To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51177

General information about the entry

Entry name [info] LUMAZINE_BIND
Accession [info] PS51177
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 25-OCT-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00581
Associated ProRule [info] PRU00524

Name and characterization of the entry

Description [info] Riboflavin synthase alpha chain lumazine-binding repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=97;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2626936; R2=0.0168533; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5649.8559570; R2=6.9319963; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=371; H_SCORE=8222; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=252; H_SCORE=7397; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -7,-21,-22,-29,-18,  6,-20,-12, 15,-17, 15, 29,-18,-20,-11,-16,-17,-10,  8,-17,  0,-15;
/M: SY='F'; M=-11,-29, -9,-34,-28, 35,-30,-22, 11,-26, 16,  8,-25,-30,-31,-20,-18, -7, 16,-12,  8,-27;
/M: SY='T'; M=  1, -1,-15, -5, -1,-19,-13,-10,-15, -1,-19, -8,  2,-11,  6, -3, 19, 21, -9,-31,-13,  2;
/M: SY='G'; M=  3,-10,-29,-11,-19,-29, 66,-20,-38,-19,-29,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-19,-28,-20,-29,-19;
/M: SY='H'; M=-13, -9,-27,-15,-13,-10,-25, 22,  4,-15, -1,  5,  1,-20, -5, -9,-11, -9, -4,-26,  3,-13;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-19,-34,-30,  0,-34,-30, 39,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 41,-26, -6,-30;
/M: SY='E'; M=-11, 11,-21, 18, 21,-30,-17, -2,-25,  6,-18,-11,  2,-10, 15, -1, -2, -8,-23,-30,-15, 18;
/M: SY='G'; M=  1, -4,-16, -4, -1,-21, 20,-15,-29,-12,-22,-18, -2,-15,-10,-15,  3, -6,-21,-25,-21, -5;
/M: SY='V'; M= -3,-17,-15,-23,-21, -3,-27,-24, 17,-18,  7,  5,-14,-22,-20,-17, -3, 13, 23,-28, -8,-21;
/M: SY='G'; M= 21, -7,-21,-13,-15,-25, 35,-18,-26,-15,-21,-16, -1,-16,-15,-19,  5,-10,-17,-21,-25,-15;
/M: SY='E'; M= -8, -4,-26, -3, 12,-19,-21,-11,-11,  2,-13, -9, -3, -1,  1, -2, -2, -1,-12,-28,-15,  5;
/M: SY='I'; M= -6,-29,-21,-34,-29,  2,-35,-27, 37,-25, 16, 15,-25,-25,-24,-24,-16, -6, 36,-22,  0,-29;
/M: SY='A'; M=  1, -2,-16, -3, -4,-21,-14,-17, -9, -1,-13, -8, -6,-15, -8, -9, -4, -5, -2,-27,-15, -7;
/M: SY='E'; M=  2,  6,-22,  5, 10,-20,-12, -7,-21,  6,-18,-13,  5,-12,  3,  0,  2, -4,-17,-26,-14,  7;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-25,-34,-25,  8,-33,-25, 30,-22, 13, 12,-18,-22,-20,-19,-15, -7, 20,-18,  1,-25;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -9,  3,-18,  3,  9,-20,-16, -1,-16, -4,-14,-10,  2,-13, -1, -7,  0, -1,-14,-30,-12,  3;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='E'; M= -7, -5,-25, -4, 11,-16,-19, -4,-16,  3,-13, -9, -4, -3,  4,  3, -2, -2,-15,-24,-10,  6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='N'; M= -6,  5,-23,  2,  1,-16, -9,  4,-15, -2,-17,-10, 11,-16,  3, -4,  2, -4,-17,-23, -3,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='G'; M= -6,  8,-26, 12,  9,-27, 14, -5,-31, -6,-25,-19,  7, -8, -3,-10,  4, -7,-25,-29,-21,  3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='D'; M=-10, 25,-25, 27, 18,-28,-10,  6,-27,  5,-24,-19, 21,-11,  8,  1,  2, -7,-26,-32,-16, 12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-22,-10,-13, -6,  6, -8,-17,-15,-10,-10, -4,-19,-13,-15, -2, -6,-14,-11, -5,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='L'; M= -7,-14,-23,-16, -8, -2,-23,-11,  0, -8,  4,  4,-13,-20, -4, -4,-11, -6,  0,-17, -1, -7;
/M: SY='S'; M= -3, -1,-22, -1,  5,-20,-14, -7,-18,  6,-21,-12,  1,-13,  6,  3,  7,  1,-13,-21,-10,  5;
/M: SY='I'; M=-11,-24,-23,-28,-23,  8,-31, -4, 21,-21, 14, 16,-20,-25,-16,-18,-18, -9, 15,-13, 15,-22;
/M: SY='W'; M= -5,-15,-24,-16,-16, -9, -6,-16,-11, -9,-10, -6,-13,-21,-13, -7, -7, -3, -5,  4, -2,-14;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-25,-38,-30, 11,-36,-28, 39,-28, 18, 16,-22,-24,-24,-26,-19, -8, 29,-18,  2,-30;
/M: SY='E'; M= -9,  4,-26,  4, 13,-17,-13, -6,-25, 12,-21,-13,  5,-12,  5,  9, -3, -6,-21,-23,-12,  9;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='I'; M=  0,-15,-19,-23,-17,  1,-21,-18, 10,-15,  2,  6,-11,-14,-15,-16, -6,  0,  8,-20, -5,-17; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='P'; M= -6, -3,-30,  2,  1,-26,-15,-13,-21, -6,-25,-18, -5, 44, -6,-11, -2, -2,-23,-30,-23, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='E'; M= -5,  3,-26,  3, 10,-25,-10, -8,-22,  8,-23,-14,  3,  5,  3,  0,  0, -4,-20,-27,-18,  6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='N'; M= -7,  8,-19,  7,  3,-15, -7,  0,-17, -4,-13,-10,  9,-13,  2, -5,  3, -1,-16,-26,-11,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='L'; M=-10,-22,-22,-24,-20,  8,-27,-19, 15,-20, 19, 13,-21,-24,-18,-17,-20, -9, 11,-10,  2,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='L'; M= -1,-22,-18,-26,-18, -1,-25,-19, 15,-19, 22, 13,-20,-22,-15,-17,-13, -1, 12,-23, -5,-17;
/M: SY='E'; M=-10,  7,-26, 10, 14,-25,-18, -7,-21,  9,-20,-14,  3, -6,  5,  5,  0, -1,-16,-29,-15,  9;
/M: SY='D'; M=-14, 10,-27, 13, -4, -6, -9,  2,-20, -8,-18,-15,  5,-15, -8,-11, -3, -6,-20,-13, 12, -7;
/M: SY='V'; M= -6,-28, -5,-31,-27, -1,-27,-27, 22,-26, 18, 11,-25,-28,-24,-23,-17, -7, 24,-26, -8,-27;
/M: SY='V'; M= -6,-10,-20,-12, -6,-11,-22, -1,  1, -8, -4,  0, -7,-19, -8, -9, -4, -2,  5,-29, -7, -8;
/M: SY='E'; M= -8, -7,-23, -5,  4,-12,-23,-11, -7, -3, -5, -6, -9,-10, -4, -7, -4,  1, -5,-23, -5, -1;
/M: SY='K'; M= -7,  0,-30,  3,  5,-31, 15,-12,-34, 16,-29,-16,  1,-13, -1,  5, -4,-14,-25,-22,-19,  2;
/M: SY='D'; M= -6, 19,-26, 27,  1,-32, 18,-10,-35, -9,-28,-24, 10,-13, -8,-14,  6, -6,-25,-32,-23, -3;
/M: SY='S'; M=  0, -4,-15, -4, -6, -6,-10, -2,-15,-12,-20,-13,  2,-16, -6,-11, 20, 10, -8,-27, -2, -6;
/M: SY='I'; M= -8,-29,-26,-38,-29,  0,-37,-28, 45,-27, 18, 21,-22,-22,-21,-27,-18, -8, 32,-22, -2,-29;
/M: SY='A'; M= 25,-10,-14,-17,-12,-17,  5,-18,-12,-13, -9, -7, -8,-13,-11,-17,  7,  4, -4,-22,-18,-12;
/M: SY='V'; M= -6,-27,-18,-31,-27,  4,-32,-23, 28,-23, 14, 12,-23,-26,-24,-21,-13, -2, 32,-24, -3,-27;
/M: SY='D'; M=-15, 45,-25, 47, 11,-31, -5,  5,-31,  0,-30,-25, 38,-15,  0, -5,  5, -5,-30,-40,-20,  5;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V'; M= -4,-25,  1,-32,-27, -5,-32,-29, 24,-24,  7,  7,-21,-25,-23,-25,-11, -2, 26,-28, -9,-27;
/M: SY='C'; M=  1, -9, 39,-14,-13,-15,-13,-18,-23,-19,-24,-19, -3,-22,-14,-18, 18,  7, -9,-41,-21,-13;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-19,-27,-19,  8,-28,-19, 18,-28, 43, 17,-25,-29,-19,-19,-26, -9, 10,-22, -2,-19;
/M: SY='T'; M=  0, -1,-12, -9, -9,-12,-19,-19,-11,-10,-12,-11,  0, -5, -9,-11, 20, 45, -2,-31,-12, -9;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-33,-29,  1,-33,-29, 36,-24, 17, 14,-27,-27,-26,-23,-15, -4, 40,-26, -6,-29;
/M: SY='T'; M=  0, -1,-15, -5, -7,-11,-13,-16, -8,-10,-12,-10,  1,-15,-11,-12, 10, 18,  1,-30,-13, -9;
/M: SY='E'; M= -7,  8,-25, 13, 14,-25, -8, -1,-27,  5,-23,-17,  4,-11,  6,  1,  4, -3,-22,-27,-12,  9;
/M: SY='V'; M= -8,-27,-12,-32,-26, 10,-31,-24, 21,-22, 15, 12,-23,-27,-24,-17,-16, -5, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='N'; M= -7, 11,-21,  8,  3,-20, -9, -5,-21,  3,-20,-15, 13,-14, -1,  1,  7,  5,-18,-29,-12,  0;
/M: SY='N'; M= -5,  9,-25,  9,  7,-22,  1, -6,-26, -4,-25,-19, 11, -3, -1, -6,  5, -5,-24,-30,-19,  2;
/M: SY='D'; M= -8, 24,-21, 25, 12,-24, -7,  0,-25, -2,-26,-21, 23,-12,  2, -6, 13,  3,-23,-35,-15,  6;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='Q'; M= -6,-10,-22,-13, -7,-15,-17, -4, -3, -5, -7,  0, -6,-16,  1, -3, -2,  0, -2,-24, -7, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F'; M=-12,-29,-20,-36,-28, 35,-32,-22, 19,-26, 15,  8,-23,-28,-30,-21,-19, -8, 18, -7, 15,-28;
/M: SY='T'; M= -8,-11, -5,-17,-11,  6,-21,-16,-15, -9,-12,-11, -8,-19,-14, -8,  1,  9, -8,-11,  1,-12;
/M: SY='F'; M= -4,-28,-19,-34,-27, 22,-30,-25, 21,-25, 14,  9,-23,-26,-28,-22,-15, -6, 22,-14,  4,-27;
/M: SY='D'; M= -9, 24,-23, 28,  5,-28,  1,  2,-28, -5,-27,-19, 19,-14, -2, -9, 10, -1,-23,-36,-18,  1;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-21,-30,-24,  6,-31,-18, 27,-23, 23, 16,-24,-25,-19,-20,-20, -7, 22,-15,  7,-23; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I'; M= -3,-19,-23,-24,-17, -5,-24,-21, 15,-19,  0,  6,-13, -5,-14,-21, -2,  0,  9,-25, -8,-18;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P'; M=-10,-10,-32, -4,  3,-25,-19,-14,-19,  1,-20,-14,-11, 37, -4, -5, -7, -8,-22,-28,-21, -3;
/M: SY='E'; M=-12, 10,-28, 14, 33,-26,-19, 17,-27,  6,-20,-14,  6, -8, 15,  1, -1, -8,-27,-28, -8, 23;
/M: SY='T'; M=  4, -6,-12,-15,-12, -9,-19,-20, -4,-13, -2, -5, -5,-13,-11,-13, 12, 33,  2,-28,-10,-12;
/M: SY='L'; M= -8,-21,-24,-24,-16,  0,-26,-12, 11,-14, 17, 11,-18,-23, -9, -6,-16, -8,  4,-16,  4,-14;
/M: SY='K'; M=  5, -2,-23, -5,  6,-24,-14, -9,-19, 16,-20,-10,  1,-11,  6,  9,  1, -5,-14,-24,-14,  5;
/M: SY='R'; M=-10, -7, -9, -9, -1,-15,-20,-10,-16,  1, -9, -8, -3,-18, -2, 12, -2,  1,-11,-28,-13, -3;
/M: SY='T'; M= -1,  1,-11, -6, -9,-12,-19,-19,-11,-10,-11,-11,  0,-11,-10,-10, 19, 43,  0,-31,-11, -9;
/M: SY='N'; M= -2, 16,-16,  2, -6,-15, -9, -6,-11, -7,-19,-13, 27,-16, -5, -7, 13, 16,-13,-34,-15, -6;
/M: SY='L'; M=-12,-29,-20,-33,-24, 22,-30,-20, 20,-28, 33, 19,-26,-28,-23,-20,-25, -9, 12,-14,  6,-23;
/M: SY='G'; M=  3, -8,-25,-10,-10,-26, 24, -8,-28, -3,-23,-13, -2,-17, -6, -2,  0,-12,-19,-22,-19, -9;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-24,  3, 10,-16,-14, -6,-22,  6,-23,-15,  5,-12,  4,  0,  6,  1,-19,-17, -8,  7;
/M: SY='Y'; M=-10,-17,-20,-19,-11, -4,-25,-11, -6,  2,  3,  1,-17,-23, -8,  1,-19,-11, -7, -4,  9,-10;
/M: SY='K'; M= -4,  1,-25, -2,  8,-24,-18, -8,-21, 22,-21,-10,  3,-11,  7, 15, -3, -3,-16,-24,-12,  7;
/M: SY='V'; M= -2,-19,-11,-23,-18, -9,-26,-23, 13,-11,  2,  4,-17,-22,-14,-13, -6,  2, 20,-27,-10,-17;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-29, -1,-15,-30, 56,-16,-38,-17,-30,-21,  5,-19,-16,-18,  2,-16,-29,-24,-28,-15;
/M: SY='D'; M= -4, 19,-20, 24,  6,-27, -9, -7,-24, -3,-24,-19, 11,-12,  1, -8, 13,  6,-15,-35,-17,  3;
/M: SY='R'; M=-13, -9,-30, -8,  6,-19,-22, -2,-17, 12,-13, -3, -8, -6,  8, 13,-12,-11,-18,-13, -4,  5;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 12, 10,-30,-30,-30,-20,-11,  0, 48,-30,-10,-30;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-17,-31,-24,  5,-30,-23, 26,-26, 32, 18,-29,-29,-23,-20,-22, -7, 25,-23, -3,-24;
/M: SY='E'; M= -9,  9,-30, 18, 56,-30,-15, -1,-31,  8,-21,-20,  0, -1, 18, -1,  0,-11,-30,-29,-21, 37;
/M: SY='R'; M= -7,-14,-17,-18,-12,-12,-24,-16, -2, -1, -5, -2, -9,-15, -9,  8, -6,  2,  3,-25,-10,-13;
/M: SY='D'; M=  7,  8,-20, 11,  0,-18,-10,-11,-18, -8,-12,-14,  0,-14, -7,-10,  3, -3,-11,-27,-14, -4;
/M: SY='M'; M= -6,-12,-22,-17,-14,-10,-20,-12,  8,-13,  1, 12, -8, -4, -9,-14,-10, -6,  4,-27,-11,-13;
/M: SY='M'; M= -5,-14,-23,-16, -7,-13,-17,-14, -2,  1, -1,  4,-12,-18, -3,  2, -9, -7,  1,-23,-10, -6;
/M: SY='A'; M=  1,-16,-22,-20,-15, -1, -5,-18, -8,-17, -8, -4,-11,-13,-13,-16, -2, -2, -6,-10, -7,-14;
/M: SY='N'; M= -6,  7,-25,  4, -1,-27, 10, -8,-29,  8,-28,-16, 12,-15,  0,  4,  3, -5,-23,-27,-18, -1;
/M: SY='Y'; M= -1, -2,-22, -1, -2, -8,-13, -4,-12, -7,-11, -8, -6,-16, -6,-12,  0,  0, -9,-14,  8, -5;
/M: SY='R'; M= -7,-12,-23,-14, -5,-12,-20,-11, -7, -1, -5, -2, -8,-19, -2,  9, -7, -5, -3,-14, -8, -5;
/M: SY='I'; M= -9,-18,-23,-20, -6,  3,-27,-14, 10,-16, 10,  7,-16,-19, -8,-15,-12, -7,  5,-19,  0, -8;
/M: SY='G'; M= -6,  0,-20,  0, -9,-29, 31,-13,-36, -5,-28,-18,  4,-19, -9, -4, -2,-15,-27,-25,-24,-10;
/M: SY='G'; M= -6,-15,-27,-17,-18, -7, 21,-18,-21,-16,-11,-10,-10,-22,-18,-15, -8,-10,-17, -5, -8,-18;
/M: SY='H'; M=-13,-12,-25,-13,-12,-11,-18, 42, -7,-16, -2,  7, -6,-23, -5,-10,-13,-14, -6,-27,  7,-11;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_10 which contains 556'006 sequence entries.


Total number of hits 52 in 26 different sequences
Number of true positive hits 52 in 26 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] lumazine-binding
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
26 sequences

BFP_ALIFS   (P80893    ), LUXP_PHOLE  (Q06877    ), LUXP_PHOPO  (P25082    ), 
LUXY_ALIFS  (P21578    ), RISA_ACTPL  (P50854    ), RISA_AQUAE  (O67604    ), 
RISA_BACAM  (Q44680    ), RISA_BACSU  (P16440    ), RISA_BRUA2  (Q2YN92    ), 
RISA_BUCAI  (P57212    ), RISA_BUCAP  (Q8KA22    ), RISA_BUCBP  (Q89AX1    ), 
RISA_CHLMU  (Q9PJZ1    ), RISA_CHLPN  (Q9Z820    ), RISA_CHLTR  (O84410    ), 
RISA_ECOLI  (P0AFU8    ), RISA_HAEIN  (P45273    ), RISA_MYCBO  (P65328    ), 
RISA_MYCTO  (P9WK34    ), RISA_MYCTU  (P9WK35    ), RISA_PHOLE  (Q01993    ), 
RISA_PHOPO  (P51961    ), RISA_PICGU  (A5DB51    ), RISA_SCHPO  (Q9Y7P0    ), 
RISA_SHIFL  (P0AFU9    ), RISA_YEAST  (P38145    )
» more

PDB
[Detailed view]
10 PDB

1HZE; 1I18; 1I8D; 1KZL; 1PKV; 3DDY; 4E0F; 4FXU; 4G6I; 4GQN

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission