PROSITE entry PS51162

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	THYROGLOBULIN_1_2
Accession [info]	PS51162
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2005 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00377
Associated ProRule [info]	PRU00500

Name and characterization of the entry

Description [info]

Thyroglobulin type-1 domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7733458; R2=0.0065978; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=732; N_SCORE=6.6; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=550; N_SCORE=5.4; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M= -5,-17,-26,-16, -7,-14,-19,-14, -7, -2, -2, -1,-15,  2, -6, -3,-12, -8, -7,-22,-10, -8;
/M: SY='T';  M=  3, -3,-17, -7, -4,-19, -2,-14,-18, -8,-18,-13,  1, -9, -3, -8, 16, 18,-11,-29,-16, -4;
/M: SY='P';  M=-10,  0,-28,  4,  1,-21,-18,-13,-19,  1,-19,-14, -3, 15, -5, -5, -4, -2,-18,-28,-16, -4;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E';  M=-11,  2,-28,  5, 26,-27,-20,  1,-21,  9,-13, -8,  0,-10, 25,  9, -4,-10,-24,-25,-13, 25;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-25, -6,  2,-20,-21, -5,-11, 10,-11, -2, -5,-16,  7, 12, -7, -7, -8,-24,-10,  4;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-25,  1, 18,-20,-17,  9,-16, -1,-11, -3, -1,-11, 14, -3, -3, -8,-18,-21, -8, 16; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='R';  M=-12,-10,-25,-10,  1,-16,-21, -3,-14, 12, -5,  0, -7,-18,  7, 25,-10, -8,-11,-21, -7,  2; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='E';  M=  3,  1,-21,  2, 12,-19,-13, -1,-19, -1,-15,-11,  0,-11,  7, -3,  3, -2,-16,-23, -9,  9; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='Q';  M= -6, -1,-17, -2,  2,-23, -6,  2,-22, -1,-21,-12,  4,-14,  7,  7,  7,  0,-18,-28,-13,  3; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='V';  M=  9,-18,-16,-24,-19, -7,-15,-20, 12,-17,  5,  8,-16,-18,-15,-18, -5,  1, 15,-22, -9,-18; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M:         M= -3, -5,-20, -8, -6,-14, -6, -4, -9, -3, -9, -5,  0,-12, -2, -2, -4, -6, -9,-19, -7, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='E';  M= -6, -3,-23, -3,  5,-16,-16, -8,-17,  4,-17,-11, -1,  5,  2,  2,  0,  2,-16,-22,-11,  3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='S';  M= -2, -3,-21, -3, -1,-19, -2, -8,-16, -4,-16,-11,  0, -9, -5, -5,  4, -2,-11,-27,-15, -4; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P';  M= -7,-11,-23,-13,-10, -8,-13,-11, -8, -8, -6, -4, -6,  1,-10, -7, -7, -2, -9,-22,-10,-11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D';  M= -7, -2,-25,  1,  0,-19,-13, -8,-11, -4,-14, -8, -3, -5,  1, -7, -1, -6,-12,-22, -8, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='G';  M= -4, -3,-24, -4, -8,-20,  8, -9,-20, -7,-18, -8, -1,-11, -6, -7, -1, -4,-16,-18,-14, -7; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='L';  M= -5,-16,-15,-17,-13, -3,-19,-13,  2,-14,  8,  4,-15,-18,-12,-13,-11, -6,  2,-22, -6,-13; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='Y';  M=-16,-21,-24,-24,-20, 33,-24,  6, -2,-18,  3,  0,-17,-22,-19,-13,-17,-10, -6,  7, 38,-20; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='I';  M= -6,-23,-20,-25,-23, -3,-30,-24, 27,-20, 12, 10,-21,-19,-20,-19,-14, -6, 27,-24, -6,-24; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-38, -9,  0,-28,-19,-19,-19, -9,-28,-19,-19, 85, -9,-19, -9, -9,-28,-28,-28, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='Q';  M=  0,  9,-23,  6, 12,-29,-11, -1,-22,  7,-23,-12, 12,-11, 18,  3,  7, -3,-22,-28,-16, 15;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D';  M=-10, 22,-25, 26,  7,-27,-13, -5,-26,  5,-19,-17, 12,-13,  1,  1, -1, -3,-20,-31,-15,  4;
/M: SY='E';  M= -5,  8,-26, 13, 28,-28,-16,  3,-27, 10,-21,-15,  2, -7, 13,  5,  1, -6,-23,-28,-15, 20;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='B';  M=-10, 21,-23, 19,  9,-25, -8,  5,-25,  2,-24,-17, 21,-14,  3,  0,  6,  0,-23,-34,-15,  6;
/M: SY='G';  M=  1, -9,-29, -9,-19,-29, 65,-19,-39,-19,-30,-20,  1,-19,-19,-19,  3,-17,-29,-21,-29,-19;
/M: SY='H';  M=-11,  5,-23,  4,  1, -8,-13,  6,-17, -9,-12,-10,  6,-17, -2, -8,  0, -4,-17,-25, -2, -1;
/M: SY='Y';  M=-20,-23,-27,-27,-23, 47,-30,  7,  0,-17,  3,  0,-20,-30,-20,-13,-20,-10, -7, 23, 63,-23;
/M: SY='E';  M= -4, -1,-24, -2,  8,-22,-16,  2,-18,  6,-13, -8,  1,-14,  8,  7, -2, -7,-16,-26,-10,  7;
/M: SY='P';  M=  0, -8,-28, -4,  8,-26,-16,-13,-20,  1,-21,-15, -9, 27,  0, -5, -2, -5,-20,-27,-21,  2;
/M: SY='V';  M= -6,-18,-18,-19,-13, -8,-25,-18,  5, -3,  5,  5,-17,-22,-11, -1,-10, -2, 13,-25, -8,-13;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='C';  M= -7,-18,104,-28,-27,-21,-28,-28,-29,-24,-20,-19,-18,-37,-27,-26, -9, -9,-10,-47,-28,-27;
/M: SY='H';  M=-16,  3,-24,  4,  0,-10,-18, 22,-24, -4,-18,-11,  3,-19,  2, -1, -7,-11,-23,-13,  8,  0;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='G';  M= -3, -4,-25, -5, -3,-23, 12,-11,-22, -7,-22,-12,  1, -2, -4, -7,  3, -5,-19,-26,-21, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='S';  M=  7,  3,-15,  4,  2,-21,  0, -8,-20, -5,-23,-16,  5,-10,  0, -9, 19,  6,-13,-28,-14,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='T';  M=  0, -2,-15, -6, -3,-16, -9, -9,-14, -2,-16,-10,  3,-11,  1,  3, 13, 15, -9,-25,-12, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='G';  M= -2, -7,-25, -6,-13,-25, 42,-16,-31,-10,-25,-16,  0,-17,-13,-10,  1,-14,-22,-20,-23,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='Y';  M=-11, -9,-26, -8,  1,  1,-17, -2,-16, -4,-12, -8, -8,-10, -3, -6, -6, -5,-16,-12,  9, -2;
/M: SY='C';  M= -6,-18,105,-28,-28,-19,-28,-29,-28,-28,-19,-19,-18,-37,-28,-28, -7, -6, -9,-47,-28,-28;
/M: SY='W';  M=-19,-37,-44,-38,-29, 15,-22,-25,-14,-20,-14,-15,-36,-30,-21,-19,-35,-25,-21,119, 31,-21;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V';  M= -1,-29,-11,-29,-29,  2,-30,-26, 28,-19,  9,  9,-29,-30,-29,-19,-11, -1, 46,-26, -3,-29;
/M: SY='D';  M=-16, 34,-27, 42,  8,-25, -8,  0,-29, -4,-22,-20, 19,-14, -4, -9, -1, -7,-24,-33,-13,  2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='K';  M=  5, -2,-25, -3,  2,-24, -8,-12,-23,  8,-22,-14, -2, -3,  0,  1,  0, -4,-17,-18,-16,  0;
/M: SY='B';  M= -5,  7,-23,  6,  6,-19,-11, -4,-19,  1,-18,-10,  7,-13,  2, -4,  2,  0,-17,-21, -9,  4;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R';  M=-10, -5,-25, -5,  6,-21,-20,  3,-17, 14,-16, -4, -2,-15,  8, 17, -5, -6,-12,-25, -8,  6;
/M: SY='E';  M= -4, -1,-27,  3, 27,-25,-17, -6,-25, 11,-19,-15, -4,  2,  9,  8, -2, -8,-22,-26,-18, 16;
/M: SY='I';  M= -4,-27,-20,-31,-23,  1,-29,-23, 25,-22, 23, 15,-24,-25,-20,-17,-18, -7, 23,-23, -5,-23;
/M: SY='P';  M= -6,-12,-29, -8,  2,-22,-18, -9,-17, -7,-19,-13,-10, 32, -1, -9,  0, -1,-20,-27,-16, -3;
/M: SY='G';  M= -4, -8,-32, -6,-15,-28, 46,-18,-36,-17,-29,-21, -2, -6,-17,-19, -3,-18,-30,-13,-26,-16;
/M: SY='T';  M=  1, -6,-17,-12,-11,-12, -8,-18,-12,-10,-15,-11, -3,-13, -9,-11, 12, 21, -6,-17, -8,-10;
/M: SY='R';  M= -9, -2,-26,  0,  4,-23,-15, -6,-24, 10,-21,-14,  1, -3,  4, 23,  1, -3,-19,-27,-16,  2;
/M: SY='T';  M= -2, -2,-16, -5,  0,-18,-18,-13, -9, -6,-13, -8, -2,-12,  2, -7, 12, 20, -2,-30,-13,  1;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='R';  M= -4, -8,-26, -9,  2,-21,-15, -8,-15,  6,-15, -8, -5,  0,  4,  8, -4, -5,-14,-23,-13,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='G';  M= -3,-11,-25,-12,-12,-16, 14,-10,-18, -9,-17,-10, -4, -6,-12, -8, -4,-11,-14,-19,-14,-13; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='G';  M= -4, -5,-23, -4, -3,-22, 20,-11,-26,  3,-21,-12, -1, -6, -5,  2, -3,-11,-20,-16,-17, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-27, 11, 14,-28,-15, -3,-25,  1,-24,-17,  1,  8,  8, -1,  5,  0,-23,-31,-18,  9;
/M: SY='P';  M= -2,-17,-17,-14, -7,-21,-19,-16,-11, -9,-18,-11,-15, 28,-11,-15, -5, -6,-11,-30,-20,-12;
/M: SY='N';  M= -2,  4,-23,  3,  3,-25, -6, -1,-24,  3,-22,-13,  7,-10,  6,  4,  6,  1,-19,-28,-15,  4;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	139 in 77 different sequences
Number of true positive hits	139 in 77 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	11
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Thyroglobulin type-1
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

77 sequences

COW_DROME   (Q9VCR3), EPCAM_BOVIN (Q3T0L5), EPCAM_CHICK (Q5F381),

EPCAM_HUMAN (P16422), EPCAM_MACMU (Q1WER1), EPCAM_MOUSE (Q99JW5), 
EPCAM_PIG   (Q75QW1), EPCAM_RAT   (O55159), EQSTC_ACTEQ (P81439), 
HG2A_HUMAN  (P04233), HG2A_MOUSE  (P04441), HG2A_RAT(P10247), 
IBP1_BOVIN  (P24591), IBP1_HUMAN  (P08833), IBP1_ICTTR  (Q6Q484), 
IBP1_MOUSE  (P47876), IBP1_PIG(Q75ZP3), IBP1_RAT(P21743), 
IBP2A_DANRE (Q9PTH3), IBP2B_DANRE (B3F211), IBP2_BOVIN  (P13384), 
IBP2_CHICK  (P49705), IBP2_HUMAN  (P18065), IBP2_MOUSE  (P47877), 
IBP2_PIG(P24853), IBP2_RAT(P12843), IBP2_SHEEP  (Q29400), 
IBP2_XENLA  (Q5XHC5), IBP2_XENTR  (A4IIA2), IBP3_BOVIN  (P20959), 
IBP3_HUMAN  (P17936), IBP3_MOUSE  (P47878), IBP3_PIG(P16611), 
IBP3_RAT(P15473), IBP4_BOVIN  (Q05716), IBP4_HUMAN  (P22692), 
IBP4_MOUSE  (P47879), IBP4_PIG(P24854), IBP4_RAT(P21744), 
IBP4_SHEEP  (Q28893), IBP5_BOVIN  (Q05717), IBP5_HUMAN  (P24593), 
IBP5_MOUSE  (Q07079), IBP5_PIG(Q28985), IBP5_RAT(P24594), 
IBP5_XENLA  (Q90WV8), IBP6_BOVIN  (Q05718), IBP6_HUMAN  (P24592), 
IBP6_MOUSE  (P47880), IBP6_RAT(P35572), NID1_HUMAN  (P14543), 
NID1_MOUSE  (P10493), NID2_HUMAN  (Q14112), NID2_MOUSE  (O88322), 
NID2_RAT(B5DFC9), PN16_PHONI  (P84032), SAX_AQUCT   (P31226), 
SMOC1_HUMAN (Q9H4F8), SMOC1_MOUSE (Q8BLY1), SMOC2_HUMAN (Q9H3U7), 
SMOC2_MOUSE (Q8CD91), TACD2_HUMAN (P09758), TACD2_MOUSE (Q8BGV3), 
TACD2_RAT   (Q6P9Z6), THYG_BOVIN  (P01267), THYG_HUMAN  (P01266), 
THYG_MOUSE  (O08710), THYG_PIG(F1RRV3), THYG_RAT(P06882), 
TICN1_HUMAN (Q08629), TICN1_MOUSE (Q62288), TICN2_HUMAN (Q92563), 
TICN2_MOUSE (Q9ER58), TICN3_HUMAN (Q9BQ16), TICN3_MOUSE (Q8BKV0), 
TICN3_PONAB (Q5RD69), TK1A_HADIN  (A0A1D0C023)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

28 PDB

1ICF; 1L3H; 1RMJ; 1ZT3; 1ZT5; 2DSQ; 2DSR; 2H7T; 4MZV; 6I07; 6O0D; 6O0E; 6O0F; 6SCJ; 7B75; 7E5M; 7E5N; 7PEE; 7QTQ; 7UFG; 7WRQ; 8D6P; 8D6Q; 8D6S; 8D6T; 8D6U; 8VRW; 8VSP
» more