Entry: PS51250

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] TAUB
Accession [info] PS51250
Entry type [info] MATRIX
Date [info] AUG-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51237

Name and characterization of the entry

Description [info] Taurine import ATP-binding protein tauB.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=67;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=62;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9104320; R2=0.0120544; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2927.78622; R2=27.47968; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=99999; N_SCORE=9999.0; H_SCORE=44175; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=1501; N_SCORE=20.0; H_SCORE=44175; MODE=1; TEXT='?';
/CUT_OFF: LEVEL=-2; SCORE=381; N_SCORE=6.5; H_SCORE=13398; MODE=1; TEXT='??';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='E'; M=-14, 26,-30, 40, 44,-34,-16,  0,-34,  6,-24,-24,  8, -4, 12, -4,  0,-10,-30,-34,-20, 28;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='L'; M= -8,-30,-18,-30,-22,  8,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-30,-30,-22,-20,-26, -8, 18,-22, -2,-22;
/M: SY='F'; M=-15,-30,-20,-35,-25, 48,-30,-20,  9,-30, 28,  9,-25,-30,-31,-20,-25,-10,  5, -4, 16,-25;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-16, 20,-26, 44, 28,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='A'; M= 31,-10,-18,-16,-14,-24, 27,-20,-22,-14,-18,-14, -6,-14,-14,-20,  6, -8,-12,-20,-24,-14;
/M: SY='T'; M= -1,  2,-15, -2,  8,-16,-17,-14,-16, -5,-16,-14,  2, -8, -2, -8, 19, 31, -8,-32,-14,  3;
/M: SY='R'; M=-18,  5,-30, 11, 16,-26,-18,  0,-32, 20,-22,-16,  4,-14, 10, 41, -6,-10,-24,-26,-14, 10;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-16,-32,-28,  2,-32,-28, 31,-24, 21, 14,-28,-28,-26,-22,-16, -4, 38,-26, -6,-28;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-12,-30,-28,  2,-30,-28, 28,-22, 18, 12,-30,-30,-28,-20,-14, -2, 42,-28, -8,-28;
/M: SY='M'; M=-10,-24,-20,-30,-20,  4,-24, -8, 20,-18, 33, 43,-24,-24, -8,-14,-24,-10, 10,-20,  0,-14;
/M: SY='S'; M= 14,  7,-14,  8,  1,-24, -2,-10,-21, -8,-25,-20,  7,-10, -2,-12, 26, 10,-11,-35,-20,  0;
/M: SY='P'; M= -8,-18,-38,-10, -4,-30, -3,-20,-24,-12,-30,-20,-16, 70,-12,-20, -8,-12,-30,-28,-30,-12;
/M: SY='R'; M=-12, -1,-30, -3, -4,-24,  3, -5,-28,  6,-26,-16, 10,  0, -2, 20, -4,-10,-26,-26,-20, -6;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='G'; M=  9,-10,-26,-12,-18,-28, 57,-20,-34,-18,-26,-18, -2,-18,-18,-20,  2,-16,-24,-20,-28,-18;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-22,-36,-30,  0,-36,-30, 42,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 38,-24, -4,-30;
/M: SY='A'; M=  5,-14,-17,-18,-13, -9,-19,  5, -1,-16,  3,  2,-12,-20,-11,-14, -5,  2,  4,-26, -3,-13;
/M: SY='K'; M=  2,  0,-26,  0, 14,-26,-16,  8,-26, 19,-22,-10, -1,-10,  8,  8, -4, -9,-19,-24, -9, 10;
/M: SY='R'; M=-14, 10,-27, 15, 16,-25,-18, -3,-29, 12,-21,-17,  4,-12,  7, 23, -1,  0,-21,-28,-15, 10;
/M: SY='Y'; M=-14,-26,-26,-28,-22, 16,-32, -7, 19,-22, 24, 12,-24,-28,-16,-18,-24,-10,  7, -1, 31,-22;
/M: SY='P'; M=-12,-13,-36, -5, 10,-28,-20,-12,-24,  2,-26,-18,-12, 50, -1,  4, -8,-10,-28,-28,-24,  0;
/M: SY='L'; M= -4,-23,-16,-23,-17,  1,-23,-20, 13,-24, 25,  9,-21,-26,-17,-18,-11, -1, 13,-26, -6,-17;
/M: SY='D'; M= -9, 21,-26, 26,  7,-29, -8, -5,-27, -5,-30,-23, 17, 11, -2,-10,  9, -1,-26,-38,-22,  1;
/M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-35,-28, 69,-30,-11,  0,-25,  8,  0,-20,-30,-33,-18,-20,-10, -2, 15, 41,-28;
/M: SY='A'; M= 40, -2,-12,-13, -8,-20,  0,-15,-12, -8,-13,-12,  1,-12, -8,-17, 10,  0, -5,-23,-20, -8;
/M: SY='R'; M= -4,  4,-26,  6,  2,-25,-13, -4,-28, 14,-20,-15,  2,-15,  3, 32, -3, -8,-18,-25,-15,  0;
/M: SY='R'; M=-18,  1,-28,  3,  0,-20,-18,  0,-21, 14,-13,  1,  0,-18,  5, 34,-10,-10,-15,-24,-10,  0;
/M: SY='F'; M=-13,-24,-26,-29,-26, 28,-10,-15,  2,-24,  1,  0,-15,-25,-25,-20,-15,-12, -2,  0, 19,-26;
/M: SY='V'; M=  5,-26,-14,-28,-22,  0,-24,-24, 19,-22, 22, 10,-26,-26,-22,-20,-14, -4, 25,-24, -8,-22;
/M: SY='A'; M= 36,  1,-12,-11, -8,-20,  0,-13,-12, -8,-15,-12,  6,-12, -8,-15, 10,  0, -7,-25,-20, -8;
/M: SY='G'; M= 10, -7,-25, -7, -5,-28, 39,-17,-32,-13,-24,-18, -2,-14,-11,-17,  2,-14,-23,-22,-26, -8;
/M: SY='E'; M=  3, 11,-26, 18, 22,-30,  1, -8,-29, -2,-22,-20,  2, -8,  2,-10,  2, -9,-23,-28,-22, 12;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='P'; M= -2,  2,-16, -1, -2,-16, -8, -9,-14, -6,-19,-14,  7, 13, -4, -8, 11, 11,-14,-27,-16, -4; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='A'; M= 19,-16,-12,-20,-14, -9,-12,-20,  2,-16,  3, -1,-14,-18,-14,-18,  3,  2, 10,-26,-14,-14;
/M: SY='R'; M=-13, -8,-26, -8,  0,-20,-16, -2,-28, 21,-22,-12,  2,-18,  8, 52,  1, -3,-18,-24,-12,  0;
/M: SY='E'; M=  7,  3,-19,  6, 25,-25, -9, -7,-23, -1,-22,-18,  2, -5,  7, -7, 17,  3,-17,-32,-20, 16;
/M: SY='I'; M= -5,-30,-21,-35,-30,  0,-35,-30, 41,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 39,-25, -5,-30;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 39,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='A'; M= 22, -4,-15, -8, -2,-22, -5,-14,-18,  4,-22,-14,  0,-10, -2, -5, 16,  5, -8,-27,-18, -2;
/M: SY='D'; M= -2, 19,-18, 27,  8,-28, -4, -6,-28, -6,-30,-24, 14,-10,  0,-10, 25,  8,-18,-40,-20,  4;
/M: SY='P'; M=-10,-13,-38, -3, 14,-30,-20,-15,-22, -5,-28,-20,-15, 70, -3,-15, -8,-10,-30,-30,-28,  1;
/M: SY='E'; M=  4,  5,-26,  8, 12,-31,  7, -7,-27, -3,-22,-15,  1,-10,  9, -9,  2,-10,-23,-25,-20, 10;
/M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-35,-28, 69,-30,-11,  0,-25,  8,  0,-20,-30,-33,-18,-20,-10, -2, 15, 41,-28;
/M:         M= -4,-13,-25,-16,-12,-17, -6,-19, -1, -6,-12, -3, -5,-15, -9,-10,  0, -5, -1,-25,-12,-12;
/M: SY='R'; M= -2, -4,-26, -5, 12,-26,-16, -2,-24, 14,-18, -9, -2,-12, 19, 27, -2, -8,-20,-22,-14, 14;
/M: SY='M'; M= -8,-17,-18,-25,-18,  0,-22, -8, 13,-14, 19, 37,-17,-20, -6,-12,-13,  4,  8,-22, -2,-12;
/M: SY='R'; M=-20, -8,-30, -8,  0,-20,-20, 22,-30, 21,-20, -8,  2,-20, 10, 54,-10,-12,-22,-22, -3,  0;
/M: SY='E'; M=-12, 17,-30, 27, 44,-34,-18,  2,-30,  8,-22,-19,  4, -4, 23,  0,  0,-10,-30,-30,-18, 33;
/M: SY='E'; M=  1, -6,-26, -5,  7,-18,  2, -3,-21, -4,-16,-11, -6,-14,  6, -9, -2,-10,-20,-12, -1,  5;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-22,-34,-26,  4,-34,-26, 34,-28, 30, 18,-26,-26,-22,-24,-22, -8, 26,-22, -2,-26;
/M: SY='L'; M= -8,-23,-18,-26,-18,  6,-28,-20, 13,-26, 37, 13,-23,-26,-18,-18,-19,  3,  8,-22, -2,-18;
/M: SY='G'; M=  1,  5,-21,  9, -4,-28, 25,-12,-31,-12,-30,-22,  8,-14, -8,-14, 17, -1,-21,-32,-24, -6;
/M: SY='M'; M=-12,-16,-25,-18, -3, -7,-25, -9,  6, -6, 11, 16,-15,-19, -2,  2,-17,-10,  0,-22, -6, -4;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-24,-38,-30, 15,-36,-28, 37,-28, 16, 14,-22,-24,-26,-26,-18, -8, 28,-16,  4,-30;
/M: SY='W'; M=-16,-24,-31,-26,-15, 16,-25, -9, -5,-16,  2, -1,-22,-26, -4,-12,-22,-15,-13, 33, 24, -9;
/M: SY='D'; M=  1, 19,-26, 27, 15,-32,  3, -8,-31, -3,-24,-22,  6,-10, -1,-12,  2, -9,-23,-30,-22,  7;
/M: SY='M'; M=-10, -9,-24,-10,-10,-15,-25,-10, 11,-11,  2, 15,-11,-18,  2,-12,-11, -8,  7,-25, -7, -5;
/M: SY='E'; M=  1, -2,-26,  0, 17,-26,  4, -8,-29,  4,-20,-16, -2,-10,  3,  6,  0,-10,-22,-24,-20,  9;
/M: SY='E'; M=-12,  0,-32,  8, 37,-28,-20, -4,-28,  9,-22,-18, -4, 17, 12,  7, -4,-10,-28,-28,-21, 22;
/M: SY='A'; M= 23, -1,-19, -2, 22,-25, -9,-11,-19, -1,-15,-15, -5, -5,  4,-11,  5, -5,-14,-25,-20, 13;
/M: SY='E'; M=-10,-10,-28,-11,  9, -1,-12,-14, -7,-12, -7, -7, -9,-14, -8,-14, -9,-12,-10,-18, -7,  0;
/M: SY='E'; M= -8, -1,-24,  1, 19,-19,-16, 17,-17, -2,-13,  2, -1,-10, 10, -4,  2, -6,-17,-30, -8, 13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Post-processing [info]

PROMOTED_BY PS50893

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 46 in 46 different sequences
Number of true positive hits 46 in 46 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] V_Lesaux
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
46 sequences

TAUB1_BURXL (Q146E7), TAUB2_BURXL (Q13KX9), TAUB3_BURXL (Q13IS7), 
TAUB_BURCA  (Q1BT84), TAUB_BURCH  (A0KAV6), TAUB_BURL3  (Q39CJ6), 
TAUB_BURMA  (Q62AW4), TAUB_BURP1  (Q3JKX3), TAUB_BURPS  (Q63JZ3), 
TAUB_BURTA  (Q2T751), TAUB_CHRVO  (Q7NU46), TAUB_CUPNH  (Q0K2U3), 
TAUB_CUPPJ  (Q471U2), TAUB_ECO57  (Q8X5I6), TAUB_ECOL5  (Q0TKS1), 
TAUB_ECOL6  (Q8FKF5), TAUB_ECOLI  (Q47538), TAUB_ECOUT  (Q1RFH8), 
TAUB_JANSC  (Q28K97), TAUB_PARPN  (Q6RH47), TAUB_PELUB  (Q4FMG5), 
TAUB_PSE14  (Q48C94), TAUB_PSEAB  (Q02SA6), TAUB_PSEAE  (Q9HX79), 
TAUB_PSEE4  (Q1IGM2), TAUB_PSEF5  (Q4KK16), TAUB_PSEPF  (Q3KJQ7), 
TAUB_PSEPK  (Q88RA1), TAUB_PSEPU  (Q8KZR4), TAUB_PSESM  (Q87UH7), 
TAUB_RHIEC  (Q2K164), TAUB_RHIL3  (Q1M7R4), TAUB_RHILO  (Q98DW6), 
TAUB_RHIME  (Q92UX0), TAUB_RHISN  (Q6W2B1), TAUB_ROSDO  (Q16BJ3), 
TAUB_RUEPO  (Q5LVM5), TAUB_SHIBS  (Q325N3), TAUB_SHIDS  (Q32IZ6), 
TAUB_SHIF8  (Q0T7M2), TAUB_SHIFL  (Q83MA0), TAUB_SHISS  (Q3Z542), 
TAUB_YERPA  (Q1C2S1), TAUB_YERPE  (Q8ZJD0), TAUB_YERPN  (Q1CCR9), 
TAUB_YERPS  (Q664P8)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission