Entry: PS51162

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] THYROGLOBULIN_1_2
Accession [info] PS51162
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00377
Associated ProRule [info] PRU00500

Name and characterization of the entry

Description [info] Thyroglobulin type-1 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7733458; R2=0.0065978; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2373.19913; R2=15.26463; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=732; N_SCORE=6.6; H_SCORE=10998; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=550; N_SCORE=5.4; H_SCORE=9838; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M= -5,-17,-26,-16, -7,-14,-19,-14, -7, -2, -2, -1,-15,  2, -6, -3,-12, -8, -7,-22,-10, -8;
/M: SY='T'; M=  3, -3,-17, -7, -4,-19, -2,-14,-18, -8,-18,-13,  1, -9, -3, -8, 16, 18,-11,-29,-16, -4;
/M: SY='P'; M=-10,  0,-28,  4,  1,-21,-18,-13,-19,  1,-19,-14, -3, 15, -5, -5, -4, -2,-18,-28,-16, -4;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M=-11,  2,-28,  5, 26,-27,-20,  1,-21,  9,-13, -8,  0,-10, 25,  9, -4,-10,-24,-25,-13, 25;
/M: SY='R'; M= -9, -6,-25, -6,  2,-20,-21, -5,-11, 10,-11, -2, -5,-16,  7, 12, -7, -7, -8,-24,-10,  4;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='E'; M= -8,  0,-25,  1, 18,-20,-17,  9,-16, -1,-11, -3, -1,-11, 14, -3, -3, -8,-18,-21, -8, 16; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='R'; M=-12,-10,-25,-10,  1,-16,-21, -3,-14, 12, -5,  0, -7,-18,  7, 25,-10, -8,-11,-21, -7,  2; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='E'; M=  3,  1,-21,  2, 12,-19,-13, -1,-19, -1,-15,-11,  0,-11,  7, -3,  3, -2,-16,-23, -9,  9; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='Q'; M= -6, -1,-17, -2,  2,-23, -6,  2,-22, -1,-21,-12,  4,-14,  7,  7,  7,  0,-18,-28,-13,  3; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='V'; M=  9,-18,-16,-24,-19, -7,-15,-20, 12,-17,  5,  8,-16,-18,-15,-18, -5,  1, 15,-22, -9,-18; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M:         M= -3, -5,-20, -8, -6,-14, -6, -4, -9, -3, -9, -5,  0,-12, -2, -2, -4, -6, -9,-19, -7, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='E'; M= -6, -3,-23, -3,  5,-16,-16, -8,-17,  4,-17,-11, -1,  5,  2,  2,  0,  2,-16,-22,-11,  3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='S'; M= -2, -3,-21, -3, -1,-19, -2, -8,-16, -4,-16,-11,  0, -9, -5, -5,  4, -2,-11,-27,-15, -4; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -7,-11,-23,-13,-10, -8,-13,-11, -8, -8, -6, -4, -6,  1,-10, -7, -7, -2, -9,-22,-10,-11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -7, -2,-25,  1,  0,-19,-13, -8,-11, -4,-14, -8, -3, -5,  1, -7, -1, -6,-12,-22, -8, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='G'; M= -4, -3,-24, -4, -8,-20,  8, -9,-20, -7,-18, -8, -1,-11, -6, -7, -1, -4,-16,-18,-14, -7; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='L'; M= -5,-16,-15,-17,-13, -3,-19,-13,  2,-14,  8,  4,-15,-18,-12,-13,-11, -6,  2,-22, -6,-13; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='Y'; M=-16,-21,-24,-24,-20, 33,-24,  6, -2,-18,  3,  0,-17,-22,-19,-13,-17,-10, -6,  7, 38,-20; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='I'; M= -6,-23,-20,-25,-23, -3,-30,-24, 27,-20, 12, 10,-21,-19,-20,-19,-14, -6, 27,-24, -6,-24; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -9,-19,-38, -9,  0,-28,-19,-19,-19, -9,-28,-19,-19, 85, -9,-19, -9, -9,-28,-28,-28, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='Q'; M=  0,  9,-23,  6, 12,-29,-11, -1,-22,  7,-23,-12, 12,-11, 18,  3,  7, -3,-22,-28,-16, 15;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M=-10, 22,-25, 26,  7,-27,-13, -5,-26,  5,-19,-17, 12,-13,  1,  1, -1, -3,-20,-31,-15,  4;
/M: SY='E'; M= -5,  8,-26, 13, 28,-28,-16,  3,-27, 10,-21,-15,  2, -7, 13,  5,  1, -6,-23,-28,-15, 20;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='B'; M=-10, 21,-23, 19,  9,-25, -8,  5,-25,  2,-24,-17, 21,-14,  3,  0,  6,  0,-23,-34,-15,  6;
/M: SY='G'; M=  1, -9,-29, -9,-19,-29, 65,-19,-39,-19,-30,-20,  1,-19,-19,-19,  3,-17,-29,-21,-29,-19;
/M: SY='H'; M=-11,  5,-23,  4,  1, -8,-13,  6,-17, -9,-12,-10,  6,-17, -2, -8,  0, -4,-17,-25, -2, -1;
/M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-27,-23, 47,-30,  7,  0,-17,  3,  0,-20,-30,-20,-13,-20,-10, -7, 23, 63,-23;
/M: SY='E'; M= -4, -1,-24, -2,  8,-22,-16,  2,-18,  6,-13, -8,  1,-14,  8,  7, -2, -7,-16,-26,-10,  7;
/M: SY='P'; M=  0, -8,-28, -4,  8,-26,-16,-13,-20,  1,-21,-15, -9, 27,  0, -5, -2, -5,-20,-27,-21,  2;
/M: SY='V'; M= -6,-18,-18,-19,-13, -8,-25,-18,  5, -3,  5,  5,-17,-22,-11, -1,-10, -2, 13,-25, -8,-13;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='C'; M= -7,-18,104,-28,-27,-21,-28,-28,-29,-24,-20,-19,-18,-37,-27,-26, -9, -9,-10,-47,-28,-27;
/M: SY='H'; M=-16,  3,-24,  4,  0,-10,-18, 22,-24, -4,-18,-11,  3,-19,  2, -1, -7,-11,-23,-13,  8,  0;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='G'; M= -3, -4,-25, -5, -3,-23, 12,-11,-22, -7,-22,-12,  1, -2, -4, -7,  3, -5,-19,-26,-21, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='S'; M=  7,  3,-15,  4,  2,-21,  0, -8,-20, -5,-23,-16,  5,-10,  0, -9, 19,  6,-13,-28,-14,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='T'; M=  0, -2,-15, -6, -3,-16, -9, -9,-14, -2,-16,-10,  3,-11,  1,  3, 13, 15, -9,-25,-12, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='G'; M= -2, -7,-25, -6,-13,-25, 42,-16,-31,-10,-25,-16,  0,-17,-13,-10,  1,-14,-22,-20,-23,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='Y'; M=-11, -9,-26, -8,  1,  1,-17, -2,-16, -4,-12, -8, -8,-10, -3, -6, -6, -5,-16,-12,  9, -2;
/M: SY='C'; M= -6,-18,105,-28,-28,-19,-28,-29,-28,-28,-19,-19,-18,-37,-28,-28, -7, -6, -9,-47,-28,-28;
/M: SY='W'; M=-19,-37,-44,-38,-29, 15,-22,-25,-14,-20,-14,-15,-36,-30,-21,-19,-35,-25,-21,119, 31,-21;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V'; M= -1,-29,-11,-29,-29,  2,-30,-26, 28,-19,  9,  9,-29,-30,-29,-19,-11, -1, 46,-26, -3,-29;
/M: SY='D'; M=-16, 34,-27, 42,  8,-25, -8,  0,-29, -4,-22,-20, 19,-14, -4, -9, -1, -7,-24,-33,-13,  2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='K'; M=  5, -2,-25, -3,  2,-24, -8,-12,-23,  8,-22,-14, -2, -3,  0,  1,  0, -4,-17,-18,-16,  0;
/M: SY='B'; M= -5,  7,-23,  6,  6,-19,-11, -4,-19,  1,-18,-10,  7,-13,  2, -4,  2,  0,-17,-21, -9,  4;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R'; M=-10, -5,-25, -5,  6,-21,-20,  3,-17, 14,-16, -4, -2,-15,  8, 17, -5, -6,-12,-25, -8,  6;
/M: SY='E'; M= -4, -1,-27,  3, 27,-25,-17, -6,-25, 11,-19,-15, -4,  2,  9,  8, -2, -8,-22,-26,-18, 16;
/M: SY='I'; M= -4,-27,-20,-31,-23,  1,-29,-23, 25,-22, 23, 15,-24,-25,-20,-17,-18, -7, 23,-23, -5,-23;
/M: SY='P'; M= -6,-12,-29, -8,  2,-22,-18, -9,-17, -7,-19,-13,-10, 32, -1, -9,  0, -1,-20,-27,-16, -3;
/M: SY='G'; M= -4, -8,-32, -6,-15,-28, 46,-18,-36,-17,-29,-21, -2, -6,-17,-19, -3,-18,-30,-13,-26,-16;
/M: SY='T'; M=  1, -6,-17,-12,-11,-12, -8,-18,-12,-10,-15,-11, -3,-13, -9,-11, 12, 21, -6,-17, -8,-10;
/M: SY='R'; M= -9, -2,-26,  0,  4,-23,-15, -6,-24, 10,-21,-14,  1, -3,  4, 23,  1, -3,-19,-27,-16,  2;
/M: SY='T'; M= -2, -2,-16, -5,  0,-18,-18,-13, -9, -6,-13, -8, -2,-12,  2, -7, 12, 20, -2,-30,-13,  1;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='R'; M= -4, -8,-26, -9,  2,-21,-15, -8,-15,  6,-15, -8, -5,  0,  4,  8, -4, -5,-14,-23,-13,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='G'; M= -3,-11,-25,-12,-12,-16, 14,-10,-18, -9,-17,-10, -4, -6,-12, -8, -4,-11,-14,-19,-14,-13; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='G'; M= -4, -5,-23, -4, -3,-22, 20,-11,-26,  3,-21,-12, -1, -6, -5,  2, -3,-11,-20,-16,-17, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -8,  5,-27, 11, 14,-28,-15, -3,-25,  1,-24,-17,  1,  8,  8, -1,  5,  0,-23,-31,-18,  9;
/M: SY='P'; M= -2,-17,-17,-14, -7,-21,-19,-16,-11, -9,-18,-11,-15, 28,-11,-15, -5, -6,-11,-30,-20,-12;
/M: SY='N'; M= -2,  4,-23,  3,  3,-25, -6, -1,-24,  3,-22,-13,  7,-10,  6,  4,  6,  1,-19,-28,-15,  4;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 125 in 74 different sequences
Number of true positive hits 125 in 74 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 11
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Thyroglobulin type-1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
74 sequences

EPCAM_BOVIN (Q3T0L5), EPCAM_CHICK (Q5F381), EPCAM_HUMAN (P16422), 
EPCAM_MACMU (Q1WER1), EPCAM_MOUSE (Q99JW5), EPCAM_PIG   (Q75QW1), 
EPCAM_RAT   (O55159), EQST_ACTEQ  (P81439), HG2A_HUMAN  (P04233), 
HG2A_MOUSE  (P04441), HG2A_RAT    (P10247), IBP1_BOVIN  (P24591), 
IBP1_HUMAN  (P08833), IBP1_MOUSE  (P47876), IBP1_PIG    (Q75ZP3), 
IBP1_RAT    (P21743), IBP1_SPETR  (Q6Q484), IBP2A_DANRE (Q9PTH3), 
IBP2B_DANRE (B3F211), IBP2_BOVIN  (P13384), IBP2_CHICK  (P49705), 
IBP2_HUMAN  (P18065), IBP2_MOUSE  (P47877), IBP2_PIG    (P24853), 
IBP2_RAT    (P12843), IBP2_SHEEP  (Q29400), IBP2_XENLA  (Q5XHC5), 
IBP2_XENTR  (A4IIA2), IBP3_BOVIN  (P20959), IBP3_HUMAN  (P17936), 
IBP3_MOUSE  (P47878), IBP3_PIG    (P16611), IBP3_RAT    (P15473), 
IBP4_BOVIN  (Q05716), IBP4_HUMAN  (P22692), IBP4_MOUSE  (P47879), 
IBP4_PIG    (P24854), IBP4_RAT    (P21744), IBP4_SHEEP  (Q28893), 
IBP5_BOVIN  (Q05717), IBP5_HUMAN  (P24593), IBP5_MOUSE  (Q07079), 
IBP5_PIG    (Q28985), IBP5_RAT    (P24594), IBP5_XENLA  (Q90WV8), 
IBP6_BOVIN  (Q05718), IBP6_HUMAN  (P24592), IBP6_MOUSE  (P47880), 
IBP6_RAT    (P35572), NID1_HUMAN  (P14543), NID1_MOUSE  (P10493), 
NID2_HUMAN  (Q14112), NID2_MOUSE  (O88322), NID2_RAT    (B5DFC9), 
PN16_PHONI  (P84032), SAX_LITCT   (P31226), SMOC1_HUMAN (Q9H4F8), 
SMOC1_MOUSE (Q8BLY1), SMOC2_HUMAN (Q9H3U7), SMOC2_MOUSE (Q8CD91), 
TACD2_HUMAN (P09758), TACD2_MOUSE (Q8BGV3), TACD2_RAT   (Q6P9Z6), 
THYG_BOVIN  (P01267), THYG_HUMAN  (P01266), THYG_MOUSE  (O08710), 
THYG_RAT    (P06882), TICN1_HUMAN (Q08629), TICN1_MOUSE (Q62288), 
TICN2_HUMAN (Q92563), TICN2_MOUSE (Q9ER58), TICN3_HUMAN (Q9BQ16), 
TICN3_MOUSE (Q8BKV0), TICN3_PONAB (Q5RD69)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission