 |
|
| Entry: PS51289 |
General information about the entry
| Entry name [info] | GLG1_C_RICH |
| Accession [info] | PS51289 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] | 01-JAN-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 05-JUL-2017 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51289 |
| Associated ProRule [info] | PRU00622 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Cysteine-rich GLG1 repeat profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=58; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1522255; R2=0.0140608; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=736; N_SCORE=12.5; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=203; N_SCORE=5.0; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='Q'; M=-12, -2,-27, -1, 6,-18,-22, -4,-12, 1,-11, -6, -2,-10, 7, 3, -6, -6,-14,-24, -9, 5; /M: SY='L'; M= -9,-24,-21,-27,-18, 2,-26,-15, 14,-16, 22, 22,-22,-20,-13,-10,-19, -6, 11,-21, -3,-17; /M: SY='S'; M= 2, 5,-18, 5, 0,-23, 4, -7,-22, -9,-25,-17, 9,-13, -2,-10, 19, 5,-14,-34,-19, -2; /M: SY='P'; M= -6, -4,-27, 0, 8,-21,-18,-10,-17, 0,-17,-13, -6, 10, -2, -4, -2, -4,-15,-27,-15, 2; /M: SY='E'; M=-12, 10,-29, 15, 26,-31,-18, 0,-27, 17,-22,-13, 4, -9, 21, 11, -4,-10,-26,-26,-14, 23; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M= -5, -3,-26, -3, 7,-21, -9, 1,-24, 11,-19,-10, 1,-14, 7, 13, -2, -8,-20,-23,-11, 6; /M: SY='Q'; M= -3, 3,-25, 2, 8,-27,-12, 11,-21, 3,-20, -9, 4,-12, 14, 0, 1, -6,-20,-26, -9, 10; /M: SY='E'; M= -2, -8,-25, -9, 8,-16,-17, -6, -9, -2, -4, -1, -9,-14, 7, -3, -7, -9,-12,-19, -6, 7; /M: SY='V'; M= -5,-29,-17,-32,-26, 3,-31,-25, 30,-24, 23, 19,-27,-27,-23,-21,-18, -5, 32,-25, -5,-26; /M: SY='T'; M= -5,-14,-23,-18,-11, -5,-17,-15, -7, -9, -1, -3,-10,-19, -5, -4, -7, 1, -7, -7, -4, -8; /M: SY='R'; M=-12, 6,-25, 5, 9,-22,-18, 4,-22, 10,-20,-11, 6,-14, 8, 13, -2, -2,-18,-26, -8, 7; /M: SY='L'; M=-12,-21,-23,-24,-15, 9,-26, -7, 3,-10, 10, 8,-17,-24,-12, 1,-17, -9, 3,-13, 7,-15; /M: SY='Q'; M= -3,-10,-23,-13, 1,-17,-22,-10, -5, -1, -2, 1, -9,-15, 8, 1, -6, -2, -6,-22, -9, 4; /M: SY='Q'; M= -9, -9,-26, -8, 7,-15,-23, 2,-10, 3, -5, -1, -9,-16, 10, 2,-10,-10,-11,-18, 1, 7; /M: SY='M'; M= -9,-12,-22,-15, -1, -4,-25,-12, 5,-10, 6, 9,-12,-17, -5,-11,-11, -4, 3,-23, -6, -3; /M: SY='M'; M= -2,-10,-22,-13, 0,-15,-18, -9, -1, -7, -3, 5, -7,-14, 4, -6, 0, -1, -4,-26,-10, 1; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='A'; M= 12, -9,-17,-16,-10,-11, -2,-14, -9,-10, -6, 1, -6,-15, -8,-13, 3, 2, -5,-23,-13, -9; /M: SY='R'; M= -7, -5,-23, -5, 4,-17,-19, -7,-14, 6,-11, -3, -5,-15, 6, 11, -3, -3, -9,-24,-10, 4; /M: SY='D'; M=-20, 45,-30, 61, 17,-37,-10, 5,-38, 1,-29,-27, 20,-11, 1, -6, 0,-10,-30,-39,-18, 9; /M: SY='Y'; M=-14,-22,-27,-25,-19, 19,-28,-10, 4,-17, -1, -1,-18,-13,-18,-17,-16, -8, -1, 7, 25,-20; /M: SY='R'; M=-14, -3,-27, -4, 4,-20,-18, 10,-27, 19,-22, -9, 4,-16, 11, 31, -4, -7,-21,-23, -6, 5; /M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-32,-23, 18,-29,-19, 20,-26, 33, 22,-26,-28,-21,-19,-24, -9, 14,-16, 4,-22; /M: SY='D'; M= -6, 20,-24, 28, 11,-27,-12, -6,-22, -4,-21,-19, 10,-11, -1, -9, 5, -4,-16,-34,-18, 4; /M: SY='P'; M=-10,-13,-26, -8, -3,-18,-19, -5,-20, -3,-23,-14,-11, 29, -5, -3, -6, -8,-22,-21, -6, -8; /M: SY='E'; M= 1, -9,-23, -8, 5,-20,-15,-10,-10, -3,-12, -6,-10, -2, 1, -8, -2, -4, -6,-26,-15, 2; /M: SY='L'; M= -6,-28,-20,-31,-21, 15,-28,-21, 18,-28, 38, 15,-26,-28,-21,-21,-25, -9, 10,-17, 2,-21; /M: SY='Y'; M=-10,-10,-25,-13, -6, -5,-22, 6, -6, -1, -6, 4, -8,-19, 3, 0, -9, -6, -8,-12, 12, -3; /M: SY='E'; M=-12, 1,-26, 2, 8,-16,-16, -7,-19, 8,-12, -6, -1,-14, 3, 7, -7, -6,-16,-23,-10, 5; /M: SY='A'; M= 22, -4,-15, -9, -6,-18, -6,-10,-13, -4,-16,-11, -2,-13, -6,-11, 10, 2, -4,-25,-13, -7; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M= -3, -4,-26, -4, 9,-25,-17, -3,-25, 23,-20,-10, -2,-12, 11, 25, -4, -8,-18,-22,-12, 8; /M: SY='E'; M= -3, -3,-24, -1, 7,-22, -8, -7,-17, -5,-17,-10, -1, -1, 5, -8, 5, -3,-17,-27,-14, 5; /M: SY='D'; M=-11, 19,-26, 29, 19,-27,-17, -6,-22, -2,-15,-15, 4,-10, 1,-10, -2, -5,-16,-33,-16, 10; /M: SY='I'; M= -4,-27,-25,-34,-24, -1,-32,-25, 32,-24, 20, 15,-20,-21,-17,-20,-18, -9, 21,-20, -3,-24; /M: SY='E'; M= -6, 6,-24, 8, 12,-25, -9, -3,-23, 5,-22,-14, 6, -9, 6, 0, 4, -2,-19,-30,-15, 8; /M: SY='R'; M=-10, 1,-27, 0, 6,-24,-10, 2,-25, 14,-23,-11, 5,-14, 7, 18, -1, -5,-20,-25,-12, 5; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='Y'; M=-14,-18,-27,-19,-11, 13,-24, 4,-10,-10, -2, -3,-14,-19,-11, -5,-16,-12,-12, 3, 17,-12; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='S'; M= 7, -3,-21, -4, 3,-23, -7, -1,-21, -1,-23,-14, 1, 0, 1, -4, 9, 0,-17,-28,-16, 1; /M: SY='E'; M= -3, 8,-25, 9, 10,-26, -4, 1,-23, -4,-23,-16, 8, -3, 3, -8, 4, -5,-21,-31,-18, 6; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='D'; M= -6, 4,-27, 9, 4,-28, 5, -4,-28, -1,-22,-15, 2,-11, 1, -2, 0,-10,-23,-27,-17, 2; /M: SY='E'; M= -8, 2,-26, 4, 13,-24,-17, 0,-22, 6,-18,-12, 1, -3, 8, 4, 1, -2,-20,-29,-13, 9; /M: SY='G'; M= 4, -9,-25, -9,-13,-26, 40,-18,-30,-14,-26,-17, -1,-14,-14,-16, 5, -9,-20,-24,-25,-14; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='R'; M=-10, 2,-27, 2, 6,-16,-17, -1,-19, 5,-17, -9, 2,-16, 9, 10, -5, -9,-19,-14, -3, 6; /M: SY='V'; M= -2,-21,-17,-24,-17, -5,-27,-22, 19,-17, 9, 10,-20,-21,-15,-17, -8, 2, 24,-26, -8,-17; /M: SY='L'; M= -9,-27,-20,-30,-21, 10,-29,-18, 21,-23, 29, 21,-26,-27,-19,-18,-22, -8, 17,-19, 2,-20; /M: SY='E'; M= -3, -3,-21, -3, 12,-19,-15, 2,-14, -3,-13, -4, -1,-11, 7, -4, 6, 0,-13,-29,-11, 8; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='M'; M= -9,-11,-23,-14, -2, -9,-21, -5, -3, 3, -4, 14,-10,-16, 3, 0, -8, -5, -3,-20, -2, 0; /M: SY='E'; M=-11, 12,-25, 13, 16,-25,-15, -1,-22, 8,-19,-12, 11,-12, 11, 7, 0, -4,-21,-30,-15, 13; /M: SY='N'; M= -5, 6,-21, -1, -6,-15, -6, 14,-17, -7,-19,-10, 15,-18, -5, -5, 3, -2,-15,-29, -8, -7; /M: SY='V'; M= 1,-17,-19,-20,-12, -1,-21,-16, -3, -1, 1, 0,-15,-20,-12, 0,-10, -4, 4,-17, -3,-12; /M: SY='N'; M=-12, 5,-26, 5, 3,-12,-14, 5,-18, 1,-15,-11, 6,-17, -2, 3, -6, -9,-17,-22, -1, -1; /M: SY='B'; M= -7, 11,-24, 11, 8,-27,-10, -4,-24, 8,-24,-15, 11,-12, 9, 5, 6, -1,-20,-30,-16, 8; /M: SY='E'; M=-10, -2,-28, 1, 10,-24,-14, -6,-18, 4,-15,-10, -4, -4, 4, 1, -5, -8,-16,-26,-14, 6; /M: SY='E'; M= -5, 2,-22, 1, 5,-17,-17, -9,-16, 4,-13,-10, 2,-14, 0, 4, 0, 1,-12,-27,-12, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 96 in 6 different sequences |
| Number of true positive hits | 96 in 6 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 16 |
| Feature key [info] | REPEAT |
| Feature description [info] | Cys-rich GLG1 |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
6 sequences
GSLG1_CAEEL (Q19459 ), GSLG1_CHICK (Q02391 ), GSLG1_CRIGR (Q9Z1E9 ), GSLG1_HUMAN (Q92896 ), GSLG1_MOUSE (Q61543 ), GSLG1_RAT (Q62638 )» more
|
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission