Entry: PS51295

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] CRM
Accession [info] PS51295
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2007 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC01005
Associated ProRule [info] PRU00626

Name and characterization of the entry

Description [info] CRM domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6734837; R2=0.0058687; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5570.65147; R2=31.22555; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1164; N_SCORE=8.5; H_SCORE=36578; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=777; N_SCORE=6.2; H_SCORE=28584; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-15; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='M'; M=-19,-52,  9, 34,-40,-49,-37, -1,  3,  8, 62,-18, 34,-30, -6,-10, -4,-20, 12,-39;
/M: SY='M'; M=-10, 20,-37, 13,-47,  3,-40,  3, 19,-26, 35,-17, 32,-17, 18, -7, 29,-26,-55,-43;
/M: SY='L'; M=-43,-47,-61,-53,  7,-61,-45, 16,-53, 70, 47,-57,-16,-47,-51,-52,-39, -3,-47,-28;
/M: SY='T'; M=-13,-45,  9, 14,-50,-21,-37,-46, -8,-49,-43,  6, 21,-12,-15, 45, 59,-40,-59,-21;
/M: SY='S'; M=-10,-49, 13, 17,-22, 26,-38,-21, 15,-36,-23, 20, 15,-30,-20, 27,  9,-15,-56,-44;
/M: SY='K'; M=  0,-52,  7, 41,-23,-19,  9,-50, 47,-48,  5,  4, -8, 14,  5, -9,-12,-34, 13,-40;
/M: SY='Q'; M=-26,-57,-13, 69,-55,-48,-30,-35,  3,-25,-18,-15,-39, 76, -8,-31,-28,-36, 13,-42;
/M: SY='R'; M=-15,-50,-42,-34,-40,-31, -9,  3, 37, 17, -6,-17,-48, -5, 52,-10,  5,  2,-53,-38;
/M: SY='R'; M= -5,-51,-23, -8,-46,-46,  4,-30, 48,-24,-37,-14,-45, 12, 57, -5, 17,-22,-51, -2;
/M: SY='Y'; M= -5,-14,  5, 26, 20,-48, 22,-10,  7,-38,  2,-18,-47, 13, 42,-19,-38,-40,-39, 48;
/M: SY='L'; M=-42,-47,-56,-21,  8,-59,-42, -6,-49, 71, 42,-54,-23,-43,-29,-30,-25,-19,-46,-14;
/M: SY='R'; M=-20,-57,-18,-27,-50,-51,-32,-16, 39,-34,-38,-32,-49,  1, 90,-36,-39,-31,-52,-39;
/M: SY='S'; M= 21,-47,-22,-21,-52, 15,-37,-48, 29,-49,-17, 10,-17,-17, 34, 37,  4,-23,-55,-44;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61;
/M: SY='L'; M=-17,-51,-42,  6,-37, -6,-15, 21, 24, 27, 23,-39,-48, 21, 18,-30,-23,  6,-52,-37;
/M: SY='A'; M= 60,-44, -8,-39,-23, 48,-16,-48,-17,-39,-41,-17,-44,-37,-43, -5,-11,-39,-50, -8;
/M: SY='H'; M=-21,-51,-38,-24, -6,-35, 97,-14,-34, 10, 24,  5,-49,-18, 13, -8, -2,-16,-56,  9;
/M: SY='H'; M= -5,-51, 29,  5,-49,-11, 60,-48, 24,-24,-39, -2, -9, -2, 16,  4, 20,-28,-59,-18;
/M: SY='L'; M=-30,-14,-28,-30,-27,-38,-41, 12,-11, 54, 46,-10,-52,-22,-13, -7,  0, -6,-52,-34;
/M: SY='K'; M= -9,-53,  3, 18,-52,-44,-16,-46, 54,-28,-14, 18, 41, -5, 16,-10,-13,-20,-55,-44;
/M: SY='P'; M=  4,-57,-24,-11,-53,-44,-43,-12, -8,-37,-39, -8, 94,-13, -5,-15,-18,  0,-56,-51;
/M: SY='V'; M=-24,-49,-16,-27,-18,-41, 24, 33,  0,  8,-24,-39,-49, -6,  2,-11, 18, 35, 29,  1;
/M: SY='V'; M=-19,-10,-58,-52, 32,-58,-52, 38,-50, 17, 30,-51,-27,-29,-51,-43,  1, 55,-49,-28;
/M: SY='W'; M= -3,-50,-38,-33,-26,-44,  0,  4, 16, -6, 29, 30,-20, 39, 21, -5,  5,-14, 55,-34;
/M: SY='I'; M=-27,-48,-58,-35,-17,-61,-55, 62,-51, 27, 10,-53,-22,-49,-54,-46,-14, 51,-54,-34;
/M: SY='G'; M= -5,-53,-25,-47,-59, 88,-46,-64,-28,-60,-50,-28, -4,-41,-11,-26,-23,-57,-51,-53;
/M: SY='K'; M=-21,-54, -3,-16,-53, -8,-33,-53, 72,-52,-42, -5, -7, 18, 41,-19,-23,-33,-50,-15;
/M: SY='N'; M= 18,-48, 16, 12,-50, -4,-11,-51,  4,-41,-43, 63,-45, 12, 15, 19,-29,-47,-56, -4;
/M: SY='G'; M=-27,-53,-18,-48,-57, 89,-45,-63,-41,-44,-49,-13,-45,-41, -1,-19,-25,-58,-51,-52;
/I:         I=-14; MD=-35;
/M: SY='V'; M=-38,-48,-58,-34,-11,-62,-52, 25,-50, 43,  5,-55,-57,-18,-29,-30,-35, 55,-54,-16; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-35; IM=0; DM=-35;
/M: SY='T'; M=-24,-42,-27,-40, 17,-34,-39, -1,-27, -4,-31,  9,-43,-39,-42, 16, 77,-28,-49, 21;
/M: SY='D'; M=-22,-14, 55, 52,-34, -9,  8,-54,-10,-52,-46,-26, 18, 45, -6,-20,-23,-33,-59,-44;
/M: SY='G'; M= 25,-45,-18,-15,-51, 42,-38,-32,-14,-31,-42, 40,-25,-22,-40, 39,  0,-24,-57,-47;
/M: SY='V'; M=-19,-45,-59,-53,  4,-59,-53, 22,-51, 31, 25,-54,-55,-50,-51,-44, -9, 65, 21,-17;
/M: SY='I'; M=  4,-46,-58,-52,-17,-57,-53, 52,-40, 33, 22,-52,-53,-47,-36,-43,-14, 47,-53,-34;
/M: SY='E'; M= 11,-51, 18, 51,-54, -3,-34,-36, 16,-26,-41, 17, -4, 22,  1,-11,-11,-25,-56,-46;
/M: SY='E'; M= 19,-51,-11, 65,-56,-13,-31,-52, -6,-49,  2, 25,-39, 38, -1,  8,-32,-47,-56,-46;
/M: SY='I'; M=-18,-49,-60,-55,-14,-61,-53, 68,-52, 26, 47,-52,-52,-48,-53,-46,-17, 36,-52,-32;
/M: SY='H'; M=-20,-53, 41, 28,-49,-46, 69,-29, 31,-16,-37, 18,-44, -5, 15,-25,-35,-13,-62,-36;
/M: SY='E'; M=-17,-52, 31, 36,-26, -4, -2,-36, 20, -6, -1, 10,-44,  9, 32,-12,-13,-28,-56,-40;
/M: SY='H'; M= 45,-20,-38, -9,-47,-39, 56,-41, -4,  1,  2,-32,-45, 50,  3, -5,  1,-37,-55,-36;
/M: SY='W'; M=-47,-54,-67,-56, 28,-58,-54, 14,-53, 55, -5,-62,-58,-49,-52,-55,-46,-25,122,-16;
/M: SY='E'; M= -5,-52, 15, 53,-52,-36,-33,-50, 45,-14,-41, 10,-40, 10, 17, -8, -5,-46,-55,-44;
/M: SY='K'; M= 18,-48, 22,-13,-23,-43, 22,-28, 43,-32,-37,-21,-44,-13, 11,  2, 19, 12,-55,-17;
/M: SY='H'; M=-22, 12,  2, -8,-50,-20, 93,-58,  2,-50,-39, 19,-47,-23, 54, 10,-24,-53,-64,-31;
/I:         I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='E'; M=-25,-56, -6, 89,-57,-19,-32,-56,  2,-26,-45,-33,-17,  1, -7,-12,-36,-50,-56,-48;
/M: SY='L'; M=-20,-45,-59,-53,-22,-60,-49, 28,-53, 66, -9,-56,-57,-48,-52,-48,-10, 31,-51,-32;
/M: SY='V'; M= 16, -8,-58,-53,-30,-56,-58, 59,-51,  4,-18,-52,-52,-50,-54,-41,-31, 61,-56,-37;
/M: SY='K'; M=-39,-54,-33,-20,-54,-33,-34,-38, 90,-51,-14,-26,-41, -2, 33,-34,-24,-49,-49,-41;
/M: SY='V'; M=-35,-17,-61,-56,-27,-47,-59, 62,-53, 16, -2,-54,-54,-52,-55,-46,-32, 65,-56,-35;
/M: SY='K'; M= -1, -7, 11,-16,-32,-44,-19,-15, 65,-37,-40,  6,-44,-22, 44, -4, -9,-43,-53,-41;
/M: SY='C'; M=-20, 62,-59,-55, 33,-58,-54, 44,-51, 10, 23,-50,-55,-52,-53,-31,-12, 43, 15,-29;
/M: SY='L'; M=-15,-49, -7, -4,-18, -9, 32,-32, 32, 34, -7, 14,-21, -2, -2,-14,-18,-16,-53,-35;
/I:         I=-22; MD=-57;
/M: SY='Q'; M=-12,-55,  6, 14,-55, 29, -3, -5, 15,-49,-41,  3,-12, 42, 33, -8,-26,-32,-55,-44; D=-22;
/I:         I=-22; MI=0; MD=-57; IM=0; DM=-57;
/M: SY='N'; M=  8,-48, 16,  6,-12,-14,-38,-13,  0,  1,-10, 26, 12,-33,-15, 13, -1, 12,-55,-18;
/M: SY='E'; M= -4, 34, 29, 36,-32,-13,-37,-32, -6,-15,-40,-22, 23, 16,-17, 21,  2,-27,-56,-17;
/M: SY='R'; M=-13,-12,-16, 10, -8, 17,-35,-32, 11,-19,  6, 22, 21,-28, 49, -8,-12,-32,-53,-41;
/M: SY='E'; M= -7,-50, 26, 42,-44,  0,-11, -3, -3,  2, 27,-31,-42,-28, -3, 10,  8,-13,-56,-30;
/M: SY='D'; M=-21,-13, 71, 29,-34,-29,-32,-39,-16,-45,-27, 36, -1,  3,-10,-21, 18,-39,-65,-45;
/M: SY='R'; M=-31, -4,-44,-36,-21,-50,-36,  4, 23, -7, 52, -6,  7,-29, 57,-11,-17,  5,-50, -1;
/M: SY='K'; M=  2,-53, 33, 34,-32,-45,  1,-31, 52,-28,-40,-19,-42, 24, 22,-24,-16,-33,-55,-41;
/M: SY='E'; M= 10,-52,  0, 56,-52,-25, -2,-37, 19,-34,-23,  3,-29, 19, 31,-11, -5,-36,-54,-21;
/M: SY='M'; M= 12,-46,-54,-49, -5,-52,-47, 51,-47, 17, 57,-21,-49,-27,-49,-38, 15, 23, -9,-14;
/M: SY='A'; M= 55, 27,-46,-42,-29,  8, 33, 20,-32,-16, -6,-38,-47,-18,-27, -6,-26,-15,  6,-11;
/M: SY='E'; M= 19,-50, 21, 56,-31,-42, -7,-45, 17,-28,-20,  5,-40,-12, -7,  8,-15, -9,  8,-42;
/M: SY='Q'; M= -2,-51, -5, 31, -8,-36,  0,  6, 31,-14, -7,-15,-43, 37, 14,-16,  4,-11,-51,-23;
/M: SY='L'; M=-40,-47,-61,-55,-22,-62,-51, 52,-54, 59, 14,-56,-56,-48,-53,-30,-36, 26,-51,-32;
/M: SY='C'; M= 35, 60,-32, 43,-51,-42,-39,-34, 25,-26,-17,-35,-27,  6,  4, -8,-11,-18,-56,-46;
/I:         I=-19; MD=-47;
/M: SY='E'; M=  1,-51, 30, 47,-24, -6,-19,-31,  3,-33,-41, -5,-42, 12, 10, -8, 17,-13,-56,-21; D=-19;
/I:         I=-19; MD=-47;
/M: SY='K'; M= 14,-50,-23, 16,-43,-37,-16, -9, 44,  6,  8,  7,-46, -7, 16,-11,-19,-23,-52,-14; D=-19;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
/M: SY='T'; M=-14,-14,-39,-19,-38,-25,-42,-11,-17, 12,-29, -6,-44,-22,-20, 32, 60, 18,-58,-24;
/M: SY='G'; M=-32,-53, 11,-26,-24, 62,-38,-55,  3,-28,-45, 23, 16,  7, 12,  3,-37,-53,-53,-46;
/M: SY='G'; M= 43, 42,-41,-25,-32, 45, -5,-23,-41,-29,-40,-32,-45,-13,-45, 34,-30,-16,-54,-45;
/M: SY='E'; M= -6,-49, -5, 43,-19,-49,-19, 12,  1,  1,-30,-36,-44, 12,-10,  6,  8, 24,-54,-23;
/M: SY='L'; M=-32,-48,-55,-39, -9,-46,-11, 26,-46, 48, -2,-52, 22,-46,-10,-34,-27, 41,-52,-34;
/M: SY='V'; M= -2,-46,-56,-52,-31,-34,-57, 56,-48,-10, -3,-49,-52,-48,-29,-13,-16, 65,-57,-37;
/M: SY='Q'; M=-26,-55, 20,  2,-27, -8, 20,-49,-26,-21,-39,  1,-45, 76,  0, 25,-16,-49, 60,-17;
/M: SY='V'; M=-15,-48,-47,-40, 26,-51, 18, 15, -2,-19,  2,-39,-50,  4, 36,  6,  4, 41,-51,-30;
/M: SY='I'; M=-39,-53,  6,  2,-37,-53, -8, 59,  3, -5,  0,  5,-47,-14, 32, -5,-19, -7,-54,-37;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61;
/M: SY='G'; M=-13,-52,-17,-28,-54, 82,-42,-42, -9,-57,-48, 16,-23,-39,-46,-15,-40,-36,-51,-17;
/M: SY='N'; M=-25,-52,-11, 18,  2,-12, 34,-30, 30,-48,-40, 43,-45,-15, 43,  5,-14,-47,-50,  7;
/M: SY='T'; M=-16,-45,-22,-39,-20,-48,-43, 26,  0, -6,  7, -4,-45,  8,-16,  9, 50, 28,-55,-16;
/M: SY='I'; M= 16,-48,-55,-50, 18,-27,-16, 52,-29, 28, -1,-49,-52,-33,-49,-41,-25, 24,-45,  6;
/M: SY='V'; M=-35,-46,-11,-49, -3,-59,-54, 44,-30, 29,-17,-49,-53,-49,-50,-30,  1, 59,-55,-34;
/M: SY='L'; M=-33,-48,-60,-54, 27,-62,-47, 46,-52, 54,  7,-55,-57,-21,-51,-50,-37, 18,-42, 13;
/M: SY='Y'; M=-26,-57,-50,-17, 53,-54, -7,-18,-43,-24,-29,-50,-57,-15,-42,-44,-44,-37, 81,100;
/M: SY='R'; M=-42,-57,-19,-26,-52,-52,-31,-54, 42,-38,-40,-31,-49,-18, 94,-36,-22,-33,-52,-40;
/M: SY='G'; M=  0,-23,-38,  4,-27, 52,-41,-12, 12,-50,-42,-16, 46,  7, 19,-31,-38,-31,-51,-47;
/M: SY='N'; M=  7,-47,-16,-22,-33,-15, 16,-48, 31,-50,-17, 45,-45,-25, 30, 44,-27,-23,  6,-40;
/M: SY='P'; M=-18, -5, 33, 27,-52,-14,-33,-28,  4,-39,-44, 38, 47, -4, 11,  7,-32,-29,-58,-16;
/M: SY='Y'; M= -9,-53, 10, 27,  2, -7,-30,-44, 28,-43,-38,  7,-17, -4, -6,-13, -7,-19, 14, 61;
/M: SY='W'; M= -2, -4, 11, 11,-45,-15,-36,-33, 33,-16,-39, 16, 18, 11, 20,-11,-12,-22, 39, -1;
/M: SY='P'; M=-29,-21,  5, 22,-45,-23,-35,-42,  8,  2,-37, 14, 51,  3, 25,  6,-10,-22,-53, -2;
/M: SY='P'; M= -5,-52,-34, 11,-47,-44,  4, -2, 33,-37,-37, 11, 49, 12, 15, -2, 12,-17,-53, -5;
/M: SY='I'; M=  1,-13,-25, 11, -8,-11,-39, 27, 12,-10,-31,-23, -4, 26,  8,  3, -4, -8,-47, 11;
/M: SY='K'; M=-30,-49,-10,-15,-22, -5, 17,-23, 39, 21,-29,  1,-47,  8, 14,  2,  4,  6,-54,-37;
/M: SY='P'; M=-21,-50,-22, -8,-24,-38,-40, 12,  4, 20, 18,-21, 36,  0, 11, 24, -4, -2,-53,-39;
/M: SY='P'; M= -9, -3, -5,  1,-30,-43, -4,  0,  1,  0,-15, 15, 40, 12, 13, 25,-11,-29, 10,-40;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 38 in 22 different sequences
Number of true positive hits 38 in 22 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CRM
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
22 sequences

CAF1M_ARATH (Q8VYD9), CAF1M_ORYSJ (Q6Z4U2), CAF1P_ARATH (Q9SL79), 
CAF1P_MAIZE (Q84N49), CAF1P_ORYSJ (Q5VMQ5), CAF2M_ARATH (Q9FFU1), 
CAF2M_ORYSJ (Q0J7J7), CAF2P_ARATH (Q9LDA9), CAF2P_MAIZE (Q84N48), 
CAF2P_ORYSJ (Q657G7), CRS1_ARATH  (Q9LF10), CRS1_MAIZE  (Q9FYT6), 
CRS1_ORYSJ  (Q6YYA3), Y1333_HAEIN (P71376), Y3544_ARATH (Q67XL4), 
Y4753_PSEAE (P95453), Y652_METJA  (Q58068), YHBY_ECO57  (P0AGK6), 
YHBY_ECOL6  (P0AGK5), YHBY_ECOLI  (P0AGK4), YHBY_SHIFL  (P0AGK7), 
YQEI_BACSU  (P54454)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

1JO0; 1LN4

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission