, 1,-31,-29, 31,-22, 14, 12,-29,-29,-28,-21,-13, -2, 45,-28, -8,-29; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-22,-21, 35,-30, 16, 0,-12, 1, 0,-20,-30,-13,-11,-20,-10, -9, 28, 75,-21; /M: SY='R'; M= -5, -4,-28, -1, 15,-27,-17, -6,-25, 13,-22,-14, -3, 5, 11, 16, -1, -7,-22,-25,-17, 11; /M: SY='K'; M=-10,-12,-26,-12, -2,-15,-24,-13,-11, 20, -3, 0,-11,-18, -2, 15,-16, -9, -6,-21, -7, -2; /M: SY='F'; M=-14,-29,-24,-38,-28, 34,-32,-21, 23,-27, 19, 17,-21,-25,-25,-22,-21,-10, 13, -8, 12,-26; /M: SY='E'; M= -4, -9,-22, -9, 8,-13,-21,-10, -9, -5, 4, -2,-10,-15, 3, -1, -6, 1, -9,-24,-10, 5; /M: SY='R'; M= -4, -6, -9, -8, -8,-11,-16,-11,-14, -5,-14, -7, -3,-18, -6, 3, 3, -2, -8,-27,-11, -8; /M: SY='H'; M=-13, 19,-24, 18, 7,-16,-12, 24,-26, -6,-23,-15, 20,-16, 0, -5, 2, -7,-25,-32, -5, 3; /M: SY='P'; M= -9,-18,-36,-10, 0,-29,-21,-17,-16, -8,-25,-15,-18, 66, -2,-16, -9, -9,-23,-29,-25, -5; /M: SY='E'; M= -6, 10,-26, 15, 22,-29, 8, -6,-31, -2,-26,-21, 9, -9, 3, -8, 6, -8,-27,-31,-23, 13; /M: SY='A'; M= 7, 3, 3, 3, -2,-17,-14,-15,-20,-12,-11,-14, -5,-17,-11,-17, -2, -7,-11,-29,-17, -6; /M: SY='V'; M= -6,-30,-15,-31,-26, 12,-30,-25, 23,-25, 26, 13,-29,-30,-27,-20,-19, -5, 29,-22, -2,-26; /M: SY='Y'; M= -6,-17,-21,-17, -7, 9,-25, -6, 2,-11, -1, -2,-18,-22,-12,-13,-10, -6, 6, -6, 20,-11; /M: SY='V'; M= -2,-30,-13,-32,-30, 0,-32,-30, 33,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 47,-28, -8,-30; /M: SY='E'; M= -9, 7,-24, 12, 22,-27,-20, -5,-17, 1,-16,-11, -2,-10, 14, -4, 1, -2,-14,-29,-15, 18; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-31,-21, 7,-29,-18, 23,-27, 42, 27,-27,-27,-17,-19,-27,-10, 12,-20, 0,-19; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='E'; M=-12, 13,-32, 25, 42,-32,-18, -3,-30, 5,-24,-22, 1, 13, 11, -5, -2,-10,-30,-32,-22, 26; /M: SY='G'; M= -4, 2,-29, 2,-11,-30, 48,-14,-37,-10,-30,-20, 7,-18,-14,-13, 0,-16,-29,-24,-26,-12; /M: SY='I'; M= -6,-30,-21,-35,-29, 1,-35,-29, 39,-26, 19, 16,-25,-25,-24,-25,-17, -6, 36,-24, -4,-29; /M: SY='P'; M= 8,-15,-26,-12, -5,-24,-13,-19,-14,-11,-22,-15,-14, 41,-10,-18, 3, -2,-13,-29,-24,-10; /M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 75,-30,-20, 2,-30, 13, 2,-21,-30,-38,-20,-21,-10, 1, 8, 28,-29; /M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6, 5,-25,-20, -3,-29, 35,-23, -9, 0,-16, 13, 53, -9,-10,-21,-20,-10, 6; /M: SY='R'; M= -3, -2,-23, -5, -2,-20,-11, 10,-24, 9,-21,-11, 8,-17, 4, 26, 3, -4,-18,-27,-10, -2; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='S'; M= 4, 6, -5, 1, 3,-22, -1, -9,-22, -8,-25,-18, 12,-14, -3,-10, 17, 6,-17,-35,-21, 0; /M: SY='T'; M= -9, -4,-12,-11, -9, -4,-20,-10,-15,-10,-14,-13, -3,-19, -9,-11, -1, 11,-14, 4, 7, -9; /M: SY='Y'; M=-18,-24,-26,-26,-22, 39,-30, 4, 3,-18, 11, 3,-22,-30,-19,-14,-22,-10, -4, 17, 55,-22; /M: SY='G'; M= -8, 14,-30, 22, 7,-33, 28,-10,-38, -8,-28,-23, 7,-13, -7,-13, 0,-15,-30,-28,-25, 0; /M: SY='I'; M= -9,-29,-28,-35,-26, -1,-36,-28, 38,-27, 19, 16,-22,-13,-20,-27,-20, -9, 24,-22, -3,-27; /M: SY='P'; M= 5,-11,-27, -9, -1,-25,-12, -4,-20, -5,-25,-15, -8, 31, -4,-12, 3, -4,-19,-29,-19, -5; /M: SY='R'; M= -5, -5,-22, -8, -1,-20,-15, -8,-24, 18,-21,-12, 1,-14, 4, 31, 4, 4,-14,-25,-13, -1; /M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-30,-20, 8,-28,-17, 20,-27, 45, 27,-28,-28,-17,-18,-28,-10, 10,-20, 0,-18; /M: SY='E'; M=-12, 0,-29, 4, 27,-25,-20, -2,-26, 22,-19, -8, -2, -9, 14, 23, -6,-10,-22,-24,-14, 19; /M: SY='R'; M=-10,-10,-31,-11, -1,-20,-18,-10,-27, 27,-23,-11, -6,-17, 4, 35,-12,-12,-20, 3, -5, 0; /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30, 0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20, 0,-30; /M: SY='L'; M= -9,-30,-20,-31,-21, 9,-31,-21, 23,-29, 45, 19,-29,-29,-21,-21,-28, -9, 14,-21, -1,-21; /M: SY='E'; M=-12, 5,-29, 11, 31,-27,-20, -2,-26, 13,-16,-13, -1, -9, 15, 13, -5,-10,-24,-26,-15, 22; /M: SY='A'; M= 14, 4,-17, -4, -2,-20, -1, -1,-15, -7,-18,-12, 10,-15, -5,-11, 8, -2,-11,-29,-16, -4; /M: SY='K'; M= 3, -4,-22, -6, 0,-24, -5,-11,-25, 16,-25,-13, 1,-13, 2, 16, 6, -2,-15,-25,-16, 0; /M: SY='E'; M= 2, 10,-23, 7, 20,-24,-11, 15,-23, 0,-20,-14, 13,-10, 7, -5, 3, -7,-23,-30,-13, 12; /M: SY='R'; M=-11, -9,-25,-11, -6, -6, -6, 2,-25, 5,-20,-10, -1,-18, -4, 15, -2, -8,-18,-19, -4, -6; /M: SY='I'; M= -9,-30,-28,-39,-30, 0,-39,-30, 48,-29, 19, 19,-21,-21,-21,-29,-19, -9, 32,-21, -1,-30; /M: SY='R'; M=-11, -3,-27, -3, 6,-26,-17, 4,-28, 28,-25,-10, 2,-14, 13, 32, -2, -7,-20,-24, -9, 7; /M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29, 71,-29,-18, 2,-28, 11, 7,-20,-29,-36,-19,-20,-10, 1, 7, 27,-28; /M: SY='V'; M= -4,-22,-18,-27,-23, -4,-31,-27, 25,-15, 6, 8,-19,-22,-20,-17, -8, 4, 29,-26, -7,-23; /M: SY='I'; M= -8,-30,-24,-37,-29, 1,-37,-29, 43,-28, 20, 18,-23,-23,-22,-27,-19, -8, 33,-22, -2,-29; /M: SY='K'; M=-10, -6,-29,-10, -2,-21,-24,-14, -7, 24,-16, -2, -2,-13, 1, 11,-11, -9, -7,-21, -8, -2; /M: SY='R'; M=-16, -2,-29, -4, 3,-23,-18, -1,-29, 32,-24,-11, 7,-17, 9, 52, -8, -9,-21,-22,-11, 3; /M: SY='P'; M=-11,-16,-36,-10, 1,-28,-20, -4,-17, -8,-24, -9,-15, 60, 0,-14,-10,-11,-27,-28,-21, -4; /M: SY='F'; M=-13,-14,-24,-13, 10, 15,-26,-12, -7,-14, 9, -3,-15,-18,-10,-12,-15,-10,-10,-15, 1, 2; /M: SY='L'; M=-11,-14,-26,-10, -2,-11,-24,-11, -1,-14, 13, 7,-17, -3, -2,-13,-17,-10, -8,-24,-10, -3; /M: M= -9,-11,-26, -7, -3, -8, -2,-16,-13,-16, -2, -7,-12, -8,-13,-16,-11,-12,-12,-22,-13, -8; /M: M=-10,-10,-25,-13, -6, -4,-15,-14, -8,-12, -4, -6, -6, -4,-11, -8, -7, 0,-10,-22,-10,-10; /M: SY='E'; M= 2, -5,-21, -5, 5,-19, -9, -5,-13, -5,-15,-10, -3,-12, -2, -9, 5, 1, -8,-28,-13, 1; /M: M= -2,-10,-22,-13, -4, -6,-12,-12,-10, -6, -8, -7, -7,-16, -7, -4, 0, 0, -8,-19, -4, -6; /M: SY='T'; M= -8, -4,-22, -7, -9,-14,-21, -6, -1,-10, -6, -2, 0,-17, -4, -6, -1, 3, -1,-28, -8, -8; /M: SY='N'; M= -6, -1, -7, -5, -2,-20,-10,-12,-18, -1,-18,-13, 3,-11, -7, -6, 1, -1,-13,-31,-18, -5; /M: SY='E'; M= -9, 10,-27, 11, 14,-27, -4, -5,-24, 3,-23,-16, 10, -6, 5, -3, 0, -9,-23,-30,-20, 9; /M: SY='G'; M= 0, -7,-24, -5, -9,-20, 8,-17,-17,-11,-11,-10, -7,-10,-12,-14, -3, -8,-11,-26,-19,-11; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 48 in 11 different sequences |
| Number of true positive hits | 48 in 11 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 6 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | REPEAT |
| Feature description [info] | GTF2I-like |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
11 sequences
GT2D1_HUMAN (Q9UHL9), GT2D1_MOUSE (Q9JI57), GT2D1_XENLA (B7ZQJ9), GT2D2_BOVIN (A4IFA3), GT2D2_MOUSE (Q99NI3), GTD2A_HUMAN (Q86UP8), GTD2B_HUMAN (Q6EKJ0), GTF2I_BOVIN (A7MB80), GTF2I_HUMAN (P78347), GTF2I_MOUSE (Q9ESZ8), GTF2I_RAT (Q5U2Y1)» more
|
| PDB [Detailed view] |
10 PDB
1Q60; 2D99; 2D9B; 2DN4; 2DN5; 2DZQ; 2DZR; 2E3L; 2ED2; 2EJE |