Due to scheduled maintenance work, this service may not be available on Monday January 22nd between 08.00 am and 9.00 am CEST
To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51342

General information about the entry

Entry name [info] COLIPASE_2
Accession [info] PS51342
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2007 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 20-DEC-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00111
Associated ProRule [info] PRU00674

Name and characterization of the entry

Description [info] Colipase family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=85;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1244767; R2=0.0089201; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9916.2929688; R2=9.6629076; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=883; H_SCORE=18449; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=491; H_SCORE=14661; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-20; I=-20; B1=-400; E1=-400; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='G'; M= -3,-24,-15,-24,-30, 63,-23,-31,-18,-30,-23, -2,-18,-19,-26,  3, 30,-23,-31,-27;
/M: SY='I'; M=-18,-29,-26,-17, -7,-35,-24, 41, 27, 22,  6,-19,-25,-13, -6,-21,-12, 12,-26,-11;
/M: SY='Y'; M=-18,-30,-33,-32, 11,-38,-15, 44,-27, 16,  8,-29,-31,-23,-27,-24,-13, 24, -6, 51;
/M: SY='I'; M=-17,-27,-16,-27, -9,-26,-20, 52,-20,  4,  3, 39,-27,-19,-26,-15, -7, 16,-33,-14;
/M: SY='N'; M=-17,-21,  1,-15,-15,-12, -2,-10, -8, 18, -5, 67,-30, -8,-15, -5, -4,-15,-40,-18;
/M: SY='L'; M=-20,-22,-38,-30,  7,-39,-21, 15,-31, 58, 19,-37,-37,-24,-28,-30,-16,  7,-24, -6;
/M: SY='E'; M=-15,-34, 45, 64,-38,-26, -6,-38,  3,-31,-28, -3,-11,  9, -7, -9,-13,-31,-38,-26;
/M: SY='N'; M=-17,-26, 34, 28,-17,-21, -7,-12, -8, 19, -7, 34,-23, -4,-15,-11,-10,-15,-37,-18;
/M: SY='G'; M= -6,-30,-14,-15,-35, 63,-19,-40, 29,-36,-25, -2,-19, -9, -5, -5,-17,-34,-26,-27;
/M: SY='E'; M=-13,-34, 16, 73,-37,-29, -6,-38,  6,-30,-26,-10, -8, 13, -4,-10,-14,-30,-33,-27;
/M: SY='L'; M=-10,-22,-26,-23, -4,-24,-21, 25,-23, 36,  7,-19,-28,-16,-24, 24, -5,  6,-28,-11;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='M'; M=-18,-25,-38,-31,  2,-38,-22, 39,-28, 41, 46,-31,-31,-22,-28,-28,-14, 15,-25, -6;
/M: SY='N'; M=-17,-25,  5, -8,-30,-10,  2,-31,  8,-34,-21, 68,-27,  1, 41, -2, -5,-31,-42,-22;
/M: SY='S'; M=  0,-18, -1,-10,-28, -3, -6,-28, -7,-32,-23, 45,-19, -2,-13, 51,  8,-23,-40,-21;
/M: SY='Q'; M= 43,-21,-17, -4,-29, -9,-13,-17, -7,-15, 17,-12,-20, 44, -9,  1, -9,-10,-27,-18;
/M: SY='Q'; M=-15,-37, 45, 14,-42,-19, -2,-32,  3,-28,-17,  2,-20, 70,  1, -4,-13,-32,-33,-17;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='K'; M=-15,-31,  1, 40,-33,-25,-10,-34, 56,-31,-21, -3,-13,  9, 16,-10,-11,-28,-28,-21;
/M: SY='S'; M=  3,-16, -9,-11,-25, -7,-15,-21,-10,-25,-20,  2,-15, -5,-16, 52, 39,-14,-37,-19;
/M: SY='G'; M= -7,-27, -7,-12,-34, 49,-10,-35, -5,-34,-23, 35,-22, 21, 10, 11,-10,-32,-32,-24;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='Q'; M=-13,-37, -7, 11,-39,-21, 38,-30,  6,-23,-10, -2,-20, 80,  6, -3,-16,-31,-28,-10;
/M: SY='H'; M=-22,-35, -9, -6,-23,-26, 95,-38,  3,-23,-10,  0,-25,  2, 42,-13,-20,-35,-46,  4;
/M: SY='D'; M= 26,-22, 45, -2,  8,-10,-14,-24,-13,-24,-22, -1,-21,-10,-18, 24, -3,-17,-32,-14;
/M: SY='P'; M= -3,-23,-12,-10,-29,-11,-17,-23,-12,-29,-21, -5, 58, -9,-19, 40, 28,-19,-36,-24;
/M: SY='P'; M= 16,-30, 42, -4,-26,-18,-19, 15,-16,-17,-14, -9, 46,-15,-24, -9,-10, -6,-36,-23;
/M: SY='L'; M=-19,-21,-15,-22, -2,-24,-11,  5,-19, 44,  9, 38,-34,-16,-21,-17,-10, -2,-31,-11;
/M: SY='C'; M= -3, 82,-20,-25,-30, 48,-24,-35,-21,-31,-25, -6,-26,-19,-28, 22, -9,-26,-36,-29;
/M: SY='L'; M=-16,-26,-13, 31, -6,-36,-19, 17,-15, 35,  6,-25,-24, -9,-20,-21,-13, 13,-29,-13;
/M: SY='A'; M= 44,-15,-15,-11,-28, -2,-18,-22,-13,-24,-18, -6,-18, -7,-17, 40,  3,-11,-32,-22;
/M: SY='H'; M=-21,-36,-13, -5,-26,-28, 67,-37, 15,-26,-13, -4,-27,  5, 66,-13,-19,-32,-36, -5;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='A'; M= 48,-14,-17,-13,-26, -7,-22,-16,-14,-19,-14,-10,-17,-13,-20,  8, 34, -5,-32,-22;
/M: SY='E'; M=-14,-32, 24, 37,-26,-23, 29,-25, -2, -5,-16, -7, 26,  1, 12,  6,-11,-24,-36,-17;
/M: SY='K'; M=-15,-29,-10,  3,-28,-23,-11,-24, 63,-21, 18, -3,-17,  6, 20,-11,-11,-22,-25,-16;
/M: SY='A'; M= 49,-19,-20,-17,-31, 41,-23,-25,-18,-25,-18,-11,-20,-15,-23,  4,-10,-13,-28,-26;
/M: SY='S'; M= -1,-21,-13,-10,-25,-10,-10,-23,  0,-22, 13, -2,-20,  0, 32, 49,  4,-18,-33,-16;
/M: SY='E'; M=-13,-34, 16, 73,-37,-29, -6,-38,  6,-30,-26,-10, -8, 13, -4,-10,-14,-30,-33,-27;
/M: SY='N'; M=-11,-23,  5,-15,-32, 41, -3,-33, -7,-38,-25, 68,-25, -8,-15,  1, -5,-33,-41,-27;
/M: SY='S'; M=  6,-17, -9,-10,-27, -2,-12,-27,-10,-30,-24,  3,-17, -1,-14, 63, 11,-19,-36,-19;
/M: SY='E'; M=-13,-29,  1, 50,-18,  7,-13,-14, -6, 19, -6,-16,-17,  1,-14,-14,-15,-15,-29,-19;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='S'; M=  1,-23, -8, -1,-32, -7, -8,-27, -4,-28,-19,  1,-18, 46, -6, 51,  5,-22,-32,-17;
/M: SY='P'; M=  6,-26,-18,-13,-27,-20,-24,-10,-15,-21,-15,-15, 70,-18,-24, -3, 33,  4,-36,-26;
/M: SY='Q'; M=-15,-33,-10,  7,  9,-23, -5,-26, 35,-21,-12, -5,-20, 64, 10, -6,-14,-26,-20, -7;
/M: SY='T'; M= -5,-16,-17,-18,-16,-26,-26,  5,-15, -7, -6, -8,-17,-19,-22,  4, 56, 29,-41,-17;
/M: SY='F'; M=-22,-25,-39,-34, 50,-39,-25, 32,-32, 38, 11,-33,-35,-30,-30,-29,-16, 10,-12,  7;
/M: SY='Y'; M=-26,-31,-28,-30, 57,-32,  3, -7,-22, -2, -3,-27,-37,-21,-19,-22,-19,-12, 16, 80;
/M: SY='G'; M= -2,-30,-17,-29,-36, 78,-24,-44,-23,-39,-28, -3,-21,-20,-30, -2,-21,-37,-27,-31;
/M: SY='I'; M=-13,-30,-26,-13,-13,-33,-23, 43,-14,  4,  4,-19,-25, 41,-16,-15,-11, 30,-29,-12;
/M: SY='Y'; M=-24,-35,-24,-27, 28,-31, 10,-10,-18, -6, -3,-25,-36,-14,-15,-19,-19,-15, 20, 92;
/M: SY='Y'; M=-23,-36,-21,-18, 17,-31,  6,-16,  0,-12, -7,-19,-34, -6, 40,-18,-19,-19,  9, 77;
/M: SY='K'; M= 24,-24,-16, -4,-24,-17,-15,-19, 42, -2,-10, -9,-20, -1, 22, -6,-10,-14,-26,-18;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='P'; M=-19,-45,-20, -8,-39,-21,-23,-27,-16,-37,-23,-26,102,-20,-29,-17,-12,-32,-32,-36;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='E'; M=-15,-30,  5, 58,-18,-32,-11,-13, -3, 20, -6,-17,-16,  4,-11,-15,-14,-14,-30,-19;
/M: SY='R'; M=-20,-36,-16, -4,-29,-30, -5,-36, 23,-28,-17, -9,-29,  7, 80,-14,-19,-29,-29,-15;
/M: SY='G'; M= -6,-27, -6,-22,-34, 64,-13,-39,-14,-38,-27, 44,-23,-14,-22, -1,-13,-35,-33,-29;
/M: SY='L'; M=-20,-22,-38,-30,  7,-39,-21, 15,-31, 58, 19,-37,-37,-24,-28,-30,-16,  7,-24, -6;
/M: SY='T'; M= -5,-14,-10,-14,-20,-21,-21,-12,-10,-16,-13,  0,-12,-15,-19, 11, 69, -4,-41,-19;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='E'; M=-14,-30, 26, 52,-24,-27, -6,-15, -2, -8, 47,-10,-14,  5,-10,-14,-13,-16,-33,-17;
/M: SY='G'; M= -7,-30,-18,-26, -4, 57, -9,-28,-20,-25,-18, -8,-25,-16,-23,  8,-16,-27, -6, 48;
/M: SY='D'; M=-10,-28, 70,  9,-36,-12, -8,-35, -9,-35,-32,  9,-19, -5,-16, 29, -2,-30,-49,-22;
/M: SY='K'; M=-16,-31,-10,  4,-31,-24,-10,-33, 62,-30,-18, -2,-18,  7, 42,-11,-12,-28,-26,-18;
/M: SY='N'; M= -2,-17, -1,-11,-26, -6, -8,-24, -7,-29,-21, 45,-18, -5,-14, 42, 30,-18,-41,-21;
/I:         I=-6; MD=-71;
/M: SY='I'; M=-35,-46,-56,-53,-17,-60,-52, 45,-49,  9, -4,-47,-45,-44,-51,-44,-29,  9,-43,-26; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71;
/M: SY='I'; M=-28,-41,-54,-50,-21,-57,-56, 34,-47, -5, -9,-47,-46,-46,-49,-39,-24, 32,-50,-29; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-71;
/M: SY='G'; M= -5,-31, -4, 32,-36, 63,-18,-42,-11,-36,-28, -5,-17, -7,-20, -4,-19,-35,-29,-29;
/M: SY='S'; M= 29,-20,-12, -5,-29, -8,-15,-25, 31,-27,-19, -4,-17, -1,  0, 33,  0,-16,-30,-21;
/M: SY='W'; M=-21,-37,-44,-36,  1,-38,-44, 52,-30,  6,  3,-35,-29,-27,-33,-29,-19, 15,107,  2;
/M: SY='T'; M= -9,-17,-17,-18,-10,-26,-21, -1,-16, 23,  0, -8,-19,-18,-22,  2, 55,  0,-35,-14;
/M: SY='N'; M= -7,-19,  6,-10,-29, -3,  0,-28, -4,-35,-23, 68,-23, -2,-11, 32,  4,-27,-44,-23;
/M: SY='T'; M= -9,-19,-18,-20,-14,-27,-26, 30,-16, -4, -3, -7,-16,-19,-24,  2, 56,  9,-36,-15;
/M: SY='N'; M= 25,-18,  4,-11,-30, -3, -3,-25, -5,-31,-20, 67,-24, -6,-13,  4, -1,-21,-42,-25;
/M: SY='Y'; M=-26,-31,-29,-30, 59,-33,  2, -7,-23, -1, -3,-27,-37,-22,-20,-22,-19,-12, 16, 79;
/M: SY='G'; M= -2,-30,-17,-29,-36, 78,-24,-44,-23,-39,-28, -3,-21,-20,-30, -2,-21,-37,-27,-31;
/M: SY='I'; M=-17,-31,-30,-23,-10,-38,-25, 47, -6,  4,  3,-22,-28,-14, 37,-22,-13, 24,-29,-12;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='H'; M=-17,-31,-15, -1,-17,-26, 56,-11, -6, 21,  2, -9,-25, 55, -5,-11,-17,-16,-30, -5;
/M: SY='D'; M=-19,-33, 70, 13,-38,-19, -8,-37, 32,-35,-30,  8,-19, -2,  1, -9,-10,-33,-44,-22;
/M: SY='I'; M= 18,-24,-28,-22,-14,-22,-30, 34,-22, -1, -1,-22, 26,-20,-27,  4, -5, 28,-32,-18;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_12 which contains 556'388 sequence entries.


Total number of hits 18 in 18 different sequences
Number of true positive hits 18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

COLA_HORSE  (P02704    ), COLB_HORSE  (P02705    ), COLL1_HUMAN (A2RUU4    ), 
COLL2_HUMAN (Q6UWE3    ), COLL2_MOUSE (Q3UW21    ), COLL2_RAT   (D3ZVN1    ), 
COL_BOVIN   (A0JNQ7    ), COL_CANLF   (P19090    ), COL_CHICK   (P11148    ), 
COL_HUMAN   (P04118    ), COL_ICTTR   (Q91XL7    ), COL_MOUSE   (Q9CQC2    ), 
COL_MYOCO   (P42889    ), COL_PIG     (P02703    ), COL_RABIT   (P42890    ), 
COL_RAT     (P17084    ), COL_SQUAC   (P11149    ), COL_XENTR   (A9JSD6    )
» more

PDB
[Detailed view]
6 PDB

1ETH; 1LPA; 1LPB; 1N8S; 1PCN; 1PCO

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission