To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51295

General information about the entry

Entry name [info] CRM
Accession [info] PS51295
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-FEB-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC01005
Associated ProRule [info] PRU00626

Name and characterization of the entry

Description [info] CRM domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6734837; R2=0.0058687; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1164; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=772; N_SCORE=6.2; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-15; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='M'; M=-19,-52,  9, 34,-40,-49,-37, -1,  3,  8, 62,-18, 34,-30, -6,-10, -4,-20, 12,-39;
/M: SY='M'; M=-10, 20,-37, 13,-47,  3,-40,  3, 19,-26, 35,-17, 32,-17, 18, -7, 29,-26,-55,-43;
/M: SY='L'; M=-43,-47,-61,-53,  7,-61,-45, 16,-53, 70, 47,-57,-16,-47,-51,-52,-39, -3,-47,-28;
/M: SY='T'; M=-13,-45,  9, 14,-50,-21,-37,-46, -8,-49,-43,  6, 21,-12,-15, 45, 59,-40,-59,-21;
/M: SY='S'; M=-10,-49, 13, 17,-22, 26,-38,-21, 15,-36,-23, 20, 15,-30,-20, 27,  9,-15,-56,-44;
/M: SY='K'; M=  0,-52,  7, 41,-23,-19,  9,-50, 47,-48,  5,  4, -8, 14,  5, -9,-12,-34, 13,-40;
/M: SY='Q'; M=-26,-57,-13, 69,-55,-48,-30,-35,  3,-25,-18,-15,-39, 76, -8,-31,-28,-36, 13,-42;
/M: SY='R'; M=-15,-50,-42,-34,-40,-31, -9,  3, 37, 17, -6,-17,-48, -5, 52,-10,  5,  2,-53,-38;
/M: SY='R'; M= -5,-51,-23, -8,-46,-46,  4,-30, 48,-24,-37,-14,-45, 12, 57, -5, 17,-22,-51, -2;
/M: SY='Y'; M= -5,-14,  5, 26, 20,-48, 22,-10,  7,-38,  2,-18,-47, 13, 42,-19,-38,-40,-39, 48;
/M: SY='L'; M=-42,-47,-56,-21,  8,-59,-42, -6,-49, 71, 42,-54,-23,-43,-29,-30,-25,-19,-46,-14;
/M: SY='R'; M=-20,-57,-18,-27,-50,-51,-32,-16, 39,-34,-38,-32,-49,  1, 90,-36,-39,-31,-52,-39;
/M: SY='S'; M= 21,-47,-22,-21,-52, 15,-37,-48, 29,-49,-17, 10,-17,-17, 34, 37,  4,-23,-55,-44;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61;
/M: SY='L'; M=-17,-51,-42,  6,-37, -6,-15, 21, 24, 27, 23,-39,-48, 21, 18,-30,-23,  6,-52,-37;
/M: SY='A'; M= 60,-44, -8,-39,-23, 48,-16,-48,-17,-39,-41,-17,-44,-37,-43, -5,-11,-39,-50, -8;
/M: SY='H'; M=-21,-51,-38,-24, -6,-35, 97,-14,-34, 10, 24,  5,-49,-18, 13, -8, -2,-16,-56,  9;
/M: SY='H'; M= -5,-51, 29,  5,-49,-11, 60,-48, 24,-24,-39, -2, -9, -2, 16,  4, 20,-28,-59,-18;
/M: SY='L'; M=-30,-14,-28,-30,-27,-38,-41, 12,-11, 54, 46,-10,-52,-22,-13, -7,  0, -6,-52,-34;
/M: SY='K'; M= -9,-53,  3, 18,-52,-44,-16,-46, 54,-28,-14, 18, 41, -5, 16,-10,-13,-20,-55,-44;
/M: SY='P'; M=  4,-57,-24,-11,-53,-44,-43,-12, -8,-37,-39, -8, 94,-13, -5,-15,-18,  0,-56,-51;
/M: SY='V'; M=-24,-49,-16,-27,-18,-41, 24, 33,  0,  8,-24,-39,-49, -6,  2,-11, 18, 35, 29,  1;
/M: SY='V'; M=-19,-10,-58,-52, 32,-58,-52, 38,-50, 17, 30,-51,-27,-29,-51,-43,  1, 55,-49,-28;
/M: SY='W'; M= -3,-50,-38,-33,-26,-44,  0,  4, 16, -6, 29, 30,-20, 39, 21, -5,  5,-14, 55,-34;
/M: SY='I'; M=-27,-48,-58,-35,-17,-61,-55, 62,-51, 27, 10,-53,-22,-49,-54,-46,-14, 51,-54,-34;
/M: SY='G'; M= -5,-53,-25,-47,-59, 88,-46,-64,-28,-60,-50,-28, -4,-41,-11,-26,-23,-57,-51,-53;
/M: SY='K'; M=-21,-54, -3,-16,-53, -8,-33,-53, 72,-52,-42, -5, -7, 18, 41,-19,-23,-33,-50,-15;
/M: SY='N'; M= 18,-48, 16, 12,-50, -4,-11,-51,  4,-41,-43, 63,-45, 12, 15, 19,-29,-47,-56, -4;
/M: SY='G'; M=-27,-53,-18,-48,-57, 89,-45,-63,-41,-44,-49,-13,-45,-41, -1,-19,-25,-58,-51,-52;
/I:         I=-14; MD=-35;
/M: SY='V'; M=-38,-48,-58,-34,-11,-62,-52, 25,-50, 43,  5,-55,-57,-18,-29,-30,-35, 55,-54,-16; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-35; IM=0; DM=-35;
/M: SY='T'; M=-24,-42,-27,-40, 17,-34,-39, -1,-27, -4,-31,  9,-43,-39,-42, 16, 77,-28,-49, 21;
/M: SY='D'; M=-22,-14, 55, 52,-34, -9,  8,-54,-10,-52,-46,-26, 18, 45, -6,-20,-23,-33,-59,-44;
/M: SY='G'; M= 25,-45,-18,-15,-51, 42,-38,-32,-14,-31,-42, 40,-25,-22,-40, 39,  0,-24,-57,-47;
/M: SY='V'; M=-19,-45,-59,-53,  4,-59,-53, 22,-51, 31, 25,-54,-55,-50,-51,-44, -9, 65, 21,-17;
/M: SY='I'; M=  4,-46,-58,-52,-17,-57,-53, 52,-40, 33, 22,-52,-53,-47,-36,-43,-14, 47,-53,-34;
/M: SY='E'; M= 11,-51, 18, 51,-54, -3,-34,-36, 16,-26,-41, 17, -4, 22,  1,-11,-11,-25,-56,-46;
/M: SY='E'; M= 19,-51,-11, 65,-56,-13,-31,-52, -6,-49,  2, 25,-39, 38, -1,  8,-32,-47,-56,-46;
/M: SY='I'; M=-18,-49,-60,-55,-14,-61,-53, 68,-52, 26, 47,-52,-52,-48,-53,-46,-17, 36,-52,-32;
/M: SY='H'; M=-20,-53, 41, 28,-49,-46, 69,-29, 31,-16,-37, 18,-44, -5, 15,-25,-35,-13,-62,-36;
/M: SY='E'; M=-17,-52, 31, 36,-26, -4, -2,-36, 20, -6, -1, 10,-44,  9, 32,-12,-13,-28,-56,-40;
/M: SY='H'; M= 45,-20,-38, -9,-47,-39, 56,-41, -4,  1,  2,-32,-45, 50,  3, -5,  1,-37,-55,-36;
/M: SY='W'; M=-47,-54,-67,-56, 28,-58,-54, 14,-53, 55, -5,-62,-58,-49,-52,-55,-46,-25,122,-16;
/M: SY='E'; M= -5,-52, 15, 53,-52,-36,-33,-50, 45,-14,-41, 10,-40, 10, 17, -8, -5,-46,-55,-44;
/M: SY='K'; M= 18,-48, 22,-13,-23,-43, 22,-28, 43,-32,-37,-21,-44,-13, 11,  2, 19, 12,-55,-17;
/M: SY='H'; M=-22, 12,  2, -8,-50,-20, 93,-58,  2,-50,-39, 19,-47,-23, 54, 10,-24,-53,-64,-31;
/I:         I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='E'; M=-25,-56, -6, 89,-57,-19,-32,-56,  2,-26,-45,-33,-17,  1, -7,-12,-36,-50,-56,-48;
/M: SY='L'; M=-20,-45,-59,-53,-22,-60,-49, 28,-53, 66, -9,-56,-57,-48,-52,-48,-10, 31,-51,-32;
/M: SY='V'; M= 16, -8,-58,-53,-30,-56,-58, 59,-51,  4,-18,-52,-52,-50,-54,-41,-31, 61,-56,-37;
/M: SY='K'; M=-39,-54,-33,-20,-54,-33,-34,-38, 90,-51,-14,-26,-41, -2, 33,-34,-24,-49,-49,-41;
/M: SY='V'; M=-35,-17,-61,-56,-27,-47,-59, 62,-53, 16, -2,-54,-54,-52,-55,-46,-32, 65,-56,-35;
/M: SY='K'; M= -1, -7, 11,-16,-32,-44,-19,-15, 65,-37,-40,  6,-44,-22, 44, -4, -9,-43,-53,-41;
/M: SY='C'; M=-20, 62,-59,-55, 33,-58,-54, 44,-51, 10, 23,-50,-55,-52,-53,-31,-12, 43, 15,-29;
/M: SY='L'; M=-15,-49, -7, -4,-18, -9, 32,-32, 32, 34, -7, 14,-21, -2, -2,-14,-18,-16,-53,-35;
/I:         I=-22; MD=-57;
/M: SY='Q'; M=-12,-55,  6, 14,-55, 29, -3, -5, 15,-49,-41,  3,-12, 42, 33, -8,-26,-32,-55,-44; D=-22;
/I:         I=-22; MI=0; MD=-57; IM=0; DM=-57;
/M: SY='N'; M=  8,-48, 16,  6,-12,-14,-38,-13,  0,  1,-10, 26, 12,-33,-15, 13, -1, 12,-55,-18;
/M: SY='E'; M= -4, 34, 29, 36,-32,-13,-37,-32, -6,-15,-40,-22, 23, 16,-17, 21,  2,-27,-56,-17;
/M: SY='R'; M=-13,-12,-16, 10, -8, 17,-35,-32, 11,-19,  6, 22, 21,-28, 49, -8,-12,-32,-53,-41;
/M: SY='E'; M= -7,-50, 26, 42,-44,  0,-11, -3, -3,  2, 27,-31,-42,-28, -3, 10,  8,-13,-56,-30;
/M: SY='D'; M=-21,-13, 71, 29,-34,-29,-32,-39,-16,-45,-27, 36, -1,  3,-10,-21, 18,-39,-65,-45;
/M: SY='R'; M=-31, -4,-44,-36,-21,-50,-36,  4, 23, -7, 52, -6,  7,-29, 57,-11,-17,  5,-50, -1;
/M: SY='K'; M=  2,-53, 33, 34,-32,-45,  1,-31, 52,-28,-40,-19,-42, 24, 22,-24,-16,-33,-55,-41;
/M: SY='E'; M= 10,-52,  0, 56,-52,-25, -2,-37, 19,-34,-23,  3,-29, 19, 31,-11, -5,-36,-54,-21;
/M: SY='M'; M= 12,-46,-54,-49, -5,-52,-47, 51,-47, 17, 57,-21,-49,-27,-49,-38, 15, 23, -9,-14;
/M: SY='A'; M= 55, 27,-46,-42,-29,  8, 33, 20,-32,-16, -6,-38,-47,-18,-27, -6,-26,-15,  6,-11;
/M: SY='E'; M= 19,-50, 21, 56,-31,-42, -7,-45, 17,-28,-20,  5,-40,-12, -7,  8,-15, -9,  8,-42;
/M: SY='Q'; M= -2,-51, -5, 31, -8,-36,  0,  6, 31,-14, -7,-15,-43, 37, 14,-16,  4,-11,-51,-23;
/M: SY='L'; M=-40,-47,-61,-55,-22,-62,-51, 52,-54, 59, 14,-56,-56,-48,-53,-30,-36, 26,-51,-32;
/M: SY='C'; M= 35, 60,-32, 43,-51,-42,-39,-34, 25,-26,-17,-35,-27,  6,  4, -8,-11,-18,-56,-46;
/I:         I=-19; MD=-47;
/M: SY='E'; M=  1,-51, 30, 47,-24, -6,-19,-31,  3,-33,-41, -5,-42, 12, 10, -8, 17,-13,-56,-21; D=-19;
/I:         I=-19; MD=-47;
/M: SY='K'; M= 14,-50,-23, 16,-43,-37,-16, -9, 44,  6,  8,  7,-46, -7, 16,-11,-19,-23,-52,-14; D=-19;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
/M: SY='T'; M=-14,-14,-39,-19,-38,-25,-42,-11,-17, 12,-29, -6,-44,-22,-20, 32, 60, 18,-58,-24;
/M: SY='G'; M=-32,-53, 11,-26,-24, 62,-38,-55,  3,-28,-45, 23, 16,  7, 12,  3,-37,-53,-53,-46;
/M: SY='G'; M= 43, 42,-41,-25,-32, 45, -5,-23,-41,-29,-40,-32,-45,-13,-45, 34,-30,-16,-54,-45;
/M: SY='E'; M= -6,-49, -5, 43,-19,-49,-19, 12,  1,  1,-30,-36,-44, 12,-10,  6,  8, 24,-54,-23;
/M: SY='L'; M=-32,-48,-55,-39, -9,-46,-11, 26,-46, 48, -2,-52, 22,-46,-10,-34,-27, 41,-52,-34;
/M: SY='V'; M= -2,-46,-56,-52,-31,-34,-57, 56,-48,-10, -3,-49,-52,-48,-29,-13,-16, 65,-57,-37;
/M: SY='Q'; M=-26,-55, 20,  2,-27, -8, 20,-49,-26,-21,-39,  1,-45, 76,  0, 25,-16,-49, 60,-17;
/M: SY='V'; M=-15,-48,-47,-40, 26,-51, 18, 15, -2,-19,  2,-39,-50,  4, 36,  6,  4, 41,-51,-30;
/M: SY='I'; M=-39,-53,  6,  2,-37,-53, -8, 59,  3, -5,  0,  5,-47,-14, 32, -5,-19, -7,-54,-37;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61;
/M: SY='G'; M=-13,-52,-17,-28,-54, 82,-42,-42, -9,-57,-48, 16,-23,-39,-46,-15,-40,-36,-51,-17;
/M: SY='N'; M=-25,-52,-11, 18,  2,-12, 34,-30, 30,-48,-40, 43,-45,-15, 43,  5,-14,-47,-50,  7;
/M: SY='T'; M=-16,-45,-22,-39,-20,-48,-43, 26,  0, -6,  7, -4,-45,  8,-16,  9, 50, 28,-55,-16;
/M: SY='I'; M= 16,-48,-55,-50, 18,-27,-16, 52,-29, 28, -1,-49,-52,-33,-49,-41,-25, 24,-45,  6;
/M: SY='V'; M=-35,-46,-11,-49, -3,-59,-54, 44,-30, 29,-17,-49,-53,-49,-50,-30,  1, 59,-55,-34;
/M: SY='L'; M=-33,-48,-60,-54, 27,-62,-47, 46,-52, 54,  7,-55,-57,-21,-51,-50,-37, 18,-42, 13;
/M: SY='Y'; M=-26,-57,-50,-17, 53,-54, -7,-18,-43,-24,-29,-50,-57,-15,-42,-44,-44,-37, 81,100;
/M: SY='R'; M=-42,-57,-19,-26,-52,-52,-31,-54, 42,-38,-40,-31,-49,-18, 94,-36,-22,-33,-52,-40;
/M: SY='G'; M=  0,-23,-38,  4,-27, 52,-41,-12, 12,-50,-42,-16, 46,  7, 19,-31,-38,-31,-51,-47;
/M: SY='N'; M=  7,-47,-16,-22,-33,-15, 16,-48, 31,-50,-17, 45,-45,-25, 30, 44,-27,-23,  6,-40;
/M: SY='P'; M=-18, -5, 33, 27,-52,-14,-33,-28,  4,-39,-44, 38, 47, -4, 11,  7,-32,-29,-58,-16;
/M: SY='Y'; M= -9,-53, 10, 27,  2, -7,-30,-44, 28,-43,-38,  7,-17, -4, -6,-13, -7,-19, 14, 61;
/M: SY='W'; M= -2, -4, 11, 11,-45,-15,-36,-33, 33,-16,-39, 16, 18, 11, 20,-11,-12,-22, 39, -1;
/M: SY='P'; M=-29,-21,  5, 22,-45,-23,-35,-42,  8,  2,-37, 14, 51,  3, 25,  6,-10,-22,-53, -2;
/M: SY='P'; M= -5,-52,-34, 11,-47,-44,  4, -2, 33,-37,-37, 11, 49, 12, 15, -2, 12,-17,-53, -5;
/M: SY='I'; M=  1,-13,-25, 11, -8,-11,-39, 27, 12,-10,-31,-23, -4, 26,  8,  3, -4, -8,-47, 11;
/M: SY='K'; M=-30,-49,-10,-15,-22, -5, 17,-23, 39, 21,-29,  1,-47,  8, 14,  2,  4,  6,-54,-37;
/M: SY='P'; M=-21,-50,-22, -8,-24,-38,-40, 12,  4, 20, 18,-21, 36,  0, 11, 24, -4, -2,-53,-39;
/M: SY='P'; M= -9, -3, -5,  1,-30,-43, -4,  0,  1,  0,-15, 15, 40, 12, 13, 25,-11,-29, 10,-40;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 54 in 27 different sequences
Number of true positive hits 54 in 27 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CRM
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
27 sequences

CAF1M_ARATH (Q8VYD9    ), CAF1M_ORYSJ (Q6Z4U2    ), CAF1P_ARATH (Q9SL79    ), 
CAF1P_MAIZE (Q84N49    ), CAF1P_ORYSJ (Q5VMQ5    ), CAF2M_ARATH (Q9FFU1    ), 
CAF2M_ORYSJ (Q0J7J7    ), CAF2P_ARATH (Q9LDA9    ), CAF2P_MAIZE (Q84N48    ), 
CAF2P_ORYSJ (Q657G7    ), CFM2_ARATH  (Q8L7C2    ), CFM3A_ARATH (F4J2U9    ), 
CFM3B_ARATH (F4JVH1    ), CFM3_MAIZE  (A7XN92    ), CFM3_ORYSJ  (Q2R1U8    ), 
CRS1_ARATH  (Q9LF10    ), CRS1_MAIZE  (Q9FYT6    ), CRS1_ORYSJ  (Q6YYA3    ), 
Y1333_HAEIN (P71376    ), Y3544_ARATH (Q67XL4    ), Y4753_PSEAE (P95453    ), 
Y652_METJA  (Q58068    ), YHBY_ECO57  (P0AGK6    ), YHBY_ECOL6  (P0AGK5    ), 
YHBY_ECOLI  (P0AGK4    ), YHBY_SHIFL  (P0AGK7    ), YQEI_BACSU  (P54454    )
» more

PDB
[Detailed view]
2 PDB

1JO0; 1LN4

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission