Entry: PS51289

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] GLG1_C_RICH
Accession [info] PS51289
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2007 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51289
Associated ProRule [info] PRU00622

Name and characterization of the entry

Description [info] Cysteine-rich GLG1 repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=58;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1522255; R2=0.0140608; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2220.24583; R2=19.79970; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=736; N_SCORE=12.5; H_SCORE=15387; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=203; N_SCORE=5.0; H_SCORE=6240; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Q'; M=-12, -2,-27, -1,  6,-18,-22, -4,-12,  1,-11, -6, -2,-10,  7,  3, -6, -6,-14,-24, -9,  5;
/M: SY='L'; M= -9,-24,-21,-27,-18,  2,-26,-15, 14,-16, 22, 22,-22,-20,-13,-10,-19, -6, 11,-21, -3,-17;
/M: SY='S'; M=  2,  5,-18,  5,  0,-23,  4, -7,-22, -9,-25,-17,  9,-13, -2,-10, 19,  5,-14,-34,-19, -2;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-27,  0,  8,-21,-18,-10,-17,  0,-17,-13, -6, 10, -2, -4, -2, -4,-15,-27,-15,  2;
/M: SY='E'; M=-12, 10,-29, 15, 26,-31,-18,  0,-27, 17,-22,-13,  4, -9, 21, 11, -4,-10,-26,-26,-14, 23;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M= -5, -3,-26, -3,  7,-21, -9,  1,-24, 11,-19,-10,  1,-14,  7, 13, -2, -8,-20,-23,-11,  6;
/M: SY='Q'; M= -3,  3,-25,  2,  8,-27,-12, 11,-21,  3,-20, -9,  4,-12, 14,  0,  1, -6,-20,-26, -9, 10;
/M: SY='E'; M= -2, -8,-25, -9,  8,-16,-17, -6, -9, -2, -4, -1, -9,-14,  7, -3, -7, -9,-12,-19, -6,  7;
/M: SY='V'; M= -5,-29,-17,-32,-26,  3,-31,-25, 30,-24, 23, 19,-27,-27,-23,-21,-18, -5, 32,-25, -5,-26;
/M: SY='T'; M= -5,-14,-23,-18,-11, -5,-17,-15, -7, -9, -1, -3,-10,-19, -5, -4, -7,  1, -7, -7, -4, -8;
/M: SY='R'; M=-12,  6,-25,  5,  9,-22,-18,  4,-22, 10,-20,-11,  6,-14,  8, 13, -2, -2,-18,-26, -8,  7;
/M: SY='L'; M=-12,-21,-23,-24,-15,  9,-26, -7,  3,-10, 10,  8,-17,-24,-12,  1,-17, -9,  3,-13,  7,-15;
/M: SY='Q'; M= -3,-10,-23,-13,  1,-17,-22,-10, -5, -1, -2,  1, -9,-15,  8,  1, -6, -2, -6,-22, -9,  4;
/M: SY='Q'; M= -9, -9,-26, -8,  7,-15,-23,  2,-10,  3, -5, -1, -9,-16, 10,  2,-10,-10,-11,-18,  1,  7;
/M: SY='M'; M= -9,-12,-22,-15, -1, -4,-25,-12,  5,-10,  6,  9,-12,-17, -5,-11,-11, -4,  3,-23, -6, -3;
/M: SY='M'; M= -2,-10,-22,-13,  0,-15,-18, -9, -1, -7, -3,  5, -7,-14,  4, -6,  0, -1, -4,-26,-10,  1;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 12, -9,-17,-16,-10,-11, -2,-14, -9,-10, -6,  1, -6,-15, -8,-13,  3,  2, -5,-23,-13, -9;
/M: SY='R'; M= -7, -5,-23, -5,  4,-17,-19, -7,-14,  6,-11, -3, -5,-15,  6, 11, -3, -3, -9,-24,-10,  4;
/M: SY='D'; M=-20, 45,-30, 61, 17,-37,-10,  5,-38,  1,-29,-27, 20,-11,  1, -6,  0,-10,-30,-39,-18,  9;
/M: SY='Y'; M=-14,-22,-27,-25,-19, 19,-28,-10,  4,-17, -1, -1,-18,-13,-18,-17,-16, -8, -1,  7, 25,-20;
/M: SY='R'; M=-14, -3,-27, -4,  4,-20,-18, 10,-27, 19,-22, -9,  4,-16, 11, 31, -4, -7,-21,-23, -6,  5;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-32,-23, 18,-29,-19, 20,-26, 33, 22,-26,-28,-21,-19,-24, -9, 14,-16,  4,-22;
/M: SY='D'; M= -6, 20,-24, 28, 11,-27,-12, -6,-22, -4,-21,-19, 10,-11, -1, -9,  5, -4,-16,-34,-18,  4;
/M: SY='P'; M=-10,-13,-26, -8, -3,-18,-19, -5,-20, -3,-23,-14,-11, 29, -5, -3, -6, -8,-22,-21, -6, -8;
/M: SY='E'; M=  1, -9,-23, -8,  5,-20,-15,-10,-10, -3,-12, -6,-10, -2,  1, -8, -2, -4, -6,-26,-15,  2;
/M: SY='L'; M= -6,-28,-20,-31,-21, 15,-28,-21, 18,-28, 38, 15,-26,-28,-21,-21,-25, -9, 10,-17,  2,-21;
/M: SY='Y'; M=-10,-10,-25,-13, -6, -5,-22,  6, -6, -1, -6,  4, -8,-19,  3,  0, -9, -6, -8,-12, 12, -3;
/M: SY='E'; M=-12,  1,-26,  2,  8,-16,-16, -7,-19,  8,-12, -6, -1,-14,  3,  7, -7, -6,-16,-23,-10,  5;
/M: SY='A'; M= 22, -4,-15, -9, -6,-18, -6,-10,-13, -4,-16,-11, -2,-13, -6,-11, 10,  2, -4,-25,-13, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M= -3, -4,-26, -4,  9,-25,-17, -3,-25, 23,-20,-10, -2,-12, 11, 25, -4, -8,-18,-22,-12,  8;
/M: SY='E'; M= -3, -3,-24, -1,  7,-22, -8, -7,-17, -5,-17,-10, -1, -1,  5, -8,  5, -3,-17,-27,-14,  5;
/M: SY='D'; M=-11, 19,-26, 29, 19,-27,-17, -6,-22, -2,-15,-15,  4,-10,  1,-10, -2, -5,-16,-33,-16, 10;
/M: SY='I'; M= -4,-27,-25,-34,-24, -1,-32,-25, 32,-24, 20, 15,-20,-21,-17,-20,-18, -9, 21,-20, -3,-24;
/M: SY='E'; M= -6,  6,-24,  8, 12,-25, -9, -3,-23,  5,-22,-14,  6, -9,  6,  0,  4, -2,-19,-30,-15,  8;
/M: SY='R'; M=-10,  1,-27,  0,  6,-24,-10,  2,-25, 14,-23,-11,  5,-14,  7, 18, -1, -5,-20,-25,-12,  5;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-14,-18,-27,-19,-11, 13,-24,  4,-10,-10, -2, -3,-14,-19,-11, -5,-16,-12,-12,  3, 17,-12;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-21, -4,  3,-23, -7, -1,-21, -1,-23,-14,  1,  0,  1, -4,  9,  0,-17,-28,-16,  1;
/M: SY='E'; M= -3,  8,-25,  9, 10,-26, -4,  1,-23, -4,-23,-16,  8, -3,  3, -8,  4, -5,-21,-31,-18,  6;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D'; M= -6,  4,-27,  9,  4,-28,  5, -4,-28, -1,-22,-15,  2,-11,  1, -2,  0,-10,-23,-27,-17,  2;
/M: SY='E'; M= -8,  2,-26,  4, 13,-24,-17,  0,-22,  6,-18,-12,  1, -3,  8,  4,  1, -2,-20,-29,-13,  9;
/M: SY='G'; M=  4, -9,-25, -9,-13,-26, 40,-18,-30,-14,-26,-17, -1,-14,-14,-16,  5, -9,-20,-24,-25,-14;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='R'; M=-10,  2,-27,  2,  6,-16,-17, -1,-19,  5,-17, -9,  2,-16,  9, 10, -5, -9,-19,-14, -3,  6;
/M: SY='V'; M= -2,-21,-17,-24,-17, -5,-27,-22, 19,-17,  9, 10,-20,-21,-15,-17, -8,  2, 24,-26, -8,-17;
/M: SY='L'; M= -9,-27,-20,-30,-21, 10,-29,-18, 21,-23, 29, 21,-26,-27,-19,-18,-22, -8, 17,-19,  2,-20;
/M: SY='E'; M= -3, -3,-21, -3, 12,-19,-15,  2,-14, -3,-13, -4, -1,-11,  7, -4,  6,  0,-13,-29,-11,  8;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='M'; M= -9,-11,-23,-14, -2, -9,-21, -5, -3,  3, -4, 14,-10,-16,  3,  0, -8, -5, -3,-20, -2,  0;
/M: SY='E'; M=-11, 12,-25, 13, 16,-25,-15, -1,-22,  8,-19,-12, 11,-12, 11,  7,  0, -4,-21,-30,-15, 13;
/M: SY='N'; M= -5,  6,-21, -1, -6,-15, -6, 14,-17, -7,-19,-10, 15,-18, -5, -5,  3, -2,-15,-29, -8, -7;
/M: SY='V'; M=  1,-17,-19,-20,-12, -1,-21,-16, -3, -1,  1,  0,-15,-20,-12,  0,-10, -4,  4,-17, -3,-12;
/M: SY='N'; M=-12,  5,-26,  5,  3,-12,-14,  5,-18,  1,-15,-11,  6,-17, -2,  3, -6, -9,-17,-22, -1, -1;
/M: SY='B'; M= -7, 11,-24, 11,  8,-27,-10, -4,-24,  8,-24,-15, 11,-12,  9,  5,  6, -1,-20,-30,-16,  8;
/M: SY='E'; M=-10, -2,-28,  1, 10,-24,-14, -6,-18,  4,-15,-10, -4, -4,  4,  1, -5, -8,-16,-26,-14,  6;
/M: SY='E'; M= -5,  2,-22,  1,  5,-17,-17, -9,-16,  4,-13,-10,  2,-14,  0,  4,  0,  1,-12,-27,-12,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 96 in 6 different sequences
Number of true positive hits 96 in 6 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 16
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] Cys-rich GLG1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
6 sequences

GSLG1_CAEEL (Q19459), GSLG1_CHICK (Q02391), GSLG1_CRIGR (Q9Z1E9), 
GSLG1_HUMAN (Q92896), GSLG1_MOUSE (Q61543), GSLG1_RAT   (Q62638)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission