PROSITE entry PS51205

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	VPS9
Accession [info]	PS51205
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2006 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51205
Associated ProRule [info]	PRU00550

Name and characterization of the entry

Description [info]

VPS9 domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=143;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=138;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5078864; R2=0.0244066; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5897.3413086; R2=6.8941178; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=307; H_SCORE=8014; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=164; H_SCORE=7028; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-400; E1=-400; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -4, -7,-22,-10, -5,-13,-19, -8, -5, -3, -6, -3, -5,-17, -3, -1, -3, -1, -3,-23, -5, -5;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-24,  2,  7,-20,-13, -4,-17,  2,-17,-10,  0,-10,  3, -1,  1, -4,-13,-26,-11,  4;
/M: SY='E';  M= -8, -4,-25, -3, 10,-19,-18, -4,-20, 10,-17, -8, -4, -6,  8,  7, -4, -7,-18,-22, -8,  8;
/M: SY='D';  M=-17, 37,-29, 49, 17,-32,-10,  0,-34,  1,-26,-25, 19,-12,  1, -6, -1, -9,-28,-34,-17,  9;
/M: SY='K';  M= -4, -4,-25, -4,  4,-19,-15, -4,-15,  5,-11, -5, -4,-14,  3,  3, -5, -5,-12,-23, -8,  2;
/M: SY='E';  M= -5, -8,-24, -8,  3,-16,-17, -8,-12,  2, -8, -4, -7,-11,  3,  2, -5, -6,-11,-22, -9,  2;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-19,-31,-21, 11,-30,-20, 20,-27, 35, 16,-26,-26,-20,-21,-24, -9, 12,-18,  2,-21;
/M: SY='Q';  M= -7, -2,-23, -2,  4,-17,-16, -5,-14,  0,-12, -7, -1,-15,  7,  1, -1, -4,-14,-24, -9,  5;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-23,  1,  9,-21,-14, -5,-19,  3,-16, -9,  0,-12,  8,  2, -1, -5,-17,-26,-13,  8;
/M: SY='R';  M= -9, -5,-25, -9, -4, -9,-20, -1,-12,  4,-10, -5, -1,-18,  1,  9, -6, -5,-12,-18,  0, -2;
/M: SY='I';  M= -8,-22,-20,-28,-21,  2,-28,-19, 22,-20, 17, 17,-17,-23,-15,-17,-16, -6, 15,-22, -3,-19;
/M: SY='R';  M= -5,  3,-23,  1,  5,-20,-13, -4,-19,  5,-16,-11,  5,-14,  3,  8,  2, -1,-15,-27,-12,  3;
/M:         M= -5, -9,-18,-12, -7,-12,-17, -9, -7, -3, -4, -2, -6,-17, -6,  0, -5, -3, -5,-25, -9, -8;
/M: SY='L';  M=-11,-19,-22,-22,-14,  7,-26, -2,  5,-18, 18, 11,-16,-25,-11,-12,-18, -9,  0,-16,  8,-13;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-25,  2, 11,-24,-13, -2,-22,  9,-19,-11,  5,-13, 11, 11,  2, -4,-19,-26,-13, 10;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='F';  M=-12, -9,-22,-12, -8,  5,-21, -9,-12, -4, -8, -7, -7,-19, -9, -4,-10, -7,-10, -5,  4, -7; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='I';  M= -4,-24,-21,-28,-21, -1,-29,-22, 21,-18, 12, 10,-20,-22,-18,-17,-13, -5, 20,-20, -4,-21;
/M: SY='S';  M= -3,  1,-21, -1,  3,-20,-12, -4,-18, -2,-20,-12,  3, -7,  3, -3,  8,  6,-15,-26,-12,  3;
/M: SY='P';  M= -4,-16,-26,-14, -9,-13,-20,-17, -2,-13, -1, -2,-15, 11,-10,-15,-10, -6, -5,-24,-12,-11;
/M: SY='E';  M= -5,  9,-25,  7, 12,-24,-11,  0,-22,  5,-23,-14, 11, -7,  8,  1,  3, -4,-22,-28,-13,  9;
/M: SY='H';  M=-13,  7,-26,  9,  9,-23,-15, 20,-22, -2,-17, -7,  5,-15, 10, -3, -4,-10,-22,-27, -5,  9;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-31,-22, 16,-27,-20, 17,-26, 30, 14,-24,-27,-22,-19,-23, -9, 11,-15,  4,-22;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='D';  M= -7, 12,-25, 19,  8,-27,  4, -8,-28, -5,-23,-19,  5, -8, -2,-10,  1, -8,-22,-29,-19,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='I';  M= -3,-21,-18,-25,-19, -1,-24,-22, 17,-19, 11,  7,-17,-21,-16,-18,-11, -3, 16,-21, -5,-19; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='E';  M= -5, -4,-21, -4,  2,-15,-13,-10,-13, -5,-12, -9, -4,  1, -2, -6,  0, -2,-13,-24,-12, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M:         M= -5, -7,-21, -9, -5, -5,-15,-12, -7, -6, -9, -4, -5, -5, -6, -8, -3, -2, -6,-19, -7, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-21,  0,  1,-11,-12, -7,-11, -7,-10, -9,  0, -5, -4, -9, -2, -3,-11,-22, -9, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M:         M= -6, -9,-18,-10, -4, -5,-15, -8, -4, -6, -4, -1, -7,-13, -5, -5, -4, -3, -2,-19, -5, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M:         M= -4, -6,-17, -6, -1,-13, -9,-10, -7, -4, -8, -5, -5, -1, -2, -6, -3, -3, -8,-15,-10, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M:         M= -5, -2,-18, -4,  0,-11,-10, -6, -8, -2, -9, -5,  0, -8,  0, -4, -1,  0, -8,-18, -6, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='E';  M= -8, -3,-24,  0, 11,-19,-15, -5,-17,  3,-15,-10, -4,  5,  4, -2, -2, -4,-16,-23,-12,  6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='N';  M= -3, -2,-21, -2, -2,-15, -9, -7,-12, -7, -9, -8,  1,-14, -3, -6,  1, -3,-11,-27,-13, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-25,  1,  8,-17,-18,  4,-15, -2,-15, -9,  0,-10,  5, -3, -1, -5,-14,-26, -8,  6;
/M: SY='E';  M= -3,  3,-22,  3,  6,-24,-14, -3,-19,  3,-20,-12,  4, -5,  4,  0,  1, -5,-16,-29,-15,  4;
/M:         M= -7,-11,-14,-13, -9,-13,-17,-12,-11, -8,-11, -5, -7,  0, -9, -7, -7, -6,-11,-25,-13,-11;
/M: SY='W';  M=-13,-29,-28,-32,-24, 15,-28,-18, 10,-21, 12,  6,-26,-28,-19,-17,-24,-12,  3, 24, 18,-22;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-24,  4, 10,-20,-13, -5,-19,  1,-17,-12, -1, -6,  2, -3,  1, -3,-16,-25,-11,  5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -8, -3,-26, -2,  7,-18,-18, -7,-15,  4,-11, -7, -4,-11,  7,  3, -4, -6,-14,-22, -9,  6;
/M: SY='A';  M= 22,-14, -5,-21,-15,-16,-11,-22, -1,-14, -7, -5,-11,-15,-14,-20,  2, -3,  5,-25,-17,-15;
/M: SY='I';  M= -5,-16,-22,-20,-12,-12,-19,-14,  6, -9, -2,  6,-12,-18, -5,-10, -8, -5,  5,-23, -8,-10;
/M: SY='E';  M= -8,  4,-23,  4, 10,-21,-17,  2,-18,  3,-15, -8,  3,-12,  8, -1, -2, -5,-17,-27,-10,  9;
/M: SY='E';  M= -7, -5, -9, -5,  6,-13,-22, -9,-13, -5, -6, -8, -8,-17, -3, -7, -6, -4,-10,-25, -7,  1;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-21,-32,-22, 17,-28,-21, 17,-27, 32, 15,-25,-27,-21,-20,-24,-10, 10,-13,  4,-21;
/M: SY='Q';  M= -6, -4,-23, -4,  3,-19,-17, -5,-16,  5,-13, -7, -2,-15,  7,  7, -1, -3,-14,-21, -8,  4;
/M: SY='K';  M= -6,  1,-24, -1,  8,-25,-13, -3,-23, 18,-22, -9,  3,-13, 10, 13, -2, -6,-19,-24,-12,  9;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-22,-33,-24,  4,-29,-20, 29,-24, 26, 25,-23,-24,-17,-21,-21, -9, 19,-20, -1,-22;
/M: SY='N';  M= -8, 17,-23, 15,  7,-23,-10,  3,-20, -1,-20,-14, 18,-12,  4, -4,  4, -2,-21,-32,-14,  5;
/M: SY='N';  M= -5,  0,-22, -4, -1,-11,-14, -5,-12, -2,-12, -7,  3,-17, -2, -1, -1, -2,-10,-25, -8, -2;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='Y';  M= -2,-13,-13,-16,-13,  0,-21,-10, -4, -8, -6, -3,-12,-19,-12,-10, -4,  0,  1,-16,  5,-13;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-19, -9, -1,-13,-22, -3,-16, 11,-14, -5, -4,-17,  2, 12, -7, -5,-12,-19, -1,  0;
/M: SY='S';  M=  5,  0, -8, -5, -6,-15, -9,-13,-14,-10,-18,-14,  4,-13, -6,-11, 20, 19, -7,-32,-14, -6;
/M: SY='P';  M= -7,-17,-34,-10, -1,-24,-19,-13,-18,-11,-24,-16,-16, 65, -9,-18, -9, -9,-26,-28,-23, -9;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-20,-10, -3,-14,-17, -1,-15,  2,-12, -5, -1,-17,  3, 11, -1, -1,-12,-24, -7, -1;
/M: SY='D';  M= -9, 17,-28, 25, 20,-32, -5, -1,-31,  3,-24,-19,  7,-10,  8, -2,  1, -9,-26,-31,-18, 14;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-29,  0,  8,-28,-20, -9,-26, 42,-25, -6, -1,-11,  9, 25,-10, -9,-18,-21,-10,  8;
/M: SY='L';  M= -4,-25,-17,-28,-21,  5,-26,-21, 18,-24, 27, 14,-23,-26,-18,-20,-18, -6, 14,-21, -3,-20;
/M: SY='K';  M= -6,  2,-24,  0,  6,-21,-17, -2,-15,  7,-15, -5,  4,-13,  7,  6, -3, -5,-14,-26,-11,  6;
/M: SY='C';  M= -7,-18, 21,-23,-20, -9,-26,-17, -2,-19, -2, -3,-15,-25,-16,-17, -8, -3,  4,-30, -9,-19;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-23,-32,-23,  5,-29,-24, 27,-28, 29, 16,-24,-25,-20,-23,-21, -8, 18,-20, -2,-23;
/M: SY='L';  M= -4,-18,-21,-21,-14, -2,-23,-14,  8,-15, 10,  7,-15,-18,-11,-13,-12, -5,  5,-18,  0,-14;
/M: SY='R';  M= -9,  5,-18,  4,  6,-24,-13, -5,-23,  9,-21,-13,  7,-13,  6, 10,  0, -4,-19,-29,-15,  5;
/M: SY='A';  M=  8,-14,  6,-20,-17,-11,-17,-21, -5,-17, -8, -7,-12,-18,-16,-18,  4,  7,  4,-24,-14,-16;
/M: SY='C';  M= -9,-17, 19,-23,-20,  4,-24,-12, -9,-21, -5, -5,-13,-27,-18,-18, -8, -5, -3,-22, -2,-19;
/M: SY='R';  M=-11,  1,-24,  1,  8,-25,-15, -3,-25, 19,-22,-10,  2,-14, 10, 20, -3, -6,-19,-25,-13,  8;
/M: SY='I';  M= -5,-10,-21,-13, -6, -9,-21,-11,  3,-11,  3,  1, -8,-18, -7,-11, -6, -3,  2,-26, -8, -7;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-23,-33,-24,  3,-32,-24, 33,-26, 24, 19,-22,-23,-19,-24,-19, -8, 23,-21, -2,-24; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='T';  M= -6, -5,-20, -7, -1, -2,-20, -9, -8,-10, -5, -6, -5,-15, -5,-10,  0,  5, -7,-21, -1, -3;
/I:         I=-3; MD=-7;
/M: SY='N';  M= -8,  4,-24,  2,  5,-18, -9,  1,-19,  2,-16, -8,  8,-15,  7,  1, -1, -5,-20,-23, -8,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-7;
/M: SY='A';  M=  3,-12, -7,-16,-12,-11,-14,-13, -4,-13, -4, -4, -9,-17,-10,-13,  1,  2,  0,-26,-10,-12; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-7;
/M: SY='L';  M= -5,-19,-14,-23,-17, -4,-24,-18, 11,-16, 12, 10,-17,-21,-13,-15,-12, -2, 10,-23, -5,-16; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-7;
/M: SY='K';  M= -3,  1,-21, -2,  3,-19,-10, -4,-18,  8,-18, -9,  5,-13,  4,  6,  3, -1,-14,-24,-11,  3; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-7;
/M:         M= -6, -5,-20, -8, -3,-10,-13, -4,-10, -3, -7, -4, -1,-15,  0, -2, -5, -5,-11,-20, -5, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-7;
/M: SY='T';  M= -1, -8,-15,-12,-11, -4,-13,-12, -2,-13, -5, -4, -4,-14,-11,-13,  0,  1,  0,-21, -6,-12; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-7;
/M:         M= -6, -7,-19, -9, -5, -8,-14, -6, -4, -5, -5, -2, -4,-12, -1, -5, -2, -1, -6,-16,  0, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-7;
/M:         M= -1, -2,-13, -3, -2, -9, -5, -3, -7, -3, -6, -4, -1, -4, -3, -5, -2, -3, -7,-13, -5, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-7; IM=0; DM=-7;
/M: SY='D';  M= -4,  3,-22,  5,  2,-22,  1, -7,-21,  1,-18,-13,  3, -1, -1, -2,  0, -6,-18,-22,-16,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-7;
/M: SY='S';  M= -3, -1,-20, -1,  2,-16, -7, -9,-14, -3,-14, -9,  0, -9, -2, -5,  3,  1,-11,-23,-11, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-7;
/M: SY='S';  M=  1, -6,-18, -6, -3,-18,-13,-12,-11, -8,-11, -7, -5, -4, -2,-10,  3,  1, -8,-28,-15, -3;
/M: SY='V';  M= -3,-16,-20,-20,-17,  0,-15,-17,  3,-18,  1,  1,-12,-15,-17,-17, -5,  0,  4,-19, -4,-17;
/M: SY='G';  M=  0,  7,-20,  6, -5,-26, 20,-11,-28,-11,-28,-20, 12,-11, -8,-13, 13, -1,-22,-32,-23, -7;
/M: SY='A';  M= 34, -8,-11,-16, -8,-20, -1,-17,-12,-10,-13,-10, -6, -6, -9,-18,  7, -2, -5,-23,-20, -9;
/M: SY='D';  M=-18, 45,-29, 61, 22,-38,-11,  1,-38,  2,-29,-28, 20,-10,  3, -8,  0, -9,-30,-39,-20, 12;
/M: SY='D';  M= -9, 15,-25, 23, 11,-24,-14, -7,-20, -5,-15,-15,  5,-10,  0, -9,  2, -3,-16,-32,-16,  5;
/M: SY='F';  M=-12,-29,-18,-34,-25, 31,-30,-20, 15,-28, 28, 12,-24,-28,-26,-21,-23, -9,  9,-10, 11,-24;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-21,-28,-21,  8,-30,-20, 20,-26, 33, 18,-25,-25,-20,-20,-23, -6, 13,-20, -1,-21;
/M: SY='P';  M= -7,-11,-33, -5,  0,-28,-11,-16,-22, -8,-29,-20, -9, 56, -7,-14, -1, -5,-26,-31,-27, -7;
/M: SY='I';  M= -6,-23,-13,-28,-22,  0,-28,-20, 19,-23, 18, 13,-20,-24,-18,-21,-15, -4, 15,-21, -4,-21;
/M: SY='L';  M=-11,-26,-19,-29,-21, 17,-28,-15, 13,-26, 31, 16,-25,-28,-20,-18,-23, -7,  7,-12,  8,-20;
/M: SY='I';  M= -6,-23,-22,-29,-21, -3,-29,-22, 25,-21, 15, 14,-19,-21,-14,-20,-13, -3, 20,-23, -5,-20;
/M: SY='Y';  M=-17,-23,-27,-25,-21, 30,-29,  5,  4,-16,  8,  4,-22,-29,-16,-13,-21,-10, -4, 18, 54,-21;
/M: SY='V';  M= -2,-24, -8,-28,-23, -1,-29,-25, 20,-22, 13,  8,-23,-26,-22,-20,-11,  1, 26,-26, -6,-24;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-19,-32,-25,  3,-32,-25, 30,-25, 25, 17,-25,-26,-22,-22,-18, -4, 27,-24, -4,-25;
/M: SY='I';  M= -2,-26,-14,-31,-23,  1,-29,-25, 23,-26, 18, 11,-21,-23,-20,-24,-14, -6, 18,-22, -5,-23;
/M: SY='R';  M=-13, -4,-27, -5,  5,-24,-20,  2,-24, 24,-20, -6,  0,-15, 15, 28, -8, -8,-20,-18, -6,  8;
/M: SY='A';  M= 21, -6, -2,-11, -7,-19, -4,-16,-16,-11,-18,-14, -2,-13, -8,-16, 18, 10, -6,-30,-19, -7;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -9, 11,-22,  7,  4,-26, -8, -1,-24,  7,-25,-14, 17,-10,  9,  8,  1, -6,-24,-30,-17,  6;
/M: SY='P';  M= -8,-23,-23,-23,-15, -9,-25,-21,  5,-17, -3,  1,-20, 17,-15,-19,-13, -6,  0,-24,-12,-18;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-27, -4,  4,-21,-18,-10,-17,  1,-18,-12, -7, 11,  0,  1, -2, -2,-15,-26,-15,  0;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='H';  M=-12,  8,-24,  4,  2,-18,-10, 22,-23, -1,-20, -9, 14,-18,  5,  3, -3, -9,-24,-26, -3,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-31,-22,  9,-31,-22, 20,-28, 32, 15,-26,-22,-20,-22,-24, -9, 11,-17,  0,-22;
/M: SY='Y';  M= -8,-11,-23,-12, -6, -4,-18, -5, -7, -9, -6, -4,-11,-18, -5,-10,-11,-10, -8, -7,  6, -6;
/M: SY='S';  M= 11, -8,-10,-11, -7,-13, -9,-13, -9,-13,-12,-10, -2,-14, -6,-13, 18, 11, -3,-31,-15, -7;
/M: SY='N';  M=-11, 20,-21, 12,  6,-21,-11, 16,-21, -2,-22,-14, 27,-16,  3, -2,  5,  1,-23,-35,-11,  4;
/M: SY='I';  M= -3,-25,-17,-30,-24,  2,-29,-24, 25,-24, 20, 12,-22,-24,-21,-22,-15, -4, 22,-22, -3,-24;
/M: SY='Q';  M=-10, -1,-24, -2,  9,-20,-19,  3,-16,  5,-13, -4,  0,-14, 12,  2, -5, -7,-18,-19, -4, 10;
/M: SY='Y';  M=-18,-25,-25,-29,-23, 45,-30, -1,  3,-20, 10,  3,-21,-29,-21,-15,-21,-10, -4, 15, 49,-23;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-24,-35,-27,  2,-34,-24, 37,-26, 24, 23,-23,-23,-19,-24,-20, -8, 26,-22, -2,-25;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-25, -3,  9,-21,-17, -5,-18,  8,-16, -6, -2,-13, 12,  9, -1, -3,-17,-17,-10, 10;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-21,  6,  7,-20,-15,  2,-21,  2,-14,-11,  5,-16,  2,  6, -1, -5,-17,-29,-11,  3;
/M: SY='F';  M=-18,-29,-21,-36,-27, 58,-30,-16,  5,-27, 18,  7,-22,-30,-32,-19,-22,-10,  2,  4, 27,-26;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='R';  M= -8, -9,-17,-12, -6,-10,-18, -4, -9,  1, -3,  0, -5,-17, -1, 13, -7, -4, -7,-18, -3, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='D';  M= -6,  7,-15,  8,  3,-17,-12, -6,-17, -1,-17,-11,  4, -9,  0, -4,  2, -3,-14,-25,-12,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='P';  M= -3,  2,-24,  4,  3,-21,-10, -6,-21,  0,-23,-15,  2,  9,  1, -6,  3, -3,-20,-24,-15,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M= -4,  5,-22,  6,  2,-19,-12, -8,-17,  1,-18,-11,  3,-11, -1, -1,  3,  0,-12,-23,-11, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M:         M= -8,-10,-17,-11, -3, -8,-20, -9, -7, -5,  0, -2,-10,-18, -5, -3, -7, -1, -5,-22, -5, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='L';  M= -8,-13,-22,-15,-11, -4,-23,-12,  6,-12, 13, 11,-13,-21, -7,-11,-13, -5,  2,-22, -3, -9;
/M: SY='S';  M= -6,  1,-19, -1, -1,-16,-11, -5,-17, -3,-16,-10,  3,-12, -1, -3,  4,  3,-13,-28,-12, -2;
/M: SY='G';  M= -1, -3,-25, -1, -7,-27, 30,-15,-30,-13,-27,-18,  2, -9,-11,-15,  8, -5,-22,-27,-24, -9;
/M: SY='E';  M=-10,  4,-29,  9, 33,-25,-20, -2,-21,  7,-14,-11, -2, -6, 14,  1, -4, -9,-22,-27,-14, 23;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M=  0, -5,-22, -5,  1,-11,-11, -8,-11, -7, -7, -6, -6,-13, -3, -9, -3, -5,-10,-19, -6, -2; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G';  M=  2, -4,-21, -5, -5,-23, 20,-12,-25, -9,-21,-14,  1,-16, -7,-11,  5, -7,-19,-25,-19, -6;
/M: SY='Y';  M=-19,-19,-25,-21,-19, 28,-29, 15, -1,-13, -1, -1,-16,-29,-12,-11,-17,-10, -9, 19, 63,-19;
/M: SY='Y';  M= -8,-21, -6,-25,-22, 13,-23, -5, -2,-17, -3, -1,-19,-27,-16,-17,-13, -8, -4,  6, 29,-21;
/M: SY='L';  M=-12,-29,-19,-33,-24, 22,-30,-20, 16,-28, 32, 13,-27,-29,-24,-20,-25, -9,  9, -8,  8,-23;
/M: SY='T';  M=  4, -5, -9,-11,-10,-11,-16,-17, -7,-12,-10, -7, -2,-14, -9,-13, 15, 26,  1,-30,-12,-10;
/M: SY='T';  M=  0,  6,-15, -3, -5,-15,-12, -5,-12, -8,-14,-10, 13,-15, -2, -7, 13, 19,-10,-32,-13, -4;
/M: SY='L';  M=-12,-28,-21,-32,-23, 28,-29,-16, 12,-27, 29, 13,-25,-29,-24,-19,-24, -9,  6, -7, 13,-22;
/M: SY='E';  M= -9, -1,-21,  0, 14,-17,-18, -2,-18,  1,-15, -8, -3,-13,  8, -3, -2, -4,-17,-20, -6, 11;
/M: SY='A';  M= 21, -9,-12,-14, -9,-19,  1,-16,-11,-11,-15, -9, -5,-13, -7,-15, 13,  2, -4,-27,-18, -8;
/M: SY='A';  M= 29,-14,  4,-21,-14,-16,-10,-22, -5,-14, -9, -8,-13,-17,-15,-20,  6,  0,  7,-27,-19,-14;
/M: SY='V';  M= -4,-25,-16,-28,-23,  3,-28,-22, 22,-21, 18, 12,-23,-26,-21,-20,-15, -5, 23,-22, -1,-23;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-21,  2, 12,-18,-14, -1,-19,  0,-16,-11, -1,-12,  6, -3,  3, -1,-16,-24, -6,  8;
/M: SY='F';  M=-16,-20,-23,-26,-21, 39,-27,  1, -1,-21,  5,  1,-14,-27,-22,-15,-15, -9, -3,  0, 28,-21;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-22,-36,-27,  8,-34,-26, 30,-28, 23, 15,-24,-25,-22,-24,-22,-10, 20,-12,  1,-26;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-25,  3, 17,-22,-17, -5,-18,  5,-12, -8, -3,-11,  9,  1, -1, -4,-16,-26,-12, 12;
/M: SY='N';  M= -5,  8,-19,  4,  6,-23, -9, -1,-22,  2,-24,-14, 13,-13,  7,  2, 12,  5,-19,-32,-15,  6;
/M: SY='L';  M=-10,-18,-22,-20,-16,  5,-24,-14, 10,-19, 18, 10,-17,-24,-15,-15,-17, -6,  6,-17,  4,-16;
/M: SY='B';  M= -8,  9,-16,  8,  2,-21,-11, -3,-21, -3,-18,-12,  7,-13,  0, -5,  3,  3,-17,-30,-12,  1;
/M:         M= -4, -9,-25,-10, -1,-13,-15, -8,-11, -5,-10, -5, -8, -2, -3, -8, -4, -5,-11,-22, -9, -3;
/M: SY='N';  M= -6,  7,-23,  5,  6,-21,-11, -2,-20,  1,-20,-14, 10,-13,  4,  0,  5,  0,-19,-25,-11,  4;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-23,  8, 13,-25,-13, -1,-23,  4,-19,-13,  3,-11, 12,  3,  6, -1,-19,-28,-13, 12;
/M: SY='L';  M= -8,-22,-22,-25,-17,  4,-25,-17, 11,-19, 25, 12,-20,-25,-14,-12,-20, -8,  6,-20, -2,-16;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-22, -2,  2,-21,-12, -8,-17, -1,-18,-12,  0, -2, -1, -4,  0,  0,-16,-26,-13, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	53 in 53 different sequences
Number of true positive hits	53 in 53 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	VPS9
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

53 sequences

AL2CL_BOVIN (A6QP75), AL2CL_HUMAN (Q60I27), AL2CL_MOUSE (Q60I26),

ALS2_DROME  (Q9VNZ8), ALS2_HUMAN  (Q96Q42), ALS2_MOUSE  (Q920R0), 
ALS2_PANTR  (Q5BIW4), ALS2_RAT(P0C5Y8), ANR27_HUMAN (Q96NW4), 
ANR27_MOUSE (Q3UMR0), ANR27_PONAB (Q5REW9), GAPD1_BOVIN (A5D794), 
GAPD1_HUMAN (Q14C86), GAPD1_MOUSE (Q6PAR5), GAPD1_XENLA (A2RV61), 
MUK1_YEAST  (Q02866), RABX5_BOVIN (O18973), RABX5_HUMAN (Q9UJ41), 
RABX5_MOUSE (Q9JM13), RIN1_HUMAN  (Q13671), RIN1_MOUSE  (Q921Q7), 
RIN1_RAT(P97680), RIN2_HUMAN  (Q8WYP3), RIN2_MOUSE  (Q9D684), 
RIN3_HUMAN  (Q8TB24), RIN3_MOUSE  (P59729), RINL_HUMAN  (Q6ZS11), 
RINL_MOUSE  (Q80UW3), RME6_CAEBR  (A8WVM4), RME6_CAEEL  (Q9GYH7), 
RME6_DROME  (Q9VZ08), RME6_DROPS  (Q29HW3), SPRI_DROME  (Q8MQW8), 
U5072_YEAST (P0CF17), U507_CANAL  (Q5A0J0), U507_DEBHA  (Q6BJ87), 
U507_KLULA  (Q6CSG8), U507_LODEL  (A5DUP0), U507_PICGU  (A5DI74), 
U507_PICST  (A3LNC4), U507_YARLI  (Q6C5F1), U507_YEAS1  (B3LLP9), 
U507_YEAS2  (C7GLC0), U507_YEAS7  (A6ZM60), U507_YEAS8  (C8ZEK4), 
VP9D1_HUMAN (Q9Y2B5), VP9D1_MOUSE (Q8C190), VPS91_SCHPO (O74396), 
VPS92_SCHPO (O94388), VPS9A_ARATH (Q9LT31), VPS9A_ORYSJ (Q10NQ3), 
VPS9_YEAST  (P54787), Y5897_DICDI (Q54PZ6)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

9 PDB

1TXU; 2EFC; 2EFD; 2EFE; 2EFH; 2OT3; 4G01; 4N3Z; 4Q9U