Entry: PS51168

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] CHORISMATE_MUT_2
Accession [info] PS51168
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51167
Associated ProRule [info] PRU00515

Name and characterization of the entry

Description [info] Chorismate mutase domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=92;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=87;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5942285; R2=0.0125128; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4686.46469; R2=25.57745; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=472; N_SCORE=8.5; H_SCORE=14713; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=313; N_SCORE=6.5; H_SCORE=12667; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -3, -9,-20,-11, -9,-13,-13,-12, -8, -9,-11, -3, -7, -1, -8,-11, -2,  0, -6,-24,-13, -9;
/M:         M= -3, -4,-25, -4,  0,-19,-18,-10, -9, -6,-11, -6, -5,  0, -3,-10, -3, -3, -9,-25,-13, -3;
/M:         M=  0, -5,-21, -6, -4,-14,-12, -9,-11, -7,-10, -5, -4,-10, -4, -8,  0, -2, -8,-26,-12, -4;
/M:         M= -6, -6, -4, -9, -8,-15,-19,-11, -9, -9, -7, -1, -6,-15, -6,-10, -6, -5, -8,-27,-12, -7;
/M: SY='E'; M= -3,  2,-23,  1,  7,-18,-13, -8,-15, -3,-14, -9,  2, -8,  0, -6,  1,  0,-14,-24,-13,  3;
/M: SY='S'; M= -3, -3,-20, -3,  5,-17,-13,-10,-16, -3,-16,-11, -1,-11,  1, -3,  6,  3,-11,-24,-13,  2;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-18,-31,-22,  7,-30,-20, 23,-27, 35, 21,-25,-27,-19,-21,-24, -9, 14,-21, -1,-21;
/M: SY='E'; M= -2,  4,-23,  5, 11,-21,-13, -6,-18, -1,-14,-11,  1, -9,  4, -4,  1, -3,-16,-27,-15,  7;
/M: SY='E'; M= -3,  3,-22,  6, 14,-25,-13, -7,-21,  2,-18,-14,  0, -6,  6, -2,  1, -5,-18,-28,-17,  9;
/M: SY='L'; M= -8,-25,-18,-27,-20,  5,-27,-17, 15,-23, 21, 12,-23,-24,-17,-19,-20, -8, 10,-15,  4,-20;
/M: SY='R'; M=-17, -9,-29,-10,  0,-20,-18,  0,-28, 26,-20,-10, -1,-18,  9, 58, -9, -9,-19,-20, -9,  0;
/M: SY='E'; M=  0,  2,-24,  1,  7,-25,-11, -5,-19,  5,-19,-11,  2,-10,  6,  0,  1, -5,-15,-25,-15,  6;
/M: SY='E'; M= -5,  2,-26,  4, 17,-25,-14, -4,-23,  9,-17,-12,  1, -9, 11,  8, -2, -7,-20,-26,-15, 13;
/M: SY='I'; M= -6,-27,-26,-35,-26, -1,-35,-27, 39,-27, 19, 16,-19,-21,-18,-26,-17, -8, 26,-21, -3,-26;
/M: SY='D'; M=-14, 32,-27, 43, 13,-31,-12, -1,-29,  1,-22,-19, 14,-12,  1, -6, -1, -8,-23,-35,-16,  7;
/M: SY='E'; M=  3,  1,-22,  0, 10,-23, -9, -7,-21,  2,-18,-13,  1,-10,  5,  2,  5, -1,-16,-25,-16,  7;
/M: SY='I'; M= -5,-20,-19,-26,-22, -3,-28,-23, 25,-23, 15, 10,-15,-23,-18,-22,-14, -6, 18,-25, -6,-22;
/M: SY='D'; M=-16, 40,-28, 55, 16,-35,-10,  0,-35, -2,-28,-27, 18, -8,  0,-10,  3, -6,-27,-38,-18,  8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='R'; M= -4,  4,-24,  4,  7,-23, -9, -4,-23,  6,-18,-11,  4,-13,  5,  8,  0, -5,-18,-26,-14,  5;
/M: SY='E'; M= -7,  5,-25,  7, 17,-27,-15, -2,-22,  6,-19,-11,  3,-10, 17,  5,  1, -6,-22,-27,-15, 17;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-24,-34,-25,  5,-34,-24, 33,-29, 32, 20,-25,-24,-20,-24,-24, -9, 20,-20, -1,-24;
/M: SY='I'; M= -6,-26,-19,-29,-23,  2,-28,-18, 22,-22, 21, 15,-23,-26,-19,-17,-17, -6, 21,-22, -2,-22;
/M: SY='E'; M=  3,  2,-23,  3,  7,-24,-10, -6,-20,  3,-18,-12,  1,-11,  5,  0,  3, -4,-15,-26,-15,  5;
/M: SY='L'; M= -4,-25,-19,-27,-17,  5,-25,-19, 14,-24, 36, 14,-24,-26,-17,-18,-22, -7,  8,-21, -3,-17;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-22,-33,-24, 10,-31,-23, 25,-27, 30, 17,-25,-26,-21,-22,-22, -9, 16,-16,  1,-23;
/M: SY='A'; M= 10,  4,-19,  1,  6,-23, -7, -8,-19,  0,-18,-13,  5,-11,  2, -5,  7, -2,-14,-28,-18,  4;
/M: SY='E'; M=-11,  4,-28,  7, 25,-28,-19, -2,-27, 19,-22,-13,  1, -9, 17, 18, -2, -7,-23,-25,-14, 20;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, -1,-20,-20, -1,-29, 29,-19,-10, -1,-20,  9, 68,-10,-10,-19,-20,-10, -1;
/M: SY='M'; M= -1,-15,-20,-21,-13, -6,-14,-11,  1,-11,  7, 12,-12,-20, -8, -6, -9, -5, -1,-20, -7,-11;
/M: SY='E'; M= -1,  4,-24,  5, 11,-25, -5, -6,-23,  4,-20,-13,  2,-11,  5,  1,  3, -5,-18,-27,-16,  8;
/M: SY='L'; M= -8,-27,-17,-29,-23,  9,-30,-18, 18,-24, 23, 11,-25,-28,-21,-20,-20, -7, 15,-13,  7,-22;
/M: SY='A'; M= 18,-15,-10,-21,-16,-12,-12,-20,  2,-13, -5,  0,-12,-17,-14,-16,  5,  4, 12,-26,-15,-15;
/M: SY='R'; M= -9,  2,-26,  4,  6,-23,-16, -3,-20,  9,-15, -7,  0,-14,  8, 12, -5, -7,-16,-25,-11,  6;
/M: SY='E'; M= -4,  3,-27,  6, 17,-29,-16, -3,-22, 10,-20,-11,  0, -5, 16,  6, -2, -8,-21,-25,-14, 16;
/M: SY='V'; M=  2,-27,-19,-32,-27, -3,-30,-28, 32,-22, 12, 13,-23,-23,-22,-24,-11, -4, 33,-24, -7,-26;
/M: SY='G'; M= 20,-12,-20,-16,-14,-22, 21,-19,-19,-14,-15,-11, -7,-15,-12,-18,  3, -8,-11,-19,-21,-13;
/M: SY='E'; M= -1, -5,-24, -4, 10,-22,-14, -6,-19,  7,-12, -9, -5,-13,  6,  9, -4, -7,-15,-24,-13,  7;
/M: SY='F'; M= -4,-21,-17,-25,-19, 10,-25,-14,  9,-20,  9,  3,-17,-23,-18,-18,-10, -4,  8,-13,  8,-19;
/M: SY='K'; M=-11,  0,-30,  0, 11,-29,-20, -9,-30, 47,-29,-10,  0,-10, 10, 31,-10,-10,-20,-20,-10, 11;
/M: SY='K'; M= -3, -8,-25,-11, -3,-16,-15, -5,-14,  2,-13, -5, -6,-15,  2,  2, -5, -6,-12,-10, -5, -1;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='E'; M= -3,  1,-25,  2,  7,-24,-10, -7,-20,  6,-17,-11, -1,-11,  4,  3, -1, -5,-16,-24,-14,  5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='N'; M= -5,  5,-21,  1,  4,-17,-12,  4,-16, -1,-15, -9,  9,-14,  5,  0,  3,  0,-16,-26, -9,  4; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='G'; M= -4,  5,-23,  2, -5,-24, 22, -2,-26, -7,-23,-15, 12,-15, -4, -8,  2,-10,-24,-24,-19, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='L'; M= -6,-12,-24,-13, -8,-11,-11,-11, -5, -9,  3,  3,-10,-18, -6, -7,-11, -8, -7,-21, -9, -7;
/M: SY='P'; M= -3,-10,-28, -6,  4,-26,-16,-14,-20, -3,-24,-16, -9, 37, -2, -9,  0, -3,-21,-29,-22, -2;
/M: SY='I'; M= -4,-26,-21,-30,-24, -1,-29,-24, 26,-19, 10, 10,-20,-21,-20,-17,-12, -5, 26,-23, -5,-24;
/M: SY='Y'; M=-13,-11,-25,-11, -4,  4,-23, -2, -8, -5, -3, -3,-10,-19, -6,  0,-10, -5, -9, -9, 13, -7;
/M: SY='D'; M=-11, 25,-26, 34,  9,-31,-12,  0,-26, -1,-22,-18, 11,-14,  2, -4, -1, -9,-20,-33,-16,  4;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-30, -7,  1,-23,-17,-11,-16, -6,-18,-13,-10, 33, -4,-10, -5, -7,-20,-27,-20, -4;
/M: SY='E'; M=  0,  4,-24,  6, 12,-24,-10, -9,-22,  3,-19,-14,  0, -7,  4, -4,  2, -5,-17,-27,-16,  8;
/M: SY='R'; M=-19,-10,-30,-10,  0,-21,-20, -1,-28, 28,-20, -9, -1,-19, 12, 62,-10,-10,-19,-18, -9,  2;
/M: SY='E'; M= -9,  4,-28, 12, 43,-25,-21, -4,-20,  5,-15,-15, -3, -5, 13, -3, -2, -9,-19,-28,-16, 27;
/M: SY='E'; M=  0,  1,-24,  0, 10,-24,-16, -6,-17,  6,-14, -8,  0,-12,  9,  4, -1, -5,-14,-25,-14,  9;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-25,  0, 18,-23,-17, -5,-18,  5,-16,-10, -4,-10, 14,  1,  0, -7,-17,-21,-10, 15;
/M: SY='V'; M= -5,-27,-19,-30,-24,  0,-31,-24, 28,-20, 17, 15,-24,-25,-19,-19,-16, -6, 30,-24, -5,-23;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-22,-29,-20,  7,-29,-18, 18,-21, 27, 16,-23,-25,-16,-15,-22, -9, 11,-17,  2,-19;
/M: SY='E'; M= -4, 11,-25, 12, 16,-26,-12, -3,-25,  8,-22,-15,  9,-10,  9,  7,  2, -6,-22,-27,-16, 12;
/M: SY='R'; M= -8,  2,-25, -1,  4,-21,-15,  1,-21, 14,-20, -9,  7,-15,  7, 21, -1, -5,-17,-26,-10,  3;
/M: SY='L'; M=  0,-22,-16,-26,-19,  0,-23,-19,  9,-16, 11,  6,-19,-24,-17,-11,-13, -6, 11,-15, -4,-19;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='R'; M= -3,-10,-21,-12, -3,-16,-13,-11,-11,  0, -7, -3, -7,-17,  0,  7, -4, -4, -7,-23,-12, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E'; M=  2,  2,-22,  1,  6,-23, -5, -6,-20,  0,-18,-12,  3,-12,  6,  0,  4, -3,-17,-25,-15,  5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='R'; M= -5, -8,-21,-11, -3, -9,-17, -7, -8, -1, -3, -1, -5,-16,  2,  3, -6, -4, -9,-15, -4, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='A'; M= 21, -4,-12,-10, -9,-17,  4,-13,-12,-10,-13,-10,  0,-12, -9,-15,  7, -1, -5,-23,-17, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E'; M= -5, -3,-23, -2, 10,-20,-12, -8,-17,  7,-16,-10, -3, -3,  4,  5, -2, -4,-14,-22,-13,  6; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E'; M= -3,  5,-18,  6, 14,-20, -8, -2,-18,  7,-17,-11,  5, -5, 10,  3,  3, -3,-16,-20,-12, 12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M:         M= -2, -8,-15,-10, -8, -5, -2, -2, -9,-10, -5, -4, -5,-14, -7, -9, -5, -7, -9,-12, -1, -8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='G'; M= -5, -1,-26,  1, -3,-25, 17, -3,-27, -7,-23,-15,  2,  0, -5,-10, -1,-11,-23,-22,-18, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='L'; M= -5,-22,-19,-24,-16,  5,-23,-18, 14,-21, 26, 12,-21,-23,-15,-17,-19, -8,  9,-17, -2,-16; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='D'; M= -6, 12,-21, 15,  7,-21, -8, -4,-22, -4,-21,-17,  7, -3,  0, -8,  4, -2,-20,-27,-12,  3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='P'; M= -1, -2,-26,  2,  5,-24, -9,-12,-19, -5,-20,-15, -4, 20, -3,-12,  0, -4,-18,-27,-20, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-25, 14, 15,-25, -9, -2,-23,  0,-20,-15,  5, -4,  4, -4,  0, -7,-20,-28,-15,  9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='Y'; M= -5,-15,-19,-17,-12,  6,-18, -9, -1,-12,  3,  0,-13,-20,-12, -9, -8, -3,  0,-12,  7,-13; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='V'; M= -1,-23,-18,-28,-23,  1,-23,-23, 20,-21, 13, 10,-20,-23,-20,-20,-11, -1, 21,-22, -5,-23; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E'; M= -5,  1,-24,  2, 15,-22,-18, -6,-18,  8,-15,-11,  0,-11,  7,  8,  0, -2,-15,-26,-14, 10; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-23, -1,  6,-20,-13, -7,-18,  3,-14,-10, -1, -8,  4,  6,  1, -4,-15,-25,-14,  4; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-20,-32,-25, 13,-29,-24, 24,-25, 20, 12,-22,-25,-24,-22,-17, -5, 20,-17,  2,-25; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='F'; M=-15,-28,-24,-33,-26, 44,-28,-13,  4,-24, 11,  3,-23,-28,-26,-18,-22,-11, -1, 19, 30,-24; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='R'; M= -8,  1,-26,  1, 11,-25,-16,  3,-23, 14,-19, -8,  3,-12, 15, 19, -3, -7,-20,-24,-11, 11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='E'; M=  2, -3,-21, -3,  3,-17,-13,-12,-10, -6, -7, -7, -4,-14, -3, -7, -1, -3, -7,-26,-14,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='I'; M= -9,-24,-24,-29,-19, -2,-31,-18, 26,-21, 19, 20,-20,-22, -7,-18,-18, -8, 15,-20, -1,-15;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-24,-34,-25,  7,-31,-17, 30,-23, 21, 27,-20,-23,-16,-21,-20, -9, 19,-19,  2,-23;
/M: SY='E'; M= -4,  9,-23, 10, 16,-23,-13, -1,-24,  5,-22,-16,  9,-11,  6,  3,  6,  0,-20,-29,-15, 10;
/M: SY='A'; M=  7, -7,-21, -9,  0,-12,-14,-10, -8, -8, -5, -5, -8,-15, -5,-11, -3, -5, -6,-17, -8, -3;
/M: SY='S'; M=  4, -3, -5, -9, -9, -8, -7,-11,-14,-13,-19,-13,  5,-17, -9,-13, 17,  9, -8,-31,-13, -8;
/M: SY='R'; M=-11,-13,-23,-16, -8,-13,-25,-13, -4, 11, -6,  1, -9,-18, -3, 13,-12, -6, -1,-21, -5, -8;
/M: SY='E'; M=  0,  0,-22, -1,  2,-19, -9, -6,-17, -2,-12, -9, -1,-15,  0, -2, -1, -4,-12,-25,-12,  0;
/M: SY='I'; M= -9,-17,-22,-18,-11,  0,-26,-12,  6,-13,  5,  2,-15,-20,-11, -8,-11, -4,  6,-18,  2,-12;
/M: SY='Q'; M= -8,  1,-28,  4, 29,-32,-20,  4,-21,  7,-17, -7, -2, -7, 36,  3, -1, -9,-25,-24,-12, 33;
/M: SY='R'; M= -9, -3,-26, -4,  1,-16,-17, -3,-14,  6,-13, -5, -1,-16,  5,  8, -5, -5,-13,-20, -3,  2;
/M: SY='K'; M= -2, -5,-25, -5,  4,-20,-12, -9,-18,  6,-16, -9, -3, -6,  3,  5, -1, -5,-15,-23,-13,  3;
/M: SY='Y'; M= -7,-12,-23,-14, -8, -1,-21, -6, -1, -9,  2,  1,-10,-20, -7, -7,-11, -6, -4,-13,  8, -9;
/M: SY='F'; M=-10,-17,-24,-20,-14,  2,-20, -6, -3,-11,  2,  2,-12,-20,-10, -4,-13, -8, -4,-10,  1,-13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 31 in 31 different sequences
Number of true positive hits 31 in 31 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 91.18 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Chorismate mutase
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
31 sequences

AROD_PYRAE  (Q8ZW59), AROG_BACSU  (P39912), CHMU_ENTAG  (P42517), 
CHMU_METJA  (Q57696), CHMU_MYCS2  (A0R3N5), CHMU_MYCTO  (P9WIC0), 
CHMU_MYCTU  (P9WIC1), CHMU_PSEAE  (Q9HU05), CHMU_SALTM  (Q93LJ4), 
PCHB_PSEAE  (Q51507), PHEA_AQUAE  (O67085), PHEA_BUCAI  (P57472), 
PHEA_BUCAP  (Q8K9F8), PHEA_BUCBP  (Q89AE5), PHEA_ECO57  (P0A9J9), 
PHEA_ECOLI  (P0A9J8), PHEA_ENTAG  (Q02286), PHEA_HAEIN  (P43900), 
PHEA_NEIG1  (Q9ZHY3), PHEA_PSEAE  (Q9HZ67), PHEA_PSEST  (P27603), 
PHEA_SHIFL  (P0A9K0), SCMU_MYCS2  (A0QU81), SCMU_MYCTO  (P9WIB8), 
SCMU_MYCTU  (P9WIB9), SCMU_YERPE  (Q7CHH5), TYRA_ECOLI  (P07023), 
TYRA_ENTAG  (Q02287), TYRA_HAEIN  (P43902), TYRA_SHEON  (Q8EH68), 
Y973_MYCBO  (P64768)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

CM1_ARATH   (P42738), CM2_ARATH   (Q9S7H4), CM3_ARATH   (Q9C544)

		
PDB
[Detailed view]
17 PDB

1ECM; 2AO2; 2F6L; 2FP1; 2FP2; 2GBB; 2GTV; 2H9C; 2H9D; 2QBV; 2VKL; 2W19; 2W1A; 3HGW; 3HGX; 3REM; 3RET
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission