Entry: PS51177

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] LUMAZINE_BIND
Accession [info] PS51177
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00581
Associated ProRule [info] PRU00524

Name and characterization of the entry

Description [info] Riboflavin synthase alpha chain lumazine-binding repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=97;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2626936; R2=0.0168533; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3734.75414; R2=29.30733; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=371; N_SCORE=8.5; H_SCORE=12849; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=252; N_SCORE=6.5; H_SCORE=11091; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -7,-21,-22,-29,-18,  6,-20,-12, 15,-17, 15, 29,-18,-20,-11,-16,-17,-10,  8,-17,  0,-15;
/M: SY='F'; M=-11,-29, -9,-34,-28, 35,-30,-22, 11,-26, 16,  8,-25,-30,-31,-20,-18, -7, 16,-12,  8,-27;
/M: SY='T'; M=  1, -1,-15, -5, -1,-19,-13,-10,-15, -1,-19, -8,  2,-11,  6, -3, 19, 21, -9,-31,-13,  2;
/M: SY='G'; M=  3,-10,-29,-11,-19,-29, 66,-20,-38,-19,-29,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-19,-28,-20,-29,-19;
/M: SY='H'; M=-13, -9,-27,-15,-13,-10,-25, 22,  4,-15, -1,  5,  1,-20, -5, -9,-11, -9, -4,-26,  3,-13;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-19,-34,-30,  0,-34,-30, 39,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 41,-26, -6,-30;
/M: SY='E'; M=-11, 11,-21, 18, 21,-30,-17, -2,-25,  6,-18,-11,  2,-10, 15, -1, -2, -8,-23,-30,-15, 18;
/M: SY='G'; M=  1, -4,-16, -4, -1,-21, 20,-15,-29,-12,-22,-18, -2,-15,-10,-15,  3, -6,-21,-25,-21, -5;
/M: SY='V'; M= -3,-17,-15,-23,-21, -3,-27,-24, 17,-18,  7,  5,-14,-22,-20,-17, -3, 13, 23,-28, -8,-21;
/M: SY='G'; M= 21, -7,-21,-13,-15,-25, 35,-18,-26,-15,-21,-16, -1,-16,-15,-19,  5,-10,-17,-21,-25,-15;
/M: SY='E'; M= -8, -4,-26, -3, 12,-19,-21,-11,-11,  2,-13, -9, -3, -1,  1, -2, -2, -1,-12,-28,-15,  5;
/M: SY='I'; M= -6,-29,-21,-34,-29,  2,-35,-27, 37,-25, 16, 15,-25,-25,-24,-24,-16, -6, 36,-22,  0,-29;
/M: SY='A'; M=  1, -2,-16, -3, -4,-21,-14,-17, -9, -1,-13, -8, -6,-15, -8, -9, -4, -5, -2,-27,-15, -7;
/M: SY='E'; M=  2,  6,-22,  5, 10,-20,-12, -7,-21,  6,-18,-13,  5,-12,  3,  0,  2, -4,-17,-26,-14,  7;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-25,-34,-25,  8,-33,-25, 30,-22, 13, 12,-18,-22,-20,-19,-15, -7, 20,-18,  1,-25;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -9,  3,-18,  3,  9,-20,-16, -1,-16, -4,-14,-10,  2,-13, -1, -7,  0, -1,-14,-30,-12,  3;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='E'; M= -7, -5,-25, -4, 11,-16,-19, -4,-16,  3,-13, -9, -4, -3,  4,  3, -2, -2,-15,-24,-10,  6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='N'; M= -6,  5,-23,  2,  1,-16, -9,  4,-15, -2,-17,-10, 11,-16,  3, -4,  2, -4,-17,-23, -3,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='G'; M= -6,  8,-26, 12,  9,-27, 14, -5,-31, -6,-25,-19,  7, -8, -3,-10,  4, -7,-25,-29,-21,  3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='D'; M=-10, 25,-25, 27, 18,-28,-10,  6,-27,  5,-24,-19, 21,-11,  8,  1,  2, -7,-26,-32,-16, 12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-22,-10,-13, -6,  6, -8,-17,-15,-10,-10, -4,-19,-13,-15, -2, -6,-14,-11, -5,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='L'; M= -7,-14,-23,-16, -8, -2,-23,-11,  0, -8,  4,  4,-13,-20, -4, -4,-11, -6,  0,-17, -1, -7;
/M: SY='S'; M= -3, -1,-22, -1,  5,-20,-14, -7,-18,  6,-21,-12,  1,-13,  6,  3,  7,  1,-13,-21,-10,  5;
/M: SY='I'; M=-11,-24,-23,-28,-23,  8,-31, -4, 21,-21, 14, 16,-20,-25,-16,-18,-18, -9, 15,-13, 15,-22;
/M: SY='W'; M= -5,-15,-24,-16,-16, -9, -6,-16,-11, -9,-10, -6,-13,-21,-13, -7, -7, -3, -5,  4, -2,-14;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-25,-38,-30, 11,-36,-28, 39,-28, 18, 16,-22,-24,-24,-26,-19, -8, 29,-18,  2,-30;
/M: SY='E'; M= -9,  4,-26,  4, 13,-17,-13, -6,-25, 12,-21,-13,  5,-12,  5,  9, -3, -6,-21,-23,-12,  9;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='I'; M=  0,-15,-19,-23,-17,  1,-21,-18, 10,-15,  2,  6,-11,-14,-15,-16, -6,  0,  8,-20, -5,-17; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='P'; M= -6, -3,-30,  2,  1,-26,-15,-13,-21, -6,-25,-18, -5, 44, -6,-11, -2, -2,-23,-30,-23, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='E'; M= -5,  3,-26,  3, 10,-25,-10, -8,-22,  8,-23,-14,  3,  5,  3,  0,  0, -4,-20,-27,-18,  6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='N'; M= -7,  8,-19,  7,  3,-15, -7,  0,-17, -4,-13,-10,  9,-13,  2, -5,  3, -1,-16,-26,-11,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='L'; M=-10,-22,-22,-24,-20,  8,-27,-19, 15,-20, 19, 13,-21,-24,-18,-17,-20, -9, 11,-10,  2,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='L'; M= -1,-22,-18,-26,-18, -1,-25,-19, 15,-19, 22, 13,-20,-22,-15,-17,-13, -1, 12,-23, -5,-17;
/M: SY='E'; M=-10,  7,-26, 10, 14,-25,-18, -7,-21,  9,-20,-14,  3, -6,  5,  5,  0, -1,-16,-29,-15,  9;
/M: SY='D'; M=-14, 10,-27, 13, -4, -6, -9,  2,-20, -8,-18,-15,  5,-15, -8,-11, -3, -6,-20,-13, 12, -7;
/M: SY='V'; M= -6,-28, -5,-31,-27, -1,-27,-27, 22,-26, 18, 11,-25,-28,-24,-23,-17, -7, 24,-26, -8,-27;
/M: SY='V'; M= -6,-10,-20,-12, -6,-11,-22, -1,  1, -8, -4,  0, -7,-19, -8, -9, -4, -2,  5,-29, -7, -8;
/M: SY='E'; M= -8, -7,-23, -5,  4,-12,-23,-11, -7, -3, -5, -6, -9,-10, -4, -7, -4,  1, -5,-23, -5, -1;
/M: SY='K'; M= -7,  0,-30,  3,  5,-31, 15,-12,-34, 16,-29,-16,  1,-13, -1,  5, -4,-14,-25,-22,-19,  2;
/M: SY='D'; M= -6, 19,-26, 27,  1,-32, 18,-10,-35, -9,-28,-24, 10,-13, -8,-14,  6, -6,-25,-32,-23, -3;
/M: SY='S'; M=  0, -4,-15, -4, -6, -6,-10, -2,-15,-12,-20,-13,  2,-16, -6,-11, 20, 10, -8,-27, -2, -6;
/M: SY='I'; M= -8,-29,-26,-38,-29,  0,-37,-28, 45,-27, 18, 21,-22,-22,-21,-27,-18, -8, 32,-22, -2,-29;
/M: SY='A'; M= 25,-10,-14,-17,-12,-17,  5,-18,-12,-13, -9, -7, -8,-13,-11,-17,  7,  4, -4,-22,-18,-12;
/M: SY='V'; M= -6,-27,-18,-31,-27,  4,-32,-23, 28,-23, 14, 12,-23,-26,-24,-21,-13, -2, 32,-24, -3,-27;
/M: SY='D'; M=-15, 45,-25, 47, 11,-31, -5,  5,-31,  0,-30,-25, 38,-15,  0, -5,  5, -5,-30,-40,-20,  5;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V'; M= -4,-25,  1,-32,-27, -5,-32,-29, 24,-24,  7,  7,-21,-25,-23,-25,-11, -2, 26,-28, -9,-27;
/M: SY='C'; M=  1, -9, 39,-14,-13,-15,-13,-18,-23,-19,-24,-19, -3,-22,-14,-18, 18,  7, -9,-41,-21,-13;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-19,-27,-19,  8,-28,-19, 18,-28, 43, 17,-25,-29,-19,-19,-26, -9, 10,-22, -2,-19;
/M: SY='T'; M=  0, -1,-12, -9, -9,-12,-19,-19,-11,-10,-12,-11,  0, -5, -9,-11, 20, 45, -2,-31,-12, -9;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-33,-29,  1,-33,-29, 36,-24, 17, 14,-27,-27,-26,-23,-15, -4, 40,-26, -6,-29;
/M: SY='T'; M=  0, -1,-15, -5, -7,-11,-13,-16, -8,-10,-12,-10,  1,-15,-11,-12, 10, 18,  1,-30,-13, -9;
/M: SY='E'; M= -7,  8,-25, 13, 14,-25, -8, -1,-27,  5,-23,-17,  4,-11,  6,  1,  4, -3,-22,-27,-12,  9;
/M: SY='V'; M= -8,-27,-12,-32,-26, 10,-31,-24, 21,-22, 15, 12,-23,-27,-24,-17,-16, -5, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='N'; M= -7, 11,-21,  8,  3,-20, -9, -5,-21,  3,-20,-15, 13,-14, -1,  1,  7,  5,-18,-29,-12,  0;
/M: SY='N'; M= -5,  9,-25,  9,  7,-22,  1, -6,-26, -4,-25,-19, 11, -3, -1, -6,  5, -5,-24,-30,-19,  2;
/M: SY='D'; M= -8, 24,-21, 25, 12,-24, -7,  0,-25, -2,-26,-21, 23,-12,  2, -6, 13,  3,-23,-35,-15,  6;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='Q'; M= -6,-10,-22,-13, -7,-15,-17, -4, -3, -5, -7,  0, -6,-16,  1, -3, -2,  0, -2,-24, -7, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F'; M=-12,-29,-20,-36,-28, 35,-32,-22, 19,-26, 15,  8,-23,-28,-30,-21,-19, -8, 18, -7, 15,-28;
/M: SY='T'; M= -8,-11, -5,-17,-11,  6,-21,-16,-15, -9,-12,-11, -8,-19,-14, -8,  1,  9, -8,-11,  1,-12;
/M: SY='F'; M= -4,-28,-19,-34,-27, 22,-30,-25, 21,-25, 14,  9,-23,-26,-28,-22,-15, -6, 22,-14,  4,-27;
/M: SY='D'; M= -9, 24,-23, 28,  5,-28,  1,  2,-28, -5,-27,-19, 19,-14, -2, -9, 10, -1,-23,-36,-18,  1;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-21,-30,-24,  6,-31,-18, 27,-23, 23, 16,-24,-25,-19,-20,-20, -7, 22,-15,  7,-23; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I'; M= -3,-19,-23,-24,-17, -5,-24,-21, 15,-19,  0,  6,-13, -5,-14,-21, -2,  0,  9,-25, -8,-18;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P'; M=-10,-10,-32, -4,  3,-25,-19,-14,-19,  1,-20,-14,-11, 37, -4, -5, -7, -8,-22,-28,-21, -3;
/M: SY='E'; M=-12, 10,-28, 14, 33,-26,-19, 17,-27,  6,-20,-14,  6, -8, 15,  1, -1, -8,-27,-28, -8, 23;
/M: SY='T'; M=  4, -6,-12,-15,-12, -9,-19,-20, -4,-13, -2, -5, -5,-13,-11,-13, 12, 33,  2,-28,-10,-12;
/M: SY='L'; M= -8,-21,-24,-24,-16,  0,-26,-12, 11,-14, 17, 11,-18,-23, -9, -6,-16, -8,  4,-16,  4,-14;
/M: SY='K'; M=  5, -2,-23, -5,  6,-24,-14, -9,-19, 16,-20,-10,  1,-11,  6,  9,  1, -5,-14,-24,-14,  5;
/M: SY='R'; M=-10, -7, -9, -9, -1,-15,-20,-10,-16,  1, -9, -8, -3,-18, -2, 12, -2,  1,-11,-28,-13, -3;
/M: SY='T'; M= -1,  1,-11, -6, -9,-12,-19,-19,-11,-10,-11,-11,  0,-11,-10,-10, 19, 43,  0,-31,-11, -9;
/M: SY='N'; M= -2, 16,-16,  2, -6,-15, -9, -6,-11, -7,-19,-13, 27,-16, -5, -7, 13, 16,-13,-34,-15, -6;
/M: SY='L'; M=-12,-29,-20,-33,-24, 22,-30,-20, 20,-28, 33, 19,-26,-28,-23,-20,-25, -9, 12,-14,  6,-23;
/M: SY='G'; M=  3, -8,-25,-10,-10,-26, 24, -8,-28, -3,-23,-13, -2,-17, -6, -2,  0,-12,-19,-22,-19, -9;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-24,  3, 10,-16,-14, -6,-22,  6,-23,-15,  5,-12,  4,  0,  6,  1,-19,-17, -8,  7;
/M: SY='Y'; M=-10,-17,-20,-19,-11, -4,-25,-11, -6,  2,  3,  1,-17,-23, -8,  1,-19,-11, -7, -4,  9,-10;
/M: SY='K'; M= -4,  1,-25, -2,  8,-24,-18, -8,-21, 22,-21,-10,  3,-11,  7, 15, -3, -3,-16,-24,-12,  7;
/M: SY='V'; M= -2,-19,-11,-23,-18, -9,-26,-23, 13,-11,  2,  4,-17,-22,-14,-13, -6,  2, 20,-27,-10,-17;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-29, -1,-15,-30, 56,-16,-38,-17,-30,-21,  5,-19,-16,-18,  2,-16,-29,-24,-28,-15;
/M: SY='D'; M= -4, 19,-20, 24,  6,-27, -9, -7,-24, -3,-24,-19, 11,-12,  1, -8, 13,  6,-15,-35,-17,  3;
/M: SY='R'; M=-13, -9,-30, -8,  6,-19,-22, -2,-17, 12,-13, -3, -8, -6,  8, 13,-12,-11,-18,-13, -4,  5;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 12, 10,-30,-30,-30,-20,-11,  0, 48,-30,-10,-30;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-17,-31,-24,  5,-30,-23, 26,-26, 32, 18,-29,-29,-23,-20,-22, -7, 25,-23, -3,-24;
/M: SY='E'; M= -9,  9,-30, 18, 56,-30,-15, -1,-31,  8,-21,-20,  0, -1, 18, -1,  0,-11,-30,-29,-21, 37;
/M: SY='R'; M= -7,-14,-17,-18,-12,-12,-24,-16, -2, -1, -5, -2, -9,-15, -9,  8, -6,  2,  3,-25,-10,-13;
/M: SY='D'; M=  7,  8,-20, 11,  0,-18,-10,-11,-18, -8,-12,-14,  0,-14, -7,-10,  3, -3,-11,-27,-14, -4;
/M: SY='M'; M= -6,-12,-22,-17,-14,-10,-20,-12,  8,-13,  1, 12, -8, -4, -9,-14,-10, -6,  4,-27,-11,-13;
/M: SY='M'; M= -5,-14,-23,-16, -7,-13,-17,-14, -2,  1, -1,  4,-12,-18, -3,  2, -9, -7,  1,-23,-10, -6;
/M: SY='A'; M=  1,-16,-22,-20,-15, -1, -5,-18, -8,-17, -8, -4,-11,-13,-13,-16, -2, -2, -6,-10, -7,-14;
/M: SY='N'; M= -6,  7,-25,  4, -1,-27, 10, -8,-29,  8,-28,-16, 12,-15,  0,  4,  3, -5,-23,-27,-18, -1;
/M: SY='Y'; M= -1, -2,-22, -1, -2, -8,-13, -4,-12, -7,-11, -8, -6,-16, -6,-12,  0,  0, -9,-14,  8, -5;
/M: SY='R'; M= -7,-12,-23,-14, -5,-12,-20,-11, -7, -1, -5, -2, -8,-19, -2,  9, -7, -5, -3,-14, -8, -5;
/M: SY='I'; M= -9,-18,-23,-20, -6,  3,-27,-14, 10,-16, 10,  7,-16,-19, -8,-15,-12, -7,  5,-19,  0, -8;
/M: SY='G'; M= -6,  0,-20,  0, -9,-29, 31,-13,-36, -5,-28,-18,  4,-19, -9, -4, -2,-15,-27,-25,-24,-10;
/M: SY='G'; M= -6,-15,-27,-17,-18, -7, 21,-18,-21,-16,-11,-10,-10,-22,-18,-15, -8,-10,-17, -5, -8,-18;
/M: SY='H'; M=-13,-12,-25,-13,-12,-11,-18, 42, -7,-16, -2,  7, -6,-23, -5,-10,-13,-14, -6,-27,  7,-11;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 48 in 24 different sequences
Number of true positive hits 48 in 24 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] lumazine-binding
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
24 sequences

LUXP_PHOLE  (Q06877), LUXP_PHOPO  (P25082), LUXY_ALIFS  (P21578), 
RISA_ACTPL  (P50854), RISA_AQUAE  (O67604), RISA_BACAM  (Q44680), 
RISA_BACSU  (P16440), RISA_BUCAI  (P57212), RISA_BUCAP  (Q8KA22), 
RISA_BUCBP  (Q89AX1), RISA_CHLMU  (Q9PJZ1), RISA_CHLPN  (Q9Z820), 
RISA_CHLTR  (O84410), RISA_ECOLI  (P0AFU8), RISA_HAEIN  (P45273), 
RISA_MYCBO  (P65328), RISA_MYCTO  (P9WK34), RISA_MYCTU  (P9WK35), 
RISA_PHOLE  (Q01993), RISA_PHOPO  (P51961), RISA_PICGU  (A5DB51), 
RISA_SCHPO  (Q9Y7P0), RISA_SHIFL  (P0AFU9), RISA_YEAST  (P38145)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

BFP_ALIFS   (P80893)

		
PDB
[Detailed view]
6 PDB

1HZE; 1I18; 1I8D; 1KZL; 1PKV; 3DDY

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission