Entry: PS51265

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_DBF4
Accession [info] PS51265
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51265
Associated ProRule [info] PRU00600

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger DBF4-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8617007; R2=0.0085572; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=418.45771; R2=25.08458; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=987; N_SCORE=10.3; H_SCORE=21339; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=543; N_SCORE=6.5; H_SCORE=14014; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-16; D=-50; I=-50; B1=-200; E1=-200; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='Q'; M= -9,-45,-27,  9,-43, -1,-26,-17, 27,-23, 23,-23,  0, 50, 35, 11,-16,-22,-44,-33;
/M: SY='Q'; M=-17,-47, 43, 31,-46,-39, 23,-36, 20,-37, -4,-19,-35, 50, 28,-25,-28,  2,-50,-32;
/M: SY='K'; M=-20,-46,-28,  5,-40,-40,  5,-36, 45,  2,-27,-25, 45, 23, 27,-25, 15,-35,-45,-33;
/M: SY='K'; M=-10,-45,-25,-15,-46,-19,-25,-46, 64,-44,-33,  5,-35, 21, 53, -4, -4,-41,-44,-34;
/M: SY='P'; M=  1, 15,-26,  3,-49,  8,  5,-45, 29,-46,-36,-22, 52, 31,-21, 32,-22,-41,-47,-38;
/M: SY='G'; M=  0,-45,-32,-38,-52, 85,-37,-56,-34,-52,-41,-19,-37, 18,-41,-17,-35,-50,-42,-44;
/M: SY='Y'; M=-39,-50,-42,-43, 26,-47,-11,-22,-36,-21,-19,-42,-52,-32,-33,-36,-34, -3, 57,109;
/M: SY='C'; M=-30,142,-50,-50,-40,-45,-50,-47,-46,-38,-38,-36,-61,-53,-52,-32,-30,-35,-70,-51;
/M: SY='E'; M=-27, 40, -3, 88,-50,-42,-24,-52,-13,-45,-41,-25,-27, -6,-23,  3,-27,-44,-50,-42;
/M: SY='N'; M=-31, 75,-21,-36,-30,-32,-24, 28,-29,-30,-26, 77,-46,-30,-35,-23,-21, -3,-50, 15;
/M: SY='C'; M=-30,142,-50,-50,-40,-45,-50,-47,-46,-38,-38,-36,-61,-53,-52,-32,-30,-35,-70,-51;
/M: SY='R'; M=-33,  7,-27,  2,-37,-42,-22,-42, 44,-12,-28,  3,-40, 33, 65,-27,-30,-40,-40, 10;
/M: SY='V'; M=-27,-42, 23, 33,-32,-46,-35, 28,-12, -4,-19,-30,-38, 24,-31,-29, -2, 43,-51,-32;
/M: SY='K'; M=-13,-46,-18, 39,-48,-39,-25,-47, 70,-44,-35,-19,-31, 23, 25,-23, -3,-41,-43,-35;
/M: SY='Y'; M=-42,-45,-47,-47, 82,-49,-18,-21,-40,-15,-19,-43,-53,-42,-37,-39,-35,-26, -2, 90;
/M: SY='D'; M=-18,-44, 66, 48,-50,-33,-22,-48, -4,-47,-42, 31,-32,-15,-11,  6, 13,-43,-58,-39;
/M: SY='D'; M=-29,-42, 67,  1,-38,-32,  5, -2,-25,-37,-35, 42,-37,-23,-32, 16,  0,  0,-55,  5;
/M: SY='F'; M=-39,-40,-52,-47, 65,-53,-31, -8,-45, 55, -6,-48,-53,-43,-42,-43,-33,-15,-20, 44;
/M: SY='E'; M= -2,-45, 37, 62,-39,-36, 16,-46, 16,-43,-37,  1,-31,-12,-20,  2, -9,-41,-44, 21;
/M: SY='Q'; M= -3,-44, 24, 47,-43,-38,-26, -1,-18,-22,-28,  2,-34, 50, -6, -1, -5,  6,-49,-35;
/M: SY='H'; M=-38,-50,-22,-22,-36,-40,132,-55,-27,-37,-22,-11,-39,-16,-21,-27,-37,-54,-72, -5;
/M: SY='I'; M=-32,-41,-54,-49,-15,-56,-47, 63,-47, 45, -2,-48,-47,-43,-47,-42,-27, 34,-43,-25;
/M: SY='M'; M= -5,-41,-29, 20, 11,-18,-29,-19,  9,  7, 25,  5,-39, 19,  1,  0,-25, 20,-40, -1;
/M: SY='S'; M= -2,-35, -3, 23,-44,  7,-29,-42,-24,-44,-38,-15,-31,-18,-30, 69, 29,-34,-51,-37;
/M: SY='R'; M=  6,-45, 18, 42, -2,-37,-24,-46, 31,-42,-36,  7, -6,-13, 48,-13,-27,-40,-45,-32;
/M: SY='K'; M=-31,-47, 11, 19,-43,-40, 34,-41, 49, -8,-28,-19,-35, 45, 34,-24,  0,-39,-46,-30;
/M: SY='H'; M=-38,-50,-22,-22,-36,-40,132,-55,-27,-37,-22,-11,-39,-16,-21,-27,-37,-54,-72, -5;
/M: SY='R'; M=-33,-49,-30,  7, -5,-44,-24,-16, 19,-19,-29,-26,-41,  4, 84,-10,-31,-36,-42,-28;
/M: SY='R'; M=  3,-41,-23,  3,-42,-30,-24,-40, 31,-14,-31, 29,-36, 25, 41, 35,-20,-37,-47,-34;
/M: SY='F'; M=-42,-40,-52,-46,100,-51,-35,-18,  0,  5,-18,-43,-52,-50,-37,-41,-35,-23,-13,  9;
/I:         I=-15; MD=-77;
/M: SY='A'; M= 68,-34,-41,-34,-40,-27,-42,-26,-36, -5,-27,-35,-40,-33,-40,-16,  7,  6,-49,-40; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-77; IM=-77; DM=-77;
/M: SY='M'; M=-11, 24,  1, 33,-37,-38,-28,  4, 27,-14, 37, -7,-34,-17, 10, 15,  8,-26,-48,-33;
/M: SY='N'; M=-30,-41, 33, 24,-48,-28,-18,-45, 21,-47,-37, 74,-35, 31,-18,-17, 12,-44,-56,-38;
/M: SY='D'; M= -1,-42, 68,  9,-50,-27,-23,-47,-14,-49,-43, 40, 15,-20,-30, 32, -6,-42,-59,-39;
/M: SY='E'; M= 17,-41, 24, 38,-42,-32, 14,-24,  1,-14,-32, 21,-35,-15, 24, 21,-22,-34,-50,-35;
/M: SY='N'; M=-32,-39,-14,-26, 13,-27, 42,-39, -7,-22,-31, 84,-42,  5,  9, -1,-21,-41,-48, -1;
/M: SY='W'; M=-41,-48,-49,-42, 75,-47,-25,-25,-38,-19,-22,-44,-51, 10,-36,-39,-38,-31, 93, 76;
/M: SY='Q'; M= 33,-41,-30,  7,-38,-35,-32, 15, 36, -6,-22,-28,-36, 45,-18,-22,-25,  6,-43,-33;
/M: SY='D'; M= 16, 34, 37, 20,-45,  2, 23,-37, 13,-37,  9,-20,-36, 29, -8,-14,-27, -5,-51,-34;
/M: SY='I'; M=-31,-39,-51,-46,-15,-54,-44, 52,-45, 50, -3,-45,-46,-41,-45,-39,  5, 29,-44,-25;
/M: SY='D'; M=-34,-47, 97, -3,-49,-33,-23,-46,-25,-12,-43, -7,-36,-24,-33,  3,-24,-45,-67,-37;
/M: SY='D'; M=  1,-40, 55,  6,-47,-28,-26,-44, -2,-45,-39,  1,-33, -1, 12, 45, 23,-37,-55,-36;
/M: SY='L'; M=-36,-39,-54,-47, 46,-54,-38, 26,-46, 60, 23,-49,-51,-42,-44,-44,-31,  0,-32,-13;
/M: SY='I'; M=-12,-43,-51,-48, 10, -2,-45, 67,-45, 25, 31,-42,-44,-41,-46,-38,-29, 11,-40,-23;
/M: SY='S'; M= 23,-40, 16, 27,-19,  5,-28,-25,-24, -8,  1, -5,-35, 30,-29, 34,-21,-31,-46,-33;
/M: SY='Q'; M=-26, 18,-25,  5,-41,-36, 36,-38,  3,-15, -2, -9,-36, 54, 33, 25, 24,-35,-49,-29;
/M: SY='L'; M=-29,-39,-48,-44, 25,-19,-39, 34,-42, 45, 26,-41,-46,-38,-43, 11,-26, 16,-39,-20;
/M: SY='Q'; M= 16,-42,  4, -9,-33, -2,-26,-20, 10, -9,-27,-23,-38, 41, 20, 14, -2,-13,-39, 22;
/M: SY='F'; M=-32, 19,  5,  0, 51,-41, 14,-32,-17,-19,-27, -4,-42, 30, 45, -3, -5,-14,-36,-16;
/M: SY='D'; M=-20,-47, 46, 19, -6,-36,  4,-37, 10,-39, -7,  5, 38,  6, 14,  0,-25, -8,-47, -8;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 12 in 12 different sequences
Number of true positive hits 12 in 12 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] DBF4-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
12 sequences

CHIF_DROME  (Q9NK54), DBF4A_CRIGR (Q99MU0), DBF4A_HUMAN (Q9UBU7), 
DBF4A_MOUSE (Q9QZ41), DBF4A_XENLA (Q7ZZH7), DBF4A_XENTR (Q28FY7), 
DBF4B_HUMAN (Q8NFT6), DBF4B_XENLA (Q283Q6), DBF4_YEAST  (P32325), 
HIM1_SCHPO  (O59836), SPO6_SCHPO  (Q9Y7J1), ZDBF2_HUMAN (Q9HCK1)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

4F99; 4F9A; 4F9B; 4F9C

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission