Entry: PS51342

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] COLIPASE_2
Accession [info] PS51342
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2007 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00111
Associated ProRule [info] PRU00674

Name and characterization of the entry

Description [info] Colipase family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=85;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1244767; R2=0.0089201; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7427.68633; R2=30.76497; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=883; N_SCORE=10.0; H_SCORE=34593; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=491; N_SCORE=6.5; H_SCORE=22533; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-20; I=-20; B1=-400; E1=-400; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='G'; M= -3,-24,-15,-24,-30, 63,-23,-31,-18,-30,-23, -2,-18,-19,-26,  3, 30,-23,-31,-27;
/M: SY='I'; M=-18,-29,-26,-17, -7,-35,-24, 41, 27, 22,  6,-19,-25,-13, -6,-21,-12, 12,-26,-11;
/M: SY='Y'; M=-18,-30,-33,-32, 11,-38,-15, 44,-27, 16,  8,-29,-31,-23,-27,-24,-13, 24, -6, 51;
/M: SY='I'; M=-17,-27,-16,-27, -9,-26,-20, 52,-20,  4,  3, 39,-27,-19,-26,-15, -7, 16,-33,-14;
/M: SY='N'; M=-17,-21,  1,-15,-15,-12, -2,-10, -8, 18, -5, 67,-30, -8,-15, -5, -4,-15,-40,-18;
/M: SY='L'; M=-20,-22,-38,-30,  7,-39,-21, 15,-31, 58, 19,-37,-37,-24,-28,-30,-16,  7,-24, -6;
/M: SY='E'; M=-15,-34, 45, 64,-38,-26, -6,-38,  3,-31,-28, -3,-11,  9, -7, -9,-13,-31,-38,-26;
/M: SY='N'; M=-17,-26, 34, 28,-17,-21, -7,-12, -8, 19, -7, 34,-23, -4,-15,-11,-10,-15,-37,-18;
/M: SY='G'; M= -6,-30,-14,-15,-35, 63,-19,-40, 29,-36,-25, -2,-19, -9, -5, -5,-17,-34,-26,-27;
/M: SY='E'; M=-13,-34, 16, 73,-37,-29, -6,-38,  6,-30,-26,-10, -8, 13, -4,-10,-14,-30,-33,-27;
/M: SY='L'; M=-10,-22,-26,-23, -4,-24,-21, 25,-23, 36,  7,-19,-28,-16,-24, 24, -5,  6,-28,-11;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='M'; M=-18,-25,-38,-31,  2,-38,-22, 39,-28, 41, 46,-31,-31,-22,-28,-28,-14, 15,-25, -6;
/M: SY='N'; M=-17,-25,  5, -8,-30,-10,  2,-31,  8,-34,-21, 68,-27,  1, 41, -2, -5,-31,-42,-22;
/M: SY='S'; M=  0,-18, -1,-10,-28, -3, -6,-28, -7,-32,-23, 45,-19, -2,-13, 51,  8,-23,-40,-21;
/M: SY='Q'; M= 43,-21,-17, -4,-29, -9,-13,-17, -7,-15, 17,-12,-20, 44, -9,  1, -9,-10,-27,-18;
/M: SY='Q'; M=-15,-37, 45, 14,-42,-19, -2,-32,  3,-28,-17,  2,-20, 70,  1, -4,-13,-32,-33,-17;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='K'; M=-15,-31,  1, 40,-33,-25,-10,-34, 56,-31,-21, -3,-13,  9, 16,-10,-11,-28,-28,-21;
/M: SY='S'; M=  3,-16, -9,-11,-25, -7,-15,-21,-10,-25,-20,  2,-15, -5,-16, 52, 39,-14,-37,-19;
/M: SY='G'; M= -7,-27, -7,-12,-34, 49,-10,-35, -5,-34,-23, 35,-22, 21, 10, 11,-10,-32,-32,-24;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='Q'; M=-13,-37, -7, 11,-39,-21, 38,-30,  6,-23,-10, -2,-20, 80,  6, -3,-16,-31,-28,-10;
/M: SY='H'; M=-22,-35, -9, -6,-23,-26, 95,-38,  3,-23,-10,  0,-25,  2, 42,-13,-20,-35,-46,  4;
/M: SY='D'; M= 26,-22, 45, -2,  8,-10,-14,-24,-13,-24,-22, -1,-21,-10,-18, 24, -3,-17,-32,-14;
/M: SY='P'; M= -3,-23,-12,-10,-29,-11,-17,-23,-12,-29,-21, -5, 58, -9,-19, 40, 28,-19,-36,-24;
/M: SY='P'; M= 16,-30, 42, -4,-26,-18,-19, 15,-16,-17,-14, -9, 46,-15,-24, -9,-10, -6,-36,-23;
/M: SY='L'; M=-19,-21,-15,-22, -2,-24,-11,  5,-19, 44,  9, 38,-34,-16,-21,-17,-10, -2,-31,-11;
/M: SY='C'; M= -3, 82,-20,-25,-30, 48,-24,-35,-21,-31,-25, -6,-26,-19,-28, 22, -9,-26,-36,-29;
/M: SY='L'; M=-16,-26,-13, 31, -6,-36,-19, 17,-15, 35,  6,-25,-24, -9,-20,-21,-13, 13,-29,-13;
/M: SY='A'; M= 44,-15,-15,-11,-28, -2,-18,-22,-13,-24,-18, -6,-18, -7,-17, 40,  3,-11,-32,-22;
/M: SY='H'; M=-21,-36,-13, -5,-26,-28, 67,-37, 15,-26,-13, -4,-27,  5, 66,-13,-19,-32,-36, -5;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='A'; M= 48,-14,-17,-13,-26, -7,-22,-16,-14,-19,-14,-10,-17,-13,-20,  8, 34, -5,-32,-22;
/M: SY='E'; M=-14,-32, 24, 37,-26,-23, 29,-25, -2, -5,-16, -7, 26,  1, 12,  6,-11,-24,-36,-17;
/M: SY='K'; M=-15,-29,-10,  3,-28,-23,-11,-24, 63,-21, 18, -3,-17,  6, 20,-11,-11,-22,-25,-16;
/M: SY='A'; M= 49,-19,-20,-17,-31, 41,-23,-25,-18,-25,-18,-11,-20,-15,-23,  4,-10,-13,-28,-26;
/M: SY='S'; M= -1,-21,-13,-10,-25,-10,-10,-23,  0,-22, 13, -2,-20,  0, 32, 49,  4,-18,-33,-16;
/M: SY='E'; M=-13,-34, 16, 73,-37,-29, -6,-38,  6,-30,-26,-10, -8, 13, -4,-10,-14,-30,-33,-27;
/M: SY='N'; M=-11,-23,  5,-15,-32, 41, -3,-33, -7,-38,-25, 68,-25, -8,-15,  1, -5,-33,-41,-27;
/M: SY='S'; M=  6,-17, -9,-10,-27, -2,-12,-27,-10,-30,-24,  3,-17, -1,-14, 63, 11,-19,-36,-19;
/M: SY='E'; M=-13,-29,  1, 50,-18,  7,-13,-14, -6, 19, -6,-16,-17,  1,-14,-14,-15,-15,-29,-19;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='S'; M=  1,-23, -8, -1,-32, -7, -8,-27, -4,-28,-19,  1,-18, 46, -6, 51,  5,-22,-32,-17;
/M: SY='P'; M=  6,-26,-18,-13,-27,-20,-24,-10,-15,-21,-15,-15, 70,-18,-24, -3, 33,  4,-36,-26;
/M: SY='Q'; M=-15,-33,-10,  7,  9,-23, -5,-26, 35,-21,-12, -5,-20, 64, 10, -6,-14,-26,-20, -7;
/M: SY='T'; M= -5,-16,-17,-18,-16,-26,-26,  5,-15, -7, -6, -8,-17,-19,-22,  4, 56, 29,-41,-17;
/M: SY='F'; M=-22,-25,-39,-34, 50,-39,-25, 32,-32, 38, 11,-33,-35,-30,-30,-29,-16, 10,-12,  7;
/M: SY='Y'; M=-26,-31,-28,-30, 57,-32,  3, -7,-22, -2, -3,-27,-37,-21,-19,-22,-19,-12, 16, 80;
/M: SY='G'; M= -2,-30,-17,-29,-36, 78,-24,-44,-23,-39,-28, -3,-21,-20,-30, -2,-21,-37,-27,-31;
/M: SY='I'; M=-13,-30,-26,-13,-13,-33,-23, 43,-14,  4,  4,-19,-25, 41,-16,-15,-11, 30,-29,-12;
/M: SY='Y'; M=-24,-35,-24,-27, 28,-31, 10,-10,-18, -6, -3,-25,-36,-14,-15,-19,-19,-15, 20, 92;
/M: SY='Y'; M=-23,-36,-21,-18, 17,-31,  6,-16,  0,-12, -7,-19,-34, -6, 40,-18,-19,-19,  9, 77;
/M: SY='K'; M= 24,-24,-16, -4,-24,-17,-15,-19, 42, -2,-10, -9,-20, -1, 22, -6,-10,-14,-26,-18;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='P'; M=-19,-45,-20, -8,-39,-21,-23,-27,-16,-37,-23,-26,102,-20,-29,-17,-12,-32,-32,-36;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='E'; M=-15,-30,  5, 58,-18,-32,-11,-13, -3, 20, -6,-17,-16,  4,-11,-15,-14,-14,-30,-19;
/M: SY='R'; M=-20,-36,-16, -4,-29,-30, -5,-36, 23,-28,-17, -9,-29,  7, 80,-14,-19,-29,-29,-15;
/M: SY='G'; M= -6,-27, -6,-22,-34, 64,-13,-39,-14,-38,-27, 44,-23,-14,-22, -1,-13,-35,-33,-29;
/M: SY='L'; M=-20,-22,-38,-30,  7,-39,-21, 15,-31, 58, 19,-37,-37,-24,-28,-30,-16,  7,-24, -6;
/M: SY='T'; M= -5,-14,-10,-14,-20,-21,-21,-12,-10,-16,-13,  0,-12,-15,-19, 11, 69, -4,-41,-19;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='E'; M=-14,-30, 26, 52,-24,-27, -6,-15, -2, -8, 47,-10,-14,  5,-10,-14,-13,-16,-33,-17;
/M: SY='G'; M= -7,-30,-18,-26, -4, 57, -9,-28,-20,-25,-18, -8,-25,-16,-23,  8,-16,-27, -6, 48;
/M: SY='D'; M=-10,-28, 70,  9,-36,-12, -8,-35, -9,-35,-32,  9,-19, -5,-16, 29, -2,-30,-49,-22;
/M: SY='K'; M=-16,-31,-10,  4,-31,-24,-10,-33, 62,-30,-18, -2,-18,  7, 42,-11,-12,-28,-26,-18;
/M: SY='N'; M= -2,-17, -1,-11,-26, -6, -8,-24, -7,-29,-21, 45,-18, -5,-14, 42, 30,-18,-41,-21;
/I:         I=-6; MD=-71;
/M: SY='I'; M=-35,-46,-56,-53,-17,-60,-52, 45,-49,  9, -4,-47,-45,-44,-51,-44,-29,  9,-43,-26; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71;
/M: SY='I'; M=-28,-41,-54,-50,-21,-57,-56, 34,-47, -5, -9,-47,-46,-46,-49,-39,-24, 32,-50,-29; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-71;
/M: SY='G'; M= -5,-31, -4, 32,-36, 63,-18,-42,-11,-36,-28, -5,-17, -7,-20, -4,-19,-35,-29,-29;
/M: SY='S'; M= 29,-20,-12, -5,-29, -8,-15,-25, 31,-27,-19, -4,-17, -1,  0, 33,  0,-16,-30,-21;
/M: SY='W'; M=-21,-37,-44,-36,  1,-38,-44, 52,-30,  6,  3,-35,-29,-27,-33,-29,-19, 15,107,  2;
/M: SY='T'; M= -9,-17,-17,-18,-10,-26,-21, -1,-16, 23,  0, -8,-19,-18,-22,  2, 55,  0,-35,-14;
/M: SY='N'; M= -7,-19,  6,-10,-29, -3,  0,-28, -4,-35,-23, 68,-23, -2,-11, 32,  4,-27,-44,-23;
/M: SY='T'; M= -9,-19,-18,-20,-14,-27,-26, 30,-16, -4, -3, -7,-16,-19,-24,  2, 56,  9,-36,-15;
/M: SY='N'; M= 25,-18,  4,-11,-30, -3, -3,-25, -5,-31,-20, 67,-24, -6,-13,  4, -1,-21,-42,-25;
/M: SY='Y'; M=-26,-31,-29,-30, 59,-33,  2, -7,-23, -1, -3,-27,-37,-22,-20,-22,-19,-12, 16, 79;
/M: SY='G'; M= -2,-30,-17,-29,-36, 78,-24,-44,-23,-39,-28, -3,-21,-20,-30, -2,-21,-37,-27,-31;
/M: SY='I'; M=-17,-31,-30,-23,-10,-38,-25, 47, -6,  4,  3,-22,-28,-14, 37,-22,-13, 24,-29,-12;
/M: SY='C'; M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='H'; M=-17,-31,-15, -1,-17,-26, 56,-11, -6, 21,  2, -9,-25, 55, -5,-11,-17,-16,-30, -5;
/M: SY='D'; M=-19,-33, 70, 13,-38,-19, -8,-37, 32,-35,-30,  8,-19, -2,  1, -9,-10,-33,-44,-22;
/M: SY='I'; M= 18,-24,-28,-22,-14,-22,-30, 34,-22, -1, -1,-22, 26,-20,-27,  4, -5, 28,-32,-18;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 18 in 18 different sequences
Number of true positive hits 18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

COLA_HORSE  (P02704), COLB_HORSE  (P02705), COLL1_HUMAN (A2RUU4), 
COLL2_HUMAN (Q6UWE3), COLL2_MOUSE (Q3UW21), COLL2_RAT   (D3ZVN1), 
COL_BOVIN   (A0JNQ7), COL_CANFA   (P19090), COL_CHICK   (P11148), 
COL_HUMAN   (P04118), COL_MOUSE   (Q9CQC2), COL_MYOCO   (P42889), 
COL_PIG     (P02703), COL_RABIT   (P42890), COL_RAT     (P17084), 
COL_SPETR   (Q91XL7), COL_SQUAC   (P11149), COL_XENTR   (A9JSD6)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission