Entry: PS51281

General information about the entry

Entry name [info] TAP_C
Accession [info] PS51281
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51281
Associated ProRule [info] PRU00611

Name and characterization of the entry

Description [info] TAP C-terminal (TAP-C) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9917423; R2=0.0210039; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1823.79497; R2=19.39119; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=310; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6904; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=215; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5993; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M= -8, -3,-28,  1, -2,-36,-14,-16,-28, -8,-32,-28, -8, 41, -6,-18,  2, -6,-22,-40,-28, -4;
/M: SY='T'; M= -4,-14,-16,-13, -7,-16,-26,-20,  4,-12, -4, -4,-12,-16,-10,-16, -4, 17,  9,-28,-16, -7;
/M: SY='R'; M=-10, -4,-34,-10, 10,-30,-20,  2,-30, 22,-22,-12,  0,-14, 30, 32, -4,-10,-24,-26,-20, 14;
/M: SY='Q'; M=-12,-13,-26,-11,  7,-18,-26, -6,-11, -5, -1, 12,-13,-18, 23, -4,-10,-10,-10,-22,-16,  9;
/M: SY='E'; M=-10,  6,-36, 12, 38,-30,-20,  4,-30, 10,-26,-12,  0,-10, 36,  4,  0,-10,-26,-26,-20, 36;
/M: SY='M'; M=-12,-32,-16,-32,-24,  0,-34,-24, 19,-24, 24, 40,-27,-30,-11,-22,-22,-10, 14,-20,-10,-24;
/M: SY='I'; M=-12,-34,-10,-34,-30, -2,-38,-30, 30,-28, 26, 14,-34,-28,-24,-26,-24, -8, 24,-22,-10,-28;
/M: SY='Q'; M=-14,  0,-28, -4,  9,-24,-22, -4,-19,  7,-15, -8,  4,-17, 12,  1, -4, -8,-18,-28,-18,  9;
/M: SY='A'; M= 18,-11,-13,-16, -1,-24, -9,-16,-19, 16,-24,-14,-11,-10, -1,  3,  6, -4, -9,-30,-20, -1;
/M: SY='M'; M=-14,-32,-16,-34,-26, 11,-34,-22, 17,-26, 21, 29,-28,-32,-16,-24,-22,-12, 11,-14, -3,-26;
/M: SY='S'; M= -3, -6,  0,-12, -5,-20,-14,  6,-22,  3,-26,-20,  0,-16, -1, -7, 11, -5,-20,-26,-11, -5;
/M: SY='A'; M= 10,-19,-10,-19, -9,-18,-16,-17, -7,-11, -5, -2,-17,-14,  1, -8, -1,  5, -2,-26,-18, -7;
/M: SY='Q'; M=-12, -1,-32,  1, 24,-13,-22,  2,-24,  2,-21, -9, -6,-16, 26, -2, -4,-12,-22,-19,-11, 23;
/M: SY='S'; M=  6, -4,-10, -4, -4,-20, -9,-14,-16, -4,-21,-16,  6,-10, -4,-10, 27, 27,-11,-30,-20, -4;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-30, -8, -6,-30, 27,-12,-36,  1,-34,-22, -6,-16,  2, -5,  0,-16,-26,-28,-26, -4;
/M: SY='M'; M=-14,-34,-16,-34,-24,  0,-34,-24, 14,-24, 29, 43,-29,-30, -9,-20,-24,-10, 10,-20,-10,-24;
/M: SY='N'; M=-18, 19,-26,  2, -6,-24,-16,  2,-17, -6,-29,-14, 43,-22, -6, -6,  4, -2,-19,-36,-18, -6;
/M:         M= -1,-13,-18, -8,-11,-22,-19,-22, -5,-16, -9, -9,-19, -1,-12,-20, -9, -6, -1,-34,-20,-11;
/M: SY='E'; M=-12,-12,-28, -8,  8,-13,-26, -5,-12, -8,-16,-14,-14, -1, -4,-14,-10,-12,-12,-19,  0,  4;
/M: SY='W'; M=-24,-34,-20,-39,-26, 28,-30, -1,-12,-26,-12,-12,-29,-36,-22,-26,-24,-24,-18, 48, 44,-26;
/M: SY='S'; M= 14, -7, -8, -7, -4,-20, -4,-14,-16, -4,-23,-16,  1,-10, -4,-10, 27, 17,-11,-30,-20, -4;
/M: SY='H'; M=-14, -7,-32,-11,  7, -6,-22, 17,-23, -1,-20,-12, -4,-21, 12,  7, -8,-14,-24,-17,  0,  7;
/M: SY='K'; M=-10,-13,-26,-19, -3,-17,-24,-14,-13, 20, -8, 15, -9,-19,  6,  3, -9,-10, -7,-26,-16, -3;
/M: SY='C'; M= -4,-32, 68,-40,-38,-16,-32,-30, -3,-30,  1,-11,-32,-30,-28,-36,-14,-10, -6,-20,-18,-38;
/M: SY='L'; M= -3,-33, 14,-36,-28, -9,-29,-28,  7,-26, 16,  5,-33,-26,-20,-22,-17, -8,  3,-22,-14,-28;
/M: SY='E'; M= -1,  3,-31,  9, 33,-28,-16, -2,-26,  6,-26,-14, -4,-10, 22,  0,  2, -8,-23,-28,-20, 29;
/M: SY='Q'; M=-14, 17,-36, 26, 26,-34,-16,  1,-30,  3,-29,-15,  4,-14, 30, -3,  0,-10,-26,-33,-24, 24;
/M: SY='N'; M= -6,  4,  1, -5, -9,-24,-14, -8,-20, -8,-26,-18, 21,-18, -8,-12, 13, 10,-18,-32,-20, -9;
/M: SY='N'; M= -9, 21,-24,  4, -2,-28, -8,  4,-26, -2,-36,-18, 45,-18, -2, -2, 10,  0,-24,-38,-20, -2;
/M: SY='W'; M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='D'; M=-20, 36,-36, 40, 12,-36,-10, -2,-30, -6,-40,-26, 30,-20,  0,-12,  4, -6,-30,-46,-26,  6;
/M: SY='Y'; M=-20,-30,-20,-34,-24, 41,-30,  9, -6,-24, -6, -6,-24,-34,-24,-24,-20,-20,-10, 16, 55,-24;
/M: SY='N'; M=-14, 20,-30, 18, 13,-30,-14, -1,-26, -2,-32,-20, 27,-16,  2, -6,  6,  5,-24,-38,-22,  9;
/M: SY='H'; M= -7,-14,-21,-20,-12, -3,-20,  5, -9, -8,-14,-10, -8,-22, -6, -3, -3, -7, -9,-21, -1,-10;
/M: SY='A'; M= 34,-16, -2,-16, -8,-20,  0,-18,-12, -8,-22,-12,-14,-10, -8,-10, 16,  2, -4,-30,-20, -8;
/M: SY='C'; M=  9,-28, 13,-30,-24,-11,-23,-26,  7,-22,  4, -1,-28,-22,-20,-22, -9, -6,  7,-24,-16,-24;
/M: SY='Q'; M= -1,-10,-22,-14,  2,-10,-18, -5,-20,  7,-18, -7,-10,-16, 17,  0, -2,-10,-14,-19,-10,  5;
/M: SY='A'; M=  8,-12,-16,-14,-10,-22,  3,-18,-15, -1,-23,-15,-10,-14, -8,-10,  7, -4, -7,-30,-20, -8;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 60,-30,-10,  0,-30,  0,  0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10, 10, 30,-30;
/M: SY='Q'; M=-12, -3,-24, -5,  6,-22,-22, -6,-15, -4,-11, -5,  3,-16, 11, -4, -3,  3,-14,-28,-18,  6;
/M: SY='E'; M= -8,  4,-30,  4, 22,-24,-16, 11,-28, 12,-30,-20,  4,-12, 12,  2,  7, -8,-26,-28,-13, 18;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='L'; M=-14,-29, -8,-29,-23,  0,-31,-23, 19,-23, 28, 14,-29,-23,-18,-18,-22, -8, 12,-16, -8,-23; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='K'; M=-10, -6,-22,-14,  0, -6,-18, -8,-18, 24,-18,-12, -6,-14,  0,  6, -4,-10,-14,-16, -6,  0; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='S'; M= 12, -4,-12, -6,  0,-22, -4,-12,-20,  8,-28,-18,  3,-10,  0, -4, 27,  4,-16,-30,-20,  0;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='R'; M= -8, -7,-26, -9,  7,-18,-18, -6,-16, 11,-11,  1, -4,-15,  8, 12, -7, -8,-14,-22,-14,  5; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='N'; M=-13, 17,-24,  4, -4,-24,  5,  3,-26, -4,-32,-18, 36,-16, -4, -4,  6, -4,-24,-31,-18, -4; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='K'; M= -2, -7,-24, -7,  0,-24, -1,-15,-17,  3,-24,-16, -7,-14, -3, -9,  3, -6,-11,-30,-20,  1;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-10,-30,-30, -2,-38,-30, 38,-28, 18, 10,-30,-28,-28,-30,-20, -8, 32,-22,-10,-28;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-30,-20,-10,-40,-20,-20,-30,-10,-30,-30,-20, 80,-10,-20,-10,-10,-20,-40,-30,-10;
/M: SY='A'; M= 10,-12,-22,-13,  3,-28,-12,-12,-22,  0,-24,-18,-12,  5,  0,  5,  0, -6,-16,-32,-22,  1;
/M: SY='E'; M= -8,  3,-34, 11, 35,-26,-22, -6,-19,  4,-23,-14, -6,-12, 13, -6, -4, -8,-17,-30,-18, 29;
/M: SY='A'; M= 40,-20,  0,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-20,-10,-20,-10,-10,-10, 10,  0,  0,-30,-20,-10;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 60,-30,-10,  0,-30,  0,  0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10, 10, 30,-30;
/M: SY='M'; M=  6,-22,-12,-22,-16,-10,-18,-20,  4,-14, -1, 19,-16,-20, -6,-18, -1, -2,  8,-26,-14,-14;
/M: SY='K'; M=-12,  0,-30, -7, 10,-25,-20, 17,-30, 25,-27,-14,  2,-12, 24, 12, -2,-12,-22,-25,-10, 13;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 60,-30,-10,  0,-30,  0,  0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10, 10, 30,-30;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 13 in 13 different sequences
Number of true positive hits 13 in 13 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] TAP-C
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
13 sequences

MEX67_CANAL (P84149), MEX67_SCHPO (Q9Y8G3), MEX67_YEAST (Q99257), 
NXF1_BOVIN  (Q1RMS5), NXF1_CAEEL  (Q9XVS7), NXF1_COTJA  (P58797), 
NXF1_DROME  (Q9U1H9), NXF1_HUMAN  (Q9UBU9), NXF1_MOUSE  (Q99JX7), 
NXF1_PONAB  (Q5R752), NXF1_RAT    (O88984), NXF2_DROME  (Q9VV73), 
NXF2_HUMAN  (Q9GZY0)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

1GO5; 1OAI; 2JP7; 2KHH

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission