Entry: PS51281

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] TAP_C
Accession [info] PS51281
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51281
Associated ProRule [info] PRU00611

Name and characterization of the entry

Description [info] TAP C-terminal (TAP-C) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9917423; R2=0.0210039; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1823.79497; R2=19.39119; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=310; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6904; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=215; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5993; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M= -8, -3,-28,  1, -2,-36,-14,-16,-28, -8,-32,-28, -8, 41, -6,-18,  2, -6,-22,-40,-28, -4;
/M: SY='T'; M= -4,-14,-16,-13, -7,-16,-26,-20,  4,-12, -4, -4,-12,-16,-10,-16, -4, 17,  9,-28,-16, -7;
/M: SY='R'; M=-10, -4,-34,-10, 10,-30,-20,  2,-30, 22,-22,-12,  0,-14, 30, 32, -4,-10,-24,-26,-20, 14;
/M: SY='Q'; M=-12,-13,-26,-11,  7,-18,-26, -6,-11, -5, -1, 12,-13,-18, 23, -4,-10,-10,-10,-22,-16,  9;
/M: SY='E'; M=-10,  6,-36, 12, 38,-30,-20,  4,-30, 10,-26,-12,  0,-10, 36,  4,  0,-10,-26,-26,-20, 36;
/M: SY='M'; M=-12,-32,-16,-32,-24,  0,-34,-24, 19,-24, 24, 40,-27,-30,-11,-22,-22,-10, 14,-20,-10,-24;
/M: SY='I'; M=-12,-34,-10,-34,-30, -2,-38,-30, 30,-28, 26, 14,-34,-28,-24,-26,-24, -8, 24,-22,-10,-28;
/M: SY='Q'; M=-14,  0,-28, -4,  9,-24,-22, -4,-19,  7,-15, -8,  4,-17, 12,  1, -4, -8,-18,-28,-18,  9;
/M: SY='A'; M= 18,-11,-13,-16, -1,-24, -9,-16,-19, 16,-24,-14,-11,-10, -1,  3,  6, -4, -9,-30,-20, -1;
/M: SY='M'; M=-14,-32,-16,-34,-26, 11,-34,-22, 17,-26, 21, 29,-28,-32,-16,-24,-22,-12, 11,-14, -3,-26;
/M: SY='S'; M= -3, -6,  0,-12, -5,-20,-14,  6,-22,  3,-26,-20,  0,-16, -1, -7, 11, -5,-20,-26,-11, -5;
/M: SY='A'; M= 10,-19,-10,-19, -9,-18,-16,-17, -7,-11, -5, -2,-17,-14,  1, -8, -1,  5, -2,-26,-18, -7;
/M: SY='Q'; M=-12, -1,-32,  1, 24,-13,-22,  2,-24,  2,-21, -9, -6,-16, 26, -2, -4,-12,-22,-19,-11, 23;
/M: SY='S'; M=  6, -4,-10, -4, -4,-20, -9,-14,-16, -4,-21,-16,  6,-10, -4,-10, 27, 27,-11,-30,-20, -4;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-30, -8, -6,-30, 27,-12,-36,  1,-34,-22, -6,-16,  2, -5,  0,-16,-26,-28,-26, -4;
/M: SY='M'; M=-14,-34,-16,-34,-24,  0,-34,-24, 14,-24, 29, 43,-29,-30, -9,-20,-24,-10, 10,-20,-10,-24;
/M: SY='N'; M=-18, 19,-26,  2, -6,-24,-16,  2,-17, -6,-29,-14, 43,-22, -6, -6,  4, -2,-19,-36,-18, -6;
/M:         M= -1,-13,-18, -8,-11,-22,-19,-22, -5,-16, -9, -9,-19, -1,-12,-20, -9, -6, -1,-34,-20,-11;
/M: SY='E'; M=-12,-12,-28, -8,  8,-13,-26, -5,-12, -8,-16,-14,-14, -1, -4,-14,-10,-12,-12,-19,  0,  4;
/M: SY='W'; M=-24,-34,-20,-39,-26, 28,-30, -1,-12,-26,-12,-12,-29,-36,-22,-26,-24,-24,-18, 48, 44,-26;
/M: SY='S'; M= 14, -7, -8, -7, -4,-20, -4,-14,-16, -4,-23,-16,  1,-10, -4,-10, 27, 17,-11,-30,-20, -4;
/M: SY='H'; M=-14, -7,-32,-11,  7, -6,-22, 17,-23, -1,-20,-12, -4,-21, 12,  7, -8,-14,-24,-17,  0,  7;
/M: SY='K'; M=-10,-13,-26,-19, -3,-17,-24,-14,-13, 20, -8, 15, -9,-19,  6,  3, -9,-10, -7,-26,-16, -3;
/M: SY='C'; M= -4,-32, 68,-40,-38,-16,-32,-30, -3,-30,  1,-11,-32,-30,-28,-36,-14,-10, -6,-20,-18,-38;
/M: SY='L'; M= -3,-33, 14,-36,-28, -9,-29,-28,  7,-26, 16,  5,-33,-26,-20,-22,-17, -8,  3,-22,-14,-28;
/M: SY='E'; M= -1,  3,-31,  9, 33,-28,-16, -2,-26,  6,-26,-14, -4,-10, 22,  0,  2, -8,-23,-28,-20, 29;
/M: SY='Q'; M=-14, 17,-36, 26, 26,-34,-16,  1,-30,  3,-29,-15,  4,-14, 30, -3,  0,-10,-26,-33,-24, 24;
/M: SY='N'; M= -6,  4,  1, -5, -9,-24,-14, -8,-20, -8,-26,-18, 21,-18, -8,-12, 13, 10,-18,-32,-20, -9;
/M: SY='N'; M= -9, 21,-24,  4, -2,-28, -8,  4,-26, -2,-36,-18, 45,-18, -2, -2, 10,  0,-24,-38,-20, -2;
/M: SY='W'; M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='D'; M=-20, 36,-36, 40, 12,-36,-10, -2,-30, -6,-40,-26, 30,-20,  0,-12,  4, -6,-30,-46,-26,  6;
/M: SY='Y'; M=-20,-30,-20,-34,-24, 41,-30,  9, -6,-24, -6, -6,-24,-34,-24,-24,-20,-20,-10, 16, 55,-24;
/M: SY='N'; M=-14, 20,-30, 18, 13,-30,-14, -1,-26, -2,-32,-20, 27,-16,  2, -6,  6,  5,-24,-38,-22,  9;
/M: SY='H'; M= -7,-14,-21,-20,-12, -3,-20,  5, -9, -8,-14,-10, -8,-22, -6, -3, -3, -7, -9,-21, -1,-10;
/M: SY='A'; M= 34,-16, -2,-16, -8,-20,  0,-18,-12, -8,-22,-12,-14,-10, -8,-10, 16,  2, -4,-30,-20, -8;
/M: SY='C'; M=  9,-28, 13,-30,-24,-11,-23,-26,  7,-22,  4, -1,-28,-22,-20,-22, -9, -6,  7,-24,-16,-24;
/M: SY='Q'; M= -1,-10,-22,-14,  2,-10,-18, -5,-20,  7,-18, -7,-10,-16, 17,  0, -2,-10,-14,-19,-10,  5;
/M: SY='A'; M=  8,-12,-16,-14,-10,-22,  3,-18,-15, -1,-23,-15,-10,-14, -8,-10,  7, -4, -7,-30,-20, -8;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 60,-30,-10,  0,-30,  0,  0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10, 10, 30,-30;
/M: SY='Q'; M=-12, -3,-24, -5,  6,-22,-22, -6,-15, -4,-11, -5,  3,-16, 11, -4, -3,  3,-14,-28,-18,  6;
/M: SY='E'; M= -8,  4,-30,  4, 22,-24,-16, 11,-28, 12,-30,-20,  4,-12, 12,  2,  7, -8,-26,-28,-13, 18;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='L'; M=-14,-29, -8,-29,-23,  0,-31,-23, 19,-23, 28, 14,-29,-23,-18,-18,-22, -8, 12,-16, -8,-23; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='K'; M=-10, -6,-22,-14,  0, -6,-18, -8,-18, 24,-18,-12, -6,-14,  0,  6, -4,-10,-14,-16, -6,  0; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='S'; M= 12, -4,-12, -6,  0,-22, -4,-12,-20,  8,-28,-18,  3,-10,  0, -4, 27,  4,-16,-30,-20,  0;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='R'; M= -8, -7,-26, -9,  7,-18,-18, -6,-16, 11,-11,  1, -4,-15,  8, 12, -7, -8,-14,-22,-14,  5; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='N'; M=-13, 17,-24,  4, -4,-24,  5,  3,-26, -4,-32,-18, 36,-16, -4, -4,  6, -4,-24,-31,-18, -4; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='K'; M= -2, -7,-24, -7,  0,-24, -1,-15,-17,  3,-24,-16, -7,-14, -3, -9,  3, -6,-11,-30,-20,  1;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-10,-30,-30, -2,-38,-30, 38,-28, 18, 10,-30,-28,-28,-30,-20, -8, 32,-22,-10,-28;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-30,-20,-10,-40,-20,-20,-30,-10,-30,-30,-20, 80,-10,-20,-10,-10,-20,-40,-30,-10;
/M: SY='A'; M= 10,-12,-22,-13,  3,-28,-12,-12,-22,  0,-24,-18,-12,  5,  0,  5,  0, -6,-16,-32,-22,  1;
/M: SY='E'; M= -8,  3,-34, 11, 35,-26,-22, -6,-19,  4,-23,-14, -6,-12, 13, -6, -4, -8,-17,-30,-18, 29;
/M: SY='A'; M= 40,-20,  0,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-20,-10,-20,-10,-10,-10, 10,  0,  0,-30,-20,-10;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 60,-30,-10,  0,-30,  0,  0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10, 10, 30,-30;
/M: SY='M'; M=  6,-22,-12,-22,-16,-10,-18,-20,  4,-14, -1, 19,-16,-20, -6,-18, -1, -2,  8,-26,-14,-14;
/M: SY='K'; M=-12,  0,-30, -7, 10,-25,-20, 17,-30, 25,-27,-14,  2,-12, 24, 12, -2,-12,-22,-25,-10, 13;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 60,-30,-10,  0,-30,  0,  0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10, 10, 30,-30;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 13 in 13 different sequences
Number of true positive hits 13 in 13 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] TAP-C
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
13 sequences

MEX67_CANAL (P84149), MEX67_SCHPO (Q9Y8G3), MEX67_YEAST (Q99257), 
NXF1_BOVIN  (Q1RMS5), NXF1_CAEEL  (Q9XVS7), NXF1_COTJA  (P58797), 
NXF1_DROME  (Q9U1H9), NXF1_HUMAN  (Q9UBU9), NXF1_MOUSE  (Q99JX7), 
NXF1_PONAB  (Q5R752), NXF1_RAT    (O88984), NXF2_DROME  (Q9VV73), 
NXF2_HUMAN  (Q9GZY0)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

1GO5; 1OAI; 2JP7; 2KHH

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission