Entry: PS51139

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] GTF2I
Accession [info] PS51139
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUL-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51139
Associated ProRule [info] PRU00484

Name and characterization of the entry

Description [info] GTF2I-like repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=95;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=95;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5372207; R2=0.0145597; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=8864.91635; R2=34.17853; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=410; N_SCORE=8.5; H_SCORE=15803; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=166; N_SCORE=5.0; H_SCORE=14641; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M= -3, -4,-24, -1, 14,-17,-20,-10, -8, -8,  1, -5, -8,-13,  3,-11, -5, -7,-10,-26,-13,  8;
/M: SY='S'; M=  1,  4,-19,  4,  8,-22,-12, -9,-17,  4,-21,-14,  5,-12,  0, -3,  9,  1, -9,-32,-17,  4;
/M: SY='W'; M=-16,-10,-35, -8, -3,-13,-18, 12,-27, -1,-22,-14, -9,-19, -1,  2,-14,-17,-26, 30,  8, -2;
/M: SY='N'; M= -2, -2,-20,-10,-14,-10, -2,-10, -6,-14, -8, -7,  6,-21,-12,-13,  0,  0, -6,-24, -8,-14;
/M: SY='A'; M= 10, -2,-20, -1,  6,-23,  3,-14,-18, -7,-17,-14, -4,-12, -5,-13,  5, -5, -9,-27,-20,  1;
/M: SY='K'; M=-13,  6,-28, 12, 19,-27,-19, -5,-27, 21,-22,-14,  1,-11,  8, 21, -6, -9,-19,-27,-14, 12;
/M: SY='I'; M= -3,-23,-25,-31,-23, -6,-32,-26, 30,-17,  9, 11,-16,-18,-16,-20,-13, -4, 22,-22, -4,-23;
/M: SY='T'; M= -8, -2,-20, -6,  1,-12,-20, -8,-13,  4,-13, -9,  0,-15, -2,  7,  2, 12, -7,-23, -4, -2;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-27,  1,  0,-22,-23,-12, -8, -1, -9, -5, -4, -6,  4, -6, -5, -1,-10,-26,-11,  1;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10,  0,-19, 10, 66,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='K'; M=-10,  4,-30,  7, 29,-31,-20, -4,-29, 32,-25,-13,  0, -6, 18, 17, -5,-10,-25,-24,-14, 24;
/M: SY='Q'; M= -5, -6,-13,-10,  4,-27,-20, -1,-14,  4,-13,  6, -6,-14, 28,  2, -3, -5,-16,-23,-11, 16;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='E'; M=-11, 16,-28, 20, 38,-30,-16,  1,-28, 12,-24,-18, 12, -6, 17,  3,  1, -8,-29,-31,-18, 28;
/M: SY='D'; M=-13, 18,-28, 25, 25,-27,-18, -2,-20, -1,-15,-15,  8,-10,  9, -6, -3, -9,-22,-32,-16, 16;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-29,-22, 11,-31,-16, 20,-26, 38, 16,-28,-29,-19,-19,-26, -9, 12,-14, 10,-22;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='N'; M= -8, 18, 11, 10,  0,-23, -9, -4,-25, -7,-27,-21, 25,-20, -5, -9,  9, -1,-22,-41,-22, -2;
/M: SY='R'; M=-11, -9,-23, -9,  4, -5,-21,-10,-15,  4, -9, -8, -7,-16, -3, 13, -4, -2, -9,-21, -7,  0;
/M: SY='K'; M=-12, -7, -8, -8,  0,-23,-22,-12,-26, 29,-20, -9, -5,-18,  2, 24,-12,-10,-16,-24,-12,  0;
/M: SY='Y'; M=-19,-23,-12,-27,-24, 41,-30,  3, -3,-18,  1, -2,-20,-31,-21,-15,-19,-10, -7, 16, 54,-24;
/M: SY='G'; M= 21, -9,-20,-13,-14,-25, 36,-19,-26,-15,-22,-16, -3,-15,-14,-19,  7, -9,-16,-22,-25,-14;
/M: SY='E'; M=-10,  6,-30, 13, 43,-32,-20, -1,-28, 19,-22,-15,  0, -4, 24,  8, -2,-10,-28,-26,-16, 34;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 30,-30, 40, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 17,-20,  0,-23;
/M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-17,-30, 62,-19,-39,-14,-30,-19,  0,-19,-17,-16, -1,-19,-29,-20,-28,-17;
/M: SY='L'; M= -2,-19,-19,-22,-15, -4,-23,-17,  7,-12, 14, 10,-17,-21,-11, -7,-11, -2,  7,-23, -6,-14;
/M: SY='B'; M=  0, 11,-20,  9,  0,-24, -4,-10,-24,  3,-24,-17, 11,-12, -3, -3, 10,  9,-16,-31,-17, -1;
/M: SY='E'; M=-10, -7,-24, -7,  6, -6,-13,  0,-19, -4,-14, -9, -4,-15,  1,  1, -1, -4,-15,-21, -6,  3;
/M: SY='P'; M=  6,-19,-25,-19,-10,-18,-17,-19, -4,-12,-11, -1,-19, 30,-12,-18, -7, -6, -4,-26,-20,-13;
/M: SY='V'; M= -1,-28,-12,-28,-27, -2,-29,-28, 25,-14,  7,  8,-28,-28,-27,-16,-10, -1, 44,-29,-10,-27;
/M: SY='P'; M= -4,-10,-29, -9,  0,-23,-19,-16,-18, 12,-18,-10,-10, 19, -3,  1, -8, -4,-16,-24,-16, -3;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-13,-31,-29,  1,-31,-29, 31,-22, 14, 12,-29,-29,-28,-21,-13, -2, 45,-28, -8,-29;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-22,-21, 35,-30, 16,  0,-12,  1,  0,-20,-30,-13,-11,-20,-10, -9, 28, 75,-21;
/M: SY='R'; M= -5, -4,-28, -1, 15,-27,-17, -6,-25, 13,-22,-14, -3,  5, 11, 16, -1, -7,-22,-25,-17, 11;
/M: SY='K'; M=-10,-12,-26,-12, -2,-15,-24,-13,-11, 20, -3,  0,-11,-18, -2, 15,-16, -9, -6,-21, -7, -2;
/M: SY='F'; M=-14,-29,-24,-38,-28, 34,-32,-21, 23,-27, 19, 17,-21,-25,-25,-22,-21,-10, 13, -8, 12,-26;
/M: SY='E'; M= -4, -9,-22, -9,  8,-13,-21,-10, -9, -5,  4, -2,-10,-15,  3, -1, -6,  1, -9,-24,-10,  5;
/M: SY='R'; M= -4, -6, -9, -8, -8,-11,-16,-11,-14, -5,-14, -7, -3,-18, -6,  3,  3, -2, -8,-27,-11, -8;
/M: SY='H'; M=-13, 19,-24, 18,  7,-16,-12, 24,-26, -6,-23,-15, 20,-16,  0, -5,  2, -7,-25,-32, -5,  3;
/M: SY='P'; M= -9,-18,-36,-10,  0,-29,-21,-17,-16, -8,-25,-15,-18, 66, -2,-16, -9, -9,-23,-29,-25, -5;
/M: SY='E'; M= -6, 10,-26, 15, 22,-29,  8, -6,-31, -2,-26,-21,  9, -9,  3, -8,  6, -8,-27,-31,-23, 13;
/M: SY='A'; M=  7,  3,  3,  3, -2,-17,-14,-15,-20,-12,-11,-14, -5,-17,-11,-17, -2, -7,-11,-29,-17, -6;
/M: SY='V'; M= -6,-30,-15,-31,-26, 12,-30,-25, 23,-25, 26, 13,-29,-30,-27,-20,-19, -5, 29,-22, -2,-26;
/M: SY='Y'; M= -6,-17,-21,-17, -7,  9,-25, -6,  2,-11, -1, -2,-18,-22,-12,-13,-10, -6,  6, -6, 20,-11;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-13,-32,-30,  0,-32,-30, 33,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 47,-28, -8,-30;
/M: SY='E'; M= -9,  7,-24, 12, 22,-27,-20, -5,-17,  1,-16,-11, -2,-10, 14, -4,  1, -2,-14,-29,-15, 18;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-31,-21,  7,-29,-18, 23,-27, 42, 27,-27,-27,-17,-19,-27,-10, 12,-20,  0,-19;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='E'; M=-12, 13,-32, 25, 42,-32,-18, -3,-30,  5,-24,-22,  1, 13, 11, -5, -2,-10,-30,-32,-22, 26;
/M: SY='G'; M= -4,  2,-29,  2,-11,-30, 48,-14,-37,-10,-30,-20,  7,-18,-14,-13,  0,-16,-29,-24,-26,-12;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-21,-35,-29,  1,-35,-29, 39,-26, 19, 16,-25,-25,-24,-25,-17, -6, 36,-24, -4,-29;
/M: SY='P'; M=  8,-15,-26,-12, -5,-24,-13,-19,-14,-11,-22,-15,-14, 41,-10,-18,  3, -2,-13,-29,-24,-10;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 75,-30,-20,  2,-30, 13,  2,-21,-30,-38,-20,-21,-10,  1,  8, 28,-29;
/M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6,  5,-25,-20, -3,-29, 35,-23, -9,  0,-16, 13, 53, -9,-10,-21,-20,-10,  6;
/M: SY='R'; M= -3, -2,-23, -5, -2,-20,-11, 10,-24,  9,-21,-11,  8,-17,  4, 26,  3, -4,-18,-27,-10, -2;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='S'; M=  4,  6, -5,  1,  3,-22, -1, -9,-22, -8,-25,-18, 12,-14, -3,-10, 17,  6,-17,-35,-21,  0;
/M: SY='T'; M= -9, -4,-12,-11, -9, -4,-20,-10,-15,-10,-14,-13, -3,-19, -9,-11, -1, 11,-14,  4,  7, -9;
/M: SY='Y'; M=-18,-24,-26,-26,-22, 39,-30,  4,  3,-18, 11,  3,-22,-30,-19,-14,-22,-10, -4, 17, 55,-22;
/M: SY='G'; M= -8, 14,-30, 22,  7,-33, 28,-10,-38, -8,-28,-23,  7,-13, -7,-13,  0,-15,-30,-28,-25,  0;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-28,-35,-26, -1,-36,-28, 38,-27, 19, 16,-22,-13,-20,-27,-20, -9, 24,-22, -3,-27;
/M: SY='P'; M=  5,-11,-27, -9, -1,-25,-12, -4,-20, -5,-25,-15, -8, 31, -4,-12,  3, -4,-19,-29,-19, -5;
/M: SY='R'; M= -5, -5,-22, -8, -1,-20,-15, -8,-24, 18,-21,-12,  1,-14,  4, 31,  4,  4,-14,-25,-13, -1;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-17, 20,-27, 45, 27,-28,-28,-17,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='E'; M=-12,  0,-29,  4, 27,-25,-20, -2,-26, 22,-19, -8, -2, -9, 14, 23, -6,-10,-22,-24,-14, 19;
/M: SY='R'; M=-10,-10,-31,-11, -1,-20,-18,-10,-27, 27,-23,-11, -6,-17,  4, 35,-12,-12,-20,  3, -5,  0;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-20,-31,-21,  9,-31,-21, 23,-29, 45, 19,-29,-29,-21,-21,-28, -9, 14,-21, -1,-21;
/M: SY='E'; M=-12,  5,-29, 11, 31,-27,-20, -2,-26, 13,-16,-13, -1, -9, 15, 13, -5,-10,-24,-26,-15, 22;
/M: SY='A'; M= 14,  4,-17, -4, -2,-20, -1, -1,-15, -7,-18,-12, 10,-15, -5,-11,  8, -2,-11,-29,-16, -4;
/M: SY='K'; M=  3, -4,-22, -6,  0,-24, -5,-11,-25, 16,-25,-13,  1,-13,  2, 16,  6, -2,-15,-25,-16,  0;
/M: SY='E'; M=  2, 10,-23,  7, 20,-24,-11, 15,-23,  0,-20,-14, 13,-10,  7, -5,  3, -7,-23,-30,-13, 12;
/M: SY='R'; M=-11, -9,-25,-11, -6, -6, -6,  2,-25,  5,-20,-10, -1,-18, -4, 15, -2, -8,-18,-19, -4, -6;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-28,-39,-30,  0,-39,-30, 48,-29, 19, 19,-21,-21,-21,-29,-19, -9, 32,-21, -1,-30;
/M: SY='R'; M=-11, -3,-27, -3,  6,-26,-17,  4,-28, 28,-25,-10,  2,-14, 13, 32, -2, -7,-20,-24, -9,  7;
/M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29, 71,-29,-18,  2,-28, 11,  7,-20,-29,-36,-19,-20,-10,  1,  7, 27,-28;
/M: SY='V'; M= -4,-22,-18,-27,-23, -4,-31,-27, 25,-15,  6,  8,-19,-22,-20,-17, -8,  4, 29,-26, -7,-23;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-24,-37,-29,  1,-37,-29, 43,-28, 20, 18,-23,-23,-22,-27,-19, -8, 33,-22, -2,-29;
/M: SY='K'; M=-10, -6,-29,-10, -2,-21,-24,-14, -7, 24,-16, -2, -2,-13,  1, 11,-11, -9, -7,-21, -8, -2;
/M: SY='R'; M=-16, -2,-29, -4,  3,-23,-18, -1,-29, 32,-24,-11,  7,-17,  9, 52, -8, -9,-21,-22,-11,  3;
/M: SY='P'; M=-11,-16,-36,-10,  1,-28,-20, -4,-17, -8,-24, -9,-15, 60,  0,-14,-10,-11,-27,-28,-21, -4;
/M: SY='F'; M=-13,-14,-24,-13, 10, 15,-26,-12, -7,-14,  9, -3,-15,-18,-10,-12,-15,-10,-10,-15,  1,  2;
/M: SY='L'; M=-11,-14,-26,-10, -2,-11,-24,-11, -1,-14, 13,  7,-17, -3, -2,-13,-17,-10, -8,-24,-10, -3;
/M:         M= -9,-11,-26, -7, -3, -8, -2,-16,-13,-16, -2, -7,-12, -8,-13,-16,-11,-12,-12,-22,-13, -8;
/M:         M=-10,-10,-25,-13, -6, -4,-15,-14, -8,-12, -4, -6, -6, -4,-11, -8, -7,  0,-10,-22,-10,-10;
/M: SY='E'; M=  2, -5,-21, -5,  5,-19, -9, -5,-13, -5,-15,-10, -3,-12, -2, -9,  5,  1, -8,-28,-13,  1;
/M:         M= -2,-10,-22,-13, -4, -6,-12,-12,-10, -6, -8, -7, -7,-16, -7, -4,  0,  0, -8,-19, -4, -6;
/M: SY='T'; M= -8, -4,-22, -7, -9,-14,-21, -6, -1,-10, -6, -2,  0,-17, -4, -6, -1,  3, -1,-28, -8, -8;
/M: SY='N'; M= -6, -1, -7, -5, -2,-20,-10,-12,-18, -1,-18,-13,  3,-11, -7, -6,  1, -1,-13,-31,-18, -5;
/M: SY='E'; M= -9, 10,-27, 11, 14,-27, -4, -5,-24,  3,-23,-16, 10, -6,  5, -3,  0, -9,-23,-30,-20,  9;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-24, -5, -9,-20,  8,-17,-17,-11,-11,-10, -7,-10,-12,-14, -3, -8,-11,-26,-19,-11;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 48 in 11 different sequences
Number of true positive hits 48 in 11 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 6
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] GTF2I-like
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
11 sequences

GT2D1_HUMAN (Q9UHL9), GT2D1_MOUSE (Q9JI57), GT2D1_XENLA (B7ZQJ9), 
GT2D2_BOVIN (A4IFA3), GT2D2_MOUSE (Q99NI3), GTD2A_HUMAN (Q86UP8), 
GTD2B_HUMAN (Q6EKJ0), GTF2I_BOVIN (A7MB80), GTF2I_HUMAN (P78347), 
GTF2I_MOUSE (Q9ESZ8), GTF2I_RAT   (Q5U2Y1)
» More

PDB
[Detailed view]
10 PDB

1Q60; 2D99; 2D9B; 2DN4; 2DN5; 2DZQ; 2DZR; 2E3L; 2ED2; 2EJE

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission